src/jalview/renderer/OverviewResColourFinder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.gui.Preferences;
  26 import jalview.util.Comparison;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29
  30 public class OverviewResColourFinder extends ResidueColourFinder
  31 {
  32   final Color GAP_COLOUR; // default colour to use at gaps
  33
  34   final Color RESIDUE_COLOUR; // default colour to use at residues
  35
  36   final Color HIDDEN_COLOUR; // colour for hidden regions
  37
  38   boolean useLegacy = false;
  39
  40   /**
  41    * Constructor without colour settings (used by applet)
  42    */
  43   public OverviewResColourFinder()
  44   {
  45     this(false, Preferences.OVERVIEW_DEFAULT_GAP,
  46             Preferences.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Constructor with colour settings
  51    *
  52    * @param useLegacyColouring
  53    *          whether to use legacy gap colouring (white gaps, grey residues)
  54    * @param gapCol
  55    *          gap colour if not legacy
  56    * @param hiddenCol
  57    *          hidden region colour (transparency applied by rendering code)
  58    */
  59   public OverviewResColourFinder(boolean useLegacyColouring, Color gapCol,
  60           Color hiddenCol)
  61   {
  62     if (useLegacyColouring)
  63     {
  64       GAP_COLOUR = Color.white;
  65       RESIDUE_COLOUR = Color.lightGray;
  66       HIDDEN_COLOUR = hiddenCol;
  67     }
  68     else
  69     {
  70       GAP_COLOUR = gapCol;
  71       RESIDUE_COLOUR = Color.white;
  72       HIDDEN_COLOUR = hiddenCol;
  73     }
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public Color getBoxColour(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
  78   {
  79     Color resBoxColour = RESIDUE_COLOUR;
  80     char currentChar = seq.getCharAt(i);
  81
  82     // In the overview window, gaps are coloured grey, unless the colour scheme
  83     // specifies a gap colour, in which case gaps honour the colour scheme
  84     // settings
  85     if (shader.getColourScheme() != null)
  86     {
  87       if (Comparison.isGap(currentChar)
  88               && (!shader.getColourScheme().hasGapColour()))
  89       {
  90         resBoxColour = GAP_COLOUR;
  91       }
  92       else
  93       {
  94         resBoxColour = shader.findColour(currentChar, i, seq);
  95       }
  96     }
  97     else if (Comparison.isGap(currentChar))
  98     {
  99       resBoxColour = GAP_COLOUR;
 100     }
 101
 102     return resBoxColour;
 103   }
 104
 105   /**
 106    * {@inheritDoc} In the overview, the showBoxes setting is ignored, as the
 107    * overview displays the colours regardless.
 108    */
 109   @Override
 110   protected Color getResidueBoxColour(boolean showBoxes,
 111           ResidueShaderI shader,
 112           SequenceGroup[] allGroups, SequenceI seq, int i)
 113   {
 114     ResidueShaderI currentShader;
 115     SequenceGroup currentSequenceGroup = getCurrentSequenceGroup(allGroups,
 116             i);
 117     if (currentSequenceGroup != null)
 118     {
 119       currentShader = currentSequenceGroup.getGroupColourScheme();
 120     }
 121     else
 122     {
 123       currentShader = shader;
 124     }
 125
 126     return getBoxColour(currentShader, seq, i);
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Supply hidden colour
 131    *
 132    * @return colour of hidden regions
 133    */
 134   protected Color getHiddenColour()
 135   {
 136     return HIDDEN_COLOUR;
 137   }
 138 }