src/jalview/renderer/OverviewResColourFinder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.Comparison;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 public class OverviewResColourFinder extends ResidueColourFinder
  30 {
  31   final Color GAP_COLOUR = new Color(240, 240, 240);
  32
  33   @Override
  34   public Color getBoxColour(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
  35   {
  36     Color resBoxColour = Color.white;
  37     char currentChar = seq.getCharAt(i);
  38
  39     // In the overview window, gaps are coloured grey, unless the colour scheme
  40     // specifies a gap colour, in which case gaps honour the colour scheme
  41     // settings
  42     if (shader.getColourScheme() != null)
  43     {
  44       if (Comparison.isGap(currentChar)
  45               && !shader.getColourScheme().hasGapColour())
  46       {
  47         resBoxColour = GAP_COLOUR;
  48       }
  49       else
  50       {
  51         resBoxColour = shader.findColour(currentChar, i, seq);
  52       }
  53     }
  54     else if (Comparison.isGap(currentChar))
  55     {
  56       resBoxColour = GAP_COLOUR;
  57     }
  58
  59     return resBoxColour;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * {@inheritDoc} In the overview, the showBoxes setting is ignored, as the
  64    * overview displays the colours regardless.
  65    */
  66   @Override
  67   protected Color getResidueBoxColour(boolean showBoxes,
  68           ResidueShaderI shader,
  69           SequenceGroup[] allGroups, SequenceI seq, int i)
  70   {
  71     ResidueShaderI currentShader;
  72     SequenceGroup currentSequenceGroup = getCurrentSequenceGroup(allGroups,
  73             i);
  74     if (currentSequenceGroup != null)
  75     {
  76       currentShader = currentSequenceGroup.getGroupColourScheme();
  77     }
  78     else
  79     {
  80       currentShader = shader;
  81     }
  82
  83     return getBoxColour(currentShader, seq, i);
  84   }
  85 }