src/jalview/rest/HighlightSequenceEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.HashMap;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.Map;
   6
   7 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   8 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   9
  10 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  11 import jalview.bin.Console;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.gui.AlignFrame;
  15 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  16
  17 public class HighlightSequenceEndpoint extends AbstractEndpoint
  18 {
  19   public HighlightSequenceEndpoint(API api)
  20   {
  21     super(api, path, name, parameters, description);
  22   }
  23
  24   protected static final String path = "highlightsequence";
  25
  26   private static final String name = "Highlight sequence position";
  27
  28   private static final String parameters = "<sequence names>/<position>";
  29
  30   private static final String description = "Highlight the specified sequences at the specified position";
  31
  32   public void processEndpoint(HttpServletRequest request,
  33           HttpServletResponse response)
  34   {
  35     if (!checkParameters(request, response, 2))
  36     {
  37       return;
  38     }
  39     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  40
  41     String posString = parameters[1];
  42     int pos = -1;
  43     try
  44     {
  45       pos = Integer.parseInt(posString);
  46     } catch (NumberFormatException e)
  47     {
  48       returnError(request, response,
  49               "Could not parse postition integer " + posString);
  50     }
  51
  52     String sequenceNames = parameters[0] == null ? "*0" : parameters[0];
  53     Console.debug("Looking for sequence '" + sequenceNames + "'");
  54
  55     int sequenceNum = -1;
  56     if (sequenceNames.startsWith("*"))
  57     {
  58       try
  59       {
  60         sequenceNum = Integer.parseInt(sequenceNames.substring(1));
  61       } catch (NumberFormatException e)
  62       {
  63         Console.debug("Could not parse sequence number '" + sequenceNames
  64                 + "'. Will use as identifier.", e);
  65       }
  66     }
  67
  68     Map<SequenceI, StructureSelectionManager> ssmMap = new HashMap<>();
  69     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames(request, true);
  70     if (alignFrames == null)
  71     {
  72       returnError(request, response, "Could not find AlignFrame for '"
  73               + getRequestUrl(request) + "'");
  74       return;
  75     }
  76     for (int i = 0; i < alignFrames.length; i++)
  77     {
  78       AlignFrame af = alignFrames[i];
  79       List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  80               .getAlignPanels();
  81       for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  82       {
  83         StructureSelectionManager ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  84         AlignmentI al = ap.getAlignment();
  85         List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  86         if (0 <= sequenceNum && sequenceNum < seqs.size())
  87         {
  88           try
  89           {
  90             SequenceI seqN = seqs.get(sequenceNum);
  91             Console.debug("Found sequence " + seqN.getName() + ":"
  92                     + seqN.getDisplayId(false));
  93             ssmMap.put(seqN, ssm);
  94           } catch (IndexOutOfBoundsException e)
  95           {
  96             Console.debug("Sequence index number too large: " + sequenceNum,
  97                     e);
  98           }
  99         }
 100         else
 101         {
 102           // search for sequence names
 103           for (SequenceI seq : seqs)
 104           {
 105             if (sequenceNames.equals(seq.getName()))
 106             {
 107               ssmMap.put(seq, ssm);
 108               Console.debug("Found sequence '" + seq.getName());
 109             }
 110           }
 111         }
 112       }
 113     }
 114     // highlight
 115     for (SequenceI seq : ssmMap.keySet())
 116     {
 117       StructureSelectionManager ssm = ssmMap.get(seq);
 118       if (ssm == null)
 119       {
 120         continue;
 121       }
 122       Console.debug("Highlighting sequence '" + seq.getName()
 123               + "' at position " + pos);
 124       ssm.mouseOverSequence(seq, pos, -1, null, true);
 125     }
 126
 127   }
 128 }