src/jalview/rest/InputAlignmentEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.MalformedURLException;
   6 import java.net.URISyntaxException;
   7 import java.net.URL;
   8 import java.security.MessageDigest;
   9 import java.security.NoSuchAlgorithmException;
  10 import java.util.Map;
  11
  12 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
  13 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
  14 import javax.xml.bind.DatatypeConverter;
  15
  16 import jalview.bin.Console;
  17 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  18 import jalview.gui.Desktop;
  19
  20 public class InputAlignmentEndpoint extends AbstractEndpointAsync
  21 {
  22   public InputAlignmentEndpoint(API api)
  23   {
  24     super(api, path, name, parameters, description);
  25   }
  26
  27   protected static final String path = "inputalignment";
  28
  29   private static final String name = "Input Alignment";
  30
  31   private static final String parameters = "POST <body> | GET ?[data=<data>|file=<fileURI>|url=<URL>]";
  32
  33   private static final String description = "Input an alignment from POST request body, GET request 'data' parameter, local file in 'file' parameter, url in 'url' parameter";
  34
  35   private String fileString;
  36
  37   private String urlString;
  38
  39   private String method;
  40
  41   private String data;
  42
  43   private String body;
  44
  45   private boolean isPost;
  46
  47   private boolean hasData;
  48
  49   private String access = null;
  50
  51   private String ref = null;
  52
  53   @Override
  54   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  55           HttpServletResponse response)
  56   {
  57     fileString = request.getParameter("file");
  58     urlString = request.getParameter("url");
  59     method = request.getMethod().toLowerCase();
  60     data = request.getParameter("data");
  61     body = null;
  62     isPost = method.equalsIgnoreCase("post");
  63     hasData = data != null;
  64
  65     this.saveParameters(request);
  66
  67     if (isPost)
  68     {
  69       access = "post";
  70       try
  71       {
  72         body = RestHandler.getInstance().getRequestBody(request, response);
  73       } catch (IOException e)
  74       {
  75         returnError(request, response, "could not read POST body");
  76         Console.debug("Could not read POST body", e);
  77         return;
  78       }
  79       // for ref see md5 later
  80     }
  81     else if (hasData)
  82     {
  83       access = "data";
  84       // for ref see md5 later
  85     }
  86     else if (fileString != null)
  87     {
  88       access = "file";
  89       ref = fileString;
  90     }
  91     else if (urlString != null)
  92     {
  93       access = "url";
  94       ref = urlString;
  95     }
  96
  97     if (access == null)
  98     {
  99       returnError(request, response,
 100               "requires POST body or one of parameters 'data', 'file' or 'url'");
 101       return;
 102     }
 103
 104     // final content used in Future
 105     String content;
 106     if (isPost || hasData)
 107     {
 108       content = isPost ? body : data;
 109       objectsPassedToProcessAsync.put("content", content); // needed as "final
 110                                                            // String" in process
 111       try
 112       {
 113         MessageDigest md5 = MessageDigest.getInstance("MD5");
 114         md5.update(content.getBytes());
 115         byte[] digest = md5.digest();
 116         ref = DatatypeConverter.printBase64Binary(digest).toLowerCase();
 117       } catch (NoSuchAlgorithmException e)
 118       {
 119         Console.debug("Could not find MD5 algorithm", e);
 120       }
 121     }
 122     else
 123     {
 124       content = null;
 125     }
 126     objectsPassedToProcessAsync.put("content", content);
 127
 128     setId(request, access + "::" + ref);
 129   }
 130
 131   protected void process(HttpServletRequest request,
 132           HttpServletResponse response)
 133   {
 134     processAsync(request, response, null);
 135   }
 136
 137   protected void processAsync(HttpServletRequest request,
 138           HttpServletResponse response, final Map<String, Object> finalMap)
 139   {
 140     String content = (String) finalMap.get("content");
 141     if (isPost || hasData)
 142     {
 143       // Sequence file contents being posted
 144       // use File -> Input Alignment -> from Textbox
 145       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 146       cap.setText(content);
 147
 148       Map<String, String> options = getOptions(request);
 149
 150       cap.ok_actionPerformed(null, options);
 151       cap.cancel_actionPerformed(null);
 152     }
 153     else if (fileString != null)
 154     {
 155       // Sequence file on filesystem
 156       // use File -> Input Alignment -> From File
 157       URL url = null;
 158       File file = null;
 159       try
 160       {
 161         url = new URL(fileString);
 162         file = new File(url.toURI());
 163       } catch (MalformedURLException | URISyntaxException e)
 164       {
 165         returnError(request, response,
 166                 "could not resolve file='" + fileString + "'");
 167         Console.debug("Could not resolve file '" + fileString + "'", e);
 168         return;
 169       }
 170       if (!file.exists())
 171       {
 172         returnError(request, response,
 173                 "file='" + fileString + "' does not exist");
 174         return;
 175       }
 176       Desktop.instance.openFile(file, null, null);
 177     }
 178     else if (urlString != null)
 179     {
 180       boolean success = Desktop.instance.loadUrl(urlString, null);
 181       if (!success)
 182       {
 183         returnError(request, response,
 184                 "url='" + urlString + "' could not be opened");
 185         return;
 186       }
 187     }
 188   }
 189 }