src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class AlcodMap.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class AlcodMap implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * internal jalview id for the dnasq for this mapping.\r
  31      *  \r
  32      */\r
  33     private java.lang.String _dnasq;\r
  34 \r
  35     /**\r
  36      * a Mapping entry and an associated protein sequence\r
  37      *  \r
  38      */\r
  39     private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;\r
  40 \r
  41 \r
  42       //----------------/\r
  43      //- Constructors -/\r
  44     //----------------/\r
  45 \r
  46     public AlcodMap() {\r
  47         super();\r
  48     }\r
  49 \r
  50 \r
  51       //-----------/\r
  52      //- Methods -/\r
  53     //-----------/\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Returns the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has\r
  57      * the following description: internal jalview id for the dnasq\r
  58      * for this mapping.\r
  59      *  \r
  60      * \r
  61      * @return the value of field 'Dnasq'.\r
  62      */\r
  63     public java.lang.String getDnasq(\r
  64     ) {\r
  65         return this._dnasq;\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * Returns the value of field 'mapping'. The field 'mapping'\r
  70      * has the following description: a Mapping entry and an\r
  71      * associated protein sequence\r
  72      *  \r
  73      * \r
  74      * @return the value of field 'Mapping'.\r
  75      */\r
  76     public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping(\r
  77     ) {\r
  78         return this._mapping;\r
  79     }\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * Method isValid.\r
  83      * \r
  84      * @return true if this object is valid according to the schema\r
  85      */\r
  86     public boolean isValid(\r
  87     ) {\r
  88         try {\r
  89             validate();\r
  90         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
  91             return false;\r
  92         }\r
  93         return true;\r
  94     }\r
  95 \r
  96     /**\r
  97      * \r
  98      * \r
  99      * @param out\r
 100      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 101      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 102      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 103      * object is an invalid instance according to the schema\r
 104      */\r
 105     public void marshal(\r
 106             final java.io.Writer out)\r
 107     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 108         Marshaller.marshal(this, out);\r
 109     }\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * \r
 113      * \r
 114      * @param handler\r
 115      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 116      * marshaling\r
 117      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 118      * object is an invalid instance according to the schema\r
 119      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 120      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 121      */\r
 122     public void marshal(\r
 123             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 124     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 125         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 126     }\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * Sets the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the\r
 130      * following description: internal jalview id for the dnasq for\r
 131      * this mapping.\r
 132      *  \r
 133      * \r
 134      * @param dnasq the value of field 'dnasq'.\r
 135      */\r
 136     public void setDnasq(\r
 137             final java.lang.String dnasq) {\r
 138         this._dnasq = dnasq;\r
 139     }\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * Sets the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has\r
 143      * the following description: a Mapping entry and an associated\r
 144      * protein sequence\r
 145      *  \r
 146      * \r
 147      * @param mapping the value of field 'mapping'.\r
 148      */\r
 149     public void setMapping(\r
 150             final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping) {\r
 151         this._mapping = mapping;\r
 152     }\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * Method unmarshal.\r
 156      * \r
 157      * @param reader\r
 158      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 159      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 160      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 161      * object is an invalid instance according to the schema\r
 162      * @return the unmarshaled\r
 163      * jalview.schemabinding.version2.AlcodMap\r
 164      */\r
 165     public static jalview.schemabinding.version2.AlcodMap unmarshal(\r
 166             final java.io.Reader reader)\r
 167     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 168         return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class, reader);\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * \r
 173      * \r
 174      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 175      * object is an invalid instance according to the schema\r
 176      */\r
 177     public void validate(\r
 178     )\r
 179     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 180         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 181         validator.validate(this);\r
 182     }\r
 183 \r
 184 }\r