src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.schemabinding.version2;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  32 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  33
  34 /**
  35  * Class Alcodon.
  36  *
  37  * @version $Revision$ $Date$
  38  */
  39 public class Alcodon implements java.io.Serializable {
  40
  41
  42       //--------------------------/
  43      //- Class/Member Variables -/
  44     //--------------------------/
  45
  46     /**
  47      * Field _pos1.
  48      */
  49     private long _pos1;
  50
  51     /**
  52      * keeps track of state for field: _pos1
  53      */
  54     private boolean _has_pos1;
  55
  56     /**
  57      * Field _pos2.
  58      */
  59     private long _pos2;
  60
  61     /**
  62      * keeps track of state for field: _pos2
  63      */
  64     private boolean _has_pos2;
  65
  66     /**
  67      * Field _pos3.
  68      */
  69     private long _pos3;
  70
  71     /**
  72      * keeps track of state for field: _pos3
  73      */
  74     private boolean _has_pos3;
  75
  76
  77       //----------------/
  78      //- Constructors -/
  79     //----------------/
  80
  81     public Alcodon() {
  82         super();
  83     }
  84
  85
  86       //-----------/
  87      //- Methods -/
  88     //-----------/
  89
  90     /**
  91      */
  92     public void deletePos1(
  93     ) {
  94         this._has_pos1= false;
  95     }
  96
  97     /**
  98      */
  99     public void deletePos2(
 100     ) {
 101         this._has_pos2= false;
 102     }
 103
 104     /**
 105      */
 106     public void deletePos3(
 107     ) {
 108         this._has_pos3= false;
 109     }
 110
 111     /**
 112      * Returns the value of field 'pos1'.
 113      *
 114      * @return the value of field 'Pos1'.
 115      */
 116     public long getPos1(
 117     ) {
 118         return this._pos1;
 119     }
 120
 121     /**
 122      * Returns the value of field 'pos2'.
 123      *
 124      * @return the value of field 'Pos2'.
 125      */
 126     public long getPos2(
 127     ) {
 128         return this._pos2;
 129     }
 130
 131     /**
 132      * Returns the value of field 'pos3'.
 133      *
 134      * @return the value of field 'Pos3'.
 135      */
 136     public long getPos3(
 137     ) {
 138         return this._pos3;
 139     }
 140
 141     /**
 142      * Method hasPos1.
 143      *
 144      * @return true if at least one Pos1 has been added
 145      */
 146     public boolean hasPos1(
 147     ) {
 148         return this._has_pos1;
 149     }
 150
 151     /**
 152      * Method hasPos2.
 153      *
 154      * @return true if at least one Pos2 has been added
 155      */
 156     public boolean hasPos2(
 157     ) {
 158         return this._has_pos2;
 159     }
 160
 161     /**
 162      * Method hasPos3.
 163      *
 164      * @return true if at least one Pos3 has been added
 165      */
 166     public boolean hasPos3(
 167     ) {
 168         return this._has_pos3;
 169     }
 170
 171     /**
 172      * Method isValid.
 173      *
 174      * @return true if this object is valid according to the schema
 175      */
 176     public boolean isValid(
 177     ) {
 178         try {
 179             validate();
 180         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 181             return false;
 182         }
 183         return true;
 184     }
 185
 186     /**
 187      *
 188      *
 189      * @param out
 190      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 191      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 192      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 193      * object is an invalid instance according to the schema
 194      */
 195     public void marshal(
 196             final java.io.Writer out)
 197     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 198         Marshaller.marshal(this, out);
 199     }
 200
 201     /**
 202      *
 203      *
 204      * @param handler
 205      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 206      * marshaling
 207      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 208      * object is an invalid instance according to the schema
 209      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 210      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 211      */
 212     public void marshal(
 213             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 214     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 215         Marshaller.marshal(this, handler);
 216     }
 217
 218     /**
 219      * Sets the value of field 'pos1'.
 220      *
 221      * @param pos1 the value of field 'pos1'.
 222      */
 223     public void setPos1(
 224             final long pos1) {
 225         this._pos1 = pos1;
 226         this._has_pos1 = true;
 227     }
 228
 229     /**
 230      * Sets the value of field 'pos2'.
 231      *
 232      * @param pos2 the value of field 'pos2'.
 233      */
 234     public void setPos2(
 235             final long pos2) {
 236         this._pos2 = pos2;
 237         this._has_pos2 = true;
 238     }
 239
 240     /**
 241      * Sets the value of field 'pos3'.
 242      *
 243      * @param pos3 the value of field 'pos3'.
 244      */
 245     public void setPos3(
 246             final long pos3) {
 247         this._pos3 = pos3;
 248         this._has_pos3 = true;
 249     }
 250
 251     /**
 252      * Method unmarshal.
 253      *
 254      * @param reader
 255      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 256      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 257      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 258      * object is an invalid instance according to the schema
 259      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Alcodo
 260      */
 261     public static jalview.schemabinding.version2.Alcodon unmarshal(
 262             final java.io.Reader reader)
 263     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 264         return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, reader);
 265     }
 266
 267     /**
 268      *
 269      *
 270      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 271      * object is an invalid instance according to the schema
 272      */
 273     public void validate(
 274     )
 275     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 276         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 277         validator.validate(this);
 278     }
 279
 280 }