added aligned codon frames, and dataset reference ids for sequenceSet and sequences...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Alcodon.java
1 /*\r
2  * This class was automatically generated with \r
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
4  * Schema.\r
5  * $Id$\r
6  */\r
7 \r
8 package jalview.schemabinding.version2;\r
9 \r
10   //---------------------------------/\r
11  //- Imported classes and packages -/\r
12 //---------------------------------/\r
13 \r
14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
16 \r
17 /**\r
18  * Class Alcodon.\r
19  * \r
20  * @version $Revision$ $Date$\r
21  */\r
22 public class Alcodon implements java.io.Serializable {\r
23 \r
24 \r
25       //--------------------------/\r
26      //- Class/Member Variables -/\r
27     //--------------------------/\r
28 \r
29     /**\r
30      * Field _pos1.\r
31      */\r
32     private long _pos1;\r
33 \r
34     /**\r
35      * keeps track of state for field: _pos1\r
36      */\r
37     private boolean _has_pos1;\r
38 \r
39     /**\r
40      * Field _pos2.\r
41      */\r
42     private long _pos2;\r
43 \r
44     /**\r
45      * keeps track of state for field: _pos2\r
46      */\r
47     private boolean _has_pos2;\r
48 \r
49     /**\r
50      * Field _pos3.\r
51      */\r
52     private long _pos3;\r
53 \r
54     /**\r
55      * keeps track of state for field: _pos3\r
56      */\r
57     private boolean _has_pos3;\r
58 \r
59 \r
60       //----------------/\r
61      //- Constructors -/\r
62     //----------------/\r
63 \r
64     public Alcodon() {\r
65         super();\r
66     }\r
67 \r
68 \r
69       //-----------/\r
70      //- Methods -/\r
71     //-----------/\r
72 \r
73     /**\r
74      */\r
75     public void deletePos1(\r
76     ) {\r
77         this._has_pos1= false;\r
78     }\r
79 \r
80     /**\r
81      */\r
82     public void deletePos2(\r
83     ) {\r
84         this._has_pos2= false;\r
85     }\r
86 \r
87     /**\r
88      */\r
89     public void deletePos3(\r
90     ) {\r
91         this._has_pos3= false;\r
92     }\r
93 \r
94     /**\r
95      * Returns the value of field 'pos1'.\r
96      * \r
97      * @return the value of field 'Pos1'.\r
98      */\r
99     public long getPos1(\r
100     ) {\r
101         return this._pos1;\r
102     }\r
103 \r
104     /**\r
105      * Returns the value of field 'pos2'.\r
106      * \r
107      * @return the value of field 'Pos2'.\r
108      */\r
109     public long getPos2(\r
110     ) {\r
111         return this._pos2;\r
112     }\r
113 \r
114     /**\r
115      * Returns the value of field 'pos3'.\r
116      * \r
117      * @return the value of field 'Pos3'.\r
118      */\r
119     public long getPos3(\r
120     ) {\r
121         return this._pos3;\r
122     }\r
123 \r
124     /**\r
125      * Method hasPos1.\r
126      * \r
127      * @return true if at least one Pos1 has been added\r
128      */\r
129     public boolean hasPos1(\r
130     ) {\r
131         return this._has_pos1;\r
132     }\r
133 \r
134     /**\r
135      * Method hasPos2.\r
136      * \r
137      * @return true if at least one Pos2 has been added\r
138      */\r
139     public boolean hasPos2(\r
140     ) {\r
141         return this._has_pos2;\r
142     }\r
143 \r
144     /**\r
145      * Method hasPos3.\r
146      * \r
147      * @return true if at least one Pos3 has been added\r
148      */\r
149     public boolean hasPos3(\r
150     ) {\r
151         return this._has_pos3;\r
152     }\r
153 \r
154     /**\r
155      * Method isValid.\r
156      * \r
157      * @return true if this object is valid according to the schema\r
158      */\r
159     public boolean isValid(\r
160     ) {\r
161         try {\r
162             validate();\r
163         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
164             return false;\r
165         }\r
166         return true;\r
167     }\r
168 \r
169     /**\r
170      * \r
171      * \r
172      * @param out\r
173      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
174      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
175      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
176      * object is an invalid instance according to the schema\r
177      */\r
178     public void marshal(\r
179             final java.io.Writer out)\r
180     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
181         Marshaller.marshal(this, out);\r
182     }\r
183 \r
184     /**\r
185      * \r
186      * \r
187      * @param handler\r
188      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
189      * marshaling\r
190      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
191      * object is an invalid instance according to the schema\r
192      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
193      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
194      */\r
195     public void marshal(\r
196             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
197     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
198         Marshaller.marshal(this, handler);\r
199     }\r
200 \r
201     /**\r
202      * Sets the value of field 'pos1'.\r
203      * \r
204      * @param pos1 the value of field 'pos1'.\r
205      */\r
206     public void setPos1(\r
207             final long pos1) {\r
208         this._pos1 = pos1;\r
209         this._has_pos1 = true;\r
210     }\r
211 \r
212     /**\r
213      * Sets the value of field 'pos2'.\r
214      * \r
215      * @param pos2 the value of field 'pos2'.\r
216      */\r
217     public void setPos2(\r
218             final long pos2) {\r
219         this._pos2 = pos2;\r
220         this._has_pos2 = true;\r
221     }\r
222 \r
223     /**\r
224      * Sets the value of field 'pos3'.\r
225      * \r
226      * @param pos3 the value of field 'pos3'.\r
227      */\r
228     public void setPos3(\r
229             final long pos3) {\r
230         this._pos3 = pos3;\r
231         this._has_pos3 = true;\r
232     }\r
233 \r
234     /**\r
235      * Method unmarshal.\r
236      * \r
237      * @param reader\r
238      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
239      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
240      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
241      * object is an invalid instance according to the schema\r
242      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Alcodo\r
243      */\r
244     public static jalview.schemabinding.version2.Alcodon unmarshal(\r
245             final java.io.Reader reader)\r
246     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
247         return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, reader);\r
248     }\r
249 \r
250     /**\r
251      * \r
252      * \r
253      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
254      * object is an invalid instance according to the schema\r
255      */\r
256     public void validate(\r
257     )\r
258     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
259         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
260         validator.validate(this);\r
261     }\r
262 \r
263 }\r