src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class Alcodon.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class Alcodon implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _pos1.\r
  42      */\r
  43     private long _pos1;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _pos1\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_pos1;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _pos2.\r
  52      */\r
  53     private long _pos2;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _pos2\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_pos2;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _pos3.\r
  62      */\r
  63     private long _pos3;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * keeps track of state for field: _pos3\r
  67      */\r
  68     private boolean _has_pos3;\r
  69 \r
  70 \r
  71       //----------------/\r
  72      //- Constructors -/\r
  73     //----------------/\r
  74 \r
  75     public Alcodon() {\r
  76         super();\r
  77     }\r
  78 \r
  79 \r
  80       //-----------/\r
  81      //- Methods -/\r
  82     //-----------/\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      */\r
  86     public void deletePos1(\r
  87     ) {\r
  88         this._has_pos1= false;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      */\r
  93     public void deletePos2(\r
  94     ) {\r
  95         this._has_pos2= false;\r
  96     }\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      */\r
 100     public void deletePos3(\r
 101     ) {\r
 102         this._has_pos3= false;\r
 103     }\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * Returns the value of field 'pos1'.\r
 107      * \r
 108      * @return the value of field 'Pos1'.\r
 109      */\r
 110     public long getPos1(\r
 111     ) {\r
 112         return this._pos1;\r
 113     }\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * Returns the value of field 'pos2'.\r
 117      * \r
 118      * @return the value of field 'Pos2'.\r
 119      */\r
 120     public long getPos2(\r
 121     ) {\r
 122         return this._pos2;\r
 123     }\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * Returns the value of field 'pos3'.\r
 127      * \r
 128      * @return the value of field 'Pos3'.\r
 129      */\r
 130     public long getPos3(\r
 131     ) {\r
 132         return this._pos3;\r
 133     }\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * Method hasPos1.\r
 137      * \r
 138      * @return true if at least one Pos1 has been added\r
 139      */\r
 140     public boolean hasPos1(\r
 141     ) {\r
 142         return this._has_pos1;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * Method hasPos2.\r
 147      * \r
 148      * @return true if at least one Pos2 has been added\r
 149      */\r
 150     public boolean hasPos2(\r
 151     ) {\r
 152         return this._has_pos2;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * Method hasPos3.\r
 157      * \r
 158      * @return true if at least one Pos3 has been added\r
 159      */\r
 160     public boolean hasPos3(\r
 161     ) {\r
 162         return this._has_pos3;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * Method isValid.\r
 167      * \r
 168      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 169      */\r
 170     public boolean isValid(\r
 171     ) {\r
 172         try {\r
 173             validate();\r
 174         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 175             return false;\r
 176         }\r
 177         return true;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * \r
 182      * \r
 183      * @param out\r
 184      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 185      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 186      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 187      * object is an invalid instance according to the schema\r
 188      */\r
 189     public void marshal(\r
 190             final java.io.Writer out)\r
 191     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 192         Marshaller.marshal(this, out);\r
 193     }\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * \r
 197      * \r
 198      * @param handler\r
 199      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 200      * marshaling\r
 201      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 202      * object is an invalid instance according to the schema\r
 203      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 204      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 205      */\r
 206     public void marshal(\r
 207             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 208     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 209         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 210     }\r
 211 \r
 212     /**\r
 213      * Sets the value of field 'pos1'.\r
 214      * \r
 215      * @param pos1 the value of field 'pos1'.\r
 216      */\r
 217     public void setPos1(\r
 218             final long pos1) {\r
 219         this._pos1 = pos1;\r
 220         this._has_pos1 = true;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * Sets the value of field 'pos2'.\r
 225      * \r
 226      * @param pos2 the value of field 'pos2'.\r
 227      */\r
 228     public void setPos2(\r
 229             final long pos2) {\r
 230         this._pos2 = pos2;\r
 231         this._has_pos2 = true;\r
 232     }\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * Sets the value of field 'pos3'.\r
 236      * \r
 237      * @param pos3 the value of field 'pos3'.\r
 238      */\r
 239     public void setPos3(\r
 240             final long pos3) {\r
 241         this._pos3 = pos3;\r
 242         this._has_pos3 = true;\r
 243     }\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      * Method unmarshal.\r
 247      * \r
 248      * @param reader\r
 249      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 250      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 251      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 252      * object is an invalid instance according to the schema\r
 253      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Alcodo\r
 254      */\r
 255     public static jalview.schemabinding.version2.Alcodon unmarshal(\r
 256             final java.io.Reader reader)\r
 257     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 258         return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, reader);\r
 259     }\r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * \r
 263      * \r
 264      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 265      * object is an invalid instance according to the schema\r
 266      */\r
 267     public void validate(\r
 268     )\r
 269     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 270         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 271         validator.validate(this);\r
 272     }\r
 273 \r
 274 }\r