src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.schemabinding.version2;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  32 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  33
  34 /**
  35  * Class Annotation.
  36  *
  37  * @version $Revision$ $Date$
  38  */
  39 public class Annotation implements java.io.Serializable {
  40
  41
  42       //--------------------------/
  43      //- Class/Member Variables -/
  44     //--------------------------/
  45
  46     /**
  47      * Field _graph.
  48      */
  49     private boolean _graph;
  50
  51     /**
  52      * keeps track of state for field: _graph
  53      */
  54     private boolean _has_graph;
  55
  56     /**
  57      * Field _graphType.
  58      */
  59     private int _graphType;
  60
  61     /**
  62      * keeps track of state for field: _graphType
  63      */
  64     private boolean _has_graphType;
  65
  66     /**
  67      * Field _sequenceRef.
  68      */
  69     private java.lang.String _sequenceRef;
  70
  71     /**
  72      * Field _groupRef.
  73      */
  74     private java.lang.String _groupRef;
  75
  76     /**
  77      * Field _graphColour.
  78      */
  79     private int _graphColour;
  80
  81     /**
  82      * keeps track of state for field: _graphColour
  83      */
  84     private boolean _has_graphColour;
  85
  86     /**
  87      * Field _graphGroup.
  88      */
  89     private int _graphGroup;
  90
  91     /**
  92      * keeps track of state for field: _graphGroup
  93      */
  94     private boolean _has_graphGroup;
  95
  96     /**
  97      * height in pixels for the graph if this is a graph-type
  98      * annotation.
  99      */
 100     private int _graphHeight;
 101
 102     /**
 103      * keeps track of state for field: _graphHeight
 104      */
 105     private boolean _has_graphHeight;
 106
 107     /**
 108      * Field _id.
 109      */
 110     private java.lang.String _id;
 111
 112     /**
 113      * Field _scoreOnly.
 114      */
 115     private boolean _scoreOnly = false;
 116
 117     /**
 118      * keeps track of state for field: _scoreOnly
 119      */
 120     private boolean _has_scoreOnly;
 121
 122     /**
 123      * Field _score.
 124      */
 125     private double _score;
 126
 127     /**
 128      * keeps track of state for field: _score
 129      */
 130     private boolean _has_score;
 131
 132     /**
 133      * Field _visible.
 134      */
 135     private boolean _visible;
 136
 137     /**
 138      * keeps track of state for field: _visible
 139      */
 140     private boolean _has_visible;
 141
 142     /**
 143      * Field _centreColLabels.
 144      */
 145     private boolean _centreColLabels;
 146
 147     /**
 148      * keeps track of state for field: _centreColLabels
 149      */
 150     private boolean _has_centreColLabels;
 151
 152     /**
 153      * Field _scaleColLabels.
 154      */
 155     private boolean _scaleColLabels;
 156
 157     /**
 158      * keeps track of state for field: _scaleColLabels
 159      */
 160     private boolean _has_scaleColLabels;
 161
 162     /**
 163      * Field _showAllColLabels.
 164      */
 165     private boolean _showAllColLabels;
 166
 167     /**
 168      * keeps track of state for field: _showAllColLabels
 169      */
 170     private boolean _has_showAllColLabels;
 171
 172     /**
 173      * is an autocalculated annotation row
 174      */
 175     private boolean _autoCalculated = false;
 176
 177     /**
 178      * keeps track of state for field: _autoCalculated
 179      */
 180     private boolean _has_autoCalculated;
 181
 182     /**
 183      * Field _annotationElementList.
 184      */
 185     private java.util.Vector _annotationElementList;
 186
 187     /**
 188      * Field _label.
 189      */
 190     private java.lang.String _label;
 191
 192     /**
 193      * Field _description.
 194      */
 195     private java.lang.String _description;
 196
 197     /**
 198      * Field _thresholdLine.
 199      */
 200     private jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine _thresholdLine;
 201
 202
 203       //----------------/
 204      //- Constructors -/
 205     //----------------/
 206
 207     public Annotation() {
 208         super();
 209         this._annotationElementList = new java.util.Vector();
 210     }
 211
 212
 213       //-----------/
 214      //- Methods -/
 215     //-----------/
 216
 217     /**
 218      *
 219      *
 220      * @param vAnnotationElement
 221      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 222      * given is outside the bounds of the collection
 223      */
 224     public void addAnnotationElement(
 225             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)
 226     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 227         this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);
 228     }
 229
 230     /**
 231      *
 232      *
 233      * @param index
 234      * @param vAnnotationElement
 235      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 236      * given is outside the bounds of the collection
 237      */
 238     public void addAnnotationElement(
 239             final int index,
 240             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)
 241     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 242         this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);
 243     }
 244
 245     /**
 246      */
 247     public void deleteAutoCalculated(
 248     ) {
 249         this._has_autoCalculated= false;
 250     }
 251
 252     /**
 253      */
 254     public void deleteCentreColLabels(
 255     ) {
 256         this._has_centreColLabels= false;
 257     }
 258
 259     /**
 260      */
 261     public void deleteGraph(
 262     ) {
 263         this._has_graph= false;
 264     }
 265
 266     /**
 267      */
 268     public void deleteGraphColour(
 269     ) {
 270         this._has_graphColour= false;
 271     }
 272
 273     /**
 274      */
 275     public void deleteGraphGroup(
 276     ) {
 277         this._has_graphGroup= false;
 278     }
 279
 280     /**
 281      */
 282     public void deleteGraphHeight(
 283     ) {
 284         this._has_graphHeight= false;
 285     }
 286
 287     /**
 288      */
 289     public void deleteGraphType(
 290     ) {
 291         this._has_graphType= false;
 292     }
 293
 294     /**
 295      */
 296     public void deleteScaleColLabels(
 297     ) {
 298         this._has_scaleColLabels= false;
 299     }
 300
 301     /**
 302      */
 303     public void deleteScore(
 304     ) {
 305         this._has_score= false;
 306     }
 307
 308     /**
 309      */
 310     public void deleteScoreOnly(
 311     ) {
 312         this._has_scoreOnly= false;
 313     }
 314
 315     /**
 316      */
 317     public void deleteShowAllColLabels(
 318     ) {
 319         this._has_showAllColLabels= false;
 320     }
 321
 322     /**
 323      */
 324     public void deleteVisible(
 325     ) {
 326         this._has_visible= false;
 327     }
 328
 329     /**
 330      * Method enumerateAnnotationElement.
 331      *
 332      * @return an Enumeration over all
 333      * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement elements
 334      */
 335     public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement(
 336     ) {
 337         return this._annotationElementList.elements();
 338     }
 339
 340     /**
 341      * Method getAnnotationElement.
 342      *
 343      * @param index
 344      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 345      * given is outside the bounds of the collection
 346      * @return the value of the
 347      * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement at the
 348      * given index
 349      */
 350     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement getAnnotationElement(
 351             final int index)
 352     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 353         // check bounds for index
 354         if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {
 355             throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
 356         }
 357
 358         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) _annotationElementList.get(index);
 359     }
 360
 361     /**
 362      * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the
 363      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
 364      * collection contents are changing in another thread, we pass
 365      * a 0-length Array of the correct type into the API call.
 366      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
 367      * exactly the correct length.
 368      *
 369      * @return this collection as an Array
 370      */
 371     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] getAnnotationElement(
 372     ) {
 373         jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] array = new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[0];
 374         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[]) this._annotationElementList.toArray(array);
 375     }
 376
 377     /**
 378      * Method getAnnotationElementCount.
 379      *
 380      * @return the size of this collection
 381      */
 382     public int getAnnotationElementCount(
 383     ) {
 384         return this._annotationElementList.size();
 385     }
 386
 387     /**
 388      * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field
 389      * 'autoCalculated' has the following description: is an
 390      * autocalculated annotation row
 391      *
 392      * @return the value of field 'AutoCalculated'.
 393      */
 394     public boolean getAutoCalculated(
 395     ) {
 396         return this._autoCalculated;
 397     }
 398
 399     /**
 400      * Returns the value of field 'centreColLabels'.
 401      *
 402      * @return the value of field 'CentreColLabels'.
 403      */
 404     public boolean getCentreColLabels(
 405     ) {
 406         return this._centreColLabels;
 407     }
 408
 409     /**
 410      * Returns the value of field 'description'.
 411      *
 412      * @return the value of field 'Description'.
 413      */
 414     public java.lang.String getDescription(
 415     ) {
 416         return this._description;
 417     }
 418
 419     /**
 420      * Returns the value of field 'graph'.
 421      *
 422      * @return the value of field 'Graph'.
 423      */
 424     public boolean getGraph(
 425     ) {
 426         return this._graph;
 427     }
 428
 429     /**
 430      * Returns the value of field 'graphColour'.
 431      *
 432      * @return the value of field 'GraphColour'.
 433      */
 434     public int getGraphColour(
 435     ) {
 436         return this._graphColour;
 437     }
 438
 439     /**
 440      * Returns the value of field 'graphGroup'.
 441      *
 442      * @return the value of field 'GraphGroup'.
 443      */
 444     public int getGraphGroup(
 445     ) {
 446         return this._graphGroup;
 447     }
 448
 449     /**
 450      * Returns the value of field 'graphHeight'. The field
 451      * 'graphHeight' has the following description: height in
 452      * pixels for the graph if this is a graph-type annotation.
 453      *
 454      * @return the value of field 'GraphHeight'.
 455      */
 456     public int getGraphHeight(
 457     ) {
 458         return this._graphHeight;
 459     }
 460
 461     /**
 462      * Returns the value of field 'graphType'.
 463      *
 464      * @return the value of field 'GraphType'.
 465      */
 466     public int getGraphType(
 467     ) {
 468         return this._graphType;
 469     }
 470
 471     /**
 472      * Returns the value of field 'groupRef'.
 473      *
 474      * @return the value of field 'GroupRef'.
 475      */
 476     public java.lang.String getGroupRef(
 477     ) {
 478         return this._groupRef;
 479     }
 480
 481     /**
 482      * Returns the value of field 'id'.
 483      *
 484      * @return the value of field 'Id'.
 485      */
 486     public java.lang.String getId(
 487     ) {
 488         return this._id;
 489     }
 490
 491     /**
 492      * Returns the value of field 'label'.
 493      *
 494      * @return the value of field 'Label'.
 495      */
 496     public java.lang.String getLabel(
 497     ) {
 498         return this._label;
 499     }
 500
 501     /**
 502      * Returns the value of field 'scaleColLabels'.
 503      *
 504      * @return the value of field 'ScaleColLabels'.
 505      */
 506     public boolean getScaleColLabels(
 507     ) {
 508         return this._scaleColLabels;
 509     }
 510
 511     /**
 512      * Returns the value of field 'score'.
 513      *
 514      * @return the value of field 'Score'.
 515      */
 516     public double getScore(
 517     ) {
 518         return this._score;
 519     }
 520
 521     /**
 522      * Returns the value of field 'scoreOnly'.
 523      *
 524      * @return the value of field 'ScoreOnly'.
 525      */
 526     public boolean getScoreOnly(
 527     ) {
 528         return this._scoreOnly;
 529     }
 530
 531     /**
 532      * Returns the value of field 'sequenceRef'.
 533      *
 534      * @return the value of field 'SequenceRef'.
 535      */
 536     public java.lang.String getSequenceRef(
 537     ) {
 538         return this._sequenceRef;
 539     }
 540
 541     /**
 542      * Returns the value of field 'showAllColLabels'.
 543      *
 544      * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.
 545      */
 546     public boolean getShowAllColLabels(
 547     ) {
 548         return this._showAllColLabels;
 549     }
 550
 551     /**
 552      * Returns the value of field 'thresholdLine'.
 553      *
 554      * @return the value of field 'ThresholdLine'.
 555      */
 556     public jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine getThresholdLine(
 557     ) {
 558         return this._thresholdLine;
 559     }
 560
 561     /**
 562      * Returns the value of field 'visible'.
 563      *
 564      * @return the value of field 'Visible'.
 565      */
 566     public boolean getVisible(
 567     ) {
 568         return this._visible;
 569     }
 570
 571     /**
 572      * Method hasAutoCalculated.
 573      *
 574      * @return true if at least one AutoCalculated has been added
 575      */
 576     public boolean hasAutoCalculated(
 577     ) {
 578         return this._has_autoCalculated;
 579     }
 580
 581     /**
 582      * Method hasCentreColLabels.
 583      *
 584      * @return true if at least one CentreColLabels has been added
 585      */
 586     public boolean hasCentreColLabels(
 587     ) {
 588         return this._has_centreColLabels;
 589     }
 590
 591     /**
 592      * Method hasGraph.
 593      *
 594      * @return true if at least one Graph has been added
 595      */
 596     public boolean hasGraph(
 597     ) {
 598         return this._has_graph;
 599     }
 600
 601     /**
 602      * Method hasGraphColour.
 603      *
 604      * @return true if at least one GraphColour has been added
 605      */
 606     public boolean hasGraphColour(
 607     ) {
 608         return this._has_graphColour;
 609     }
 610
 611     /**
 612      * Method hasGraphGroup.
 613      *
 614      * @return true if at least one GraphGroup has been added
 615      */
 616     public boolean hasGraphGroup(
 617     ) {
 618         return this._has_graphGroup;
 619     }
 620
 621     /**
 622      * Method hasGraphHeight.
 623      *
 624      * @return true if at least one GraphHeight has been added
 625      */
 626     public boolean hasGraphHeight(
 627     ) {
 628         return this._has_graphHeight;
 629     }
 630
 631     /**
 632      * Method hasGraphType.
 633      *
 634      * @return true if at least one GraphType has been added
 635      */
 636     public boolean hasGraphType(
 637     ) {
 638         return this._has_graphType;
 639     }
 640
 641     /**
 642      * Method hasScaleColLabels.
 643      *
 644      * @return true if at least one ScaleColLabels has been added
 645      */
 646     public boolean hasScaleColLabels(
 647     ) {
 648         return this._has_scaleColLabels;
 649     }
 650
 651     /**
 652      * Method hasScore.
 653      *
 654      * @return true if at least one Score has been added
 655      */
 656     public boolean hasScore(
 657     ) {
 658         return this._has_score;
 659     }
 660
 661     /**
 662      * Method hasScoreOnly.
 663      *
 664      * @return true if at least one ScoreOnly has been added
 665      */
 666     public boolean hasScoreOnly(
 667     ) {
 668         return this._has_scoreOnly;
 669     }
 670
 671     /**
 672      * Method hasShowAllColLabels.
 673      *
 674      * @return true if at least one ShowAllColLabels has been added
 675      */
 676     public boolean hasShowAllColLabels(
 677     ) {
 678         return this._has_showAllColLabels;
 679     }
 680
 681     /**
 682      * Method hasVisible.
 683      *
 684      * @return true if at least one Visible has been added
 685      */
 686     public boolean hasVisible(
 687     ) {
 688         return this._has_visible;
 689     }
 690
 691     /**
 692      * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field
 693      * 'autoCalculated' has the following description: is an
 694      * autocalculated annotation row
 695      *
 696      * @return the value of field 'AutoCalculated'.
 697      */
 698     public boolean isAutoCalculated(
 699     ) {
 700         return this._autoCalculated;
 701     }
 702
 703     /**
 704      * Returns the value of field 'centreColLabels'.
 705      *
 706      * @return the value of field 'CentreColLabels'.
 707      */
 708     public boolean isCentreColLabels(
 709     ) {
 710         return this._centreColLabels;
 711     }
 712
 713     /**
 714      * Returns the value of field 'graph'.
 715      *
 716      * @return the value of field 'Graph'.
 717      */
 718     public boolean isGraph(
 719     ) {
 720         return this._graph;
 721     }
 722
 723     /**
 724      * Returns the value of field 'scaleColLabels'.
 725      *
 726      * @return the value of field 'ScaleColLabels'.
 727      */
 728     public boolean isScaleColLabels(
 729     ) {
 730         return this._scaleColLabels;
 731     }
 732
 733     /**
 734      * Returns the value of field 'scoreOnly'.
 735      *
 736      * @return the value of field 'ScoreOnly'.
 737      */
 738     public boolean isScoreOnly(
 739     ) {
 740         return this._scoreOnly;
 741     }
 742
 743     /**
 744      * Returns the value of field 'showAllColLabels'.
 745      *
 746      * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.
 747      */
 748     public boolean isShowAllColLabels(
 749     ) {
 750         return this._showAllColLabels;
 751     }
 752
 753     /**
 754      * Method isValid.
 755      *
 756      * @return true if this object is valid according to the schema
 757      */
 758     public boolean isValid(
 759     ) {
 760         try {
 761             validate();
 762         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 763             return false;
 764         }
 765         return true;
 766     }
 767
 768     /**
 769      * Returns the value of field 'visible'.
 770      *
 771      * @return the value of field 'Visible'.
 772      */
 773     public boolean isVisible(
 774     ) {
 775         return this._visible;
 776     }
 777
 778     /**
 779      *
 780      *
 781      * @param out
 782      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 783      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 784      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 785      * object is an invalid instance according to the schema
 786      */
 787     public void marshal(
 788             final java.io.Writer out)
 789     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 790         Marshaller.marshal(this, out);
 791     }
 792
 793     /**
 794      *
 795      *
 796      * @param handler
 797      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 798      * marshaling
 799      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 800      * object is an invalid instance according to the schema
 801      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 802      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 803      */
 804     public void marshal(
 805             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 806     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 807         Marshaller.marshal(this, handler);
 808     }
 809
 810     /**
 811      */
 812     public void removeAllAnnotationElement(
 813     ) {
 814         this._annotationElementList.clear();
 815     }
 816
 817     /**
 818      * Method removeAnnotationElement.
 819      *
 820      * @param vAnnotationElement
 821      * @return true if the object was removed from the collection.
 822      */
 823     public boolean removeAnnotationElement(
 824             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement) {
 825         boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);
 826         return removed;
 827     }
 828
 829     /**
 830      * Method removeAnnotationElementAt.
 831      *
 832      * @param index
 833      * @return the element removed from the collection
 834      */
 835     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(
 836             final int index) {
 837         java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);
 838         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) obj;
 839     }
 840
 841     /**
 842      *
 843      *
 844      * @param index
 845      * @param vAnnotationElement
 846      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 847      * given is outside the bounds of the collection
 848      */
 849     public void setAnnotationElement(
 850             final int index,
 851             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)
 852     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 853         // check bounds for index
 854         if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {
 855             throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
 856         }
 857
 858         this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);
 859     }
 860
 861     /**
 862      *
 863      *
 864      * @param vAnnotationElementArray
 865      */
 866     public void setAnnotationElement(
 867             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray) {
 868         //-- copy array
 869         _annotationElementList.clear();
 870
 871         for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++) {
 872                 this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);
 873         }
 874     }
 875
 876     /**
 877      * Sets the value of field 'autoCalculated'. The field
 878      * 'autoCalculated' has the following description: is an
 879      * autocalculated annotation row
 880      *
 881      * @param autoCalculated the value of field 'autoCalculated'.
 882      */
 883     public void setAutoCalculated(
 884             final boolean autoCalculated) {
 885         this._autoCalculated = autoCalculated;
 886         this._has_autoCalculated = true;
 887     }
 888
 889     /**
 890      * Sets the value of field 'centreColLabels'.
 891      *
 892      * @param centreColLabels the value of field 'centreColLabels'.
 893      */
 894     public void setCentreColLabels(
 895             final boolean centreColLabels) {
 896         this._centreColLabels = centreColLabels;
 897         this._has_centreColLabels = true;
 898     }
 899
 900     /**
 901      * Sets the value of field 'description'.
 902      *
 903      * @param description the value of field 'description'.
 904      */
 905     public void setDescription(
 906             final java.lang.String description) {
 907         this._description = description;
 908     }
 909
 910     /**
 911      * Sets the value of field 'graph'.
 912      *
 913      * @param graph the value of field 'graph'.
 914      */
 915     public void setGraph(
 916             final boolean graph) {
 917         this._graph = graph;
 918         this._has_graph = true;
 919     }
 920
 921     /**
 922      * Sets the value of field 'graphColour'.
 923      *
 924      * @param graphColour the value of field 'graphColour'.
 925      */
 926     public void setGraphColour(
 927             final int graphColour) {
 928         this._graphColour = graphColour;
 929         this._has_graphColour = true;
 930     }
 931
 932     /**
 933      * Sets the value of field 'graphGroup'.
 934      *
 935      * @param graphGroup the value of field 'graphGroup'.
 936      */
 937     public void setGraphGroup(
 938             final int graphGroup) {
 939         this._graphGroup = graphGroup;
 940         this._has_graphGroup = true;
 941     }
 942
 943     /**
 944      * Sets the value of field 'graphHeight'. The field
 945      * 'graphHeight' has the following description: height in
 946      * pixels for the graph if this is a graph-type annotation.
 947      *
 948      * @param graphHeight the value of field 'graphHeight'.
 949      */
 950     public void setGraphHeight(
 951             final int graphHeight) {
 952         this._graphHeight = graphHeight;
 953         this._has_graphHeight = true;
 954     }
 955
 956     /**
 957      * Sets the value of field 'graphType'.
 958      *
 959      * @param graphType the value of field 'graphType'.
 960      */
 961     public void setGraphType(
 962             final int graphType) {
 963         this._graphType = graphType;
 964         this._has_graphType = true;
 965     }
 966
 967     /**
 968      * Sets the value of field 'groupRef'.
 969      *
 970      * @param groupRef the value of field 'groupRef'.
 971      */
 972     public void setGroupRef(
 973             final java.lang.String groupRef) {
 974         this._groupRef = groupRef;
 975     }
 976
 977     /**
 978      * Sets the value of field 'id'.
 979      *
 980      * @param id the value of field 'id'.
 981      */
 982     public void setId(
 983             final java.lang.String id) {
 984         this._id = id;
 985     }
 986
 987     /**
 988      * Sets the value of field 'label'.
 989      *
 990      * @param label the value of field 'label'.
 991      */
 992     public void setLabel(
 993             final java.lang.String label) {
 994         this._label = label;
 995     }
 996
 997     /**
 998      * Sets the value of field 'scaleColLabels'.
 999      *
1000      * @param scaleColLabels the value of field 'scaleColLabels'.
1001      */
1002     public void setScaleColLabels(
1003             final boolean scaleColLabels) {
1004         this._scaleColLabels = scaleColLabels;
1005         this._has_scaleColLabels = true;
1006     }
1007
1008     /**
1009      * Sets the value of field 'score'.
1010      *
1011      * @param score the value of field 'score'.
1012      */
1013     public void setScore(
1014             final double score) {
1015         this._score = score;
1016         this._has_score = true;
1017     }
1018
1019     /**
1020      * Sets the value of field 'scoreOnly'.
1021      *
1022      * @param scoreOnly the value of field 'scoreOnly'.
1023      */
1024     public void setScoreOnly(
1025             final boolean scoreOnly) {
1026         this._scoreOnly = scoreOnly;
1027         this._has_scoreOnly = true;
1028     }
1029
1030     /**
1031      * Sets the value of field 'sequenceRef'.
1032      *
1033      * @param sequenceRef the value of field 'sequenceRef'.
1034      */
1035     public void setSequenceRef(
1036             final java.lang.String sequenceRef) {
1037         this._sequenceRef = sequenceRef;
1038     }
1039
1040     /**
1041      * Sets the value of field 'showAllColLabels'.
1042      *
1043      * @param showAllColLabels the value of field 'showAllColLabels'
1044      */
1045     public void setShowAllColLabels(
1046             final boolean showAllColLabels) {
1047         this._showAllColLabels = showAllColLabels;
1048         this._has_showAllColLabels = true;
1049     }
1050
1051     /**
1052      * Sets the value of field 'thresholdLine'.
1053      *
1054      * @param thresholdLine the value of field 'thresholdLine'.
1055      */
1056     public void setThresholdLine(
1057             final jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine thresholdLine) {
1058         this._thresholdLine = thresholdLine;
1059     }
1060
1061     /**
1062      * Sets the value of field 'visible'.
1063      *
1064      * @param visible the value of field 'visible'.
1065      */
1066     public void setVisible(
1067             final boolean visible) {
1068         this._visible = visible;
1069         this._has_visible = true;
1070     }
1071
1072     /**
1073      * Method unmarshal.
1074      *
1075      * @param reader
1076      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1077      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1078      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1079      * object is an invalid instance according to the schema
1080      * @return the unmarshaled
1081      * jalview.schemabinding.version2.Annotation
1082      */
1083     public static jalview.schemabinding.version2.Annotation unmarshal(
1084             final java.io.Reader reader)
1085     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1086         return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Annotation.class, reader);
1087     }
1088
1089     /**
1090      *
1091      *
1092      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1093      * object is an invalid instance according to the schema
1094      */
1095     public void validate(
1096     )
1097     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1098         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1099         validator.validate(this);
1100     }
1101
1102 }