src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.
  17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  ******************************************************************************/
  20 /*
  21  * This class was automatically generated with
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  23  * Schema.
  24  * $Id$
  25  */
  26
  27 package jalview.schemabinding.version2;
  28
  29 //---------------------------------/
  30 //- Imported classes and packages -/
  31 //---------------------------------/
  32
  33 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  34 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  35
  36 /**
  37  * Class JGroup.
  38  *
  39  * @version $Revision$ $Date$
  40  */
  41 public class JGroup implements java.io.Serializable
  42 {
  43
  44   // --------------------------/
  45   // - Class/Member Variables -/
  46   // --------------------------/
  47
  48   /**
  49    * Field _start.
  50    */
  51   private int _start;
  52
  53   /**
  54    * keeps track of state for field: _start
  55    */
  56   private boolean _has_start;
  57
  58   /**
  59    * Field _end.
  60    */
  61   private int _end;
  62
  63   /**
  64    * keeps track of state for field: _end
  65    */
  66   private boolean _has_end;
  67
  68   /**
  69    * Field _name.
  70    */
  71   private java.lang.String _name;
  72
  73   /**
  74    * Field _colour.
  75    */
  76   private java.lang.String _colour;
  77
  78   /**
  79    * Field _consThreshold.
  80    */
  81   private int _consThreshold;
  82
  83   /**
  84    * keeps track of state for field: _consThreshold
  85    */
  86   private boolean _has_consThreshold;
  87
  88   /**
  89    * Field _pidThreshold.
  90    */
  91   private int _pidThreshold;
  92
  93   /**
  94    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  95    */
  96   private boolean _has_pidThreshold;
  97
  98   /**
  99    * Field _outlineColour.
 100    */
 101   private int _outlineColour;
 102
 103   /**
 104    * keeps track of state for field: _outlineColour
 105    */
 106   private boolean _has_outlineColour;
 107
 108   /**
 109    * Field _displayBoxes.
 110    */
 111   private boolean _displayBoxes;
 112
 113   /**
 114    * keeps track of state for field: _displayBoxes
 115    */
 116   private boolean _has_displayBoxes;
 117
 118   /**
 119    * Field _displayText.
 120    */
 121   private boolean _displayText;
 122
 123   /**
 124    * keeps track of state for field: _displayText
 125    */
 126   private boolean _has_displayText;
 127
 128   /**
 129    * Field _colourText.
 130    */
 131   private boolean _colourText;
 132
 133   /**
 134    * keeps track of state for field: _colourText
 135    */
 136   private boolean _has_colourText;
 137
 138   /**
 139    * Field _textCol1.
 140    */
 141   private int _textCol1;
 142
 143   /**
 144    * keeps track of state for field: _textCol1
 145    */
 146   private boolean _has_textCol1;
 147
 148   /**
 149    * Field _textCol2.
 150    */
 151   private int _textCol2;
 152
 153   /**
 154    * keeps track of state for field: _textCol2
 155    */
 156   private boolean _has_textCol2;
 157
 158   /**
 159    * Field _textColThreshold.
 160    */
 161   private int _textColThreshold;
 162
 163   /**
 164    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 165    */
 166   private boolean _has_textColThreshold;
 167
 168   /**
 169    * Field _showUnconserved.
 170    */
 171   private boolean _showUnconserved;
 172
 173   /**
 174    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 175    */
 176   private boolean _has_showUnconserved;
 177
 178   /**
 179    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 180    */
 181   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 182
 183   /**
 184    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 185    */
 186   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 187
 188   /**
 189    * Field _showConsensusHistogram.
 190    */
 191   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 192
 193   /**
 194    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 195    */
 196   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 197
 198   /**
 199    * Field _showSequenceLogo.
 200    */
 201   private boolean _showSequenceLogo = false;
 202
 203   /**
 204    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 205    */
 206   private boolean _has_showSequenceLogo;
 207
 208   /**
 209    * Field _normaliseSequenceLogo.
 210    */
 211   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 212
 213   /**
 214    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 215    */
 216   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 217
 218   /**
 219    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
 220    *
 221    */
 222   private java.lang.String _id;
 223
 224   /**
 225    * Field _seqList.
 226    */
 227   private java.util.Vector _seqList;
 228
 229   // ----------------/
 230   // - Constructors -/
 231   // ----------------/
 232
 233   public JGroup()
 234   {
 235     super();
 236     this._seqList = new java.util.Vector();
 237   }
 238
 239   // -----------/
 240   // - Methods -/
 241   // -----------/
 242
 243   /**
 244    *
 245    *
 246    * @param vSeq
 247    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 248    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 249    */
 250   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)
 251           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 252   {
 253     this._seqList.addElement(vSeq);
 254   }
 255
 256   /**
 257    *
 258    *
 259    * @param index
 260    * @param vSeq
 261    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 262    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 263    */
 264   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
 265           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 266   {
 267     this._seqList.add(index, vSeq);
 268   }
 269
 270   /**
 271      */
 272   public void deleteColourText()
 273   {
 274     this._has_colourText = false;
 275   }
 276
 277   /**
 278      */
 279   public void deleteConsThreshold()
 280   {
 281     this._has_consThreshold = false;
 282   }
 283
 284   /**
 285      */
 286   public void deleteDisplayBoxes()
 287   {
 288     this._has_displayBoxes = false;
 289   }
 290
 291   /**
 292      */
 293   public void deleteDisplayText()
 294   {
 295     this._has_displayText = false;
 296   }
 297
 298   /**
 299      */
 300   public void deleteEnd()
 301   {
 302     this._has_end = false;
 303   }
 304
 305   /**
 306      */
 307   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 308   {
 309     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 310   }
 311
 312   /**
 313      */
 314   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 315   {
 316     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 317   }
 318
 319   /**
 320      */
 321   public void deleteOutlineColour()
 322   {
 323     this._has_outlineColour = false;
 324   }
 325
 326   /**
 327      */
 328   public void deletePidThreshold()
 329   {
 330     this._has_pidThreshold = false;
 331   }
 332
 333   /**
 334      */
 335   public void deleteShowConsensusHistogram()
 336   {
 337     this._has_showConsensusHistogram = false;
 338   }
 339
 340   /**
 341      */
 342   public void deleteShowSequenceLogo()
 343   {
 344     this._has_showSequenceLogo = false;
 345   }
 346
 347   /**
 348      */
 349   public void deleteShowUnconserved()
 350   {
 351     this._has_showUnconserved = false;
 352   }
 353
 354   /**
 355      */
 356   public void deleteStart()
 357   {
 358     this._has_start = false;
 359   }
 360
 361   /**
 362      */
 363   public void deleteTextCol1()
 364   {
 365     this._has_textCol1 = false;
 366   }
 367
 368   /**
 369      */
 370   public void deleteTextCol2()
 371   {
 372     this._has_textCol2 = false;
 373   }
 374
 375   /**
 376      */
 377   public void deleteTextColThreshold()
 378   {
 379     this._has_textColThreshold = false;
 380   }
 381
 382   /**
 383    * Method enumerateSeq.
 384    *
 385    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 386    */
 387   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 388   {
 389     return this._seqList.elements();
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Returns the value of field 'colour'.
 394    *
 395    * @return the value of field 'Colour'.
 396    */
 397   public java.lang.String getColour()
 398   {
 399     return this._colour;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Returns the value of field 'colourText'.
 404    *
 405    * @return the value of field 'ColourText'.
 406    */
 407   public boolean getColourText()
 408   {
 409     return this._colourText;
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 414    *
 415    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 416    */
 417   public int getConsThreshold()
 418   {
 419     return this._consThreshold;
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 424    *
 425    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 426    */
 427   public boolean getDisplayBoxes()
 428   {
 429     return this._displayBoxes;
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Returns the value of field 'displayText'.
 434    *
 435    * @return the value of field 'DisplayText'.
 436    */
 437   public boolean getDisplayText()
 438   {
 439     return this._displayText;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Returns the value of field 'end'.
 444    *
 445    * @return the value of field 'End'.
 446    */
 447   public int getEnd()
 448   {
 449     return this._end;
 450   }
 451
 452   /**
 453    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
 454    * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 455    * alignment)
 456    *
 457    *
 458    * @return the value of field 'Id'.
 459    */
 460   public java.lang.String getId()
 461   {
 462     return this._id;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 467    *
 468    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 469    */
 470   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
 471   {
 472     return this._ignoreGapsinConsensus;
 473   }
 474
 475   /**
 476    * Returns the value of field 'name'.
 477    *
 478    * @return the value of field 'Name'.
 479    */
 480   public java.lang.String getName()
 481   {
 482     return this._name;
 483   }
 484
 485   /**
 486    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 487    *
 488    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 489    */
 490   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
 491   {
 492     return this._normaliseSequenceLogo;
 493   }
 494
 495   /**
 496    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 497    *
 498    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 499    */
 500   public int getOutlineColour()
 501   {
 502     return this._outlineColour;
 503   }
 504
 505   /**
 506    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 507    *
 508    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 509    */
 510   public int getPidThreshold()
 511   {
 512     return this._pidThreshold;
 513   }
 514
 515   /**
 516    * Method getSeq.
 517    *
 518    * @param index
 519    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 520    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 521    * @return the value of the java.lang.String at the given index
 522    */
 523   public java.lang.String getSeq(final int index)
 524           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 525   {
 526     // check bounds for index
 527     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 528     {
 529       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
 530               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 531     }
 532
 533     return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 534   }
 535
 536   /**
 537    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 538    * <p>
 539    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 540    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 541    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 542    *
 543    * @return this collection as an Array
 544    */
 545   public java.lang.String[] getSeq()
 546   {
 547     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 548     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Method getSeqCount.
 553    *
 554    * @return the size of this collection
 555    */
 556   public int getSeqCount()
 557   {
 558     return this._seqList.size();
 559   }
 560
 561   /**
 562    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 563    *
 564    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 565    */
 566   public boolean getShowConsensusHistogram()
 567   {
 568     return this._showConsensusHistogram;
 569   }
 570
 571   /**
 572    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 573    *
 574    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 575    */
 576   public boolean getShowSequenceLogo()
 577   {
 578     return this._showSequenceLogo;
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 583    *
 584    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 585    */
 586   public boolean getShowUnconserved()
 587   {
 588     return this._showUnconserved;
 589   }
 590
 591   /**
 592    * Returns the value of field 'start'.
 593    *
 594    * @return the value of field 'Start'.
 595    */
 596   public int getStart()
 597   {
 598     return this._start;
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Returns the value of field 'textCol1'.
 603    *
 604    * @return the value of field 'TextCol1'.
 605    */
 606   public int getTextCol1()
 607   {
 608     return this._textCol1;
 609   }
 610
 611   /**
 612    * Returns the value of field 'textCol2'.
 613    *
 614    * @return the value of field 'TextCol2'.
 615    */
 616   public int getTextCol2()
 617   {
 618     return this._textCol2;
 619   }
 620
 621   /**
 622    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 623    *
 624    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 625    */
 626   public int getTextColThreshold()
 627   {
 628     return this._textColThreshold;
 629   }
 630
 631   /**
 632    * Method hasColourText.
 633    *
 634    * @return true if at least one ColourText has been added
 635    */
 636   public boolean hasColourText()
 637   {
 638     return this._has_colourText;
 639   }
 640
 641   /**
 642    * Method hasConsThreshold.
 643    *
 644    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 645    */
 646   public boolean hasConsThreshold()
 647   {
 648     return this._has_consThreshold;
 649   }
 650
 651   /**
 652    * Method hasDisplayBoxes.
 653    *
 654    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 655    */
 656   public boolean hasDisplayBoxes()
 657   {
 658     return this._has_displayBoxes;
 659   }
 660
 661   /**
 662    * Method hasDisplayText.
 663    *
 664    * @return true if at least one DisplayText has been added
 665    */
 666   public boolean hasDisplayText()
 667   {
 668     return this._has_displayText;
 669   }
 670
 671   /**
 672    * Method hasEnd.
 673    *
 674    * @return true if at least one End has been added
 675    */
 676   public boolean hasEnd()
 677   {
 678     return this._has_end;
 679   }
 680
 681   /**
 682    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 683    *
 684    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
 685    */
 686   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
 687   {
 688     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 689   }
 690
 691   /**
 692    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 693    *
 694    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
 695    */
 696   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
 697   {
 698     return this._has_normaliseSequenceLogo;
 699   }
 700
 701   /**
 702    * Method hasOutlineColour.
 703    *
 704    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 705    */
 706   public boolean hasOutlineColour()
 707   {
 708     return this._has_outlineColour;
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Method hasPidThreshold.
 713    *
 714    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 715    */
 716   public boolean hasPidThreshold()
 717   {
 718     return this._has_pidThreshold;
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Method hasShowConsensusHistogram.
 723    *
 724    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
 725    */
 726   public boolean hasShowConsensusHistogram()
 727   {
 728     return this._has_showConsensusHistogram;
 729   }
 730
 731   /**
 732    * Method hasShowSequenceLogo.
 733    *
 734    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 735    */
 736   public boolean hasShowSequenceLogo()
 737   {
 738     return this._has_showSequenceLogo;
 739   }
 740
 741   /**
 742    * Method hasShowUnconserved.
 743    *
 744    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 745    */
 746   public boolean hasShowUnconserved()
 747   {
 748     return this._has_showUnconserved;
 749   }
 750
 751   /**
 752    * Method hasStart.
 753    *
 754    * @return true if at least one Start has been added
 755    */
 756   public boolean hasStart()
 757   {
 758     return this._has_start;
 759   }
 760
 761   /**
 762    * Method hasTextCol1.
 763    *
 764    * @return true if at least one TextCol1 has been added
 765    */
 766   public boolean hasTextCol1()
 767   {
 768     return this._has_textCol1;
 769   }
 770
 771   /**
 772    * Method hasTextCol2.
 773    *
 774    * @return true if at least one TextCol2 has been added
 775    */
 776   public boolean hasTextCol2()
 777   {
 778     return this._has_textCol2;
 779   }
 780
 781   /**
 782    * Method hasTextColThreshold.
 783    *
 784    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 785    */
 786   public boolean hasTextColThreshold()
 787   {
 788     return this._has_textColThreshold;
 789   }
 790
 791   /**
 792    * Returns the value of field 'colourText'.
 793    *
 794    * @return the value of field 'ColourText'.
 795    */
 796   public boolean isColourText()
 797   {
 798     return this._colourText;
 799   }
 800
 801   /**
 802    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 803    *
 804    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 805    */
 806   public boolean isDisplayBoxes()
 807   {
 808     return this._displayBoxes;
 809   }
 810
 811   /**
 812    * Returns the value of field 'displayText'.
 813    *
 814    * @return the value of field 'DisplayText'.
 815    */
 816   public boolean isDisplayText()
 817   {
 818     return this._displayText;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 823    *
 824    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 825    */
 826   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
 827   {
 828     return this._ignoreGapsinConsensus;
 829   }
 830
 831   /**
 832    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 833    *
 834    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 835    */
 836   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 837   {
 838     return this._normaliseSequenceLogo;
 839   }
 840
 841   /**
 842    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 843    *
 844    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 845    */
 846   public boolean isShowConsensusHistogram()
 847   {
 848     return this._showConsensusHistogram;
 849   }
 850
 851   /**
 852    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 853    *
 854    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 855    */
 856   public boolean isShowSequenceLogo()
 857   {
 858     return this._showSequenceLogo;
 859   }
 860
 861   /**
 862    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 863    *
 864    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 865    */
 866   public boolean isShowUnconserved()
 867   {
 868     return this._showUnconserved;
 869   }
 870
 871   /**
 872    * Method isValid.
 873    *
 874    * @return true if this object is valid according to the schema
 875    */
 876   public boolean isValid()
 877   {
 878     try
 879     {
 880       validate();
 881     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 882     {
 883       return false;
 884     }
 885     return true;
 886   }
 887
 888   /**
 889    *
 890    *
 891    * @param out
 892    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 893    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 894    *           marshaling
 895    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 896    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 897    */
 898   public void marshal(final java.io.Writer out)
 899           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 900           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 901   {
 902     Marshaller.marshal(this, out);
 903   }
 904
 905   /**
 906    *
 907    *
 908    * @param handler
 909    * @throws java.io.IOException
 910    *           if an IOException occurs during marshaling
 911    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 912    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 913    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 914    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 915    *           marshaling
 916    */
 917   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 918           throws java.io.IOException,
 919           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 920           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 921   {
 922     Marshaller.marshal(this, handler);
 923   }
 924
 925   /**
 926      */
 927   public void removeAllSeq()
 928   {
 929     this._seqList.clear();
 930   }
 931
 932   /**
 933    * Method removeSeq.
 934    *
 935    * @param vSeq
 936    * @return true if the object was removed from the collection.
 937    */
 938   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)
 939   {
 940     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 941     return removed;
 942   }
 943
 944   /**
 945    * Method removeSeqAt.
 946    *
 947    * @param index
 948    * @return the element removed from the collection
 949    */
 950   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)
 951   {
 952     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 953     return (java.lang.String) obj;
 954   }
 955
 956   /**
 957    * Sets the value of field 'colour'.
 958    *
 959    * @param colour
 960    *          the value of field 'colour'.
 961    */
 962   public void setColour(final java.lang.String colour)
 963   {
 964     this._colour = colour;
 965   }
 966
 967   /**
 968    * Sets the value of field 'colourText'.
 969    *
 970    * @param colourText
 971    *          the value of field 'colourText'.
 972    */
 973   public void setColourText(final boolean colourText)
 974   {
 975     this._colourText = colourText;
 976     this._has_colourText = true;
 977   }
 978
 979   /**
 980    * Sets the value of field 'consThreshold'.
 981    *
 982    * @param consThreshold
 983    *          the value of field 'consThreshold'.
 984    */
 985   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
 986   {
 987     this._consThreshold = consThreshold;
 988     this._has_consThreshold = true;
 989   }
 990
 991   /**
 992    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 993    *
 994    * @param displayBoxes
 995    *          the value of field 'displayBoxes'.
 996    */
 997   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
 998   {
 999     this._displayBoxes = displayBoxes;
1000     this._has_displayBoxes = true;
1001   }
1002
1003   /**
1004    * Sets the value of field 'displayText'.
1005    *
1006    * @param displayText
1007    *          the value of field 'displayText'.
1008    */
1009   public void setDisplayText(final boolean displayText)
1010   {
1011     this._displayText = displayText;
1012     this._has_displayText = true;
1013   }
1014
1015   /**
1016    * Sets the value of field 'end'.
1017    *
1018    * @param end
1019    *          the value of field 'end'.
1020    */
1021   public void setEnd(final int end)
1022   {
1023     this._end = end;
1024     this._has_end = true;
1025   }
1026
1027   /**
1028    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
1029    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
1030    *
1031    *
1032    * @param id
1033    *          the value of field 'id'.
1034    */
1035   public void setId(final java.lang.String id)
1036   {
1037     this._id = id;
1038   }
1039
1040   /**
1041    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1042    *
1043    * @param ignoreGapsinConsensus
1044    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1045    */
1046   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
1047   {
1048     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1049     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1050   }
1051
1052   /**
1053    * Sets the value of field 'name'.
1054    *
1055    * @param name
1056    *          the value of field 'name'.
1057    */
1058   public void setName(final java.lang.String name)
1059   {
1060     this._name = name;
1061   }
1062
1063   /**
1064    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1065    *
1066    * @param normaliseSequenceLogo
1067    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1068    */
1069   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
1070   {
1071     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1072     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1073   }
1074
1075   /**
1076    * Sets the value of field 'outlineColour'.
1077    *
1078    * @param outlineColour
1079    *          the value of field 'outlineColour'.
1080    */
1081   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
1082   {
1083     this._outlineColour = outlineColour;
1084     this._has_outlineColour = true;
1085   }
1086
1087   /**
1088    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1089    *
1090    * @param pidThreshold
1091    *          the value of field 'pidThreshold'.
1092    */
1093   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1094   {
1095     this._pidThreshold = pidThreshold;
1096     this._has_pidThreshold = true;
1097   }
1098
1099   /**
1100    *
1101    *
1102    * @param index
1103    * @param vSeq
1104    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1105    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1106    */
1107   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
1108           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1109   {
1110     // check bounds for index
1111     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
1112     {
1113       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
1114               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1115     }
1116
1117     this._seqList.set(index, vSeq);
1118   }
1119
1120   /**
1121    *
1122    *
1123    * @param vSeqArray
1124    */
1125   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)
1126   {
1127     // -- copy array
1128     _seqList.clear();
1129
1130     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
1131     {
1132       this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1133     }
1134   }
1135
1136   /**
1137    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1138    *
1139    * @param showConsensusHistogram
1140    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
1141    */
1142   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
1143   {
1144     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1145     this._has_showConsensusHistogram = true;
1146   }
1147
1148   /**
1149    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1150    *
1151    * @param showSequenceLogo
1152    *          the value of field 'showSequenceLogo'
1153    */
1154   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
1155   {
1156     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1157     this._has_showSequenceLogo = true;
1158   }
1159
1160   /**
1161    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1162    *
1163    * @param showUnconserved
1164    *          the value of field 'showUnconserved'.
1165    */
1166   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
1167   {
1168     this._showUnconserved = showUnconserved;
1169     this._has_showUnconserved = true;
1170   }
1171
1172   /**
1173    * Sets the value of field 'start'.
1174    *
1175    * @param start
1176    *          the value of field 'start'.
1177    */
1178   public void setStart(final int start)
1179   {
1180     this._start = start;
1181     this._has_start = true;
1182   }
1183
1184   /**
1185    * Sets the value of field 'textCol1'.
1186    *
1187    * @param textCol1
1188    *          the value of field 'textCol1'.
1189    */
1190   public void setTextCol1(final int textCol1)
1191   {
1192     this._textCol1 = textCol1;
1193     this._has_textCol1 = true;
1194   }
1195
1196   /**
1197    * Sets the value of field 'textCol2'.
1198    *
1199    * @param textCol2
1200    *          the value of field 'textCol2'.
1201    */
1202   public void setTextCol2(final int textCol2)
1203   {
1204     this._textCol2 = textCol2;
1205     this._has_textCol2 = true;
1206   }
1207
1208   /**
1209    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1210    *
1211    * @param textColThreshold
1212    *          the value of field 'textColThreshold'
1213    */
1214   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
1215   {
1216     this._textColThreshold = textColThreshold;
1217     this._has_textColThreshold = true;
1218   }
1219
1220   /**
1221    * Method unmarshal.
1222    *
1223    * @param reader
1224    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1225    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1226    *           marshaling
1227    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1228    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1229    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1230    */
1231   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1232           final java.io.Reader reader)
1233           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1234           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1235   {
1236     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
1237             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1238   }
1239
1240   /**
1241    *
1242    *
1243    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1244    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1245    */
1246   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1247   {
1248     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1249     validator.validate(this);
1250   }
1251
1252 }