src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class JGroup.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _start.\r
  31      */\r
  32     private int _start;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _start\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_start;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _end.\r
  41      */\r
  42     private int _end;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _end\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_end;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _name.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _name;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _colour.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _colour;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _consThreshold.\r
  61      */\r
  62     private int _consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  66      */\r
  67     private boolean _has_consThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Field _pidThreshold.\r
  71      */\r
  72     private int _pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  76      */\r
  77     private boolean _has_pidThreshold;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _outlineColour.\r
  81      */\r
  82     private int _outlineColour;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_outlineColour;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _displayBoxes.\r
  91      */\r
  92     private boolean _displayBoxes;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_displayBoxes;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _displayText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _displayText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _displayText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_displayText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _colourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _colourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _colourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_colourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _textCol1.\r
 121      */\r
 122     private int _textCol1;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_textCol1;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _textCol2.\r
 131      */\r
 132     private int _textCol2;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_textCol2;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _textColThreshold.\r
 141      */\r
 142     private int _textColThreshold;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_textColThreshold;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _seqList.\r
 151      */\r
 152     private java.util.Vector _seqList;\r
 153 \r
 154 \r
 155       //----------------/\r
 156      //- Constructors -/\r
 157     //----------------/\r
 158 \r
 159     public JGroup() {\r
 160         super();\r
 161         this._seqList = new java.util.Vector();\r
 162     }\r
 163 \r
 164 \r
 165       //-----------/\r
 166      //- Methods -/\r
 167     //-----------/\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * \r
 171      * \r
 172      * @param vSeq\r
 173      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 174      * given is outside the bounds of the collection\r
 175      */\r
 176     public void addSeq(\r
 177             final int vSeq)\r
 178     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 179         this._seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));\r
 180     }\r
 181 \r
 182     /**\r
 183      * \r
 184      * \r
 185      * @param index\r
 186      * @param vSeq\r
 187      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 188      * given is outside the bounds of the collection\r
 189      */\r
 190     public void addSeq(\r
 191             final int index,\r
 192             final int vSeq)\r
 193     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 194         this._seqList.add(index, new java.lang.Integer(vSeq));\r
 195     }\r
 196 \r
 197     /**\r
 198      */\r
 199     public void deleteColourText(\r
 200     ) {\r
 201         this._has_colourText= false;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     /**\r
 205      */\r
 206     public void deleteConsThreshold(\r
 207     ) {\r
 208         this._has_consThreshold= false;\r
 209     }\r
 210 \r
 211     /**\r
 212      */\r
 213     public void deleteDisplayBoxes(\r
 214     ) {\r
 215         this._has_displayBoxes= false;\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      */\r
 220     public void deleteDisplayText(\r
 221     ) {\r
 222         this._has_displayText= false;\r
 223     }\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      */\r
 227     public void deleteEnd(\r
 228     ) {\r
 229         this._has_end= false;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     /**\r
 233      */\r
 234     public void deleteOutlineColour(\r
 235     ) {\r
 236         this._has_outlineColour= false;\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      */\r
 241     public void deletePidThreshold(\r
 242     ) {\r
 243         this._has_pidThreshold= false;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      */\r
 248     public void deleteStart(\r
 249     ) {\r
 250         this._has_start= false;\r
 251     }\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      */\r
 255     public void deleteTextCol1(\r
 256     ) {\r
 257         this._has_textCol1= false;\r
 258     }\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      */\r
 262     public void deleteTextCol2(\r
 263     ) {\r
 264         this._has_textCol2= false;\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      */\r
 269     public void deleteTextColThreshold(\r
 270     ) {\r
 271         this._has_textColThreshold= false;\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * Method enumerateSeq.\r
 276      * \r
 277      * @return an Enumeration over all int elements\r
 278      */\r
 279     public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
 280     ) {\r
 281         return this._seqList.elements();\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * Returns the value of field 'colour'.\r
 286      * \r
 287      * @return the value of field 'Colour'.\r
 288      */\r
 289     public java.lang.String getColour(\r
 290     ) {\r
 291         return this._colour;\r
 292     }\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 296      * \r
 297      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 298      */\r
 299     public boolean getColourText(\r
 300     ) {\r
 301         return this._colourText;\r
 302     }\r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 306      * \r
 307      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 308      */\r
 309     public int getConsThreshold(\r
 310     ) {\r
 311         return this._consThreshold;\r
 312     }\r
 313 \r
 314     /**\r
 315      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 316      * \r
 317      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 318      */\r
 319     public boolean getDisplayBoxes(\r
 320     ) {\r
 321         return this._displayBoxes;\r
 322     }\r
 323 \r
 324     /**\r
 325      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 326      * \r
 327      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 328      */\r
 329     public boolean getDisplayText(\r
 330     ) {\r
 331         return this._displayText;\r
 332     }\r
 333 \r
 334     /**\r
 335      * Returns the value of field 'end'.\r
 336      * \r
 337      * @return the value of field 'End'.\r
 338      */\r
 339     public int getEnd(\r
 340     ) {\r
 341         return this._end;\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * Returns the value of field 'name'.\r
 346      * \r
 347      * @return the value of field 'Name'.\r
 348      */\r
 349     public java.lang.String getName(\r
 350     ) {\r
 351         return this._name;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 356      * \r
 357      * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
 358      */\r
 359     public int getOutlineColour(\r
 360     ) {\r
 361         return this._outlineColour;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 366      * \r
 367      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 368      */\r
 369     public int getPidThreshold(\r
 370     ) {\r
 371         return this._pidThreshold;\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * Method getSeq.\r
 376      * \r
 377      * @param index\r
 378      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 379      * given is outside the bounds of the collection\r
 380      * @return the value of the int at the given index\r
 381      */\r
 382     public int getSeq(\r
 383             final int index)\r
 384     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 385         // check bounds for index\r
 386         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 387             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 388         }\r
 389         \r
 390         return ((java.lang.Integer) _seqList.get(index)).intValue();\r
 391     }\r
 392 \r
 393     /**\r
 394      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
 395      * Array.  \r
 396      * \r
 397      * @return this collection as an Array\r
 398      */\r
 399     public int[] getSeq(\r
 400     ) {\r
 401         int size = this._seqList.size();\r
 402         int[] array = new int[size];\r
 403         java.util.Iterator iter = _seqList.iterator();\r
 404         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 405             array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
 406         }\r
 407         return array;\r
 408     }\r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * Method getSeqCount.\r
 412      * \r
 413      * @return the size of this collection\r
 414      */\r
 415     public int getSeqCount(\r
 416     ) {\r
 417         return this._seqList.size();\r
 418     }\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      * Returns the value of field 'start'.\r
 422      * \r
 423      * @return the value of field 'Start'.\r
 424      */\r
 425     public int getStart(\r
 426     ) {\r
 427         return this._start;\r
 428     }\r
 429 \r
 430     /**\r
 431      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 432      * \r
 433      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 434      */\r
 435     public int getTextCol1(\r
 436     ) {\r
 437         return this._textCol1;\r
 438     }\r
 439 \r
 440     /**\r
 441      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 442      * \r
 443      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 444      */\r
 445     public int getTextCol2(\r
 446     ) {\r
 447         return this._textCol2;\r
 448     }\r
 449 \r
 450     /**\r
 451      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 452      * \r
 453      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 454      */\r
 455     public int getTextColThreshold(\r
 456     ) {\r
 457         return this._textColThreshold;\r
 458     }\r
 459 \r
 460     /**\r
 461      * Method hasColourText.\r
 462      * \r
 463      * @return true if at least one ColourText has been added\r
 464      */\r
 465     public boolean hasColourText(\r
 466     ) {\r
 467         return this._has_colourText;\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * Method hasConsThreshold.\r
 472      * \r
 473      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 474      */\r
 475     public boolean hasConsThreshold(\r
 476     ) {\r
 477         return this._has_consThreshold;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     /**\r
 481      * Method hasDisplayBoxes.\r
 482      * \r
 483      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
 484      */\r
 485     public boolean hasDisplayBoxes(\r
 486     ) {\r
 487         return this._has_displayBoxes;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * Method hasDisplayText.\r
 492      * \r
 493      * @return true if at least one DisplayText has been added\r
 494      */\r
 495     public boolean hasDisplayText(\r
 496     ) {\r
 497         return this._has_displayText;\r
 498     }\r
 499 \r
 500     /**\r
 501      * Method hasEnd.\r
 502      * \r
 503      * @return true if at least one End has been added\r
 504      */\r
 505     public boolean hasEnd(\r
 506     ) {\r
 507         return this._has_end;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     /**\r
 511      * Method hasOutlineColour.\r
 512      * \r
 513      * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
 514      */\r
 515     public boolean hasOutlineColour(\r
 516     ) {\r
 517         return this._has_outlineColour;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     /**\r
 521      * Method hasPidThreshold.\r
 522      * \r
 523      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 524      */\r
 525     public boolean hasPidThreshold(\r
 526     ) {\r
 527         return this._has_pidThreshold;\r
 528     }\r
 529 \r
 530     /**\r
 531      * Method hasStart.\r
 532      * \r
 533      * @return true if at least one Start has been added\r
 534      */\r
 535     public boolean hasStart(\r
 536     ) {\r
 537         return this._has_start;\r
 538     }\r
 539 \r
 540     /**\r
 541      * Method hasTextCol1.\r
 542      * \r
 543      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
 544      */\r
 545     public boolean hasTextCol1(\r
 546     ) {\r
 547         return this._has_textCol1;\r
 548     }\r
 549 \r
 550     /**\r
 551      * Method hasTextCol2.\r
 552      * \r
 553      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
 554      */\r
 555     public boolean hasTextCol2(\r
 556     ) {\r
 557         return this._has_textCol2;\r
 558     }\r
 559 \r
 560     /**\r
 561      * Method hasTextColThreshold.\r
 562      * \r
 563      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
 564      */\r
 565     public boolean hasTextColThreshold(\r
 566     ) {\r
 567         return this._has_textColThreshold;\r
 568     }\r
 569 \r
 570     /**\r
 571      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 572      * \r
 573      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 574      */\r
 575     public boolean isColourText(\r
 576     ) {\r
 577         return this._colourText;\r
 578     }\r
 579 \r
 580     /**\r
 581      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 582      * \r
 583      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 584      */\r
 585     public boolean isDisplayBoxes(\r
 586     ) {\r
 587         return this._displayBoxes;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 592      * \r
 593      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 594      */\r
 595     public boolean isDisplayText(\r
 596     ) {\r
 597         return this._displayText;\r
 598     }\r
 599 \r
 600     /**\r
 601      * Method isValid.\r
 602      * \r
 603      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 604      */\r
 605     public boolean isValid(\r
 606     ) {\r
 607         try {\r
 608             validate();\r
 609         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 610             return false;\r
 611         }\r
 612         return true;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     /**\r
 616      * \r
 617      * \r
 618      * @param out\r
 619      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 620      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 621      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 622      * object is an invalid instance according to the schema\r
 623      */\r
 624     public void marshal(\r
 625             final java.io.Writer out)\r
 626     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 627         Marshaller.marshal(this, out);\r
 628     }\r
 629 \r
 630     /**\r
 631      * \r
 632      * \r
 633      * @param handler\r
 634      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 635      * marshaling\r
 636      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 637      * object is an invalid instance according to the schema\r
 638      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 639      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 640      */\r
 641     public void marshal(\r
 642             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 643     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 644         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 645     }\r
 646 \r
 647     /**\r
 648      */\r
 649     public void removeAllSeq(\r
 650     ) {\r
 651         this._seqList.clear();\r
 652     }\r
 653 \r
 654     /**\r
 655      * Method removeSeq.\r
 656      * \r
 657      * @param vSeq\r
 658      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 659      */\r
 660     public boolean removeSeq(\r
 661             final int vSeq) {\r
 662         boolean removed = _seqList.remove(new java.lang.Integer(vSeq));\r
 663         return removed;\r
 664     }\r
 665 \r
 666     /**\r
 667      * Method removeSeqAt.\r
 668      * \r
 669      * @param index\r
 670      * @return the element removed from the collection\r
 671      */\r
 672     public int removeSeqAt(\r
 673             final int index) {\r
 674         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
 675         return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 676     }\r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * Sets the value of field 'colour'.\r
 680      * \r
 681      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 682      */\r
 683     public void setColour(\r
 684             final java.lang.String colour) {\r
 685         this._colour = colour;\r
 686     }\r
 687 \r
 688     /**\r
 689      * Sets the value of field 'colourText'.\r
 690      * \r
 691      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 692      */\r
 693     public void setColourText(\r
 694             final boolean colourText) {\r
 695         this._colourText = colourText;\r
 696         this._has_colourText = true;\r
 697     }\r
 698 \r
 699     /**\r
 700      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 701      * \r
 702      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 703      */\r
 704     public void setConsThreshold(\r
 705             final int consThreshold) {\r
 706         this._consThreshold = consThreshold;\r
 707         this._has_consThreshold = true;\r
 708     }\r
 709 \r
 710     /**\r
 711      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 712      * \r
 713      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 714      */\r
 715     public void setDisplayBoxes(\r
 716             final boolean displayBoxes) {\r
 717         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 718         this._has_displayBoxes = true;\r
 719     }\r
 720 \r
 721     /**\r
 722      * Sets the value of field 'displayText'.\r
 723      * \r
 724      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 725      */\r
 726     public void setDisplayText(\r
 727             final boolean displayText) {\r
 728         this._displayText = displayText;\r
 729         this._has_displayText = true;\r
 730     }\r
 731 \r
 732     /**\r
 733      * Sets the value of field 'end'.\r
 734      * \r
 735      * @param end the value of field 'end'.\r
 736      */\r
 737     public void setEnd(\r
 738             final int end) {\r
 739         this._end = end;\r
 740         this._has_end = true;\r
 741     }\r
 742 \r
 743     /**\r
 744      * Sets the value of field 'name'.\r
 745      * \r
 746      * @param name the value of field 'name'.\r
 747      */\r
 748     public void setName(\r
 749             final java.lang.String name) {\r
 750         this._name = name;\r
 751     }\r
 752 \r
 753     /**\r
 754      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 755      * \r
 756      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
 757      */\r
 758     public void setOutlineColour(\r
 759             final int outlineColour) {\r
 760         this._outlineColour = outlineColour;\r
 761         this._has_outlineColour = true;\r
 762     }\r
 763 \r
 764     /**\r
 765      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 766      * \r
 767      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
 768      */\r
 769     public void setPidThreshold(\r
 770             final int pidThreshold) {\r
 771         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
 772         this._has_pidThreshold = true;\r
 773     }\r
 774 \r
 775     /**\r
 776      * \r
 777      * \r
 778      * @param index\r
 779      * @param vSeq\r
 780      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 781      * given is outside the bounds of the collection\r
 782      */\r
 783     public void setSeq(\r
 784             final int index,\r
 785             final int vSeq)\r
 786     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 787         // check bounds for index\r
 788         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 789             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 790         }\r
 791         \r
 792         this._seqList.set(index, new java.lang.Integer(vSeq));\r
 793     }\r
 794 \r
 795     /**\r
 796      * \r
 797      * \r
 798      * @param vSeqArray\r
 799      */\r
 800     public void setSeq(\r
 801             final int[] vSeqArray) {\r
 802         //-- copy array\r
 803         _seqList.clear();\r
 804         \r
 805         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
 806                 this._seqList.add(new java.lang.Integer(vSeqArray[i]));\r
 807         }\r
 808     }\r
 809 \r
 810     /**\r
 811      * Sets the value of field 'start'.\r
 812      * \r
 813      * @param start the value of field 'start'.\r
 814      */\r
 815     public void setStart(\r
 816             final int start) {\r
 817         this._start = start;\r
 818         this._has_start = true;\r
 819     }\r
 820 \r
 821     /**\r
 822      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
 823      * \r
 824      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
 825      */\r
 826     public void setTextCol1(\r
 827             final int textCol1) {\r
 828         this._textCol1 = textCol1;\r
 829         this._has_textCol1 = true;\r
 830     }\r
 831 \r
 832     /**\r
 833      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
 834      * \r
 835      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
 836      */\r
 837     public void setTextCol2(\r
 838             final int textCol2) {\r
 839         this._textCol2 = textCol2;\r
 840         this._has_textCol2 = true;\r
 841     }\r
 842 \r
 843     /**\r
 844      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
 845      * \r
 846      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
 847      */\r
 848     public void setTextColThreshold(\r
 849             final int textColThreshold) {\r
 850         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
 851         this._has_textColThreshold = true;\r
 852     }\r
 853 \r
 854     /**\r
 855      * Method unmarshal.\r
 856      * \r
 857      * @param reader\r
 858      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 859      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 860      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 861      * object is an invalid instance according to the schema\r
 862      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
 863      */\r
 864     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
 865             final java.io.Reader reader)\r
 866     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 867         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
 868     }\r
 869 \r
 870     /**\r
 871      * \r
 872      * \r
 873      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 874      * object is an invalid instance according to the schema\r
 875      */\r
 876     public void validate(\r
 877     )\r
 878     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 879         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 880         validator.validate(this);\r
 881     }\r
 882 \r
 883 }\r