src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class JGroup.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class JGroup implements java.io.Serializable\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _start.\r
  42    */\r
  43   private int _start;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * keeps track of state for field: _start\r
  47    */\r
  48   private boolean _has_start;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _end.\r
  52    */\r
  53   private int _end;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * keeps track of state for field: _end\r
  57    */\r
  58   private boolean _has_end;\r
  59 \r
  60   /**\r
  61    * Field _name.\r
  62    */\r
  63   private java.lang.String _name;\r
  64 \r
  65   /**\r
  66    * Field _colour.\r
  67    */\r
  68   private java.lang.String _colour;\r
  69 \r
  70   /**\r
  71    * Field _consThreshold.\r
  72    */\r
  73   private int _consThreshold;\r
  74 \r
  75   /**\r
  76    * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  77    */\r
  78   private boolean _has_consThreshold;\r
  79 \r
  80   /**\r
  81    * Field _pidThreshold.\r
  82    */\r
  83   private int _pidThreshold;\r
  84 \r
  85   /**\r
  86    * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  87    */\r
  88   private boolean _has_pidThreshold;\r
  89 \r
  90   /**\r
  91    * Field _outlineColour.\r
  92    */\r
  93   private int _outlineColour;\r
  94 \r
  95   /**\r
  96    * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  97    */\r
  98   private boolean _has_outlineColour;\r
  99 \r
 100   /**\r
 101    * Field _displayBoxes.\r
 102    */\r
 103   private boolean _displayBoxes;\r
 104 \r
 105   /**\r
 106    * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
 107    */\r
 108   private boolean _has_displayBoxes;\r
 109 \r
 110   /**\r
 111    * Field _displayText.\r
 112    */\r
 113   private boolean _displayText;\r
 114 \r
 115   /**\r
 116    * keeps track of state for field: _displayText\r
 117    */\r
 118   private boolean _has_displayText;\r
 119 \r
 120   /**\r
 121    * Field _colourText.\r
 122    */\r
 123   private boolean _colourText;\r
 124 \r
 125   /**\r
 126    * keeps track of state for field: _colourText\r
 127    */\r
 128   private boolean _has_colourText;\r
 129 \r
 130   /**\r
 131    * Field _textCol1.\r
 132    */\r
 133   private int _textCol1;\r
 134 \r
 135   /**\r
 136    * keeps track of state for field: _textCol1\r
 137    */\r
 138   private boolean _has_textCol1;\r
 139 \r
 140   /**\r
 141    * Field _textCol2.\r
 142    */\r
 143   private int _textCol2;\r
 144 \r
 145   /**\r
 146    * keeps track of state for field: _textCol2\r
 147    */\r
 148   private boolean _has_textCol2;\r
 149 \r
 150   /**\r
 151    * Field _textColThreshold.\r
 152    */\r
 153   private int _textColThreshold;\r
 154 \r
 155   /**\r
 156    * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 157    */\r
 158   private boolean _has_textColThreshold;\r
 159 \r
 160   /**\r
 161    * Field _seqList.\r
 162    */\r
 163   private java.util.Vector _seqList;\r
 164 \r
 165   // ----------------/\r
 166   // - Constructors -/\r
 167   // ----------------/\r
 168 \r
 169   public JGroup()\r
 170   {\r
 171     super();\r
 172     this._seqList = new java.util.Vector();\r
 173   }\r
 174 \r
 175   // -----------/\r
 176   // - Methods -/\r
 177   // -----------/\r
 178 \r
 179   /**\r
 180    * \r
 181    * \r
 182    * @param vSeq\r
 183    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 184    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 185    */\r
 186   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)\r
 187           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 188   {\r
 189     this._seqList.addElement(vSeq);\r
 190   }\r
 191 \r
 192   /**\r
 193    * \r
 194    * \r
 195    * @param index\r
 196    * @param vSeq\r
 197    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 198    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 199    */\r
 200   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)\r
 201           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 202   {\r
 203     this._seqList.add(index, vSeq);\r
 204   }\r
 205 \r
 206   /**\r
 207    */\r
 208   public void deleteColourText()\r
 209   {\r
 210     this._has_colourText = false;\r
 211   }\r
 212 \r
 213   /**\r
 214    */\r
 215   public void deleteConsThreshold()\r
 216   {\r
 217     this._has_consThreshold = false;\r
 218   }\r
 219 \r
 220   /**\r
 221    */\r
 222   public void deleteDisplayBoxes()\r
 223   {\r
 224     this._has_displayBoxes = false;\r
 225   }\r
 226 \r
 227   /**\r
 228    */\r
 229   public void deleteDisplayText()\r
 230   {\r
 231     this._has_displayText = false;\r
 232   }\r
 233 \r
 234   /**\r
 235    */\r
 236   public void deleteEnd()\r
 237   {\r
 238     this._has_end = false;\r
 239   }\r
 240 \r
 241   /**\r
 242    */\r
 243   public void deleteOutlineColour()\r
 244   {\r
 245     this._has_outlineColour = false;\r
 246   }\r
 247 \r
 248   /**\r
 249    */\r
 250   public void deletePidThreshold()\r
 251   {\r
 252     this._has_pidThreshold = false;\r
 253   }\r
 254 \r
 255   /**\r
 256    */\r
 257   public void deleteStart()\r
 258   {\r
 259     this._has_start = false;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   /**\r
 263    */\r
 264   public void deleteTextCol1()\r
 265   {\r
 266     this._has_textCol1 = false;\r
 267   }\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    */\r
 271   public void deleteTextCol2()\r
 272   {\r
 273     this._has_textCol2 = false;\r
 274   }\r
 275 \r
 276   /**\r
 277    */\r
 278   public void deleteTextColThreshold()\r
 279   {\r
 280     this._has_textColThreshold = false;\r
 281   }\r
 282 \r
 283   /**\r
 284    * Method enumerateSeq.\r
 285    * \r
 286    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
 287    */\r
 288   public java.util.Enumeration enumerateSeq()\r
 289   {\r
 290     return this._seqList.elements();\r
 291   }\r
 292 \r
 293   /**\r
 294    * Returns the value of field 'colour'.\r
 295    * \r
 296    * @return the value of field 'Colour'.\r
 297    */\r
 298   public java.lang.String getColour()\r
 299   {\r
 300     return this._colour;\r
 301   }\r
 302 \r
 303   /**\r
 304    * Returns the value of field 'colourText'.\r
 305    * \r
 306    * @return the value of field 'ColourText'.\r
 307    */\r
 308   public boolean getColourText()\r
 309   {\r
 310     return this._colourText;\r
 311   }\r
 312 \r
 313   /**\r
 314    * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 315    * \r
 316    * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 317    */\r
 318   public int getConsThreshold()\r
 319   {\r
 320     return this._consThreshold;\r
 321   }\r
 322 \r
 323   /**\r
 324    * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 325    * \r
 326    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 327    */\r
 328   public boolean getDisplayBoxes()\r
 329   {\r
 330     return this._displayBoxes;\r
 331   }\r
 332 \r
 333   /**\r
 334    * Returns the value of field 'displayText'.\r
 335    * \r
 336    * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 337    */\r
 338   public boolean getDisplayText()\r
 339   {\r
 340     return this._displayText;\r
 341   }\r
 342 \r
 343   /**\r
 344    * Returns the value of field 'end'.\r
 345    * \r
 346    * @return the value of field 'End'.\r
 347    */\r
 348   public int getEnd()\r
 349   {\r
 350     return this._end;\r
 351   }\r
 352 \r
 353   /**\r
 354    * Returns the value of field 'name'.\r
 355    * \r
 356    * @return the value of field 'Name'.\r
 357    */\r
 358   public java.lang.String getName()\r
 359   {\r
 360     return this._name;\r
 361   }\r
 362 \r
 363   /**\r
 364    * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 365    * \r
 366    * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
 367    */\r
 368   public int getOutlineColour()\r
 369   {\r
 370     return this._outlineColour;\r
 371   }\r
 372 \r
 373   /**\r
 374    * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 375    * \r
 376    * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 377    */\r
 378   public int getPidThreshold()\r
 379   {\r
 380     return this._pidThreshold;\r
 381   }\r
 382 \r
 383   /**\r
 384    * Method getSeq.\r
 385    * \r
 386    * @param index\r
 387    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 388    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 389    * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
 390    */\r
 391   public java.lang.String getSeq(final int index)\r
 392           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 393   {\r
 394     // check bounds for index\r
 395     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())\r
 396     {\r
 397       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index\r
 398               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 399     }\r
 400 \r
 401     return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
 402   }\r
 403 \r
 404   /**\r
 405    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.\r
 406    * <p>\r
 407    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 408    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 409    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 410    * \r
 411    * @return this collection as an Array\r
 412    */\r
 413   public java.lang.String[] getSeq()\r
 414   {\r
 415     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
 416     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
 417   }\r
 418 \r
 419   /**\r
 420    * Method getSeqCount.\r
 421    * \r
 422    * @return the size of this collection\r
 423    */\r
 424   public int getSeqCount()\r
 425   {\r
 426     return this._seqList.size();\r
 427   }\r
 428 \r
 429   /**\r
 430    * Returns the value of field 'start'.\r
 431    * \r
 432    * @return the value of field 'Start'.\r
 433    */\r
 434   public int getStart()\r
 435   {\r
 436     return this._start;\r
 437   }\r
 438 \r
 439   /**\r
 440    * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 441    * \r
 442    * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 443    */\r
 444   public int getTextCol1()\r
 445   {\r
 446     return this._textCol1;\r
 447   }\r
 448 \r
 449   /**\r
 450    * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 451    * \r
 452    * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 453    */\r
 454   public int getTextCol2()\r
 455   {\r
 456     return this._textCol2;\r
 457   }\r
 458 \r
 459   /**\r
 460    * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 461    * \r
 462    * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 463    */\r
 464   public int getTextColThreshold()\r
 465   {\r
 466     return this._textColThreshold;\r
 467   }\r
 468 \r
 469   /**\r
 470    * Method hasColourText.\r
 471    * \r
 472    * @return true if at least one ColourText has been added\r
 473    */\r
 474   public boolean hasColourText()\r
 475   {\r
 476     return this._has_colourText;\r
 477   }\r
 478 \r
 479   /**\r
 480    * Method hasConsThreshold.\r
 481    * \r
 482    * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 483    */\r
 484   public boolean hasConsThreshold()\r
 485   {\r
 486     return this._has_consThreshold;\r
 487   }\r
 488 \r
 489   /**\r
 490    * Method hasDisplayBoxes.\r
 491    * \r
 492    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
 493    */\r
 494   public boolean hasDisplayBoxes()\r
 495   {\r
 496     return this._has_displayBoxes;\r
 497   }\r
 498 \r
 499   /**\r
 500    * Method hasDisplayText.\r
 501    * \r
 502    * @return true if at least one DisplayText has been added\r
 503    */\r
 504   public boolean hasDisplayText()\r
 505   {\r
 506     return this._has_displayText;\r
 507   }\r
 508 \r
 509   /**\r
 510    * Method hasEnd.\r
 511    * \r
 512    * @return true if at least one End has been added\r
 513    */\r
 514   public boolean hasEnd()\r
 515   {\r
 516     return this._has_end;\r
 517   }\r
 518 \r
 519   /**\r
 520    * Method hasOutlineColour.\r
 521    * \r
 522    * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
 523    */\r
 524   public boolean hasOutlineColour()\r
 525   {\r
 526     return this._has_outlineColour;\r
 527   }\r
 528 \r
 529   /**\r
 530    * Method hasPidThreshold.\r
 531    * \r
 532    * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 533    */\r
 534   public boolean hasPidThreshold()\r
 535   {\r
 536     return this._has_pidThreshold;\r
 537   }\r
 538 \r
 539   /**\r
 540    * Method hasStart.\r
 541    * \r
 542    * @return true if at least one Start has been added\r
 543    */\r
 544   public boolean hasStart()\r
 545   {\r
 546     return this._has_start;\r
 547   }\r
 548 \r
 549   /**\r
 550    * Method hasTextCol1.\r
 551    * \r
 552    * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
 553    */\r
 554   public boolean hasTextCol1()\r
 555   {\r
 556     return this._has_textCol1;\r
 557   }\r
 558 \r
 559   /**\r
 560    * Method hasTextCol2.\r
 561    * \r
 562    * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
 563    */\r
 564   public boolean hasTextCol2()\r
 565   {\r
 566     return this._has_textCol2;\r
 567   }\r
 568 \r
 569   /**\r
 570    * Method hasTextColThreshold.\r
 571    * \r
 572    * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
 573    */\r
 574   public boolean hasTextColThreshold()\r
 575   {\r
 576     return this._has_textColThreshold;\r
 577   }\r
 578 \r
 579   /**\r
 580    * Returns the value of field 'colourText'.\r
 581    * \r
 582    * @return the value of field 'ColourText'.\r
 583    */\r
 584   public boolean isColourText()\r
 585   {\r
 586     return this._colourText;\r
 587   }\r
 588 \r
 589   /**\r
 590    * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 591    * \r
 592    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 593    */\r
 594   public boolean isDisplayBoxes()\r
 595   {\r
 596     return this._displayBoxes;\r
 597   }\r
 598 \r
 599   /**\r
 600    * Returns the value of field 'displayText'.\r
 601    * \r
 602    * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 603    */\r
 604   public boolean isDisplayText()\r
 605   {\r
 606     return this._displayText;\r
 607   }\r
 608 \r
 609   /**\r
 610    * Method isValid.\r
 611    * \r
 612    * @return true if this object is valid according to the schema\r
 613    */\r
 614   public boolean isValid()\r
 615   {\r
 616     try\r
 617     {\r
 618       validate();\r
 619     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 620     {\r
 621       return false;\r
 622     }\r
 623     return true;\r
 624   }\r
 625 \r
 626   /**\r
 627    * \r
 628    * \r
 629    * @param out\r
 630    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 631    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 632    *                 marshaling\r
 633    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 634    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 635    *                 schema\r
 636    */\r
 637   public void marshal(final java.io.Writer out)\r
 638           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 639           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 640   {\r
 641     Marshaller.marshal(this, out);\r
 642   }\r
 643 \r
 644   /**\r
 645    * \r
 646    * \r
 647    * @param handler\r
 648    * @throws java.io.IOException\r
 649    *                 if an IOException occurs during marshaling\r
 650    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 651    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 652    *                 schema\r
 653    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 654    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 655    *                 marshaling\r
 656    */\r
 657   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 658           throws java.io.IOException,\r
 659           org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 660           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 661   {\r
 662     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 663   }\r
 664 \r
 665   /**\r
 666    */\r
 667   public void removeAllSeq()\r
 668   {\r
 669     this._seqList.clear();\r
 670   }\r
 671 \r
 672   /**\r
 673    * Method removeSeq.\r
 674    * \r
 675    * @param vSeq\r
 676    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 677    */\r
 678   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)\r
 679   {\r
 680     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
 681     return removed;\r
 682   }\r
 683 \r
 684   /**\r
 685    * Method removeSeqAt.\r
 686    * \r
 687    * @param index\r
 688    * @return the element removed from the collection\r
 689    */\r
 690   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)\r
 691   {\r
 692     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
 693     return (java.lang.String) obj;\r
 694   }\r
 695 \r
 696   /**\r
 697    * Sets the value of field 'colour'.\r
 698    * \r
 699    * @param colour\r
 700    *                the value of field 'colour'.\r
 701    */\r
 702   public void setColour(final java.lang.String colour)\r
 703   {\r
 704     this._colour = colour;\r
 705   }\r
 706 \r
 707   /**\r
 708    * Sets the value of field 'colourText'.\r
 709    * \r
 710    * @param colourText\r
 711    *                the value of field 'colourText'.\r
 712    */\r
 713   public void setColourText(final boolean colourText)\r
 714   {\r
 715     this._colourText = colourText;\r
 716     this._has_colourText = true;\r
 717   }\r
 718 \r
 719   /**\r
 720    * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 721    * \r
 722    * @param consThreshold\r
 723    *                the value of field 'consThreshold'.\r
 724    */\r
 725   public void setConsThreshold(final int consThreshold)\r
 726   {\r
 727     this._consThreshold = consThreshold;\r
 728     this._has_consThreshold = true;\r
 729   }\r
 730 \r
 731   /**\r
 732    * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 733    * \r
 734    * @param displayBoxes\r
 735    *                the value of field 'displayBoxes'.\r
 736    */\r
 737   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)\r
 738   {\r
 739     this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 740     this._has_displayBoxes = true;\r
 741   }\r
 742 \r
 743   /**\r
 744    * Sets the value of field 'displayText'.\r
 745    * \r
 746    * @param displayText\r
 747    *                the value of field 'displayText'.\r
 748    */\r
 749   public void setDisplayText(final boolean displayText)\r
 750   {\r
 751     this._displayText = displayText;\r
 752     this._has_displayText = true;\r
 753   }\r
 754 \r
 755   /**\r
 756    * Sets the value of field 'end'.\r
 757    * \r
 758    * @param end\r
 759    *                the value of field 'end'.\r
 760    */\r
 761   public void setEnd(final int end)\r
 762   {\r
 763     this._end = end;\r
 764     this._has_end = true;\r
 765   }\r
 766 \r
 767   /**\r
 768    * Sets the value of field 'name'.\r
 769    * \r
 770    * @param name\r
 771    *                the value of field 'name'.\r
 772    */\r
 773   public void setName(final java.lang.String name)\r
 774   {\r
 775     this._name = name;\r
 776   }\r
 777 \r
 778   /**\r
 779    * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 780    * \r
 781    * @param outlineColour\r
 782    *                the value of field 'outlineColour'.\r
 783    */\r
 784   public void setOutlineColour(final int outlineColour)\r
 785   {\r
 786     this._outlineColour = outlineColour;\r
 787     this._has_outlineColour = true;\r
 788   }\r
 789 \r
 790   /**\r
 791    * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 792    * \r
 793    * @param pidThreshold\r
 794    *                the value of field 'pidThreshold'.\r
 795    */\r
 796   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)\r
 797   {\r
 798     this._pidThreshold = pidThreshold;\r
 799     this._has_pidThreshold = true;\r
 800   }\r
 801 \r
 802   /**\r
 803    * \r
 804    * \r
 805    * @param index\r
 806    * @param vSeq\r
 807    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 808    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 809    */\r
 810   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)\r
 811           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 812   {\r
 813     // check bounds for index\r
 814     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())\r
 815     {\r
 816       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index\r
 817               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 818     }\r
 819 \r
 820     this._seqList.set(index, vSeq);\r
 821   }\r
 822 \r
 823   /**\r
 824    * \r
 825    * \r
 826    * @param vSeqArray\r
 827    */\r
 828   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)\r
 829   {\r
 830     // -- copy array\r
 831     _seqList.clear();\r
 832 \r
 833     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)\r
 834     {\r
 835       this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
 836     }\r
 837   }\r
 838 \r
 839   /**\r
 840    * Sets the value of field 'start'.\r
 841    * \r
 842    * @param start\r
 843    *                the value of field 'start'.\r
 844    */\r
 845   public void setStart(final int start)\r
 846   {\r
 847     this._start = start;\r
 848     this._has_start = true;\r
 849   }\r
 850 \r
 851   /**\r
 852    * Sets the value of field 'textCol1'.\r
 853    * \r
 854    * @param textCol1\r
 855    *                the value of field 'textCol1'.\r
 856    */\r
 857   public void setTextCol1(final int textCol1)\r
 858   {\r
 859     this._textCol1 = textCol1;\r
 860     this._has_textCol1 = true;\r
 861   }\r
 862 \r
 863   /**\r
 864    * Sets the value of field 'textCol2'.\r
 865    * \r
 866    * @param textCol2\r
 867    *                the value of field 'textCol2'.\r
 868    */\r
 869   public void setTextCol2(final int textCol2)\r
 870   {\r
 871     this._textCol2 = textCol2;\r
 872     this._has_textCol2 = true;\r
 873   }\r
 874 \r
 875   /**\r
 876    * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
 877    * \r
 878    * @param textColThreshold\r
 879    *                the value of field 'textColThreshold'\r
 880    */\r
 881   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)\r
 882   {\r
 883     this._textColThreshold = textColThreshold;\r
 884     this._has_textColThreshold = true;\r
 885   }\r
 886 \r
 887   /**\r
 888    * Method unmarshal.\r
 889    * \r
 890    * @param reader\r
 891    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 892    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 893    *                 marshaling\r
 894    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 895    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 896    *                 schema\r
 897    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
 898    */\r
 899   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
 900           final java.io.Reader reader)\r
 901           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 902           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 903   {\r
 904     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(\r
 905             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
 906   }\r
 907 \r
 908   /**\r
 909    * \r
 910    * \r
 911    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 912    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 913    *                 schema\r
 914    */\r
 915   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 916   {\r
 917     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 918     validator.validate(this);\r
 919   }\r
 920 \r
 921 }\r