src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.schemabinding.version2;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  32 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  33
  34 /**
  35  * Class JGroup.
  36  *
  37  * @version $Revision$ $Date$
  38  */
  39 public class JGroup implements java.io.Serializable {
  40
  41
  42       //--------------------------/
  43      //- Class/Member Variables -/
  44     //--------------------------/
  45
  46     /**
  47      * Field _start.
  48      */
  49     private int _start;
  50
  51     /**
  52      * keeps track of state for field: _start
  53      */
  54     private boolean _has_start;
  55
  56     /**
  57      * Field _end.
  58      */
  59     private int _end;
  60
  61     /**
  62      * keeps track of state for field: _end
  63      */
  64     private boolean _has_end;
  65
  66     /**
  67      * Field _name.
  68      */
  69     private java.lang.String _name;
  70
  71     /**
  72      * Field _colour.
  73      */
  74     private java.lang.String _colour;
  75
  76     /**
  77      * Field _consThreshold.
  78      */
  79     private int _consThreshold;
  80
  81     /**
  82      * keeps track of state for field: _consThreshold
  83      */
  84     private boolean _has_consThreshold;
  85
  86     /**
  87      * Field _pidThreshold.
  88      */
  89     private int _pidThreshold;
  90
  91     /**
  92      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  93      */
  94     private boolean _has_pidThreshold;
  95
  96     /**
  97      * Field _outlineColour.
  98      */
  99     private int _outlineColour;
 100
 101     /**
 102      * keeps track of state for field: _outlineColour
 103      */
 104     private boolean _has_outlineColour;
 105
 106     /**
 107      * Field _displayBoxes.
 108      */
 109     private boolean _displayBoxes;
 110
 111     /**
 112      * keeps track of state for field: _displayBoxes
 113      */
 114     private boolean _has_displayBoxes;
 115
 116     /**
 117      * Field _displayText.
 118      */
 119     private boolean _displayText;
 120
 121     /**
 122      * keeps track of state for field: _displayText
 123      */
 124     private boolean _has_displayText;
 125
 126     /**
 127      * Field _colourText.
 128      */
 129     private boolean _colourText;
 130
 131     /**
 132      * keeps track of state for field: _colourText
 133      */
 134     private boolean _has_colourText;
 135
 136     /**
 137      * Field _textCol1.
 138      */
 139     private int _textCol1;
 140
 141     /**
 142      * keeps track of state for field: _textCol1
 143      */
 144     private boolean _has_textCol1;
 145
 146     /**
 147      * Field _textCol2.
 148      */
 149     private int _textCol2;
 150
 151     /**
 152      * keeps track of state for field: _textCol2
 153      */
 154     private boolean _has_textCol2;
 155
 156     /**
 157      * Field _textColThreshold.
 158      */
 159     private int _textColThreshold;
 160
 161     /**
 162      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 163      */
 164     private boolean _has_textColThreshold;
 165
 166     /**
 167      * Field _showUnconserved.
 168      */
 169     private boolean _showUnconserved;
 170
 171     /**
 172      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 173      */
 174     private boolean _has_showUnconserved;
 175
 176     /**
 177      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 178      */
 179     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 180
 181     /**
 182      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 183      */
 184     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 185
 186     /**
 187      * Field _showConsensusHistogram.
 188      */
 189     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 190
 191     /**
 192      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 193      */
 194     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 195
 196     /**
 197      * Field _showSequenceLogo.
 198      */
 199     private boolean _showSequenceLogo = false;
 200
 201     /**
 202      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 203      */
 204     private boolean _has_showSequenceLogo;
 205
 206     /**
 207      * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 208      * alignment)
 209      *
 210      */
 211     private java.lang.String _id;
 212
 213     /**
 214      * Field _seqList.
 215      */
 216     private java.util.Vector _seqList;
 217
 218
 219       //----------------/
 220      //- Constructors -/
 221     //----------------/
 222
 223     public JGroup() {
 224         super();
 225         this._seqList = new java.util.Vector();
 226     }
 227
 228
 229       //-----------/
 230      //- Methods -/
 231     //-----------/
 232
 233     /**
 234      *
 235      *
 236      * @param vSeq
 237      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 238      * given is outside the bounds of the collection
 239      */
 240     public void addSeq(
 241             final java.lang.String vSeq)
 242     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 243         this._seqList.addElement(vSeq);
 244     }
 245
 246     /**
 247      *
 248      *
 249      * @param index
 250      * @param vSeq
 251      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 252      * given is outside the bounds of the collection
 253      */
 254     public void addSeq(
 255             final int index,
 256             final java.lang.String vSeq)
 257     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 258         this._seqList.add(index, vSeq);
 259     }
 260
 261     /**
 262      */
 263     public void deleteColourText(
 264     ) {
 265         this._has_colourText= false;
 266     }
 267
 268     /**
 269      */
 270     public void deleteConsThreshold(
 271     ) {
 272         this._has_consThreshold= false;
 273     }
 274
 275     /**
 276      */
 277     public void deleteDisplayBoxes(
 278     ) {
 279         this._has_displayBoxes= false;
 280     }
 281
 282     /**
 283      */
 284     public void deleteDisplayText(
 285     ) {
 286         this._has_displayText= false;
 287     }
 288
 289     /**
 290      */
 291     public void deleteEnd(
 292     ) {
 293         this._has_end= false;
 294     }
 295
 296     /**
 297      */
 298     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 299     ) {
 300         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 301     }
 302
 303     /**
 304      */
 305     public void deleteOutlineColour(
 306     ) {
 307         this._has_outlineColour= false;
 308     }
 309
 310     /**
 311      */
 312     public void deletePidThreshold(
 313     ) {
 314         this._has_pidThreshold= false;
 315     }
 316
 317     /**
 318      */
 319     public void deleteShowConsensusHistogram(
 320     ) {
 321         this._has_showConsensusHistogram= false;
 322     }
 323
 324     /**
 325      */
 326     public void deleteShowSequenceLogo(
 327     ) {
 328         this._has_showSequenceLogo= false;
 329     }
 330
 331     /**
 332      */
 333     public void deleteShowUnconserved(
 334     ) {
 335         this._has_showUnconserved= false;
 336     }
 337
 338     /**
 339      */
 340     public void deleteStart(
 341     ) {
 342         this._has_start= false;
 343     }
 344
 345     /**
 346      */
 347     public void deleteTextCol1(
 348     ) {
 349         this._has_textCol1= false;
 350     }
 351
 352     /**
 353      */
 354     public void deleteTextCol2(
 355     ) {
 356         this._has_textCol2= false;
 357     }
 358
 359     /**
 360      */
 361     public void deleteTextColThreshold(
 362     ) {
 363         this._has_textColThreshold= false;
 364     }
 365
 366     /**
 367      * Method enumerateSeq.
 368      *
 369      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 370      */
 371     public java.util.Enumeration enumerateSeq(
 372     ) {
 373         return this._seqList.elements();
 374     }
 375
 376     /**
 377      * Returns the value of field 'colour'.
 378      *
 379      * @return the value of field 'Colour'.
 380      */
 381     public java.lang.String getColour(
 382     ) {
 383         return this._colour;
 384     }
 385
 386     /**
 387      * Returns the value of field 'colourText'.
 388      *
 389      * @return the value of field 'ColourText'.
 390      */
 391     public boolean getColourText(
 392     ) {
 393         return this._colourText;
 394     }
 395
 396     /**
 397      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 398      *
 399      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 400      */
 401     public int getConsThreshold(
 402     ) {
 403         return this._consThreshold;
 404     }
 405
 406     /**
 407      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 408      *
 409      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 410      */
 411     public boolean getDisplayBoxes(
 412     ) {
 413         return this._displayBoxes;
 414     }
 415
 416     /**
 417      * Returns the value of field 'displayText'.
 418      *
 419      * @return the value of field 'DisplayText'.
 420      */
 421     public boolean getDisplayText(
 422     ) {
 423         return this._displayText;
 424     }
 425
 426     /**
 427      * Returns the value of field 'end'.
 428      *
 429      * @return the value of field 'End'.
 430      */
 431     public int getEnd(
 432     ) {
 433         return this._end;
 434     }
 435
 436     /**
 437      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 438      * following description: Optional sequence group ID (only
 439      * needs to be unique for this alignment)
 440      *
 441      *
 442      * @return the value of field 'Id'.
 443      */
 444     public java.lang.String getId(
 445     ) {
 446         return this._id;
 447     }
 448
 449     /**
 450      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 451      *
 452      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 453      */
 454     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
 455     ) {
 456         return this._ignoreGapsinConsensus;
 457     }
 458
 459     /**
 460      * Returns the value of field 'name'.
 461      *
 462      * @return the value of field 'Name'.
 463      */
 464     public java.lang.String getName(
 465     ) {
 466         return this._name;
 467     }
 468
 469     /**
 470      * Returns the value of field 'outlineColour'.
 471      *
 472      * @return the value of field 'OutlineColour'.
 473      */
 474     public int getOutlineColour(
 475     ) {
 476         return this._outlineColour;
 477     }
 478
 479     /**
 480      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 481      *
 482      * @return the value of field 'PidThreshold'.
 483      */
 484     public int getPidThreshold(
 485     ) {
 486         return this._pidThreshold;
 487     }
 488
 489     /**
 490      * Method getSeq.
 491      *
 492      * @param index
 493      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 494      * given is outside the bounds of the collection
 495      * @return the value of the java.lang.String at the given index
 496      */
 497     public java.lang.String getSeq(
 498             final int index)
 499     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 500         // check bounds for index
 501         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
 502             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 503         }
 504
 505         return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 506     }
 507
 508     /**
 509      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an
 510      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 511      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 512      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 513      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 514      *
 515      * @return this collection as an Array
 516      */
 517     public java.lang.String[] getSeq(
 518     ) {
 519         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 520         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 521     }
 522
 523     /**
 524      * Method getSeqCount.
 525      *
 526      * @return the size of this collection
 527      */
 528     public int getSeqCount(
 529     ) {
 530         return this._seqList.size();
 531     }
 532
 533     /**
 534      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 535      *
 536      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 537      */
 538     public boolean getShowConsensusHistogram(
 539     ) {
 540         return this._showConsensusHistogram;
 541     }
 542
 543     /**
 544      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 545      *
 546      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 547      */
 548     public boolean getShowSequenceLogo(
 549     ) {
 550         return this._showSequenceLogo;
 551     }
 552
 553     /**
 554      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 555      *
 556      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 557      */
 558     public boolean getShowUnconserved(
 559     ) {
 560         return this._showUnconserved;
 561     }
 562
 563     /**
 564      * Returns the value of field 'start'.
 565      *
 566      * @return the value of field 'Start'.
 567      */
 568     public int getStart(
 569     ) {
 570         return this._start;
 571     }
 572
 573     /**
 574      * Returns the value of field 'textCol1'.
 575      *
 576      * @return the value of field 'TextCol1'.
 577      */
 578     public int getTextCol1(
 579     ) {
 580         return this._textCol1;
 581     }
 582
 583     /**
 584      * Returns the value of field 'textCol2'.
 585      *
 586      * @return the value of field 'TextCol2'.
 587      */
 588     public int getTextCol2(
 589     ) {
 590         return this._textCol2;
 591     }
 592
 593     /**
 594      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 595      *
 596      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 597      */
 598     public int getTextColThreshold(
 599     ) {
 600         return this._textColThreshold;
 601     }
 602
 603     /**
 604      * Method hasColourText.
 605      *
 606      * @return true if at least one ColourText has been added
 607      */
 608     public boolean hasColourText(
 609     ) {
 610         return this._has_colourText;
 611     }
 612
 613     /**
 614      * Method hasConsThreshold.
 615      *
 616      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 617      */
 618     public boolean hasConsThreshold(
 619     ) {
 620         return this._has_consThreshold;
 621     }
 622
 623     /**
 624      * Method hasDisplayBoxes.
 625      *
 626      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 627      */
 628     public boolean hasDisplayBoxes(
 629     ) {
 630         return this._has_displayBoxes;
 631     }
 632
 633     /**
 634      * Method hasDisplayText.
 635      *
 636      * @return true if at least one DisplayText has been added
 637      */
 638     public boolean hasDisplayText(
 639     ) {
 640         return this._has_displayText;
 641     }
 642
 643     /**
 644      * Method hasEnd.
 645      *
 646      * @return true if at least one End has been added
 647      */
 648     public boolean hasEnd(
 649     ) {
 650         return this._has_end;
 651     }
 652
 653     /**
 654      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 655      *
 656      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
 657      * added
 658      */
 659     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
 660     ) {
 661         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 662     }
 663
 664     /**
 665      * Method hasOutlineColour.
 666      *
 667      * @return true if at least one OutlineColour has been added
 668      */
 669     public boolean hasOutlineColour(
 670     ) {
 671         return this._has_outlineColour;
 672     }
 673
 674     /**
 675      * Method hasPidThreshold.
 676      *
 677      * @return true if at least one PidThreshold has been added
 678      */
 679     public boolean hasPidThreshold(
 680     ) {
 681         return this._has_pidThreshold;
 682     }
 683
 684     /**
 685      * Method hasShowConsensusHistogram.
 686      *
 687      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
 688      * added
 689      */
 690     public boolean hasShowConsensusHistogram(
 691     ) {
 692         return this._has_showConsensusHistogram;
 693     }
 694
 695     /**
 696      * Method hasShowSequenceLogo.
 697      *
 698      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 699      */
 700     public boolean hasShowSequenceLogo(
 701     ) {
 702         return this._has_showSequenceLogo;
 703     }
 704
 705     /**
 706      * Method hasShowUnconserved.
 707      *
 708      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 709      */
 710     public boolean hasShowUnconserved(
 711     ) {
 712         return this._has_showUnconserved;
 713     }
 714
 715     /**
 716      * Method hasStart.
 717      *
 718      * @return true if at least one Start has been added
 719      */
 720     public boolean hasStart(
 721     ) {
 722         return this._has_start;
 723     }
 724
 725     /**
 726      * Method hasTextCol1.
 727      *
 728      * @return true if at least one TextCol1 has been added
 729      */
 730     public boolean hasTextCol1(
 731     ) {
 732         return this._has_textCol1;
 733     }
 734
 735     /**
 736      * Method hasTextCol2.
 737      *
 738      * @return true if at least one TextCol2 has been added
 739      */
 740     public boolean hasTextCol2(
 741     ) {
 742         return this._has_textCol2;
 743     }
 744
 745     /**
 746      * Method hasTextColThreshold.
 747      *
 748      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 749      */
 750     public boolean hasTextColThreshold(
 751     ) {
 752         return this._has_textColThreshold;
 753     }
 754
 755     /**
 756      * Returns the value of field 'colourText'.
 757      *
 758      * @return the value of field 'ColourText'.
 759      */
 760     public boolean isColourText(
 761     ) {
 762         return this._colourText;
 763     }
 764
 765     /**
 766      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 767      *
 768      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 769      */
 770     public boolean isDisplayBoxes(
 771     ) {
 772         return this._displayBoxes;
 773     }
 774
 775     /**
 776      * Returns the value of field 'displayText'.
 777      *
 778      * @return the value of field 'DisplayText'.
 779      */
 780     public boolean isDisplayText(
 781     ) {
 782         return this._displayText;
 783     }
 784
 785     /**
 786      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 787      *
 788      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 789      */
 790     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
 791     ) {
 792         return this._ignoreGapsinConsensus;
 793     }
 794
 795     /**
 796      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 797      *
 798      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 799      */
 800     public boolean isShowConsensusHistogram(
 801     ) {
 802         return this._showConsensusHistogram;
 803     }
 804
 805     /**
 806      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 807      *
 808      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 809      */
 810     public boolean isShowSequenceLogo(
 811     ) {
 812         return this._showSequenceLogo;
 813     }
 814
 815     /**
 816      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 817      *
 818      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 819      */
 820     public boolean isShowUnconserved(
 821     ) {
 822         return this._showUnconserved;
 823     }
 824
 825     /**
 826      * Method isValid.
 827      *
 828      * @return true if this object is valid according to the schema
 829      */
 830     public boolean isValid(
 831     ) {
 832         try {
 833             validate();
 834         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 835             return false;
 836         }
 837         return true;
 838     }
 839
 840     /**
 841      *
 842      *
 843      * @param out
 844      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 845      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 846      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 847      * object is an invalid instance according to the schema
 848      */
 849     public void marshal(
 850             final java.io.Writer out)
 851     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 852         Marshaller.marshal(this, out);
 853     }
 854
 855     /**
 856      *
 857      *
 858      * @param handler
 859      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 860      * marshaling
 861      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 862      * object is an invalid instance according to the schema
 863      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 864      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 865      */
 866     public void marshal(
 867             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 868     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 869         Marshaller.marshal(this, handler);
 870     }
 871
 872     /**
 873      */
 874     public void removeAllSeq(
 875     ) {
 876         this._seqList.clear();
 877     }
 878
 879     /**
 880      * Method removeSeq.
 881      *
 882      * @param vSeq
 883      * @return true if the object was removed from the collection.
 884      */
 885     public boolean removeSeq(
 886             final java.lang.String vSeq) {
 887         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 888         return removed;
 889     }
 890
 891     /**
 892      * Method removeSeqAt.
 893      *
 894      * @param index
 895      * @return the element removed from the collection
 896      */
 897     public java.lang.String removeSeqAt(
 898             final int index) {
 899         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 900         return (java.lang.String) obj;
 901     }
 902
 903     /**
 904      * Sets the value of field 'colour'.
 905      *
 906      * @param colour the value of field 'colour'.
 907      */
 908     public void setColour(
 909             final java.lang.String colour) {
 910         this._colour = colour;
 911     }
 912
 913     /**
 914      * Sets the value of field 'colourText'.
 915      *
 916      * @param colourText the value of field 'colourText'.
 917      */
 918     public void setColourText(
 919             final boolean colourText) {
 920         this._colourText = colourText;
 921         this._has_colourText = true;
 922     }
 923
 924     /**
 925      * Sets the value of field 'consThreshold'.
 926      *
 927      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
 928      */
 929     public void setConsThreshold(
 930             final int consThreshold) {
 931         this._consThreshold = consThreshold;
 932         this._has_consThreshold = true;
 933     }
 934
 935     /**
 936      * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 937      *
 938      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.
 939      */
 940     public void setDisplayBoxes(
 941             final boolean displayBoxes) {
 942         this._displayBoxes = displayBoxes;
 943         this._has_displayBoxes = true;
 944     }
 945
 946     /**
 947      * Sets the value of field 'displayText'.
 948      *
 949      * @param displayText the value of field 'displayText'.
 950      */
 951     public void setDisplayText(
 952             final boolean displayText) {
 953         this._displayText = displayText;
 954         this._has_displayText = true;
 955     }
 956
 957     /**
 958      * Sets the value of field 'end'.
 959      *
 960      * @param end the value of field 'end'.
 961      */
 962     public void setEnd(
 963             final int end) {
 964         this._end = end;
 965         this._has_end = true;
 966     }
 967
 968     /**
 969      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
 970      * following description: Optional sequence group ID (only
 971      * needs to be unique for this alignment)
 972      *
 973      *
 974      * @param id the value of field 'id'.
 975      */
 976     public void setId(
 977             final java.lang.String id) {
 978         this._id = id;
 979     }
 980
 981     /**
 982      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 983      *
 984      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
 985      * 'ignoreGapsinConsensus'.
 986      */
 987     public void setIgnoreGapsinConsensus(
 988             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
 989         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
 990         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
 991     }
 992
 993     /**
 994      * Sets the value of field 'name'.
 995      *
 996      * @param name the value of field 'name'.
 997      */
 998     public void setName(
 999             final java.lang.String name) {
1000         this._name = name;
1001     }
1002
1003     /**
1004      * Sets the value of field 'outlineColour'.
1005      *
1006      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.
1007      */
1008     public void setOutlineColour(
1009             final int outlineColour) {
1010         this._outlineColour = outlineColour;
1011         this._has_outlineColour = true;
1012     }
1013
1014     /**
1015      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1016      *
1017      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
1018      */
1019     public void setPidThreshold(
1020             final int pidThreshold) {
1021         this._pidThreshold = pidThreshold;
1022         this._has_pidThreshold = true;
1023     }
1024
1025     /**
1026      *
1027      *
1028      * @param index
1029      * @param vSeq
1030      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
1031      * given is outside the bounds of the collection
1032      */
1033     public void setSeq(
1034             final int index,
1035             final java.lang.String vSeq)
1036     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
1037         // check bounds for index
1038         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
1039             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1040         }
1041
1042         this._seqList.set(index, vSeq);
1043     }
1044
1045     /**
1046      *
1047      *
1048      * @param vSeqArray
1049      */
1050     public void setSeq(
1051             final java.lang.String[] vSeqArray) {
1052         //-- copy array
1053         _seqList.clear();
1054
1055         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {
1056                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1057         }
1058     }
1059
1060     /**
1061      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1062      *
1063      * @param showConsensusHistogram the value of field
1064      * 'showConsensusHistogram'.
1065      */
1066     public void setShowConsensusHistogram(
1067             final boolean showConsensusHistogram) {
1068         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1069         this._has_showConsensusHistogram = true;
1070     }
1071
1072     /**
1073      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1074      *
1075      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
1076      */
1077     public void setShowSequenceLogo(
1078             final boolean showSequenceLogo) {
1079         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1080         this._has_showSequenceLogo = true;
1081     }
1082
1083     /**
1084      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1085      *
1086      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
1087      */
1088     public void setShowUnconserved(
1089             final boolean showUnconserved) {
1090         this._showUnconserved = showUnconserved;
1091         this._has_showUnconserved = true;
1092     }
1093
1094     /**
1095      * Sets the value of field 'start'.
1096      *
1097      * @param start the value of field 'start'.
1098      */
1099     public void setStart(
1100             final int start) {
1101         this._start = start;
1102         this._has_start = true;
1103     }
1104
1105     /**
1106      * Sets the value of field 'textCol1'.
1107      *
1108      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
1109      */
1110     public void setTextCol1(
1111             final int textCol1) {
1112         this._textCol1 = textCol1;
1113         this._has_textCol1 = true;
1114     }
1115
1116     /**
1117      * Sets the value of field 'textCol2'.
1118      *
1119      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
1120      */
1121     public void setTextCol2(
1122             final int textCol2) {
1123         this._textCol2 = textCol2;
1124         this._has_textCol2 = true;
1125     }
1126
1127     /**
1128      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1129      *
1130      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
1131      */
1132     public void setTextColThreshold(
1133             final int textColThreshold) {
1134         this._textColThreshold = textColThreshold;
1135         this._has_textColThreshold = true;
1136     }
1137
1138     /**
1139      * Method unmarshal.
1140      *
1141      * @param reader
1142      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1143      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1144      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1145      * object is an invalid instance according to the schema
1146      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1147      */
1148     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1149             final java.io.Reader reader)
1150     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1151         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1152     }
1153
1154     /**
1155      *
1156      *
1157      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1158      * object is an invalid instance according to the schema
1159      */
1160     public void validate(
1161     )
1162     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1163         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1164         validator.validate(this);
1165     }
1166
1167 }