src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class JGroup.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _start.\r
  31      */\r
  32     private int _start;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _start\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_start;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _end.\r
  41      */\r
  42     private int _end;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _end\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_end;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _name.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _name;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _colour.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _colour;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _consThreshold.\r
  61      */\r
  62     private int _consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  66      */\r
  67     private boolean _has_consThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Field _pidThreshold.\r
  71      */\r
  72     private int _pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  76      */\r
  77     private boolean _has_pidThreshold;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _outlineColour.\r
  81      */\r
  82     private int _outlineColour;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_outlineColour;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _displayBoxes.\r
  91      */\r
  92     private boolean _displayBoxes;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_displayBoxes;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _displayText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _displayText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _displayText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_displayText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _colourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _colourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _colourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_colourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _textCol1.\r
 121      */\r
 122     private int _textCol1;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_textCol1;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _textCol2.\r
 131      */\r
 132     private int _textCol2;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_textCol2;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _textColThreshold.\r
 141      */\r
 142     private int _textColThreshold;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_textColThreshold;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _seqList.\r
 151      */\r
 152     private java.util.Vector _seqList;\r
 153 \r
 154 \r
 155       //----------------/\r
 156      //- Constructors -/\r
 157     //----------------/\r
 158 \r
 159     public JGroup() {\r
 160         super();\r
 161         this._seqList = new java.util.Vector();\r
 162     }\r
 163 \r
 164 \r
 165       //-----------/\r
 166      //- Methods -/\r
 167     //-----------/\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * \r
 171      * \r
 172      * @param vSeq\r
 173      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 174      * given is outside the bounds of the collection\r
 175      */\r
 176     public void addSeq(\r
 177             final java.lang.String vSeq)\r
 178     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 179         this._seqList.addElement(vSeq);\r
 180     }\r
 181 \r
 182     /**\r
 183      * \r
 184      * \r
 185      * @param index\r
 186      * @param vSeq\r
 187      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 188      * given is outside the bounds of the collection\r
 189      */\r
 190     public void addSeq(\r
 191             final int index,\r
 192             final java.lang.String vSeq)\r
 193     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 194         this._seqList.add(index, vSeq);\r
 195     }\r
 196 \r
 197     /**\r
 198      */\r
 199     public void deleteColourText(\r
 200     ) {\r
 201         this._has_colourText= false;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     /**\r
 205      */\r
 206     public void deleteConsThreshold(\r
 207     ) {\r
 208         this._has_consThreshold= false;\r
 209     }\r
 210 \r
 211     /**\r
 212      */\r
 213     public void deleteDisplayBoxes(\r
 214     ) {\r
 215         this._has_displayBoxes= false;\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      */\r
 220     public void deleteDisplayText(\r
 221     ) {\r
 222         this._has_displayText= false;\r
 223     }\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      */\r
 227     public void deleteEnd(\r
 228     ) {\r
 229         this._has_end= false;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     /**\r
 233      */\r
 234     public void deleteOutlineColour(\r
 235     ) {\r
 236         this._has_outlineColour= false;\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      */\r
 241     public void deletePidThreshold(\r
 242     ) {\r
 243         this._has_pidThreshold= false;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      */\r
 248     public void deleteStart(\r
 249     ) {\r
 250         this._has_start= false;\r
 251     }\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      */\r
 255     public void deleteTextCol1(\r
 256     ) {\r
 257         this._has_textCol1= false;\r
 258     }\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      */\r
 262     public void deleteTextCol2(\r
 263     ) {\r
 264         this._has_textCol2= false;\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      */\r
 269     public void deleteTextColThreshold(\r
 270     ) {\r
 271         this._has_textColThreshold= false;\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * Method enumerateSeq.\r
 276      * \r
 277      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
 278      */\r
 279     public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
 280     ) {\r
 281         return this._seqList.elements();\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * Returns the value of field 'colour'.\r
 286      * \r
 287      * @return the value of field 'Colour'.\r
 288      */\r
 289     public java.lang.String getColour(\r
 290     ) {\r
 291         return this._colour;\r
 292     }\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 296      * \r
 297      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 298      */\r
 299     public boolean getColourText(\r
 300     ) {\r
 301         return this._colourText;\r
 302     }\r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 306      * \r
 307      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 308      */\r
 309     public int getConsThreshold(\r
 310     ) {\r
 311         return this._consThreshold;\r
 312     }\r
 313 \r
 314     /**\r
 315      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 316      * \r
 317      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 318      */\r
 319     public boolean getDisplayBoxes(\r
 320     ) {\r
 321         return this._displayBoxes;\r
 322     }\r
 323 \r
 324     /**\r
 325      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 326      * \r
 327      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 328      */\r
 329     public boolean getDisplayText(\r
 330     ) {\r
 331         return this._displayText;\r
 332     }\r
 333 \r
 334     /**\r
 335      * Returns the value of field 'end'.\r
 336      * \r
 337      * @return the value of field 'End'.\r
 338      */\r
 339     public int getEnd(\r
 340     ) {\r
 341         return this._end;\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * Returns the value of field 'name'.\r
 346      * \r
 347      * @return the value of field 'Name'.\r
 348      */\r
 349     public java.lang.String getName(\r
 350     ) {\r
 351         return this._name;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 356      * \r
 357      * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
 358      */\r
 359     public int getOutlineColour(\r
 360     ) {\r
 361         return this._outlineColour;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 366      * \r
 367      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 368      */\r
 369     public int getPidThreshold(\r
 370     ) {\r
 371         return this._pidThreshold;\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * Method getSeq.\r
 376      * \r
 377      * @param index\r
 378      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 379      * given is outside the bounds of the collection\r
 380      * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
 381      */\r
 382     public java.lang.String getSeq(\r
 383             final int index)\r
 384     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 385         // check bounds for index\r
 386         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 387             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 388         }\r
 389         \r
 390         return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
 391     }\r
 392 \r
 393     /**\r
 394      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
 395      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 396      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 397      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 398      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 399      * \r
 400      * @return this collection as an Array\r
 401      */\r
 402     public java.lang.String[] getSeq(\r
 403     ) {\r
 404         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
 405         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
 406     }\r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * Method getSeqCount.\r
 410      * \r
 411      * @return the size of this collection\r
 412      */\r
 413     public int getSeqCount(\r
 414     ) {\r
 415         return this._seqList.size();\r
 416     }\r
 417 \r
 418     /**\r
 419      * Returns the value of field 'start'.\r
 420      * \r
 421      * @return the value of field 'Start'.\r
 422      */\r
 423     public int getStart(\r
 424     ) {\r
 425         return this._start;\r
 426     }\r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 430      * \r
 431      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 432      */\r
 433     public int getTextCol1(\r
 434     ) {\r
 435         return this._textCol1;\r
 436     }\r
 437 \r
 438     /**\r
 439      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 440      * \r
 441      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 442      */\r
 443     public int getTextCol2(\r
 444     ) {\r
 445         return this._textCol2;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 450      * \r
 451      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 452      */\r
 453     public int getTextColThreshold(\r
 454     ) {\r
 455         return this._textColThreshold;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     /**\r
 459      * Method hasColourText.\r
 460      * \r
 461      * @return true if at least one ColourText has been added\r
 462      */\r
 463     public boolean hasColourText(\r
 464     ) {\r
 465         return this._has_colourText;\r
 466     }\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * Method hasConsThreshold.\r
 470      * \r
 471      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 472      */\r
 473     public boolean hasConsThreshold(\r
 474     ) {\r
 475         return this._has_consThreshold;\r
 476     }\r
 477 \r
 478     /**\r
 479      * Method hasDisplayBoxes.\r
 480      * \r
 481      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
 482      */\r
 483     public boolean hasDisplayBoxes(\r
 484     ) {\r
 485         return this._has_displayBoxes;\r
 486     }\r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * Method hasDisplayText.\r
 490      * \r
 491      * @return true if at least one DisplayText has been added\r
 492      */\r
 493     public boolean hasDisplayText(\r
 494     ) {\r
 495         return this._has_displayText;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * Method hasEnd.\r
 500      * \r
 501      * @return true if at least one End has been added\r
 502      */\r
 503     public boolean hasEnd(\r
 504     ) {\r
 505         return this._has_end;\r
 506     }\r
 507 \r
 508     /**\r
 509      * Method hasOutlineColour.\r
 510      * \r
 511      * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
 512      */\r
 513     public boolean hasOutlineColour(\r
 514     ) {\r
 515         return this._has_outlineColour;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      * Method hasPidThreshold.\r
 520      * \r
 521      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 522      */\r
 523     public boolean hasPidThreshold(\r
 524     ) {\r
 525         return this._has_pidThreshold;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     /**\r
 529      * Method hasStart.\r
 530      * \r
 531      * @return true if at least one Start has been added\r
 532      */\r
 533     public boolean hasStart(\r
 534     ) {\r
 535         return this._has_start;\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * Method hasTextCol1.\r
 540      * \r
 541      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
 542      */\r
 543     public boolean hasTextCol1(\r
 544     ) {\r
 545         return this._has_textCol1;\r
 546     }\r
 547 \r
 548     /**\r
 549      * Method hasTextCol2.\r
 550      * \r
 551      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
 552      */\r
 553     public boolean hasTextCol2(\r
 554     ) {\r
 555         return this._has_textCol2;\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      * Method hasTextColThreshold.\r
 560      * \r
 561      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
 562      */\r
 563     public boolean hasTextColThreshold(\r
 564     ) {\r
 565         return this._has_textColThreshold;\r
 566     }\r
 567 \r
 568     /**\r
 569      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 570      * \r
 571      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 572      */\r
 573     public boolean isColourText(\r
 574     ) {\r
 575         return this._colourText;\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 580      * \r
 581      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 582      */\r
 583     public boolean isDisplayBoxes(\r
 584     ) {\r
 585         return this._displayBoxes;\r
 586     }\r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 590      * \r
 591      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 592      */\r
 593     public boolean isDisplayText(\r
 594     ) {\r
 595         return this._displayText;\r
 596     }\r
 597 \r
 598     /**\r
 599      * Method isValid.\r
 600      * \r
 601      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 602      */\r
 603     public boolean isValid(\r
 604     ) {\r
 605         try {\r
 606             validate();\r
 607         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 608             return false;\r
 609         }\r
 610         return true;\r
 611     }\r
 612 \r
 613     /**\r
 614      * \r
 615      * \r
 616      * @param out\r
 617      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 618      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 619      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 620      * object is an invalid instance according to the schema\r
 621      */\r
 622     public void marshal(\r
 623             final java.io.Writer out)\r
 624     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 625         Marshaller.marshal(this, out);\r
 626     }\r
 627 \r
 628     /**\r
 629      * \r
 630      * \r
 631      * @param handler\r
 632      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 633      * marshaling\r
 634      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 635      * object is an invalid instance according to the schema\r
 636      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 637      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 638      */\r
 639     public void marshal(\r
 640             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 641     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 642         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 643     }\r
 644 \r
 645     /**\r
 646      */\r
 647     public void removeAllSeq(\r
 648     ) {\r
 649         this._seqList.clear();\r
 650     }\r
 651 \r
 652     /**\r
 653      * Method removeSeq.\r
 654      * \r
 655      * @param vSeq\r
 656      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 657      */\r
 658     public boolean removeSeq(\r
 659             final java.lang.String vSeq) {\r
 660         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
 661         return removed;\r
 662     }\r
 663 \r
 664     /**\r
 665      * Method removeSeqAt.\r
 666      * \r
 667      * @param index\r
 668      * @return the element removed from the collection\r
 669      */\r
 670     public java.lang.String removeSeqAt(\r
 671             final int index) {\r
 672         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
 673         return (java.lang.String) obj;\r
 674     }\r
 675 \r
 676     /**\r
 677      * Sets the value of field 'colour'.\r
 678      * \r
 679      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 680      */\r
 681     public void setColour(\r
 682             final java.lang.String colour) {\r
 683         this._colour = colour;\r
 684     }\r
 685 \r
 686     /**\r
 687      * Sets the value of field 'colourText'.\r
 688      * \r
 689      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 690      */\r
 691     public void setColourText(\r
 692             final boolean colourText) {\r
 693         this._colourText = colourText;\r
 694         this._has_colourText = true;\r
 695     }\r
 696 \r
 697     /**\r
 698      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 699      * \r
 700      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 701      */\r
 702     public void setConsThreshold(\r
 703             final int consThreshold) {\r
 704         this._consThreshold = consThreshold;\r
 705         this._has_consThreshold = true;\r
 706     }\r
 707 \r
 708     /**\r
 709      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 710      * \r
 711      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 712      */\r
 713     public void setDisplayBoxes(\r
 714             final boolean displayBoxes) {\r
 715         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 716         this._has_displayBoxes = true;\r
 717     }\r
 718 \r
 719     /**\r
 720      * Sets the value of field 'displayText'.\r
 721      * \r
 722      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 723      */\r
 724     public void setDisplayText(\r
 725             final boolean displayText) {\r
 726         this._displayText = displayText;\r
 727         this._has_displayText = true;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     /**\r
 731      * Sets the value of field 'end'.\r
 732      * \r
 733      * @param end the value of field 'end'.\r
 734      */\r
 735     public void setEnd(\r
 736             final int end) {\r
 737         this._end = end;\r
 738         this._has_end = true;\r
 739     }\r
 740 \r
 741     /**\r
 742      * Sets the value of field 'name'.\r
 743      * \r
 744      * @param name the value of field 'name'.\r
 745      */\r
 746     public void setName(\r
 747             final java.lang.String name) {\r
 748         this._name = name;\r
 749     }\r
 750 \r
 751     /**\r
 752      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 753      * \r
 754      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
 755      */\r
 756     public void setOutlineColour(\r
 757             final int outlineColour) {\r
 758         this._outlineColour = outlineColour;\r
 759         this._has_outlineColour = true;\r
 760     }\r
 761 \r
 762     /**\r
 763      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 764      * \r
 765      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
 766      */\r
 767     public void setPidThreshold(\r
 768             final int pidThreshold) {\r
 769         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
 770         this._has_pidThreshold = true;\r
 771     }\r
 772 \r
 773     /**\r
 774      * \r
 775      * \r
 776      * @param index\r
 777      * @param vSeq\r
 778      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 779      * given is outside the bounds of the collection\r
 780      */\r
 781     public void setSeq(\r
 782             final int index,\r
 783             final java.lang.String vSeq)\r
 784     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 785         // check bounds for index\r
 786         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 787             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 788         }\r
 789         \r
 790         this._seqList.set(index, vSeq);\r
 791     }\r
 792 \r
 793     /**\r
 794      * \r
 795      * \r
 796      * @param vSeqArray\r
 797      */\r
 798     public void setSeq(\r
 799             final java.lang.String[] vSeqArray) {\r
 800         //-- copy array\r
 801         _seqList.clear();\r
 802         \r
 803         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
 804                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
 805         }\r
 806     }\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Sets the value of field 'start'.\r
 810      * \r
 811      * @param start the value of field 'start'.\r
 812      */\r
 813     public void setStart(\r
 814             final int start) {\r
 815         this._start = start;\r
 816         this._has_start = true;\r
 817     }\r
 818 \r
 819     /**\r
 820      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
 821      * \r
 822      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
 823      */\r
 824     public void setTextCol1(\r
 825             final int textCol1) {\r
 826         this._textCol1 = textCol1;\r
 827         this._has_textCol1 = true;\r
 828     }\r
 829 \r
 830     /**\r
 831      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
 832      * \r
 833      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
 834      */\r
 835     public void setTextCol2(\r
 836             final int textCol2) {\r
 837         this._textCol2 = textCol2;\r
 838         this._has_textCol2 = true;\r
 839     }\r
 840 \r
 841     /**\r
 842      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
 843      * \r
 844      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
 845      */\r
 846     public void setTextColThreshold(\r
 847             final int textColThreshold) {\r
 848         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
 849         this._has_textColThreshold = true;\r
 850     }\r
 851 \r
 852     /**\r
 853      * Method unmarshal.\r
 854      * \r
 855      * @param reader\r
 856      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 857      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 858      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 859      * object is an invalid instance according to the schema\r
 860      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
 861      */\r
 862     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
 863             final java.io.Reader reader)\r
 864     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 865         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
 866     }\r
 867 \r
 868     /**\r
 869      * \r
 870      * \r
 871      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 872      * object is an invalid instance according to the schema\r
 873      */\r
 874     public void validate(\r
 875     )\r
 876     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 877         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 878         validator.validate(this);\r
 879     }\r
 880 \r
 881 }\r