src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JGroup.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _start.
  31      */
  32     private int _start;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _start
  36      */
  37     private boolean _has_start;
  38
  39     /**
  40      * Field _end.
  41      */
  42     private int _end;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _end
  46      */
  47     private boolean _has_end;
  48
  49     /**
  50      * Field _name.
  51      */
  52     private java.lang.String _name;
  53
  54     /**
  55      * Field _colour.
  56      */
  57     private java.lang.String _colour;
  58
  59     /**
  60      * Field _consThreshold.
  61      */
  62     private int _consThreshold;
  63
  64     /**
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold
  66      */
  67     private boolean _has_consThreshold;
  68
  69     /**
  70      * Field _pidThreshold.
  71      */
  72     private int _pidThreshold;
  73
  74     /**
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  76      */
  77     private boolean _has_pidThreshold;
  78
  79     /**
  80      * Field _outlineColour.
  81      */
  82     private int _outlineColour;
  83
  84     /**
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour
  86      */
  87     private boolean _has_outlineColour;
  88
  89     /**
  90      * Field _displayBoxes.
  91      */
  92     private boolean _displayBoxes;
  93
  94     /**
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes
  96      */
  97     private boolean _has_displayBoxes;
  98
  99     /**
 100      * Field _displayText.
 101      */
 102     private boolean _displayText;
 103
 104     /**
 105      * keeps track of state for field: _displayText
 106      */
 107     private boolean _has_displayText;
 108
 109     /**
 110      * Field _colourText.
 111      */
 112     private boolean _colourText;
 113
 114     /**
 115      * keeps track of state for field: _colourText
 116      */
 117     private boolean _has_colourText;
 118
 119     /**
 120      * Field _textCol1.
 121      */
 122     private int _textCol1;
 123
 124     /**
 125      * keeps track of state for field: _textCol1
 126      */
 127     private boolean _has_textCol1;
 128
 129     /**
 130      * Field _textCol2.
 131      */
 132     private int _textCol2;
 133
 134     /**
 135      * keeps track of state for field: _textCol2
 136      */
 137     private boolean _has_textCol2;
 138
 139     /**
 140      * Field _textColThreshold.
 141      */
 142     private int _textColThreshold;
 143
 144     /**
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 146      */
 147     private boolean _has_textColThreshold;
 148
 149     /**
 150      * Field _showUnconserved.
 151      */
 152     private boolean _showUnconserved;
 153
 154     /**
 155      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 156      */
 157     private boolean _has_showUnconserved;
 158
 159     /**
 160      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 161      */
 162     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 163
 164     /**
 165      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 166      */
 167     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 168
 169     /**
 170      * Field _showConsensusHistogram.
 171      */
 172     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 173
 174     /**
 175      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 176      */
 177     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 178
 179     /**
 180      * Field _showSequenceLogo.
 181      */
 182     private boolean _showSequenceLogo = false;
 183
 184     /**
 185      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 186      */
 187     private boolean _has_showSequenceLogo;
 188
 189     /**
 190      * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 191      * alignment)
 192      *
 193      */
 194     private java.lang.String _id;
 195
 196     /**
 197      * Field _seqList.
 198      */
 199     private java.util.Vector _seqList;
 200
 201
 202       //----------------/
 203      //- Constructors -/
 204     //----------------/
 205
 206     public JGroup() {
 207         super();
 208         this._seqList = new java.util.Vector();
 209     }
 210
 211
 212       //-----------/
 213      //- Methods -/
 214     //-----------/
 215
 216     /**
 217      *
 218      *
 219      * @param vSeq
 220      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 221      * given is outside the bounds of the collection
 222      */
 223     public void addSeq(
 224             final java.lang.String vSeq)
 225     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 226         this._seqList.addElement(vSeq);
 227     }
 228
 229     /**
 230      *
 231      *
 232      * @param index
 233      * @param vSeq
 234      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 235      * given is outside the bounds of the collection
 236      */
 237     public void addSeq(
 238             final int index,
 239             final java.lang.String vSeq)
 240     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 241         this._seqList.add(index, vSeq);
 242     }
 243
 244     /**
 245      */
 246     public void deleteColourText(
 247     ) {
 248         this._has_colourText= false;
 249     }
 250
 251     /**
 252      */
 253     public void deleteConsThreshold(
 254     ) {
 255         this._has_consThreshold= false;
 256     }
 257
 258     /**
 259      */
 260     public void deleteDisplayBoxes(
 261     ) {
 262         this._has_displayBoxes= false;
 263     }
 264
 265     /**
 266      */
 267     public void deleteDisplayText(
 268     ) {
 269         this._has_displayText= false;
 270     }
 271
 272     /**
 273      */
 274     public void deleteEnd(
 275     ) {
 276         this._has_end= false;
 277     }
 278
 279     /**
 280      */
 281     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 282     ) {
 283         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 284     }
 285
 286     /**
 287      */
 288     public void deleteOutlineColour(
 289     ) {
 290         this._has_outlineColour= false;
 291     }
 292
 293     /**
 294      */
 295     public void deletePidThreshold(
 296     ) {
 297         this._has_pidThreshold= false;
 298     }
 299
 300     /**
 301      */
 302     public void deleteShowConsensusHistogram(
 303     ) {
 304         this._has_showConsensusHistogram= false;
 305     }
 306
 307     /**
 308      */
 309     public void deleteShowSequenceLogo(
 310     ) {
 311         this._has_showSequenceLogo= false;
 312     }
 313
 314     /**
 315      */
 316     public void deleteShowUnconserved(
 317     ) {
 318         this._has_showUnconserved= false;
 319     }
 320
 321     /**
 322      */
 323     public void deleteStart(
 324     ) {
 325         this._has_start= false;
 326     }
 327
 328     /**
 329      */
 330     public void deleteTextCol1(
 331     ) {
 332         this._has_textCol1= false;
 333     }
 334
 335     /**
 336      */
 337     public void deleteTextCol2(
 338     ) {
 339         this._has_textCol2= false;
 340     }
 341
 342     /**
 343      */
 344     public void deleteTextColThreshold(
 345     ) {
 346         this._has_textColThreshold= false;
 347     }
 348
 349     /**
 350      * Method enumerateSeq.
 351      *
 352      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 353      */
 354     public java.util.Enumeration enumerateSeq(
 355     ) {
 356         return this._seqList.elements();
 357     }
 358
 359     /**
 360      * Returns the value of field 'colour'.
 361      *
 362      * @return the value of field 'Colour'.
 363      */
 364     public java.lang.String getColour(
 365     ) {
 366         return this._colour;
 367     }
 368
 369     /**
 370      * Returns the value of field 'colourText'.
 371      *
 372      * @return the value of field 'ColourText'.
 373      */
 374     public boolean getColourText(
 375     ) {
 376         return this._colourText;
 377     }
 378
 379     /**
 380      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 381      *
 382      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 383      */
 384     public int getConsThreshold(
 385     ) {
 386         return this._consThreshold;
 387     }
 388
 389     /**
 390      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 391      *
 392      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 393      */
 394     public boolean getDisplayBoxes(
 395     ) {
 396         return this._displayBoxes;
 397     }
 398
 399     /**
 400      * Returns the value of field 'displayText'.
 401      *
 402      * @return the value of field 'DisplayText'.
 403      */
 404     public boolean getDisplayText(
 405     ) {
 406         return this._displayText;
 407     }
 408
 409     /**
 410      * Returns the value of field 'end'.
 411      *
 412      * @return the value of field 'End'.
 413      */
 414     public int getEnd(
 415     ) {
 416         return this._end;
 417     }
 418
 419     /**
 420      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 421      * following description: Optional sequence group ID (only
 422      * needs to be unique for this alignment)
 423      *
 424      *
 425      * @return the value of field 'Id'.
 426      */
 427     public java.lang.String getId(
 428     ) {
 429         return this._id;
 430     }
 431
 432     /**
 433      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 434      *
 435      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 436      */
 437     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
 438     ) {
 439         return this._ignoreGapsinConsensus;
 440     }
 441
 442     /**
 443      * Returns the value of field 'name'.
 444      *
 445      * @return the value of field 'Name'.
 446      */
 447     public java.lang.String getName(
 448     ) {
 449         return this._name;
 450     }
 451
 452     /**
 453      * Returns the value of field 'outlineColour'.
 454      *
 455      * @return the value of field 'OutlineColour'.
 456      */
 457     public int getOutlineColour(
 458     ) {
 459         return this._outlineColour;
 460     }
 461
 462     /**
 463      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 464      *
 465      * @return the value of field 'PidThreshold'.
 466      */
 467     public int getPidThreshold(
 468     ) {
 469         return this._pidThreshold;
 470     }
 471
 472     /**
 473      * Method getSeq.
 474      *
 475      * @param index
 476      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 477      * given is outside the bounds of the collection
 478      * @return the value of the java.lang.String at the given index
 479      */
 480     public java.lang.String getSeq(
 481             final int index)
 482     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 483         // check bounds for index
 484         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
 485             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 486         }
 487
 488         return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 489     }
 490
 491     /**
 492      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an
 493      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 494      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 495      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 496      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 497      *
 498      * @return this collection as an Array
 499      */
 500     public java.lang.String[] getSeq(
 501     ) {
 502         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 503         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 504     }
 505
 506     /**
 507      * Method getSeqCount.
 508      *
 509      * @return the size of this collection
 510      */
 511     public int getSeqCount(
 512     ) {
 513         return this._seqList.size();
 514     }
 515
 516     /**
 517      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 518      *
 519      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 520      */
 521     public boolean getShowConsensusHistogram(
 522     ) {
 523         return this._showConsensusHistogram;
 524     }
 525
 526     /**
 527      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 528      *
 529      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 530      */
 531     public boolean getShowSequenceLogo(
 532     ) {
 533         return this._showSequenceLogo;
 534     }
 535
 536     /**
 537      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 538      *
 539      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 540      */
 541     public boolean getShowUnconserved(
 542     ) {
 543         return this._showUnconserved;
 544     }
 545
 546     /**
 547      * Returns the value of field 'start'.
 548      *
 549      * @return the value of field 'Start'.
 550      */
 551     public int getStart(
 552     ) {
 553         return this._start;
 554     }
 555
 556     /**
 557      * Returns the value of field 'textCol1'.
 558      *
 559      * @return the value of field 'TextCol1'.
 560      */
 561     public int getTextCol1(
 562     ) {
 563         return this._textCol1;
 564     }
 565
 566     /**
 567      * Returns the value of field 'textCol2'.
 568      *
 569      * @return the value of field 'TextCol2'.
 570      */
 571     public int getTextCol2(
 572     ) {
 573         return this._textCol2;
 574     }
 575
 576     /**
 577      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 578      *
 579      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 580      */
 581     public int getTextColThreshold(
 582     ) {
 583         return this._textColThreshold;
 584     }
 585
 586     /**
 587      * Method hasColourText.
 588      *
 589      * @return true if at least one ColourText has been added
 590      */
 591     public boolean hasColourText(
 592     ) {
 593         return this._has_colourText;
 594     }
 595
 596     /**
 597      * Method hasConsThreshold.
 598      *
 599      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 600      */
 601     public boolean hasConsThreshold(
 602     ) {
 603         return this._has_consThreshold;
 604     }
 605
 606     /**
 607      * Method hasDisplayBoxes.
 608      *
 609      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 610      */
 611     public boolean hasDisplayBoxes(
 612     ) {
 613         return this._has_displayBoxes;
 614     }
 615
 616     /**
 617      * Method hasDisplayText.
 618      *
 619      * @return true if at least one DisplayText has been added
 620      */
 621     public boolean hasDisplayText(
 622     ) {
 623         return this._has_displayText;
 624     }
 625
 626     /**
 627      * Method hasEnd.
 628      *
 629      * @return true if at least one End has been added
 630      */
 631     public boolean hasEnd(
 632     ) {
 633         return this._has_end;
 634     }
 635
 636     /**
 637      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 638      *
 639      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
 640      * added
 641      */
 642     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
 643     ) {
 644         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 645     }
 646
 647     /**
 648      * Method hasOutlineColour.
 649      *
 650      * @return true if at least one OutlineColour has been added
 651      */
 652     public boolean hasOutlineColour(
 653     ) {
 654         return this._has_outlineColour;
 655     }
 656
 657     /**
 658      * Method hasPidThreshold.
 659      *
 660      * @return true if at least one PidThreshold has been added
 661      */
 662     public boolean hasPidThreshold(
 663     ) {
 664         return this._has_pidThreshold;
 665     }
 666
 667     /**
 668      * Method hasShowConsensusHistogram.
 669      *
 670      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
 671      * added
 672      */
 673     public boolean hasShowConsensusHistogram(
 674     ) {
 675         return this._has_showConsensusHistogram;
 676     }
 677
 678     /**
 679      * Method hasShowSequenceLogo.
 680      *
 681      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 682      */
 683     public boolean hasShowSequenceLogo(
 684     ) {
 685         return this._has_showSequenceLogo;
 686     }
 687
 688     /**
 689      * Method hasShowUnconserved.
 690      *
 691      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 692      */
 693     public boolean hasShowUnconserved(
 694     ) {
 695         return this._has_showUnconserved;
 696     }
 697
 698     /**
 699      * Method hasStart.
 700      *
 701      * @return true if at least one Start has been added
 702      */
 703     public boolean hasStart(
 704     ) {
 705         return this._has_start;
 706     }
 707
 708     /**
 709      * Method hasTextCol1.
 710      *
 711      * @return true if at least one TextCol1 has been added
 712      */
 713     public boolean hasTextCol1(
 714     ) {
 715         return this._has_textCol1;
 716     }
 717
 718     /**
 719      * Method hasTextCol2.
 720      *
 721      * @return true if at least one TextCol2 has been added
 722      */
 723     public boolean hasTextCol2(
 724     ) {
 725         return this._has_textCol2;
 726     }
 727
 728     /**
 729      * Method hasTextColThreshold.
 730      *
 731      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 732      */
 733     public boolean hasTextColThreshold(
 734     ) {
 735         return this._has_textColThreshold;
 736     }
 737
 738     /**
 739      * Returns the value of field 'colourText'.
 740      *
 741      * @return the value of field 'ColourText'.
 742      */
 743     public boolean isColourText(
 744     ) {
 745         return this._colourText;
 746     }
 747
 748     /**
 749      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 750      *
 751      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 752      */
 753     public boolean isDisplayBoxes(
 754     ) {
 755         return this._displayBoxes;
 756     }
 757
 758     /**
 759      * Returns the value of field 'displayText'.
 760      *
 761      * @return the value of field 'DisplayText'.
 762      */
 763     public boolean isDisplayText(
 764     ) {
 765         return this._displayText;
 766     }
 767
 768     /**
 769      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 770      *
 771      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 772      */
 773     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
 774     ) {
 775         return this._ignoreGapsinConsensus;
 776     }
 777
 778     /**
 779      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 780      *
 781      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 782      */
 783     public boolean isShowConsensusHistogram(
 784     ) {
 785         return this._showConsensusHistogram;
 786     }
 787
 788     /**
 789      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 790      *
 791      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 792      */
 793     public boolean isShowSequenceLogo(
 794     ) {
 795         return this._showSequenceLogo;
 796     }
 797
 798     /**
 799      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 800      *
 801      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 802      */
 803     public boolean isShowUnconserved(
 804     ) {
 805         return this._showUnconserved;
 806     }
 807
 808     /**
 809      * Method isValid.
 810      *
 811      * @return true if this object is valid according to the schema
 812      */
 813     public boolean isValid(
 814     ) {
 815         try {
 816             validate();
 817         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 818             return false;
 819         }
 820         return true;
 821     }
 822
 823     /**
 824      *
 825      *
 826      * @param out
 827      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 828      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 829      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 830      * object is an invalid instance according to the schema
 831      */
 832     public void marshal(
 833             final java.io.Writer out)
 834     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 835         Marshaller.marshal(this, out);
 836     }
 837
 838     /**
 839      *
 840      *
 841      * @param handler
 842      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 843      * marshaling
 844      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 845      * object is an invalid instance according to the schema
 846      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 847      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 848      */
 849     public void marshal(
 850             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 851     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 852         Marshaller.marshal(this, handler);
 853     }
 854
 855     /**
 856      */
 857     public void removeAllSeq(
 858     ) {
 859         this._seqList.clear();
 860     }
 861
 862     /**
 863      * Method removeSeq.
 864      *
 865      * @param vSeq
 866      * @return true if the object was removed from the collection.
 867      */
 868     public boolean removeSeq(
 869             final java.lang.String vSeq) {
 870         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 871         return removed;
 872     }
 873
 874     /**
 875      * Method removeSeqAt.
 876      *
 877      * @param index
 878      * @return the element removed from the collection
 879      */
 880     public java.lang.String removeSeqAt(
 881             final int index) {
 882         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 883         return (java.lang.String) obj;
 884     }
 885
 886     /**
 887      * Sets the value of field 'colour'.
 888      *
 889      * @param colour the value of field 'colour'.
 890      */
 891     public void setColour(
 892             final java.lang.String colour) {
 893         this._colour = colour;
 894     }
 895
 896     /**
 897      * Sets the value of field 'colourText'.
 898      *
 899      * @param colourText the value of field 'colourText'.
 900      */
 901     public void setColourText(
 902             final boolean colourText) {
 903         this._colourText = colourText;
 904         this._has_colourText = true;
 905     }
 906
 907     /**
 908      * Sets the value of field 'consThreshold'.
 909      *
 910      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
 911      */
 912     public void setConsThreshold(
 913             final int consThreshold) {
 914         this._consThreshold = consThreshold;
 915         this._has_consThreshold = true;
 916     }
 917
 918     /**
 919      * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 920      *
 921      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.
 922      */
 923     public void setDisplayBoxes(
 924             final boolean displayBoxes) {
 925         this._displayBoxes = displayBoxes;
 926         this._has_displayBoxes = true;
 927     }
 928
 929     /**
 930      * Sets the value of field 'displayText'.
 931      *
 932      * @param displayText the value of field 'displayText'.
 933      */
 934     public void setDisplayText(
 935             final boolean displayText) {
 936         this._displayText = displayText;
 937         this._has_displayText = true;
 938     }
 939
 940     /**
 941      * Sets the value of field 'end'.
 942      *
 943      * @param end the value of field 'end'.
 944      */
 945     public void setEnd(
 946             final int end) {
 947         this._end = end;
 948         this._has_end = true;
 949     }
 950
 951     /**
 952      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
 953      * following description: Optional sequence group ID (only
 954      * needs to be unique for this alignment)
 955      *
 956      *
 957      * @param id the value of field 'id'.
 958      */
 959     public void setId(
 960             final java.lang.String id) {
 961         this._id = id;
 962     }
 963
 964     /**
 965      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 966      *
 967      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
 968      * 'ignoreGapsinConsensus'.
 969      */
 970     public void setIgnoreGapsinConsensus(
 971             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
 972         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
 973         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
 974     }
 975
 976     /**
 977      * Sets the value of field 'name'.
 978      *
 979      * @param name the value of field 'name'.
 980      */
 981     public void setName(
 982             final java.lang.String name) {
 983         this._name = name;
 984     }
 985
 986     /**
 987      * Sets the value of field 'outlineColour'.
 988      *
 989      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.
 990      */
 991     public void setOutlineColour(
 992             final int outlineColour) {
 993         this._outlineColour = outlineColour;
 994         this._has_outlineColour = true;
 995     }
 996
 997     /**
 998      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
 999      *
1000      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
1001      */
1002     public void setPidThreshold(
1003             final int pidThreshold) {
1004         this._pidThreshold = pidThreshold;
1005         this._has_pidThreshold = true;
1006     }
1007
1008     /**
1009      *
1010      *
1011      * @param index
1012      * @param vSeq
1013      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
1014      * given is outside the bounds of the collection
1015      */
1016     public void setSeq(
1017             final int index,
1018             final java.lang.String vSeq)
1019     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
1020         // check bounds for index
1021         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
1022             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1023         }
1024
1025         this._seqList.set(index, vSeq);
1026     }
1027
1028     /**
1029      *
1030      *
1031      * @param vSeqArray
1032      */
1033     public void setSeq(
1034             final java.lang.String[] vSeqArray) {
1035         //-- copy array
1036         _seqList.clear();
1037
1038         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {
1039                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1040         }
1041     }
1042
1043     /**
1044      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1045      *
1046      * @param showConsensusHistogram the value of field
1047      * 'showConsensusHistogram'.
1048      */
1049     public void setShowConsensusHistogram(
1050             final boolean showConsensusHistogram) {
1051         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1052         this._has_showConsensusHistogram = true;
1053     }
1054
1055     /**
1056      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1057      *
1058      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
1059      */
1060     public void setShowSequenceLogo(
1061             final boolean showSequenceLogo) {
1062         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1063         this._has_showSequenceLogo = true;
1064     }
1065
1066     /**
1067      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1068      *
1069      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
1070      */
1071     public void setShowUnconserved(
1072             final boolean showUnconserved) {
1073         this._showUnconserved = showUnconserved;
1074         this._has_showUnconserved = true;
1075     }
1076
1077     /**
1078      * Sets the value of field 'start'.
1079      *
1080      * @param start the value of field 'start'.
1081      */
1082     public void setStart(
1083             final int start) {
1084         this._start = start;
1085         this._has_start = true;
1086     }
1087
1088     /**
1089      * Sets the value of field 'textCol1'.
1090      *
1091      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
1092      */
1093     public void setTextCol1(
1094             final int textCol1) {
1095         this._textCol1 = textCol1;
1096         this._has_textCol1 = true;
1097     }
1098
1099     /**
1100      * Sets the value of field 'textCol2'.
1101      *
1102      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
1103      */
1104     public void setTextCol2(
1105             final int textCol2) {
1106         this._textCol2 = textCol2;
1107         this._has_textCol2 = true;
1108     }
1109
1110     /**
1111      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1112      *
1113      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
1114      */
1115     public void setTextColThreshold(
1116             final int textColThreshold) {
1117         this._textColThreshold = textColThreshold;
1118         this._has_textColThreshold = true;
1119     }
1120
1121     /**
1122      * Method unmarshal.
1123      *
1124      * @param reader
1125      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1126      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1127      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1128      * object is an invalid instance according to the schema
1129      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1130      */
1131     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1132             final java.io.Reader reader)
1133     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1134         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1135     }
1136
1137     /**
1138      *
1139      *
1140      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1141      * object is an invalid instance according to the schema
1142      */
1143     public void validate(
1144     )
1145     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1146         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1147         validator.validate(this);
1148     }
1149
1150 }