src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  28 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  29
  30 /**
  31  * Class JGroup.
  32  *
  33  * @version $Revision$ $Date$
  34  */
  35 public class JGroup implements java.io.Serializable
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _start.
  44    */
  45   private int _start;
  46
  47   /**
  48    * keeps track of state for field: _start
  49    */
  50   private boolean _has_start;
  51
  52   /**
  53    * Field _end.
  54    */
  55   private int _end;
  56
  57   /**
  58    * keeps track of state for field: _end
  59    */
  60   private boolean _has_end;
  61
  62   /**
  63    * Field _name.
  64    */
  65   private java.lang.String _name;
  66
  67   /**
  68    * Field _colour.
  69    */
  70   private java.lang.String _colour;
  71
  72   /**
  73    * Field _consThreshold.
  74    */
  75   private int _consThreshold;
  76
  77   /**
  78    * keeps track of state for field: _consThreshold
  79    */
  80   private boolean _has_consThreshold;
  81
  82   /**
  83    * Field _pidThreshold.
  84    */
  85   private int _pidThreshold;
  86
  87   /**
  88    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  89    */
  90   private boolean _has_pidThreshold;
  91
  92   /**
  93    * Field _outlineColour.
  94    */
  95   private int _outlineColour;
  96
  97   /**
  98    * keeps track of state for field: _outlineColour
  99    */
 100   private boolean _has_outlineColour;
 101
 102   /**
 103    * Field _displayBoxes.
 104    */
 105   private boolean _displayBoxes;
 106
 107   /**
 108    * keeps track of state for field: _displayBoxes
 109    */
 110   private boolean _has_displayBoxes;
 111
 112   /**
 113    * Field _displayText.
 114    */
 115   private boolean _displayText;
 116
 117   /**
 118    * keeps track of state for field: _displayText
 119    */
 120   private boolean _has_displayText;
 121
 122   /**
 123    * Field _colourText.
 124    */
 125   private boolean _colourText;
 126
 127   /**
 128    * keeps track of state for field: _colourText
 129    */
 130   private boolean _has_colourText;
 131
 132   /**
 133    * Field _textCol1.
 134    */
 135   private int _textCol1;
 136
 137   /**
 138    * keeps track of state for field: _textCol1
 139    */
 140   private boolean _has_textCol1;
 141
 142   /**
 143    * Field _textCol2.
 144    */
 145   private int _textCol2;
 146
 147   /**
 148    * keeps track of state for field: _textCol2
 149    */
 150   private boolean _has_textCol2;
 151
 152   /**
 153    * Field _textColThreshold.
 154    */
 155   private int _textColThreshold;
 156
 157   /**
 158    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 159    */
 160   private boolean _has_textColThreshold;
 161
 162   /**
 163    * Field _showUnconserved.
 164    */
 165   private boolean _showUnconserved;
 166
 167   /**
 168    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 169    */
 170   private boolean _has_showUnconserved;
 171
 172   /**
 173    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 174    */
 175   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 176
 177   /**
 178    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 179    */
 180   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 181
 182   /**
 183    * Field _showConsensusHistogram.
 184    */
 185   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 186
 187   /**
 188    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 189    */
 190   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 191
 192   /**
 193    * Field _showSequenceLogo.
 194    */
 195   private boolean _showSequenceLogo = false;
 196
 197   /**
 198    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 199    */
 200   private boolean _has_showSequenceLogo;
 201
 202   /**
 203    * Field _normaliseSequenceLogo.
 204    */
 205   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 206
 207   /**
 208    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 209    */
 210   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 211
 212   /**
 213    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
 214    *
 215    */
 216   private java.lang.String _id;
 217
 218   /**
 219    * Field _seqList.
 220    */
 221   private java.util.Vector _seqList;
 222
 223   /**
 224    * Field _annotationColours.
 225    */
 226   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 227
 228   // ----------------/
 229   // - Constructors -/
 230   // ----------------/
 231
 232   public JGroup()
 233   {
 234     super();
 235     this._seqList = new java.util.Vector();
 236   }
 237
 238   // -----------/
 239   // - Methods -/
 240   // -----------/
 241
 242   /**
 243    *
 244    *
 245    * @param vSeq
 246    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 247    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 248    */
 249   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)
 250           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 251   {
 252     this._seqList.addElement(vSeq);
 253   }
 254
 255   /**
 256    *
 257    *
 258    * @param index
 259    * @param vSeq
 260    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 261    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 262    */
 263   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
 264           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 265   {
 266     this._seqList.add(index, vSeq);
 267   }
 268
 269   /**
 270      */
 271   public void deleteColourText()
 272   {
 273     this._has_colourText = false;
 274   }
 275
 276   /**
 277      */
 278   public void deleteConsThreshold()
 279   {
 280     this._has_consThreshold = false;
 281   }
 282
 283   /**
 284      */
 285   public void deleteDisplayBoxes()
 286   {
 287     this._has_displayBoxes = false;
 288   }
 289
 290   /**
 291      */
 292   public void deleteDisplayText()
 293   {
 294     this._has_displayText = false;
 295   }
 296
 297   /**
 298      */
 299   public void deleteEnd()
 300   {
 301     this._has_end = false;
 302   }
 303
 304   /**
 305      */
 306   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 307   {
 308     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 309   }
 310
 311   /**
 312      */
 313   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 314   {
 315     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 316   }
 317
 318   /**
 319      */
 320   public void deleteOutlineColour()
 321   {
 322     this._has_outlineColour = false;
 323   }
 324
 325   /**
 326      */
 327   public void deletePidThreshold()
 328   {
 329     this._has_pidThreshold = false;
 330   }
 331
 332   /**
 333      */
 334   public void deleteShowConsensusHistogram()
 335   {
 336     this._has_showConsensusHistogram = false;
 337   }
 338
 339   /**
 340      */
 341   public void deleteShowSequenceLogo()
 342   {
 343     this._has_showSequenceLogo = false;
 344   }
 345
 346   /**
 347      */
 348   public void deleteShowUnconserved()
 349   {
 350     this._has_showUnconserved = false;
 351   }
 352
 353   /**
 354      */
 355   public void deleteStart()
 356   {
 357     this._has_start = false;
 358   }
 359
 360   /**
 361      */
 362   public void deleteTextCol1()
 363   {
 364     this._has_textCol1 = false;
 365   }
 366
 367   /**
 368      */
 369   public void deleteTextCol2()
 370   {
 371     this._has_textCol2 = false;
 372   }
 373
 374   /**
 375      */
 376   public void deleteTextColThreshold()
 377   {
 378     this._has_textColThreshold = false;
 379   }
 380
 381   /**
 382    * Method enumerateSeq.
 383    *
 384    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 385    */
 386   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 387   {
 388     return this._seqList.elements();
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 393    *
 394    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 395    */
 396   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 397   {
 398     return this._annotationColours;
 399   }
 400
 401   /**
 402    * Returns the value of field 'colour'.
 403    *
 404    * @return the value of field 'Colour'.
 405    */
 406   public java.lang.String getColour()
 407   {
 408     return this._colour;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Returns the value of field 'colourText'.
 413    *
 414    * @return the value of field 'ColourText'.
 415    */
 416   public boolean getColourText()
 417   {
 418     return this._colourText;
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 423    *
 424    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 425    */
 426   public int getConsThreshold()
 427   {
 428     return this._consThreshold;
 429   }
 430
 431   /**
 432    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 433    *
 434    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 435    */
 436   public boolean getDisplayBoxes()
 437   {
 438     return this._displayBoxes;
 439   }
 440
 441   /**
 442    * Returns the value of field 'displayText'.
 443    *
 444    * @return the value of field 'DisplayText'.
 445    */
 446   public boolean getDisplayText()
 447   {
 448     return this._displayText;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Returns the value of field 'end'.
 453    *
 454    * @return the value of field 'End'.
 455    */
 456   public int getEnd()
 457   {
 458     return this._end;
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
 463    * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 464    * alignment)
 465    *
 466    *
 467    * @return the value of field 'Id'.
 468    */
 469   public java.lang.String getId()
 470   {
 471     return this._id;
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 476    *
 477    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 478    */
 479   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
 480   {
 481     return this._ignoreGapsinConsensus;
 482   }
 483
 484   /**
 485    * Returns the value of field 'name'.
 486    *
 487    * @return the value of field 'Name'.
 488    */
 489   public java.lang.String getName()
 490   {
 491     return this._name;
 492   }
 493
 494   /**
 495    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 496    *
 497    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 498    */
 499   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
 500   {
 501     return this._normaliseSequenceLogo;
 502   }
 503
 504   /**
 505    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 506    *
 507    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 508    */
 509   public int getOutlineColour()
 510   {
 511     return this._outlineColour;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 516    *
 517    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 518    */
 519   public int getPidThreshold()
 520   {
 521     return this._pidThreshold;
 522   }
 523
 524   /**
 525    * Method getSeq.
 526    *
 527    * @param index
 528    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 529    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 530    * @return the value of the java.lang.String at the given index
 531    */
 532   public java.lang.String getSeq(final int index)
 533           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 534   {
 535     // check bounds for index
 536     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 537     {
 538       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
 539               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 540     }
 541
 542     return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 543   }
 544
 545   /**
 546    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 547    * <p>
 548    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 549    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 550    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 551    *
 552    * @return this collection as an Array
 553    */
 554   public java.lang.String[] getSeq()
 555   {
 556     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 557     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 558   }
 559
 560   /**
 561    * Method getSeqCount.
 562    *
 563    * @return the size of this collection
 564    */
 565   public int getSeqCount()
 566   {
 567     return this._seqList.size();
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 572    *
 573    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 574    */
 575   public boolean getShowConsensusHistogram()
 576   {
 577     return this._showConsensusHistogram;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 582    *
 583    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 584    */
 585   public boolean getShowSequenceLogo()
 586   {
 587     return this._showSequenceLogo;
 588   }
 589
 590   /**
 591    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 592    *
 593    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 594    */
 595   public boolean getShowUnconserved()
 596   {
 597     return this._showUnconserved;
 598   }
 599
 600   /**
 601    * Returns the value of field 'start'.
 602    *
 603    * @return the value of field 'Start'.
 604    */
 605   public int getStart()
 606   {
 607     return this._start;
 608   }
 609
 610   /**
 611    * Returns the value of field 'textCol1'.
 612    *
 613    * @return the value of field 'TextCol1'.
 614    */
 615   public int getTextCol1()
 616   {
 617     return this._textCol1;
 618   }
 619
 620   /**
 621    * Returns the value of field 'textCol2'.
 622    *
 623    * @return the value of field 'TextCol2'.
 624    */
 625   public int getTextCol2()
 626   {
 627     return this._textCol2;
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 632    *
 633    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 634    */
 635   public int getTextColThreshold()
 636   {
 637     return this._textColThreshold;
 638   }
 639
 640   /**
 641    * Method hasColourText.
 642    *
 643    * @return true if at least one ColourText has been added
 644    */
 645   public boolean hasColourText()
 646   {
 647     return this._has_colourText;
 648   }
 649
 650   /**
 651    * Method hasConsThreshold.
 652    *
 653    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 654    */
 655   public boolean hasConsThreshold()
 656   {
 657     return this._has_consThreshold;
 658   }
 659
 660   /**
 661    * Method hasDisplayBoxes.
 662    *
 663    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 664    */
 665   public boolean hasDisplayBoxes()
 666   {
 667     return this._has_displayBoxes;
 668   }
 669
 670   /**
 671    * Method hasDisplayText.
 672    *
 673    * @return true if at least one DisplayText has been added
 674    */
 675   public boolean hasDisplayText()
 676   {
 677     return this._has_displayText;
 678   }
 679
 680   /**
 681    * Method hasEnd.
 682    *
 683    * @return true if at least one End has been added
 684    */
 685   public boolean hasEnd()
 686   {
 687     return this._has_end;
 688   }
 689
 690   /**
 691    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 692    *
 693    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
 694    */
 695   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
 696   {
 697     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 698   }
 699
 700   /**
 701    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 702    *
 703    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
 704    */
 705   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
 706   {
 707     return this._has_normaliseSequenceLogo;
 708   }
 709
 710   /**
 711    * Method hasOutlineColour.
 712    *
 713    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 714    */
 715   public boolean hasOutlineColour()
 716   {
 717     return this._has_outlineColour;
 718   }
 719
 720   /**
 721    * Method hasPidThreshold.
 722    *
 723    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 724    */
 725   public boolean hasPidThreshold()
 726   {
 727     return this._has_pidThreshold;
 728   }
 729
 730   /**
 731    * Method hasShowConsensusHistogram.
 732    *
 733    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
 734    */
 735   public boolean hasShowConsensusHistogram()
 736   {
 737     return this._has_showConsensusHistogram;
 738   }
 739
 740   /**
 741    * Method hasShowSequenceLogo.
 742    *
 743    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 744    */
 745   public boolean hasShowSequenceLogo()
 746   {
 747     return this._has_showSequenceLogo;
 748   }
 749
 750   /**
 751    * Method hasShowUnconserved.
 752    *
 753    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 754    */
 755   public boolean hasShowUnconserved()
 756   {
 757     return this._has_showUnconserved;
 758   }
 759
 760   /**
 761    * Method hasStart.
 762    *
 763    * @return true if at least one Start has been added
 764    */
 765   public boolean hasStart()
 766   {
 767     return this._has_start;
 768   }
 769
 770   /**
 771    * Method hasTextCol1.
 772    *
 773    * @return true if at least one TextCol1 has been added
 774    */
 775   public boolean hasTextCol1()
 776   {
 777     return this._has_textCol1;
 778   }
 779
 780   /**
 781    * Method hasTextCol2.
 782    *
 783    * @return true if at least one TextCol2 has been added
 784    */
 785   public boolean hasTextCol2()
 786   {
 787     return this._has_textCol2;
 788   }
 789
 790   /**
 791    * Method hasTextColThreshold.
 792    *
 793    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 794    */
 795   public boolean hasTextColThreshold()
 796   {
 797     return this._has_textColThreshold;
 798   }
 799
 800   /**
 801    * Returns the value of field 'colourText'.
 802    *
 803    * @return the value of field 'ColourText'.
 804    */
 805   public boolean isColourText()
 806   {
 807     return this._colourText;
 808   }
 809
 810   /**
 811    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 812    *
 813    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 814    */
 815   public boolean isDisplayBoxes()
 816   {
 817     return this._displayBoxes;
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Returns the value of field 'displayText'.
 822    *
 823    * @return the value of field 'DisplayText'.
 824    */
 825   public boolean isDisplayText()
 826   {
 827     return this._displayText;
 828   }
 829
 830   /**
 831    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 832    *
 833    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 834    */
 835   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
 836   {
 837     return this._ignoreGapsinConsensus;
 838   }
 839
 840   /**
 841    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 842    *
 843    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 844    */
 845   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 846   {
 847     return this._normaliseSequenceLogo;
 848   }
 849
 850   /**
 851    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 852    *
 853    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 854    */
 855   public boolean isShowConsensusHistogram()
 856   {
 857     return this._showConsensusHistogram;
 858   }
 859
 860   /**
 861    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 862    *
 863    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 864    */
 865   public boolean isShowSequenceLogo()
 866   {
 867     return this._showSequenceLogo;
 868   }
 869
 870   /**
 871    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 872    *
 873    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 874    */
 875   public boolean isShowUnconserved()
 876   {
 877     return this._showUnconserved;
 878   }
 879
 880   /**
 881    * Method isValid.
 882    *
 883    * @return true if this object is valid according to the schema
 884    */
 885   public boolean isValid()
 886   {
 887     try
 888     {
 889       validate();
 890     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 891     {
 892       return false;
 893     }
 894     return true;
 895   }
 896
 897   /**
 898    *
 899    *
 900    * @param out
 901    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 902    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 903    *           marshaling
 904    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 905    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 906    */
 907   public void marshal(final java.io.Writer out)
 908           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 909           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 910   {
 911     Marshaller.marshal(this, out);
 912   }
 913
 914   /**
 915    *
 916    *
 917    * @param handler
 918    * @throws java.io.IOException
 919    *           if an IOException occurs during marshaling
 920    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 921    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 922    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 923    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 924    *           marshaling
 925    */
 926   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 927           throws java.io.IOException,
 928           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 929           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 930   {
 931     Marshaller.marshal(this, handler);
 932   }
 933
 934   /**
 935      */
 936   public void removeAllSeq()
 937   {
 938     this._seqList.clear();
 939   }
 940
 941   /**
 942    * Method removeSeq.
 943    *
 944    * @param vSeq
 945    * @return true if the object was removed from the collection.
 946    */
 947   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)
 948   {
 949     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 950     return removed;
 951   }
 952
 953   /**
 954    * Method removeSeqAt.
 955    *
 956    * @param index
 957    * @return the element removed from the collection
 958    */
 959   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)
 960   {
 961     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 962     return (java.lang.String) obj;
 963   }
 964
 965   /**
 966    * Sets the value of field 'annotationColours'.
 967    *
 968    * @param annotationColours
 969    *          the value of field 'annotationColours'.
 970    */
 971   public void setAnnotationColours(
 972           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
 973   {
 974     this._annotationColours = annotationColours;
 975   }
 976
 977   /**
 978    * Sets the value of field 'colour'.
 979    *
 980    * @param colour
 981    *          the value of field 'colour'.
 982    */
 983   public void setColour(final java.lang.String colour)
 984   {
 985     this._colour = colour;
 986   }
 987
 988   /**
 989    * Sets the value of field 'colourText'.
 990    *
 991    * @param colourText
 992    *          the value of field 'colourText'.
 993    */
 994   public void setColourText(final boolean colourText)
 995   {
 996     this._colourText = colourText;
 997     this._has_colourText = true;
 998   }
 999
1000   /**
1001    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1002    *
1003    * @param consThreshold
1004    *          the value of field 'consThreshold'.
1005    */
1006   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1007   {
1008     this._consThreshold = consThreshold;
1009     this._has_consThreshold = true;
1010   }
1011
1012   /**
1013    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
1014    *
1015    * @param displayBoxes
1016    *          the value of field 'displayBoxes'.
1017    */
1018   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
1019   {
1020     this._displayBoxes = displayBoxes;
1021     this._has_displayBoxes = true;
1022   }
1023
1024   /**
1025    * Sets the value of field 'displayText'.
1026    *
1027    * @param displayText
1028    *          the value of field 'displayText'.
1029    */
1030   public void setDisplayText(final boolean displayText)
1031   {
1032     this._displayText = displayText;
1033     this._has_displayText = true;
1034   }
1035
1036   /**
1037    * Sets the value of field 'end'.
1038    *
1039    * @param end
1040    *          the value of field 'end'.
1041    */
1042   public void setEnd(final int end)
1043   {
1044     this._end = end;
1045     this._has_end = true;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
1050    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
1051    *
1052    *
1053    * @param id
1054    *          the value of field 'id'.
1055    */
1056   public void setId(final java.lang.String id)
1057   {
1058     this._id = id;
1059   }
1060
1061   /**
1062    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1063    *
1064    * @param ignoreGapsinConsensus
1065    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1066    */
1067   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
1068   {
1069     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1070     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1071   }
1072
1073   /**
1074    * Sets the value of field 'name'.
1075    *
1076    * @param name
1077    *          the value of field 'name'.
1078    */
1079   public void setName(final java.lang.String name)
1080   {
1081     this._name = name;
1082   }
1083
1084   /**
1085    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1086    *
1087    * @param normaliseSequenceLogo
1088    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1089    */
1090   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
1091   {
1092     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1093     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1094   }
1095
1096   /**
1097    * Sets the value of field 'outlineColour'.
1098    *
1099    * @param outlineColour
1100    *          the value of field 'outlineColour'.
1101    */
1102   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
1103   {
1104     this._outlineColour = outlineColour;
1105     this._has_outlineColour = true;
1106   }
1107
1108   /**
1109    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1110    *
1111    * @param pidThreshold
1112    *          the value of field 'pidThreshold'.
1113    */
1114   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1115   {
1116     this._pidThreshold = pidThreshold;
1117     this._has_pidThreshold = true;
1118   }
1119
1120   /**
1121    *
1122    *
1123    * @param index
1124    * @param vSeq
1125    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1126    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1127    */
1128   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
1129           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1130   {
1131     // check bounds for index
1132     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
1133     {
1134       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
1135               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1136     }
1137
1138     this._seqList.set(index, vSeq);
1139   }
1140
1141   /**
1142    *
1143    *
1144    * @param vSeqArray
1145    */
1146   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)
1147   {
1148     // -- copy array
1149     _seqList.clear();
1150
1151     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
1152     {
1153       this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1154     }
1155   }
1156
1157   /**
1158    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1159    *
1160    * @param showConsensusHistogram
1161    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
1162    */
1163   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
1164   {
1165     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1166     this._has_showConsensusHistogram = true;
1167   }
1168
1169   /**
1170    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1171    *
1172    * @param showSequenceLogo
1173    *          the value of field 'showSequenceLogo'
1174    */
1175   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
1176   {
1177     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1178     this._has_showSequenceLogo = true;
1179   }
1180
1181   /**
1182    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1183    *
1184    * @param showUnconserved
1185    *          the value of field 'showUnconserved'.
1186    */
1187   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
1188   {
1189     this._showUnconserved = showUnconserved;
1190     this._has_showUnconserved = true;
1191   }
1192
1193   /**
1194    * Sets the value of field 'start'.
1195    *
1196    * @param start
1197    *          the value of field 'start'.
1198    */
1199   public void setStart(final int start)
1200   {
1201     this._start = start;
1202     this._has_start = true;
1203   }
1204
1205   /**
1206    * Sets the value of field 'textCol1'.
1207    *
1208    * @param textCol1
1209    *          the value of field 'textCol1'.
1210    */
1211   public void setTextCol1(final int textCol1)
1212   {
1213     this._textCol1 = textCol1;
1214     this._has_textCol1 = true;
1215   }
1216
1217   /**
1218    * Sets the value of field 'textCol2'.
1219    *
1220    * @param textCol2
1221    *          the value of field 'textCol2'.
1222    */
1223   public void setTextCol2(final int textCol2)
1224   {
1225     this._textCol2 = textCol2;
1226     this._has_textCol2 = true;
1227   }
1228
1229   /**
1230    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1231    *
1232    * @param textColThreshold
1233    *          the value of field 'textColThreshold'
1234    */
1235   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
1236   {
1237     this._textColThreshold = textColThreshold;
1238     this._has_textColThreshold = true;
1239   }
1240
1241   /**
1242    * Method unmarshal.
1243    *
1244    * @param reader
1245    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1246    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1247    *           marshaling
1248    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1249    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1250    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1251    */
1252   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1253           final java.io.Reader reader)
1254           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1255           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1256   {
1257     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
1258             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1259   }
1260
1261   /**
1262    *
1263    *
1264    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1265    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1266    */
1267   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1268   {
1269     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1270     validator.validate(this);
1271   }
1272
1273 }