src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class JGroup.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _start.\r
  31      */\r
  32     private int _start;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _start\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_start;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _end.\r
  41      */\r
  42     private int _end;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _end\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_end;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _name.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _name;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _colour.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _colour;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _consThreshold.\r
  61      */\r
  62     private int _consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  66      */\r
  67     private boolean _has_consThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Field _pidThreshold.\r
  71      */\r
  72     private int _pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  76      */\r
  77     private boolean _has_pidThreshold;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _outlineColour.\r
  81      */\r
  82     private int _outlineColour;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_outlineColour;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _displayBoxes.\r
  91      */\r
  92     private boolean _displayBoxes;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_displayBoxes;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _displayText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _displayText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _displayText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_displayText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _colourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _colourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _colourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_colourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _textCol1.\r
 121      */\r
 122     private int _textCol1;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_textCol1;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _textCol2.\r
 131      */\r
 132     private int _textCol2;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_textCol2;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _textColThreshold.\r
 141      */\r
 142     private int _textColThreshold;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_textColThreshold;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _showUnconserved.\r
 151      */\r
 152     private boolean _showUnconserved;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 156      */\r
 157     private boolean _has_showUnconserved;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
 161      */\r
 162     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
 166      */\r
 167     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * Field _showConsensusHistogram.\r
 171      */\r
 172     private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
 176      */\r
 177     private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * Field _showSequenceLogo.\r
 181      */\r
 182     private boolean _showSequenceLogo = false;\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
 186      */\r
 187     private boolean _has_showSequenceLogo;\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this\r
 191      * alignment)\r
 192      *  \r
 193      */\r
 194     private java.lang.String _id;\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * Field _seqList.\r
 198      */\r
 199     private java.util.Vector _seqList;\r
 200 \r
 201 \r
 202       //----------------/\r
 203      //- Constructors -/\r
 204     //----------------/\r
 205 \r
 206     public JGroup() {\r
 207         super();\r
 208         this._seqList = new java.util.Vector();\r
 209     }\r
 210 \r
 211 \r
 212       //-----------/\r
 213      //- Methods -/\r
 214     //-----------/\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      * \r
 218      * \r
 219      * @param vSeq\r
 220      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 221      * given is outside the bounds of the collection\r
 222      */\r
 223     public void addSeq(\r
 224             final java.lang.String vSeq)\r
 225     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 226         this._seqList.addElement(vSeq);\r
 227     }\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * \r
 231      * \r
 232      * @param index\r
 233      * @param vSeq\r
 234      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 235      * given is outside the bounds of the collection\r
 236      */\r
 237     public void addSeq(\r
 238             final int index,\r
 239             final java.lang.String vSeq)\r
 240     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 241         this._seqList.add(index, vSeq);\r
 242     }\r
 243 \r
 244     /**\r
 245      */\r
 246     public void deleteColourText(\r
 247     ) {\r
 248         this._has_colourText= false;\r
 249     }\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      */\r
 253     public void deleteConsThreshold(\r
 254     ) {\r
 255         this._has_consThreshold= false;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      */\r
 260     public void deleteDisplayBoxes(\r
 261     ) {\r
 262         this._has_displayBoxes= false;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      */\r
 267     public void deleteDisplayText(\r
 268     ) {\r
 269         this._has_displayText= false;\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      */\r
 274     public void deleteEnd(\r
 275     ) {\r
 276         this._has_end= false;\r
 277     }\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      */\r
 281     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
 282     ) {\r
 283         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
 284     }\r
 285 \r
 286     /**\r
 287      */\r
 288     public void deleteOutlineColour(\r
 289     ) {\r
 290         this._has_outlineColour= false;\r
 291     }\r
 292 \r
 293     /**\r
 294      */\r
 295     public void deletePidThreshold(\r
 296     ) {\r
 297         this._has_pidThreshold= false;\r
 298     }\r
 299 \r
 300     /**\r
 301      */\r
 302     public void deleteShowConsensusHistogram(\r
 303     ) {\r
 304         this._has_showConsensusHistogram= false;\r
 305     }\r
 306 \r
 307     /**\r
 308      */\r
 309     public void deleteShowSequenceLogo(\r
 310     ) {\r
 311         this._has_showSequenceLogo= false;\r
 312     }\r
 313 \r
 314     /**\r
 315      */\r
 316     public void deleteShowUnconserved(\r
 317     ) {\r
 318         this._has_showUnconserved= false;\r
 319     }\r
 320 \r
 321     /**\r
 322      */\r
 323     public void deleteStart(\r
 324     ) {\r
 325         this._has_start= false;\r
 326     }\r
 327 \r
 328     /**\r
 329      */\r
 330     public void deleteTextCol1(\r
 331     ) {\r
 332         this._has_textCol1= false;\r
 333     }\r
 334 \r
 335     /**\r
 336      */\r
 337     public void deleteTextCol2(\r
 338     ) {\r
 339         this._has_textCol2= false;\r
 340     }\r
 341 \r
 342     /**\r
 343      */\r
 344     public void deleteTextColThreshold(\r
 345     ) {\r
 346         this._has_textColThreshold= false;\r
 347     }\r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * Method enumerateSeq.\r
 351      * \r
 352      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
 353      */\r
 354     public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
 355     ) {\r
 356         return this._seqList.elements();\r
 357     }\r
 358 \r
 359     /**\r
 360      * Returns the value of field 'colour'.\r
 361      * \r
 362      * @return the value of field 'Colour'.\r
 363      */\r
 364     public java.lang.String getColour(\r
 365     ) {\r
 366         return this._colour;\r
 367     }\r
 368 \r
 369     /**\r
 370      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 371      * \r
 372      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 373      */\r
 374     public boolean getColourText(\r
 375     ) {\r
 376         return this._colourText;\r
 377     }\r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 381      * \r
 382      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 383      */\r
 384     public int getConsThreshold(\r
 385     ) {\r
 386         return this._consThreshold;\r
 387     }\r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 391      * \r
 392      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 393      */\r
 394     public boolean getDisplayBoxes(\r
 395     ) {\r
 396         return this._displayBoxes;\r
 397     }\r
 398 \r
 399     /**\r
 400      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 401      * \r
 402      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 403      */\r
 404     public boolean getDisplayText(\r
 405     ) {\r
 406         return this._displayText;\r
 407     }\r
 408 \r
 409     /**\r
 410      * Returns the value of field 'end'.\r
 411      * \r
 412      * @return the value of field 'End'.\r
 413      */\r
 414     public int getEnd(\r
 415     ) {\r
 416         return this._end;\r
 417     }\r
 418 \r
 419     /**\r
 420      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 421      * following description: Optional sequence group ID (only\r
 422      * needs to be unique for this alignment)\r
 423      *  \r
 424      * \r
 425      * @return the value of field 'Id'.\r
 426      */\r
 427     public java.lang.String getId(\r
 428     ) {\r
 429         return this._id;\r
 430     }\r
 431 \r
 432     /**\r
 433      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 434      * \r
 435      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 436      */\r
 437     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
 438     ) {\r
 439         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 440     }\r
 441 \r
 442     /**\r
 443      * Returns the value of field 'name'.\r
 444      * \r
 445      * @return the value of field 'Name'.\r
 446      */\r
 447     public java.lang.String getName(\r
 448     ) {\r
 449         return this._name;\r
 450     }\r
 451 \r
 452     /**\r
 453      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 454      * \r
 455      * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
 456      */\r
 457     public int getOutlineColour(\r
 458     ) {\r
 459         return this._outlineColour;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 464      * \r
 465      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 466      */\r
 467     public int getPidThreshold(\r
 468     ) {\r
 469         return this._pidThreshold;\r
 470     }\r
 471 \r
 472     /**\r
 473      * Method getSeq.\r
 474      * \r
 475      * @param index\r
 476      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 477      * given is outside the bounds of the collection\r
 478      * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
 479      */\r
 480     public java.lang.String getSeq(\r
 481             final int index)\r
 482     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 483         // check bounds for index\r
 484         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 485             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 486         }\r
 487         \r
 488         return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
 489     }\r
 490 \r
 491     /**\r
 492      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
 493      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 494      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 495      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 496      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 497      * \r
 498      * @return this collection as an Array\r
 499      */\r
 500     public java.lang.String[] getSeq(\r
 501     ) {\r
 502         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
 503         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      * Method getSeqCount.\r
 508      * \r
 509      * @return the size of this collection\r
 510      */\r
 511     public int getSeqCount(\r
 512     ) {\r
 513         return this._seqList.size();\r
 514     }\r
 515 \r
 516     /**\r
 517      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
 518      * \r
 519      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
 520      */\r
 521     public boolean getShowConsensusHistogram(\r
 522     ) {\r
 523         return this._showConsensusHistogram;\r
 524     }\r
 525 \r
 526     /**\r
 527      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
 528      * \r
 529      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
 530      */\r
 531     public boolean getShowSequenceLogo(\r
 532     ) {\r
 533         return this._showSequenceLogo;\r
 534     }\r
 535 \r
 536     /**\r
 537      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 538      * \r
 539      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 540      */\r
 541     public boolean getShowUnconserved(\r
 542     ) {\r
 543         return this._showUnconserved;\r
 544     }\r
 545 \r
 546     /**\r
 547      * Returns the value of field 'start'.\r
 548      * \r
 549      * @return the value of field 'Start'.\r
 550      */\r
 551     public int getStart(\r
 552     ) {\r
 553         return this._start;\r
 554     }\r
 555 \r
 556     /**\r
 557      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 558      * \r
 559      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 560      */\r
 561     public int getTextCol1(\r
 562     ) {\r
 563         return this._textCol1;\r
 564     }\r
 565 \r
 566     /**\r
 567      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 568      * \r
 569      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 570      */\r
 571     public int getTextCol2(\r
 572     ) {\r
 573         return this._textCol2;\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 578      * \r
 579      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 580      */\r
 581     public int getTextColThreshold(\r
 582     ) {\r
 583         return this._textColThreshold;\r
 584     }\r
 585 \r
 586     /**\r
 587      * Method hasColourText.\r
 588      * \r
 589      * @return true if at least one ColourText has been added\r
 590      */\r
 591     public boolean hasColourText(\r
 592     ) {\r
 593         return this._has_colourText;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     /**\r
 597      * Method hasConsThreshold.\r
 598      * \r
 599      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 600      */\r
 601     public boolean hasConsThreshold(\r
 602     ) {\r
 603         return this._has_consThreshold;\r
 604     }\r
 605 \r
 606     /**\r
 607      * Method hasDisplayBoxes.\r
 608      * \r
 609      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
 610      */\r
 611     public boolean hasDisplayBoxes(\r
 612     ) {\r
 613         return this._has_displayBoxes;\r
 614     }\r
 615 \r
 616     /**\r
 617      * Method hasDisplayText.\r
 618      * \r
 619      * @return true if at least one DisplayText has been added\r
 620      */\r
 621     public boolean hasDisplayText(\r
 622     ) {\r
 623         return this._has_displayText;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     /**\r
 627      * Method hasEnd.\r
 628      * \r
 629      * @return true if at least one End has been added\r
 630      */\r
 631     public boolean hasEnd(\r
 632     ) {\r
 633         return this._has_end;\r
 634     }\r
 635 \r
 636     /**\r
 637      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
 638      * \r
 639      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
 640      * added\r
 641      */\r
 642     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
 643     ) {\r
 644         return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     /**\r
 648      * Method hasOutlineColour.\r
 649      * \r
 650      * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
 651      */\r
 652     public boolean hasOutlineColour(\r
 653     ) {\r
 654         return this._has_outlineColour;\r
 655     }\r
 656 \r
 657     /**\r
 658      * Method hasPidThreshold.\r
 659      * \r
 660      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 661      */\r
 662     public boolean hasPidThreshold(\r
 663     ) {\r
 664         return this._has_pidThreshold;\r
 665     }\r
 666 \r
 667     /**\r
 668      * Method hasShowConsensusHistogram.\r
 669      * \r
 670      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
 671      * added\r
 672      */\r
 673     public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
 674     ) {\r
 675         return this._has_showConsensusHistogram;\r
 676     }\r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * Method hasShowSequenceLogo.\r
 680      * \r
 681      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
 682      */\r
 683     public boolean hasShowSequenceLogo(\r
 684     ) {\r
 685         return this._has_showSequenceLogo;\r
 686     }\r
 687 \r
 688     /**\r
 689      * Method hasShowUnconserved.\r
 690      * \r
 691      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
 692      */\r
 693     public boolean hasShowUnconserved(\r
 694     ) {\r
 695         return this._has_showUnconserved;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      * Method hasStart.\r
 700      * \r
 701      * @return true if at least one Start has been added\r
 702      */\r
 703     public boolean hasStart(\r
 704     ) {\r
 705         return this._has_start;\r
 706     }\r
 707 \r
 708     /**\r
 709      * Method hasTextCol1.\r
 710      * \r
 711      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
 712      */\r
 713     public boolean hasTextCol1(\r
 714     ) {\r
 715         return this._has_textCol1;\r
 716     }\r
 717 \r
 718     /**\r
 719      * Method hasTextCol2.\r
 720      * \r
 721      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
 722      */\r
 723     public boolean hasTextCol2(\r
 724     ) {\r
 725         return this._has_textCol2;\r
 726     }\r
 727 \r
 728     /**\r
 729      * Method hasTextColThreshold.\r
 730      * \r
 731      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
 732      */\r
 733     public boolean hasTextColThreshold(\r
 734     ) {\r
 735         return this._has_textColThreshold;\r
 736     }\r
 737 \r
 738     /**\r
 739      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 740      * \r
 741      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 742      */\r
 743     public boolean isColourText(\r
 744     ) {\r
 745         return this._colourText;\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 750      * \r
 751      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 752      */\r
 753     public boolean isDisplayBoxes(\r
 754     ) {\r
 755         return this._displayBoxes;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     /**\r
 759      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 760      * \r
 761      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 762      */\r
 763     public boolean isDisplayText(\r
 764     ) {\r
 765         return this._displayText;\r
 766     }\r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 770      * \r
 771      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 772      */\r
 773     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
 774     ) {\r
 775         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     /**\r
 779      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
 780      * \r
 781      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
 782      */\r
 783     public boolean isShowConsensusHistogram(\r
 784     ) {\r
 785         return this._showConsensusHistogram;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
 790      * \r
 791      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
 792      */\r
 793     public boolean isShowSequenceLogo(\r
 794     ) {\r
 795         return this._showSequenceLogo;\r
 796     }\r
 797 \r
 798     /**\r
 799      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 800      * \r
 801      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 802      */\r
 803     public boolean isShowUnconserved(\r
 804     ) {\r
 805         return this._showUnconserved;\r
 806     }\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Method isValid.\r
 810      * \r
 811      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 812      */\r
 813     public boolean isValid(\r
 814     ) {\r
 815         try {\r
 816             validate();\r
 817         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 818             return false;\r
 819         }\r
 820         return true;\r
 821     }\r
 822 \r
 823     /**\r
 824      * \r
 825      * \r
 826      * @param out\r
 827      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 828      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 829      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 830      * object is an invalid instance according to the schema\r
 831      */\r
 832     public void marshal(\r
 833             final java.io.Writer out)\r
 834     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 835         Marshaller.marshal(this, out);\r
 836     }\r
 837 \r
 838     /**\r
 839      * \r
 840      * \r
 841      * @param handler\r
 842      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 843      * marshaling\r
 844      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 845      * object is an invalid instance according to the schema\r
 846      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 847      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 848      */\r
 849     public void marshal(\r
 850             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 851     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 852         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 853     }\r
 854 \r
 855     /**\r
 856      */\r
 857     public void removeAllSeq(\r
 858     ) {\r
 859         this._seqList.clear();\r
 860     }\r
 861 \r
 862     /**\r
 863      * Method removeSeq.\r
 864      * \r
 865      * @param vSeq\r
 866      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 867      */\r
 868     public boolean removeSeq(\r
 869             final java.lang.String vSeq) {\r
 870         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
 871         return removed;\r
 872     }\r
 873 \r
 874     /**\r
 875      * Method removeSeqAt.\r
 876      * \r
 877      * @param index\r
 878      * @return the element removed from the collection\r
 879      */\r
 880     public java.lang.String removeSeqAt(\r
 881             final int index) {\r
 882         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
 883         return (java.lang.String) obj;\r
 884     }\r
 885 \r
 886     /**\r
 887      * Sets the value of field 'colour'.\r
 888      * \r
 889      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 890      */\r
 891     public void setColour(\r
 892             final java.lang.String colour) {\r
 893         this._colour = colour;\r
 894     }\r
 895 \r
 896     /**\r
 897      * Sets the value of field 'colourText'.\r
 898      * \r
 899      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 900      */\r
 901     public void setColourText(\r
 902             final boolean colourText) {\r
 903         this._colourText = colourText;\r
 904         this._has_colourText = true;\r
 905     }\r
 906 \r
 907     /**\r
 908      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 909      * \r
 910      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 911      */\r
 912     public void setConsThreshold(\r
 913             final int consThreshold) {\r
 914         this._consThreshold = consThreshold;\r
 915         this._has_consThreshold = true;\r
 916     }\r
 917 \r
 918     /**\r
 919      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 920      * \r
 921      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 922      */\r
 923     public void setDisplayBoxes(\r
 924             final boolean displayBoxes) {\r
 925         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 926         this._has_displayBoxes = true;\r
 927     }\r
 928 \r
 929     /**\r
 930      * Sets the value of field 'displayText'.\r
 931      * \r
 932      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 933      */\r
 934     public void setDisplayText(\r
 935             final boolean displayText) {\r
 936         this._displayText = displayText;\r
 937         this._has_displayText = true;\r
 938     }\r
 939 \r
 940     /**\r
 941      * Sets the value of field 'end'.\r
 942      * \r
 943      * @param end the value of field 'end'.\r
 944      */\r
 945     public void setEnd(\r
 946             final int end) {\r
 947         this._end = end;\r
 948         this._has_end = true;\r
 949     }\r
 950 \r
 951     /**\r
 952      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 953      * following description: Optional sequence group ID (only\r
 954      * needs to be unique for this alignment)\r
 955      *  \r
 956      * \r
 957      * @param id the value of field 'id'.\r
 958      */\r
 959     public void setId(\r
 960             final java.lang.String id) {\r
 961         this._id = id;\r
 962     }\r
 963 \r
 964     /**\r
 965      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 966      * \r
 967      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
 968      * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 969      */\r
 970     public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
 971             final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
 972         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
 973         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
 974     }\r
 975 \r
 976     /**\r
 977      * Sets the value of field 'name'.\r
 978      * \r
 979      * @param name the value of field 'name'.\r
 980      */\r
 981     public void setName(\r
 982             final java.lang.String name) {\r
 983         this._name = name;\r
 984     }\r
 985 \r
 986     /**\r
 987      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 988      * \r
 989      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
 990      */\r
 991     public void setOutlineColour(\r
 992             final int outlineColour) {\r
 993         this._outlineColour = outlineColour;\r
 994         this._has_outlineColour = true;\r
 995     }\r
 996 \r
 997     /**\r
 998      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 999      * \r
1000      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1001      */\r
1002     public void setPidThreshold(\r
1003             final int pidThreshold) {\r
1004         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1005         this._has_pidThreshold = true;\r
1006     }\r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * \r
1010      * \r
1011      * @param index\r
1012      * @param vSeq\r
1013      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
1014      * given is outside the bounds of the collection\r
1015      */\r
1016     public void setSeq(\r
1017             final int index,\r
1018             final java.lang.String vSeq)\r
1019     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
1020         // check bounds for index\r
1021         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
1022             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
1023         }\r
1024         \r
1025         this._seqList.set(index, vSeq);\r
1026     }\r
1027 \r
1028     /**\r
1029      * \r
1030      * \r
1031      * @param vSeqArray\r
1032      */\r
1033     public void setSeq(\r
1034             final java.lang.String[] vSeqArray) {\r
1035         //-- copy array\r
1036         _seqList.clear();\r
1037         \r
1038         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
1039                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
1040         }\r
1041     }\r
1042 \r
1043     /**\r
1044      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1045      * \r
1046      * @param showConsensusHistogram the value of field\r
1047      * 'showConsensusHistogram'.\r
1048      */\r
1049     public void setShowConsensusHistogram(\r
1050             final boolean showConsensusHistogram) {\r
1051         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
1052         this._has_showConsensusHistogram = true;\r
1053     }\r
1054 \r
1055     /**\r
1056      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1057      * \r
1058      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'\r
1059      */\r
1060     public void setShowSequenceLogo(\r
1061             final boolean showSequenceLogo) {\r
1062         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
1063         this._has_showSequenceLogo = true;\r
1064     }\r
1065 \r
1066     /**\r
1067      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
1068      * \r
1069      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
1070      */\r
1071     public void setShowUnconserved(\r
1072             final boolean showUnconserved) {\r
1073         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
1074         this._has_showUnconserved = true;\r
1075     }\r
1076 \r
1077     /**\r
1078      * Sets the value of field 'start'.\r
1079      * \r
1080      * @param start the value of field 'start'.\r
1081      */\r
1082     public void setStart(\r
1083             final int start) {\r
1084         this._start = start;\r
1085         this._has_start = true;\r
1086     }\r
1087 \r
1088     /**\r
1089      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1090      * \r
1091      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1092      */\r
1093     public void setTextCol1(\r
1094             final int textCol1) {\r
1095         this._textCol1 = textCol1;\r
1096         this._has_textCol1 = true;\r
1097     }\r
1098 \r
1099     /**\r
1100      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1101      * \r
1102      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1103      */\r
1104     public void setTextCol2(\r
1105             final int textCol2) {\r
1106         this._textCol2 = textCol2;\r
1107         this._has_textCol2 = true;\r
1108     }\r
1109 \r
1110     /**\r
1111      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1112      * \r
1113      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1114      */\r
1115     public void setTextColThreshold(\r
1116             final int textColThreshold) {\r
1117         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1118         this._has_textColThreshold = true;\r
1119     }\r
1120 \r
1121     /**\r
1122      * Method unmarshal.\r
1123      * \r
1124      * @param reader\r
1125      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1126      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1127      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1128      * object is an invalid instance according to the schema\r
1129      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
1130      */\r
1131     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
1132             final java.io.Reader reader)\r
1133     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1134         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
1135     }\r
1136 \r
1137     /**\r
1138      * \r
1139      * \r
1140      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1141      * object is an invalid instance according to the schema\r
1142      */\r
1143     public void validate(\r
1144     )\r
1145     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1146         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1147         validator.validate(this);\r
1148     }\r
1149 \r
1150 }\r