src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class JGroup.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _start.\r
  42      */\r
  43     private int _start;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _start\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_start;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _end.\r
  52      */\r
  53     private int _end;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _end\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_end;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _name.\r
  62      */\r
  63     private java.lang.String _name;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Field _colour.\r
  67      */\r
  68     private java.lang.String _colour;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * Field _consThreshold.\r
  72      */\r
  73     private int _consThreshold;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  77      */\r
  78     private boolean _has_consThreshold;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * Field _pidThreshold.\r
  82      */\r
  83     private int _pidThreshold;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  87      */\r
  88     private boolean _has_pidThreshold;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * Field _outlineColour.\r
  92      */\r
  93     private int _outlineColour;\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  97      */\r
  98     private boolean _has_outlineColour;\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * Field _displayBoxes.\r
 102      */\r
 103     private boolean _displayBoxes;\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
 107      */\r
 108     private boolean _has_displayBoxes;\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * Field _displayText.\r
 112      */\r
 113     private boolean _displayText;\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * keeps track of state for field: _displayText\r
 117      */\r
 118     private boolean _has_displayText;\r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * Field _colourText.\r
 122      */\r
 123     private boolean _colourText;\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * keeps track of state for field: _colourText\r
 127      */\r
 128     private boolean _has_colourText;\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * Field _textCol1.\r
 132      */\r
 133     private int _textCol1;\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 137      */\r
 138     private boolean _has_textCol1;\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * Field _textCol2.\r
 142      */\r
 143     private int _textCol2;\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 147      */\r
 148     private boolean _has_textCol2;\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * Field _textColThreshold.\r
 152      */\r
 153     private int _textColThreshold;\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 157      */\r
 158     private boolean _has_textColThreshold;\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Field _showUnconserved.\r
 162      */\r
 163     private boolean _showUnconserved;\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 167      */\r
 168     private boolean _has_showUnconserved;\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
 172      */\r
 173     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
 177      */\r
 178     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * Field _showConsensusHistogram.\r
 182      */\r
 183     private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
 187      */\r
 188     private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * Field _showSequenceLogo.\r
 192      */\r
 193     private boolean _showSequenceLogo = false;\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
 197      */\r
 198     private boolean _has_showSequenceLogo;\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this\r
 202      * alignment)\r
 203      *  \r
 204      */\r
 205     private java.lang.String _id;\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      * Field _seqList.\r
 209      */\r
 210     private java.util.Vector _seqList;\r
 211 \r
 212 \r
 213       //----------------/\r
 214      //- Constructors -/\r
 215     //----------------/\r
 216 \r
 217     public JGroup() {\r
 218         super();\r
 219         this._seqList = new java.util.Vector();\r
 220     }\r
 221 \r
 222 \r
 223       //-----------/\r
 224      //- Methods -/\r
 225     //-----------/\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      * \r
 229      * \r
 230      * @param vSeq\r
 231      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 232      * given is outside the bounds of the collection\r
 233      */\r
 234     public void addSeq(\r
 235             final java.lang.String vSeq)\r
 236     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 237         this._seqList.addElement(vSeq);\r
 238     }\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * \r
 242      * \r
 243      * @param index\r
 244      * @param vSeq\r
 245      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 246      * given is outside the bounds of the collection\r
 247      */\r
 248     public void addSeq(\r
 249             final int index,\r
 250             final java.lang.String vSeq)\r
 251     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 252         this._seqList.add(index, vSeq);\r
 253     }\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      */\r
 257     public void deleteColourText(\r
 258     ) {\r
 259         this._has_colourText= false;\r
 260     }\r
 261 \r
 262     /**\r
 263      */\r
 264     public void deleteConsThreshold(\r
 265     ) {\r
 266         this._has_consThreshold= false;\r
 267     }\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      */\r
 271     public void deleteDisplayBoxes(\r
 272     ) {\r
 273         this._has_displayBoxes= false;\r
 274     }\r
 275 \r
 276     /**\r
 277      */\r
 278     public void deleteDisplayText(\r
 279     ) {\r
 280         this._has_displayText= false;\r
 281     }\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      */\r
 285     public void deleteEnd(\r
 286     ) {\r
 287         this._has_end= false;\r
 288     }\r
 289 \r
 290     /**\r
 291      */\r
 292     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
 293     ) {\r
 294         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
 295     }\r
 296 \r
 297     /**\r
 298      */\r
 299     public void deleteOutlineColour(\r
 300     ) {\r
 301         this._has_outlineColour= false;\r
 302     }\r
 303 \r
 304     /**\r
 305      */\r
 306     public void deletePidThreshold(\r
 307     ) {\r
 308         this._has_pidThreshold= false;\r
 309     }\r
 310 \r
 311     /**\r
 312      */\r
 313     public void deleteShowConsensusHistogram(\r
 314     ) {\r
 315         this._has_showConsensusHistogram= false;\r
 316     }\r
 317 \r
 318     /**\r
 319      */\r
 320     public void deleteShowSequenceLogo(\r
 321     ) {\r
 322         this._has_showSequenceLogo= false;\r
 323     }\r
 324 \r
 325     /**\r
 326      */\r
 327     public void deleteShowUnconserved(\r
 328     ) {\r
 329         this._has_showUnconserved= false;\r
 330     }\r
 331 \r
 332     /**\r
 333      */\r
 334     public void deleteStart(\r
 335     ) {\r
 336         this._has_start= false;\r
 337     }\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      */\r
 341     public void deleteTextCol1(\r
 342     ) {\r
 343         this._has_textCol1= false;\r
 344     }\r
 345 \r
 346     /**\r
 347      */\r
 348     public void deleteTextCol2(\r
 349     ) {\r
 350         this._has_textCol2= false;\r
 351     }\r
 352 \r
 353     /**\r
 354      */\r
 355     public void deleteTextColThreshold(\r
 356     ) {\r
 357         this._has_textColThreshold= false;\r
 358     }\r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * Method enumerateSeq.\r
 362      * \r
 363      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
 364      */\r
 365     public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
 366     ) {\r
 367         return this._seqList.elements();\r
 368     }\r
 369 \r
 370     /**\r
 371      * Returns the value of field 'colour'.\r
 372      * \r
 373      * @return the value of field 'Colour'.\r
 374      */\r
 375     public java.lang.String getColour(\r
 376     ) {\r
 377         return this._colour;\r
 378     }\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 382      * \r
 383      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 384      */\r
 385     public boolean getColourText(\r
 386     ) {\r
 387         return this._colourText;\r
 388     }\r
 389 \r
 390     /**\r
 391      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 392      * \r
 393      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 394      */\r
 395     public int getConsThreshold(\r
 396     ) {\r
 397         return this._consThreshold;\r
 398     }\r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 402      * \r
 403      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 404      */\r
 405     public boolean getDisplayBoxes(\r
 406     ) {\r
 407         return this._displayBoxes;\r
 408     }\r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 412      * \r
 413      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 414      */\r
 415     public boolean getDisplayText(\r
 416     ) {\r
 417         return this._displayText;\r
 418     }\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      * Returns the value of field 'end'.\r
 422      * \r
 423      * @return the value of field 'End'.\r
 424      */\r
 425     public int getEnd(\r
 426     ) {\r
 427         return this._end;\r
 428     }\r
 429 \r
 430     /**\r
 431      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 432      * following description: Optional sequence group ID (only\r
 433      * needs to be unique for this alignment)\r
 434      *  \r
 435      * \r
 436      * @return the value of field 'Id'.\r
 437      */\r
 438     public java.lang.String getId(\r
 439     ) {\r
 440         return this._id;\r
 441     }\r
 442 \r
 443     /**\r
 444      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 445      * \r
 446      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 447      */\r
 448     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
 449     ) {\r
 450         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 451     }\r
 452 \r
 453     /**\r
 454      * Returns the value of field 'name'.\r
 455      * \r
 456      * @return the value of field 'Name'.\r
 457      */\r
 458     public java.lang.String getName(\r
 459     ) {\r
 460         return this._name;\r
 461     }\r
 462 \r
 463     /**\r
 464      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 465      * \r
 466      * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
 467      */\r
 468     public int getOutlineColour(\r
 469     ) {\r
 470         return this._outlineColour;\r
 471     }\r
 472 \r
 473     /**\r
 474      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 475      * \r
 476      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 477      */\r
 478     public int getPidThreshold(\r
 479     ) {\r
 480         return this._pidThreshold;\r
 481     }\r
 482 \r
 483     /**\r
 484      * Method getSeq.\r
 485      * \r
 486      * @param index\r
 487      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 488      * given is outside the bounds of the collection\r
 489      * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
 490      */\r
 491     public java.lang.String getSeq(\r
 492             final int index)\r
 493     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 494         // check bounds for index\r
 495         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 496             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 497         }\r
 498         \r
 499         return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
 500     }\r
 501 \r
 502     /**\r
 503      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
 504      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 505      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 506      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 507      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 508      * \r
 509      * @return this collection as an Array\r
 510      */\r
 511     public java.lang.String[] getSeq(\r
 512     ) {\r
 513         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
 514         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
 515     }\r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * Method getSeqCount.\r
 519      * \r
 520      * @return the size of this collection\r
 521      */\r
 522     public int getSeqCount(\r
 523     ) {\r
 524         return this._seqList.size();\r
 525     }\r
 526 \r
 527     /**\r
 528      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
 529      * \r
 530      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
 531      */\r
 532     public boolean getShowConsensusHistogram(\r
 533     ) {\r
 534         return this._showConsensusHistogram;\r
 535     }\r
 536 \r
 537     /**\r
 538      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
 539      * \r
 540      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
 541      */\r
 542     public boolean getShowSequenceLogo(\r
 543     ) {\r
 544         return this._showSequenceLogo;\r
 545     }\r
 546 \r
 547     /**\r
 548      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 549      * \r
 550      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 551      */\r
 552     public boolean getShowUnconserved(\r
 553     ) {\r
 554         return this._showUnconserved;\r
 555     }\r
 556 \r
 557     /**\r
 558      * Returns the value of field 'start'.\r
 559      * \r
 560      * @return the value of field 'Start'.\r
 561      */\r
 562     public int getStart(\r
 563     ) {\r
 564         return this._start;\r
 565     }\r
 566 \r
 567     /**\r
 568      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 569      * \r
 570      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 571      */\r
 572     public int getTextCol1(\r
 573     ) {\r
 574         return this._textCol1;\r
 575     }\r
 576 \r
 577     /**\r
 578      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 579      * \r
 580      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 581      */\r
 582     public int getTextCol2(\r
 583     ) {\r
 584         return this._textCol2;\r
 585     }\r
 586 \r
 587     /**\r
 588      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 589      * \r
 590      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 591      */\r
 592     public int getTextColThreshold(\r
 593     ) {\r
 594         return this._textColThreshold;\r
 595     }\r
 596 \r
 597     /**\r
 598      * Method hasColourText.\r
 599      * \r
 600      * @return true if at least one ColourText has been added\r
 601      */\r
 602     public boolean hasColourText(\r
 603     ) {\r
 604         return this._has_colourText;\r
 605     }\r
 606 \r
 607     /**\r
 608      * Method hasConsThreshold.\r
 609      * \r
 610      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 611      */\r
 612     public boolean hasConsThreshold(\r
 613     ) {\r
 614         return this._has_consThreshold;\r
 615     }\r
 616 \r
 617     /**\r
 618      * Method hasDisplayBoxes.\r
 619      * \r
 620      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
 621      */\r
 622     public boolean hasDisplayBoxes(\r
 623     ) {\r
 624         return this._has_displayBoxes;\r
 625     }\r
 626 \r
 627     /**\r
 628      * Method hasDisplayText.\r
 629      * \r
 630      * @return true if at least one DisplayText has been added\r
 631      */\r
 632     public boolean hasDisplayText(\r
 633     ) {\r
 634         return this._has_displayText;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * Method hasEnd.\r
 639      * \r
 640      * @return true if at least one End has been added\r
 641      */\r
 642     public boolean hasEnd(\r
 643     ) {\r
 644         return this._has_end;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     /**\r
 648      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
 649      * \r
 650      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
 651      * added\r
 652      */\r
 653     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
 654     ) {\r
 655         return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
 656     }\r
 657 \r
 658     /**\r
 659      * Method hasOutlineColour.\r
 660      * \r
 661      * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
 662      */\r
 663     public boolean hasOutlineColour(\r
 664     ) {\r
 665         return this._has_outlineColour;\r
 666     }\r
 667 \r
 668     /**\r
 669      * Method hasPidThreshold.\r
 670      * \r
 671      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 672      */\r
 673     public boolean hasPidThreshold(\r
 674     ) {\r
 675         return this._has_pidThreshold;\r
 676     }\r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * Method hasShowConsensusHistogram.\r
 680      * \r
 681      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
 682      * added\r
 683      */\r
 684     public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
 685     ) {\r
 686         return this._has_showConsensusHistogram;\r
 687     }\r
 688 \r
 689     /**\r
 690      * Method hasShowSequenceLogo.\r
 691      * \r
 692      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
 693      */\r
 694     public boolean hasShowSequenceLogo(\r
 695     ) {\r
 696         return this._has_showSequenceLogo;\r
 697     }\r
 698 \r
 699     /**\r
 700      * Method hasShowUnconserved.\r
 701      * \r
 702      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
 703      */\r
 704     public boolean hasShowUnconserved(\r
 705     ) {\r
 706         return this._has_showUnconserved;\r
 707     }\r
 708 \r
 709     /**\r
 710      * Method hasStart.\r
 711      * \r
 712      * @return true if at least one Start has been added\r
 713      */\r
 714     public boolean hasStart(\r
 715     ) {\r
 716         return this._has_start;\r
 717     }\r
 718 \r
 719     /**\r
 720      * Method hasTextCol1.\r
 721      * \r
 722      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
 723      */\r
 724     public boolean hasTextCol1(\r
 725     ) {\r
 726         return this._has_textCol1;\r
 727     }\r
 728 \r
 729     /**\r
 730      * Method hasTextCol2.\r
 731      * \r
 732      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
 733      */\r
 734     public boolean hasTextCol2(\r
 735     ) {\r
 736         return this._has_textCol2;\r
 737     }\r
 738 \r
 739     /**\r
 740      * Method hasTextColThreshold.\r
 741      * \r
 742      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
 743      */\r
 744     public boolean hasTextColThreshold(\r
 745     ) {\r
 746         return this._has_textColThreshold;\r
 747     }\r
 748 \r
 749     /**\r
 750      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 751      * \r
 752      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 753      */\r
 754     public boolean isColourText(\r
 755     ) {\r
 756         return this._colourText;\r
 757     }\r
 758 \r
 759     /**\r
 760      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 761      * \r
 762      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 763      */\r
 764     public boolean isDisplayBoxes(\r
 765     ) {\r
 766         return this._displayBoxes;\r
 767     }\r
 768 \r
 769     /**\r
 770      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 771      * \r
 772      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 773      */\r
 774     public boolean isDisplayText(\r
 775     ) {\r
 776         return this._displayText;\r
 777     }\r
 778 \r
 779     /**\r
 780      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 781      * \r
 782      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 783      */\r
 784     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
 785     ) {\r
 786         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 787     }\r
 788 \r
 789     /**\r
 790      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
 791      * \r
 792      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
 793      */\r
 794     public boolean isShowConsensusHistogram(\r
 795     ) {\r
 796         return this._showConsensusHistogram;\r
 797     }\r
 798 \r
 799     /**\r
 800      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
 801      * \r
 802      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
 803      */\r
 804     public boolean isShowSequenceLogo(\r
 805     ) {\r
 806         return this._showSequenceLogo;\r
 807     }\r
 808 \r
 809     /**\r
 810      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 811      * \r
 812      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 813      */\r
 814     public boolean isShowUnconserved(\r
 815     ) {\r
 816         return this._showUnconserved;\r
 817     }\r
 818 \r
 819     /**\r
 820      * Method isValid.\r
 821      * \r
 822      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 823      */\r
 824     public boolean isValid(\r
 825     ) {\r
 826         try {\r
 827             validate();\r
 828         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 829             return false;\r
 830         }\r
 831         return true;\r
 832     }\r
 833 \r
 834     /**\r
 835      * \r
 836      * \r
 837      * @param out\r
 838      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 839      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 840      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 841      * object is an invalid instance according to the schema\r
 842      */\r
 843     public void marshal(\r
 844             final java.io.Writer out)\r
 845     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 846         Marshaller.marshal(this, out);\r
 847     }\r
 848 \r
 849     /**\r
 850      * \r
 851      * \r
 852      * @param handler\r
 853      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 854      * marshaling\r
 855      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 856      * object is an invalid instance according to the schema\r
 857      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 858      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 859      */\r
 860     public void marshal(\r
 861             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 862     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 863         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 864     }\r
 865 \r
 866     /**\r
 867      */\r
 868     public void removeAllSeq(\r
 869     ) {\r
 870         this._seqList.clear();\r
 871     }\r
 872 \r
 873     /**\r
 874      * Method removeSeq.\r
 875      * \r
 876      * @param vSeq\r
 877      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 878      */\r
 879     public boolean removeSeq(\r
 880             final java.lang.String vSeq) {\r
 881         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
 882         return removed;\r
 883     }\r
 884 \r
 885     /**\r
 886      * Method removeSeqAt.\r
 887      * \r
 888      * @param index\r
 889      * @return the element removed from the collection\r
 890      */\r
 891     public java.lang.String removeSeqAt(\r
 892             final int index) {\r
 893         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
 894         return (java.lang.String) obj;\r
 895     }\r
 896 \r
 897     /**\r
 898      * Sets the value of field 'colour'.\r
 899      * \r
 900      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 901      */\r
 902     public void setColour(\r
 903             final java.lang.String colour) {\r
 904         this._colour = colour;\r
 905     }\r
 906 \r
 907     /**\r
 908      * Sets the value of field 'colourText'.\r
 909      * \r
 910      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 911      */\r
 912     public void setColourText(\r
 913             final boolean colourText) {\r
 914         this._colourText = colourText;\r
 915         this._has_colourText = true;\r
 916     }\r
 917 \r
 918     /**\r
 919      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 920      * \r
 921      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 922      */\r
 923     public void setConsThreshold(\r
 924             final int consThreshold) {\r
 925         this._consThreshold = consThreshold;\r
 926         this._has_consThreshold = true;\r
 927     }\r
 928 \r
 929     /**\r
 930      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 931      * \r
 932      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 933      */\r
 934     public void setDisplayBoxes(\r
 935             final boolean displayBoxes) {\r
 936         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 937         this._has_displayBoxes = true;\r
 938     }\r
 939 \r
 940     /**\r
 941      * Sets the value of field 'displayText'.\r
 942      * \r
 943      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 944      */\r
 945     public void setDisplayText(\r
 946             final boolean displayText) {\r
 947         this._displayText = displayText;\r
 948         this._has_displayText = true;\r
 949     }\r
 950 \r
 951     /**\r
 952      * Sets the value of field 'end'.\r
 953      * \r
 954      * @param end the value of field 'end'.\r
 955      */\r
 956     public void setEnd(\r
 957             final int end) {\r
 958         this._end = end;\r
 959         this._has_end = true;\r
 960     }\r
 961 \r
 962     /**\r
 963      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 964      * following description: Optional sequence group ID (only\r
 965      * needs to be unique for this alignment)\r
 966      *  \r
 967      * \r
 968      * @param id the value of field 'id'.\r
 969      */\r
 970     public void setId(\r
 971             final java.lang.String id) {\r
 972         this._id = id;\r
 973     }\r
 974 \r
 975     /**\r
 976      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 977      * \r
 978      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
 979      * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 980      */\r
 981     public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
 982             final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
 983         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
 984         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
 985     }\r
 986 \r
 987     /**\r
 988      * Sets the value of field 'name'.\r
 989      * \r
 990      * @param name the value of field 'name'.\r
 991      */\r
 992     public void setName(\r
 993             final java.lang.String name) {\r
 994         this._name = name;\r
 995     }\r
 996 \r
 997     /**\r
 998      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 999      * \r
1000      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
1001      */\r
1002     public void setOutlineColour(\r
1003             final int outlineColour) {\r
1004         this._outlineColour = outlineColour;\r
1005         this._has_outlineColour = true;\r
1006     }\r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1010      * \r
1011      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1012      */\r
1013     public void setPidThreshold(\r
1014             final int pidThreshold) {\r
1015         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1016         this._has_pidThreshold = true;\r
1017     }\r
1018 \r
1019     /**\r
1020      * \r
1021      * \r
1022      * @param index\r
1023      * @param vSeq\r
1024      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
1025      * given is outside the bounds of the collection\r
1026      */\r
1027     public void setSeq(\r
1028             final int index,\r
1029             final java.lang.String vSeq)\r
1030     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
1031         // check bounds for index\r
1032         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
1033             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
1034         }\r
1035         \r
1036         this._seqList.set(index, vSeq);\r
1037     }\r
1038 \r
1039     /**\r
1040      * \r
1041      * \r
1042      * @param vSeqArray\r
1043      */\r
1044     public void setSeq(\r
1045             final java.lang.String[] vSeqArray) {\r
1046         //-- copy array\r
1047         _seqList.clear();\r
1048         \r
1049         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
1050                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
1051         }\r
1052     }\r
1053 \r
1054     /**\r
1055      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1056      * \r
1057      * @param showConsensusHistogram the value of field\r
1058      * 'showConsensusHistogram'.\r
1059      */\r
1060     public void setShowConsensusHistogram(\r
1061             final boolean showConsensusHistogram) {\r
1062         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
1063         this._has_showConsensusHistogram = true;\r
1064     }\r
1065 \r
1066     /**\r
1067      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1068      * \r
1069      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'\r
1070      */\r
1071     public void setShowSequenceLogo(\r
1072             final boolean showSequenceLogo) {\r
1073         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
1074         this._has_showSequenceLogo = true;\r
1075     }\r
1076 \r
1077     /**\r
1078      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
1079      * \r
1080      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
1081      */\r
1082     public void setShowUnconserved(\r
1083             final boolean showUnconserved) {\r
1084         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
1085         this._has_showUnconserved = true;\r
1086     }\r
1087 \r
1088     /**\r
1089      * Sets the value of field 'start'.\r
1090      * \r
1091      * @param start the value of field 'start'.\r
1092      */\r
1093     public void setStart(\r
1094             final int start) {\r
1095         this._start = start;\r
1096         this._has_start = true;\r
1097     }\r
1098 \r
1099     /**\r
1100      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1101      * \r
1102      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1103      */\r
1104     public void setTextCol1(\r
1105             final int textCol1) {\r
1106         this._textCol1 = textCol1;\r
1107         this._has_textCol1 = true;\r
1108     }\r
1109 \r
1110     /**\r
1111      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1112      * \r
1113      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1114      */\r
1115     public void setTextCol2(\r
1116             final int textCol2) {\r
1117         this._textCol2 = textCol2;\r
1118         this._has_textCol2 = true;\r
1119     }\r
1120 \r
1121     /**\r
1122      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1123      * \r
1124      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1125      */\r
1126     public void setTextColThreshold(\r
1127             final int textColThreshold) {\r
1128         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1129         this._has_textColThreshold = true;\r
1130     }\r
1131 \r
1132     /**\r
1133      * Method unmarshal.\r
1134      * \r
1135      * @param reader\r
1136      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1137      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1138      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1139      * object is an invalid instance according to the schema\r
1140      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
1141      */\r
1142     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
1143             final java.io.Reader reader)\r
1144     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1145         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
1146     }\r
1147 \r
1148     /**\r
1149      * \r
1150      * \r
1151      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1152      * object is an invalid instance according to the schema\r
1153      */\r
1154     public void validate(\r
1155     )\r
1156     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1157         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1158         validator.validate(this);\r
1159     }\r
1160 \r
1161 }\r