src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
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  17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  ******************************************************************************/
  20 /*
  21  * This class was automatically generated with
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  23  * Schema.
  24  * $Id$
  25  */
  26
  27 package jalview.schemabinding.version2;
  28
  29 //---------------------------------/
  30 //- Imported classes and packages -/
  31 //---------------------------------/
  32
  33 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  34 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  35
  36 /**
  37  * Class JSeq.
  38  *
  39  * @version $Revision$ $Date$
  40  */
  41 public class JSeq implements java.io.Serializable
  42 {
  43
  44   // --------------------------/
  45   // - Class/Member Variables -/
  46   // --------------------------/
  47
  48   /**
  49    * Field _colour.
  50    */
  51   private int _colour;
  52
  53   /**
  54    * keeps track of state for field: _colour
  55    */
  56   private boolean _has_colour;
  57
  58   /**
  59    * Field _start.
  60    */
  61   private int _start;
  62
  63   /**
  64    * keeps track of state for field: _start
  65    */
  66   private boolean _has_start;
  67
  68   /**
  69    * Field _end.
  70    */
  71   private int _end;
  72
  73   /**
  74    * keeps track of state for field: _end
  75    */
  76   private boolean _has_end;
  77
  78   /**
  79    * Field _id.
  80    */
  81   private java.lang.String _id;
  82
  83   /**
  84    * Field _hidden.
  85    */
  86   private boolean _hidden;
  87
  88   /**
  89    * keeps track of state for field: _hidden
  90    */
  91   private boolean _has_hidden;
  92
  93   /**
  94    * Field _featuresList.
  95    */
  96   private java.util.Vector _featuresList;
  97
  98   /**
  99    * Field _pdbidsList.
 100    */
 101   private java.util.Vector _pdbidsList;
 102
 103   /**
 104    * Field _hiddenSequencesList.
 105    */
 106   private java.util.Vector _hiddenSequencesList;
 107
 108   // ----------------/
 109   // - Constructors -/
 110   // ----------------/
 111
 112   public JSeq()
 113   {
 114     super();
 115     this._featuresList = new java.util.Vector();
 116     this._pdbidsList = new java.util.Vector();
 117     this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();
 118   }
 119
 120   // -----------/
 121   // - Methods -/
 122   // -----------/
 123
 124   /**
 125    *
 126    *
 127    * @param vFeatures
 128    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 129    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 130    */
 131   public void addFeatures(
 132           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 133           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 134   {
 135     this._featuresList.addElement(vFeatures);
 136   }
 137
 138   /**
 139    *
 140    *
 141    * @param index
 142    * @param vFeatures
 143    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 144    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 145    */
 146   public void addFeatures(final int index,
 147           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 148           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 149   {
 150     this._featuresList.add(index, vFeatures);
 151   }
 152
 153   /**
 154    *
 155    *
 156    * @param vHiddenSequences
 157    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 158    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 159    */
 160   public void addHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 161           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 162   {
 163     this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(
 164             vHiddenSequences));
 165   }
 166
 167   /**
 168    *
 169    *
 170    * @param index
 171    * @param vHiddenSequences
 172    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 173    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 174    */
 175   public void addHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 176           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 177   {
 178     this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(
 179             vHiddenSequences));
 180   }
 181
 182   /**
 183    *
 184    *
 185    * @param vPdbids
 186    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 187    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 188    */
 189   public void addPdbids(final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 190           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 191   {
 192     this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
 193   }
 194
 195   /**
 196    *
 197    *
 198    * @param index
 199    * @param vPdbids
 200    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 201    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 202    */
 203   public void addPdbids(final int index,
 204           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 205           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 206   {
 207     this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
 208   }
 209
 210   /**
 211      */
 212   public void deleteColour()
 213   {
 214     this._has_colour = false;
 215   }
 216
 217   /**
 218      */
 219   public void deleteEnd()
 220   {
 221     this._has_end = false;
 222   }
 223
 224   /**
 225      */
 226   public void deleteHidden()
 227   {
 228     this._has_hidden = false;
 229   }
 230
 231   /**
 232      */
 233   public void deleteStart()
 234   {
 235     this._has_start = false;
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Method enumerateFeatures.
 240    *
 241    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Features
 242    *         elements
 243    */
 244   public java.util.Enumeration enumerateFeatures()
 245   {
 246     return this._featuresList.elements();
 247   }
 248
 249   /**
 250    * Method enumerateHiddenSequences.
 251    *
 252    * @return an Enumeration over all int elements
 253    */
 254   public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()
 255   {
 256     return this._hiddenSequencesList.elements();
 257   }
 258
 259   /**
 260    * Method enumeratePdbids.
 261    *
 262    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Pdbids
 263    *         elements
 264    */
 265   public java.util.Enumeration enumeratePdbids()
 266   {
 267     return this._pdbidsList.elements();
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Returns the value of field 'colour'.
 272    *
 273    * @return the value of field 'Colour'.
 274    */
 275   public int getColour()
 276   {
 277     return this._colour;
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Returns the value of field 'end'.
 282    *
 283    * @return the value of field 'End'.
 284    */
 285   public int getEnd()
 286   {
 287     return this._end;
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Method getFeatures.
 292    *
 293    * @param index
 294    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 295    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 296    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Features at the
 297    *         given index
 298    */
 299   public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(final int index)
 300           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 301   {
 302     // check bounds for index
 303     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 304     {
 305       throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '"
 306               + index + "' not in range [0.."
 307               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 308     }
 309
 310     return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList
 311             .get(index);
 312   }
 313
 314   /**
 315    * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.
 316    * <p>
 317    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 318    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 319    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 320    *
 321    * @return this collection as an Array
 322    */
 323   public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()
 324   {
 325     jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];
 326     return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList
 327             .toArray(array);
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Method getFeaturesCount.
 332    *
 333    * @return the size of this collection
 334    */
 335   public int getFeaturesCount()
 336   {
 337     return this._featuresList.size();
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Returns the value of field 'hidden'.
 342    *
 343    * @return the value of field 'Hidden'.
 344    */
 345   public boolean getHidden()
 346   {
 347     return this._hidden;
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Method getHiddenSequences.
 352    *
 353    * @param index
 354    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 355    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 356    * @return the value of the int at the given index
 357    */
 358   public int getHiddenSequences(final int index)
 359           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 360   {
 361     // check bounds for index
 362     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 363     {
 364       throw new IndexOutOfBoundsException(
 365               "getHiddenSequences: Index value '" + index
 366                       + "' not in range [0.."
 367                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 368     }
 369
 370     return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();
 371   }
 372
 373   /**
 374    * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the collection in an
 375    * Array.
 376    *
 377    * @return this collection as an Array
 378    */
 379   public int[] getHiddenSequences()
 380   {
 381     int size = this._hiddenSequencesList.size();
 382     int[] array = new int[size];
 383     java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();
 384     for (int index = 0; index < size; index++)
 385     {
 386       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 387     }
 388     return array;
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Method getHiddenSequencesCount.
 393    *
 394    * @return the size of this collection
 395    */
 396   public int getHiddenSequencesCount()
 397   {
 398     return this._hiddenSequencesList.size();
 399   }
 400
 401   /**
 402    * Returns the value of field 'id'.
 403    *
 404    * @return the value of field 'Id'.
 405    */
 406   public java.lang.String getId()
 407   {
 408     return this._id;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Method getPdbids.
 413    *
 414    * @param index
 415    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 416    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 417    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given
 418    *         index
 419    */
 420   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(final int index)
 421           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 422   {
 423     // check bounds for index
 424     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 425     {
 426       throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '"
 427               + index + "' not in range [0.."
 428               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 429     }
 430
 431     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
 432   }
 433
 434   /**
 435    * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.
 436    * <p>
 437    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 438    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 439    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 440    *
 441    * @return this collection as an Array
 442    */
 443   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()
 444   {
 445     jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];
 446     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList
 447             .toArray(array);
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Method getPdbidsCount.
 452    *
 453    * @return the size of this collection
 454    */
 455   public int getPdbidsCount()
 456   {
 457     return this._pdbidsList.size();
 458   }
 459
 460   /**
 461    * Returns the value of field 'start'.
 462    *
 463    * @return the value of field 'Start'.
 464    */
 465   public int getStart()
 466   {
 467     return this._start;
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Method hasColour.
 472    *
 473    * @return true if at least one Colour has been added
 474    */
 475   public boolean hasColour()
 476   {
 477     return this._has_colour;
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Method hasEnd.
 482    *
 483    * @return true if at least one End has been added
 484    */
 485   public boolean hasEnd()
 486   {
 487     return this._has_end;
 488   }
 489
 490   /**
 491    * Method hasHidden.
 492    *
 493    * @return true if at least one Hidden has been added
 494    */
 495   public boolean hasHidden()
 496   {
 497     return this._has_hidden;
 498   }
 499
 500   /**
 501    * Method hasStart.
 502    *
 503    * @return true if at least one Start has been added
 504    */
 505   public boolean hasStart()
 506   {
 507     return this._has_start;
 508   }
 509
 510   /**
 511    * Returns the value of field 'hidden'.
 512    *
 513    * @return the value of field 'Hidden'.
 514    */
 515   public boolean isHidden()
 516   {
 517     return this._hidden;
 518   }
 519
 520   /**
 521    * Method isValid.
 522    *
 523    * @return true if this object is valid according to the schema
 524    */
 525   public boolean isValid()
 526   {
 527     try
 528     {
 529       validate();
 530     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 531     {
 532       return false;
 533     }
 534     return true;
 535   }
 536
 537   /**
 538    *
 539    *
 540    * @param out
 541    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 542    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 543    *           marshaling
 544    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 545    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 546    */
 547   public void marshal(final java.io.Writer out)
 548           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 549           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 550   {
 551     Marshaller.marshal(this, out);
 552   }
 553
 554   /**
 555    *
 556    *
 557    * @param handler
 558    * @throws java.io.IOException
 559    *           if an IOException occurs during marshaling
 560    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 561    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 562    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 563    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 564    *           marshaling
 565    */
 566   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 567           throws java.io.IOException,
 568           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 569           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 570   {
 571     Marshaller.marshal(this, handler);
 572   }
 573
 574   /**
 575      */
 576   public void removeAllFeatures()
 577   {
 578     this._featuresList.clear();
 579   }
 580
 581   /**
 582      */
 583   public void removeAllHiddenSequences()
 584   {
 585     this._hiddenSequencesList.clear();
 586   }
 587
 588   /**
 589      */
 590   public void removeAllPdbids()
 591   {
 592     this._pdbidsList.clear();
 593   }
 594
 595   /**
 596    * Method removeFeatures.
 597    *
 598    * @param vFeatures
 599    * @return true if the object was removed from the collection.
 600    */
 601   public boolean removeFeatures(
 602           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 603   {
 604     boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
 605     return removed;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Method removeFeaturesAt.
 610    *
 611    * @param index
 612    * @return the element removed from the collection
 613    */
 614   public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(
 615           final int index)
 616   {
 617     java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
 618     return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;
 619   }
 620
 621   /**
 622    * Method removeHiddenSequences.
 623    *
 624    * @param vHiddenSequences
 625    * @return true if the object was removed from the collection.
 626    */
 627   public boolean removeHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 628   {
 629     boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(
 630             vHiddenSequences));
 631     return removed;
 632   }
 633
 634   /**
 635    * Method removeHiddenSequencesAt.
 636    *
 637    * @param index
 638    * @return the element removed from the collection
 639    */
 640   public int removeHiddenSequencesAt(final int index)
 641   {
 642     java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);
 643     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 644   }
 645
 646   /**
 647    * Method removePdbids.
 648    *
 649    * @param vPdbids
 650    * @return true if the object was removed from the collection.
 651    */
 652   public boolean removePdbids(
 653           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 654   {
 655     boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
 656     return removed;
 657   }
 658
 659   /**
 660    * Method removePdbidsAt.
 661    *
 662    * @param index
 663    * @return the element removed from the collection
 664    */
 665   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(
 666           final int index)
 667   {
 668     java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
 669     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;
 670   }
 671
 672   /**
 673    * Sets the value of field 'colour'.
 674    *
 675    * @param colour
 676    *          the value of field 'colour'.
 677    */
 678   public void setColour(final int colour)
 679   {
 680     this._colour = colour;
 681     this._has_colour = true;
 682   }
 683
 684   /**
 685    * Sets the value of field 'end'.
 686    *
 687    * @param end
 688    *          the value of field 'end'.
 689    */
 690   public void setEnd(final int end)
 691   {
 692     this._end = end;
 693     this._has_end = true;
 694   }
 695
 696   /**
 697    *
 698    *
 699    * @param index
 700    * @param vFeatures
 701    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 702    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 703    */
 704   public void setFeatures(final int index,
 705           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 706           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 707   {
 708     // check bounds for index
 709     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 710     {
 711       throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '"
 712               + index + "' not in range [0.."
 713               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 714     }
 715
 716     this._featuresList.set(index, vFeatures);
 717   }
 718
 719   /**
 720    *
 721    *
 722    * @param vFeaturesArray
 723    */
 724   public void setFeatures(
 725           final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray)
 726   {
 727     // -- copy array
 728     _featuresList.clear();
 729
 730     for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)
 731     {
 732       this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
 733     }
 734   }
 735
 736   /**
 737    * Sets the value of field 'hidden'.
 738    *
 739    * @param hidden
 740    *          the value of field 'hidden'.
 741    */
 742   public void setHidden(final boolean hidden)
 743   {
 744     this._hidden = hidden;
 745     this._has_hidden = true;
 746   }
 747
 748   /**
 749    *
 750    *
 751    * @param index
 752    * @param vHiddenSequences
 753    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 754    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 755    */
 756   public void setHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 757           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 758   {
 759     // check bounds for index
 760     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 761     {
 762       throw new IndexOutOfBoundsException(
 763               "setHiddenSequences: Index value '" + index
 764                       + "' not in range [0.."
 765                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 766     }
 767
 768     this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(
 769             vHiddenSequences));
 770   }
 771
 772   /**
 773    *
 774    *
 775    * @param vHiddenSequencesArray
 776    */
 777   public void setHiddenSequences(final int[] vHiddenSequencesArray)
 778   {
 779     // -- copy array
 780     _hiddenSequencesList.clear();
 781
 782     for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++)
 783     {
 784       this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(
 785               vHiddenSequencesArray[i]));
 786     }
 787   }
 788
 789   /**
 790    * Sets the value of field 'id'.
 791    *
 792    * @param id
 793    *          the value of field 'id'.
 794    */
 795   public void setId(final java.lang.String id)
 796   {
 797     this._id = id;
 798   }
 799
 800   /**
 801    *
 802    *
 803    * @param index
 804    * @param vPdbids
 805    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 806    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 807    */
 808   public void setPdbids(final int index,
 809           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 810           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 811   {
 812     // check bounds for index
 813     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 814     {
 815       throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '"
 816               + index + "' not in range [0.."
 817               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 818     }
 819
 820     this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
 821   }
 822
 823   /**
 824    *
 825    *
 826    * @param vPdbidsArray
 827    */
 828   public void setPdbids(
 829           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray)
 830   {
 831     // -- copy array
 832     _pdbidsList.clear();
 833
 834     for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)
 835     {
 836       this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
 837     }
 838   }
 839
 840   /**
 841    * Sets the value of field 'start'.
 842    *
 843    * @param start
 844    *          the value of field 'start'.
 845    */
 846   public void setStart(final int start)
 847   {
 848     this._start = start;
 849     this._has_start = true;
 850   }
 851
 852   /**
 853    * Method unmarshal.
 854    *
 855    * @param reader
 856    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 857    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 858    *           marshaling
 859    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 860    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 861    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq
 862    */
 863   public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(
 864           final java.io.Reader reader)
 865           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 866           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 867   {
 868     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(
 869             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);
 870   }
 871
 872   /**
 873    *
 874    *
 875    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 876    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 877    */
 878   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 879   {
 880     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 881     validator.validate(this);
 882   }
 883
 884 }