src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class JSeq.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class JSeq implements java.io.Serializable\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _colour.\r
  42    */\r
  43   private int _colour;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * keeps track of state for field: _colour\r
  47    */\r
  48   private boolean _has_colour;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _start.\r
  52    */\r
  53   private int _start;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * keeps track of state for field: _start\r
  57    */\r
  58   private boolean _has_start;\r
  59 \r
  60   /**\r
  61    * Field _end.\r
  62    */\r
  63   private int _end;\r
  64 \r
  65   /**\r
  66    * keeps track of state for field: _end\r
  67    */\r
  68   private boolean _has_end;\r
  69 \r
  70   /**\r
  71    * Field _id.\r
  72    */\r
  73   private java.lang.String _id;\r
  74 \r
  75   /**\r
  76    * Field _hidden.\r
  77    */\r
  78   private boolean _hidden;\r
  79 \r
  80   /**\r
  81    * keeps track of state for field: _hidden\r
  82    */\r
  83   private boolean _has_hidden;\r
  84 \r
  85   /**\r
  86    * Field _featuresList.\r
  87    */\r
  88   private java.util.Vector _featuresList;\r
  89 \r
  90   /**\r
  91    * Field _pdbidsList.\r
  92    */\r
  93   private java.util.Vector _pdbidsList;\r
  94 \r
  95   /**\r
  96    * Field _hiddenSequencesList.\r
  97    */\r
  98   private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
  99 \r
 100   // ----------------/\r
 101   // - Constructors -/\r
 102   // ----------------/\r
 103 \r
 104   public JSeq()\r
 105   {\r
 106     super();\r
 107     this._featuresList = new java.util.Vector();\r
 108     this._pdbidsList = new java.util.Vector();\r
 109     this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();\r
 110   }\r
 111 \r
 112   // -----------/\r
 113   // - Methods -/\r
 114   // -----------/\r
 115 \r
 116   /**\r
 117    * \r
 118    * \r
 119    * @param vFeatures\r
 120    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 121    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 122    */\r
 123   public void addFeatures(\r
 124           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 125           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 126   {\r
 127     this._featuresList.addElement(vFeatures);\r
 128   }\r
 129 \r
 130   /**\r
 131    * \r
 132    * \r
 133    * @param index\r
 134    * @param vFeatures\r
 135    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 136    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 137    */\r
 138   public void addFeatures(final int index,\r
 139           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 140           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 141   {\r
 142     this._featuresList.add(index, vFeatures);\r
 143   }\r
 144 \r
 145   /**\r
 146    * \r
 147    * \r
 148    * @param vHiddenSequences\r
 149    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 150    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 151    */\r
 152   public void addHiddenSequences(final int vHiddenSequences)\r
 153           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 154   {\r
 155     this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(\r
 156             vHiddenSequences));\r
 157   }\r
 158 \r
 159   /**\r
 160    * \r
 161    * \r
 162    * @param index\r
 163    * @param vHiddenSequences\r
 164    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 165    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 166    */\r
 167   public void addHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)\r
 168           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 169   {\r
 170     this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(\r
 171             vHiddenSequences));\r
 172   }\r
 173 \r
 174   /**\r
 175    * \r
 176    * \r
 177    * @param vPdbids\r
 178    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 179    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 180    */\r
 181   public void addPdbids(final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 182           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 183   {\r
 184     this._pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
 185   }\r
 186 \r
 187   /**\r
 188    * \r
 189    * \r
 190    * @param index\r
 191    * @param vPdbids\r
 192    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 193    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 194    */\r
 195   public void addPdbids(final int index,\r
 196           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 197           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 198   {\r
 199     this._pdbidsList.add(index, vPdbids);\r
 200   }\r
 201 \r
 202   /**\r
 203    */\r
 204   public void deleteColour()\r
 205   {\r
 206     this._has_colour = false;\r
 207   }\r
 208 \r
 209   /**\r
 210    */\r
 211   public void deleteEnd()\r
 212   {\r
 213     this._has_end = false;\r
 214   }\r
 215 \r
 216   /**\r
 217    */\r
 218   public void deleteHidden()\r
 219   {\r
 220     this._has_hidden = false;\r
 221   }\r
 222 \r
 223   /**\r
 224    */\r
 225   public void deleteStart()\r
 226   {\r
 227     this._has_start = false;\r
 228   }\r
 229 \r
 230   /**\r
 231    * Method enumerateFeatures.\r
 232    * \r
 233    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Features\r
 234    *         elements\r
 235    */\r
 236   public java.util.Enumeration enumerateFeatures()\r
 237   {\r
 238     return this._featuresList.elements();\r
 239   }\r
 240 \r
 241   /**\r
 242    * Method enumerateHiddenSequences.\r
 243    * \r
 244    * @return an Enumeration over all int elements\r
 245    */\r
 246   public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()\r
 247   {\r
 248     return this._hiddenSequencesList.elements();\r
 249   }\r
 250 \r
 251   /**\r
 252    * Method enumeratePdbids.\r
 253    * \r
 254    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Pdbids\r
 255    *         elements\r
 256    */\r
 257   public java.util.Enumeration enumeratePdbids()\r
 258   {\r
 259     return this._pdbidsList.elements();\r
 260   }\r
 261 \r
 262   /**\r
 263    * Returns the value of field 'colour'.\r
 264    * \r
 265    * @return the value of field 'Colour'.\r
 266    */\r
 267   public int getColour()\r
 268   {\r
 269     return this._colour;\r
 270   }\r
 271 \r
 272   /**\r
 273    * Returns the value of field 'end'.\r
 274    * \r
 275    * @return the value of field 'End'.\r
 276    */\r
 277   public int getEnd()\r
 278   {\r
 279     return this._end;\r
 280   }\r
 281 \r
 282   /**\r
 283    * Method getFeatures.\r
 284    * \r
 285    * @param index\r
 286    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 287    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 288    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Features at the\r
 289    *         given index\r
 290    */\r
 291   public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(final int index)\r
 292           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 293   {\r
 294     // check bounds for index\r
 295     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())\r
 296     {\r
 297       throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '"\r
 298               + index + "' not in range [0.."\r
 299               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 300     }\r
 301 \r
 302     return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList\r
 303             .get(index);\r
 304   }\r
 305 \r
 306   /**\r
 307    * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.\r
 308    * <p>\r
 309    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 310    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 311    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 312    * \r
 313    * @return this collection as an Array\r
 314    */\r
 315   public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()\r
 316   {\r
 317     jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];\r
 318     return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList\r
 319             .toArray(array);\r
 320   }\r
 321 \r
 322   /**\r
 323    * Method getFeaturesCount.\r
 324    * \r
 325    * @return the size of this collection\r
 326    */\r
 327   public int getFeaturesCount()\r
 328   {\r
 329     return this._featuresList.size();\r
 330   }\r
 331 \r
 332   /**\r
 333    * Returns the value of field 'hidden'.\r
 334    * \r
 335    * @return the value of field 'Hidden'.\r
 336    */\r
 337   public boolean getHidden()\r
 338   {\r
 339     return this._hidden;\r
 340   }\r
 341 \r
 342   /**\r
 343    * Method getHiddenSequences.\r
 344    * \r
 345    * @param index\r
 346    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 347    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 348    * @return the value of the int at the given index\r
 349    */\r
 350   public int getHiddenSequences(final int index)\r
 351           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 352   {\r
 353     // check bounds for index\r
 354     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())\r
 355     {\r
 356       throw new IndexOutOfBoundsException(\r
 357               "getHiddenSequences: Index value '" + index\r
 358                       + "' not in range [0.."\r
 359                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 360     }\r
 361 \r
 362     return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();\r
 363   }\r
 364 \r
 365   /**\r
 366    * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the collection in an\r
 367    * Array.\r
 368    * \r
 369    * @return this collection as an Array\r
 370    */\r
 371   public int[] getHiddenSequences()\r
 372   {\r
 373     int size = this._hiddenSequencesList.size();\r
 374     int[] array = new int[size];\r
 375     java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();\r
 376     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 377     {\r
 378       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
 379     }\r
 380     return array;\r
 381   }\r
 382 \r
 383   /**\r
 384    * Method getHiddenSequencesCount.\r
 385    * \r
 386    * @return the size of this collection\r
 387    */\r
 388   public int getHiddenSequencesCount()\r
 389   {\r
 390     return this._hiddenSequencesList.size();\r
 391   }\r
 392 \r
 393   /**\r
 394    * Returns the value of field 'id'.\r
 395    * \r
 396    * @return the value of field 'Id'.\r
 397    */\r
 398   public java.lang.String getId()\r
 399   {\r
 400     return this._id;\r
 401   }\r
 402 \r
 403   /**\r
 404    * Method getPdbids.\r
 405    * \r
 406    * @param index\r
 407    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 408    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 409    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given\r
 410    *         index\r
 411    */\r
 412   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(final int index)\r
 413           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 414   {\r
 415     // check bounds for index\r
 416     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())\r
 417     {\r
 418       throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '"\r
 419               + index + "' not in range [0.."\r
 420               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 421     }\r
 422 \r
 423     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);\r
 424   }\r
 425 \r
 426   /**\r
 427    * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.\r
 428    * <p>\r
 429    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 430    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 431    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 432    * \r
 433    * @return this collection as an Array\r
 434    */\r
 435   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()\r
 436   {\r
 437     jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];\r
 438     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList\r
 439             .toArray(array);\r
 440   }\r
 441 \r
 442   /**\r
 443    * Method getPdbidsCount.\r
 444    * \r
 445    * @return the size of this collection\r
 446    */\r
 447   public int getPdbidsCount()\r
 448   {\r
 449     return this._pdbidsList.size();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   /**\r
 453    * Returns the value of field 'start'.\r
 454    * \r
 455    * @return the value of field 'Start'.\r
 456    */\r
 457   public int getStart()\r
 458   {\r
 459     return this._start;\r
 460   }\r
 461 \r
 462   /**\r
 463    * Method hasColour.\r
 464    * \r
 465    * @return true if at least one Colour has been added\r
 466    */\r
 467   public boolean hasColour()\r
 468   {\r
 469     return this._has_colour;\r
 470   }\r
 471 \r
 472   /**\r
 473    * Method hasEnd.\r
 474    * \r
 475    * @return true if at least one End has been added\r
 476    */\r
 477   public boolean hasEnd()\r
 478   {\r
 479     return this._has_end;\r
 480   }\r
 481 \r
 482   /**\r
 483    * Method hasHidden.\r
 484    * \r
 485    * @return true if at least one Hidden has been added\r
 486    */\r
 487   public boolean hasHidden()\r
 488   {\r
 489     return this._has_hidden;\r
 490   }\r
 491 \r
 492   /**\r
 493    * Method hasStart.\r
 494    * \r
 495    * @return true if at least one Start has been added\r
 496    */\r
 497   public boolean hasStart()\r
 498   {\r
 499     return this._has_start;\r
 500   }\r
 501 \r
 502   /**\r
 503    * Returns the value of field 'hidden'.\r
 504    * \r
 505    * @return the value of field 'Hidden'.\r
 506    */\r
 507   public boolean isHidden()\r
 508   {\r
 509     return this._hidden;\r
 510   }\r
 511 \r
 512   /**\r
 513    * Method isValid.\r
 514    * \r
 515    * @return true if this object is valid according to the schema\r
 516    */\r
 517   public boolean isValid()\r
 518   {\r
 519     try\r
 520     {\r
 521       validate();\r
 522     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 523     {\r
 524       return false;\r
 525     }\r
 526     return true;\r
 527   }\r
 528 \r
 529   /**\r
 530    * \r
 531    * \r
 532    * @param out\r
 533    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 534    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 535    *                 marshaling\r
 536    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 537    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 538    *                 schema\r
 539    */\r
 540   public void marshal(final java.io.Writer out)\r
 541           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 542           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 543   {\r
 544     Marshaller.marshal(this, out);\r
 545   }\r
 546 \r
 547   /**\r
 548    * \r
 549    * \r
 550    * @param handler\r
 551    * @throws java.io.IOException\r
 552    *                 if an IOException occurs during marshaling\r
 553    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 554    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 555    *                 schema\r
 556    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 557    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 558    *                 marshaling\r
 559    */\r
 560   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 561           throws java.io.IOException,\r
 562           org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 563           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 564   {\r
 565     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 566   }\r
 567 \r
 568   /**\r
 569    */\r
 570   public void removeAllFeatures()\r
 571   {\r
 572     this._featuresList.clear();\r
 573   }\r
 574 \r
 575   /**\r
 576    */\r
 577   public void removeAllHiddenSequences()\r
 578   {\r
 579     this._hiddenSequencesList.clear();\r
 580   }\r
 581 \r
 582   /**\r
 583    */\r
 584   public void removeAllPdbids()\r
 585   {\r
 586     this._pdbidsList.clear();\r
 587   }\r
 588 \r
 589   /**\r
 590    * Method removeFeatures.\r
 591    * \r
 592    * @param vFeatures\r
 593    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 594    */\r
 595   public boolean removeFeatures(\r
 596           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 597   {\r
 598     boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);\r
 599     return removed;\r
 600   }\r
 601 \r
 602   /**\r
 603    * Method removeFeaturesAt.\r
 604    * \r
 605    * @param index\r
 606    * @return the element removed from the collection\r
 607    */\r
 608   public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(\r
 609           final int index)\r
 610   {\r
 611     java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);\r
 612     return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
 613   }\r
 614 \r
 615   /**\r
 616    * Method removeHiddenSequences.\r
 617    * \r
 618    * @param vHiddenSequences\r
 619    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 620    */\r
 621   public boolean removeHiddenSequences(final int vHiddenSequences)\r
 622   {\r
 623     boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(\r
 624             vHiddenSequences));\r
 625     return removed;\r
 626   }\r
 627 \r
 628   /**\r
 629    * Method removeHiddenSequencesAt.\r
 630    * \r
 631    * @param index\r
 632    * @return the element removed from the collection\r
 633    */\r
 634   public int removeHiddenSequencesAt(final int index)\r
 635   {\r
 636     java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);\r
 637     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 638   }\r
 639 \r
 640   /**\r
 641    * Method removePdbids.\r
 642    * \r
 643    * @param vPdbids\r
 644    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 645    */\r
 646   public boolean removePdbids(\r
 647           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 648   {\r
 649     boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);\r
 650     return removed;\r
 651   }\r
 652 \r
 653   /**\r
 654    * Method removePdbidsAt.\r
 655    * \r
 656    * @param index\r
 657    * @return the element removed from the collection\r
 658    */\r
 659   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(\r
 660           final int index)\r
 661   {\r
 662     java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);\r
 663     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
 664   }\r
 665 \r
 666   /**\r
 667    * Sets the value of field 'colour'.\r
 668    * \r
 669    * @param colour\r
 670    *                the value of field 'colour'.\r
 671    */\r
 672   public void setColour(final int colour)\r
 673   {\r
 674     this._colour = colour;\r
 675     this._has_colour = true;\r
 676   }\r
 677 \r
 678   /**\r
 679    * Sets the value of field 'end'.\r
 680    * \r
 681    * @param end\r
 682    *                the value of field 'end'.\r
 683    */\r
 684   public void setEnd(final int end)\r
 685   {\r
 686     this._end = end;\r
 687     this._has_end = true;\r
 688   }\r
 689 \r
 690   /**\r
 691    * \r
 692    * \r
 693    * @param index\r
 694    * @param vFeatures\r
 695    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 696    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 697    */\r
 698   public void setFeatures(final int index,\r
 699           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 700           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 701   {\r
 702     // check bounds for index\r
 703     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())\r
 704     {\r
 705       throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '"\r
 706               + index + "' not in range [0.."\r
 707               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 708     }\r
 709 \r
 710     this._featuresList.set(index, vFeatures);\r
 711   }\r
 712 \r
 713   /**\r
 714    * \r
 715    * \r
 716    * @param vFeaturesArray\r
 717    */\r
 718   public void setFeatures(\r
 719           final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray)\r
 720   {\r
 721     // -- copy array\r
 722     _featuresList.clear();\r
 723 \r
 724     for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)\r
 725     {\r
 726       this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);\r
 727     }\r
 728   }\r
 729 \r
 730   /**\r
 731    * Sets the value of field 'hidden'.\r
 732    * \r
 733    * @param hidden\r
 734    *                the value of field 'hidden'.\r
 735    */\r
 736   public void setHidden(final boolean hidden)\r
 737   {\r
 738     this._hidden = hidden;\r
 739     this._has_hidden = true;\r
 740   }\r
 741 \r
 742   /**\r
 743    * \r
 744    * \r
 745    * @param index\r
 746    * @param vHiddenSequences\r
 747    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 748    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 749    */\r
 750   public void setHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)\r
 751           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 752   {\r
 753     // check bounds for index\r
 754     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())\r
 755     {\r
 756       throw new IndexOutOfBoundsException(\r
 757               "setHiddenSequences: Index value '" + index\r
 758                       + "' not in range [0.."\r
 759                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 760     }\r
 761 \r
 762     this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(\r
 763             vHiddenSequences));\r
 764   }\r
 765 \r
 766   /**\r
 767    * \r
 768    * \r
 769    * @param vHiddenSequencesArray\r
 770    */\r
 771   public void setHiddenSequences(final int[] vHiddenSequencesArray)\r
 772   {\r
 773     // -- copy array\r
 774     _hiddenSequencesList.clear();\r
 775 \r
 776     for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++)\r
 777     {\r
 778       this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(\r
 779               vHiddenSequencesArray[i]));\r
 780     }\r
 781   }\r
 782 \r
 783   /**\r
 784    * Sets the value of field 'id'.\r
 785    * \r
 786    * @param id\r
 787    *                the value of field 'id'.\r
 788    */\r
 789   public void setId(final java.lang.String id)\r
 790   {\r
 791     this._id = id;\r
 792   }\r
 793 \r
 794   /**\r
 795    * \r
 796    * \r
 797    * @param index\r
 798    * @param vPdbids\r
 799    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 800    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 801    */\r
 802   public void setPdbids(final int index,\r
 803           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 804           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 805   {\r
 806     // check bounds for index\r
 807     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())\r
 808     {\r
 809       throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '"\r
 810               + index + "' not in range [0.."\r
 811               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 812     }\r
 813 \r
 814     this._pdbidsList.set(index, vPdbids);\r
 815   }\r
 816 \r
 817   /**\r
 818    * \r
 819    * \r
 820    * @param vPdbidsArray\r
 821    */\r
 822   public void setPdbids(\r
 823           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray)\r
 824   {\r
 825     // -- copy array\r
 826     _pdbidsList.clear();\r
 827 \r
 828     for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)\r
 829     {\r
 830       this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);\r
 831     }\r
 832   }\r
 833 \r
 834   /**\r
 835    * Sets the value of field 'start'.\r
 836    * \r
 837    * @param start\r
 838    *                the value of field 'start'.\r
 839    */\r
 840   public void setStart(final int start)\r
 841   {\r
 842     this._start = start;\r
 843     this._has_start = true;\r
 844   }\r
 845 \r
 846   /**\r
 847    * Method unmarshal.\r
 848    * \r
 849    * @param reader\r
 850    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 851    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 852    *                 marshaling\r
 853    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 854    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 855    *                 schema\r
 856    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
 857    */\r
 858   public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(\r
 859           final java.io.Reader reader)\r
 860           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 861           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 862   {\r
 863     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(\r
 864             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
 865   }\r
 866 \r
 867   /**\r
 868    * \r
 869    * \r
 870    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 871    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 872    *                 schema\r
 873    */\r
 874   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 875   {\r
 876     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 877     validator.validate(this);\r
 878   }\r
 879 \r
 880 }\r