src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class JSeq.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _colour.\r
  31      */\r
  32     private int _colour;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _colour\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_colour;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _start.\r
  41      */\r
  42     private int _start;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _start\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_start;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _end.\r
  51      */\r
  52     private int _end;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * keeps track of state for field: _end\r
  56      */\r
  57     private boolean _has_end;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _id.\r
  61      */\r
  62     private java.lang.String _id;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * Field _hidden.\r
  66      */\r
  67     private boolean _hidden;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * keeps track of state for field: _hidden\r
  71      */\r
  72     private boolean _has_hidden;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Field _featuresList.\r
  76      */\r
  77     private java.util.Vector _featuresList;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _pdbidsList.\r
  81      */\r
  82     private java.util.Vector _pdbidsList;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * Field _hiddenSequencesList.\r
  86      */\r
  87     private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
  88 \r
  89 \r
  90       //----------------/\r
  91      //- Constructors -/\r
  92     //----------------/\r
  93 \r
  94     public JSeq() {\r
  95         super();\r
  96         this._featuresList = new java.util.Vector();\r
  97         this._pdbidsList = new java.util.Vector();\r
  98         this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();\r
  99     }\r
 100 \r
 101 \r
 102       //-----------/\r
 103      //- Methods -/\r
 104     //-----------/\r
 105 \r
 106     /**\r
 107      * \r
 108      * \r
 109      * @param vFeatures\r
 110      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 111      * given is outside the bounds of the collection\r
 112      */\r
 113     public void addFeatures(\r
 114             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 115     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 116         this._featuresList.addElement(vFeatures);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * \r
 121      * \r
 122      * @param index\r
 123      * @param vFeatures\r
 124      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 125      * given is outside the bounds of the collection\r
 126      */\r
 127     public void addFeatures(\r
 128             final int index,\r
 129             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 130     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 131         this._featuresList.add(index, vFeatures);\r
 132     }\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * \r
 136      * \r
 137      * @param vHiddenSequences\r
 138      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 139      * given is outside the bounds of the collection\r
 140      */\r
 141     public void addHiddenSequences(\r
 142             final int vHiddenSequences)\r
 143     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 144         this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 145     }\r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * \r
 149      * \r
 150      * @param index\r
 151      * @param vHiddenSequences\r
 152      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 153      * given is outside the bounds of the collection\r
 154      */\r
 155     public void addHiddenSequences(\r
 156             final int index,\r
 157             final int vHiddenSequences)\r
 158     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 159         this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 160     }\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * \r
 164      * \r
 165      * @param vPdbids\r
 166      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 167      * given is outside the bounds of the collection\r
 168      */\r
 169     public void addPdbids(\r
 170             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 171     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 172         this._pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
 173     }\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * \r
 177      * \r
 178      * @param index\r
 179      * @param vPdbids\r
 180      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 181      * given is outside the bounds of the collection\r
 182      */\r
 183     public void addPdbids(\r
 184             final int index,\r
 185             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 186     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 187         this._pdbidsList.add(index, vPdbids);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      */\r
 192     public void deleteColour(\r
 193     ) {\r
 194         this._has_colour= false;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     /**\r
 198      */\r
 199     public void deleteEnd(\r
 200     ) {\r
 201         this._has_end= false;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     /**\r
 205      */\r
 206     public void deleteHidden(\r
 207     ) {\r
 208         this._has_hidden= false;\r
 209     }\r
 210 \r
 211     /**\r
 212      */\r
 213     public void deleteStart(\r
 214     ) {\r
 215         this._has_start= false;\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Method enumerateFeatures.\r
 220      * \r
 221      * @return an Enumeration over all\r
 222      * jalview.schemabinding.version2.Features elements\r
 223      */\r
 224     public java.util.Enumeration enumerateFeatures(\r
 225     ) {\r
 226         return this._featuresList.elements();\r
 227     }\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Method enumerateHiddenSequences.\r
 231      * \r
 232      * @return an Enumeration over all int elements\r
 233      */\r
 234     public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences(\r
 235     ) {\r
 236         return this._hiddenSequencesList.elements();\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * Method enumeratePdbids.\r
 241      * \r
 242      * @return an Enumeration over all\r
 243      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids elements\r
 244      */\r
 245     public java.util.Enumeration enumeratePdbids(\r
 246     ) {\r
 247         return this._pdbidsList.elements();\r
 248     }\r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * Returns the value of field 'colour'.\r
 252      * \r
 253      * @return the value of field 'Colour'.\r
 254      */\r
 255     public int getColour(\r
 256     ) {\r
 257         return this._colour;\r
 258     }\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      * Returns the value of field 'end'.\r
 262      * \r
 263      * @return the value of field 'End'.\r
 264      */\r
 265     public int getEnd(\r
 266     ) {\r
 267         return this._end;\r
 268     }\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * Method getFeatures.\r
 272      * \r
 273      * @param index\r
 274      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 275      * given is outside the bounds of the collection\r
 276      * @return the value of the\r
 277      * jalview.schemabinding.version2.Features at the given index\r
 278      */\r
 279     public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(\r
 280             final int index)\r
 281     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 282         // check bounds for index\r
 283         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
 284             throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 285         }\r
 286         \r
 287         return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.get(index);\r
 288     }\r
 289 \r
 290     /**\r
 291      * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in\r
 292      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 293      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 294      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 295      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 296      * \r
 297      * @return this collection as an Array\r
 298      */\r
 299     public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures(\r
 300     ) {\r
 301         jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];\r
 302         return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList.toArray(array);\r
 303     }\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * Method getFeaturesCount.\r
 307      * \r
 308      * @return the size of this collection\r
 309      */\r
 310     public int getFeaturesCount(\r
 311     ) {\r
 312         return this._featuresList.size();\r
 313     }\r
 314 \r
 315     /**\r
 316      * Returns the value of field 'hidden'.\r
 317      * \r
 318      * @return the value of field 'Hidden'.\r
 319      */\r
 320     public boolean getHidden(\r
 321     ) {\r
 322         return this._hidden;\r
 323     }\r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * Method getHiddenSequences.\r
 327      * \r
 328      * @param index\r
 329      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 330      * given is outside the bounds of the collection\r
 331      * @return the value of the int at the given index\r
 332      */\r
 333     public int getHiddenSequences(\r
 334             final int index)\r
 335     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 336         // check bounds for index\r
 337         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
 338             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 339         }\r
 340         \r
 341         return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the\r
 346      * collection in an Array.  \r
 347      * \r
 348      * @return this collection as an Array\r
 349      */\r
 350     public int[] getHiddenSequences(\r
 351     ) {\r
 352         int size = this._hiddenSequencesList.size();\r
 353         int[] array = new int[size];\r
 354         java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();\r
 355         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 356             array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
 357         }\r
 358         return array;\r
 359     }\r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * Method getHiddenSequencesCount.\r
 363      * \r
 364      * @return the size of this collection\r
 365      */\r
 366     public int getHiddenSequencesCount(\r
 367     ) {\r
 368         return this._hiddenSequencesList.size();\r
 369     }\r
 370 \r
 371     /**\r
 372      * Returns the value of field 'id'.\r
 373      * \r
 374      * @return the value of field 'Id'.\r
 375      */\r
 376     public java.lang.String getId(\r
 377     ) {\r
 378         return this._id;\r
 379     }\r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * Method getPdbids.\r
 383      * \r
 384      * @param index\r
 385      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 386      * given is outside the bounds of the collection\r
 387      * @return the value of the\r
 388      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given index\r
 389      */\r
 390     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(\r
 391             final int index)\r
 392     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 393         // check bounds for index\r
 394         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
 395             throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 396         }\r
 397         \r
 398         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);\r
 399     }\r
 400 \r
 401     /**\r
 402      * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in\r
 403      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 404      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 405      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 406      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 407      * \r
 408      * @return this collection as an Array\r
 409      */\r
 410     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids(\r
 411     ) {\r
 412         jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];\r
 413         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);\r
 414     }\r
 415 \r
 416     /**\r
 417      * Method getPdbidsCount.\r
 418      * \r
 419      * @return the size of this collection\r
 420      */\r
 421     public int getPdbidsCount(\r
 422     ) {\r
 423         return this._pdbidsList.size();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     /**\r
 427      * Returns the value of field 'start'.\r
 428      * \r
 429      * @return the value of field 'Start'.\r
 430      */\r
 431     public int getStart(\r
 432     ) {\r
 433         return this._start;\r
 434     }\r
 435 \r
 436     /**\r
 437      * Method hasColour.\r
 438      * \r
 439      * @return true if at least one Colour has been added\r
 440      */\r
 441     public boolean hasColour(\r
 442     ) {\r
 443         return this._has_colour;\r
 444     }\r
 445 \r
 446     /**\r
 447      * Method hasEnd.\r
 448      * \r
 449      * @return true if at least one End has been added\r
 450      */\r
 451     public boolean hasEnd(\r
 452     ) {\r
 453         return this._has_end;\r
 454     }\r
 455 \r
 456     /**\r
 457      * Method hasHidden.\r
 458      * \r
 459      * @return true if at least one Hidden has been added\r
 460      */\r
 461     public boolean hasHidden(\r
 462     ) {\r
 463         return this._has_hidden;\r
 464     }\r
 465 \r
 466     /**\r
 467      * Method hasStart.\r
 468      * \r
 469      * @return true if at least one Start has been added\r
 470      */\r
 471     public boolean hasStart(\r
 472     ) {\r
 473         return this._has_start;\r
 474     }\r
 475 \r
 476     /**\r
 477      * Returns the value of field 'hidden'.\r
 478      * \r
 479      * @return the value of field 'Hidden'.\r
 480      */\r
 481     public boolean isHidden(\r
 482     ) {\r
 483         return this._hidden;\r
 484     }\r
 485 \r
 486     /**\r
 487      * Method isValid.\r
 488      * \r
 489      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 490      */\r
 491     public boolean isValid(\r
 492     ) {\r
 493         try {\r
 494             validate();\r
 495         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 496             return false;\r
 497         }\r
 498         return true;\r
 499     }\r
 500 \r
 501     /**\r
 502      * \r
 503      * \r
 504      * @param out\r
 505      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 506      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 507      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 508      * object is an invalid instance according to the schema\r
 509      */\r
 510     public void marshal(\r
 511             final java.io.Writer out)\r
 512     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 513         Marshaller.marshal(this, out);\r
 514     }\r
 515 \r
 516     /**\r
 517      * \r
 518      * \r
 519      * @param handler\r
 520      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 521      * marshaling\r
 522      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 523      * object is an invalid instance according to the schema\r
 524      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 525      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 526      */\r
 527     public void marshal(\r
 528             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 529     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 530         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 531     }\r
 532 \r
 533     /**\r
 534      */\r
 535     public void removeAllFeatures(\r
 536     ) {\r
 537         this._featuresList.clear();\r
 538     }\r
 539 \r
 540     /**\r
 541      */\r
 542     public void removeAllHiddenSequences(\r
 543     ) {\r
 544         this._hiddenSequencesList.clear();\r
 545     }\r
 546 \r
 547     /**\r
 548      */\r
 549     public void removeAllPdbids(\r
 550     ) {\r
 551         this._pdbidsList.clear();\r
 552     }\r
 553 \r
 554     /**\r
 555      * Method removeFeatures.\r
 556      * \r
 557      * @param vFeatures\r
 558      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 559      */\r
 560     public boolean removeFeatures(\r
 561             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures) {\r
 562         boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);\r
 563         return removed;\r
 564     }\r
 565 \r
 566     /**\r
 567      * Method removeFeaturesAt.\r
 568      * \r
 569      * @param index\r
 570      * @return the element removed from the collection\r
 571      */\r
 572     public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(\r
 573             final int index) {\r
 574         java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);\r
 575         return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * Method removeHiddenSequences.\r
 580      * \r
 581      * @param vHiddenSequences\r
 582      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 583      */\r
 584     public boolean removeHiddenSequences(\r
 585             final int vHiddenSequences) {\r
 586         boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 587         return removed;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * Method removeHiddenSequencesAt.\r
 592      * \r
 593      * @param index\r
 594      * @return the element removed from the collection\r
 595      */\r
 596     public int removeHiddenSequencesAt(\r
 597             final int index) {\r
 598         java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);\r
 599         return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 600     }\r
 601 \r
 602     /**\r
 603      * Method removePdbids.\r
 604      * \r
 605      * @param vPdbids\r
 606      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 607      */\r
 608     public boolean removePdbids(\r
 609             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids) {\r
 610         boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);\r
 611         return removed;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     /**\r
 615      * Method removePdbidsAt.\r
 616      * \r
 617      * @param index\r
 618      * @return the element removed from the collection\r
 619      */\r
 620     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(\r
 621             final int index) {\r
 622         java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);\r
 623         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     /**\r
 627      * Sets the value of field 'colour'.\r
 628      * \r
 629      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 630      */\r
 631     public void setColour(\r
 632             final int colour) {\r
 633         this._colour = colour;\r
 634         this._has_colour = true;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * Sets the value of field 'end'.\r
 639      * \r
 640      * @param end the value of field 'end'.\r
 641      */\r
 642     public void setEnd(\r
 643             final int end) {\r
 644         this._end = end;\r
 645         this._has_end = true;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     /**\r
 649      * \r
 650      * \r
 651      * @param index\r
 652      * @param vFeatures\r
 653      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 654      * given is outside the bounds of the collection\r
 655      */\r
 656     public void setFeatures(\r
 657             final int index,\r
 658             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 659     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 660         // check bounds for index\r
 661         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
 662             throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 663         }\r
 664         \r
 665         this._featuresList.set(index, vFeatures);\r
 666     }\r
 667 \r
 668     /**\r
 669      * \r
 670      * \r
 671      * @param vFeaturesArray\r
 672      */\r
 673     public void setFeatures(\r
 674             final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray) {\r
 675         //-- copy array\r
 676         _featuresList.clear();\r
 677         \r
 678         for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {\r
 679                 this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);\r
 680         }\r
 681     }\r
 682 \r
 683     /**\r
 684      * Sets the value of field 'hidden'.\r
 685      * \r
 686      * @param hidden the value of field 'hidden'.\r
 687      */\r
 688     public void setHidden(\r
 689             final boolean hidden) {\r
 690         this._hidden = hidden;\r
 691         this._has_hidden = true;\r
 692     }\r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * \r
 696      * \r
 697      * @param index\r
 698      * @param vHiddenSequences\r
 699      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 700      * given is outside the bounds of the collection\r
 701      */\r
 702     public void setHiddenSequences(\r
 703             final int index,\r
 704             final int vHiddenSequences)\r
 705     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 706         // check bounds for index\r
 707         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
 708             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 709         }\r
 710         \r
 711         this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 712     }\r
 713 \r
 714     /**\r
 715      * \r
 716      * \r
 717      * @param vHiddenSequencesArray\r
 718      */\r
 719     public void setHiddenSequences(\r
 720             final int[] vHiddenSequencesArray) {\r
 721         //-- copy array\r
 722         _hiddenSequencesList.clear();\r
 723         \r
 724         for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++) {\r
 725                 this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(vHiddenSequencesArray[i]));\r
 726         }\r
 727     }\r
 728 \r
 729     /**\r
 730      * Sets the value of field 'id'.\r
 731      * \r
 732      * @param id the value of field 'id'.\r
 733      */\r
 734     public void setId(\r
 735             final java.lang.String id) {\r
 736         this._id = id;\r
 737     }\r
 738 \r
 739     /**\r
 740      * \r
 741      * \r
 742      * @param index\r
 743      * @param vPdbids\r
 744      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 745      * given is outside the bounds of the collection\r
 746      */\r
 747     public void setPdbids(\r
 748             final int index,\r
 749             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 750     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 751         // check bounds for index\r
 752         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
 753             throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 754         }\r
 755         \r
 756         this._pdbidsList.set(index, vPdbids);\r
 757     }\r
 758 \r
 759     /**\r
 760      * \r
 761      * \r
 762      * @param vPdbidsArray\r
 763      */\r
 764     public void setPdbids(\r
 765             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray) {\r
 766         //-- copy array\r
 767         _pdbidsList.clear();\r
 768         \r
 769         for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {\r
 770                 this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);\r
 771         }\r
 772     }\r
 773 \r
 774     /**\r
 775      * Sets the value of field 'start'.\r
 776      * \r
 777      * @param start the value of field 'start'.\r
 778      */\r
 779     public void setStart(\r
 780             final int start) {\r
 781         this._start = start;\r
 782         this._has_start = true;\r
 783     }\r
 784 \r
 785     /**\r
 786      * Method unmarshal.\r
 787      * \r
 788      * @param reader\r
 789      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 790      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 791      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 792      * object is an invalid instance according to the schema\r
 793      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
 794      */\r
 795     public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(\r
 796             final java.io.Reader reader)\r
 797     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 798         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
 799     }\r
 800 \r
 801     /**\r
 802      * \r
 803      * \r
 804      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 805      * object is an invalid instance according to the schema\r
 806      */\r
 807     public void validate(\r
 808     )\r
 809     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 810         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 811         validator.validate(this);\r
 812     }\r
 813 \r
 814 }\r