src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class JSeq.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class JSeq implements java.io.Serializable\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _colour.\r
  41    */\r
  42   private int _colour;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * keeps track of state for field: _colour\r
  46    */\r
  47   private boolean _has_colour;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _start.\r
  51    */\r
  52   private int _start;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * keeps track of state for field: _start\r
  56    */\r
  57   private boolean _has_start;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Field _end.\r
  61    */\r
  62   private int _end;\r
  63 \r
  64   /**\r
  65    * keeps track of state for field: _end\r
  66    */\r
  67   private boolean _has_end;\r
  68 \r
  69   /**\r
  70    * Field _id.\r
  71    */\r
  72   private java.lang.String _id;\r
  73 \r
  74   /**\r
  75    * Field _hidden.\r
  76    */\r
  77   private boolean _hidden;\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * keeps track of state for field: _hidden\r
  81    */\r
  82   private boolean _has_hidden;\r
  83 \r
  84   /**\r
  85    * Field _featuresList.\r
  86    */\r
  87   private java.util.Vector _featuresList;\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * Field _pdbidsList.\r
  91    */\r
  92   private java.util.Vector _pdbidsList;\r
  93 \r
  94   /**\r
  95    * Field _hiddenSequencesList.\r
  96    */\r
  97   private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
  98 \r
  99   // ----------------/\r
 100   // - Constructors -/\r
 101   // ----------------/\r
 102 \r
 103   public JSeq()\r
 104   {\r
 105     super();\r
 106     this._featuresList = new java.util.Vector();\r
 107     this._pdbidsList = new java.util.Vector();\r
 108     this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();\r
 109   }\r
 110 \r
 111   // -----------/\r
 112   // - Methods -/\r
 113   // -----------/\r
 114 \r
 115   /**\r
 116    * \r
 117    * \r
 118    * @param vFeatures\r
 119    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 120    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 121    */\r
 122   public void addFeatures(\r
 123           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 124           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 125   {\r
 126     this._featuresList.addElement(vFeatures);\r
 127   }\r
 128 \r
 129   /**\r
 130    * \r
 131    * \r
 132    * @param index\r
 133    * @param vFeatures\r
 134    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 135    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 136    */\r
 137   public void addFeatures(final int index,\r
 138           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 139           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 140   {\r
 141     this._featuresList.add(index, vFeatures);\r
 142   }\r
 143 \r
 144   /**\r
 145    * \r
 146    * \r
 147    * @param vHiddenSequences\r
 148    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 149    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 150    */\r
 151   public void addHiddenSequences(final int vHiddenSequences)\r
 152           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 153   {\r
 154     this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(\r
 155             vHiddenSequences));\r
 156   }\r
 157 \r
 158   /**\r
 159    * \r
 160    * \r
 161    * @param index\r
 162    * @param vHiddenSequences\r
 163    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 164    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 165    */\r
 166   public void addHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)\r
 167           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 168   {\r
 169     this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(\r
 170             vHiddenSequences));\r
 171   }\r
 172 \r
 173   /**\r
 174    * \r
 175    * \r
 176    * @param vPdbids\r
 177    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 178    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 179    */\r
 180   public void addPdbids(final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 181           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 182   {\r
 183     this._pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
 184   }\r
 185 \r
 186   /**\r
 187    * \r
 188    * \r
 189    * @param index\r
 190    * @param vPdbids\r
 191    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 192    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 193    */\r
 194   public void addPdbids(final int index,\r
 195           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 196           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 197   {\r
 198     this._pdbidsList.add(index, vPdbids);\r
 199   }\r
 200 \r
 201   /**\r
 202      */\r
 203   public void deleteColour()\r
 204   {\r
 205     this._has_colour = false;\r
 206   }\r
 207 \r
 208   /**\r
 209      */\r
 210   public void deleteEnd()\r
 211   {\r
 212     this._has_end = false;\r
 213   }\r
 214 \r
 215   /**\r
 216      */\r
 217   public void deleteHidden()\r
 218   {\r
 219     this._has_hidden = false;\r
 220   }\r
 221 \r
 222   /**\r
 223      */\r
 224   public void deleteStart()\r
 225   {\r
 226     this._has_start = false;\r
 227   }\r
 228 \r
 229   /**\r
 230    * Method enumerateFeatures.\r
 231    * \r
 232    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Features\r
 233    *         elements\r
 234    */\r
 235   public java.util.Enumeration enumerateFeatures()\r
 236   {\r
 237     return this._featuresList.elements();\r
 238   }\r
 239 \r
 240   /**\r
 241    * Method enumerateHiddenSequences.\r
 242    * \r
 243    * @return an Enumeration over all int elements\r
 244    */\r
 245   public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()\r
 246   {\r
 247     return this._hiddenSequencesList.elements();\r
 248   }\r
 249 \r
 250   /**\r
 251    * Method enumeratePdbids.\r
 252    * \r
 253    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Pdbids\r
 254    *         elements\r
 255    */\r
 256   public java.util.Enumeration enumeratePdbids()\r
 257   {\r
 258     return this._pdbidsList.elements();\r
 259   }\r
 260 \r
 261   /**\r
 262    * Returns the value of field 'colour'.\r
 263    * \r
 264    * @return the value of field 'Colour'.\r
 265    */\r
 266   public int getColour()\r
 267   {\r
 268     return this._colour;\r
 269   }\r
 270 \r
 271   /**\r
 272    * Returns the value of field 'end'.\r
 273    * \r
 274    * @return the value of field 'End'.\r
 275    */\r
 276   public int getEnd()\r
 277   {\r
 278     return this._end;\r
 279   }\r
 280 \r
 281   /**\r
 282    * Method getFeatures.\r
 283    * \r
 284    * @param index\r
 285    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 286    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 287    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Features at the\r
 288    *         given index\r
 289    */\r
 290   public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(final int index)\r
 291           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 292   {\r
 293     // check bounds for index\r
 294     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())\r
 295     {\r
 296       throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '"\r
 297               + index + "' not in range [0.."\r
 298               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 299     }\r
 300 \r
 301     return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList\r
 302             .get(index);\r
 303   }\r
 304 \r
 305   /**\r
 306    * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.\r
 307    * <p>\r
 308    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 309    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 310    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 311    * \r
 312    * @return this collection as an Array\r
 313    */\r
 314   public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()\r
 315   {\r
 316     jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];\r
 317     return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList\r
 318             .toArray(array);\r
 319   }\r
 320 \r
 321   /**\r
 322    * Method getFeaturesCount.\r
 323    * \r
 324    * @return the size of this collection\r
 325    */\r
 326   public int getFeaturesCount()\r
 327   {\r
 328     return this._featuresList.size();\r
 329   }\r
 330 \r
 331   /**\r
 332    * Returns the value of field 'hidden'.\r
 333    * \r
 334    * @return the value of field 'Hidden'.\r
 335    */\r
 336   public boolean getHidden()\r
 337   {\r
 338     return this._hidden;\r
 339   }\r
 340 \r
 341   /**\r
 342    * Method getHiddenSequences.\r
 343    * \r
 344    * @param index\r
 345    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 346    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 347    * @return the value of the int at the given index\r
 348    */\r
 349   public int getHiddenSequences(final int index)\r
 350           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 351   {\r
 352     // check bounds for index\r
 353     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())\r
 354     {\r
 355       throw new IndexOutOfBoundsException(\r
 356               "getHiddenSequences: Index value '" + index\r
 357                       + "' not in range [0.."\r
 358                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 359     }\r
 360 \r
 361     return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();\r
 362   }\r
 363 \r
 364   /**\r
 365    * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the collection in an\r
 366    * Array.\r
 367    * \r
 368    * @return this collection as an Array\r
 369    */\r
 370   public int[] getHiddenSequences()\r
 371   {\r
 372     int size = this._hiddenSequencesList.size();\r
 373     int[] array = new int[size];\r
 374     java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();\r
 375     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 376     {\r
 377       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
 378     }\r
 379     return array;\r
 380   }\r
 381 \r
 382   /**\r
 383    * Method getHiddenSequencesCount.\r
 384    * \r
 385    * @return the size of this collection\r
 386    */\r
 387   public int getHiddenSequencesCount()\r
 388   {\r
 389     return this._hiddenSequencesList.size();\r
 390   }\r
 391 \r
 392   /**\r
 393    * Returns the value of field 'id'.\r
 394    * \r
 395    * @return the value of field 'Id'.\r
 396    */\r
 397   public java.lang.String getId()\r
 398   {\r
 399     return this._id;\r
 400   }\r
 401 \r
 402   /**\r
 403    * Method getPdbids.\r
 404    * \r
 405    * @param index\r
 406    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 407    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 408    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given\r
 409    *         index\r
 410    */\r
 411   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(final int index)\r
 412           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 413   {\r
 414     // check bounds for index\r
 415     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())\r
 416     {\r
 417       throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '"\r
 418               + index + "' not in range [0.."\r
 419               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 420     }\r
 421 \r
 422     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);\r
 423   }\r
 424 \r
 425   /**\r
 426    * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.\r
 427    * <p>\r
 428    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 429    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 430    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 431    * \r
 432    * @return this collection as an Array\r
 433    */\r
 434   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()\r
 435   {\r
 436     jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];\r
 437     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList\r
 438             .toArray(array);\r
 439   }\r
 440 \r
 441   /**\r
 442    * Method getPdbidsCount.\r
 443    * \r
 444    * @return the size of this collection\r
 445    */\r
 446   public int getPdbidsCount()\r
 447   {\r
 448     return this._pdbidsList.size();\r
 449   }\r
 450 \r
 451   /**\r
 452    * Returns the value of field 'start'.\r
 453    * \r
 454    * @return the value of field 'Start'.\r
 455    */\r
 456   public int getStart()\r
 457   {\r
 458     return this._start;\r
 459   }\r
 460 \r
 461   /**\r
 462    * Method hasColour.\r
 463    * \r
 464    * @return true if at least one Colour has been added\r
 465    */\r
 466   public boolean hasColour()\r
 467   {\r
 468     return this._has_colour;\r
 469   }\r
 470 \r
 471   /**\r
 472    * Method hasEnd.\r
 473    * \r
 474    * @return true if at least one End has been added\r
 475    */\r
 476   public boolean hasEnd()\r
 477   {\r
 478     return this._has_end;\r
 479   }\r
 480 \r
 481   /**\r
 482    * Method hasHidden.\r
 483    * \r
 484    * @return true if at least one Hidden has been added\r
 485    */\r
 486   public boolean hasHidden()\r
 487   {\r
 488     return this._has_hidden;\r
 489   }\r
 490 \r
 491   /**\r
 492    * Method hasStart.\r
 493    * \r
 494    * @return true if at least one Start has been added\r
 495    */\r
 496   public boolean hasStart()\r
 497   {\r
 498     return this._has_start;\r
 499   }\r
 500 \r
 501   /**\r
 502    * Returns the value of field 'hidden'.\r
 503    * \r
 504    * @return the value of field 'Hidden'.\r
 505    */\r
 506   public boolean isHidden()\r
 507   {\r
 508     return this._hidden;\r
 509   }\r
 510 \r
 511   /**\r
 512    * Method isValid.\r
 513    * \r
 514    * @return true if this object is valid according to the schema\r
 515    */\r
 516   public boolean isValid()\r
 517   {\r
 518     try\r
 519     {\r
 520       validate();\r
 521     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 522     {\r
 523       return false;\r
 524     }\r
 525     return true;\r
 526   }\r
 527 \r
 528   /**\r
 529    * \r
 530    * \r
 531    * @param out\r
 532    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 533    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 534    *           marshaling\r
 535    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 536    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 537    */\r
 538   public void marshal(final java.io.Writer out)\r
 539           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 540           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 541   {\r
 542     Marshaller.marshal(this, out);\r
 543   }\r
 544 \r
 545   /**\r
 546    * \r
 547    * \r
 548    * @param handler\r
 549    * @throws java.io.IOException\r
 550    *           if an IOException occurs during marshaling\r
 551    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 552    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 553    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 554    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 555    *           marshaling\r
 556    */\r
 557   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 558           throws java.io.IOException,\r
 559           org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 560           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 561   {\r
 562     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 563   }\r
 564 \r
 565   /**\r
 566      */\r
 567   public void removeAllFeatures()\r
 568   {\r
 569     this._featuresList.clear();\r
 570   }\r
 571 \r
 572   /**\r
 573      */\r
 574   public void removeAllHiddenSequences()\r
 575   {\r
 576     this._hiddenSequencesList.clear();\r
 577   }\r
 578 \r
 579   /**\r
 580      */\r
 581   public void removeAllPdbids()\r
 582   {\r
 583     this._pdbidsList.clear();\r
 584   }\r
 585 \r
 586   /**\r
 587    * Method removeFeatures.\r
 588    * \r
 589    * @param vFeatures\r
 590    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 591    */\r
 592   public boolean removeFeatures(\r
 593           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 594   {\r
 595     boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);\r
 596     return removed;\r
 597   }\r
 598 \r
 599   /**\r
 600    * Method removeFeaturesAt.\r
 601    * \r
 602    * @param index\r
 603    * @return the element removed from the collection\r
 604    */\r
 605   public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(\r
 606           final int index)\r
 607   {\r
 608     java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);\r
 609     return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
 610   }\r
 611 \r
 612   /**\r
 613    * Method removeHiddenSequences.\r
 614    * \r
 615    * @param vHiddenSequences\r
 616    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 617    */\r
 618   public boolean removeHiddenSequences(final int vHiddenSequences)\r
 619   {\r
 620     boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(\r
 621             vHiddenSequences));\r
 622     return removed;\r
 623   }\r
 624 \r
 625   /**\r
 626    * Method removeHiddenSequencesAt.\r
 627    * \r
 628    * @param index\r
 629    * @return the element removed from the collection\r
 630    */\r
 631   public int removeHiddenSequencesAt(final int index)\r
 632   {\r
 633     java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);\r
 634     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 635   }\r
 636 \r
 637   /**\r
 638    * Method removePdbids.\r
 639    * \r
 640    * @param vPdbids\r
 641    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 642    */\r
 643   public boolean removePdbids(\r
 644           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 645   {\r
 646     boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);\r
 647     return removed;\r
 648   }\r
 649 \r
 650   /**\r
 651    * Method removePdbidsAt.\r
 652    * \r
 653    * @param index\r
 654    * @return the element removed from the collection\r
 655    */\r
 656   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(\r
 657           final int index)\r
 658   {\r
 659     java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);\r
 660     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
 661   }\r
 662 \r
 663   /**\r
 664    * Sets the value of field 'colour'.\r
 665    * \r
 666    * @param colour\r
 667    *          the value of field 'colour'.\r
 668    */\r
 669   public void setColour(final int colour)\r
 670   {\r
 671     this._colour = colour;\r
 672     this._has_colour = true;\r
 673   }\r
 674 \r
 675   /**\r
 676    * Sets the value of field 'end'.\r
 677    * \r
 678    * @param end\r
 679    *          the value of field 'end'.\r
 680    */\r
 681   public void setEnd(final int end)\r
 682   {\r
 683     this._end = end;\r
 684     this._has_end = true;\r
 685   }\r
 686 \r
 687   /**\r
 688    * \r
 689    * \r
 690    * @param index\r
 691    * @param vFeatures\r
 692    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 693    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 694    */\r
 695   public void setFeatures(final int index,\r
 696           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 697           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 698   {\r
 699     // check bounds for index\r
 700     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())\r
 701     {\r
 702       throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '"\r
 703               + index + "' not in range [0.."\r
 704               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 705     }\r
 706 \r
 707     this._featuresList.set(index, vFeatures);\r
 708   }\r
 709 \r
 710   /**\r
 711    * \r
 712    * \r
 713    * @param vFeaturesArray\r
 714    */\r
 715   public void setFeatures(\r
 716           final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray)\r
 717   {\r
 718     // -- copy array\r
 719     _featuresList.clear();\r
 720 \r
 721     for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)\r
 722     {\r
 723       this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);\r
 724     }\r
 725   }\r
 726 \r
 727   /**\r
 728    * Sets the value of field 'hidden'.\r
 729    * \r
 730    * @param hidden\r
 731    *          the value of field 'hidden'.\r
 732    */\r
 733   public void setHidden(final boolean hidden)\r
 734   {\r
 735     this._hidden = hidden;\r
 736     this._has_hidden = true;\r
 737   }\r
 738 \r
 739   /**\r
 740    * \r
 741    * \r
 742    * @param index\r
 743    * @param vHiddenSequences\r
 744    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 745    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 746    */\r
 747   public void setHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)\r
 748           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 749   {\r
 750     // check bounds for index\r
 751     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())\r
 752     {\r
 753       throw new IndexOutOfBoundsException(\r
 754               "setHiddenSequences: Index value '" + index\r
 755                       + "' not in range [0.."\r
 756                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 757     }\r
 758 \r
 759     this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(\r
 760             vHiddenSequences));\r
 761   }\r
 762 \r
 763   /**\r
 764    * \r
 765    * \r
 766    * @param vHiddenSequencesArray\r
 767    */\r
 768   public void setHiddenSequences(final int[] vHiddenSequencesArray)\r
 769   {\r
 770     // -- copy array\r
 771     _hiddenSequencesList.clear();\r
 772 \r
 773     for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++)\r
 774     {\r
 775       this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(\r
 776               vHiddenSequencesArray[i]));\r
 777     }\r
 778   }\r
 779 \r
 780   /**\r
 781    * Sets the value of field 'id'.\r
 782    * \r
 783    * @param id\r
 784    *          the value of field 'id'.\r
 785    */\r
 786   public void setId(final java.lang.String id)\r
 787   {\r
 788     this._id = id;\r
 789   }\r
 790 \r
 791   /**\r
 792    * \r
 793    * \r
 794    * @param index\r
 795    * @param vPdbids\r
 796    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 797    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 798    */\r
 799   public void setPdbids(final int index,\r
 800           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 801           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 802   {\r
 803     // check bounds for index\r
 804     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())\r
 805     {\r
 806       throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '"\r
 807               + index + "' not in range [0.."\r
 808               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 809     }\r
 810 \r
 811     this._pdbidsList.set(index, vPdbids);\r
 812   }\r
 813 \r
 814   /**\r
 815    * \r
 816    * \r
 817    * @param vPdbidsArray\r
 818    */\r
 819   public void setPdbids(\r
 820           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray)\r
 821   {\r
 822     // -- copy array\r
 823     _pdbidsList.clear();\r
 824 \r
 825     for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)\r
 826     {\r
 827       this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);\r
 828     }\r
 829   }\r
 830 \r
 831   /**\r
 832    * Sets the value of field 'start'.\r
 833    * \r
 834    * @param start\r
 835    *          the value of field 'start'.\r
 836    */\r
 837   public void setStart(final int start)\r
 838   {\r
 839     this._start = start;\r
 840     this._has_start = true;\r
 841   }\r
 842 \r
 843   /**\r
 844    * Method unmarshal.\r
 845    * \r
 846    * @param reader\r
 847    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 848    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 849    *           marshaling\r
 850    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 851    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 852    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
 853    */\r
 854   public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(\r
 855           final java.io.Reader reader)\r
 856           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 857           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 858   {\r
 859     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(\r
 860             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
 861   }\r
 862 \r
 863   /**\r
 864    * \r
 865    * \r
 866    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 867    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 868    */\r
 869   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 870   {\r
 871     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 872     validator.validate(this);\r
 873   }\r
 874 \r
 875 }\r