src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JalviewModelSequence.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _JSeqList.
  31      */
  32     private java.util.Vector _JSeqList;
  33
  34     /**
  35      * Field _JGroupList.
  36      */
  37     private java.util.Vector _JGroupList;
  38
  39     /**
  40      * Field _viewportList.
  41      */
  42     private java.util.Vector _viewportList;
  43
  44     /**
  45      * Field _userColoursList.
  46      */
  47     private java.util.Vector _userColoursList;
  48
  49     /**
  50      * Field _treeList.
  51      */
  52     private java.util.Vector _treeList;
  53
  54     /**
  55      * Field _featureSettings.
  56      */
  57     private jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings _featureSettings;
  58
  59
  60       //----------------/
  61      //- Constructors -/
  62     //----------------/
  63
  64     public JalviewModelSequence() {
  65         super();
  66         this._JSeqList = new java.util.Vector();
  67         this._JGroupList = new java.util.Vector();
  68         this._viewportList = new java.util.Vector();
  69         this._userColoursList = new java.util.Vector();
  70         this._treeList = new java.util.Vector();
  71     }
  72
  73
  74       //-----------/
  75      //- Methods -/
  76     //-----------/
  77
  78     /**
  79      *
  80      *
  81      * @param vJGroup
  82      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  83      * given is outside the bounds of the collection
  84      */
  85     public void addJGroup(
  86             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)
  87     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  88         this._JGroupList.addElement(vJGroup);
  89     }
  90
  91     /**
  92      *
  93      *
  94      * @param index
  95      * @param vJGroup
  96      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  97      * given is outside the bounds of the collection
  98      */
  99     public void addJGroup(
 100             final int index,
 101             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)
 102     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 103         this._JGroupList.add(index, vJGroup);
 104     }
 105
 106     /**
 107      *
 108      *
 109      * @param vJSeq
 110      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 111      * given is outside the bounds of the collection
 112      */
 113     public void addJSeq(
 114             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)
 115     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 116         this._JSeqList.addElement(vJSeq);
 117     }
 118
 119     /**
 120      *
 121      *
 122      * @param index
 123      * @param vJSeq
 124      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 125      * given is outside the bounds of the collection
 126      */
 127     public void addJSeq(
 128             final int index,
 129             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)
 130     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 131         this._JSeqList.add(index, vJSeq);
 132     }
 133
 134     /**
 135      *
 136      *
 137      * @param vTree
 138      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 139      * given is outside the bounds of the collection
 140      */
 141     public void addTree(
 142             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)
 143     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 144         this._treeList.addElement(vTree);
 145     }
 146
 147     /**
 148      *
 149      *
 150      * @param index
 151      * @param vTree
 152      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 153      * given is outside the bounds of the collection
 154      */
 155     public void addTree(
 156             final int index,
 157             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)
 158     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 159         this._treeList.add(index, vTree);
 160     }
 161
 162     /**
 163      *
 164      *
 165      * @param vUserColours
 166      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 167      * given is outside the bounds of the collection
 168      */
 169     public void addUserColours(
 170             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)
 171     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 172         this._userColoursList.addElement(vUserColours);
 173     }
 174
 175     /**
 176      *
 177      *
 178      * @param index
 179      * @param vUserColours
 180      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 181      * given is outside the bounds of the collection
 182      */
 183     public void addUserColours(
 184             final int index,
 185             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)
 186     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 187         this._userColoursList.add(index, vUserColours);
 188     }
 189
 190     /**
 191      *
 192      *
 193      * @param vViewport
 194      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 195      * given is outside the bounds of the collection
 196      */
 197     public void addViewport(
 198             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)
 199     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 200         this._viewportList.addElement(vViewport);
 201     }
 202
 203     /**
 204      *
 205      *
 206      * @param index
 207      * @param vViewport
 208      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 209      * given is outside the bounds of the collection
 210      */
 211     public void addViewport(
 212             final int index,
 213             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)
 214     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 215         this._viewportList.add(index, vViewport);
 216     }
 217
 218     /**
 219      * Method enumerateJGroup.
 220      *
 221      * @return an Enumeration over all
 222      * jalview.schemabinding.version2.JGroup elements
 223      */
 224     public java.util.Enumeration enumerateJGroup(
 225     ) {
 226         return this._JGroupList.elements();
 227     }
 228
 229     /**
 230      * Method enumerateJSeq.
 231      *
 232      * @return an Enumeration over all
 233      * jalview.schemabinding.version2.JSeq elements
 234      */
 235     public java.util.Enumeration enumerateJSeq(
 236     ) {
 237         return this._JSeqList.elements();
 238     }
 239
 240     /**
 241      * Method enumerateTree.
 242      *
 243      * @return an Enumeration over all
 244      * jalview.schemabinding.version2.Tree elements
 245      */
 246     public java.util.Enumeration enumerateTree(
 247     ) {
 248         return this._treeList.elements();
 249     }
 250
 251     /**
 252      * Method enumerateUserColours.
 253      *
 254      * @return an Enumeration over all
 255      * jalview.schemabinding.version2.UserColours elements
 256      */
 257     public java.util.Enumeration enumerateUserColours(
 258     ) {
 259         return this._userColoursList.elements();
 260     }
 261
 262     /**
 263      * Method enumerateViewport.
 264      *
 265      * @return an Enumeration over all
 266      * jalview.schemabinding.version2.Viewport elements
 267      */
 268     public java.util.Enumeration enumerateViewport(
 269     ) {
 270         return this._viewportList.elements();
 271     }
 272
 273     /**
 274      * Returns the value of field 'featureSettings'.
 275      *
 276      * @return the value of field 'FeatureSettings'.
 277      */
 278     public jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings getFeatureSettings(
 279     ) {
 280         return this._featureSettings;
 281     }
 282
 283     /**
 284      * Method getJGroup.
 285      *
 286      * @param index
 287      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 288      * given is outside the bounds of the collection
 289      * @return the value of the
 290      * jalview.schemabinding.version2.JGroup at the given index
 291      */
 292     public jalview.schemabinding.version2.JGroup getJGroup(
 293             final int index)
 294     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 295         // check bounds for index
 296         if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {
 297             throw new IndexOutOfBoundsException("getJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
 298         }
 299
 300         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) _JGroupList.get(index);
 301     }
 302
 303     /**
 304      * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in
 305      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 306      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 307      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 308      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 309      *
 310      * @return this collection as an Array
 311      */
 312     public jalview.schemabinding.version2.JGroup[] getJGroup(
 313     ) {
 314         jalview.schemabinding.version2.JGroup[] array = new jalview.schemabinding.version2.JGroup[0];
 315         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup[]) this._JGroupList.toArray(array);
 316     }
 317
 318     /**
 319      * Method getJGroupCount.
 320      *
 321      * @return the size of this collection
 322      */
 323     public int getJGroupCount(
 324     ) {
 325         return this._JGroupList.size();
 326     }
 327
 328     /**
 329      * Method getJSeq.
 330      *
 331      * @param index
 332      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 333      * given is outside the bounds of the collection
 334      * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.JSeq
 335      * at the given index
 336      */
 337     public jalview.schemabinding.version2.JSeq getJSeq(
 338             final int index)
 339     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 340         // check bounds for index
 341         if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {
 342             throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
 343         }
 344
 345         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) _JSeqList.get(index);
 346     }
 347
 348     /**
 349      * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an
 350      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 351      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 352      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 353      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 354      *
 355      * @return this collection as an Array
 356      */
 357     public jalview.schemabinding.version2.JSeq[] getJSeq(
 358     ) {
 359         jalview.schemabinding.version2.JSeq[] array = new jalview.schemabinding.version2.JSeq[0];
 360         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq[]) this._JSeqList.toArray(array);
 361     }
 362
 363     /**
 364      * Method getJSeqCount.
 365      *
 366      * @return the size of this collection
 367      */
 368     public int getJSeqCount(
 369     ) {
 370         return this._JSeqList.size();
 371     }
 372
 373     /**
 374      * Method getTree.
 375      *
 376      * @param index
 377      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 378      * given is outside the bounds of the collection
 379      * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Tree
 380      * at the given index
 381      */
 382     public jalview.schemabinding.version2.Tree getTree(
 383             final int index)
 384     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 385         // check bounds for index
 386         if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
 387             throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
 388         }
 389
 390         return (jalview.schemabinding.version2.Tree) _treeList.get(index);
 391     }
 392
 393     /**
 394      * Method getTree.Returns the contents of the collection in an
 395      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 396      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 397      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 398      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 399      *
 400      * @return this collection as an Array
 401      */
 402     public jalview.schemabinding.version2.Tree[] getTree(
 403     ) {
 404         jalview.schemabinding.version2.Tree[] array = new jalview.schemabinding.version2.Tree[0];
 405         return (jalview.schemabinding.version2.Tree[]) this._treeList.toArray(array);
 406     }
 407
 408     /**
 409      * Method getTreeCount.
 410      *
 411      * @return the size of this collection
 412      */
 413     public int getTreeCount(
 414     ) {
 415         return this._treeList.size();
 416     }
 417
 418     /**
 419      * Method getUserColours.
 420      *
 421      * @param index
 422      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 423      * given is outside the bounds of the collection
 424      * @return the value of the
 425      * jalview.schemabinding.version2.UserColours at the given index
 426      */
 427     public jalview.schemabinding.version2.UserColours getUserColours(
 428             final int index)
 429     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 430         // check bounds for index
 431         if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {
 432             throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
 433         }
 434
 435         return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) _userColoursList.get(index);
 436     }
 437
 438     /**
 439      * Method getUserColours.Returns the contents of the collection
 440      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 441      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 442      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 443      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 444      *
 445      * @return this collection as an Array
 446      */
 447     public jalview.schemabinding.version2.UserColours[] getUserColours(
 448     ) {
 449         jalview.schemabinding.version2.UserColours[] array = new jalview.schemabinding.version2.UserColours[0];
 450         return (jalview.schemabinding.version2.UserColours[]) this._userColoursList.toArray(array);
 451     }
 452
 453     /**
 454      * Method getUserColoursCount.
 455      *
 456      * @return the size of this collection
 457      */
 458     public int getUserColoursCount(
 459     ) {
 460         return this._userColoursList.size();
 461     }
 462
 463     /**
 464      * Method getViewport.
 465      *
 466      * @param index
 467      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 468      * given is outside the bounds of the collection
 469      * @return the value of the
 470      * jalview.schemabinding.version2.Viewport at the given index
 471      */
 472     public jalview.schemabinding.version2.Viewport getViewport(
 473             final int index)
 474     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 475         // check bounds for index
 476         if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {
 477             throw new IndexOutOfBoundsException("getViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
 478         }
 479
 480         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) _viewportList.get(index);
 481     }
 482
 483     /**
 484      * Method getViewport.Returns the contents of the collection in
 485      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 486      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 487      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 488      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 489      *
 490      * @return this collection as an Array
 491      */
 492     public jalview.schemabinding.version2.Viewport[] getViewport(
 493     ) {
 494         jalview.schemabinding.version2.Viewport[] array = new jalview.schemabinding.version2.Viewport[0];
 495         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport[]) this._viewportList.toArray(array);
 496     }
 497
 498     /**
 499      * Method getViewportCount.
 500      *
 501      * @return the size of this collection
 502      */
 503     public int getViewportCount(
 504     ) {
 505         return this._viewportList.size();
 506     }
 507
 508     /**
 509      * Method isValid.
 510      *
 511      * @return true if this object is valid according to the schema
 512      */
 513     public boolean isValid(
 514     ) {
 515         try {
 516             validate();
 517         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 518             return false;
 519         }
 520         return true;
 521     }
 522
 523     /**
 524      *
 525      *
 526      * @param out
 527      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 528      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 529      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 530      * object is an invalid instance according to the schema
 531      */
 532     public void marshal(
 533             final java.io.Writer out)
 534     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 535         Marshaller.marshal(this, out);
 536     }
 537
 538     /**
 539      *
 540      *
 541      * @param handler
 542      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 543      * marshaling
 544      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 545      * object is an invalid instance according to the schema
 546      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 547      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 548      */
 549     public void marshal(
 550             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 551     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 552         Marshaller.marshal(this, handler);
 553     }
 554
 555     /**
 556      */
 557     public void removeAllJGroup(
 558     ) {
 559         this._JGroupList.clear();
 560     }
 561
 562     /**
 563      */
 564     public void removeAllJSeq(
 565     ) {
 566         this._JSeqList.clear();
 567     }
 568
 569     /**
 570      */
 571     public void removeAllTree(
 572     ) {
 573         this._treeList.clear();
 574     }
 575
 576     /**
 577      */
 578     public void removeAllUserColours(
 579     ) {
 580         this._userColoursList.clear();
 581     }
 582
 583     /**
 584      */
 585     public void removeAllViewport(
 586     ) {
 587         this._viewportList.clear();
 588     }
 589
 590     /**
 591      * Method removeJGroup.
 592      *
 593      * @param vJGroup
 594      * @return true if the object was removed from the collection.
 595      */
 596     public boolean removeJGroup(
 597             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup) {
 598         boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);
 599         return removed;
 600     }
 601
 602     /**
 603      * Method removeJGroupAt.
 604      *
 605      * @param index
 606      * @return the element removed from the collection
 607      */
 608     public jalview.schemabinding.version2.JGroup removeJGroupAt(
 609             final int index) {
 610         java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);
 611         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) obj;
 612     }
 613
 614     /**
 615      * Method removeJSeq.
 616      *
 617      * @param vJSeq
 618      * @return true if the object was removed from the collection.
 619      */
 620     public boolean removeJSeq(
 621             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq) {
 622         boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);
 623         return removed;
 624     }
 625
 626     /**
 627      * Method removeJSeqAt.
 628      *
 629      * @param index
 630      * @return the element removed from the collection
 631      */
 632     public jalview.schemabinding.version2.JSeq removeJSeqAt(
 633             final int index) {
 634         java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);
 635         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) obj;
 636     }
 637
 638     /**
 639      * Method removeTree.
 640      *
 641      * @param vTree
 642      * @return true if the object was removed from the collection.
 643      */
 644     public boolean removeTree(
 645             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree) {
 646         boolean removed = _treeList.remove(vTree);
 647         return removed;
 648     }
 649
 650     /**
 651      * Method removeTreeAt.
 652      *
 653      * @param index
 654      * @return the element removed from the collection
 655      */
 656     public jalview.schemabinding.version2.Tree removeTreeAt(
 657             final int index) {
 658         java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
 659         return (jalview.schemabinding.version2.Tree) obj;
 660     }
 661
 662     /**
 663      * Method removeUserColours.
 664      *
 665      * @param vUserColours
 666      * @return true if the object was removed from the collection.
 667      */
 668     public boolean removeUserColours(
 669             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours) {
 670         boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);
 671         return removed;
 672     }
 673
 674     /**
 675      * Method removeUserColoursAt.
 676      *
 677      * @param index
 678      * @return the element removed from the collection
 679      */
 680     public jalview.schemabinding.version2.UserColours removeUserColoursAt(
 681             final int index) {
 682         java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);
 683         return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) obj;
 684     }
 685
 686     /**
 687      * Method removeViewport.
 688      *
 689      * @param vViewport
 690      * @return true if the object was removed from the collection.
 691      */
 692     public boolean removeViewport(
 693             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport) {
 694         boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);
 695         return removed;
 696     }
 697
 698     /**
 699      * Method removeViewportAt.
 700      *
 701      * @param index
 702      * @return the element removed from the collection
 703      */
 704     public jalview.schemabinding.version2.Viewport removeViewportAt(
 705             final int index) {
 706         java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);
 707         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) obj;
 708     }
 709
 710     /**
 711      * Sets the value of field 'featureSettings'.
 712      *
 713      * @param featureSettings the value of field 'featureSettings'.
 714      */
 715     public void setFeatureSettings(
 716             final jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings featureSettings) {
 717         this._featureSettings = featureSettings;
 718     }
 719
 720     /**
 721      *
 722      *
 723      * @param index
 724      * @param vJGroup
 725      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 726      * given is outside the bounds of the collection
 727      */
 728     public void setJGroup(
 729             final int index,
 730             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)
 731     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 732         // check bounds for index
 733         if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {
 734             throw new IndexOutOfBoundsException("setJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
 735         }
 736
 737         this._JGroupList.set(index, vJGroup);
 738     }
 739
 740     /**
 741      *
 742      *
 743      * @param vJGroupArray
 744      */
 745     public void setJGroup(
 746             final jalview.schemabinding.version2.JGroup[] vJGroupArray) {
 747         //-- copy array
 748         _JGroupList.clear();
 749
 750         for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++) {
 751                 this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);
 752         }
 753     }
 754
 755     /**
 756      *
 757      *
 758      * @param index
 759      * @param vJSeq
 760      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 761      * given is outside the bounds of the collection
 762      */
 763     public void setJSeq(
 764             final int index,
 765             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)
 766     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 767         // check bounds for index
 768         if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {
 769             throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
 770         }
 771
 772         this._JSeqList.set(index, vJSeq);
 773     }
 774
 775     /**
 776      *
 777      *
 778      * @param vJSeqArray
 779      */
 780     public void setJSeq(
 781             final jalview.schemabinding.version2.JSeq[] vJSeqArray) {
 782         //-- copy array
 783         _JSeqList.clear();
 784
 785         for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++) {
 786                 this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);
 787         }
 788     }
 789
 790     /**
 791      *
 792      *
 793      * @param index
 794      * @param vTree
 795      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 796      * given is outside the bounds of the collection
 797      */
 798     public void setTree(
 799             final int index,
 800             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)
 801     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 802         // check bounds for index
 803         if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
 804             throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
 805         }
 806
 807         this._treeList.set(index, vTree);
 808     }
 809
 810     /**
 811      *
 812      *
 813      * @param vTreeArray
 814      */
 815     public void setTree(
 816             final jalview.schemabinding.version2.Tree[] vTreeArray) {
 817         //-- copy array
 818         _treeList.clear();
 819
 820         for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++) {
 821                 this._treeList.add(vTreeArray[i]);
 822         }
 823     }
 824
 825     /**
 826      *
 827      *
 828      * @param index
 829      * @param vUserColours
 830      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 831      * given is outside the bounds of the collection
 832      */
 833     public void setUserColours(
 834             final int index,
 835             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)
 836     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 837         // check bounds for index
 838         if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {
 839             throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
 840         }
 841
 842         this._userColoursList.set(index, vUserColours);
 843     }
 844
 845     /**
 846      *
 847      *
 848      * @param vUserColoursArray
 849      */
 850     public void setUserColours(
 851             final jalview.schemabinding.version2.UserColours[] vUserColoursArray) {
 852         //-- copy array
 853         _userColoursList.clear();
 854
 855         for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++) {
 856                 this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);
 857         }
 858     }
 859
 860     /**
 861      *
 862      *
 863      * @param index
 864      * @param vViewport
 865      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 866      * given is outside the bounds of the collection
 867      */
 868     public void setViewport(
 869             final int index,
 870             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)
 871     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 872         // check bounds for index
 873         if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {
 874             throw new IndexOutOfBoundsException("setViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
 875         }
 876
 877         this._viewportList.set(index, vViewport);
 878     }
 879
 880     /**
 881      *
 882      *
 883      * @param vViewportArray
 884      */
 885     public void setViewport(
 886             final jalview.schemabinding.version2.Viewport[] vViewportArray) {
 887         //-- copy array
 888         _viewportList.clear();
 889
 890         for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++) {
 891                 this._viewportList.add(vViewportArray[i]);
 892         }
 893     }
 894
 895     /**
 896      * Method unmarshal.
 897      *
 898      * @param reader
 899      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 900      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 901      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 902      * object is an invalid instance according to the schema
 903      * @return the unmarshaled
 904      * jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence
 905      */
 906     public static jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence unmarshal(
 907             final java.io.Reader reader)
 908     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 909         return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class, reader);
 910     }
 911
 912     /**
 913      *
 914      *
 915      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 916      * object is an invalid instance according to the schema
 917      */
 918     public void validate(
 919     )
 920     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 921         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 922         validator.validate(this);
 923     }
 924
 925 }