src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class SequenceSet.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class SequenceSet implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _gapChar.
  31      */
  32     private java.lang.String _gapChar;
  33
  34     /**
  35      * reference to set where jalview will gather the dataset
  36      * sequences for all sequences in the set.
  37      *
  38      */
  39     private java.lang.String _datasetId;
  40
  41     /**
  42      * Field _sequenceList.
  43      */
  44     private java.util.Vector _sequenceList;
  45
  46     /**
  47      * Field _annotationList.
  48      */
  49     private java.util.Vector _annotationList;
  50
  51     /**
  52      * Field _sequenceSetPropertiesList.
  53      */
  54     private java.util.Vector _sequenceSetPropertiesList;
  55
  56     /**
  57      * Field _alcodonFrameList.
  58      */
  59     private java.util.Vector _alcodonFrameList;
  60
  61
  62       //----------------/
  63      //- Constructors -/
  64     //----------------/
  65
  66     public SequenceSet() {
  67         super();
  68         this._sequenceList = new java.util.Vector();
  69         this._annotationList = new java.util.Vector();
  70         this._sequenceSetPropertiesList = new java.util.Vector();
  71         this._alcodonFrameList = new java.util.Vector();
  72     }
  73
  74
  75       //-----------/
  76      //- Methods -/
  77     //-----------/
  78
  79     /**
  80      *
  81      *
  82      * @param vAlcodonFrame
  83      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  84      * given is outside the bounds of the collection
  85      */
  86     public void addAlcodonFrame(
  87             final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)
  88     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  89         this._alcodonFrameList.addElement(vAlcodonFrame);
  90     }
  91
  92     /**
  93      *
  94      *
  95      * @param index
  96      * @param vAlcodonFrame
  97      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  98      * given is outside the bounds of the collection
  99      */
 100     public void addAlcodonFrame(
 101             final int index,
 102             final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)
 103     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 104         this._alcodonFrameList.add(index, vAlcodonFrame);
 105     }
 106
 107     /**
 108      *
 109      *
 110      * @param vAnnotation
 111      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 112      * given is outside the bounds of the collection
 113      */
 114     public void addAnnotation(
 115             final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)
 116     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 117         this._annotationList.addElement(vAnnotation);
 118     }
 119
 120     /**
 121      *
 122      *
 123      * @param index
 124      * @param vAnnotation
 125      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 126      * given is outside the bounds of the collection
 127      */
 128     public void addAnnotation(
 129             final int index,
 130             final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)
 131     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 132         this._annotationList.add(index, vAnnotation);
 133     }
 134
 135     /**
 136      *
 137      *
 138      * @param vSequence
 139      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 140      * given is outside the bounds of the collection
 141      */
 142     public void addSequence(
 143             final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)
 144     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 145         this._sequenceList.addElement(vSequence);
 146     }
 147
 148     /**
 149      *
 150      *
 151      * @param index
 152      * @param vSequence
 153      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 154      * given is outside the bounds of the collection
 155      */
 156     public void addSequence(
 157             final int index,
 158             final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)
 159     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 160         this._sequenceList.add(index, vSequence);
 161     }
 162
 163     /**
 164      *
 165      *
 166      * @param vSequenceSetProperties
 167      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 168      * given is outside the bounds of the collection
 169      */
 170     public void addSequenceSetProperties(
 171             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)
 172     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 173         this._sequenceSetPropertiesList.addElement(vSequenceSetProperties);
 174     }
 175
 176     /**
 177      *
 178      *
 179      * @param index
 180      * @param vSequenceSetProperties
 181      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 182      * given is outside the bounds of the collection
 183      */
 184     public void addSequenceSetProperties(
 185             final int index,
 186             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)
 187     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 188         this._sequenceSetPropertiesList.add(index, vSequenceSetProperties);
 189     }
 190
 191     /**
 192      * Method enumerateAlcodonFrame.
 193      *
 194      * @return an Enumeration over all
 195      * jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame elements
 196      */
 197     public java.util.Enumeration enumerateAlcodonFrame(
 198     ) {
 199         return this._alcodonFrameList.elements();
 200     }
 201
 202     /**
 203      * Method enumerateAnnotation.
 204      *
 205      * @return an Enumeration over all
 206      * jalview.schemabinding.version2.Annotation elements
 207      */
 208     public java.util.Enumeration enumerateAnnotation(
 209     ) {
 210         return this._annotationList.elements();
 211     }
 212
 213     /**
 214      * Method enumerateSequence.
 215      *
 216      * @return an Enumeration over all
 217      * jalview.schemabinding.version2.Sequence elements
 218      */
 219     public java.util.Enumeration enumerateSequence(
 220     ) {
 221         return this._sequenceList.elements();
 222     }
 223
 224     /**
 225      * Method enumerateSequenceSetProperties.
 226      *
 227      * @return an Enumeration over all
 228      * jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties elements
 229      */
 230     public java.util.Enumeration enumerateSequenceSetProperties(
 231     ) {
 232         return this._sequenceSetPropertiesList.elements();
 233     }
 234
 235     /**
 236      * Method getAlcodonFrame.
 237      *
 238      * @param index
 239      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 240      * given is outside the bounds of the collection
 241      * @return the value of the
 242      * jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame at the given inde
 243      */
 244     public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame getAlcodonFrame(
 245             final int index)
 246     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 247         // check bounds for index
 248         if (index < 0 || index >= this._alcodonFrameList.size()) {
 249             throw new IndexOutOfBoundsException("getAlcodonFrame: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodonFrameList.size() - 1) + "]");
 250         }
 251
 252         return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) _alcodonFrameList.get(index);
 253     }
 254
 255     /**
 256      * Method getAlcodonFrame.Returns the contents of the
 257      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
 258      * collection contents are changing in another thread, we pass
 259      * a 0-length Array of the correct type into the API call.
 260      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
 261      * exactly the correct length.
 262      *
 263      * @return this collection as an Array
 264      */
 265     public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] getAlcodonFrame(
 266     ) {
 267         jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] array = new jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[0];
 268         return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[]) this._alcodonFrameList.toArray(array);
 269     }
 270
 271     /**
 272      * Method getAlcodonFrameCount.
 273      *
 274      * @return the size of this collection
 275      */
 276     public int getAlcodonFrameCount(
 277     ) {
 278         return this._alcodonFrameList.size();
 279     }
 280
 281     /**
 282      * Method getAnnotation.
 283      *
 284      * @param index
 285      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 286      * given is outside the bounds of the collection
 287      * @return the value of the
 288      * jalview.schemabinding.version2.Annotation at the given index
 289      */
 290     public jalview.schemabinding.version2.Annotation getAnnotation(
 291             final int index)
 292     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 293         // check bounds for index
 294         if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {
 295             throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
 296         }
 297
 298         return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) _annotationList.get(index);
 299     }
 300
 301     /**
 302      * Method getAnnotation.Returns the contents of the collection
 303      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 304      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 305      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 306      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 307      *
 308      * @return this collection as an Array
 309      */
 310     public jalview.schemabinding.version2.Annotation[] getAnnotation(
 311     ) {
 312         jalview.schemabinding.version2.Annotation[] array = new jalview.schemabinding.version2.Annotation[0];
 313         return (jalview.schemabinding.version2.Annotation[]) this._annotationList.toArray(array);
 314     }
 315
 316     /**
 317      * Method getAnnotationCount.
 318      *
 319      * @return the size of this collection
 320      */
 321     public int getAnnotationCount(
 322     ) {
 323         return this._annotationList.size();
 324     }
 325
 326     /**
 327      * Returns the value of field 'datasetId'. The field
 328      * 'datasetId' has the following description: reference to set
 329      * where jalview will gather the dataset sequences for all
 330      * sequences in the set.
 331      *
 332      *
 333      * @return the value of field 'DatasetId'.
 334      */
 335     public java.lang.String getDatasetId(
 336     ) {
 337         return this._datasetId;
 338     }
 339
 340     /**
 341      * Returns the value of field 'gapChar'.
 342      *
 343      * @return the value of field 'GapChar'.
 344      */
 345     public java.lang.String getGapChar(
 346     ) {
 347         return this._gapChar;
 348     }
 349
 350     /**
 351      * Method getSequence.
 352      *
 353      * @param index
 354      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 355      * given is outside the bounds of the collection
 356      * @return the value of the
 357      * jalview.schemabinding.version2.Sequence at the given index
 358      */
 359     public jalview.schemabinding.version2.Sequence getSequence(
 360             final int index)
 361     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 362         // check bounds for index
 363         if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {
 364             throw new IndexOutOfBoundsException("getSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
 365         }
 366
 367         return (jalview.schemabinding.version2.Sequence) _sequenceList.get(index);
 368     }
 369
 370     /**
 371      * Method getSequence.Returns the contents of the collection in
 372      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 373      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 374      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 375      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 376      *
 377      * @return this collection as an Array
 378      */
 379     public jalview.schemabinding.version2.Sequence[] getSequence(
 380     ) {
 381         jalview.schemabinding.version2.Sequence[] array = new jalview.schemabinding.version2.Sequence[0];
 382         return (jalview.schemabinding.version2.Sequence[]) this._sequenceList.toArray(array);
 383     }
 384
 385     /**
 386      * Method getSequenceCount.
 387      *
 388      * @return the size of this collection
 389      */
 390     public int getSequenceCount(
 391     ) {
 392         return this._sequenceList.size();
 393     }
 394
 395     /**
 396      * Method getSequenceSetProperties.
 397      *
 398      * @param index
 399      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 400      * given is outside the bounds of the collection
 401      * @return the value of the
 402      * jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties at the
 403      * given index
 404      */
 405     public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties getSequenceSetProperties(
 406             final int index)
 407     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 408         // check bounds for index
 409         if (index < 0 || index >= this._sequenceSetPropertiesList.size()) {
 410             throw new IndexOutOfBoundsException("getSequenceSetProperties: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetPropertiesList.size() - 1) + "]");
 411         }
 412
 413         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) _sequenceSetPropertiesList.get(index);
 414     }
 415
 416     /**
 417      * Method getSequenceSetProperties.Returns the contents of the
 418      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
 419      * collection contents are changing in another thread, we pass
 420      * a 0-length Array of the correct type into the API call.
 421      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
 422      * exactly the correct length.
 423      *
 424      * @return this collection as an Array
 425      */
 426     public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] getSequenceSetProperties(
 427     ) {
 428         jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] array = new jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[0];
 429         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[]) this._sequenceSetPropertiesList.toArray(array);
 430     }
 431
 432     /**
 433      * Method getSequenceSetPropertiesCount.
 434      *
 435      * @return the size of this collection
 436      */
 437     public int getSequenceSetPropertiesCount(
 438     ) {
 439         return this._sequenceSetPropertiesList.size();
 440     }
 441
 442     /**
 443      * Method isValid.
 444      *
 445      * @return true if this object is valid according to the schema
 446      */
 447     public boolean isValid(
 448     ) {
 449         try {
 450             validate();
 451         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 452             return false;
 453         }
 454         return true;
 455     }
 456
 457     /**
 458      *
 459      *
 460      * @param out
 461      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 462      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 463      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 464      * object is an invalid instance according to the schema
 465      */
 466     public void marshal(
 467             final java.io.Writer out)
 468     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 469         Marshaller.marshal(this, out);
 470     }
 471
 472     /**
 473      *
 474      *
 475      * @param handler
 476      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 477      * marshaling
 478      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 479      * object is an invalid instance according to the schema
 480      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 481      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 482      */
 483     public void marshal(
 484             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 485     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 486         Marshaller.marshal(this, handler);
 487     }
 488
 489     /**
 490      * Method removeAlcodonFrame.
 491      *
 492      * @param vAlcodonFrame
 493      * @return true if the object was removed from the collection.
 494      */
 495     public boolean removeAlcodonFrame(
 496             final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame) {
 497         boolean removed = _alcodonFrameList.remove(vAlcodonFrame);
 498         return removed;
 499     }
 500
 501     /**
 502      * Method removeAlcodonFrameAt.
 503      *
 504      * @param index
 505      * @return the element removed from the collection
 506      */
 507     public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame removeAlcodonFrameAt(
 508             final int index) {
 509         java.lang.Object obj = this._alcodonFrameList.remove(index);
 510         return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) obj;
 511     }
 512
 513     /**
 514      */
 515     public void removeAllAlcodonFrame(
 516     ) {
 517         this._alcodonFrameList.clear();
 518     }
 519
 520     /**
 521      */
 522     public void removeAllAnnotation(
 523     ) {
 524         this._annotationList.clear();
 525     }
 526
 527     /**
 528      */
 529     public void removeAllSequence(
 530     ) {
 531         this._sequenceList.clear();
 532     }
 533
 534     /**
 535      */
 536     public void removeAllSequenceSetProperties(
 537     ) {
 538         this._sequenceSetPropertiesList.clear();
 539     }
 540
 541     /**
 542      * Method removeAnnotation.
 543      *
 544      * @param vAnnotation
 545      * @return true if the object was removed from the collection.
 546      */
 547     public boolean removeAnnotation(
 548             final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation) {
 549         boolean removed = _annotationList.remove(vAnnotation);
 550         return removed;
 551     }
 552
 553     /**
 554      * Method removeAnnotationAt.
 555      *
 556      * @param index
 557      * @return the element removed from the collection
 558      */
 559     public jalview.schemabinding.version2.Annotation removeAnnotationAt(
 560             final int index) {
 561         java.lang.Object obj = this._annotationList.remove(index);
 562         return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) obj;
 563     }
 564
 565     /**
 566      * Method removeSequence.
 567      *
 568      * @param vSequence
 569      * @return true if the object was removed from the collection.
 570      */
 571     public boolean removeSequence(
 572             final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence) {
 573         boolean removed = _sequenceList.remove(vSequence);
 574         return removed;
 575     }
 576
 577     /**
 578      * Method removeSequenceAt.
 579      *
 580      * @param index
 581      * @return the element removed from the collection
 582      */
 583     public jalview.schemabinding.version2.Sequence removeSequenceAt(
 584             final int index) {
 585         java.lang.Object obj = this._sequenceList.remove(index);
 586         return (jalview.schemabinding.version2.Sequence) obj;
 587     }
 588
 589     /**
 590      * Method removeSequenceSetProperties.
 591      *
 592      * @param vSequenceSetProperties
 593      * @return true if the object was removed from the collection.
 594      */
 595     public boolean removeSequenceSetProperties(
 596             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties) {
 597         boolean removed = _sequenceSetPropertiesList.remove(vSequenceSetProperties);
 598         return removed;
 599     }
 600
 601     /**
 602      * Method removeSequenceSetPropertiesAt.
 603      *
 604      * @param index
 605      * @return the element removed from the collection
 606      */
 607     public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties removeSequenceSetPropertiesAt(
 608             final int index) {
 609         java.lang.Object obj = this._sequenceSetPropertiesList.remove(index);
 610         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) obj;
 611     }
 612
 613     /**
 614      *
 615      *
 616      * @param index
 617      * @param vAlcodonFrame
 618      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 619      * given is outside the bounds of the collection
 620      */
 621     public void setAlcodonFrame(
 622             final int index,
 623             final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)
 624     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 625         // check bounds for index
 626         if (index < 0 || index >= this._alcodonFrameList.size()) {
 627             throw new IndexOutOfBoundsException("setAlcodonFrame: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodonFrameList.size() - 1) + "]");
 628         }
 629
 630         this._alcodonFrameList.set(index, vAlcodonFrame);
 631     }
 632
 633     /**
 634      *
 635      *
 636      * @param vAlcodonFrameArray
 637      */
 638     public void setAlcodonFrame(
 639             final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] vAlcodonFrameArray) {
 640         //-- copy array
 641         _alcodonFrameList.clear();
 642
 643         for (int i = 0; i < vAlcodonFrameArray.length; i++) {
 644                 this._alcodonFrameList.add(vAlcodonFrameArray[i]);
 645         }
 646     }
 647
 648     /**
 649      *
 650      *
 651      * @param index
 652      * @param vAnnotation
 653      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 654      * given is outside the bounds of the collection
 655      */
 656     public void setAnnotation(
 657             final int index,
 658             final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)
 659     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 660         // check bounds for index
 661         if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {
 662             throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
 663         }
 664
 665         this._annotationList.set(index, vAnnotation);
 666     }
 667
 668     /**
 669      *
 670      *
 671      * @param vAnnotationArray
 672      */
 673     public void setAnnotation(
 674             final jalview.schemabinding.version2.Annotation[] vAnnotationArray) {
 675         //-- copy array
 676         _annotationList.clear();
 677
 678         for (int i = 0; i < vAnnotationArray.length; i++) {
 679                 this._annotationList.add(vAnnotationArray[i]);
 680         }
 681     }
 682
 683     /**
 684      * Sets the value of field 'datasetId'. The field 'datasetId'
 685      * has the following description: reference to set where
 686      * jalview will gather the dataset sequences for all sequences
 687      * in the set.
 688      *
 689      *
 690      * @param datasetId the value of field 'datasetId'.
 691      */
 692     public void setDatasetId(
 693             final java.lang.String datasetId) {
 694         this._datasetId = datasetId;
 695     }
 696
 697     /**
 698      * Sets the value of field 'gapChar'.
 699      *
 700      * @param gapChar the value of field 'gapChar'.
 701      */
 702     public void setGapChar(
 703             final java.lang.String gapChar) {
 704         this._gapChar = gapChar;
 705     }
 706
 707     /**
 708      *
 709      *
 710      * @param index
 711      * @param vSequence
 712      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 713      * given is outside the bounds of the collection
 714      */
 715     public void setSequence(
 716             final int index,
 717             final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)
 718     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 719         // check bounds for index
 720         if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {
 721             throw new IndexOutOfBoundsException("setSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
 722         }
 723
 724         this._sequenceList.set(index, vSequence);
 725     }
 726
 727     /**
 728      *
 729      *
 730      * @param vSequenceArray
 731      */
 732     public void setSequence(
 733             final jalview.schemabinding.version2.Sequence[] vSequenceArray) {
 734         //-- copy array
 735         _sequenceList.clear();
 736
 737         for (int i = 0; i < vSequenceArray.length; i++) {
 738                 this._sequenceList.add(vSequenceArray[i]);
 739         }
 740     }
 741
 742     /**
 743      *
 744      *
 745      * @param index
 746      * @param vSequenceSetProperties
 747      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 748      * given is outside the bounds of the collection
 749      */
 750     public void setSequenceSetProperties(
 751             final int index,
 752             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)
 753     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 754         // check bounds for index
 755         if (index < 0 || index >= this._sequenceSetPropertiesList.size()) {
 756             throw new IndexOutOfBoundsException("setSequenceSetProperties: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetPropertiesList.size() - 1) + "]");
 757         }
 758
 759         this._sequenceSetPropertiesList.set(index, vSequenceSetProperties);
 760     }
 761
 762     /**
 763      *
 764      *
 765      * @param vSequenceSetPropertiesArray
 766      */
 767     public void setSequenceSetProperties(
 768             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] vSequenceSetPropertiesArray) {
 769         //-- copy array
 770         _sequenceSetPropertiesList.clear();
 771
 772         for (int i = 0; i < vSequenceSetPropertiesArray.length; i++) {
 773                 this._sequenceSetPropertiesList.add(vSequenceSetPropertiesArray[i]);
 774         }
 775     }
 776
 777     /**
 778      * Method unmarshal.
 779      *
 780      * @param reader
 781      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 782      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 783      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 784      * object is an invalid instance according to the schema
 785      * @return the unmarshaled
 786      * jalview.schemabinding.version2.SequenceSet
 787      */
 788     public static jalview.schemabinding.version2.SequenceSet unmarshal(
 789             final java.io.Reader reader)
 790     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 791         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class, reader);
 792     }
 793
 794     /**
 795      *
 796      *
 797      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 798      * object is an invalid instance according to the schema
 799      */
 800     public void validate(
 801     )
 802     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 803         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 804         validator.validate(this);
 805     }
 806
 807 }