src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class Tree.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class Tree implements java.io.Serializable\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _width.\r
  41    */\r
  42   private int _width;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * keeps track of state for field: _width\r
  46    */\r
  47   private boolean _has_width;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _height.\r
  51    */\r
  52   private int _height;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * keeps track of state for field: _height\r
  56    */\r
  57   private boolean _has_height;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Field _xpos.\r
  61    */\r
  62   private int _xpos;\r
  63 \r
  64   /**\r
  65    * keeps track of state for field: _xpos\r
  66    */\r
  67   private boolean _has_xpos;\r
  68 \r
  69   /**\r
  70    * Field _ypos.\r
  71    */\r
  72   private int _ypos;\r
  73 \r
  74   /**\r
  75    * keeps track of state for field: _ypos\r
  76    */\r
  77   private boolean _has_ypos;\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * Field _fontName.\r
  81    */\r
  82   private java.lang.String _fontName;\r
  83 \r
  84   /**\r
  85    * Field _fontSize.\r
  86    */\r
  87   private int _fontSize;\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * keeps track of state for field: _fontSize\r
  91    */\r
  92   private boolean _has_fontSize;\r
  93 \r
  94   /**\r
  95    * Field _fontStyle.\r
  96    */\r
  97   private int _fontStyle;\r
  98 \r
  99   /**\r
 100    * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 101    */\r
 102   private boolean _has_fontStyle;\r
 103 \r
 104   /**\r
 105    * Field _threshold.\r
 106    */\r
 107   private float _threshold;\r
 108 \r
 109   /**\r
 110    * keeps track of state for field: _threshold\r
 111    */\r
 112   private boolean _has_threshold;\r
 113 \r
 114   /**\r
 115    * Field _showBootstrap.\r
 116    */\r
 117   private boolean _showBootstrap;\r
 118 \r
 119   /**\r
 120    * keeps track of state for field: _showBootstrap\r
 121    */\r
 122   private boolean _has_showBootstrap;\r
 123 \r
 124   /**\r
 125    * Field _showDistances.\r
 126    */\r
 127   private boolean _showDistances;\r
 128 \r
 129   /**\r
 130    * keeps track of state for field: _showDistances\r
 131    */\r
 132   private boolean _has_showDistances;\r
 133 \r
 134   /**\r
 135    * Field _markUnlinked.\r
 136    */\r
 137   private boolean _markUnlinked;\r
 138 \r
 139   /**\r
 140    * keeps track of state for field: _markUnlinked\r
 141    */\r
 142   private boolean _has_markUnlinked;\r
 143 \r
 144   /**\r
 145    * Field _fitToWindow.\r
 146    */\r
 147   private boolean _fitToWindow;\r
 148 \r
 149   /**\r
 150    * keeps track of state for field: _fitToWindow\r
 151    */\r
 152   private boolean _has_fitToWindow;\r
 153 \r
 154   /**\r
 155    * Field _currentTree.\r
 156    */\r
 157   private boolean _currentTree;\r
 158 \r
 159   /**\r
 160    * keeps track of state for field: _currentTree\r
 161    */\r
 162   private boolean _has_currentTree;\r
 163 \r
 164   /**\r
 165    * Tree ID added for binding tree visualization settings to vamsas document\r
 166    * trees in jalview 2.4.1\r
 167    */\r
 168   private java.lang.String _id;\r
 169 \r
 170   /**\r
 171    * Field _title.\r
 172    */\r
 173   private java.lang.String _title;\r
 174 \r
 175   /**\r
 176    * Field _newick.\r
 177    */\r
 178   private java.lang.String _newick;\r
 179 \r
 180   // ----------------/\r
 181   // - Constructors -/\r
 182   // ----------------/\r
 183 \r
 184   public Tree()\r
 185   {\r
 186     super();\r
 187   }\r
 188 \r
 189   // -----------/\r
 190   // - Methods -/\r
 191   // -----------/\r
 192 \r
 193   /**\r
 194      */\r
 195   public void deleteCurrentTree()\r
 196   {\r
 197     this._has_currentTree = false;\r
 198   }\r
 199 \r
 200   /**\r
 201      */\r
 202   public void deleteFitToWindow()\r
 203   {\r
 204     this._has_fitToWindow = false;\r
 205   }\r
 206 \r
 207   /**\r
 208      */\r
 209   public void deleteFontSize()\r
 210   {\r
 211     this._has_fontSize = false;\r
 212   }\r
 213 \r
 214   /**\r
 215      */\r
 216   public void deleteFontStyle()\r
 217   {\r
 218     this._has_fontStyle = false;\r
 219   }\r
 220 \r
 221   /**\r
 222      */\r
 223   public void deleteHeight()\r
 224   {\r
 225     this._has_height = false;\r
 226   }\r
 227 \r
 228   /**\r
 229      */\r
 230   public void deleteMarkUnlinked()\r
 231   {\r
 232     this._has_markUnlinked = false;\r
 233   }\r
 234 \r
 235   /**\r
 236      */\r
 237   public void deleteShowBootstrap()\r
 238   {\r
 239     this._has_showBootstrap = false;\r
 240   }\r
 241 \r
 242   /**\r
 243      */\r
 244   public void deleteShowDistances()\r
 245   {\r
 246     this._has_showDistances = false;\r
 247   }\r
 248 \r
 249   /**\r
 250      */\r
 251   public void deleteThreshold()\r
 252   {\r
 253     this._has_threshold = false;\r
 254   }\r
 255 \r
 256   /**\r
 257      */\r
 258   public void deleteWidth()\r
 259   {\r
 260     this._has_width = false;\r
 261   }\r
 262 \r
 263   /**\r
 264      */\r
 265   public void deleteXpos()\r
 266   {\r
 267     this._has_xpos = false;\r
 268   }\r
 269 \r
 270   /**\r
 271      */\r
 272   public void deleteYpos()\r
 273   {\r
 274     this._has_ypos = false;\r
 275   }\r
 276 \r
 277   /**\r
 278    * Returns the value of field 'currentTree'.\r
 279    * \r
 280    * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
 281    */\r
 282   public boolean getCurrentTree()\r
 283   {\r
 284     return this._currentTree;\r
 285   }\r
 286 \r
 287   /**\r
 288    * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
 289    * \r
 290    * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
 291    */\r
 292   public boolean getFitToWindow()\r
 293   {\r
 294     return this._fitToWindow;\r
 295   }\r
 296 \r
 297   /**\r
 298    * Returns the value of field 'fontName'.\r
 299    * \r
 300    * @return the value of field 'FontName'.\r
 301    */\r
 302   public java.lang.String getFontName()\r
 303   {\r
 304     return this._fontName;\r
 305   }\r
 306 \r
 307   /**\r
 308    * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 309    * \r
 310    * @return the value of field 'FontSize'.\r
 311    */\r
 312   public int getFontSize()\r
 313   {\r
 314     return this._fontSize;\r
 315   }\r
 316 \r
 317   /**\r
 318    * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 319    * \r
 320    * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 321    */\r
 322   public int getFontStyle()\r
 323   {\r
 324     return this._fontStyle;\r
 325   }\r
 326 \r
 327   /**\r
 328    * Returns the value of field 'height'.\r
 329    * \r
 330    * @return the value of field 'Height'.\r
 331    */\r
 332   public int getHeight()\r
 333   {\r
 334     return this._height;\r
 335   }\r
 336 \r
 337   /**\r
 338    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following\r
 339    * description: Tree ID added for binding tree visualization settings to\r
 340    * vamsas document trees in jalview 2.4.1\r
 341    * \r
 342    * @return the value of field 'Id'.\r
 343    */\r
 344   public java.lang.String getId()\r
 345   {\r
 346     return this._id;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   /**\r
 350    * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
 351    * \r
 352    * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
 353    */\r
 354   public boolean getMarkUnlinked()\r
 355   {\r
 356     return this._markUnlinked;\r
 357   }\r
 358 \r
 359   /**\r
 360    * Returns the value of field 'newick'.\r
 361    * \r
 362    * @return the value of field 'Newick'.\r
 363    */\r
 364   public java.lang.String getNewick()\r
 365   {\r
 366     return this._newick;\r
 367   }\r
 368 \r
 369   /**\r
 370    * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
 371    * \r
 372    * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
 373    */\r
 374   public boolean getShowBootstrap()\r
 375   {\r
 376     return this._showBootstrap;\r
 377   }\r
 378 \r
 379   /**\r
 380    * Returns the value of field 'showDistances'.\r
 381    * \r
 382    * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
 383    */\r
 384   public boolean getShowDistances()\r
 385   {\r
 386     return this._showDistances;\r
 387   }\r
 388 \r
 389   /**\r
 390    * Returns the value of field 'threshold'.\r
 391    * \r
 392    * @return the value of field 'Threshold'.\r
 393    */\r
 394   public float getThreshold()\r
 395   {\r
 396     return this._threshold;\r
 397   }\r
 398 \r
 399   /**\r
 400    * Returns the value of field 'title'.\r
 401    * \r
 402    * @return the value of field 'Title'.\r
 403    */\r
 404   public java.lang.String getTitle()\r
 405   {\r
 406     return this._title;\r
 407   }\r
 408 \r
 409   /**\r
 410    * Returns the value of field 'width'.\r
 411    * \r
 412    * @return the value of field 'Width'.\r
 413    */\r
 414   public int getWidth()\r
 415   {\r
 416     return this._width;\r
 417   }\r
 418 \r
 419   /**\r
 420    * Returns the value of field 'xpos'.\r
 421    * \r
 422    * @return the value of field 'Xpos'.\r
 423    */\r
 424   public int getXpos()\r
 425   {\r
 426     return this._xpos;\r
 427   }\r
 428 \r
 429   /**\r
 430    * Returns the value of field 'ypos'.\r
 431    * \r
 432    * @return the value of field 'Ypos'.\r
 433    */\r
 434   public int getYpos()\r
 435   {\r
 436     return this._ypos;\r
 437   }\r
 438 \r
 439   /**\r
 440    * Method hasCurrentTree.\r
 441    * \r
 442    * @return true if at least one CurrentTree has been added\r
 443    */\r
 444   public boolean hasCurrentTree()\r
 445   {\r
 446     return this._has_currentTree;\r
 447   }\r
 448 \r
 449   /**\r
 450    * Method hasFitToWindow.\r
 451    * \r
 452    * @return true if at least one FitToWindow has been added\r
 453    */\r
 454   public boolean hasFitToWindow()\r
 455   {\r
 456     return this._has_fitToWindow;\r
 457   }\r
 458 \r
 459   /**\r
 460    * Method hasFontSize.\r
 461    * \r
 462    * @return true if at least one FontSize has been added\r
 463    */\r
 464   public boolean hasFontSize()\r
 465   {\r
 466     return this._has_fontSize;\r
 467   }\r
 468 \r
 469   /**\r
 470    * Method hasFontStyle.\r
 471    * \r
 472    * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 473    */\r
 474   public boolean hasFontStyle()\r
 475   {\r
 476     return this._has_fontStyle;\r
 477   }\r
 478 \r
 479   /**\r
 480    * Method hasHeight.\r
 481    * \r
 482    * @return true if at least one Height has been added\r
 483    */\r
 484   public boolean hasHeight()\r
 485   {\r
 486     return this._has_height;\r
 487   }\r
 488 \r
 489   /**\r
 490    * Method hasMarkUnlinked.\r
 491    * \r
 492    * @return true if at least one MarkUnlinked has been added\r
 493    */\r
 494   public boolean hasMarkUnlinked()\r
 495   {\r
 496     return this._has_markUnlinked;\r
 497   }\r
 498 \r
 499   /**\r
 500    * Method hasShowBootstrap.\r
 501    * \r
 502    * @return true if at least one ShowBootstrap has been added\r
 503    */\r
 504   public boolean hasShowBootstrap()\r
 505   {\r
 506     return this._has_showBootstrap;\r
 507   }\r
 508 \r
 509   /**\r
 510    * Method hasShowDistances.\r
 511    * \r
 512    * @return true if at least one ShowDistances has been added\r
 513    */\r
 514   public boolean hasShowDistances()\r
 515   {\r
 516     return this._has_showDistances;\r
 517   }\r
 518 \r
 519   /**\r
 520    * Method hasThreshold.\r
 521    * \r
 522    * @return true if at least one Threshold has been added\r
 523    */\r
 524   public boolean hasThreshold()\r
 525   {\r
 526     return this._has_threshold;\r
 527   }\r
 528 \r
 529   /**\r
 530    * Method hasWidth.\r
 531    * \r
 532    * @return true if at least one Width has been added\r
 533    */\r
 534   public boolean hasWidth()\r
 535   {\r
 536     return this._has_width;\r
 537   }\r
 538 \r
 539   /**\r
 540    * Method hasXpos.\r
 541    * \r
 542    * @return true if at least one Xpos has been added\r
 543    */\r
 544   public boolean hasXpos()\r
 545   {\r
 546     return this._has_xpos;\r
 547   }\r
 548 \r
 549   /**\r
 550    * Method hasYpos.\r
 551    * \r
 552    * @return true if at least one Ypos has been added\r
 553    */\r
 554   public boolean hasYpos()\r
 555   {\r
 556     return this._has_ypos;\r
 557   }\r
 558 \r
 559   /**\r
 560    * Returns the value of field 'currentTree'.\r
 561    * \r
 562    * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
 563    */\r
 564   public boolean isCurrentTree()\r
 565   {\r
 566     return this._currentTree;\r
 567   }\r
 568 \r
 569   /**\r
 570    * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
 571    * \r
 572    * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
 573    */\r
 574   public boolean isFitToWindow()\r
 575   {\r
 576     return this._fitToWindow;\r
 577   }\r
 578 \r
 579   /**\r
 580    * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
 581    * \r
 582    * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
 583    */\r
 584   public boolean isMarkUnlinked()\r
 585   {\r
 586     return this._markUnlinked;\r
 587   }\r
 588 \r
 589   /**\r
 590    * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
 591    * \r
 592    * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
 593    */\r
 594   public boolean isShowBootstrap()\r
 595   {\r
 596     return this._showBootstrap;\r
 597   }\r
 598 \r
 599   /**\r
 600    * Returns the value of field 'showDistances'.\r
 601    * \r
 602    * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
 603    */\r
 604   public boolean isShowDistances()\r
 605   {\r
 606     return this._showDistances;\r
 607   }\r
 608 \r
 609   /**\r
 610    * Method isValid.\r
 611    * \r
 612    * @return true if this object is valid according to the schema\r
 613    */\r
 614   public boolean isValid()\r
 615   {\r
 616     try\r
 617     {\r
 618       validate();\r
 619     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 620     {\r
 621       return false;\r
 622     }\r
 623     return true;\r
 624   }\r
 625 \r
 626   /**\r
 627    * \r
 628    * \r
 629    * @param out\r
 630    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 631    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 632    *           marshaling\r
 633    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 634    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 635    */\r
 636   public void marshal(final java.io.Writer out)\r
 637           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 638           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 639   {\r
 640     Marshaller.marshal(this, out);\r
 641   }\r
 642 \r
 643   /**\r
 644    * \r
 645    * \r
 646    * @param handler\r
 647    * @throws java.io.IOException\r
 648    *           if an IOException occurs during marshaling\r
 649    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 650    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 651    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 652    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 653    *           marshaling\r
 654    */\r
 655   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 656           throws java.io.IOException,\r
 657           org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 658           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 659   {\r
 660     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 661   }\r
 662 \r
 663   /**\r
 664    * Sets the value of field 'currentTree'.\r
 665    * \r
 666    * @param currentTree\r
 667    *          the value of field 'currentTree'.\r
 668    */\r
 669   public void setCurrentTree(final boolean currentTree)\r
 670   {\r
 671     this._currentTree = currentTree;\r
 672     this._has_currentTree = true;\r
 673   }\r
 674 \r
 675   /**\r
 676    * Sets the value of field 'fitToWindow'.\r
 677    * \r
 678    * @param fitToWindow\r
 679    *          the value of field 'fitToWindow'.\r
 680    */\r
 681   public void setFitToWindow(final boolean fitToWindow)\r
 682   {\r
 683     this._fitToWindow = fitToWindow;\r
 684     this._has_fitToWindow = true;\r
 685   }\r
 686 \r
 687   /**\r
 688    * Sets the value of field 'fontName'.\r
 689    * \r
 690    * @param fontName\r
 691    *          the value of field 'fontName'.\r
 692    */\r
 693   public void setFontName(final java.lang.String fontName)\r
 694   {\r
 695     this._fontName = fontName;\r
 696   }\r
 697 \r
 698   /**\r
 699    * Sets the value of field 'fontSize'.\r
 700    * \r
 701    * @param fontSize\r
 702    *          the value of field 'fontSize'.\r
 703    */\r
 704   public void setFontSize(final int fontSize)\r
 705   {\r
 706     this._fontSize = fontSize;\r
 707     this._has_fontSize = true;\r
 708   }\r
 709 \r
 710   /**\r
 711    * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
 712    * \r
 713    * @param fontStyle\r
 714    *          the value of field 'fontStyle'.\r
 715    */\r
 716   public void setFontStyle(final int fontStyle)\r
 717   {\r
 718     this._fontStyle = fontStyle;\r
 719     this._has_fontStyle = true;\r
 720   }\r
 721 \r
 722   /**\r
 723    * Sets the value of field 'height'.\r
 724    * \r
 725    * @param height\r
 726    *          the value of field 'height'.\r
 727    */\r
 728   public void setHeight(final int height)\r
 729   {\r
 730     this._height = height;\r
 731     this._has_height = true;\r
 732   }\r
 733 \r
 734   /**\r
 735    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:\r
 736    * Tree ID added for binding tree visualization settings to vamsas document\r
 737    * trees in jalview 2.4.1\r
 738    * \r
 739    * @param id\r
 740    *          the value of field 'id'.\r
 741    */\r
 742   public void setId(final java.lang.String id)\r
 743   {\r
 744     this._id = id;\r
 745   }\r
 746 \r
 747   /**\r
 748    * Sets the value of field 'markUnlinked'.\r
 749    * \r
 750    * @param markUnlinked\r
 751    *          the value of field 'markUnlinked'.\r
 752    */\r
 753   public void setMarkUnlinked(final boolean markUnlinked)\r
 754   {\r
 755     this._markUnlinked = markUnlinked;\r
 756     this._has_markUnlinked = true;\r
 757   }\r
 758 \r
 759   /**\r
 760    * Sets the value of field 'newick'.\r
 761    * \r
 762    * @param newick\r
 763    *          the value of field 'newick'.\r
 764    */\r
 765   public void setNewick(final java.lang.String newick)\r
 766   {\r
 767     this._newick = newick;\r
 768   }\r
 769 \r
 770   /**\r
 771    * Sets the value of field 'showBootstrap'.\r
 772    * \r
 773    * @param showBootstrap\r
 774    *          the value of field 'showBootstrap'.\r
 775    */\r
 776   public void setShowBootstrap(final boolean showBootstrap)\r
 777   {\r
 778     this._showBootstrap = showBootstrap;\r
 779     this._has_showBootstrap = true;\r
 780   }\r
 781 \r
 782   /**\r
 783    * Sets the value of field 'showDistances'.\r
 784    * \r
 785    * @param showDistances\r
 786    *          the value of field 'showDistances'.\r
 787    */\r
 788   public void setShowDistances(final boolean showDistances)\r
 789   {\r
 790     this._showDistances = showDistances;\r
 791     this._has_showDistances = true;\r
 792   }\r
 793 \r
 794   /**\r
 795    * Sets the value of field 'threshold'.\r
 796    * \r
 797    * @param threshold\r
 798    *          the value of field 'threshold'.\r
 799    */\r
 800   public void setThreshold(final float threshold)\r
 801   {\r
 802     this._threshold = threshold;\r
 803     this._has_threshold = true;\r
 804   }\r
 805 \r
 806   /**\r
 807    * Sets the value of field 'title'.\r
 808    * \r
 809    * @param title\r
 810    *          the value of field 'title'.\r
 811    */\r
 812   public void setTitle(final java.lang.String title)\r
 813   {\r
 814     this._title = title;\r
 815   }\r
 816 \r
 817   /**\r
 818    * Sets the value of field 'width'.\r
 819    * \r
 820    * @param width\r
 821    *          the value of field 'width'.\r
 822    */\r
 823   public void setWidth(final int width)\r
 824   {\r
 825     this._width = width;\r
 826     this._has_width = true;\r
 827   }\r
 828 \r
 829   /**\r
 830    * Sets the value of field 'xpos'.\r
 831    * \r
 832    * @param xpos\r
 833    *          the value of field 'xpos'.\r
 834    */\r
 835   public void setXpos(final int xpos)\r
 836   {\r
 837     this._xpos = xpos;\r
 838     this._has_xpos = true;\r
 839   }\r
 840 \r
 841   /**\r
 842    * Sets the value of field 'ypos'.\r
 843    * \r
 844    * @param ypos\r
 845    *          the value of field 'ypos'.\r
 846    */\r
 847   public void setYpos(final int ypos)\r
 848   {\r
 849     this._ypos = ypos;\r
 850     this._has_ypos = true;\r
 851   }\r
 852 \r
 853   /**\r
 854    * Method unmarshal.\r
 855    * \r
 856    * @param reader\r
 857    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 858    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 859    *           marshaling\r
 860    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 861    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 862    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Tree\r
 863    */\r
 864   public static jalview.schemabinding.version2.Tree unmarshal(\r
 865           final java.io.Reader reader)\r
 866           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 867           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 868   {\r
 869     return (jalview.schemabinding.version2.Tree) Unmarshaller.unmarshal(\r
 870             jalview.schemabinding.version2.Tree.class, reader);\r
 871   }\r
 872 \r
 873   /**\r
 874    * \r
 875    * \r
 876    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 877    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
 878    */\r
 879   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 880   {\r
 881     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 882     validator.validate(this);\r
 883   }\r
 884 \r
 885 }\r