src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Viewport.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _conservationSelected.
  31    */
  32   private boolean _conservationSelected;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  36    */
  37   private boolean _has_conservationSelected;
  38
  39   /**
  40    * Field _pidSelected.
  41    */
  42   private boolean _pidSelected;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _pidSelected
  46    */
  47   private boolean _has_pidSelected;
  48
  49   /**
  50    * Field _bgColour.
  51    */
  52   private java.lang.String _bgColour;
  53
  54   /**
  55    * Field _consThreshold.
  56    */
  57   private int _consThreshold;
  58
  59   /**
  60    * keeps track of state for field: _consThreshold
  61    */
  62   private boolean _has_consThreshold;
  63
  64   /**
  65    * Field _pidThreshold.
  66    */
  67   private int _pidThreshold;
  68
  69   /**
  70    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  71    */
  72   private boolean _has_pidThreshold;
  73
  74   /**
  75    * Field _title.
  76    */
  77   private java.lang.String _title;
  78
  79   /**
  80    * Field _showFullId.
  81    */
  82   private boolean _showFullId;
  83
  84   /**
  85    * keeps track of state for field: _showFullId
  86    */
  87   private boolean _has_showFullId;
  88
  89   /**
  90    * Field _rightAlignIds.
  91    */
  92   private boolean _rightAlignIds;
  93
  94   /**
  95    * keeps track of state for field: _rightAlignIds
  96    */
  97   private boolean _has_rightAlignIds;
  98
  99   /**
 100    * Field _showText.
 101    */
 102   private boolean _showText;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _showText
 106    */
 107   private boolean _has_showText;
 108
 109   /**
 110    * Field _showColourText.
 111    */
 112   private boolean _showColourText;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _showColourText
 116    */
 117   private boolean _has_showColourText;
 118
 119   /**
 120    * Field _showUnconserved.
 121    */
 122   private boolean _showUnconserved = false;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 126    */
 127   private boolean _has_showUnconserved;
 128
 129   /**
 130    * Field _showBoxes.
 131    */
 132   private boolean _showBoxes;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _showBoxes
 136    */
 137   private boolean _has_showBoxes;
 138
 139   /**
 140    * Field _wrapAlignment.
 141    */
 142   private boolean _wrapAlignment;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 146    */
 147   private boolean _has_wrapAlignment;
 148
 149   /**
 150    * Field _renderGaps.
 151    */
 152   private boolean _renderGaps;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _renderGaps
 156    */
 157   private boolean _has_renderGaps;
 158
 159   /**
 160    * Field _showSequenceFeatures.
 161    */
 162   private boolean _showSequenceFeatures;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 166    */
 167   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 168
 169   /**
 170    * Field _showNPfeatureTooltip.
 171    */
 172   private boolean _showNPfeatureTooltip;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 176    */
 177   private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 178
 179   /**
 180    * Field _showDbRefTooltip.
 181    */
 182   private boolean _showDbRefTooltip;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 186    */
 187   private boolean _has_showDbRefTooltip;
 188
 189   /**
 190    * Field _followHighlight.
 191    */
 192   private boolean _followHighlight = true;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _followHighlight
 196    */
 197   private boolean _has_followHighlight;
 198
 199   /**
 200    * Field _followSelection.
 201    */
 202   private boolean _followSelection = true;
 203
 204   /**
 205    * keeps track of state for field: _followSelection
 206    */
 207   private boolean _has_followSelection;
 208
 209   /**
 210    * Field _showAnnotation.
 211    */
 212   private boolean _showAnnotation;
 213
 214   /**
 215    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 216    */
 217   private boolean _has_showAnnotation;
 218
 219   /**
 220    * Field _centreColumnLabels.
 221    */
 222   private boolean _centreColumnLabels = false;
 223
 224   /**
 225    * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 226    */
 227   private boolean _has_centreColumnLabels;
 228
 229   /**
 230    * Field _showGroupConservation.
 231    */
 232   private boolean _showGroupConservation = false;
 233
 234   /**
 235    * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 236    */
 237   private boolean _has_showGroupConservation;
 238
 239   /**
 240    * Field _showGroupConsensus.
 241    */
 242   private boolean _showGroupConsensus = false;
 243
 244   /**
 245    * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 246    */
 247   private boolean _has_showGroupConsensus;
 248
 249   /**
 250    * Field _showConsensusHistogram.
 251    */
 252   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 253
 254   /**
 255    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 256    */
 257   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 258
 259   /**
 260    * Field _showSequenceLogo.
 261    */
 262   private boolean _showSequenceLogo = false;
 263
 264   /**
 265    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 266    */
 267   private boolean _has_showSequenceLogo;
 268
 269   /**
 270    * Field _normaliseSequenceLogo.
 271    */
 272   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 273
 274   /**
 275    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 276    */
 277   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 278
 279   /**
 280    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 281    */
 282   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 283
 284   /**
 285    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 286    */
 287   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 288
 289   /**
 290    * Field _startRes.
 291    */
 292   private int _startRes;
 293
 294   /**
 295    * keeps track of state for field: _startRes
 296    */
 297   private boolean _has_startRes;
 298
 299   /**
 300    * Field _startSeq.
 301    */
 302   private int _startSeq;
 303
 304   /**
 305    * keeps track of state for field: _startSeq
 306    */
 307   private boolean _has_startSeq;
 308
 309   /**
 310    * Field _fontName.
 311    */
 312   private java.lang.String _fontName;
 313
 314   /**
 315    * Field _fontSize.
 316    */
 317   private int _fontSize;
 318
 319   /**
 320    * keeps track of state for field: _fontSize
 321    */
 322   private boolean _has_fontSize;
 323
 324   /**
 325    * Field _fontStyle.
 326    */
 327   private int _fontStyle;
 328
 329   /**
 330    * keeps track of state for field: _fontStyle
 331    */
 332   private boolean _has_fontStyle;
 333
 334   /**
 335    * Field _scaleProteinAsCdna.
 336    */
 337   private boolean _scaleProteinAsCdna = true;
 338
 339   /**
 340    * keeps track of state for field: _scaleProteinAsCdna
 341    */
 342   private boolean _has_scaleProteinAsCdna;
 343
 344   /**
 345    * Field _viewName.
 346    */
 347   private java.lang.String _viewName;
 348
 349   /**
 350    * Field _sequenceSetId.
 351    */
 352   private java.lang.String _sequenceSetId;
 353
 354   /**
 355    * Field _gatheredViews.
 356    */
 357   private boolean _gatheredViews;
 358
 359   /**
 360    * keeps track of state for field: _gatheredViews
 361    */
 362   private boolean _has_gatheredViews;
 363
 364   /**
 365    * Field _textCol1.
 366    */
 367   private int _textCol1;
 368
 369   /**
 370    * keeps track of state for field: _textCol1
 371    */
 372   private boolean _has_textCol1;
 373
 374   /**
 375    * Field _textCol2.
 376    */
 377   private int _textCol2;
 378
 379   /**
 380    * keeps track of state for field: _textCol2
 381    */
 382   private boolean _has_textCol2;
 383
 384   /**
 385    * Field _textColThreshold.
 386    */
 387   private int _textColThreshold;
 388
 389   /**
 390    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 391    */
 392   private boolean _has_textColThreshold;
 393
 394   /**
 395    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
 396    * views
 397    *
 398    */
 399   private java.lang.String _id;
 400
 401   /**
 402    * The viewport id of this viewport's (cdna/protein) coding complement, if any
 403    *
 404    */
 405   private java.lang.String _complementId;
 406
 407   /**
 408    * Field _width.
 409    */
 410   private int _width;
 411
 412   /**
 413    * keeps track of state for field: _width
 414    */
 415   private boolean _has_width;
 416
 417   /**
 418    * Field _height.
 419    */
 420   private int _height;
 421
 422   /**
 423    * keeps track of state for field: _height
 424    */
 425   private boolean _has_height;
 426
 427   /**
 428    * Field _xpos.
 429    */
 430   private int _xpos;
 431
 432   /**
 433    * keeps track of state for field: _xpos
 434    */
 435   private boolean _has_xpos;
 436
 437   /**
 438    * Field _ypos.
 439    */
 440   private int _ypos;
 441
 442   /**
 443    * keeps track of state for field: _ypos
 444    */
 445   private boolean _has_ypos;
 446
 447   /**
 448    * Field _annotationColours.
 449    */
 450   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 451
 452   /**
 453    * Field _hiddenColumnsList.
 454    */
 455   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 456
 457   /**
 458    * Field _calcIdParamList.
 459    */
 460   private java.util.Vector _calcIdParamList;
 461
 462   // ----------------/
 463   // - Constructors -/
 464   // ----------------/
 465
 466   public Viewport()
 467   {
 468     super();
 469     this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 470     this._calcIdParamList = new java.util.Vector();
 471   }
 472
 473   // -----------/
 474   // - Methods -/
 475   // -----------/
 476
 477   /**
 478    *
 479    *
 480    * @param vCalcIdParam
 481    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 482    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 483    */
 484   public void addCalcIdParam(
 485           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 486           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 487   {
 488     this._calcIdParamList.addElement(vCalcIdParam);
 489   }
 490
 491   /**
 492    *
 493    *
 494    * @param index
 495    * @param vCalcIdParam
 496    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 497    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 498    */
 499   public void addCalcIdParam(final int index,
 500           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 501           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 502   {
 503     this._calcIdParamList.add(index, vCalcIdParam);
 504   }
 505
 506   /**
 507    *
 508    *
 509    * @param vHiddenColumns
 510    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 511    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 512    */
 513   public void addHiddenColumns(
 514           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 515           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 516   {
 517     this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 518   }
 519
 520   /**
 521    *
 522    *
 523    * @param index
 524    * @param vHiddenColumns
 525    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 526    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 527    */
 528   public void addHiddenColumns(final int index,
 529           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 530           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 531   {
 532     this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 533   }
 534
 535   /**
 536      */
 537   public void deleteCentreColumnLabels()
 538   {
 539     this._has_centreColumnLabels = false;
 540   }
 541
 542   /**
 543      */
 544   public void deleteConsThreshold()
 545   {
 546     this._has_consThreshold = false;
 547   }
 548
 549   /**
 550      */
 551   public void deleteConservationSelected()
 552   {
 553     this._has_conservationSelected = false;
 554   }
 555
 556   /**
 557      */
 558   public void deleteFollowHighlight()
 559   {
 560     this._has_followHighlight = false;
 561   }
 562
 563   /**
 564      */
 565   public void deleteFollowSelection()
 566   {
 567     this._has_followSelection = false;
 568   }
 569
 570   /**
 571      */
 572   public void deleteFontSize()
 573   {
 574     this._has_fontSize = false;
 575   }
 576
 577   /**
 578      */
 579   public void deleteFontStyle()
 580   {
 581     this._has_fontStyle = false;
 582   }
 583
 584   /**
 585      */
 586   public void deleteGatheredViews()
 587   {
 588     this._has_gatheredViews = false;
 589   }
 590
 591   /**
 592      */
 593   public void deleteHeight()
 594   {
 595     this._has_height = false;
 596   }
 597
 598   /**
 599      */
 600   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 601   {
 602     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 603   }
 604
 605   /**
 606      */
 607   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 608   {
 609     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 610   }
 611
 612   /**
 613      */
 614   public void deletePidSelected()
 615   {
 616     this._has_pidSelected = false;
 617   }
 618
 619   /**
 620      */
 621   public void deletePidThreshold()
 622   {
 623     this._has_pidThreshold = false;
 624   }
 625
 626   /**
 627      */
 628   public void deleteRenderGaps()
 629   {
 630     this._has_renderGaps = false;
 631   }
 632
 633   /**
 634      */
 635   public void deleteRightAlignIds()
 636   {
 637     this._has_rightAlignIds = false;
 638   }
 639
 640   /**
 641      */
 642   public void deleteScaleProteinAsCdna()
 643   {
 644     this._has_scaleProteinAsCdna = false;
 645   }
 646
 647   /**
 648      */
 649   public void deleteShowAnnotation()
 650   {
 651     this._has_showAnnotation = false;
 652   }
 653
 654   /**
 655      */
 656   public void deleteShowBoxes()
 657   {
 658     this._has_showBoxes = false;
 659   }
 660
 661   /**
 662      */
 663   public void deleteShowColourText()
 664   {
 665     this._has_showColourText = false;
 666   }
 667
 668   /**
 669      */
 670   public void deleteShowConsensusHistogram()
 671   {
 672     this._has_showConsensusHistogram = false;
 673   }
 674
 675   /**
 676      */
 677   public void deleteShowDbRefTooltip()
 678   {
 679     this._has_showDbRefTooltip = false;
 680   }
 681
 682   /**
 683      */
 684   public void deleteShowFullId()
 685   {
 686     this._has_showFullId = false;
 687   }
 688
 689   /**
 690      */
 691   public void deleteShowGroupConsensus()
 692   {
 693     this._has_showGroupConsensus = false;
 694   }
 695
 696   /**
 697      */
 698   public void deleteShowGroupConservation()
 699   {
 700     this._has_showGroupConservation = false;
 701   }
 702
 703   /**
 704      */
 705   public void deleteShowNPfeatureTooltip()
 706   {
 707     this._has_showNPfeatureTooltip = false;
 708   }
 709
 710   /**
 711      */
 712   public void deleteShowSequenceFeatures()
 713   {
 714     this._has_showSequenceFeatures = false;
 715   }
 716
 717   /**
 718      */
 719   public void deleteShowSequenceLogo()
 720   {
 721     this._has_showSequenceLogo = false;
 722   }
 723
 724   /**
 725      */
 726   public void deleteShowText()
 727   {
 728     this._has_showText = false;
 729   }
 730
 731   /**
 732      */
 733   public void deleteShowUnconserved()
 734   {
 735     this._has_showUnconserved = false;
 736   }
 737
 738   /**
 739      */
 740   public void deleteStartRes()
 741   {
 742     this._has_startRes = false;
 743   }
 744
 745   /**
 746      */
 747   public void deleteStartSeq()
 748   {
 749     this._has_startSeq = false;
 750   }
 751
 752   /**
 753      */
 754   public void deleteTextCol1()
 755   {
 756     this._has_textCol1 = false;
 757   }
 758
 759   /**
 760      */
 761   public void deleteTextCol2()
 762   {
 763     this._has_textCol2 = false;
 764   }
 765
 766   /**
 767      */
 768   public void deleteTextColThreshold()
 769   {
 770     this._has_textColThreshold = false;
 771   }
 772
 773   /**
 774      */
 775   public void deleteWidth()
 776   {
 777     this._has_width = false;
 778   }
 779
 780   /**
 781      */
 782   public void deleteWrapAlignment()
 783   {
 784     this._has_wrapAlignment = false;
 785   }
 786
 787   /**
 788      */
 789   public void deleteXpos()
 790   {
 791     this._has_xpos = false;
 792   }
 793
 794   /**
 795      */
 796   public void deleteYpos()
 797   {
 798     this._has_ypos = false;
 799   }
 800
 801   /**
 802    * Method enumerateCalcIdParam.
 803    *
 804    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam
 805    *         elements
 806    */
 807   public java.util.Enumeration enumerateCalcIdParam()
 808   {
 809     return this._calcIdParamList.elements();
 810   }
 811
 812   /**
 813    * Method enumerateHiddenColumns.
 814    *
 815    * @return an Enumeration over all
 816    *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 817    */
 818   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()
 819   {
 820     return this._hiddenColumnsList.elements();
 821   }
 822
 823   /**
 824    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 825    *
 826    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 827    */
 828   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 829   {
 830     return this._annotationColours;
 831   }
 832
 833   /**
 834    * Returns the value of field 'bgColour'.
 835    *
 836    * @return the value of field 'BgColour'.
 837    */
 838   public java.lang.String getBgColour()
 839   {
 840     return this._bgColour;
 841   }
 842
 843   /**
 844    * Method getCalcIdParam.
 845    *
 846    * @param index
 847    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 848    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 849    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam at the
 850    *         given index
 851    */
 852   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam getCalcIdParam(
 853           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 854   {
 855     // check bounds for index
 856     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
 857     {
 858       throw new IndexOutOfBoundsException("getCalcIdParam: Index value '"
 859               + index + "' not in range [0.."
 860               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
 861     }
 862
 863     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) _calcIdParamList
 864             .get(index);
 865   }
 866
 867   /**
 868    * Method getCalcIdParam.Returns the contents of the collection in an Array.
 869    * <p>
 870    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 871    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 872    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 873    *
 874    * @return this collection as an Array
 875    */
 876   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] getCalcIdParam()
 877   {
 878     jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] array = new jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[0];
 879     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[]) this._calcIdParamList
 880             .toArray(array);
 881   }
 882
 883   /**
 884    * Method getCalcIdParamCount.
 885    *
 886    * @return the size of this collection
 887    */
 888   public int getCalcIdParamCount()
 889   {
 890     return this._calcIdParamList.size();
 891   }
 892
 893   /**
 894    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 895    *
 896    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 897    */
 898   public boolean getCentreColumnLabels()
 899   {
 900     return this._centreColumnLabels;
 901   }
 902
 903   /**
 904    * Returns the value of field 'complementId'. The field 'complementId' has the
 905    * following description: The viewport id of this viewport's (cdna/protein)
 906    * coding complement, if any
 907    *
 908    *
 909    * @return the value of field 'ComplementId'.
 910    */
 911   public java.lang.String getComplementId()
 912   {
 913     return this._complementId;
 914   }
 915
 916   /**
 917    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 918    *
 919    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 920    */
 921   public int getConsThreshold()
 922   {
 923     return this._consThreshold;
 924   }
 925
 926   /**
 927    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 928    *
 929    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 930    */
 931   public boolean getConservationSelected()
 932   {
 933     return this._conservationSelected;
 934   }
 935
 936   /**
 937    * Returns the value of field 'followHighlight'.
 938    *
 939    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 940    */
 941   public boolean getFollowHighlight()
 942   {
 943     return this._followHighlight;
 944   }
 945
 946   /**
 947    * Returns the value of field 'followSelection'.
 948    *
 949    * @return the value of field 'FollowSelection'.
 950    */
 951   public boolean getFollowSelection()
 952   {
 953     return this._followSelection;
 954   }
 955
 956   /**
 957    * Returns the value of field 'fontName'.
 958    *
 959    * @return the value of field 'FontName'.
 960    */
 961   public java.lang.String getFontName()
 962   {
 963     return this._fontName;
 964   }
 965
 966   /**
 967    * Returns the value of field 'fontSize'.
 968    *
 969    * @return the value of field 'FontSize'.
 970    */
 971   public int getFontSize()
 972   {
 973     return this._fontSize;
 974   }
 975
 976   /**
 977    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 978    *
 979    * @return the value of field 'FontStyle'.
 980    */
 981   public int getFontStyle()
 982   {
 983     return this._fontStyle;
 984   }
 985
 986   /**
 987    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
 988    *
 989    * @return the value of field 'GatheredViews'.
 990    */
 991   public boolean getGatheredViews()
 992   {
 993     return this._gatheredViews;
 994   }
 995
 996   /**
 997    * Returns the value of field 'height'.
 998    *
 999    * @return the value of field 'Height'.
1000    */
1001   public int getHeight()
1002   {
1003     return this._height;
1004   }
1005
1006   /**
1007    * Method getHiddenColumns.
1008    *
1009    * @param index
1010    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1011    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1012    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at
1013    *         the given index
1014    */
1015   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
1016           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1017   {
1018     // check bounds for index
1019     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
1020     {
1021       throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"
1022               + index + "' not in range [0.."
1023               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
1024     }
1025
1026     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList
1027             .get(index);
1028   }
1029
1030   /**
1031    * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.
1032    * <p>
1033    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
1034    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
1035    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
1036    *
1037    * @return this collection as an Array
1038    */
1039   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()
1040   {
1041     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
1042     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList
1043             .toArray(array);
1044   }
1045
1046   /**
1047    * Method getHiddenColumnsCount.
1048    *
1049    * @return the size of this collection
1050    */
1051   public int getHiddenColumnsCount()
1052   {
1053     return this._hiddenColumnsList.size();
1054   }
1055
1056   /**
1057    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
1058    * description: unique id used by jalview to synchronize between stored and
1059    * instantiated views
1060    *
1061    *
1062    * @return the value of field 'Id'.
1063    */
1064   public java.lang.String getId()
1065   {
1066     return this._id;
1067   }
1068
1069   /**
1070    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1071    *
1072    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1073    */
1074   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
1075   {
1076     return this._ignoreGapsinConsensus;
1077   }
1078
1079   /**
1080    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1081    *
1082    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1083    */
1084   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
1085   {
1086     return this._normaliseSequenceLogo;
1087   }
1088
1089   /**
1090    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1091    *
1092    * @return the value of field 'PidSelected'.
1093    */
1094   public boolean getPidSelected()
1095   {
1096     return this._pidSelected;
1097   }
1098
1099   /**
1100    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
1101    *
1102    * @return the value of field 'PidThreshold'.
1103    */
1104   public int getPidThreshold()
1105   {
1106     return this._pidThreshold;
1107   }
1108
1109   /**
1110    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1111    *
1112    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1113    */
1114   public boolean getRenderGaps()
1115   {
1116     return this._renderGaps;
1117   }
1118
1119   /**
1120    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1121    *
1122    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1123    */
1124   public boolean getRightAlignIds()
1125   {
1126     return this._rightAlignIds;
1127   }
1128
1129   /**
1130    * Returns the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
1131    *
1132    * @return the value of field 'ScaleProteinAsCdna'.
1133    */
1134   public boolean getScaleProteinAsCdna()
1135   {
1136     return this._scaleProteinAsCdna;
1137   }
1138
1139   /**
1140    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
1141    *
1142    * @return the value of field 'SequenceSetId'.
1143    */
1144   public java.lang.String getSequenceSetId()
1145   {
1146     return this._sequenceSetId;
1147   }
1148
1149   /**
1150    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1151    *
1152    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1153    */
1154   public boolean getShowAnnotation()
1155   {
1156     return this._showAnnotation;
1157   }
1158
1159   /**
1160    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1161    *
1162    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1163    */
1164   public boolean getShowBoxes()
1165   {
1166     return this._showBoxes;
1167   }
1168
1169   /**
1170    * Returns the value of field 'showColourText'.
1171    *
1172    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1173    */
1174   public boolean getShowColourText()
1175   {
1176     return this._showColourText;
1177   }
1178
1179   /**
1180    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1181    *
1182    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1183    */
1184   public boolean getShowConsensusHistogram()
1185   {
1186     return this._showConsensusHistogram;
1187   }
1188
1189   /**
1190    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1191    *
1192    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1193    */
1194   public boolean getShowDbRefTooltip()
1195   {
1196     return this._showDbRefTooltip;
1197   }
1198
1199   /**
1200    * Returns the value of field 'showFullId'.
1201    *
1202    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1203    */
1204   public boolean getShowFullId()
1205   {
1206     return this._showFullId;
1207   }
1208
1209   /**
1210    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1211    *
1212    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1213    */
1214   public boolean getShowGroupConsensus()
1215   {
1216     return this._showGroupConsensus;
1217   }
1218
1219   /**
1220    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1221    *
1222    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1223    */
1224   public boolean getShowGroupConservation()
1225   {
1226     return this._showGroupConservation;
1227   }
1228
1229   /**
1230    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1231    *
1232    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1233    */
1234   public boolean getShowNPfeatureTooltip()
1235   {
1236     return this._showNPfeatureTooltip;
1237   }
1238
1239   /**
1240    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1241    *
1242    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1243    */
1244   public boolean getShowSequenceFeatures()
1245   {
1246     return this._showSequenceFeatures;
1247   }
1248
1249   /**
1250    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1251    *
1252    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1253    */
1254   public boolean getShowSequenceLogo()
1255   {
1256     return this._showSequenceLogo;
1257   }
1258
1259   /**
1260    * Returns the value of field 'showText'.
1261    *
1262    * @return the value of field 'ShowText'.
1263    */
1264   public boolean getShowText()
1265   {
1266     return this._showText;
1267   }
1268
1269   /**
1270    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1271    *
1272    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1273    */
1274   public boolean getShowUnconserved()
1275   {
1276     return this._showUnconserved;
1277   }
1278
1279   /**
1280    * Returns the value of field 'startRes'.
1281    *
1282    * @return the value of field 'StartRes'.
1283    */
1284   public int getStartRes()
1285   {
1286     return this._startRes;
1287   }
1288
1289   /**
1290    * Returns the value of field 'startSeq'.
1291    *
1292    * @return the value of field 'StartSeq'.
1293    */
1294   public int getStartSeq()
1295   {
1296     return this._startSeq;
1297   }
1298
1299   /**
1300    * Returns the value of field 'textCol1'.
1301    *
1302    * @return the value of field 'TextCol1'.
1303    */
1304   public int getTextCol1()
1305   {
1306     return this._textCol1;
1307   }
1308
1309   /**
1310    * Returns the value of field 'textCol2'.
1311    *
1312    * @return the value of field 'TextCol2'.
1313    */
1314   public int getTextCol2()
1315   {
1316     return this._textCol2;
1317   }
1318
1319   /**
1320    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1321    *
1322    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1323    */
1324   public int getTextColThreshold()
1325   {
1326     return this._textColThreshold;
1327   }
1328
1329   /**
1330    * Returns the value of field 'title'.
1331    *
1332    * @return the value of field 'Title'.
1333    */
1334   public java.lang.String getTitle()
1335   {
1336     return this._title;
1337   }
1338
1339   /**
1340    * Returns the value of field 'viewName'.
1341    *
1342    * @return the value of field 'ViewName'.
1343    */
1344   public java.lang.String getViewName()
1345   {
1346     return this._viewName;
1347   }
1348
1349   /**
1350    * Returns the value of field 'width'.
1351    *
1352    * @return the value of field 'Width'.
1353    */
1354   public int getWidth()
1355   {
1356     return this._width;
1357   }
1358
1359   /**
1360    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1361    *
1362    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1363    */
1364   public boolean getWrapAlignment()
1365   {
1366     return this._wrapAlignment;
1367   }
1368
1369   /**
1370    * Returns the value of field 'xpos'.
1371    *
1372    * @return the value of field 'Xpos'.
1373    */
1374   public int getXpos()
1375   {
1376     return this._xpos;
1377   }
1378
1379   /**
1380    * Returns the value of field 'ypos'.
1381    *
1382    * @return the value of field 'Ypos'.
1383    */
1384   public int getYpos()
1385   {
1386     return this._ypos;
1387   }
1388
1389   /**
1390    * Method hasCentreColumnLabels.
1391    *
1392    * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1393    */
1394   public boolean hasCentreColumnLabels()
1395   {
1396     return this._has_centreColumnLabels;
1397   }
1398
1399   /**
1400    * Method hasConsThreshold.
1401    *
1402    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1403    */
1404   public boolean hasConsThreshold()
1405   {
1406     return this._has_consThreshold;
1407   }
1408
1409   /**
1410    * Method hasConservationSelected.
1411    *
1412    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
1413    */
1414   public boolean hasConservationSelected()
1415   {
1416     return this._has_conservationSelected;
1417   }
1418
1419   /**
1420    * Method hasFollowHighlight.
1421    *
1422    * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1423    */
1424   public boolean hasFollowHighlight()
1425   {
1426     return this._has_followHighlight;
1427   }
1428
1429   /**
1430    * Method hasFollowSelection.
1431    *
1432    * @return true if at least one FollowSelection has been added
1433    */
1434   public boolean hasFollowSelection()
1435   {
1436     return this._has_followSelection;
1437   }
1438
1439   /**
1440    * Method hasFontSize.
1441    *
1442    * @return true if at least one FontSize has been added
1443    */
1444   public boolean hasFontSize()
1445   {
1446     return this._has_fontSize;
1447   }
1448
1449   /**
1450    * Method hasFontStyle.
1451    *
1452    * @return true if at least one FontStyle has been added
1453    */
1454   public boolean hasFontStyle()
1455   {
1456     return this._has_fontStyle;
1457   }
1458
1459   /**
1460    * Method hasGatheredViews.
1461    *
1462    * @return true if at least one GatheredViews has been added
1463    */
1464   public boolean hasGatheredViews()
1465   {
1466     return this._has_gatheredViews;
1467   }
1468
1469   /**
1470    * Method hasHeight.
1471    *
1472    * @return true if at least one Height has been added
1473    */
1474   public boolean hasHeight()
1475   {
1476     return this._has_height;
1477   }
1478
1479   /**
1480    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1481    *
1482    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
1483    */
1484   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
1485   {
1486     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1487   }
1488
1489   /**
1490    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
1491    *
1492    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
1493    */
1494   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
1495   {
1496     return this._has_normaliseSequenceLogo;
1497   }
1498
1499   /**
1500    * Method hasPidSelected.
1501    *
1502    * @return true if at least one PidSelected has been added
1503    */
1504   public boolean hasPidSelected()
1505   {
1506     return this._has_pidSelected;
1507   }
1508
1509   /**
1510    * Method hasPidThreshold.
1511    *
1512    * @return true if at least one PidThreshold has been added
1513    */
1514   public boolean hasPidThreshold()
1515   {
1516     return this._has_pidThreshold;
1517   }
1518
1519   /**
1520    * Method hasRenderGaps.
1521    *
1522    * @return true if at least one RenderGaps has been added
1523    */
1524   public boolean hasRenderGaps()
1525   {
1526     return this._has_renderGaps;
1527   }
1528
1529   /**
1530    * Method hasRightAlignIds.
1531    *
1532    * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1533    */
1534   public boolean hasRightAlignIds()
1535   {
1536     return this._has_rightAlignIds;
1537   }
1538
1539   /**
1540    * Method hasScaleProteinAsCdna.
1541    *
1542    * @return true if at least one ScaleProteinAsCdna has been adde
1543    */
1544   public boolean hasScaleProteinAsCdna()
1545   {
1546     return this._has_scaleProteinAsCdna;
1547   }
1548
1549   /**
1550    * Method hasShowAnnotation.
1551    *
1552    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1553    */
1554   public boolean hasShowAnnotation()
1555   {
1556     return this._has_showAnnotation;
1557   }
1558
1559   /**
1560    * Method hasShowBoxes.
1561    *
1562    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1563    */
1564   public boolean hasShowBoxes()
1565   {
1566     return this._has_showBoxes;
1567   }
1568
1569   /**
1570    * Method hasShowColourText.
1571    *
1572    * @return true if at least one ShowColourText has been added
1573    */
1574   public boolean hasShowColourText()
1575   {
1576     return this._has_showColourText;
1577   }
1578
1579   /**
1580    * Method hasShowConsensusHistogram.
1581    *
1582    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
1583    */
1584   public boolean hasShowConsensusHistogram()
1585   {
1586     return this._has_showConsensusHistogram;
1587   }
1588
1589   /**
1590    * Method hasShowDbRefTooltip.
1591    *
1592    * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1593    */
1594   public boolean hasShowDbRefTooltip()
1595   {
1596     return this._has_showDbRefTooltip;
1597   }
1598
1599   /**
1600    * Method hasShowFullId.
1601    *
1602    * @return true if at least one ShowFullId has been added
1603    */
1604   public boolean hasShowFullId()
1605   {
1606     return this._has_showFullId;
1607   }
1608
1609   /**
1610    * Method hasShowGroupConsensus.
1611    *
1612    * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1613    */
1614   public boolean hasShowGroupConsensus()
1615   {
1616     return this._has_showGroupConsensus;
1617   }
1618
1619   /**
1620    * Method hasShowGroupConservation.
1621    *
1622    * @return true if at least one ShowGroupConservation has been added
1623    */
1624   public boolean hasShowGroupConservation()
1625   {
1626     return this._has_showGroupConservation;
1627   }
1628
1629   /**
1630    * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1631    *
1632    * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been added
1633    */
1634   public boolean hasShowNPfeatureTooltip()
1635   {
1636     return this._has_showNPfeatureTooltip;
1637   }
1638
1639   /**
1640    * Method hasShowSequenceFeatures.
1641    *
1642    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
1643    */
1644   public boolean hasShowSequenceFeatures()
1645   {
1646     return this._has_showSequenceFeatures;
1647   }
1648
1649   /**
1650    * Method hasShowSequenceLogo.
1651    *
1652    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1653    */
1654   public boolean hasShowSequenceLogo()
1655   {
1656     return this._has_showSequenceLogo;
1657   }
1658
1659   /**
1660    * Method hasShowText.
1661    *
1662    * @return true if at least one ShowText has been added
1663    */
1664   public boolean hasShowText()
1665   {
1666     return this._has_showText;
1667   }
1668
1669   /**
1670    * Method hasShowUnconserved.
1671    *
1672    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1673    */
1674   public boolean hasShowUnconserved()
1675   {
1676     return this._has_showUnconserved;
1677   }
1678
1679   /**
1680    * Method hasStartRes.
1681    *
1682    * @return true if at least one StartRes has been added
1683    */
1684   public boolean hasStartRes()
1685   {
1686     return this._has_startRes;
1687   }
1688
1689   /**
1690    * Method hasStartSeq.
1691    *
1692    * @return true if at least one StartSeq has been added
1693    */
1694   public boolean hasStartSeq()
1695   {
1696     return this._has_startSeq;
1697   }
1698
1699   /**
1700    * Method hasTextCol1.
1701    *
1702    * @return true if at least one TextCol1 has been added
1703    */
1704   public boolean hasTextCol1()
1705   {
1706     return this._has_textCol1;
1707   }
1708
1709   /**
1710    * Method hasTextCol2.
1711    *
1712    * @return true if at least one TextCol2 has been added
1713    */
1714   public boolean hasTextCol2()
1715   {
1716     return this._has_textCol2;
1717   }
1718
1719   /**
1720    * Method hasTextColThreshold.
1721    *
1722    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1723    */
1724   public boolean hasTextColThreshold()
1725   {
1726     return this._has_textColThreshold;
1727   }
1728
1729   /**
1730    * Method hasWidth.
1731    *
1732    * @return true if at least one Width has been added
1733    */
1734   public boolean hasWidth()
1735   {
1736     return this._has_width;
1737   }
1738
1739   /**
1740    * Method hasWrapAlignment.
1741    *
1742    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1743    */
1744   public boolean hasWrapAlignment()
1745   {
1746     return this._has_wrapAlignment;
1747   }
1748
1749   /**
1750    * Method hasXpos.
1751    *
1752    * @return true if at least one Xpos has been added
1753    */
1754   public boolean hasXpos()
1755   {
1756     return this._has_xpos;
1757   }
1758
1759   /**
1760    * Method hasYpos.
1761    *
1762    * @return true if at least one Ypos has been added
1763    */
1764   public boolean hasYpos()
1765   {
1766     return this._has_ypos;
1767   }
1768
1769   /**
1770    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1771    *
1772    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1773    */
1774   public boolean isCentreColumnLabels()
1775   {
1776     return this._centreColumnLabels;
1777   }
1778
1779   /**
1780    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1781    *
1782    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1783    */
1784   public boolean isConservationSelected()
1785   {
1786     return this._conservationSelected;
1787   }
1788
1789   /**
1790    * Returns the value of field 'followHighlight'.
1791    *
1792    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1793    */
1794   public boolean isFollowHighlight()
1795   {
1796     return this._followHighlight;
1797   }
1798
1799   /**
1800    * Returns the value of field 'followSelection'.
1801    *
1802    * @return the value of field 'FollowSelection'.
1803    */
1804   public boolean isFollowSelection()
1805   {
1806     return this._followSelection;
1807   }
1808
1809   /**
1810    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1811    *
1812    * @return the value of field 'GatheredViews'.
1813    */
1814   public boolean isGatheredViews()
1815   {
1816     return this._gatheredViews;
1817   }
1818
1819   /**
1820    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1821    *
1822    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1823    */
1824   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1825   {
1826     return this._ignoreGapsinConsensus;
1827   }
1828
1829   /**
1830    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1831    *
1832    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1833    */
1834   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1835   {
1836     return this._normaliseSequenceLogo;
1837   }
1838
1839   /**
1840    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1841    *
1842    * @return the value of field 'PidSelected'.
1843    */
1844   public boolean isPidSelected()
1845   {
1846     return this._pidSelected;
1847   }
1848
1849   /**
1850    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1851    *
1852    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1853    */
1854   public boolean isRenderGaps()
1855   {
1856     return this._renderGaps;
1857   }
1858
1859   /**
1860    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1861    *
1862    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1863    */
1864   public boolean isRightAlignIds()
1865   {
1866     return this._rightAlignIds;
1867   }
1868
1869   /**
1870    * Returns the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
1871    *
1872    * @return the value of field 'ScaleProteinAsCdna'.
1873    */
1874   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1875   {
1876     return this._scaleProteinAsCdna;
1877   }
1878
1879   /**
1880    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1881    *
1882    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1883    */
1884   public boolean isShowAnnotation()
1885   {
1886     return this._showAnnotation;
1887   }
1888
1889   /**
1890    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1891    *
1892    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1893    */
1894   public boolean isShowBoxes()
1895   {
1896     return this._showBoxes;
1897   }
1898
1899   /**
1900    * Returns the value of field 'showColourText'.
1901    *
1902    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1903    */
1904   public boolean isShowColourText()
1905   {
1906     return this._showColourText;
1907   }
1908
1909   /**
1910    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1911    *
1912    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1913    */
1914   public boolean isShowConsensusHistogram()
1915   {
1916     return this._showConsensusHistogram;
1917   }
1918
1919   /**
1920    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1921    *
1922    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1923    */
1924   public boolean isShowDbRefTooltip()
1925   {
1926     return this._showDbRefTooltip;
1927   }
1928
1929   /**
1930    * Returns the value of field 'showFullId'.
1931    *
1932    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1933    */
1934   public boolean isShowFullId()
1935   {
1936     return this._showFullId;
1937   }
1938
1939   /**
1940    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1941    *
1942    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1943    */
1944   public boolean isShowGroupConsensus()
1945   {
1946     return this._showGroupConsensus;
1947   }
1948
1949   /**
1950    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1951    *
1952    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1953    */
1954   public boolean isShowGroupConservation()
1955   {
1956     return this._showGroupConservation;
1957   }
1958
1959   /**
1960    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1961    *
1962    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1963    */
1964   public boolean isShowNPfeatureTooltip()
1965   {
1966     return this._showNPfeatureTooltip;
1967   }
1968
1969   /**
1970    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1971    *
1972    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1973    */
1974   public boolean isShowSequenceFeatures()
1975   {
1976     return this._showSequenceFeatures;
1977   }
1978
1979   /**
1980    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1981    *
1982    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1983    */
1984   public boolean isShowSequenceLogo()
1985   {
1986     return this._showSequenceLogo;
1987   }
1988
1989   /**
1990    * Returns the value of field 'showText'.
1991    *
1992    * @return the value of field 'ShowText'.
1993    */
1994   public boolean isShowText()
1995   {
1996     return this._showText;
1997   }
1998
1999   /**
2000    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
2001    *
2002    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
2003    */
2004   public boolean isShowUnconserved()
2005   {
2006     return this._showUnconserved;
2007   }
2008
2009   /**
2010    * Method isValid.
2011    *
2012    * @return true if this object is valid according to the schema
2013    */
2014   public boolean isValid()
2015   {
2016     try
2017     {
2018       validate();
2019     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
2020     {
2021       return false;
2022     }
2023     return true;
2024   }
2025
2026   /**
2027    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
2028    *
2029    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
2030    */
2031   public boolean isWrapAlignment()
2032   {
2033     return this._wrapAlignment;
2034   }
2035
2036   /**
2037    *
2038    *
2039    * @param out
2040    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2041    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2042    *           marshaling
2043    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2044    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2045    */
2046   public void marshal(final java.io.Writer out)
2047           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2048           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2049   {
2050     Marshaller.marshal(this, out);
2051   }
2052
2053   /**
2054    *
2055    *
2056    * @param handler
2057    * @throws java.io.IOException
2058    *           if an IOException occurs during marshaling
2059    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2060    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2061    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2062    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2063    *           marshaling
2064    */
2065   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
2066           throws java.io.IOException,
2067           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2068           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2069   {
2070     Marshaller.marshal(this, handler);
2071   }
2072
2073   /**
2074      */
2075   public void removeAllCalcIdParam()
2076   {
2077     this._calcIdParamList.clear();
2078   }
2079
2080   /**
2081      */
2082   public void removeAllHiddenColumns()
2083   {
2084     this._hiddenColumnsList.clear();
2085   }
2086
2087   /**
2088    * Method removeCalcIdParam.
2089    *
2090    * @param vCalcIdParam
2091    * @return true if the object was removed from the collection.
2092    */
2093   public boolean removeCalcIdParam(
2094           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2095   {
2096     boolean removed = _calcIdParamList.remove(vCalcIdParam);
2097     return removed;
2098   }
2099
2100   /**
2101    * Method removeCalcIdParamAt.
2102    *
2103    * @param index
2104    * @return the element removed from the collection
2105    */
2106   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam removeCalcIdParamAt(
2107           final int index)
2108   {
2109     java.lang.Object obj = this._calcIdParamList.remove(index);
2110     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) obj;
2111   }
2112
2113   /**
2114    * Method removeHiddenColumns.
2115    *
2116    * @param vHiddenColumns
2117    * @return true if the object was removed from the collection.
2118    */
2119   public boolean removeHiddenColumns(
2120           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2121   {
2122     boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
2123     return removed;
2124   }
2125
2126   /**
2127    * Method removeHiddenColumnsAt.
2128    *
2129    * @param index
2130    * @return the element removed from the collection
2131    */
2132   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
2133           final int index)
2134   {
2135     java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
2136     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
2137   }
2138
2139   /**
2140    * Sets the value of field 'annotationColours'.
2141    *
2142    * @param annotationColours
2143    *          the value of field 'annotationColours'.
2144    */
2145   public void setAnnotationColours(
2146           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
2147   {
2148     this._annotationColours = annotationColours;
2149   }
2150
2151   /**
2152    * Sets the value of field 'bgColour'.
2153    *
2154    * @param bgColour
2155    *          the value of field 'bgColour'.
2156    */
2157   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
2158   {
2159     this._bgColour = bgColour;
2160   }
2161
2162   /**
2163    *
2164    *
2165    * @param index
2166    * @param vCalcIdParam
2167    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2168    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2169    */
2170   public void setCalcIdParam(final int index,
2171           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2172           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2173   {
2174     // check bounds for index
2175     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
2176     {
2177       throw new IndexOutOfBoundsException("setCalcIdParam: Index value '"
2178               + index + "' not in range [0.."
2179               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
2180     }
2181
2182     this._calcIdParamList.set(index, vCalcIdParam);
2183   }
2184
2185   /**
2186    *
2187    *
2188    * @param vCalcIdParamArray
2189    */
2190   public void setCalcIdParam(
2191           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] vCalcIdParamArray)
2192   {
2193     // -- copy array
2194     _calcIdParamList.clear();
2195
2196     for (int i = 0; i < vCalcIdParamArray.length; i++)
2197     {
2198       this._calcIdParamList.add(vCalcIdParamArray[i]);
2199     }
2200   }
2201
2202   /**
2203    * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
2204    *
2205    * @param centreColumnLabels
2206    *          the value of field 'centreColumnLabels'.
2207    */
2208   public void setCentreColumnLabels(final boolean centreColumnLabels)
2209   {
2210     this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
2211     this._has_centreColumnLabels = true;
2212   }
2213
2214   /**
2215    * Sets the value of field 'complementId'. The field 'complementId' has the
2216    * following description: The viewport id of this viewport's (cdna/protein)
2217    * coding complement, if any
2218    *
2219    *
2220    * @param complementId
2221    *          the value of field 'complementId'.
2222    */
2223   public void setComplementId(final java.lang.String complementId)
2224   {
2225     this._complementId = complementId;
2226   }
2227
2228   /**
2229    * Sets the value of field 'consThreshold'.
2230    *
2231    * @param consThreshold
2232    *          the value of field 'consThreshold'.
2233    */
2234   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
2235   {
2236     this._consThreshold = consThreshold;
2237     this._has_consThreshold = true;
2238   }
2239
2240   /**
2241    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
2242    *
2243    * @param conservationSelected
2244    *          the value of field 'conservationSelected'.
2245    */
2246   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
2247   {
2248     this._conservationSelected = conservationSelected;
2249     this._has_conservationSelected = true;
2250   }
2251
2252   /**
2253    * Sets the value of field 'followHighlight'.
2254    *
2255    * @param followHighlight
2256    *          the value of field 'followHighlight'.
2257    */
2258   public void setFollowHighlight(final boolean followHighlight)
2259   {
2260     this._followHighlight = followHighlight;
2261     this._has_followHighlight = true;
2262   }
2263
2264   /**
2265    * Sets the value of field 'followSelection'.
2266    *
2267    * @param followSelection
2268    *          the value of field 'followSelection'.
2269    */
2270   public void setFollowSelection(final boolean followSelection)
2271   {
2272     this._followSelection = followSelection;
2273     this._has_followSelection = true;
2274   }
2275
2276   /**
2277    * Sets the value of field 'fontName'.
2278    *
2279    * @param fontName
2280    *          the value of field 'fontName'.
2281    */
2282   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
2283   {
2284     this._fontName = fontName;
2285   }
2286
2287   /**
2288    * Sets the value of field 'fontSize'.
2289    *
2290    * @param fontSize
2291    *          the value of field 'fontSize'.
2292    */
2293   public void setFontSize(final int fontSize)
2294   {
2295     this._fontSize = fontSize;
2296     this._has_fontSize = true;
2297   }
2298
2299   /**
2300    * Sets the value of field 'fontStyle'.
2301    *
2302    * @param fontStyle
2303    *          the value of field 'fontStyle'.
2304    */
2305   public void setFontStyle(final int fontStyle)
2306   {
2307     this._fontStyle = fontStyle;
2308     this._has_fontStyle = true;
2309   }
2310
2311   /**
2312    * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2313    *
2314    * @param gatheredViews
2315    *          the value of field 'gatheredViews'.
2316    */
2317   public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)
2318   {
2319     this._gatheredViews = gatheredViews;
2320     this._has_gatheredViews = true;
2321   }
2322
2323   /**
2324    * Sets the value of field 'height'.
2325    *
2326    * @param height
2327    *          the value of field 'height'.
2328    */
2329   public void setHeight(final int height)
2330   {
2331     this._height = height;
2332     this._has_height = true;
2333   }
2334
2335   /**
2336    *
2337    *
2338    * @param index
2339    * @param vHiddenColumns
2340    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2341    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2342    */
2343   public void setHiddenColumns(final int index,
2344           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2345           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2346   {
2347     // check bounds for index
2348     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
2349     {
2350       throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"
2351               + index + "' not in range [0.."
2352               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2353     }
2354
2355     this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2356   }
2357
2358   /**
2359    *
2360    *
2361    * @param vHiddenColumnsArray
2362    */
2363   public void setHiddenColumns(
2364           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)
2365   {
2366     // -- copy array
2367     _hiddenColumnsList.clear();
2368
2369     for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)
2370     {
2371       this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2372     }
2373   }
2374
2375   /**
2376    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
2377    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
2378    * views
2379    *
2380    *
2381    * @param id
2382    *          the value of field 'id'.
2383    */
2384   public void setId(final java.lang.String id)
2385   {
2386     this._id = id;
2387   }
2388
2389   /**
2390    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2391    *
2392    * @param ignoreGapsinConsensus
2393    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2394    */
2395   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
2396   {
2397     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2398     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2399   }
2400
2401   /**
2402    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2403    *
2404    * @param normaliseSequenceLogo
2405    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2406    */
2407   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
2408   {
2409     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
2410     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
2411   }
2412
2413   /**
2414    * Sets the value of field 'pidSelected'.
2415    *
2416    * @param pidSelected
2417    *          the value of field 'pidSelected'.
2418    */
2419   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
2420   {
2421     this._pidSelected = pidSelected;
2422     this._has_pidSelected = true;
2423   }
2424
2425   /**
2426    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2427    *
2428    * @param pidThreshold
2429    *          the value of field 'pidThreshold'.
2430    */
2431   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
2432   {
2433     this._pidThreshold = pidThreshold;
2434     this._has_pidThreshold = true;
2435   }
2436
2437   /**
2438    * Sets the value of field 'renderGaps'.
2439    *
2440    * @param renderGaps
2441    *          the value of field 'renderGaps'.
2442    */
2443   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
2444   {
2445     this._renderGaps = renderGaps;
2446     this._has_renderGaps = true;
2447   }
2448
2449   /**
2450    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2451    *
2452    * @param rightAlignIds
2453    *          the value of field 'rightAlignIds'.
2454    */
2455   public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)
2456   {
2457     this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2458     this._has_rightAlignIds = true;
2459   }
2460
2461   /**
2462    * Sets the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
2463    *
2464    * @param scaleProteinAsCdna
2465    *          the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
2466    */
2467   public void setScaleProteinAsCdna(final boolean scaleProteinAsCdna)
2468   {
2469     this._scaleProteinAsCdna = scaleProteinAsCdna;
2470     this._has_scaleProteinAsCdna = true;
2471   }
2472
2473   /**
2474    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2475    *
2476    * @param sequenceSetId
2477    *          the value of field 'sequenceSetId'.
2478    */
2479   public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)
2480   {
2481     this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2482   }
2483
2484   /**
2485    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2486    *
2487    * @param showAnnotation
2488    *          the value of field 'showAnnotation'.
2489    */
2490   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
2491   {
2492     this._showAnnotation = showAnnotation;
2493     this._has_showAnnotation = true;
2494   }
2495
2496   /**
2497    * Sets the value of field 'showBoxes'.
2498    *
2499    * @param showBoxes
2500    *          the value of field 'showBoxes'.
2501    */
2502   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
2503   {
2504     this._showBoxes = showBoxes;
2505     this._has_showBoxes = true;
2506   }
2507
2508   /**
2509    * Sets the value of field 'showColourText'.
2510    *
2511    * @param showColourText
2512    *          the value of field 'showColourText'.
2513    */
2514   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
2515   {
2516     this._showColourText = showColourText;
2517     this._has_showColourText = true;
2518   }
2519
2520   /**
2521    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2522    *
2523    * @param showConsensusHistogram
2524    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
2525    */
2526   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
2527   {
2528     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2529     this._has_showConsensusHistogram = true;
2530   }
2531
2532   /**
2533    * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2534    *
2535    * @param showDbRefTooltip
2536    *          the value of field 'showDbRefTooltip'
2537    */
2538   public void setShowDbRefTooltip(final boolean showDbRefTooltip)
2539   {
2540     this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2541     this._has_showDbRefTooltip = true;
2542   }
2543
2544   /**
2545    * Sets the value of field 'showFullId'.
2546    *
2547    * @param showFullId
2548    *          the value of field 'showFullId'.
2549    */
2550   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
2551   {
2552     this._showFullId = showFullId;
2553     this._has_showFullId = true;
2554   }
2555
2556   /**
2557    * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2558    *
2559    * @param showGroupConsensus
2560    *          the value of field 'showGroupConsensus'.
2561    */
2562   public void setShowGroupConsensus(final boolean showGroupConsensus)
2563   {
2564     this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2565     this._has_showGroupConsensus = true;
2566   }
2567
2568   /**
2569    * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2570    *
2571    * @param showGroupConservation
2572    *          the value of field 'showGroupConservation'.
2573    */
2574   public void setShowGroupConservation(final boolean showGroupConservation)
2575   {
2576     this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2577     this._has_showGroupConservation = true;
2578   }
2579
2580   /**
2581    * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2582    *
2583    * @param showNPfeatureTooltip
2584    *          the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2585    */
2586   public void setShowNPfeatureTooltip(final boolean showNPfeatureTooltip)
2587   {
2588     this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2589     this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2590   }
2591
2592   /**
2593    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2594    *
2595    * @param showSequenceFeatures
2596    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
2597    */
2598   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
2599   {
2600     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2601     this._has_showSequenceFeatures = true;
2602   }
2603
2604   /**
2605    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2606    *
2607    * @param showSequenceLogo
2608    *          the value of field 'showSequenceLogo'
2609    */
2610   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
2611   {
2612     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2613     this._has_showSequenceLogo = true;
2614   }
2615
2616   /**
2617    * Sets the value of field 'showText'.
2618    *
2619    * @param showText
2620    *          the value of field 'showText'.
2621    */
2622   public void setShowText(final boolean showText)
2623   {
2624     this._showText = showText;
2625     this._has_showText = true;
2626   }
2627
2628   /**
2629    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2630    *
2631    * @param showUnconserved
2632    *          the value of field 'showUnconserved'.
2633    */
2634   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
2635   {
2636     this._showUnconserved = showUnconserved;
2637     this._has_showUnconserved = true;
2638   }
2639
2640   /**
2641    * Sets the value of field 'startRes'.
2642    *
2643    * @param startRes
2644    *          the value of field 'startRes'.
2645    */
2646   public void setStartRes(final int startRes)
2647   {
2648     this._startRes = startRes;
2649     this._has_startRes = true;
2650   }
2651
2652   /**
2653    * Sets the value of field 'startSeq'.
2654    *
2655    * @param startSeq
2656    *          the value of field 'startSeq'.
2657    */
2658   public void setStartSeq(final int startSeq)
2659   {
2660     this._startSeq = startSeq;
2661     this._has_startSeq = true;
2662   }
2663
2664   /**
2665    * Sets the value of field 'textCol1'.
2666    *
2667    * @param textCol1
2668    *          the value of field 'textCol1'.
2669    */
2670   public void setTextCol1(final int textCol1)
2671   {
2672     this._textCol1 = textCol1;
2673     this._has_textCol1 = true;
2674   }
2675
2676   /**
2677    * Sets the value of field 'textCol2'.
2678    *
2679    * @param textCol2
2680    *          the value of field 'textCol2'.
2681    */
2682   public void setTextCol2(final int textCol2)
2683   {
2684     this._textCol2 = textCol2;
2685     this._has_textCol2 = true;
2686   }
2687
2688   /**
2689    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2690    *
2691    * @param textColThreshold
2692    *          the value of field 'textColThreshold'
2693    */
2694   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
2695   {
2696     this._textColThreshold = textColThreshold;
2697     this._has_textColThreshold = true;
2698   }
2699
2700   /**
2701    * Sets the value of field 'title'.
2702    *
2703    * @param title
2704    *          the value of field 'title'.
2705    */
2706   public void setTitle(final java.lang.String title)
2707   {
2708     this._title = title;
2709   }
2710
2711   /**
2712    * Sets the value of field 'viewName'.
2713    *
2714    * @param viewName
2715    *          the value of field 'viewName'.
2716    */
2717   public void setViewName(final java.lang.String viewName)
2718   {
2719     this._viewName = viewName;
2720   }
2721
2722   /**
2723    * Sets the value of field 'width'.
2724    *
2725    * @param width
2726    *          the value of field 'width'.
2727    */
2728   public void setWidth(final int width)
2729   {
2730     this._width = width;
2731     this._has_width = true;
2732   }
2733
2734   /**
2735    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2736    *
2737    * @param wrapAlignment
2738    *          the value of field 'wrapAlignment'.
2739    */
2740   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
2741   {
2742     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2743     this._has_wrapAlignment = true;
2744   }
2745
2746   /**
2747    * Sets the value of field 'xpos'.
2748    *
2749    * @param xpos
2750    *          the value of field 'xpos'.
2751    */
2752   public void setXpos(final int xpos)
2753   {
2754     this._xpos = xpos;
2755     this._has_xpos = true;
2756   }
2757
2758   /**
2759    * Sets the value of field 'ypos'.
2760    *
2761    * @param ypos
2762    *          the value of field 'ypos'.
2763    */
2764   public void setYpos(final int ypos)
2765   {
2766     this._ypos = ypos;
2767     this._has_ypos = true;
2768   }
2769
2770   /**
2771    * Method unmarshal.
2772    *
2773    * @param reader
2774    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2775    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2776    *           marshaling
2777    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2778    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2779    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport
2780    */
2781   public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2782           final java.io.Reader reader)
2783           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2784           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2785   {
2786     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller
2787             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,
2788                     reader);
2789   }
2790
2791   /**
2792    *
2793    *
2794    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2795    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2796    */
2797   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2798   {
2799     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2800     validator.validate(this);
2801   }
2802
2803 }