src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class Viewport.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class Viewport implements java.io.Serializable\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _conservationSelected.\r
  41    */\r
  42   private boolean _conservationSelected;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  46    */\r
  47   private boolean _has_conservationSelected;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _pidSelected.\r
  51    */\r
  52   private boolean _pidSelected;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  56    */\r
  57   private boolean _has_pidSelected;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Field _bgColour.\r
  61    */\r
  62   private java.lang.String _bgColour;\r
  63 \r
  64   /**\r
  65    * Field _consThreshold.\r
  66    */\r
  67   private int _consThreshold;\r
  68 \r
  69   /**\r
  70    * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  71    */\r
  72   private boolean _has_consThreshold;\r
  73 \r
  74   /**\r
  75    * Field _pidThreshold.\r
  76    */\r
  77   private int _pidThreshold;\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  81    */\r
  82   private boolean _has_pidThreshold;\r
  83 \r
  84   /**\r
  85    * Field _title.\r
  86    */\r
  87   private java.lang.String _title;\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * Field _showFullId.\r
  91    */\r
  92   private boolean _showFullId;\r
  93 \r
  94   /**\r
  95    * keeps track of state for field: _showFullId\r
  96    */\r
  97   private boolean _has_showFullId;\r
  98 \r
  99   /**\r
 100    * Field _rightAlignIds.\r
 101    */\r
 102   private boolean _rightAlignIds;\r
 103 \r
 104   /**\r
 105    * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
 106    */\r
 107   private boolean _has_rightAlignIds;\r
 108 \r
 109   /**\r
 110    * Field _showText.\r
 111    */\r
 112   private boolean _showText;\r
 113 \r
 114   /**\r
 115    * keeps track of state for field: _showText\r
 116    */\r
 117   private boolean _has_showText;\r
 118 \r
 119   /**\r
 120    * Field _showColourText.\r
 121    */\r
 122   private boolean _showColourText;\r
 123 \r
 124   /**\r
 125    * keeps track of state for field: _showColourText\r
 126    */\r
 127   private boolean _has_showColourText;\r
 128 \r
 129   /**\r
 130    * Field _showUnconserved.\r
 131    */\r
 132   private boolean _showUnconserved = false;\r
 133 \r
 134   /**\r
 135    * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 136    */\r
 137   private boolean _has_showUnconserved;\r
 138 \r
 139   /**\r
 140    * Field _showBoxes.\r
 141    */\r
 142   private boolean _showBoxes;\r
 143 \r
 144   /**\r
 145    * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 146    */\r
 147   private boolean _has_showBoxes;\r
 148 \r
 149   /**\r
 150    * Field _wrapAlignment.\r
 151    */\r
 152   private boolean _wrapAlignment;\r
 153 \r
 154   /**\r
 155    * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 156    */\r
 157   private boolean _has_wrapAlignment;\r
 158 \r
 159   /**\r
 160    * Field _renderGaps.\r
 161    */\r
 162   private boolean _renderGaps;\r
 163 \r
 164   /**\r
 165    * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 166    */\r
 167   private boolean _has_renderGaps;\r
 168 \r
 169   /**\r
 170    * Field _showSequenceFeatures.\r
 171    */\r
 172   private boolean _showSequenceFeatures;\r
 173 \r
 174   /**\r
 175    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 176    */\r
 177   private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 178 \r
 179   /**\r
 180    * Field _showNPfeatureTooltip.\r
 181    */\r
 182   private boolean _showNPfeatureTooltip;\r
 183 \r
 184   /**\r
 185    * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip\r
 186    */\r
 187   private boolean _has_showNPfeatureTooltip;\r
 188 \r
 189   /**\r
 190    * Field _showDbRefTooltip.\r
 191    */\r
 192   private boolean _showDbRefTooltip;\r
 193 \r
 194   /**\r
 195    * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip\r
 196    */\r
 197   private boolean _has_showDbRefTooltip;\r
 198 \r
 199   /**\r
 200    * Field _followHighlight.\r
 201    */\r
 202   private boolean _followHighlight = true;\r
 203 \r
 204   /**\r
 205    * keeps track of state for field: _followHighlight\r
 206    */\r
 207   private boolean _has_followHighlight;\r
 208 \r
 209   /**\r
 210    * Field _followSelection.\r
 211    */\r
 212   private boolean _followSelection = true;\r
 213 \r
 214   /**\r
 215    * keeps track of state for field: _followSelection\r
 216    */\r
 217   private boolean _has_followSelection;\r
 218 \r
 219   /**\r
 220    * Field _showAnnotation.\r
 221    */\r
 222   private boolean _showAnnotation;\r
 223 \r
 224   /**\r
 225    * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 226    */\r
 227   private boolean _has_showAnnotation;\r
 228 \r
 229   /**\r
 230    * Field _centreColumnLabels.\r
 231    */\r
 232   private boolean _centreColumnLabels = false;\r
 233 \r
 234   /**\r
 235    * keeps track of state for field: _centreColumnLabels\r
 236    */\r
 237   private boolean _has_centreColumnLabels;\r
 238 \r
 239   /**\r
 240    * Field _showGroupConservation.\r
 241    */\r
 242   private boolean _showGroupConservation = false;\r
 243 \r
 244   /**\r
 245    * keeps track of state for field: _showGroupConservation\r
 246    */\r
 247   private boolean _has_showGroupConservation;\r
 248 \r
 249   /**\r
 250    * Field _showGroupConsensus.\r
 251    */\r
 252   private boolean _showGroupConsensus = false;\r
 253 \r
 254   /**\r
 255    * keeps track of state for field: _showGroupConsensus\r
 256    */\r
 257   private boolean _has_showGroupConsensus;\r
 258 \r
 259   /**\r
 260    * Field _showConsensusHistogram.\r
 261    */\r
 262   private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
 263 \r
 264   /**\r
 265    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
 266    */\r
 267   private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    * Field _showSequenceLogo.\r
 271    */\r
 272   private boolean _showSequenceLogo = false;\r
 273 \r
 274   /**\r
 275    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
 276    */\r
 277   private boolean _has_showSequenceLogo;\r
 278 \r
 279   /**\r
 280    * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
 281    */\r
 282   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
 283 \r
 284   /**\r
 285    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
 286    */\r
 287   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
 288 \r
 289   /**\r
 290    * Field _xpos.\r
 291    */\r
 292   private int _xpos;\r
 293 \r
 294   /**\r
 295    * keeps track of state for field: _xpos\r
 296    */\r
 297   private boolean _has_xpos;\r
 298 \r
 299   /**\r
 300    * Field _ypos.\r
 301    */\r
 302   private int _ypos;\r
 303 \r
 304   /**\r
 305    * keeps track of state for field: _ypos\r
 306    */\r
 307   private boolean _has_ypos;\r
 308 \r
 309   /**\r
 310    * Field _width.\r
 311    */\r
 312   private int _width;\r
 313 \r
 314   /**\r
 315    * keeps track of state for field: _width\r
 316    */\r
 317   private boolean _has_width;\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * Field _height.\r
 321    */\r
 322   private int _height;\r
 323 \r
 324   /**\r
 325    * keeps track of state for field: _height\r
 326    */\r
 327   private boolean _has_height;\r
 328 \r
 329   /**\r
 330    * Field _startRes.\r
 331    */\r
 332   private int _startRes;\r
 333 \r
 334   /**\r
 335    * keeps track of state for field: _startRes\r
 336    */\r
 337   private boolean _has_startRes;\r
 338 \r
 339   /**\r
 340    * Field _startSeq.\r
 341    */\r
 342   private int _startSeq;\r
 343 \r
 344   /**\r
 345    * keeps track of state for field: _startSeq\r
 346    */\r
 347   private boolean _has_startSeq;\r
 348 \r
 349   /**\r
 350    * Field _fontName.\r
 351    */\r
 352   private java.lang.String _fontName;\r
 353 \r
 354   /**\r
 355    * Field _fontSize.\r
 356    */\r
 357   private int _fontSize;\r
 358 \r
 359   /**\r
 360    * keeps track of state for field: _fontSize\r
 361    */\r
 362   private boolean _has_fontSize;\r
 363 \r
 364   /**\r
 365    * Field _fontStyle.\r
 366    */\r
 367   private int _fontStyle;\r
 368 \r
 369   /**\r
 370    * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 371    */\r
 372   private boolean _has_fontStyle;\r
 373 \r
 374   /**\r
 375    * Field _viewName.\r
 376    */\r
 377   private java.lang.String _viewName;\r
 378 \r
 379   /**\r
 380    * Field _sequenceSetId.\r
 381    */\r
 382   private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 383 \r
 384   /**\r
 385    * Field _gatheredViews.\r
 386    */\r
 387   private boolean _gatheredViews;\r
 388 \r
 389   /**\r
 390    * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 391    */\r
 392   private boolean _has_gatheredViews;\r
 393 \r
 394   /**\r
 395    * Field _textCol1.\r
 396    */\r
 397   private int _textCol1;\r
 398 \r
 399   /**\r
 400    * keeps track of state for field: _textCol1\r
 401    */\r
 402   private boolean _has_textCol1;\r
 403 \r
 404   /**\r
 405    * Field _textCol2.\r
 406    */\r
 407   private int _textCol2;\r
 408 \r
 409   /**\r
 410    * keeps track of state for field: _textCol2\r
 411    */\r
 412   private boolean _has_textCol2;\r
 413 \r
 414   /**\r
 415    * Field _textColThreshold.\r
 416    */\r
 417   private int _textColThreshold;\r
 418 \r
 419   /**\r
 420    * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 421    */\r
 422   private boolean _has_textColThreshold;\r
 423 \r
 424   /**\r
 425    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated\r
 426    * views\r
 427    * \r
 428    */\r
 429   private java.lang.String _id;\r
 430 \r
 431   /**\r
 432    * Field _annotationColours.\r
 433    */\r
 434   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 435 \r
 436   /**\r
 437    * Field _hiddenColumnsList.\r
 438    */\r
 439   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 440 \r
 441   // ----------------/\r
 442   // - Constructors -/\r
 443   // ----------------/\r
 444 \r
 445   public Viewport()\r
 446   {\r
 447     super();\r
 448     this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 449   }\r
 450 \r
 451   // -----------/\r
 452   // - Methods -/\r
 453   // -----------/\r
 454 \r
 455   /**\r
 456    * \r
 457    * \r
 458    * @param vHiddenColumns\r
 459    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 460    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 461    */\r
 462   public void addHiddenColumns(\r
 463           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 464           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 465   {\r
 466     this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 467   }\r
 468 \r
 469   /**\r
 470    * \r
 471    * \r
 472    * @param index\r
 473    * @param vHiddenColumns\r
 474    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 475    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 476    */\r
 477   public void addHiddenColumns(final int index,\r
 478           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 479           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 480   {\r
 481     this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 482   }\r
 483 \r
 484   /**\r
 485      */\r
 486   public void deleteCentreColumnLabels()\r
 487   {\r
 488     this._has_centreColumnLabels = false;\r
 489   }\r
 490 \r
 491   /**\r
 492      */\r
 493   public void deleteConsThreshold()\r
 494   {\r
 495     this._has_consThreshold = false;\r
 496   }\r
 497 \r
 498   /**\r
 499      */\r
 500   public void deleteConservationSelected()\r
 501   {\r
 502     this._has_conservationSelected = false;\r
 503   }\r
 504 \r
 505   /**\r
 506      */\r
 507   public void deleteFollowHighlight()\r
 508   {\r
 509     this._has_followHighlight = false;\r
 510   }\r
 511 \r
 512   /**\r
 513      */\r
 514   public void deleteFollowSelection()\r
 515   {\r
 516     this._has_followSelection = false;\r
 517   }\r
 518 \r
 519   /**\r
 520      */\r
 521   public void deleteFontSize()\r
 522   {\r
 523     this._has_fontSize = false;\r
 524   }\r
 525 \r
 526   /**\r
 527      */\r
 528   public void deleteFontStyle()\r
 529   {\r
 530     this._has_fontStyle = false;\r
 531   }\r
 532 \r
 533   /**\r
 534      */\r
 535   public void deleteGatheredViews()\r
 536   {\r
 537     this._has_gatheredViews = false;\r
 538   }\r
 539 \r
 540   /**\r
 541      */\r
 542   public void deleteHeight()\r
 543   {\r
 544     this._has_height = false;\r
 545   }\r
 546 \r
 547   /**\r
 548      */\r
 549   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()\r
 550   {\r
 551     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;\r
 552   }\r
 553 \r
 554   /**\r
 555      */\r
 556   public void deletePidSelected()\r
 557   {\r
 558     this._has_pidSelected = false;\r
 559   }\r
 560 \r
 561   /**\r
 562      */\r
 563   public void deletePidThreshold()\r
 564   {\r
 565     this._has_pidThreshold = false;\r
 566   }\r
 567 \r
 568   /**\r
 569      */\r
 570   public void deleteRenderGaps()\r
 571   {\r
 572     this._has_renderGaps = false;\r
 573   }\r
 574 \r
 575   /**\r
 576      */\r
 577   public void deleteRightAlignIds()\r
 578   {\r
 579     this._has_rightAlignIds = false;\r
 580   }\r
 581 \r
 582   /**\r
 583      */\r
 584   public void deleteShowAnnotation()\r
 585   {\r
 586     this._has_showAnnotation = false;\r
 587   }\r
 588 \r
 589   /**\r
 590      */\r
 591   public void deleteShowBoxes()\r
 592   {\r
 593     this._has_showBoxes = false;\r
 594   }\r
 595 \r
 596   /**\r
 597      */\r
 598   public void deleteShowColourText()\r
 599   {\r
 600     this._has_showColourText = false;\r
 601   }\r
 602 \r
 603   /**\r
 604      */\r
 605   public void deleteShowConsensusHistogram()\r
 606   {\r
 607     this._has_showConsensusHistogram = false;\r
 608   }\r
 609 \r
 610   /**\r
 611      */\r
 612   public void deleteShowDbRefTooltip()\r
 613   {\r
 614     this._has_showDbRefTooltip = false;\r
 615   }\r
 616 \r
 617   /**\r
 618      */\r
 619   public void deleteShowFullId()\r
 620   {\r
 621     this._has_showFullId = false;\r
 622   }\r
 623 \r
 624   /**\r
 625      */\r
 626   public void deleteShowGroupConsensus()\r
 627   {\r
 628     this._has_showGroupConsensus = false;\r
 629   }\r
 630 \r
 631   /**\r
 632      */\r
 633   public void deleteShowGroupConservation()\r
 634   {\r
 635     this._has_showGroupConservation = false;\r
 636   }\r
 637 \r
 638   /**\r
 639      */\r
 640   public void deleteShowNPfeatureTooltip()\r
 641   {\r
 642     this._has_showNPfeatureTooltip = false;\r
 643   }\r
 644 \r
 645   /**\r
 646      */\r
 647   public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 648   {\r
 649     this._has_showSequenceFeatures = false;\r
 650   }\r
 651 \r
 652   /**\r
 653      */\r
 654   public void deleteShowSequenceLogo()\r
 655   {\r
 656     this._has_showSequenceLogo = false;\r
 657   }\r
 658 \r
 659   /**\r
 660      */\r
 661   public void deleteShowText()\r
 662   {\r
 663     this._has_showText = false;\r
 664   }\r
 665 \r
 666   /**\r
 667      */\r
 668   public void deleteShowUnconserved()\r
 669   {\r
 670     this._has_showUnconserved = false;\r
 671   }\r
 672 \r
 673   /**\r
 674      */\r
 675   public void deleteStartRes()\r
 676   {\r
 677     this._has_startRes = false;\r
 678   }\r
 679 \r
 680   /**\r
 681      */\r
 682   public void deleteStartSeq()\r
 683   {\r
 684     this._has_startSeq = false;\r
 685   }\r
 686 \r
 687   /**\r
 688      */\r
 689   public void deleteTextCol1()\r
 690   {\r
 691     this._has_textCol1 = false;\r
 692   }\r
 693 \r
 694   /**\r
 695      */\r
 696   public void deleteTextCol2()\r
 697   {\r
 698     this._has_textCol2 = false;\r
 699   }\r
 700 \r
 701   /**\r
 702      */\r
 703   public void deleteTextColThreshold()\r
 704   {\r
 705     this._has_textColThreshold = false;\r
 706   }\r
 707 \r
 708   /**\r
 709      */\r
 710   public void deleteWidth()\r
 711   {\r
 712     this._has_width = false;\r
 713   }\r
 714 \r
 715   /**\r
 716      */\r
 717   public void deleteWrapAlignment()\r
 718   {\r
 719     this._has_wrapAlignment = false;\r
 720   }\r
 721 \r
 722   /**\r
 723      */\r
 724   public void deleteXpos()\r
 725   {\r
 726     this._has_xpos = false;\r
 727   }\r
 728 \r
 729   /**\r
 730      */\r
 731   public void deleteYpos()\r
 732   {\r
 733     this._has_ypos = false;\r
 734   }\r
 735 \r
 736   /**\r
 737    * Method enumerateHiddenColumns.\r
 738    * \r
 739    * @return an Enumeration over all\r
 740    *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 741    */\r
 742   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 743   {\r
 744     return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 745   }\r
 746 \r
 747   /**\r
 748    * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 749    * \r
 750    * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 751    */\r
 752   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 753   {\r
 754     return this._annotationColours;\r
 755   }\r
 756 \r
 757   /**\r
 758    * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 759    * \r
 760    * @return the value of field 'BgColour'.\r
 761    */\r
 762   public java.lang.String getBgColour()\r
 763   {\r
 764     return this._bgColour;\r
 765   }\r
 766 \r
 767   /**\r
 768    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
 769    * \r
 770    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
 771    */\r
 772   public boolean getCentreColumnLabels()\r
 773   {\r
 774     return this._centreColumnLabels;\r
 775   }\r
 776 \r
 777   /**\r
 778    * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 779    * \r
 780    * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 781    */\r
 782   public int getConsThreshold()\r
 783   {\r
 784     return this._consThreshold;\r
 785   }\r
 786 \r
 787   /**\r
 788    * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 789    * \r
 790    * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 791    */\r
 792   public boolean getConservationSelected()\r
 793   {\r
 794     return this._conservationSelected;\r
 795   }\r
 796 \r
 797   /**\r
 798    * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
 799    * \r
 800    * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
 801    */\r
 802   public boolean getFollowHighlight()\r
 803   {\r
 804     return this._followHighlight;\r
 805   }\r
 806 \r
 807   /**\r
 808    * Returns the value of field 'followSelection'.\r
 809    * \r
 810    * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
 811    */\r
 812   public boolean getFollowSelection()\r
 813   {\r
 814     return this._followSelection;\r
 815   }\r
 816 \r
 817   /**\r
 818    * Returns the value of field 'fontName'.\r
 819    * \r
 820    * @return the value of field 'FontName'.\r
 821    */\r
 822   public java.lang.String getFontName()\r
 823   {\r
 824     return this._fontName;\r
 825   }\r
 826 \r
 827   /**\r
 828    * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 829    * \r
 830    * @return the value of field 'FontSize'.\r
 831    */\r
 832   public int getFontSize()\r
 833   {\r
 834     return this._fontSize;\r
 835   }\r
 836 \r
 837   /**\r
 838    * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 839    * \r
 840    * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 841    */\r
 842   public int getFontStyle()\r
 843   {\r
 844     return this._fontStyle;\r
 845   }\r
 846 \r
 847   /**\r
 848    * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 849    * \r
 850    * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 851    */\r
 852   public boolean getGatheredViews()\r
 853   {\r
 854     return this._gatheredViews;\r
 855   }\r
 856 \r
 857   /**\r
 858    * Returns the value of field 'height'.\r
 859    * \r
 860    * @return the value of field 'Height'.\r
 861    */\r
 862   public int getHeight()\r
 863   {\r
 864     return this._height;\r
 865   }\r
 866 \r
 867   /**\r
 868    * Method getHiddenColumns.\r
 869    * \r
 870    * @param index\r
 871    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 872    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
 873    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at\r
 874    *         the given index\r
 875    */\r
 876   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 877           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 878   {\r
 879     // check bounds for index\r
 880     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())\r
 881     {\r
 882       throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"\r
 883               + index + "' not in range [0.."\r
 884               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 885     }\r
 886 \r
 887     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList\r
 888             .get(index);\r
 889   }\r
 890 \r
 891   /**\r
 892    * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.\r
 893    * <p>\r
 894    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 895    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 896    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 897    * \r
 898    * @return this collection as an Array\r
 899    */\r
 900   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 901   {\r
 902     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 903     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList\r
 904             .toArray(array);\r
 905   }\r
 906 \r
 907   /**\r
 908    * Method getHiddenColumnsCount.\r
 909    * \r
 910    * @return the size of this collection\r
 911    */\r
 912   public int getHiddenColumnsCount()\r
 913   {\r
 914     return this._hiddenColumnsList.size();\r
 915   }\r
 916 \r
 917   /**\r
 918    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following\r
 919    * description: unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
 920    * instantiated views\r
 921    * \r
 922    * \r
 923    * @return the value of field 'Id'.\r
 924    */\r
 925   public java.lang.String getId()\r
 926   {\r
 927     return this._id;\r
 928   }\r
 929 \r
 930   /**\r
 931    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 932    * \r
 933    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 934    */\r
 935   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()\r
 936   {\r
 937     return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 938   }\r
 939 \r
 940   /**\r
 941    * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 942    * \r
 943    * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 944    */\r
 945   public boolean getPidSelected()\r
 946   {\r
 947     return this._pidSelected;\r
 948   }\r
 949 \r
 950   /**\r
 951    * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 952    * \r
 953    * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 954    */\r
 955   public int getPidThreshold()\r
 956   {\r
 957     return this._pidThreshold;\r
 958   }\r
 959 \r
 960   /**\r
 961    * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 962    * \r
 963    * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 964    */\r
 965   public boolean getRenderGaps()\r
 966   {\r
 967     return this._renderGaps;\r
 968   }\r
 969 \r
 970   /**\r
 971    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 972    * \r
 973    * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 974    */\r
 975   public boolean getRightAlignIds()\r
 976   {\r
 977     return this._rightAlignIds;\r
 978   }\r
 979 \r
 980   /**\r
 981    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 982    * \r
 983    * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 984    */\r
 985   public java.lang.String getSequenceSetId()\r
 986   {\r
 987     return this._sequenceSetId;\r
 988   }\r
 989 \r
 990   /**\r
 991    * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 992    * \r
 993    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 994    */\r
 995   public boolean getShowAnnotation()\r
 996   {\r
 997     return this._showAnnotation;\r
 998   }\r
 999 \r
1000   /**\r
1001    * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1002    * \r
1003    * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1004    */\r
1005   public boolean getShowBoxes()\r
1006   {\r
1007     return this._showBoxes;\r
1008   }\r
1009 \r
1010   /**\r
1011    * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1012    * \r
1013    * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1014    */\r
1015   public boolean getShowColourText()\r
1016   {\r
1017     return this._showColourText;\r
1018   }\r
1019 \r
1020   /**\r
1021    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1022    * \r
1023    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1024    */\r
1025   public boolean getShowConsensusHistogram()\r
1026   {\r
1027     return this._showConsensusHistogram;\r
1028   }\r
1029 \r
1030   /**\r
1031    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1032    * \r
1033    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1034    */\r
1035   public boolean getShowDbRefTooltip()\r
1036   {\r
1037     return this._showDbRefTooltip;\r
1038   }\r
1039 \r
1040   /**\r
1041    * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1042    * \r
1043    * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1044    */\r
1045   public boolean getShowFullId()\r
1046   {\r
1047     return this._showFullId;\r
1048   }\r
1049 \r
1050   /**\r
1051    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1052    * \r
1053    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1054    */\r
1055   public boolean getShowGroupConsensus()\r
1056   {\r
1057     return this._showGroupConsensus;\r
1058   }\r
1059 \r
1060   /**\r
1061    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1062    * \r
1063    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1064    */\r
1065   public boolean getShowGroupConservation()\r
1066   {\r
1067     return this._showGroupConservation;\r
1068   }\r
1069 \r
1070   /**\r
1071    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1072    * \r
1073    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1074    */\r
1075   public boolean getShowNPfeatureTooltip()\r
1076   {\r
1077     return this._showNPfeatureTooltip;\r
1078   }\r
1079 \r
1080   /**\r
1081    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1082    * \r
1083    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1084    */\r
1085   public boolean getShowSequenceFeatures()\r
1086   {\r
1087     return this._showSequenceFeatures;\r
1088   }\r
1089 \r
1090   /**\r
1091    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1092    * \r
1093    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
1094    */\r
1095   public boolean getShowSequenceLogo()\r
1096   {\r
1097     return this._showSequenceLogo;\r
1098   }\r
1099 \r
1100   /**\r
1101    * Returns the value of field 'showText'.\r
1102    * \r
1103    * @return the value of field 'ShowText'.\r
1104    */\r
1105   public boolean getShowText()\r
1106   {\r
1107     return this._showText;\r
1108   }\r
1109 \r
1110   /**\r
1111    * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1112    * \r
1113    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1114    */\r
1115   public boolean getShowUnconserved()\r
1116   {\r
1117     return this._showUnconserved;\r
1118   }\r
1119 \r
1120   /**\r
1121    * Returns the value of field 'startRes'.\r
1122    * \r
1123    * @return the value of field 'StartRes'.\r
1124    */\r
1125   public int getStartRes()\r
1126   {\r
1127     return this._startRes;\r
1128   }\r
1129 \r
1130   /**\r
1131    * Returns the value of field 'startSeq'.\r
1132    * \r
1133    * @return the value of field 'StartSeq'.\r
1134    */\r
1135   public int getStartSeq()\r
1136   {\r
1137     return this._startSeq;\r
1138   }\r
1139 \r
1140   /**\r
1141    * Returns the value of field 'textCol1'.\r
1142    * \r
1143    * @return the value of field 'TextCol1'.\r
1144    */\r
1145   public int getTextCol1()\r
1146   {\r
1147     return this._textCol1;\r
1148   }\r
1149 \r
1150   /**\r
1151    * Returns the value of field 'textCol2'.\r
1152    * \r
1153    * @return the value of field 'TextCol2'.\r
1154    */\r
1155   public int getTextCol2()\r
1156   {\r
1157     return this._textCol2;\r
1158   }\r
1159 \r
1160   /**\r
1161    * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
1162    * \r
1163    * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
1164    */\r
1165   public int getTextColThreshold()\r
1166   {\r
1167     return this._textColThreshold;\r
1168   }\r
1169 \r
1170   /**\r
1171    * Returns the value of field 'title'.\r
1172    * \r
1173    * @return the value of field 'Title'.\r
1174    */\r
1175   public java.lang.String getTitle()\r
1176   {\r
1177     return this._title;\r
1178   }\r
1179 \r
1180   /**\r
1181    * Returns the value of field 'viewName'.\r
1182    * \r
1183    * @return the value of field 'ViewName'.\r
1184    */\r
1185   public java.lang.String getViewName()\r
1186   {\r
1187     return this._viewName;\r
1188   }\r
1189 \r
1190   /**\r
1191    * Returns the value of field 'width'.\r
1192    * \r
1193    * @return the value of field 'Width'.\r
1194    */\r
1195   public int getWidth()\r
1196   {\r
1197     return this._width;\r
1198   }\r
1199 \r
1200   /**\r
1201    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1202    * \r
1203    * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1204    */\r
1205   public boolean getWrapAlignment()\r
1206   {\r
1207     return this._wrapAlignment;\r
1208   }\r
1209 \r
1210   /**\r
1211    * Returns the value of field 'xpos'.\r
1212    * \r
1213    * @return the value of field 'Xpos'.\r
1214    */\r
1215   public int getXpos()\r
1216   {\r
1217     return this._xpos;\r
1218   }\r
1219 \r
1220   /**\r
1221    * Returns the value of field 'ypos'.\r
1222    * \r
1223    * @return the value of field 'Ypos'.\r
1224    */\r
1225   public int getYpos()\r
1226   {\r
1227     return this._ypos;\r
1228   }\r
1229 \r
1230   /**\r
1231    * Method hasCentreColumnLabels.\r
1232    * \r
1233    * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde\r
1234    */\r
1235   public boolean hasCentreColumnLabels()\r
1236   {\r
1237     return this._has_centreColumnLabels;\r
1238   }\r
1239 \r
1240   /**\r
1241    * Method hasConsThreshold.\r
1242    * \r
1243    * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
1244    */\r
1245   public boolean hasConsThreshold()\r
1246   {\r
1247     return this._has_consThreshold;\r
1248   }\r
1249 \r
1250   /**\r
1251    * Method hasConservationSelected.\r
1252    * \r
1253    * @return true if at least one ConservationSelected has been added\r
1254    */\r
1255   public boolean hasConservationSelected()\r
1256   {\r
1257     return this._has_conservationSelected;\r
1258   }\r
1259 \r
1260   /**\r
1261    * Method hasFollowHighlight.\r
1262    * \r
1263    * @return true if at least one FollowHighlight has been added\r
1264    */\r
1265   public boolean hasFollowHighlight()\r
1266   {\r
1267     return this._has_followHighlight;\r
1268   }\r
1269 \r
1270   /**\r
1271    * Method hasFollowSelection.\r
1272    * \r
1273    * @return true if at least one FollowSelection has been added\r
1274    */\r
1275   public boolean hasFollowSelection()\r
1276   {\r
1277     return this._has_followSelection;\r
1278   }\r
1279 \r
1280   /**\r
1281    * Method hasFontSize.\r
1282    * \r
1283    * @return true if at least one FontSize has been added\r
1284    */\r
1285   public boolean hasFontSize()\r
1286   {\r
1287     return this._has_fontSize;\r
1288   }\r
1289 \r
1290   /**\r
1291    * Method hasFontStyle.\r
1292    * \r
1293    * @return true if at least one FontStyle has been added\r
1294    */\r
1295   public boolean hasFontStyle()\r
1296   {\r
1297     return this._has_fontStyle;\r
1298   }\r
1299 \r
1300   /**\r
1301    * Method hasGatheredViews.\r
1302    * \r
1303    * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
1304    */\r
1305   public boolean hasGatheredViews()\r
1306   {\r
1307     return this._has_gatheredViews;\r
1308   }\r
1309 \r
1310   /**\r
1311    * Method hasHeight.\r
1312    * \r
1313    * @return true if at least one Height has been added\r
1314    */\r
1315   public boolean hasHeight()\r
1316   {\r
1317     return this._has_height;\r
1318   }\r
1319 \r
1320   /**\r
1321    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
1322    * \r
1323    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added\r
1324    */\r
1325   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()\r
1326   {\r
1327     return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
1328   }\r
1329 \r
1330   /**\r
1331    * Method hasPidSelected.\r
1332    * \r
1333    * @return true if at least one PidSelected has been added\r
1334    */\r
1335   public boolean hasPidSelected()\r
1336   {\r
1337     return this._has_pidSelected;\r
1338   }\r
1339 \r
1340   /**\r
1341    * Method hasPidThreshold.\r
1342    * \r
1343    * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
1344    */\r
1345   public boolean hasPidThreshold()\r
1346   {\r
1347     return this._has_pidThreshold;\r
1348   }\r
1349 \r
1350   /**\r
1351    * Method hasRenderGaps.\r
1352    * \r
1353    * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
1354    */\r
1355   public boolean hasRenderGaps()\r
1356   {\r
1357     return this._has_renderGaps;\r
1358   }\r
1359 \r
1360   /**\r
1361    * Method hasRightAlignIds.\r
1362    * \r
1363    * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1364    */\r
1365   public boolean hasRightAlignIds()\r
1366   {\r
1367     return this._has_rightAlignIds;\r
1368   }\r
1369 \r
1370   /**\r
1371    * Method hasShowAnnotation.\r
1372    * \r
1373    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1374    */\r
1375   public boolean hasShowAnnotation()\r
1376   {\r
1377     return this._has_showAnnotation;\r
1378   }\r
1379 \r
1380   /**\r
1381    * Method hasShowBoxes.\r
1382    * \r
1383    * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1384    */\r
1385   public boolean hasShowBoxes()\r
1386   {\r
1387     return this._has_showBoxes;\r
1388   }\r
1389 \r
1390   /**\r
1391    * Method hasShowColourText.\r
1392    * \r
1393    * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1394    */\r
1395   public boolean hasShowColourText()\r
1396   {\r
1397     return this._has_showColourText;\r
1398   }\r
1399 \r
1400   /**\r
1401    * Method hasShowConsensusHistogram.\r
1402    * \r
1403    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added\r
1404    */\r
1405   public boolean hasShowConsensusHistogram()\r
1406   {\r
1407     return this._has_showConsensusHistogram;\r
1408   }\r
1409 \r
1410   /**\r
1411    * Method hasShowDbRefTooltip.\r
1412    * \r
1413    * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added\r
1414    */\r
1415   public boolean hasShowDbRefTooltip()\r
1416   {\r
1417     return this._has_showDbRefTooltip;\r
1418   }\r
1419 \r
1420   /**\r
1421    * Method hasShowFullId.\r
1422    * \r
1423    * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1424    */\r
1425   public boolean hasShowFullId()\r
1426   {\r
1427     return this._has_showFullId;\r
1428   }\r
1429 \r
1430   /**\r
1431    * Method hasShowGroupConsensus.\r
1432    * \r
1433    * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde\r
1434    */\r
1435   public boolean hasShowGroupConsensus()\r
1436   {\r
1437     return this._has_showGroupConsensus;\r
1438   }\r
1439 \r
1440   /**\r
1441    * Method hasShowGroupConservation.\r
1442    * \r
1443    * @return true if at least one ShowGroupConservation has been added\r
1444    */\r
1445   public boolean hasShowGroupConservation()\r
1446   {\r
1447     return this._has_showGroupConservation;\r
1448   }\r
1449 \r
1450   /**\r
1451    * Method hasShowNPfeatureTooltip.\r
1452    * \r
1453    * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been added\r
1454    */\r
1455   public boolean hasShowNPfeatureTooltip()\r
1456   {\r
1457     return this._has_showNPfeatureTooltip;\r
1458   }\r
1459 \r
1460   /**\r
1461    * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1462    * \r
1463    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added\r
1464    */\r
1465   public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1466   {\r
1467     return this._has_showSequenceFeatures;\r
1468   }\r
1469 \r
1470   /**\r
1471    * Method hasShowSequenceLogo.\r
1472    * \r
1473    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
1474    */\r
1475   public boolean hasShowSequenceLogo()\r
1476   {\r
1477     return this._has_showSequenceLogo;\r
1478   }\r
1479 \r
1480   /**\r
1481    * Method hasShowText.\r
1482    * \r
1483    * @return true if at least one ShowText has been added\r
1484    */\r
1485   public boolean hasShowText()\r
1486   {\r
1487     return this._has_showText;\r
1488   }\r
1489 \r
1490   /**\r
1491    * Method hasShowUnconserved.\r
1492    * \r
1493    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
1494    */\r
1495   public boolean hasShowUnconserved()\r
1496   {\r
1497     return this._has_showUnconserved;\r
1498   }\r
1499 \r
1500   /**\r
1501    * Method hasStartRes.\r
1502    * \r
1503    * @return true if at least one StartRes has been added\r
1504    */\r
1505   public boolean hasStartRes()\r
1506   {\r
1507     return this._has_startRes;\r
1508   }\r
1509 \r
1510   /**\r
1511    * Method hasStartSeq.\r
1512    * \r
1513    * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1514    */\r
1515   public boolean hasStartSeq()\r
1516   {\r
1517     return this._has_startSeq;\r
1518   }\r
1519 \r
1520   /**\r
1521    * Method hasTextCol1.\r
1522    * \r
1523    * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1524    */\r
1525   public boolean hasTextCol1()\r
1526   {\r
1527     return this._has_textCol1;\r
1528   }\r
1529 \r
1530   /**\r
1531    * Method hasTextCol2.\r
1532    * \r
1533    * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1534    */\r
1535   public boolean hasTextCol2()\r
1536   {\r
1537     return this._has_textCol2;\r
1538   }\r
1539 \r
1540   /**\r
1541    * Method hasTextColThreshold.\r
1542    * \r
1543    * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1544    */\r
1545   public boolean hasTextColThreshold()\r
1546   {\r
1547     return this._has_textColThreshold;\r
1548   }\r
1549 \r
1550   /**\r
1551    * Method hasWidth.\r
1552    * \r
1553    * @return true if at least one Width has been added\r
1554    */\r
1555   public boolean hasWidth()\r
1556   {\r
1557     return this._has_width;\r
1558   }\r
1559 \r
1560   /**\r
1561    * Method hasWrapAlignment.\r
1562    * \r
1563    * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1564    */\r
1565   public boolean hasWrapAlignment()\r
1566   {\r
1567     return this._has_wrapAlignment;\r
1568   }\r
1569 \r
1570   /**\r
1571    * Method hasXpos.\r
1572    * \r
1573    * @return true if at least one Xpos has been added\r
1574    */\r
1575   public boolean hasXpos()\r
1576   {\r
1577     return this._has_xpos;\r
1578   }\r
1579 \r
1580   /**\r
1581    * Method hasYpos.\r
1582    * \r
1583    * @return true if at least one Ypos has been added\r
1584    */\r
1585   public boolean hasYpos()\r
1586   {\r
1587     return this._has_ypos;\r
1588   }\r
1589 \r
1590   /**\r
1591    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1592    * \r
1593    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
1594    */\r
1595   public boolean isCentreColumnLabels()\r
1596   {\r
1597     return this._centreColumnLabels;\r
1598   }\r
1599 \r
1600   /**\r
1601    * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1602    * \r
1603    * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1604    */\r
1605   public boolean isConservationSelected()\r
1606   {\r
1607     return this._conservationSelected;\r
1608   }\r
1609 \r
1610   /**\r
1611    * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
1612    * \r
1613    * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
1614    */\r
1615   public boolean isFollowHighlight()\r
1616   {\r
1617     return this._followHighlight;\r
1618   }\r
1619 \r
1620   /**\r
1621    * Returns the value of field 'followSelection'.\r
1622    * \r
1623    * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
1624    */\r
1625   public boolean isFollowSelection()\r
1626   {\r
1627     return this._followSelection;\r
1628   }\r
1629 \r
1630   /**\r
1631    * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1632    * \r
1633    * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1634    */\r
1635   public boolean isGatheredViews()\r
1636   {\r
1637     return this._gatheredViews;\r
1638   }\r
1639 \r
1640   /**\r
1641    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
1642    * \r
1643    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
1644    */\r
1645   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()\r
1646   {\r
1647     return this._ignoreGapsinConsensus;\r
1648   }\r
1649 \r
1650   /**\r
1651    * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1652    * \r
1653    * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1654    */\r
1655   public boolean isPidSelected()\r
1656   {\r
1657     return this._pidSelected;\r
1658   }\r
1659 \r
1660   /**\r
1661    * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1662    * \r
1663    * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1664    */\r
1665   public boolean isRenderGaps()\r
1666   {\r
1667     return this._renderGaps;\r
1668   }\r
1669 \r
1670   /**\r
1671    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1672    * \r
1673    * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1674    */\r
1675   public boolean isRightAlignIds()\r
1676   {\r
1677     return this._rightAlignIds;\r
1678   }\r
1679 \r
1680   /**\r
1681    * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1682    * \r
1683    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1684    */\r
1685   public boolean isShowAnnotation()\r
1686   {\r
1687     return this._showAnnotation;\r
1688   }\r
1689 \r
1690   /**\r
1691    * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1692    * \r
1693    * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1694    */\r
1695   public boolean isShowBoxes()\r
1696   {\r
1697     return this._showBoxes;\r
1698   }\r
1699 \r
1700   /**\r
1701    * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1702    * \r
1703    * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1704    */\r
1705   public boolean isShowColourText()\r
1706   {\r
1707     return this._showColourText;\r
1708   }\r
1709 \r
1710   /**\r
1711    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1712    * \r
1713    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1714    */\r
1715   public boolean isShowConsensusHistogram()\r
1716   {\r
1717     return this._showConsensusHistogram;\r
1718   }\r
1719 \r
1720   /**\r
1721    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1722    * \r
1723    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1724    */\r
1725   public boolean isShowDbRefTooltip()\r
1726   {\r
1727     return this._showDbRefTooltip;\r
1728   }\r
1729 \r
1730   /**\r
1731    * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1732    * \r
1733    * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1734    */\r
1735   public boolean isShowFullId()\r
1736   {\r
1737     return this._showFullId;\r
1738   }\r
1739 \r
1740   /**\r
1741    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1742    * \r
1743    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1744    */\r
1745   public boolean isShowGroupConsensus()\r
1746   {\r
1747     return this._showGroupConsensus;\r
1748   }\r
1749 \r
1750   /**\r
1751    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1752    * \r
1753    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1754    */\r
1755   public boolean isShowGroupConservation()\r
1756   {\r
1757     return this._showGroupConservation;\r
1758   }\r
1759 \r
1760   /**\r
1761    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1762    * \r
1763    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1764    */\r
1765   public boolean isShowNPfeatureTooltip()\r
1766   {\r
1767     return this._showNPfeatureTooltip;\r
1768   }\r
1769 \r
1770   /**\r
1771    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1772    * \r
1773    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1774    */\r
1775   public boolean isShowSequenceFeatures()\r
1776   {\r
1777     return this._showSequenceFeatures;\r
1778   }\r
1779 \r
1780   /**\r
1781    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1782    * \r
1783    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
1784    */\r
1785   public boolean isShowSequenceLogo()\r
1786   {\r
1787     return this._showSequenceLogo;\r
1788   }\r
1789 \r
1790   /**\r
1791    * Returns the value of field 'showText'.\r
1792    * \r
1793    * @return the value of field 'ShowText'.\r
1794    */\r
1795   public boolean isShowText()\r
1796   {\r
1797     return this._showText;\r
1798   }\r
1799 \r
1800   /**\r
1801    * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1802    * \r
1803    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1804    */\r
1805   public boolean isShowUnconserved()\r
1806   {\r
1807     return this._showUnconserved;\r
1808   }\r
1809 \r
1810   /**\r
1811    * Method isValid.\r
1812    * \r
1813    * @return true if this object is valid according to the schema\r
1814    */\r
1815   public boolean isValid()\r
1816   {\r
1817     try\r
1818     {\r
1819       validate();\r
1820     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
1821     {\r
1822       return false;\r
1823     }\r
1824     return true;\r
1825   }\r
1826 \r
1827   /**\r
1828    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1829    * \r
1830    * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1831    */\r
1832   public boolean isWrapAlignment()\r
1833   {\r
1834     return this._wrapAlignment;\r
1835   }\r
1836 \r
1837   /**\r
1838    * \r
1839    * \r
1840    * @param out\r
1841    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
1842    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
1843    *           marshaling\r
1844    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1845    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
1846    */\r
1847   public void marshal(final java.io.Writer out)\r
1848           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1849           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1850   {\r
1851     Marshaller.marshal(this, out);\r
1852   }\r
1853 \r
1854   /**\r
1855    * \r
1856    * \r
1857    * @param handler\r
1858    * @throws java.io.IOException\r
1859    *           if an IOException occurs during marshaling\r
1860    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1861    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
1862    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
1863    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
1864    *           marshaling\r
1865    */\r
1866   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1867           throws java.io.IOException,\r
1868           org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1869           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1870   {\r
1871     Marshaller.marshal(this, handler);\r
1872   }\r
1873 \r
1874   /**\r
1875      */\r
1876   public void removeAllHiddenColumns()\r
1877   {\r
1878     this._hiddenColumnsList.clear();\r
1879   }\r
1880 \r
1881   /**\r
1882    * Method removeHiddenColumns.\r
1883    * \r
1884    * @param vHiddenColumns\r
1885    * @return true if the object was removed from the collection.\r
1886    */\r
1887   public boolean removeHiddenColumns(\r
1888           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1889   {\r
1890     boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1891     return removed;\r
1892   }\r
1893 \r
1894   /**\r
1895    * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1896    * \r
1897    * @param index\r
1898    * @return the element removed from the collection\r
1899    */\r
1900   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1901           final int index)\r
1902   {\r
1903     java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1904     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1905   }\r
1906 \r
1907   /**\r
1908    * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1909    * \r
1910    * @param annotationColours\r
1911    *          the value of field 'annotationColours'.\r
1912    */\r
1913   public void setAnnotationColours(\r
1914           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
1915   {\r
1916     this._annotationColours = annotationColours;\r
1917   }\r
1918 \r
1919   /**\r
1920    * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1921    * \r
1922    * @param bgColour\r
1923    *          the value of field 'bgColour'.\r
1924    */\r
1925   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)\r
1926   {\r
1927     this._bgColour = bgColour;\r
1928   }\r
1929 \r
1930   /**\r
1931    * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1932    * \r
1933    * @param centreColumnLabels\r
1934    *          the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1935    */\r
1936   public void setCentreColumnLabels(final boolean centreColumnLabels)\r
1937   {\r
1938     this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;\r
1939     this._has_centreColumnLabels = true;\r
1940   }\r
1941 \r
1942   /**\r
1943    * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1944    * \r
1945    * @param consThreshold\r
1946    *          the value of field 'consThreshold'.\r
1947    */\r
1948   public void setConsThreshold(final int consThreshold)\r
1949   {\r
1950     this._consThreshold = consThreshold;\r
1951     this._has_consThreshold = true;\r
1952   }\r
1953 \r
1954   /**\r
1955    * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1956    * \r
1957    * @param conservationSelected\r
1958    *          the value of field 'conservationSelected'.\r
1959    */\r
1960   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)\r
1961   {\r
1962     this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1963     this._has_conservationSelected = true;\r
1964   }\r
1965 \r
1966   /**\r
1967    * Sets the value of field 'followHighlight'.\r
1968    * \r
1969    * @param followHighlight\r
1970    *          the value of field 'followHighlight'.\r
1971    */\r
1972   public void setFollowHighlight(final boolean followHighlight)\r
1973   {\r
1974     this._followHighlight = followHighlight;\r
1975     this._has_followHighlight = true;\r
1976   }\r
1977 \r
1978   /**\r
1979    * Sets the value of field 'followSelection'.\r
1980    * \r
1981    * @param followSelection\r
1982    *          the value of field 'followSelection'.\r
1983    */\r
1984   public void setFollowSelection(final boolean followSelection)\r
1985   {\r
1986     this._followSelection = followSelection;\r
1987     this._has_followSelection = true;\r
1988   }\r
1989 \r
1990   /**\r
1991    * Sets the value of field 'fontName'.\r
1992    * \r
1993    * @param fontName\r
1994    *          the value of field 'fontName'.\r
1995    */\r
1996   public void setFontName(final java.lang.String fontName)\r
1997   {\r
1998     this._fontName = fontName;\r
1999   }\r
2000 \r
2001   /**\r
2002    * Sets the value of field 'fontSize'.\r
2003    * \r
2004    * @param fontSize\r
2005    *          the value of field 'fontSize'.\r
2006    */\r
2007   public void setFontSize(final int fontSize)\r
2008   {\r
2009     this._fontSize = fontSize;\r
2010     this._has_fontSize = true;\r
2011   }\r
2012 \r
2013   /**\r
2014    * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
2015    * \r
2016    * @param fontStyle\r
2017    *          the value of field 'fontStyle'.\r
2018    */\r
2019   public void setFontStyle(final int fontStyle)\r
2020   {\r
2021     this._fontStyle = fontStyle;\r
2022     this._has_fontStyle = true;\r
2023   }\r
2024 \r
2025   /**\r
2026    * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
2027    * \r
2028    * @param gatheredViews\r
2029    *          the value of field 'gatheredViews'.\r
2030    */\r
2031   public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)\r
2032   {\r
2033     this._gatheredViews = gatheredViews;\r
2034     this._has_gatheredViews = true;\r
2035   }\r
2036 \r
2037   /**\r
2038    * Sets the value of field 'height'.\r
2039    * \r
2040    * @param height\r
2041    *          the value of field 'height'.\r
2042    */\r
2043   public void setHeight(final int height)\r
2044   {\r
2045     this._height = height;\r
2046     this._has_height = true;\r
2047   }\r
2048 \r
2049   /**\r
2050    * \r
2051    * \r
2052    * @param index\r
2053    * @param vHiddenColumns\r
2054    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
2055    *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
2056    */\r
2057   public void setHiddenColumns(final int index,\r
2058           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
2059           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
2060   {\r
2061     // check bounds for index\r
2062     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())\r
2063     {\r
2064       throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"\r
2065               + index + "' not in range [0.."\r
2066               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
2067     }\r
2068 \r
2069     this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
2070   }\r
2071 \r
2072   /**\r
2073    * \r
2074    * \r
2075    * @param vHiddenColumnsArray\r
2076    */\r
2077   public void setHiddenColumns(\r
2078           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)\r
2079   {\r
2080     // -- copy array\r
2081     _hiddenColumnsList.clear();\r
2082 \r
2083     for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)\r
2084     {\r
2085       this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
2086     }\r
2087   }\r
2088 \r
2089   /**\r
2090    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:\r
2091    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated\r
2092    * views\r
2093    * \r
2094    * \r
2095    * @param id\r
2096    *          the value of field 'id'.\r
2097    */\r
2098   public void setId(final java.lang.String id)\r
2099   {\r
2100     this._id = id;\r
2101   }\r
2102 \r
2103   /**\r
2104    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2105    * \r
2106    * @param ignoreGapsinConsensus\r
2107    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2108    */\r
2109   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)\r
2110   {\r
2111     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
2112     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
2113   }\r
2114 \r
2115   /**\r
2116    * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
2117    * \r
2118    * @param pidSelected\r
2119    *          the value of field 'pidSelected'.\r
2120    */\r
2121   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)\r
2122   {\r
2123     this._pidSelected = pidSelected;\r
2124     this._has_pidSelected = true;\r
2125   }\r
2126 \r
2127   /**\r
2128    * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
2129    * \r
2130    * @param pidThreshold\r
2131    *          the value of field 'pidThreshold'.\r
2132    */\r
2133   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)\r
2134   {\r
2135     this._pidThreshold = pidThreshold;\r
2136     this._has_pidThreshold = true;\r
2137   }\r
2138 \r
2139   /**\r
2140    * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
2141    * \r
2142    * @param renderGaps\r
2143    *          the value of field 'renderGaps'.\r
2144    */\r
2145   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)\r
2146   {\r
2147     this._renderGaps = renderGaps;\r
2148     this._has_renderGaps = true;\r
2149   }\r
2150 \r
2151   /**\r
2152    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
2153    * \r
2154    * @param rightAlignIds\r
2155    *          the value of field 'rightAlignIds'.\r
2156    */\r
2157   public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)\r
2158   {\r
2159     this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
2160     this._has_rightAlignIds = true;\r
2161   }\r
2162 \r
2163   /**\r
2164    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
2165    * \r
2166    * @param sequenceSetId\r
2167    *          the value of field 'sequenceSetId'.\r
2168    */\r
2169   public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)\r
2170   {\r
2171     this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
2172   }\r
2173 \r
2174   /**\r
2175    * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
2176    * \r
2177    * @param showAnnotation\r
2178    *          the value of field 'showAnnotation'.\r
2179    */\r
2180   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)\r
2181   {\r
2182     this._showAnnotation = showAnnotation;\r
2183     this._has_showAnnotation = true;\r
2184   }\r
2185 \r
2186   /**\r
2187    * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
2188    * \r
2189    * @param showBoxes\r
2190    *          the value of field 'showBoxes'.\r
2191    */\r
2192   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)\r
2193   {\r
2194     this._showBoxes = showBoxes;\r
2195     this._has_showBoxes = true;\r
2196   }\r
2197 \r
2198   /**\r
2199    * Sets the value of field 'showColourText'.\r
2200    * \r
2201    * @param showColourText\r
2202    *          the value of field 'showColourText'.\r
2203    */\r
2204   public void setShowColourText(final boolean showColourText)\r
2205   {\r
2206     this._showColourText = showColourText;\r
2207     this._has_showColourText = true;\r
2208   }\r
2209 \r
2210   /**\r
2211    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
2212    * \r
2213    * @param showConsensusHistogram\r
2214    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
2215    */\r
2216   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)\r
2217   {\r
2218     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
2219     this._has_showConsensusHistogram = true;\r
2220   }\r
2221 \r
2222   /**\r
2223    * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
2224    * \r
2225    * @param showDbRefTooltip\r
2226    *          the value of field 'showDbRefTooltip'\r
2227    */\r
2228   public void setShowDbRefTooltip(final boolean showDbRefTooltip)\r
2229   {\r
2230     this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;\r
2231     this._has_showDbRefTooltip = true;\r
2232   }\r
2233 \r
2234   /**\r
2235    * Sets the value of field 'showFullId'.\r
2236    * \r
2237    * @param showFullId\r
2238    *          the value of field 'showFullId'.\r
2239    */\r
2240   public void setShowFullId(final boolean showFullId)\r
2241   {\r
2242     this._showFullId = showFullId;\r
2243     this._has_showFullId = true;\r
2244   }\r
2245 \r
2246   /**\r
2247    * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.\r
2248    * \r
2249    * @param showGroupConsensus\r
2250    *          the value of field 'showGroupConsensus'.\r
2251    */\r
2252   public void setShowGroupConsensus(final boolean showGroupConsensus)\r
2253   {\r
2254     this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;\r
2255     this._has_showGroupConsensus = true;\r
2256   }\r
2257 \r
2258   /**\r
2259    * Sets the value of field 'showGroupConservation'.\r
2260    * \r
2261    * @param showGroupConservation\r
2262    *          the value of field 'showGroupConservation'.\r
2263    */\r
2264   public void setShowGroupConservation(final boolean showGroupConservation)\r
2265   {\r
2266     this._showGroupConservation = showGroupConservation;\r
2267     this._has_showGroupConservation = true;\r
2268   }\r
2269 \r
2270   /**\r
2271    * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
2272    * \r
2273    * @param showNPfeatureTooltip\r
2274    *          the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
2275    */\r
2276   public void setShowNPfeatureTooltip(final boolean showNPfeatureTooltip)\r
2277   {\r
2278     this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;\r
2279     this._has_showNPfeatureTooltip = true;\r
2280   }\r
2281 \r
2282   /**\r
2283    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
2284    * \r
2285    * @param showSequenceFeatures\r
2286    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
2287    */\r
2288   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)\r
2289   {\r
2290     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
2291     this._has_showSequenceFeatures = true;\r
2292   }\r
2293 \r
2294   /**\r
2295    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
2296    * \r
2297    * @param showSequenceLogo\r
2298    *          the value of field 'showSequenceLogo'\r
2299    */\r
2300   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)\r
2301   {\r
2302     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
2303     this._has_showSequenceLogo = true;\r
2304   }\r
2305 \r
2306   /**\r
2307    * Sets the value of field 'showText'.\r
2308    * \r
2309    * @param showText\r
2310    *          the value of field 'showText'.\r
2311    */\r
2312   public void setShowText(final boolean showText)\r
2313   {\r
2314     this._showText = showText;\r
2315     this._has_showText = true;\r
2316   }\r
2317 \r
2318   /**\r
2319    * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
2320    * \r
2321    * @param showUnconserved\r
2322    *          the value of field 'showUnconserved'.\r
2323    */\r
2324   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)\r
2325   {\r
2326     this._showUnconserved = showUnconserved;\r
2327     this._has_showUnconserved = true;\r
2328   }\r
2329 \r
2330   /**\r
2331    * Sets the value of field 'startRes'.\r
2332    * \r
2333    * @param startRes\r
2334    *          the value of field 'startRes'.\r
2335    */\r
2336   public void setStartRes(final int startRes)\r
2337   {\r
2338     this._startRes = startRes;\r
2339     this._has_startRes = true;\r
2340   }\r
2341 \r
2342   /**\r
2343    * Sets the value of field 'startSeq'.\r
2344    * \r
2345    * @param startSeq\r
2346    *          the value of field 'startSeq'.\r
2347    */\r
2348   public void setStartSeq(final int startSeq)\r
2349   {\r
2350     this._startSeq = startSeq;\r
2351     this._has_startSeq = true;\r
2352   }\r
2353 \r
2354   /**\r
2355    * Sets the value of field 'textCol1'.\r
2356    * \r
2357    * @param textCol1\r
2358    *          the value of field 'textCol1'.\r
2359    */\r
2360   public void setTextCol1(final int textCol1)\r
2361   {\r
2362     this._textCol1 = textCol1;\r
2363     this._has_textCol1 = true;\r
2364   }\r
2365 \r
2366   /**\r
2367    * Sets the value of field 'textCol2'.\r
2368    * \r
2369    * @param textCol2\r
2370    *          the value of field 'textCol2'.\r
2371    */\r
2372   public void setTextCol2(final int textCol2)\r
2373   {\r
2374     this._textCol2 = textCol2;\r
2375     this._has_textCol2 = true;\r
2376   }\r
2377 \r
2378   /**\r
2379    * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
2380    * \r
2381    * @param textColThreshold\r
2382    *          the value of field 'textColThreshold'\r
2383    */\r
2384   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)\r
2385   {\r
2386     this._textColThreshold = textColThreshold;\r
2387     this._has_textColThreshold = true;\r
2388   }\r
2389 \r
2390   /**\r
2391    * Sets the value of field 'title'.\r
2392    * \r
2393    * @param title\r
2394    *          the value of field 'title'.\r
2395    */\r
2396   public void setTitle(final java.lang.String title)\r
2397   {\r
2398     this._title = title;\r
2399   }\r
2400 \r
2401   /**\r
2402    * Sets the value of field 'viewName'.\r
2403    * \r
2404    * @param viewName\r
2405    *          the value of field 'viewName'.\r
2406    */\r
2407   public void setViewName(final java.lang.String viewName)\r
2408   {\r
2409     this._viewName = viewName;\r
2410   }\r
2411 \r
2412   /**\r
2413    * Sets the value of field 'width'.\r
2414    * \r
2415    * @param width\r
2416    *          the value of field 'width'.\r
2417    */\r
2418   public void setWidth(final int width)\r
2419   {\r
2420     this._width = width;\r
2421     this._has_width = true;\r
2422   }\r
2423 \r
2424   /**\r
2425    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
2426    * \r
2427    * @param wrapAlignment\r
2428    *          the value of field 'wrapAlignment'.\r
2429    */\r
2430   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)\r
2431   {\r
2432     this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
2433     this._has_wrapAlignment = true;\r
2434   }\r
2435 \r
2436   /**\r
2437    * Sets the value of field 'xpos'.\r
2438    * \r
2439    * @param xpos\r
2440    *          the value of field 'xpos'.\r
2441    */\r
2442   public void setXpos(final int xpos)\r
2443   {\r
2444     this._xpos = xpos;\r
2445     this._has_xpos = true;\r
2446   }\r
2447 \r
2448   /**\r
2449    * Sets the value of field 'ypos'.\r
2450    * \r
2451    * @param ypos\r
2452    *          the value of field 'ypos'.\r
2453    */\r
2454   public void setYpos(final int ypos)\r
2455   {\r
2456     this._ypos = ypos;\r
2457     this._has_ypos = true;\r
2458   }\r
2459 \r
2460   /**\r
2461    * Method unmarshal.\r
2462    * \r
2463    * @param reader\r
2464    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
2465    *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
2466    *           marshaling\r
2467    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
2468    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
2469    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
2470    */\r
2471   public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
2472           final java.io.Reader reader)\r
2473           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
2474           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
2475   {\r
2476     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller\r
2477             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,\r
2478                     reader);\r
2479   }\r
2480 \r
2481   /**\r
2482    * \r
2483    * \r
2484    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
2485    *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
2486    */\r
2487   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
2488   {\r
2489     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
2490     validator.validate(this);\r
2491   }\r
2492 \r
2493 }\r