src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Viewport.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _conservationSelected.
  31      */
  32     private boolean _conservationSelected;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _conservationSelected
  36      */
  37     private boolean _has_conservationSelected;
  38
  39     /**
  40      * Field _pidSelected.
  41      */
  42     private boolean _pidSelected;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _pidSelected
  46      */
  47     private boolean _has_pidSelected;
  48
  49     /**
  50      * Field _bgColour.
  51      */
  52     private java.lang.String _bgColour;
  53
  54     /**
  55      * Field _consThreshold.
  56      */
  57     private int _consThreshold;
  58
  59     /**
  60      * keeps track of state for field: _consThreshold
  61      */
  62     private boolean _has_consThreshold;
  63
  64     /**
  65      * Field _pidThreshold.
  66      */
  67     private int _pidThreshold;
  68
  69     /**
  70      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  71      */
  72     private boolean _has_pidThreshold;
  73
  74     /**
  75      * Field _title.
  76      */
  77     private java.lang.String _title;
  78
  79     /**
  80      * Field _showFullId.
  81      */
  82     private boolean _showFullId;
  83
  84     /**
  85      * keeps track of state for field: _showFullId
  86      */
  87     private boolean _has_showFullId;
  88
  89     /**
  90      * Field _rightAlignIds.
  91      */
  92     private boolean _rightAlignIds;
  93
  94     /**
  95      * keeps track of state for field: _rightAlignIds
  96      */
  97     private boolean _has_rightAlignIds;
  98
  99     /**
 100      * Field _showText.
 101      */
 102     private boolean _showText;
 103
 104     /**
 105      * keeps track of state for field: _showText
 106      */
 107     private boolean _has_showText;
 108
 109     /**
 110      * Field _showColourText.
 111      */
 112     private boolean _showColourText;
 113
 114     /**
 115      * keeps track of state for field: _showColourText
 116      */
 117     private boolean _has_showColourText;
 118
 119     /**
 120      * Field _showUnconserved.
 121      */
 122     private boolean _showUnconserved = false;
 123
 124     /**
 125      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 126      */
 127     private boolean _has_showUnconserved;
 128
 129     /**
 130      * Field _showBoxes.
 131      */
 132     private boolean _showBoxes;
 133
 134     /**
 135      * keeps track of state for field: _showBoxes
 136      */
 137     private boolean _has_showBoxes;
 138
 139     /**
 140      * Field _wrapAlignment.
 141      */
 142     private boolean _wrapAlignment;
 143
 144     /**
 145      * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 146      */
 147     private boolean _has_wrapAlignment;
 148
 149     /**
 150      * Field _renderGaps.
 151      */
 152     private boolean _renderGaps;
 153
 154     /**
 155      * keeps track of state for field: _renderGaps
 156      */
 157     private boolean _has_renderGaps;
 158
 159     /**
 160      * Field _showSequenceFeatures.
 161      */
 162     private boolean _showSequenceFeatures;
 163
 164     /**
 165      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 166      */
 167     private boolean _has_showSequenceFeatures;
 168
 169     /**
 170      * Field _showNPfeatureTooltip.
 171      */
 172     private boolean _showNPfeatureTooltip;
 173
 174     /**
 175      * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 176      */
 177     private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 178
 179     /**
 180      * Field _showDbRefTooltip.
 181      */
 182     private boolean _showDbRefTooltip;
 183
 184     /**
 185      * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 186      */
 187     private boolean _has_showDbRefTooltip;
 188
 189     /**
 190      * Field _followHighlight.
 191      */
 192     private boolean _followHighlight = true;
 193
 194     /**
 195      * keeps track of state for field: _followHighlight
 196      */
 197     private boolean _has_followHighlight;
 198
 199     /**
 200      * Field _followSelection.
 201      */
 202     private boolean _followSelection = true;
 203
 204     /**
 205      * keeps track of state for field: _followSelection
 206      */
 207     private boolean _has_followSelection;
 208
 209     /**
 210      * Field _showAnnotation.
 211      */
 212     private boolean _showAnnotation;
 213
 214     /**
 215      * keeps track of state for field: _showAnnotation
 216      */
 217     private boolean _has_showAnnotation;
 218
 219     /**
 220      * Field _centreColumnLabels.
 221      */
 222     private boolean _centreColumnLabels = false;
 223
 224     /**
 225      * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 226      */
 227     private boolean _has_centreColumnLabels;
 228
 229     /**
 230      * Field _showGroupConservation.
 231      */
 232     private boolean _showGroupConservation = false;
 233
 234     /**
 235      * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 236      */
 237     private boolean _has_showGroupConservation;
 238
 239     /**
 240      * Field _showGroupConsensus.
 241      */
 242     private boolean _showGroupConsensus = false;
 243
 244     /**
 245      * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 246      */
 247     private boolean _has_showGroupConsensus;
 248
 249     /**
 250      * Field _showConsensusHistogram.
 251      */
 252     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 253
 254     /**
 255      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 256      */
 257     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 258
 259     /**
 260      * Field _showSequenceLogo.
 261      */
 262     private boolean _showSequenceLogo = false;
 263
 264     /**
 265      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 266      */
 267     private boolean _has_showSequenceLogo;
 268
 269     /**
 270      * Field _normaliseSequenceLogo.
 271      */
 272     private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 273
 274     /**
 275      * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 276      */
 277     private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 278
 279     /**
 280      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 281      */
 282     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 283
 284     /**
 285      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 286      */
 287     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 288
 289     /**
 290      * Field _startRes.
 291      */
 292     private int _startRes;
 293
 294     /**
 295      * keeps track of state for field: _startRes
 296      */
 297     private boolean _has_startRes;
 298
 299     /**
 300      * Field _startSeq.
 301      */
 302     private int _startSeq;
 303
 304     /**
 305      * keeps track of state for field: _startSeq
 306      */
 307     private boolean _has_startSeq;
 308
 309     /**
 310      * Field _fontName.
 311      */
 312     private java.lang.String _fontName;
 313
 314     /**
 315      * Field _fontSize.
 316      */
 317     private int _fontSize;
 318
 319     /**
 320      * keeps track of state for field: _fontSize
 321      */
 322     private boolean _has_fontSize;
 323
 324     /**
 325      * Field _fontStyle.
 326      */
 327     private int _fontStyle;
 328
 329     /**
 330      * keeps track of state for field: _fontStyle
 331      */
 332     private boolean _has_fontStyle;
 333
 334     /**
 335      * Field _viewName.
 336      */
 337     private java.lang.String _viewName;
 338
 339     /**
 340      * Field _sequenceSetId.
 341      */
 342     private java.lang.String _sequenceSetId;
 343
 344     /**
 345      * Field _gatheredViews.
 346      */
 347     private boolean _gatheredViews;
 348
 349     /**
 350      * keeps track of state for field: _gatheredViews
 351      */
 352     private boolean _has_gatheredViews;
 353
 354     /**
 355      * Field _textCol1.
 356      */
 357     private int _textCol1;
 358
 359     /**
 360      * keeps track of state for field: _textCol1
 361      */
 362     private boolean _has_textCol1;
 363
 364     /**
 365      * Field _textCol2.
 366      */
 367     private int _textCol2;
 368
 369     /**
 370      * keeps track of state for field: _textCol2
 371      */
 372     private boolean _has_textCol2;
 373
 374     /**
 375      * Field _textColThreshold.
 376      */
 377     private int _textColThreshold;
 378
 379     /**
 380      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 381      */
 382     private boolean _has_textColThreshold;
 383
 384     /**
 385      * unique id used by jalview to
 386      *  synchronize between stored and
 387      *  instantiated views
 388      *
 389      */
 390     private java.lang.String _id;
 391
 392     /**
 393      * The viewport id of this viewport's (cdna/protein) coding
 394      * complement, if any
 395      *
 396      */
 397     private java.lang.String _complementId;
 398
 399     /**
 400      * Field _width.
 401      */
 402     private int _width;
 403
 404     /**
 405      * keeps track of state for field: _width
 406      */
 407     private boolean _has_width;
 408
 409     /**
 410      * Field _height.
 411      */
 412     private int _height;
 413
 414     /**
 415      * keeps track of state for field: _height
 416      */
 417     private boolean _has_height;
 418
 419     /**
 420      * Field _xpos.
 421      */
 422     private int _xpos;
 423
 424     /**
 425      * keeps track of state for field: _xpos
 426      */
 427     private boolean _has_xpos;
 428
 429     /**
 430      * Field _ypos.
 431      */
 432     private int _ypos;
 433
 434     /**
 435      * keeps track of state for field: _ypos
 436      */
 437     private boolean _has_ypos;
 438
 439     /**
 440      * Field _annotationColours.
 441      */
 442     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 443
 444     /**
 445      * Field _hiddenColumnsList.
 446      */
 447     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 448
 449     /**
 450      * Field _calcIdParamList.
 451      */
 452     private java.util.Vector _calcIdParamList;
 453
 454
 455       //----------------/
 456      //- Constructors -/
 457     //----------------/
 458
 459     public Viewport() {
 460         super();
 461         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 462         this._calcIdParamList = new java.util.Vector();
 463     }
 464
 465
 466       //-----------/
 467      //- Methods -/
 468     //-----------/
 469
 470     /**
 471      *
 472      *
 473      * @param vCalcIdParam
 474      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 475      * given is outside the bounds of the collection
 476      */
 477     public void addCalcIdParam(
 478             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 479     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 480         this._calcIdParamList.addElement(vCalcIdParam);
 481     }
 482
 483     /**
 484      *
 485      *
 486      * @param index
 487      * @param vCalcIdParam
 488      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 489      * given is outside the bounds of the collection
 490      */
 491     public void addCalcIdParam(
 492             final int index,
 493             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 494     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 495         this._calcIdParamList.add(index, vCalcIdParam);
 496     }
 497
 498     /**
 499      *
 500      *
 501      * @param vHiddenColumns
 502      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 503      * given is outside the bounds of the collection
 504      */
 505     public void addHiddenColumns(
 506             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 507     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 508         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 509     }
 510
 511     /**
 512      *
 513      *
 514      * @param index
 515      * @param vHiddenColumns
 516      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 517      * given is outside the bounds of the collection
 518      */
 519     public void addHiddenColumns(
 520             final int index,
 521             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 522     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 523         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 524     }
 525
 526     /**
 527      */
 528     public void deleteCentreColumnLabels(
 529     ) {
 530         this._has_centreColumnLabels= false;
 531     }
 532
 533     /**
 534      */
 535     public void deleteConsThreshold(
 536     ) {
 537         this._has_consThreshold= false;
 538     }
 539
 540     /**
 541      */
 542     public void deleteConservationSelected(
 543     ) {
 544         this._has_conservationSelected= false;
 545     }
 546
 547     /**
 548      */
 549     public void deleteFollowHighlight(
 550     ) {
 551         this._has_followHighlight= false;
 552     }
 553
 554     /**
 555      */
 556     public void deleteFollowSelection(
 557     ) {
 558         this._has_followSelection= false;
 559     }
 560
 561     /**
 562      */
 563     public void deleteFontSize(
 564     ) {
 565         this._has_fontSize= false;
 566     }
 567
 568     /**
 569      */
 570     public void deleteFontStyle(
 571     ) {
 572         this._has_fontStyle= false;
 573     }
 574
 575     /**
 576      */
 577     public void deleteGatheredViews(
 578     ) {
 579         this._has_gatheredViews= false;
 580     }
 581
 582     /**
 583      */
 584     public void deleteHeight(
 585     ) {
 586         this._has_height= false;
 587     }
 588
 589     /**
 590      */
 591     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 592     ) {
 593         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 594     }
 595
 596     /**
 597      */
 598     public void deleteNormaliseSequenceLogo(
 599     ) {
 600         this._has_normaliseSequenceLogo= false;
 601     }
 602
 603     /**
 604      */
 605     public void deletePidSelected(
 606     ) {
 607         this._has_pidSelected= false;
 608     }
 609
 610     /**
 611      */
 612     public void deletePidThreshold(
 613     ) {
 614         this._has_pidThreshold= false;
 615     }
 616
 617     /**
 618      */
 619     public void deleteRenderGaps(
 620     ) {
 621         this._has_renderGaps= false;
 622     }
 623
 624     /**
 625      */
 626     public void deleteRightAlignIds(
 627     ) {
 628         this._has_rightAlignIds= false;
 629     }
 630
 631     /**
 632      */
 633     public void deleteShowAnnotation(
 634     ) {
 635         this._has_showAnnotation= false;
 636     }
 637
 638     /**
 639      */
 640     public void deleteShowBoxes(
 641     ) {
 642         this._has_showBoxes= false;
 643     }
 644
 645     /**
 646      */
 647     public void deleteShowColourText(
 648     ) {
 649         this._has_showColourText= false;
 650     }
 651
 652     /**
 653      */
 654     public void deleteShowConsensusHistogram(
 655     ) {
 656         this._has_showConsensusHistogram= false;
 657     }
 658
 659     /**
 660      */
 661     public void deleteShowDbRefTooltip(
 662     ) {
 663         this._has_showDbRefTooltip= false;
 664     }
 665
 666     /**
 667      */
 668     public void deleteShowFullId(
 669     ) {
 670         this._has_showFullId= false;
 671     }
 672
 673     /**
 674      */
 675     public void deleteShowGroupConsensus(
 676     ) {
 677         this._has_showGroupConsensus= false;
 678     }
 679
 680     /**
 681      */
 682     public void deleteShowGroupConservation(
 683     ) {
 684         this._has_showGroupConservation= false;
 685     }
 686
 687     /**
 688      */
 689     public void deleteShowNPfeatureTooltip(
 690     ) {
 691         this._has_showNPfeatureTooltip= false;
 692     }
 693
 694     /**
 695      */
 696     public void deleteShowSequenceFeatures(
 697     ) {
 698         this._has_showSequenceFeatures= false;
 699     }
 700
 701     /**
 702      */
 703     public void deleteShowSequenceLogo(
 704     ) {
 705         this._has_showSequenceLogo= false;
 706     }
 707
 708     /**
 709      */
 710     public void deleteShowText(
 711     ) {
 712         this._has_showText= false;
 713     }
 714
 715     /**
 716      */
 717     public void deleteShowUnconserved(
 718     ) {
 719         this._has_showUnconserved= false;
 720     }
 721
 722     /**
 723      */
 724     public void deleteStartRes(
 725     ) {
 726         this._has_startRes= false;
 727     }
 728
 729     /**
 730      */
 731     public void deleteStartSeq(
 732     ) {
 733         this._has_startSeq= false;
 734     }
 735
 736     /**
 737      */
 738     public void deleteTextCol1(
 739     ) {
 740         this._has_textCol1= false;
 741     }
 742
 743     /**
 744      */
 745     public void deleteTextCol2(
 746     ) {
 747         this._has_textCol2= false;
 748     }
 749
 750     /**
 751      */
 752     public void deleteTextColThreshold(
 753     ) {
 754         this._has_textColThreshold= false;
 755     }
 756
 757     /**
 758      */
 759     public void deleteWidth(
 760     ) {
 761         this._has_width= false;
 762     }
 763
 764     /**
 765      */
 766     public void deleteWrapAlignment(
 767     ) {
 768         this._has_wrapAlignment= false;
 769     }
 770
 771     /**
 772      */
 773     public void deleteXpos(
 774     ) {
 775         this._has_xpos= false;
 776     }
 777
 778     /**
 779      */
 780     public void deleteYpos(
 781     ) {
 782         this._has_ypos= false;
 783     }
 784
 785     /**
 786      * Method enumerateCalcIdParam.
 787      *
 788      * @return an Enumeration over all
 789      * jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam elements
 790      */
 791     public java.util.Enumeration enumerateCalcIdParam(
 792     ) {
 793         return this._calcIdParamList.elements();
 794     }
 795
 796     /**
 797      * Method enumerateHiddenColumns.
 798      *
 799      * @return an Enumeration over all
 800      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 801      */
 802     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(
 803     ) {
 804         return this._hiddenColumnsList.elements();
 805     }
 806
 807     /**
 808      * Returns the value of field 'annotationColours'.
 809      *
 810      * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 811      */
 812     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(
 813     ) {
 814         return this._annotationColours;
 815     }
 816
 817     /**
 818      * Returns the value of field 'bgColour'.
 819      *
 820      * @return the value of field 'BgColour'.
 821      */
 822     public java.lang.String getBgColour(
 823     ) {
 824         return this._bgColour;
 825     }
 826
 827     /**
 828      * Method getCalcIdParam.
 829      *
 830      * @param index
 831      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 832      * given is outside the bounds of the collection
 833      * @return the value of the
 834      * jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam at the given index
 835      */
 836     public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam getCalcIdParam(
 837             final int index)
 838     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 839         // check bounds for index
 840         if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size()) {
 841             throw new IndexOutOfBoundsException("getCalcIdParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
 842         }
 843
 844         return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) _calcIdParamList.get(index);
 845     }
 846
 847     /**
 848      * Method getCalcIdParam.Returns the contents of the collection
 849      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 850      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 851      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 852      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 853      *
 854      * @return this collection as an Array
 855      */
 856     public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] getCalcIdParam(
 857     ) {
 858         jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] array = new jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[0];
 859         return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[]) this._calcIdParamList.toArray(array);
 860     }
 861
 862     /**
 863      * Method getCalcIdParamCount.
 864      *
 865      * @return the size of this collection
 866      */
 867     public int getCalcIdParamCount(
 868     ) {
 869         return this._calcIdParamList.size();
 870     }
 871
 872     /**
 873      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 874      *
 875      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 876      */
 877     public boolean getCentreColumnLabels(
 878     ) {
 879         return this._centreColumnLabels;
 880     }
 881
 882     /**
 883      * Returns the value of field 'complementId'. The field
 884      * 'complementId' has the following description: The viewport
 885      * id of this viewport's (cdna/protein) coding complement, if
 886      * any
 887      *
 888      *
 889      * @return the value of field 'ComplementId'.
 890      */
 891     public java.lang.String getComplementId(
 892     ) {
 893         return this._complementId;
 894     }
 895
 896     /**
 897      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 898      *
 899      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 900      */
 901     public int getConsThreshold(
 902     ) {
 903         return this._consThreshold;
 904     }
 905
 906     /**
 907      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 908      *
 909      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 910      */
 911     public boolean getConservationSelected(
 912     ) {
 913         return this._conservationSelected;
 914     }
 915
 916     /**
 917      * Returns the value of field 'followHighlight'.
 918      *
 919      * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 920      */
 921     public boolean getFollowHighlight(
 922     ) {
 923         return this._followHighlight;
 924     }
 925
 926     /**
 927      * Returns the value of field 'followSelection'.
 928      *
 929      * @return the value of field 'FollowSelection'.
 930      */
 931     public boolean getFollowSelection(
 932     ) {
 933         return this._followSelection;
 934     }
 935
 936     /**
 937      * Returns the value of field 'fontName'.
 938      *
 939      * @return the value of field 'FontName'.
 940      */
 941     public java.lang.String getFontName(
 942     ) {
 943         return this._fontName;
 944     }
 945
 946     /**
 947      * Returns the value of field 'fontSize'.
 948      *
 949      * @return the value of field 'FontSize'.
 950      */
 951     public int getFontSize(
 952     ) {
 953         return this._fontSize;
 954     }
 955
 956     /**
 957      * Returns the value of field 'fontStyle'.
 958      *
 959      * @return the value of field 'FontStyle'.
 960      */
 961     public int getFontStyle(
 962     ) {
 963         return this._fontStyle;
 964     }
 965
 966     /**
 967      * Returns the value of field 'gatheredViews'.
 968      *
 969      * @return the value of field 'GatheredViews'.
 970      */
 971     public boolean getGatheredViews(
 972     ) {
 973         return this._gatheredViews;
 974     }
 975
 976     /**
 977      * Returns the value of field 'height'.
 978      *
 979      * @return the value of field 'Height'.
 980      */
 981     public int getHeight(
 982     ) {
 983         return this._height;
 984     }
 985
 986     /**
 987      * Method getHiddenColumns.
 988      *
 989      * @param index
 990      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 991      * given is outside the bounds of the collection
 992      * @return the value of the
 993      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given
 994      * index
 995      */
 996     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
 997             final int index)
 998     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 999         // check bounds for index
1000         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {
1001             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
1002         }
1003
1004         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);
1005     }
1006
1007     /**
1008      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the
1009      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
1010      * collection contents are changing in another thread, we pass
1011      * a 0-length Array of the correct type into the API call.
1012      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
1013      * exactly the correct length.
1014      *
1015      * @return this collection as an Array
1016      */
1017     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(
1018     ) {
1019         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
1020         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);
1021     }
1022
1023     /**
1024      * Method getHiddenColumnsCount.
1025      *
1026      * @return the size of this collection
1027      */
1028     public int getHiddenColumnsCount(
1029     ) {
1030         return this._hiddenColumnsList.size();
1031     }
1032
1033     /**
1034      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
1035      * following description: unique id used by jalview to
1036      *  synchronize between stored and
1037      *  instantiated views
1038      *
1039      *
1040      * @return the value of field 'Id'.
1041      */
1042     public java.lang.String getId(
1043     ) {
1044         return this._id;
1045     }
1046
1047     /**
1048      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1049      *
1050      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1051      */
1052     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
1053     ) {
1054         return this._ignoreGapsinConsensus;
1055     }
1056
1057     /**
1058      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1059      *
1060      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1061      */
1062     public boolean getNormaliseSequenceLogo(
1063     ) {
1064         return this._normaliseSequenceLogo;
1065     }
1066
1067     /**
1068      * Returns the value of field 'pidSelected'.
1069      *
1070      * @return the value of field 'PidSelected'.
1071      */
1072     public boolean getPidSelected(
1073     ) {
1074         return this._pidSelected;
1075     }
1076
1077     /**
1078      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
1079      *
1080      * @return the value of field 'PidThreshold'.
1081      */
1082     public int getPidThreshold(
1083     ) {
1084         return this._pidThreshold;
1085     }
1086
1087     /**
1088      * Returns the value of field 'renderGaps'.
1089      *
1090      * @return the value of field 'RenderGaps'.
1091      */
1092     public boolean getRenderGaps(
1093     ) {
1094         return this._renderGaps;
1095     }
1096
1097     /**
1098      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1099      *
1100      * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1101      */
1102     public boolean getRightAlignIds(
1103     ) {
1104         return this._rightAlignIds;
1105     }
1106
1107     /**
1108      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
1109      *
1110      * @return the value of field 'SequenceSetId'.
1111      */
1112     public java.lang.String getSequenceSetId(
1113     ) {
1114         return this._sequenceSetId;
1115     }
1116
1117     /**
1118      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1119      *
1120      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1121      */
1122     public boolean getShowAnnotation(
1123     ) {
1124         return this._showAnnotation;
1125     }
1126
1127     /**
1128      * Returns the value of field 'showBoxes'.
1129      *
1130      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1131      */
1132     public boolean getShowBoxes(
1133     ) {
1134         return this._showBoxes;
1135     }
1136
1137     /**
1138      * Returns the value of field 'showColourText'.
1139      *
1140      * @return the value of field 'ShowColourText'.
1141      */
1142     public boolean getShowColourText(
1143     ) {
1144         return this._showColourText;
1145     }
1146
1147     /**
1148      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1149      *
1150      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1151      */
1152     public boolean getShowConsensusHistogram(
1153     ) {
1154         return this._showConsensusHistogram;
1155     }
1156
1157     /**
1158      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1159      *
1160      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1161      */
1162     public boolean getShowDbRefTooltip(
1163     ) {
1164         return this._showDbRefTooltip;
1165     }
1166
1167     /**
1168      * Returns the value of field 'showFullId'.
1169      *
1170      * @return the value of field 'ShowFullId'.
1171      */
1172     public boolean getShowFullId(
1173     ) {
1174         return this._showFullId;
1175     }
1176
1177     /**
1178      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1179      *
1180      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1181      */
1182     public boolean getShowGroupConsensus(
1183     ) {
1184         return this._showGroupConsensus;
1185     }
1186
1187     /**
1188      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1189      *
1190      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1191      */
1192     public boolean getShowGroupConservation(
1193     ) {
1194         return this._showGroupConservation;
1195     }
1196
1197     /**
1198      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1199      *
1200      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1201      */
1202     public boolean getShowNPfeatureTooltip(
1203     ) {
1204         return this._showNPfeatureTooltip;
1205     }
1206
1207     /**
1208      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1209      *
1210      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1211      */
1212     public boolean getShowSequenceFeatures(
1213     ) {
1214         return this._showSequenceFeatures;
1215     }
1216
1217     /**
1218      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1219      *
1220      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1221      */
1222     public boolean getShowSequenceLogo(
1223     ) {
1224         return this._showSequenceLogo;
1225     }
1226
1227     /**
1228      * Returns the value of field 'showText'.
1229      *
1230      * @return the value of field 'ShowText'.
1231      */
1232     public boolean getShowText(
1233     ) {
1234         return this._showText;
1235     }
1236
1237     /**
1238      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1239      *
1240      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1241      */
1242     public boolean getShowUnconserved(
1243     ) {
1244         return this._showUnconserved;
1245     }
1246
1247     /**
1248      * Returns the value of field 'startRes'.
1249      *
1250      * @return the value of field 'StartRes'.
1251      */
1252     public int getStartRes(
1253     ) {
1254         return this._startRes;
1255     }
1256
1257     /**
1258      * Returns the value of field 'startSeq'.
1259      *
1260      * @return the value of field 'StartSeq'.
1261      */
1262     public int getStartSeq(
1263     ) {
1264         return this._startSeq;
1265     }
1266
1267     /**
1268      * Returns the value of field 'textCol1'.
1269      *
1270      * @return the value of field 'TextCol1'.
1271      */
1272     public int getTextCol1(
1273     ) {
1274         return this._textCol1;
1275     }
1276
1277     /**
1278      * Returns the value of field 'textCol2'.
1279      *
1280      * @return the value of field 'TextCol2'.
1281      */
1282     public int getTextCol2(
1283     ) {
1284         return this._textCol2;
1285     }
1286
1287     /**
1288      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1289      *
1290      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1291      */
1292     public int getTextColThreshold(
1293     ) {
1294         return this._textColThreshold;
1295     }
1296
1297     /**
1298      * Returns the value of field 'title'.
1299      *
1300      * @return the value of field 'Title'.
1301      */
1302     public java.lang.String getTitle(
1303     ) {
1304         return this._title;
1305     }
1306
1307     /**
1308      * Returns the value of field 'viewName'.
1309      *
1310      * @return the value of field 'ViewName'.
1311      */
1312     public java.lang.String getViewName(
1313     ) {
1314         return this._viewName;
1315     }
1316
1317     /**
1318      * Returns the value of field 'width'.
1319      *
1320      * @return the value of field 'Width'.
1321      */
1322     public int getWidth(
1323     ) {
1324         return this._width;
1325     }
1326
1327     /**
1328      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1329      *
1330      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1331      */
1332     public boolean getWrapAlignment(
1333     ) {
1334         return this._wrapAlignment;
1335     }
1336
1337     /**
1338      * Returns the value of field 'xpos'.
1339      *
1340      * @return the value of field 'Xpos'.
1341      */
1342     public int getXpos(
1343     ) {
1344         return this._xpos;
1345     }
1346
1347     /**
1348      * Returns the value of field 'ypos'.
1349      *
1350      * @return the value of field 'Ypos'.
1351      */
1352     public int getYpos(
1353     ) {
1354         return this._ypos;
1355     }
1356
1357     /**
1358      * Method hasCentreColumnLabels.
1359      *
1360      * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1361      */
1362     public boolean hasCentreColumnLabels(
1363     ) {
1364         return this._has_centreColumnLabels;
1365     }
1366
1367     /**
1368      * Method hasConsThreshold.
1369      *
1370      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1371      */
1372     public boolean hasConsThreshold(
1373     ) {
1374         return this._has_consThreshold;
1375     }
1376
1377     /**
1378      * Method hasConservationSelected.
1379      *
1380      * @return true if at least one ConservationSelected has been
1381      * added
1382      */
1383     public boolean hasConservationSelected(
1384     ) {
1385         return this._has_conservationSelected;
1386     }
1387
1388     /**
1389      * Method hasFollowHighlight.
1390      *
1391      * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1392      */
1393     public boolean hasFollowHighlight(
1394     ) {
1395         return this._has_followHighlight;
1396     }
1397
1398     /**
1399      * Method hasFollowSelection.
1400      *
1401      * @return true if at least one FollowSelection has been added
1402      */
1403     public boolean hasFollowSelection(
1404     ) {
1405         return this._has_followSelection;
1406     }
1407
1408     /**
1409      * Method hasFontSize.
1410      *
1411      * @return true if at least one FontSize has been added
1412      */
1413     public boolean hasFontSize(
1414     ) {
1415         return this._has_fontSize;
1416     }
1417
1418     /**
1419      * Method hasFontStyle.
1420      *
1421      * @return true if at least one FontStyle has been added
1422      */
1423     public boolean hasFontStyle(
1424     ) {
1425         return this._has_fontStyle;
1426     }
1427
1428     /**
1429      * Method hasGatheredViews.
1430      *
1431      * @return true if at least one GatheredViews has been added
1432      */
1433     public boolean hasGatheredViews(
1434     ) {
1435         return this._has_gatheredViews;
1436     }
1437
1438     /**
1439      * Method hasHeight.
1440      *
1441      * @return true if at least one Height has been added
1442      */
1443     public boolean hasHeight(
1444     ) {
1445         return this._has_height;
1446     }
1447
1448     /**
1449      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1450      *
1451      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
1452      * added
1453      */
1454     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
1455     ) {
1456         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1457     }
1458
1459     /**
1460      * Method hasNormaliseSequenceLogo.
1461      *
1462      * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been
1463      * added
1464      */
1465     public boolean hasNormaliseSequenceLogo(
1466     ) {
1467         return this._has_normaliseSequenceLogo;
1468     }
1469
1470     /**
1471      * Method hasPidSelected.
1472      *
1473      * @return true if at least one PidSelected has been added
1474      */
1475     public boolean hasPidSelected(
1476     ) {
1477         return this._has_pidSelected;
1478     }
1479
1480     /**
1481      * Method hasPidThreshold.
1482      *
1483      * @return true if at least one PidThreshold has been added
1484      */
1485     public boolean hasPidThreshold(
1486     ) {
1487         return this._has_pidThreshold;
1488     }
1489
1490     /**
1491      * Method hasRenderGaps.
1492      *
1493      * @return true if at least one RenderGaps has been added
1494      */
1495     public boolean hasRenderGaps(
1496     ) {
1497         return this._has_renderGaps;
1498     }
1499
1500     /**
1501      * Method hasRightAlignIds.
1502      *
1503      * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1504      */
1505     public boolean hasRightAlignIds(
1506     ) {
1507         return this._has_rightAlignIds;
1508     }
1509
1510     /**
1511      * Method hasShowAnnotation.
1512      *
1513      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1514      */
1515     public boolean hasShowAnnotation(
1516     ) {
1517         return this._has_showAnnotation;
1518     }
1519
1520     /**
1521      * Method hasShowBoxes.
1522      *
1523      * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1524      */
1525     public boolean hasShowBoxes(
1526     ) {
1527         return this._has_showBoxes;
1528     }
1529
1530     /**
1531      * Method hasShowColourText.
1532      *
1533      * @return true if at least one ShowColourText has been added
1534      */
1535     public boolean hasShowColourText(
1536     ) {
1537         return this._has_showColourText;
1538     }
1539
1540     /**
1541      * Method hasShowConsensusHistogram.
1542      *
1543      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
1544      * added
1545      */
1546     public boolean hasShowConsensusHistogram(
1547     ) {
1548         return this._has_showConsensusHistogram;
1549     }
1550
1551     /**
1552      * Method hasShowDbRefTooltip.
1553      *
1554      * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1555      */
1556     public boolean hasShowDbRefTooltip(
1557     ) {
1558         return this._has_showDbRefTooltip;
1559     }
1560
1561     /**
1562      * Method hasShowFullId.
1563      *
1564      * @return true if at least one ShowFullId has been added
1565      */
1566     public boolean hasShowFullId(
1567     ) {
1568         return this._has_showFullId;
1569     }
1570
1571     /**
1572      * Method hasShowGroupConsensus.
1573      *
1574      * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1575      */
1576     public boolean hasShowGroupConsensus(
1577     ) {
1578         return this._has_showGroupConsensus;
1579     }
1580
1581     /**
1582      * Method hasShowGroupConservation.
1583      *
1584      * @return true if at least one ShowGroupConservation has been
1585      * added
1586      */
1587     public boolean hasShowGroupConservation(
1588     ) {
1589         return this._has_showGroupConservation;
1590     }
1591
1592     /**
1593      * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1594      *
1595      * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been
1596      * added
1597      */
1598     public boolean hasShowNPfeatureTooltip(
1599     ) {
1600         return this._has_showNPfeatureTooltip;
1601     }
1602
1603     /**
1604      * Method hasShowSequenceFeatures.
1605      *
1606      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been
1607      * added
1608      */
1609     public boolean hasShowSequenceFeatures(
1610     ) {
1611         return this._has_showSequenceFeatures;
1612     }
1613
1614     /**
1615      * Method hasShowSequenceLogo.
1616      *
1617      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1618      */
1619     public boolean hasShowSequenceLogo(
1620     ) {
1621         return this._has_showSequenceLogo;
1622     }
1623
1624     /**
1625      * Method hasShowText.
1626      *
1627      * @return true if at least one ShowText has been added
1628      */
1629     public boolean hasShowText(
1630     ) {
1631         return this._has_showText;
1632     }
1633
1634     /**
1635      * Method hasShowUnconserved.
1636      *
1637      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1638      */
1639     public boolean hasShowUnconserved(
1640     ) {
1641         return this._has_showUnconserved;
1642     }
1643
1644     /**
1645      * Method hasStartRes.
1646      *
1647      * @return true if at least one StartRes has been added
1648      */
1649     public boolean hasStartRes(
1650     ) {
1651         return this._has_startRes;
1652     }
1653
1654     /**
1655      * Method hasStartSeq.
1656      *
1657      * @return true if at least one StartSeq has been added
1658      */
1659     public boolean hasStartSeq(
1660     ) {
1661         return this._has_startSeq;
1662     }
1663
1664     /**
1665      * Method hasTextCol1.
1666      *
1667      * @return true if at least one TextCol1 has been added
1668      */
1669     public boolean hasTextCol1(
1670     ) {
1671         return this._has_textCol1;
1672     }
1673
1674     /**
1675      * Method hasTextCol2.
1676      *
1677      * @return true if at least one TextCol2 has been added
1678      */
1679     public boolean hasTextCol2(
1680     ) {
1681         return this._has_textCol2;
1682     }
1683
1684     /**
1685      * Method hasTextColThreshold.
1686      *
1687      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1688      */
1689     public boolean hasTextColThreshold(
1690     ) {
1691         return this._has_textColThreshold;
1692     }
1693
1694     /**
1695      * Method hasWidth.
1696      *
1697      * @return true if at least one Width has been added
1698      */
1699     public boolean hasWidth(
1700     ) {
1701         return this._has_width;
1702     }
1703
1704     /**
1705      * Method hasWrapAlignment.
1706      *
1707      * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1708      */
1709     public boolean hasWrapAlignment(
1710     ) {
1711         return this._has_wrapAlignment;
1712     }
1713
1714     /**
1715      * Method hasXpos.
1716      *
1717      * @return true if at least one Xpos has been added
1718      */
1719     public boolean hasXpos(
1720     ) {
1721         return this._has_xpos;
1722     }
1723
1724     /**
1725      * Method hasYpos.
1726      *
1727      * @return true if at least one Ypos has been added
1728      */
1729     public boolean hasYpos(
1730     ) {
1731         return this._has_ypos;
1732     }
1733
1734     /**
1735      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1736      *
1737      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1738      */
1739     public boolean isCentreColumnLabels(
1740     ) {
1741         return this._centreColumnLabels;
1742     }
1743
1744     /**
1745      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1746      *
1747      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1748      */
1749     public boolean isConservationSelected(
1750     ) {
1751         return this._conservationSelected;
1752     }
1753
1754     /**
1755      * Returns the value of field 'followHighlight'.
1756      *
1757      * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1758      */
1759     public boolean isFollowHighlight(
1760     ) {
1761         return this._followHighlight;
1762     }
1763
1764     /**
1765      * Returns the value of field 'followSelection'.
1766      *
1767      * @return the value of field 'FollowSelection'.
1768      */
1769     public boolean isFollowSelection(
1770     ) {
1771         return this._followSelection;
1772     }
1773
1774     /**
1775      * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1776      *
1777      * @return the value of field 'GatheredViews'.
1778      */
1779     public boolean isGatheredViews(
1780     ) {
1781         return this._gatheredViews;
1782     }
1783
1784     /**
1785      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1786      *
1787      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1788      */
1789     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
1790     ) {
1791         return this._ignoreGapsinConsensus;
1792     }
1793
1794     /**
1795      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1796      *
1797      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1798      */
1799     public boolean isNormaliseSequenceLogo(
1800     ) {
1801         return this._normaliseSequenceLogo;
1802     }
1803
1804     /**
1805      * Returns the value of field 'pidSelected'.
1806      *
1807      * @return the value of field 'PidSelected'.
1808      */
1809     public boolean isPidSelected(
1810     ) {
1811         return this._pidSelected;
1812     }
1813
1814     /**
1815      * Returns the value of field 'renderGaps'.
1816      *
1817      * @return the value of field 'RenderGaps'.
1818      */
1819     public boolean isRenderGaps(
1820     ) {
1821         return this._renderGaps;
1822     }
1823
1824     /**
1825      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1826      *
1827      * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1828      */
1829     public boolean isRightAlignIds(
1830     ) {
1831         return this._rightAlignIds;
1832     }
1833
1834     /**
1835      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1836      *
1837      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1838      */
1839     public boolean isShowAnnotation(
1840     ) {
1841         return this._showAnnotation;
1842     }
1843
1844     /**
1845      * Returns the value of field 'showBoxes'.
1846      *
1847      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1848      */
1849     public boolean isShowBoxes(
1850     ) {
1851         return this._showBoxes;
1852     }
1853
1854     /**
1855      * Returns the value of field 'showColourText'.
1856      *
1857      * @return the value of field 'ShowColourText'.
1858      */
1859     public boolean isShowColourText(
1860     ) {
1861         return this._showColourText;
1862     }
1863
1864     /**
1865      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1866      *
1867      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1868      */
1869     public boolean isShowConsensusHistogram(
1870     ) {
1871         return this._showConsensusHistogram;
1872     }
1873
1874     /**
1875      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1876      *
1877      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1878      */
1879     public boolean isShowDbRefTooltip(
1880     ) {
1881         return this._showDbRefTooltip;
1882     }
1883
1884     /**
1885      * Returns the value of field 'showFullId'.
1886      *
1887      * @return the value of field 'ShowFullId'.
1888      */
1889     public boolean isShowFullId(
1890     ) {
1891         return this._showFullId;
1892     }
1893
1894     /**
1895      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1896      *
1897      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1898      */
1899     public boolean isShowGroupConsensus(
1900     ) {
1901         return this._showGroupConsensus;
1902     }
1903
1904     /**
1905      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1906      *
1907      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1908      */
1909     public boolean isShowGroupConservation(
1910     ) {
1911         return this._showGroupConservation;
1912     }
1913
1914     /**
1915      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1916      *
1917      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1918      */
1919     public boolean isShowNPfeatureTooltip(
1920     ) {
1921         return this._showNPfeatureTooltip;
1922     }
1923
1924     /**
1925      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1926      *
1927      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1928      */
1929     public boolean isShowSequenceFeatures(
1930     ) {
1931         return this._showSequenceFeatures;
1932     }
1933
1934     /**
1935      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1936      *
1937      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1938      */
1939     public boolean isShowSequenceLogo(
1940     ) {
1941         return this._showSequenceLogo;
1942     }
1943
1944     /**
1945      * Returns the value of field 'showText'.
1946      *
1947      * @return the value of field 'ShowText'.
1948      */
1949     public boolean isShowText(
1950     ) {
1951         return this._showText;
1952     }
1953
1954     /**
1955      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1956      *
1957      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1958      */
1959     public boolean isShowUnconserved(
1960     ) {
1961         return this._showUnconserved;
1962     }
1963
1964     /**
1965      * Method isValid.
1966      *
1967      * @return true if this object is valid according to the schema
1968      */
1969     public boolean isValid(
1970     ) {
1971         try {
1972             validate();
1973         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
1974             return false;
1975         }
1976         return true;
1977     }
1978
1979     /**
1980      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1981      *
1982      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1983      */
1984     public boolean isWrapAlignment(
1985     ) {
1986         return this._wrapAlignment;
1987     }
1988
1989     /**
1990      *
1991      *
1992      * @param out
1993      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1994      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1995      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1996      * object is an invalid instance according to the schema
1997      */
1998     public void marshal(
1999             final java.io.Writer out)
2000     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2001         Marshaller.marshal(this, out);
2002     }
2003
2004     /**
2005      *
2006      *
2007      * @param handler
2008      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
2009      * marshaling
2010      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
2011      * object is an invalid instance according to the schema
2012      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
2013      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
2014      */
2015     public void marshal(
2016             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
2017     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2018         Marshaller.marshal(this, handler);
2019     }
2020
2021     /**
2022      */
2023     public void removeAllCalcIdParam(
2024     ) {
2025         this._calcIdParamList.clear();
2026     }
2027
2028     /**
2029      */
2030     public void removeAllHiddenColumns(
2031     ) {
2032         this._hiddenColumnsList.clear();
2033     }
2034
2035     /**
2036      * Method removeCalcIdParam.
2037      *
2038      * @param vCalcIdParam
2039      * @return true if the object was removed from the collection.
2040      */
2041     public boolean removeCalcIdParam(
2042             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam) {
2043         boolean removed = _calcIdParamList.remove(vCalcIdParam);
2044         return removed;
2045     }
2046
2047     /**
2048      * Method removeCalcIdParamAt.
2049      *
2050      * @param index
2051      * @return the element removed from the collection
2052      */
2053     public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam removeCalcIdParamAt(
2054             final int index) {
2055         java.lang.Object obj = this._calcIdParamList.remove(index);
2056         return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) obj;
2057     }
2058
2059     /**
2060      * Method removeHiddenColumns.
2061      *
2062      * @param vHiddenColumns
2063      * @return true if the object was removed from the collection.
2064      */
2065     public boolean removeHiddenColumns(
2066             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {
2067         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
2068         return removed;
2069     }
2070
2071     /**
2072      * Method removeHiddenColumnsAt.
2073      *
2074      * @param index
2075      * @return the element removed from the collection
2076      */
2077     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
2078             final int index) {
2079         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
2080         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
2081     }
2082
2083     /**
2084      * Sets the value of field 'annotationColours'.
2085      *
2086      * @param annotationColours the value of field
2087      * 'annotationColours'.
2088      */
2089     public void setAnnotationColours(
2090             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {
2091         this._annotationColours = annotationColours;
2092     }
2093
2094     /**
2095      * Sets the value of field 'bgColour'.
2096      *
2097      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.
2098      */
2099     public void setBgColour(
2100             final java.lang.String bgColour) {
2101         this._bgColour = bgColour;
2102     }
2103
2104     /**
2105      *
2106      *
2107      * @param index
2108      * @param vCalcIdParam
2109      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
2110      * given is outside the bounds of the collection
2111      */
2112     public void setCalcIdParam(
2113             final int index,
2114             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2115     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
2116         // check bounds for index
2117         if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size()) {
2118             throw new IndexOutOfBoundsException("setCalcIdParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
2119         }
2120
2121         this._calcIdParamList.set(index, vCalcIdParam);
2122     }
2123
2124     /**
2125      *
2126      *
2127      * @param vCalcIdParamArray
2128      */
2129     public void setCalcIdParam(
2130             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] vCalcIdParamArray) {
2131         //-- copy array
2132         _calcIdParamList.clear();
2133
2134         for (int i = 0; i < vCalcIdParamArray.length; i++) {
2135                 this._calcIdParamList.add(vCalcIdParamArray[i]);
2136         }
2137     }
2138
2139     /**
2140      * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
2141      *
2142      * @param centreColumnLabels the value of field
2143      * 'centreColumnLabels'.
2144      */
2145     public void setCentreColumnLabels(
2146             final boolean centreColumnLabels) {
2147         this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
2148         this._has_centreColumnLabels = true;
2149     }
2150
2151     /**
2152      * Sets the value of field 'complementId'. The field
2153      * 'complementId' has the following description: The viewport
2154      * id of this viewport's (cdna/protein) coding complement, if
2155      * any
2156      *
2157      *
2158      * @param complementId the value of field 'complementId'.
2159      */
2160     public void setComplementId(
2161             final java.lang.String complementId) {
2162         this._complementId = complementId;
2163     }
2164
2165     /**
2166      * Sets the value of field 'consThreshold'.
2167      *
2168      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
2169      */
2170     public void setConsThreshold(
2171             final int consThreshold) {
2172         this._consThreshold = consThreshold;
2173         this._has_consThreshold = true;
2174     }
2175
2176     /**
2177      * Sets the value of field 'conservationSelected'.
2178      *
2179      * @param conservationSelected the value of field
2180      * 'conservationSelected'.
2181      */
2182     public void setConservationSelected(
2183             final boolean conservationSelected) {
2184         this._conservationSelected = conservationSelected;
2185         this._has_conservationSelected = true;
2186     }
2187
2188     /**
2189      * Sets the value of field 'followHighlight'.
2190      *
2191      * @param followHighlight the value of field 'followHighlight'.
2192      */
2193     public void setFollowHighlight(
2194             final boolean followHighlight) {
2195         this._followHighlight = followHighlight;
2196         this._has_followHighlight = true;
2197     }
2198
2199     /**
2200      * Sets the value of field 'followSelection'.
2201      *
2202      * @param followSelection the value of field 'followSelection'.
2203      */
2204     public void setFollowSelection(
2205             final boolean followSelection) {
2206         this._followSelection = followSelection;
2207         this._has_followSelection = true;
2208     }
2209
2210     /**
2211      * Sets the value of field 'fontName'.
2212      *
2213      * @param fontName the value of field 'fontName'.
2214      */
2215     public void setFontName(
2216             final java.lang.String fontName) {
2217         this._fontName = fontName;
2218     }
2219
2220     /**
2221      * Sets the value of field 'fontSize'.
2222      *
2223      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.
2224      */
2225     public void setFontSize(
2226             final int fontSize) {
2227         this._fontSize = fontSize;
2228         this._has_fontSize = true;
2229     }
2230
2231     /**
2232      * Sets the value of field 'fontStyle'.
2233      *
2234      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.
2235      */
2236     public void setFontStyle(
2237             final int fontStyle) {
2238         this._fontStyle = fontStyle;
2239         this._has_fontStyle = true;
2240     }
2241
2242     /**
2243      * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2244      *
2245      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.
2246      */
2247     public void setGatheredViews(
2248             final boolean gatheredViews) {
2249         this._gatheredViews = gatheredViews;
2250         this._has_gatheredViews = true;
2251     }
2252
2253     /**
2254      * Sets the value of field 'height'.
2255      *
2256      * @param height the value of field 'height'.
2257      */
2258     public void setHeight(
2259             final int height) {
2260         this._height = height;
2261         this._has_height = true;
2262     }
2263
2264     /**
2265      *
2266      *
2267      * @param index
2268      * @param vHiddenColumns
2269      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
2270      * given is outside the bounds of the collection
2271      */
2272     public void setHiddenColumns(
2273             final int index,
2274             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2275     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
2276         // check bounds for index
2277         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {
2278             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2279         }
2280
2281         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2282     }
2283
2284     /**
2285      *
2286      *
2287      * @param vHiddenColumnsArray
2288      */
2289     public void setHiddenColumns(
2290             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {
2291         //-- copy array
2292         _hiddenColumnsList.clear();
2293
2294         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {
2295                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2296         }
2297     }
2298
2299     /**
2300      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
2301      * following description: unique id used by jalview to
2302      *  synchronize between stored and
2303      *  instantiated views
2304      *
2305      *
2306      * @param id the value of field 'id'.
2307      */
2308     public void setId(
2309             final java.lang.String id) {
2310         this._id = id;
2311     }
2312
2313     /**
2314      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2315      *
2316      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
2317      * 'ignoreGapsinConsensus'.
2318      */
2319     public void setIgnoreGapsinConsensus(
2320             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
2321         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2322         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2323     }
2324
2325     /**
2326      * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2327      *
2328      * @param normaliseSequenceLogo the value of field
2329      * 'normaliseSequenceLogo'.
2330      */
2331     public void setNormaliseSequenceLogo(
2332             final boolean normaliseSequenceLogo) {
2333         this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
2334         this._has_normaliseSequenceLogo = true;
2335     }
2336
2337     /**
2338      * Sets the value of field 'pidSelected'.
2339      *
2340      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.
2341      */
2342     public void setPidSelected(
2343             final boolean pidSelected) {
2344         this._pidSelected = pidSelected;
2345         this._has_pidSelected = true;
2346     }
2347
2348     /**
2349      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2350      *
2351      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
2352      */
2353     public void setPidThreshold(
2354             final int pidThreshold) {
2355         this._pidThreshold = pidThreshold;
2356         this._has_pidThreshold = true;
2357     }
2358
2359     /**
2360      * Sets the value of field 'renderGaps'.
2361      *
2362      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.
2363      */
2364     public void setRenderGaps(
2365             final boolean renderGaps) {
2366         this._renderGaps = renderGaps;
2367         this._has_renderGaps = true;
2368     }
2369
2370     /**
2371      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2372      *
2373      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.
2374      */
2375     public void setRightAlignIds(
2376             final boolean rightAlignIds) {
2377         this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2378         this._has_rightAlignIds = true;
2379     }
2380
2381     /**
2382      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2383      *
2384      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.
2385      */
2386     public void setSequenceSetId(
2387             final java.lang.String sequenceSetId) {
2388         this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2389     }
2390
2391     /**
2392      * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2393      *
2394      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.
2395      */
2396     public void setShowAnnotation(
2397             final boolean showAnnotation) {
2398         this._showAnnotation = showAnnotation;
2399         this._has_showAnnotation = true;
2400     }
2401
2402     /**
2403      * Sets the value of field 'showBoxes'.
2404      *
2405      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.
2406      */
2407     public void setShowBoxes(
2408             final boolean showBoxes) {
2409         this._showBoxes = showBoxes;
2410         this._has_showBoxes = true;
2411     }
2412
2413     /**
2414      * Sets the value of field 'showColourText'.
2415      *
2416      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.
2417      */
2418     public void setShowColourText(
2419             final boolean showColourText) {
2420         this._showColourText = showColourText;
2421         this._has_showColourText = true;
2422     }
2423
2424     /**
2425      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2426      *
2427      * @param showConsensusHistogram the value of field
2428      * 'showConsensusHistogram'.
2429      */
2430     public void setShowConsensusHistogram(
2431             final boolean showConsensusHistogram) {
2432         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2433         this._has_showConsensusHistogram = true;
2434     }
2435
2436     /**
2437      * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2438      *
2439      * @param showDbRefTooltip the value of field 'showDbRefTooltip'
2440      */
2441     public void setShowDbRefTooltip(
2442             final boolean showDbRefTooltip) {
2443         this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2444         this._has_showDbRefTooltip = true;
2445     }
2446
2447     /**
2448      * Sets the value of field 'showFullId'.
2449      *
2450      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.
2451      */
2452     public void setShowFullId(
2453             final boolean showFullId) {
2454         this._showFullId = showFullId;
2455         this._has_showFullId = true;
2456     }
2457
2458     /**
2459      * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2460      *
2461      * @param showGroupConsensus the value of field
2462      * 'showGroupConsensus'.
2463      */
2464     public void setShowGroupConsensus(
2465             final boolean showGroupConsensus) {
2466         this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2467         this._has_showGroupConsensus = true;
2468     }
2469
2470     /**
2471      * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2472      *
2473      * @param showGroupConservation the value of field
2474      * 'showGroupConservation'.
2475      */
2476     public void setShowGroupConservation(
2477             final boolean showGroupConservation) {
2478         this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2479         this._has_showGroupConservation = true;
2480     }
2481
2482     /**
2483      * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2484      *
2485      * @param showNPfeatureTooltip the value of field
2486      * 'showNPfeatureTooltip'.
2487      */
2488     public void setShowNPfeatureTooltip(
2489             final boolean showNPfeatureTooltip) {
2490         this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2491         this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2492     }
2493
2494     /**
2495      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2496      *
2497      * @param showSequenceFeatures the value of field
2498      * 'showSequenceFeatures'.
2499      */
2500     public void setShowSequenceFeatures(
2501             final boolean showSequenceFeatures) {
2502         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2503         this._has_showSequenceFeatures = true;
2504     }
2505
2506     /**
2507      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2508      *
2509      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
2510      */
2511     public void setShowSequenceLogo(
2512             final boolean showSequenceLogo) {
2513         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2514         this._has_showSequenceLogo = true;
2515     }
2516
2517     /**
2518      * Sets the value of field 'showText'.
2519      *
2520      * @param showText the value of field 'showText'.
2521      */
2522     public void setShowText(
2523             final boolean showText) {
2524         this._showText = showText;
2525         this._has_showText = true;
2526     }
2527
2528     /**
2529      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2530      *
2531      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
2532      */
2533     public void setShowUnconserved(
2534             final boolean showUnconserved) {
2535         this._showUnconserved = showUnconserved;
2536         this._has_showUnconserved = true;
2537     }
2538
2539     /**
2540      * Sets the value of field 'startRes'.
2541      *
2542      * @param startRes the value of field 'startRes'.
2543      */
2544     public void setStartRes(
2545             final int startRes) {
2546         this._startRes = startRes;
2547         this._has_startRes = true;
2548     }
2549
2550     /**
2551      * Sets the value of field 'startSeq'.
2552      *
2553      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.
2554      */
2555     public void setStartSeq(
2556             final int startSeq) {
2557         this._startSeq = startSeq;
2558         this._has_startSeq = true;
2559     }
2560
2561     /**
2562      * Sets the value of field 'textCol1'.
2563      *
2564      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
2565      */
2566     public void setTextCol1(
2567             final int textCol1) {
2568         this._textCol1 = textCol1;
2569         this._has_textCol1 = true;
2570     }
2571
2572     /**
2573      * Sets the value of field 'textCol2'.
2574      *
2575      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
2576      */
2577     public void setTextCol2(
2578             final int textCol2) {
2579         this._textCol2 = textCol2;
2580         this._has_textCol2 = true;
2581     }
2582
2583     /**
2584      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2585      *
2586      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
2587      */
2588     public void setTextColThreshold(
2589             final int textColThreshold) {
2590         this._textColThreshold = textColThreshold;
2591         this._has_textColThreshold = true;
2592     }
2593
2594     /**
2595      * Sets the value of field 'title'.
2596      *
2597      * @param title the value of field 'title'.
2598      */
2599     public void setTitle(
2600             final java.lang.String title) {
2601         this._title = title;
2602     }
2603
2604     /**
2605      * Sets the value of field 'viewName'.
2606      *
2607      * @param viewName the value of field 'viewName'.
2608      */
2609     public void setViewName(
2610             final java.lang.String viewName) {
2611         this._viewName = viewName;
2612     }
2613
2614     /**
2615      * Sets the value of field 'width'.
2616      *
2617      * @param width the value of field 'width'.
2618      */
2619     public void setWidth(
2620             final int width) {
2621         this._width = width;
2622         this._has_width = true;
2623     }
2624
2625     /**
2626      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2627      *
2628      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.
2629      */
2630     public void setWrapAlignment(
2631             final boolean wrapAlignment) {
2632         this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2633         this._has_wrapAlignment = true;
2634     }
2635
2636     /**
2637      * Sets the value of field 'xpos'.
2638      *
2639      * @param xpos the value of field 'xpos'.
2640      */
2641     public void setXpos(
2642             final int xpos) {
2643         this._xpos = xpos;
2644         this._has_xpos = true;
2645     }
2646
2647     /**
2648      * Sets the value of field 'ypos'.
2649      *
2650      * @param ypos the value of field 'ypos'.
2651      */
2652     public void setYpos(
2653             final int ypos) {
2654         this._ypos = ypos;
2655         this._has_ypos = true;
2656     }
2657
2658     /**
2659      * Method unmarshal.
2660      *
2661      * @param reader
2662      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
2663      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
2664      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
2665      * object is an invalid instance according to the schema
2666      * @return the unmarshaled
2667      * jalview.schemabinding.version2.Viewport
2668      */
2669     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2670             final java.io.Reader reader)
2671     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2672         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);
2673     }
2674
2675     /**
2676      *
2677      *
2678      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
2679      * object is an invalid instance according to the schema
2680      */
2681     public void validate(
2682     )
2683     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2684         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2685         validator.validate(this);
2686     }
2687
2688 }