src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemabinding.version2;
  19
  20 //---------------------------------/
  21 //- Imported classes and packages -/
  22 //---------------------------------/
  23
  24 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  26
  27 /**
  28  * Class Viewport.
  29  *
  30  * @version $Revision$ $Date$
  31  */
  32 public class Viewport implements java.io.Serializable
  33 {
  34
  35   // --------------------------/
  36   // - Class/Member Variables -/
  37   // --------------------------/
  38
  39   /**
  40    * Field _conservationSelected.
  41    */
  42   private boolean _conservationSelected;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  46    */
  47   private boolean _has_conservationSelected;
  48
  49   /**
  50    * Field _pidSelected.
  51    */
  52   private boolean _pidSelected;
  53
  54   /**
  55    * keeps track of state for field: _pidSelected
  56    */
  57   private boolean _has_pidSelected;
  58
  59   /**
  60    * Field _bgColour.
  61    */
  62   private java.lang.String _bgColour;
  63
  64   /**
  65    * Field _consThreshold.
  66    */
  67   private int _consThreshold;
  68
  69   /**
  70    * keeps track of state for field: _consThreshold
  71    */
  72   private boolean _has_consThreshold;
  73
  74   /**
  75    * Field _pidThreshold.
  76    */
  77   private int _pidThreshold;
  78
  79   /**
  80    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  81    */
  82   private boolean _has_pidThreshold;
  83
  84   /**
  85    * Field _title.
  86    */
  87   private java.lang.String _title;
  88
  89   /**
  90    * Field _showFullId.
  91    */
  92   private boolean _showFullId;
  93
  94   /**
  95    * keeps track of state for field: _showFullId
  96    */
  97   private boolean _has_showFullId;
  98
  99   /**
 100    * Field _rightAlignIds.
 101    */
 102   private boolean _rightAlignIds;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _rightAlignIds
 106    */
 107   private boolean _has_rightAlignIds;
 108
 109   /**
 110    * Field _showText.
 111    */
 112   private boolean _showText;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _showText
 116    */
 117   private boolean _has_showText;
 118
 119   /**
 120    * Field _showColourText.
 121    */
 122   private boolean _showColourText;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _showColourText
 126    */
 127   private boolean _has_showColourText;
 128
 129   /**
 130    * Field _showUnconserved.
 131    */
 132   private boolean _showUnconserved = false;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 136    */
 137   private boolean _has_showUnconserved;
 138
 139   /**
 140    * Field _showBoxes.
 141    */
 142   private boolean _showBoxes;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _showBoxes
 146    */
 147   private boolean _has_showBoxes;
 148
 149   /**
 150    * Field _wrapAlignment.
 151    */
 152   private boolean _wrapAlignment;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 156    */
 157   private boolean _has_wrapAlignment;
 158
 159   /**
 160    * Field _renderGaps.
 161    */
 162   private boolean _renderGaps;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _renderGaps
 166    */
 167   private boolean _has_renderGaps;
 168
 169   /**
 170    * Field _showSequenceFeatures.
 171    */
 172   private boolean _showSequenceFeatures;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 176    */
 177   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 178
 179   /**
 180    * Field _showNPfeatureTooltip.
 181    */
 182   private boolean _showNPfeatureTooltip;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 186    */
 187   private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 188
 189   /**
 190    * Field _showDbRefTooltip.
 191    */
 192   private boolean _showDbRefTooltip;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 196    */
 197   private boolean _has_showDbRefTooltip;
 198
 199   /**
 200    * Field _followHighlight.
 201    */
 202   private boolean _followHighlight = true;
 203
 204   /**
 205    * keeps track of state for field: _followHighlight
 206    */
 207   private boolean _has_followHighlight;
 208
 209   /**
 210    * Field _followSelection.
 211    */
 212   private boolean _followSelection = true;
 213
 214   /**
 215    * keeps track of state for field: _followSelection
 216    */
 217   private boolean _has_followSelection;
 218
 219   /**
 220    * Field _showAnnotation.
 221    */
 222   private boolean _showAnnotation;
 223
 224   /**
 225    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 226    */
 227   private boolean _has_showAnnotation;
 228
 229   /**
 230    * Field _centreColumnLabels.
 231    */
 232   private boolean _centreColumnLabels = false;
 233
 234   /**
 235    * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 236    */
 237   private boolean _has_centreColumnLabels;
 238
 239   /**
 240    * Field _showGroupConservation.
 241    */
 242   private boolean _showGroupConservation = false;
 243
 244   /**
 245    * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 246    */
 247   private boolean _has_showGroupConservation;
 248
 249   /**
 250    * Field _showGroupConsensus.
 251    */
 252   private boolean _showGroupConsensus = false;
 253
 254   /**
 255    * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 256    */
 257   private boolean _has_showGroupConsensus;
 258
 259   /**
 260    * Field _showConsensusHistogram.
 261    */
 262   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 263
 264   /**
 265    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 266    */
 267   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 268
 269   /**
 270    * Field _showSequenceLogo.
 271    */
 272   private boolean _showSequenceLogo = false;
 273
 274   /**
 275    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 276    */
 277   private boolean _has_showSequenceLogo;
 278
 279   /**
 280    * Field _normaliseSequenceLogo.
 281    */
 282   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 283
 284   /**
 285    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 286    */
 287   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 288
 289   /**
 290    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 291    */
 292   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 293
 294   /**
 295    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 296    */
 297   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 298
 299   /**
 300    * Field _startRes.
 301    */
 302   private int _startRes;
 303
 304   /**
 305    * keeps track of state for field: _startRes
 306    */
 307   private boolean _has_startRes;
 308
 309   /**
 310    * Field _startSeq.
 311    */
 312   private int _startSeq;
 313
 314   /**
 315    * keeps track of state for field: _startSeq
 316    */
 317   private boolean _has_startSeq;
 318
 319   /**
 320    * Field _fontName.
 321    */
 322   private java.lang.String _fontName;
 323
 324   /**
 325    * Field _fontSize.
 326    */
 327   private int _fontSize;
 328
 329   /**
 330    * keeps track of state for field: _fontSize
 331    */
 332   private boolean _has_fontSize;
 333
 334   /**
 335    * Field _fontStyle.
 336    */
 337   private int _fontStyle;
 338
 339   /**
 340    * keeps track of state for field: _fontStyle
 341    */
 342   private boolean _has_fontStyle;
 343
 344   /**
 345    * Field _viewName.
 346    */
 347   private java.lang.String _viewName;
 348
 349   /**
 350    * Field _sequenceSetId.
 351    */
 352   private java.lang.String _sequenceSetId;
 353
 354   /**
 355    * Field _gatheredViews.
 356    */
 357   private boolean _gatheredViews;
 358
 359   /**
 360    * keeps track of state for field: _gatheredViews
 361    */
 362   private boolean _has_gatheredViews;
 363
 364   /**
 365    * Field _textCol1.
 366    */
 367   private int _textCol1;
 368
 369   /**
 370    * keeps track of state for field: _textCol1
 371    */
 372   private boolean _has_textCol1;
 373
 374   /**
 375    * Field _textCol2.
 376    */
 377   private int _textCol2;
 378
 379   /**
 380    * keeps track of state for field: _textCol2
 381    */
 382   private boolean _has_textCol2;
 383
 384   /**
 385    * Field _textColThreshold.
 386    */
 387   private int _textColThreshold;
 388
 389   /**
 390    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 391    */
 392   private boolean _has_textColThreshold;
 393
 394   /**
 395    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
 396    * views
 397    *
 398    */
 399   private java.lang.String _id;
 400
 401   /**
 402    * Field _width.
 403    */
 404   private int _width;
 405
 406   /**
 407    * keeps track of state for field: _width
 408    */
 409   private boolean _has_width;
 410
 411   /**
 412    * Field _height.
 413    */
 414   private int _height;
 415
 416   /**
 417    * keeps track of state for field: _height
 418    */
 419   private boolean _has_height;
 420
 421   /**
 422    * Field _xpos.
 423    */
 424   private int _xpos;
 425
 426   /**
 427    * keeps track of state for field: _xpos
 428    */
 429   private boolean _has_xpos;
 430
 431   /**
 432    * Field _ypos.
 433    */
 434   private int _ypos;
 435
 436   /**
 437    * keeps track of state for field: _ypos
 438    */
 439   private boolean _has_ypos;
 440
 441   /**
 442    * Field _annotationColours.
 443    */
 444   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 445
 446   /**
 447    * Field _hiddenColumnsList.
 448    */
 449   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 450
 451   /**
 452    * Field _calcIdParamList.
 453    */
 454   private java.util.Vector _calcIdParamList;
 455
 456   // ----------------/
 457   // - Constructors -/
 458   // ----------------/
 459
 460   public Viewport()
 461   {
 462     super();
 463     this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 464     this._calcIdParamList = new java.util.Vector();
 465   }
 466
 467   // -----------/
 468   // - Methods -/
 469   // -----------/
 470
 471   /**
 472    *
 473    *
 474    * @param vCalcIdParam
 475    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 476    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 477    */
 478   public void addCalcIdParam(
 479           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 480           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 481   {
 482     this._calcIdParamList.addElement(vCalcIdParam);
 483   }
 484
 485   /**
 486    *
 487    *
 488    * @param index
 489    * @param vCalcIdParam
 490    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 491    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 492    */
 493   public void addCalcIdParam(final int index,
 494           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 495           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 496   {
 497     this._calcIdParamList.add(index, vCalcIdParam);
 498   }
 499
 500   /**
 501    *
 502    *
 503    * @param vHiddenColumns
 504    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 505    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 506    */
 507   public void addHiddenColumns(
 508           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 509           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 510   {
 511     this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 512   }
 513
 514   /**
 515    *
 516    *
 517    * @param index
 518    * @param vHiddenColumns
 519    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 520    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 521    */
 522   public void addHiddenColumns(final int index,
 523           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 524           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 525   {
 526     this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 527   }
 528
 529   /**
 530      */
 531   public void deleteCentreColumnLabels()
 532   {
 533     this._has_centreColumnLabels = false;
 534   }
 535
 536   /**
 537      */
 538   public void deleteConsThreshold()
 539   {
 540     this._has_consThreshold = false;
 541   }
 542
 543   /**
 544      */
 545   public void deleteConservationSelected()
 546   {
 547     this._has_conservationSelected = false;
 548   }
 549
 550   /**
 551      */
 552   public void deleteFollowHighlight()
 553   {
 554     this._has_followHighlight = false;
 555   }
 556
 557   /**
 558      */
 559   public void deleteFollowSelection()
 560   {
 561     this._has_followSelection = false;
 562   }
 563
 564   /**
 565      */
 566   public void deleteFontSize()
 567   {
 568     this._has_fontSize = false;
 569   }
 570
 571   /**
 572      */
 573   public void deleteFontStyle()
 574   {
 575     this._has_fontStyle = false;
 576   }
 577
 578   /**
 579      */
 580   public void deleteGatheredViews()
 581   {
 582     this._has_gatheredViews = false;
 583   }
 584
 585   /**
 586      */
 587   public void deleteHeight()
 588   {
 589     this._has_height = false;
 590   }
 591
 592   /**
 593      */
 594   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 595   {
 596     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 597   }
 598
 599   /**
 600      */
 601   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 602   {
 603     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 604   }
 605
 606   /**
 607      */
 608   public void deletePidSelected()
 609   {
 610     this._has_pidSelected = false;
 611   }
 612
 613   /**
 614      */
 615   public void deletePidThreshold()
 616   {
 617     this._has_pidThreshold = false;
 618   }
 619
 620   /**
 621      */
 622   public void deleteRenderGaps()
 623   {
 624     this._has_renderGaps = false;
 625   }
 626
 627   /**
 628      */
 629   public void deleteRightAlignIds()
 630   {
 631     this._has_rightAlignIds = false;
 632   }
 633
 634   /**
 635      */
 636   public void deleteShowAnnotation()
 637   {
 638     this._has_showAnnotation = false;
 639   }
 640
 641   /**
 642      */
 643   public void deleteShowBoxes()
 644   {
 645     this._has_showBoxes = false;
 646   }
 647
 648   /**
 649      */
 650   public void deleteShowColourText()
 651   {
 652     this._has_showColourText = false;
 653   }
 654
 655   /**
 656      */
 657   public void deleteShowConsensusHistogram()
 658   {
 659     this._has_showConsensusHistogram = false;
 660   }
 661
 662   /**
 663      */
 664   public void deleteShowDbRefTooltip()
 665   {
 666     this._has_showDbRefTooltip = false;
 667   }
 668
 669   /**
 670      */
 671   public void deleteShowFullId()
 672   {
 673     this._has_showFullId = false;
 674   }
 675
 676   /**
 677      */
 678   public void deleteShowGroupConsensus()
 679   {
 680     this._has_showGroupConsensus = false;
 681   }
 682
 683   /**
 684      */
 685   public void deleteShowGroupConservation()
 686   {
 687     this._has_showGroupConservation = false;
 688   }
 689
 690   /**
 691      */
 692   public void deleteShowNPfeatureTooltip()
 693   {
 694     this._has_showNPfeatureTooltip = false;
 695   }
 696
 697   /**
 698      */
 699   public void deleteShowSequenceFeatures()
 700   {
 701     this._has_showSequenceFeatures = false;
 702   }
 703
 704   /**
 705      */
 706   public void deleteShowSequenceLogo()
 707   {
 708     this._has_showSequenceLogo = false;
 709   }
 710
 711   /**
 712      */
 713   public void deleteShowText()
 714   {
 715     this._has_showText = false;
 716   }
 717
 718   /**
 719      */
 720   public void deleteShowUnconserved()
 721   {
 722     this._has_showUnconserved = false;
 723   }
 724
 725   /**
 726      */
 727   public void deleteStartRes()
 728   {
 729     this._has_startRes = false;
 730   }
 731
 732   /**
 733      */
 734   public void deleteStartSeq()
 735   {
 736     this._has_startSeq = false;
 737   }
 738
 739   /**
 740      */
 741   public void deleteTextCol1()
 742   {
 743     this._has_textCol1 = false;
 744   }
 745
 746   /**
 747      */
 748   public void deleteTextCol2()
 749   {
 750     this._has_textCol2 = false;
 751   }
 752
 753   /**
 754      */
 755   public void deleteTextColThreshold()
 756   {
 757     this._has_textColThreshold = false;
 758   }
 759
 760   /**
 761      */
 762   public void deleteWidth()
 763   {
 764     this._has_width = false;
 765   }
 766
 767   /**
 768      */
 769   public void deleteWrapAlignment()
 770   {
 771     this._has_wrapAlignment = false;
 772   }
 773
 774   /**
 775      */
 776   public void deleteXpos()
 777   {
 778     this._has_xpos = false;
 779   }
 780
 781   /**
 782      */
 783   public void deleteYpos()
 784   {
 785     this._has_ypos = false;
 786   }
 787
 788   /**
 789    * Method enumerateCalcIdParam.
 790    *
 791    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam
 792    *         elements
 793    */
 794   public java.util.Enumeration enumerateCalcIdParam()
 795   {
 796     return this._calcIdParamList.elements();
 797   }
 798
 799   /**
 800    * Method enumerateHiddenColumns.
 801    *
 802    * @return an Enumeration over all
 803    *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 804    */
 805   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()
 806   {
 807     return this._hiddenColumnsList.elements();
 808   }
 809
 810   /**
 811    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 812    *
 813    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 814    */
 815   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 816   {
 817     return this._annotationColours;
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Returns the value of field 'bgColour'.
 822    *
 823    * @return the value of field 'BgColour'.
 824    */
 825   public java.lang.String getBgColour()
 826   {
 827     return this._bgColour;
 828   }
 829
 830   /**
 831    * Method getCalcIdParam.
 832    *
 833    * @param index
 834    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 835    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 836    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam at the
 837    *         given index
 838    */
 839   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam getCalcIdParam(
 840           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 841   {
 842     // check bounds for index
 843     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
 844     {
 845       throw new IndexOutOfBoundsException("getCalcIdParam: Index value '"
 846               + index + "' not in range [0.."
 847               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
 848     }
 849
 850     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) _calcIdParamList
 851             .get(index);
 852   }
 853
 854   /**
 855    * Method getCalcIdParam.Returns the contents of the collection in an Array.
 856    * <p>
 857    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 858    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 859    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 860    *
 861    * @return this collection as an Array
 862    */
 863   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] getCalcIdParam()
 864   {
 865     jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] array = new jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[0];
 866     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[]) this._calcIdParamList
 867             .toArray(array);
 868   }
 869
 870   /**
 871    * Method getCalcIdParamCount.
 872    *
 873    * @return the size of this collection
 874    */
 875   public int getCalcIdParamCount()
 876   {
 877     return this._calcIdParamList.size();
 878   }
 879
 880   /**
 881    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 882    *
 883    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 884    */
 885   public boolean getCentreColumnLabels()
 886   {
 887     return this._centreColumnLabels;
 888   }
 889
 890   /**
 891    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 892    *
 893    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 894    */
 895   public int getConsThreshold()
 896   {
 897     return this._consThreshold;
 898   }
 899
 900   /**
 901    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 902    *
 903    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 904    */
 905   public boolean getConservationSelected()
 906   {
 907     return this._conservationSelected;
 908   }
 909
 910   /**
 911    * Returns the value of field 'followHighlight'.
 912    *
 913    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 914    */
 915   public boolean getFollowHighlight()
 916   {
 917     return this._followHighlight;
 918   }
 919
 920   /**
 921    * Returns the value of field 'followSelection'.
 922    *
 923    * @return the value of field 'FollowSelection'.
 924    */
 925   public boolean getFollowSelection()
 926   {
 927     return this._followSelection;
 928   }
 929
 930   /**
 931    * Returns the value of field 'fontName'.
 932    *
 933    * @return the value of field 'FontName'.
 934    */
 935   public java.lang.String getFontName()
 936   {
 937     return this._fontName;
 938   }
 939
 940   /**
 941    * Returns the value of field 'fontSize'.
 942    *
 943    * @return the value of field 'FontSize'.
 944    */
 945   public int getFontSize()
 946   {
 947     return this._fontSize;
 948   }
 949
 950   /**
 951    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 952    *
 953    * @return the value of field 'FontStyle'.
 954    */
 955   public int getFontStyle()
 956   {
 957     return this._fontStyle;
 958   }
 959
 960   /**
 961    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
 962    *
 963    * @return the value of field 'GatheredViews'.
 964    */
 965   public boolean getGatheredViews()
 966   {
 967     return this._gatheredViews;
 968   }
 969
 970   /**
 971    * Returns the value of field 'height'.
 972    *
 973    * @return the value of field 'Height'.
 974    */
 975   public int getHeight()
 976   {
 977     return this._height;
 978   }
 979
 980   /**
 981    * Method getHiddenColumns.
 982    *
 983    * @param index
 984    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 985    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 986    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at
 987    *         the given index
 988    */
 989   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
 990           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 991   {
 992     // check bounds for index
 993     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
 994     {
 995       throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"
 996               + index + "' not in range [0.."
 997               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
 998     }
 999
1000     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList
1001             .get(index);
1002   }
1003
1004   /**
1005    * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.
1006    * <p>
1007    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
1008    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
1009    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
1010    *
1011    * @return this collection as an Array
1012    */
1013   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()
1014   {
1015     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
1016     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList
1017             .toArray(array);
1018   }
1019
1020   /**
1021    * Method getHiddenColumnsCount.
1022    *
1023    * @return the size of this collection
1024    */
1025   public int getHiddenColumnsCount()
1026   {
1027     return this._hiddenColumnsList.size();
1028   }
1029
1030   /**
1031    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
1032    * description: unique id used by jalview to synchronize between stored and
1033    * instantiated views
1034    *
1035    *
1036    * @return the value of field 'Id'.
1037    */
1038   public java.lang.String getId()
1039   {
1040     return this._id;
1041   }
1042
1043   /**
1044    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1045    *
1046    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1047    */
1048   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
1049   {
1050     return this._ignoreGapsinConsensus;
1051   }
1052
1053   /**
1054    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1055    *
1056    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1057    */
1058   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
1059   {
1060     return this._normaliseSequenceLogo;
1061   }
1062
1063   /**
1064    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1065    *
1066    * @return the value of field 'PidSelected'.
1067    */
1068   public boolean getPidSelected()
1069   {
1070     return this._pidSelected;
1071   }
1072
1073   /**
1074    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
1075    *
1076    * @return the value of field 'PidThreshold'.
1077    */
1078   public int getPidThreshold()
1079   {
1080     return this._pidThreshold;
1081   }
1082
1083   /**
1084    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1085    *
1086    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1087    */
1088   public boolean getRenderGaps()
1089   {
1090     return this._renderGaps;
1091   }
1092
1093   /**
1094    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1095    *
1096    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1097    */
1098   public boolean getRightAlignIds()
1099   {
1100     return this._rightAlignIds;
1101   }
1102
1103   /**
1104    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
1105    *
1106    * @return the value of field 'SequenceSetId'.
1107    */
1108   public java.lang.String getSequenceSetId()
1109   {
1110     return this._sequenceSetId;
1111   }
1112
1113   /**
1114    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1115    *
1116    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1117    */
1118   public boolean getShowAnnotation()
1119   {
1120     return this._showAnnotation;
1121   }
1122
1123   /**
1124    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1125    *
1126    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1127    */
1128   public boolean getShowBoxes()
1129   {
1130     return this._showBoxes;
1131   }
1132
1133   /**
1134    * Returns the value of field 'showColourText'.
1135    *
1136    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1137    */
1138   public boolean getShowColourText()
1139   {
1140     return this._showColourText;
1141   }
1142
1143   /**
1144    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1145    *
1146    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1147    */
1148   public boolean getShowConsensusHistogram()
1149   {
1150     return this._showConsensusHistogram;
1151   }
1152
1153   /**
1154    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1155    *
1156    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1157    */
1158   public boolean getShowDbRefTooltip()
1159   {
1160     return this._showDbRefTooltip;
1161   }
1162
1163   /**
1164    * Returns the value of field 'showFullId'.
1165    *
1166    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1167    */
1168   public boolean getShowFullId()
1169   {
1170     return this._showFullId;
1171   }
1172
1173   /**
1174    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1175    *
1176    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1177    */
1178   public boolean getShowGroupConsensus()
1179   {
1180     return this._showGroupConsensus;
1181   }
1182
1183   /**
1184    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1185    *
1186    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1187    */
1188   public boolean getShowGroupConservation()
1189   {
1190     return this._showGroupConservation;
1191   }
1192
1193   /**
1194    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1195    *
1196    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1197    */
1198   public boolean getShowNPfeatureTooltip()
1199   {
1200     return this._showNPfeatureTooltip;
1201   }
1202
1203   /**
1204    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1205    *
1206    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1207    */
1208   public boolean getShowSequenceFeatures()
1209   {
1210     return this._showSequenceFeatures;
1211   }
1212
1213   /**
1214    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1215    *
1216    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1217    */
1218   public boolean getShowSequenceLogo()
1219   {
1220     return this._showSequenceLogo;
1221   }
1222
1223   /**
1224    * Returns the value of field 'showText'.
1225    *
1226    * @return the value of field 'ShowText'.
1227    */
1228   public boolean getShowText()
1229   {
1230     return this._showText;
1231   }
1232
1233   /**
1234    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1235    *
1236    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1237    */
1238   public boolean getShowUnconserved()
1239   {
1240     return this._showUnconserved;
1241   }
1242
1243   /**
1244    * Returns the value of field 'startRes'.
1245    *
1246    * @return the value of field 'StartRes'.
1247    */
1248   public int getStartRes()
1249   {
1250     return this._startRes;
1251   }
1252
1253   /**
1254    * Returns the value of field 'startSeq'.
1255    *
1256    * @return the value of field 'StartSeq'.
1257    */
1258   public int getStartSeq()
1259   {
1260     return this._startSeq;
1261   }
1262
1263   /**
1264    * Returns the value of field 'textCol1'.
1265    *
1266    * @return the value of field 'TextCol1'.
1267    */
1268   public int getTextCol1()
1269   {
1270     return this._textCol1;
1271   }
1272
1273   /**
1274    * Returns the value of field 'textCol2'.
1275    *
1276    * @return the value of field 'TextCol2'.
1277    */
1278   public int getTextCol2()
1279   {
1280     return this._textCol2;
1281   }
1282
1283   /**
1284    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1285    *
1286    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1287    */
1288   public int getTextColThreshold()
1289   {
1290     return this._textColThreshold;
1291   }
1292
1293   /**
1294    * Returns the value of field 'title'.
1295    *
1296    * @return the value of field 'Title'.
1297    */
1298   public java.lang.String getTitle()
1299   {
1300     return this._title;
1301   }
1302
1303   /**
1304    * Returns the value of field 'viewName'.
1305    *
1306    * @return the value of field 'ViewName'.
1307    */
1308   public java.lang.String getViewName()
1309   {
1310     return this._viewName;
1311   }
1312
1313   /**
1314    * Returns the value of field 'width'.
1315    *
1316    * @return the value of field 'Width'.
1317    */
1318   public int getWidth()
1319   {
1320     return this._width;
1321   }
1322
1323   /**
1324    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1325    *
1326    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1327    */
1328   public boolean getWrapAlignment()
1329   {
1330     return this._wrapAlignment;
1331   }
1332
1333   /**
1334    * Returns the value of field 'xpos'.
1335    *
1336    * @return the value of field 'Xpos'.
1337    */
1338   public int getXpos()
1339   {
1340     return this._xpos;
1341   }
1342
1343   /**
1344    * Returns the value of field 'ypos'.
1345    *
1346    * @return the value of field 'Ypos'.
1347    */
1348   public int getYpos()
1349   {
1350     return this._ypos;
1351   }
1352
1353   /**
1354    * Method hasCentreColumnLabels.
1355    *
1356    * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1357    */
1358   public boolean hasCentreColumnLabels()
1359   {
1360     return this._has_centreColumnLabels;
1361   }
1362
1363   /**
1364    * Method hasConsThreshold.
1365    *
1366    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1367    */
1368   public boolean hasConsThreshold()
1369   {
1370     return this._has_consThreshold;
1371   }
1372
1373   /**
1374    * Method hasConservationSelected.
1375    *
1376    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
1377    */
1378   public boolean hasConservationSelected()
1379   {
1380     return this._has_conservationSelected;
1381   }
1382
1383   /**
1384    * Method hasFollowHighlight.
1385    *
1386    * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1387    */
1388   public boolean hasFollowHighlight()
1389   {
1390     return this._has_followHighlight;
1391   }
1392
1393   /**
1394    * Method hasFollowSelection.
1395    *
1396    * @return true if at least one FollowSelection has been added
1397    */
1398   public boolean hasFollowSelection()
1399   {
1400     return this._has_followSelection;
1401   }
1402
1403   /**
1404    * Method hasFontSize.
1405    *
1406    * @return true if at least one FontSize has been added
1407    */
1408   public boolean hasFontSize()
1409   {
1410     return this._has_fontSize;
1411   }
1412
1413   /**
1414    * Method hasFontStyle.
1415    *
1416    * @return true if at least one FontStyle has been added
1417    */
1418   public boolean hasFontStyle()
1419   {
1420     return this._has_fontStyle;
1421   }
1422
1423   /**
1424    * Method hasGatheredViews.
1425    *
1426    * @return true if at least one GatheredViews has been added
1427    */
1428   public boolean hasGatheredViews()
1429   {
1430     return this._has_gatheredViews;
1431   }
1432
1433   /**
1434    * Method hasHeight.
1435    *
1436    * @return true if at least one Height has been added
1437    */
1438   public boolean hasHeight()
1439   {
1440     return this._has_height;
1441   }
1442
1443   /**
1444    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1445    *
1446    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
1447    */
1448   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
1449   {
1450     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1451   }
1452
1453   /**
1454    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
1455    *
1456    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
1457    */
1458   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
1459   {
1460     return this._has_normaliseSequenceLogo;
1461   }
1462
1463   /**
1464    * Method hasPidSelected.
1465    *
1466    * @return true if at least one PidSelected has been added
1467    */
1468   public boolean hasPidSelected()
1469   {
1470     return this._has_pidSelected;
1471   }
1472
1473   /**
1474    * Method hasPidThreshold.
1475    *
1476    * @return true if at least one PidThreshold has been added
1477    */
1478   public boolean hasPidThreshold()
1479   {
1480     return this._has_pidThreshold;
1481   }
1482
1483   /**
1484    * Method hasRenderGaps.
1485    *
1486    * @return true if at least one RenderGaps has been added
1487    */
1488   public boolean hasRenderGaps()
1489   {
1490     return this._has_renderGaps;
1491   }
1492
1493   /**
1494    * Method hasRightAlignIds.
1495    *
1496    * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1497    */
1498   public boolean hasRightAlignIds()
1499   {
1500     return this._has_rightAlignIds;
1501   }
1502
1503   /**
1504    * Method hasShowAnnotation.
1505    *
1506    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1507    */
1508   public boolean hasShowAnnotation()
1509   {
1510     return this._has_showAnnotation;
1511   }
1512
1513   /**
1514    * Method hasShowBoxes.
1515    *
1516    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1517    */
1518   public boolean hasShowBoxes()
1519   {
1520     return this._has_showBoxes;
1521   }
1522
1523   /**
1524    * Method hasShowColourText.
1525    *
1526    * @return true if at least one ShowColourText has been added
1527    */
1528   public boolean hasShowColourText()
1529   {
1530     return this._has_showColourText;
1531   }
1532
1533   /**
1534    * Method hasShowConsensusHistogram.
1535    *
1536    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
1537    */
1538   public boolean hasShowConsensusHistogram()
1539   {
1540     return this._has_showConsensusHistogram;
1541   }
1542
1543   /**
1544    * Method hasShowDbRefTooltip.
1545    *
1546    * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1547    */
1548   public boolean hasShowDbRefTooltip()
1549   {
1550     return this._has_showDbRefTooltip;
1551   }
1552
1553   /**
1554    * Method hasShowFullId.
1555    *
1556    * @return true if at least one ShowFullId has been added
1557    */
1558   public boolean hasShowFullId()
1559   {
1560     return this._has_showFullId;
1561   }
1562
1563   /**
1564    * Method hasShowGroupConsensus.
1565    *
1566    * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1567    */
1568   public boolean hasShowGroupConsensus()
1569   {
1570     return this._has_showGroupConsensus;
1571   }
1572
1573   /**
1574    * Method hasShowGroupConservation.
1575    *
1576    * @return true if at least one ShowGroupConservation has been added
1577    */
1578   public boolean hasShowGroupConservation()
1579   {
1580     return this._has_showGroupConservation;
1581   }
1582
1583   /**
1584    * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1585    *
1586    * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been added
1587    */
1588   public boolean hasShowNPfeatureTooltip()
1589   {
1590     return this._has_showNPfeatureTooltip;
1591   }
1592
1593   /**
1594    * Method hasShowSequenceFeatures.
1595    *
1596    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
1597    */
1598   public boolean hasShowSequenceFeatures()
1599   {
1600     return this._has_showSequenceFeatures;
1601   }
1602
1603   /**
1604    * Method hasShowSequenceLogo.
1605    *
1606    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1607    */
1608   public boolean hasShowSequenceLogo()
1609   {
1610     return this._has_showSequenceLogo;
1611   }
1612
1613   /**
1614    * Method hasShowText.
1615    *
1616    * @return true if at least one ShowText has been added
1617    */
1618   public boolean hasShowText()
1619   {
1620     return this._has_showText;
1621   }
1622
1623   /**
1624    * Method hasShowUnconserved.
1625    *
1626    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1627    */
1628   public boolean hasShowUnconserved()
1629   {
1630     return this._has_showUnconserved;
1631   }
1632
1633   /**
1634    * Method hasStartRes.
1635    *
1636    * @return true if at least one StartRes has been added
1637    */
1638   public boolean hasStartRes()
1639   {
1640     return this._has_startRes;
1641   }
1642
1643   /**
1644    * Method hasStartSeq.
1645    *
1646    * @return true if at least one StartSeq has been added
1647    */
1648   public boolean hasStartSeq()
1649   {
1650     return this._has_startSeq;
1651   }
1652
1653   /**
1654    * Method hasTextCol1.
1655    *
1656    * @return true if at least one TextCol1 has been added
1657    */
1658   public boolean hasTextCol1()
1659   {
1660     return this._has_textCol1;
1661   }
1662
1663   /**
1664    * Method hasTextCol2.
1665    *
1666    * @return true if at least one TextCol2 has been added
1667    */
1668   public boolean hasTextCol2()
1669   {
1670     return this._has_textCol2;
1671   }
1672
1673   /**
1674    * Method hasTextColThreshold.
1675    *
1676    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1677    */
1678   public boolean hasTextColThreshold()
1679   {
1680     return this._has_textColThreshold;
1681   }
1682
1683   /**
1684    * Method hasWidth.
1685    *
1686    * @return true if at least one Width has been added
1687    */
1688   public boolean hasWidth()
1689   {
1690     return this._has_width;
1691   }
1692
1693   /**
1694    * Method hasWrapAlignment.
1695    *
1696    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1697    */
1698   public boolean hasWrapAlignment()
1699   {
1700     return this._has_wrapAlignment;
1701   }
1702
1703   /**
1704    * Method hasXpos.
1705    *
1706    * @return true if at least one Xpos has been added
1707    */
1708   public boolean hasXpos()
1709   {
1710     return this._has_xpos;
1711   }
1712
1713   /**
1714    * Method hasYpos.
1715    *
1716    * @return true if at least one Ypos has been added
1717    */
1718   public boolean hasYpos()
1719   {
1720     return this._has_ypos;
1721   }
1722
1723   /**
1724    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1725    *
1726    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1727    */
1728   public boolean isCentreColumnLabels()
1729   {
1730     return this._centreColumnLabels;
1731   }
1732
1733   /**
1734    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1735    *
1736    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1737    */
1738   public boolean isConservationSelected()
1739   {
1740     return this._conservationSelected;
1741   }
1742
1743   /**
1744    * Returns the value of field 'followHighlight'.
1745    *
1746    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1747    */
1748   public boolean isFollowHighlight()
1749   {
1750     return this._followHighlight;
1751   }
1752
1753   /**
1754    * Returns the value of field 'followSelection'.
1755    *
1756    * @return the value of field 'FollowSelection'.
1757    */
1758   public boolean isFollowSelection()
1759   {
1760     return this._followSelection;
1761   }
1762
1763   /**
1764    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1765    *
1766    * @return the value of field 'GatheredViews'.
1767    */
1768   public boolean isGatheredViews()
1769   {
1770     return this._gatheredViews;
1771   }
1772
1773   /**
1774    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1775    *
1776    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1777    */
1778   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1779   {
1780     return this._ignoreGapsinConsensus;
1781   }
1782
1783   /**
1784    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1785    *
1786    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1787    */
1788   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1789   {
1790     return this._normaliseSequenceLogo;
1791   }
1792
1793   /**
1794    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1795    *
1796    * @return the value of field 'PidSelected'.
1797    */
1798   public boolean isPidSelected()
1799   {
1800     return this._pidSelected;
1801   }
1802
1803   /**
1804    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1805    *
1806    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1807    */
1808   public boolean isRenderGaps()
1809   {
1810     return this._renderGaps;
1811   }
1812
1813   /**
1814    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1815    *
1816    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1817    */
1818   public boolean isRightAlignIds()
1819   {
1820     return this._rightAlignIds;
1821   }
1822
1823   /**
1824    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1825    *
1826    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1827    */
1828   public boolean isShowAnnotation()
1829   {
1830     return this._showAnnotation;
1831   }
1832
1833   /**
1834    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1835    *
1836    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1837    */
1838   public boolean isShowBoxes()
1839   {
1840     return this._showBoxes;
1841   }
1842
1843   /**
1844    * Returns the value of field 'showColourText'.
1845    *
1846    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1847    */
1848   public boolean isShowColourText()
1849   {
1850     return this._showColourText;
1851   }
1852
1853   /**
1854    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1855    *
1856    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1857    */
1858   public boolean isShowConsensusHistogram()
1859   {
1860     return this._showConsensusHistogram;
1861   }
1862
1863   /**
1864    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1865    *
1866    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1867    */
1868   public boolean isShowDbRefTooltip()
1869   {
1870     return this._showDbRefTooltip;
1871   }
1872
1873   /**
1874    * Returns the value of field 'showFullId'.
1875    *
1876    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1877    */
1878   public boolean isShowFullId()
1879   {
1880     return this._showFullId;
1881   }
1882
1883   /**
1884    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1885    *
1886    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1887    */
1888   public boolean isShowGroupConsensus()
1889   {
1890     return this._showGroupConsensus;
1891   }
1892
1893   /**
1894    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1895    *
1896    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1897    */
1898   public boolean isShowGroupConservation()
1899   {
1900     return this._showGroupConservation;
1901   }
1902
1903   /**
1904    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1905    *
1906    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1907    */
1908   public boolean isShowNPfeatureTooltip()
1909   {
1910     return this._showNPfeatureTooltip;
1911   }
1912
1913   /**
1914    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1915    *
1916    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1917    */
1918   public boolean isShowSequenceFeatures()
1919   {
1920     return this._showSequenceFeatures;
1921   }
1922
1923   /**
1924    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1925    *
1926    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1927    */
1928   public boolean isShowSequenceLogo()
1929   {
1930     return this._showSequenceLogo;
1931   }
1932
1933   /**
1934    * Returns the value of field 'showText'.
1935    *
1936    * @return the value of field 'ShowText'.
1937    */
1938   public boolean isShowText()
1939   {
1940     return this._showText;
1941   }
1942
1943   /**
1944    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1945    *
1946    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1947    */
1948   public boolean isShowUnconserved()
1949   {
1950     return this._showUnconserved;
1951   }
1952
1953   /**
1954    * Method isValid.
1955    *
1956    * @return true if this object is valid according to the schema
1957    */
1958   public boolean isValid()
1959   {
1960     try
1961     {
1962       validate();
1963     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1964     {
1965       return false;
1966     }
1967     return true;
1968   }
1969
1970   /**
1971    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1972    *
1973    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1974    */
1975   public boolean isWrapAlignment()
1976   {
1977     return this._wrapAlignment;
1978   }
1979
1980   /**
1981    *
1982    *
1983    * @param out
1984    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1985    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1986    *           marshaling
1987    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1988    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1989    */
1990   public void marshal(final java.io.Writer out)
1991           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1992           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1993   {
1994     Marshaller.marshal(this, out);
1995   }
1996
1997   /**
1998    *
1999    *
2000    * @param handler
2001    * @throws java.io.IOException
2002    *           if an IOException occurs during marshaling
2003    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2004    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2005    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2006    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2007    *           marshaling
2008    */
2009   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
2010           throws java.io.IOException,
2011           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2012           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2013   {
2014     Marshaller.marshal(this, handler);
2015   }
2016
2017   /**
2018      */
2019   public void removeAllCalcIdParam()
2020   {
2021     this._calcIdParamList.clear();
2022   }
2023
2024   /**
2025      */
2026   public void removeAllHiddenColumns()
2027   {
2028     this._hiddenColumnsList.clear();
2029   }
2030
2031   /**
2032    * Method removeCalcIdParam.
2033    *
2034    * @param vCalcIdParam
2035    * @return true if the object was removed from the collection.
2036    */
2037   public boolean removeCalcIdParam(
2038           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2039   {
2040     boolean removed = _calcIdParamList.remove(vCalcIdParam);
2041     return removed;
2042   }
2043
2044   /**
2045    * Method removeCalcIdParamAt.
2046    *
2047    * @param index
2048    * @return the element removed from the collection
2049    */
2050   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam removeCalcIdParamAt(
2051           final int index)
2052   {
2053     java.lang.Object obj = this._calcIdParamList.remove(index);
2054     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) obj;
2055   }
2056
2057   /**
2058    * Method removeHiddenColumns.
2059    *
2060    * @param vHiddenColumns
2061    * @return true if the object was removed from the collection.
2062    */
2063   public boolean removeHiddenColumns(
2064           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2065   {
2066     boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
2067     return removed;
2068   }
2069
2070   /**
2071    * Method removeHiddenColumnsAt.
2072    *
2073    * @param index
2074    * @return the element removed from the collection
2075    */
2076   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
2077           final int index)
2078   {
2079     java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
2080     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
2081   }
2082
2083   /**
2084    * Sets the value of field 'annotationColours'.
2085    *
2086    * @param annotationColours
2087    *          the value of field 'annotationColours'.
2088    */
2089   public void setAnnotationColours(
2090           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
2091   {
2092     this._annotationColours = annotationColours;
2093   }
2094
2095   /**
2096    * Sets the value of field 'bgColour'.
2097    *
2098    * @param bgColour
2099    *          the value of field 'bgColour'.
2100    */
2101   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
2102   {
2103     this._bgColour = bgColour;
2104   }
2105
2106   /**
2107    *
2108    *
2109    * @param index
2110    * @param vCalcIdParam
2111    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2112    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2113    */
2114   public void setCalcIdParam(final int index,
2115           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2116           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2117   {
2118     // check bounds for index
2119     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
2120     {
2121       throw new IndexOutOfBoundsException("setCalcIdParam: Index value '"
2122               + index + "' not in range [0.."
2123               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
2124     }
2125
2126     this._calcIdParamList.set(index, vCalcIdParam);
2127   }
2128
2129   /**
2130    *
2131    *
2132    * @param vCalcIdParamArray
2133    */
2134   public void setCalcIdParam(
2135           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] vCalcIdParamArray)
2136   {
2137     // -- copy array
2138     _calcIdParamList.clear();
2139
2140     for (int i = 0; i < vCalcIdParamArray.length; i++)
2141     {
2142       this._calcIdParamList.add(vCalcIdParamArray[i]);
2143     }
2144   }
2145
2146   /**
2147    * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
2148    *
2149    * @param centreColumnLabels
2150    *          the value of field 'centreColumnLabels'.
2151    */
2152   public void setCentreColumnLabels(final boolean centreColumnLabels)
2153   {
2154     this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
2155     this._has_centreColumnLabels = true;
2156   }
2157
2158   /**
2159    * Sets the value of field 'consThreshold'.
2160    *
2161    * @param consThreshold
2162    *          the value of field 'consThreshold'.
2163    */
2164   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
2165   {
2166     this._consThreshold = consThreshold;
2167     this._has_consThreshold = true;
2168   }
2169
2170   /**
2171    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
2172    *
2173    * @param conservationSelected
2174    *          the value of field 'conservationSelected'.
2175    */
2176   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
2177   {
2178     this._conservationSelected = conservationSelected;
2179     this._has_conservationSelected = true;
2180   }
2181
2182   /**
2183    * Sets the value of field 'followHighlight'.
2184    *
2185    * @param followHighlight
2186    *          the value of field 'followHighlight'.
2187    */
2188   public void setFollowHighlight(final boolean followHighlight)
2189   {
2190     this._followHighlight = followHighlight;
2191     this._has_followHighlight = true;
2192   }
2193
2194   /**
2195    * Sets the value of field 'followSelection'.
2196    *
2197    * @param followSelection
2198    *          the value of field 'followSelection'.
2199    */
2200   public void setFollowSelection(final boolean followSelection)
2201   {
2202     this._followSelection = followSelection;
2203     this._has_followSelection = true;
2204   }
2205
2206   /**
2207    * Sets the value of field 'fontName'.
2208    *
2209    * @param fontName
2210    *          the value of field 'fontName'.
2211    */
2212   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
2213   {
2214     this._fontName = fontName;
2215   }
2216
2217   /**
2218    * Sets the value of field 'fontSize'.
2219    *
2220    * @param fontSize
2221    *          the value of field 'fontSize'.
2222    */
2223   public void setFontSize(final int fontSize)
2224   {
2225     this._fontSize = fontSize;
2226     this._has_fontSize = true;
2227   }
2228
2229   /**
2230    * Sets the value of field 'fontStyle'.
2231    *
2232    * @param fontStyle
2233    *          the value of field 'fontStyle'.
2234    */
2235   public void setFontStyle(final int fontStyle)
2236   {
2237     this._fontStyle = fontStyle;
2238     this._has_fontStyle = true;
2239   }
2240
2241   /**
2242    * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2243    *
2244    * @param gatheredViews
2245    *          the value of field 'gatheredViews'.
2246    */
2247   public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)
2248   {
2249     this._gatheredViews = gatheredViews;
2250     this._has_gatheredViews = true;
2251   }
2252
2253   /**
2254    * Sets the value of field 'height'.
2255    *
2256    * @param height
2257    *          the value of field 'height'.
2258    */
2259   public void setHeight(final int height)
2260   {
2261     this._height = height;
2262     this._has_height = true;
2263   }
2264
2265   /**
2266    *
2267    *
2268    * @param index
2269    * @param vHiddenColumns
2270    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2271    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2272    */
2273   public void setHiddenColumns(final int index,
2274           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2275           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2276   {
2277     // check bounds for index
2278     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
2279     {
2280       throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"
2281               + index + "' not in range [0.."
2282               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2283     }
2284
2285     this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2286   }
2287
2288   /**
2289    *
2290    *
2291    * @param vHiddenColumnsArray
2292    */
2293   public void setHiddenColumns(
2294           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)
2295   {
2296     // -- copy array
2297     _hiddenColumnsList.clear();
2298
2299     for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)
2300     {
2301       this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2302     }
2303   }
2304
2305   /**
2306    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
2307    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
2308    * views
2309    *
2310    *
2311    * @param id
2312    *          the value of field 'id'.
2313    */
2314   public void setId(final java.lang.String id)
2315   {
2316     this._id = id;
2317   }
2318
2319   /**
2320    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2321    *
2322    * @param ignoreGapsinConsensus
2323    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2324    */
2325   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
2326   {
2327     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2328     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2329   }
2330
2331   /**
2332    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2333    *
2334    * @param normaliseSequenceLogo
2335    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2336    */
2337   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
2338   {
2339     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
2340     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
2341   }
2342
2343   /**
2344    * Sets the value of field 'pidSelected'.
2345    *
2346    * @param pidSelected
2347    *          the value of field 'pidSelected'.
2348    */
2349   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
2350   {
2351     this._pidSelected = pidSelected;
2352     this._has_pidSelected = true;
2353   }
2354
2355   /**
2356    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2357    *
2358    * @param pidThreshold
2359    *          the value of field 'pidThreshold'.
2360    */
2361   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
2362   {
2363     this._pidThreshold = pidThreshold;
2364     this._has_pidThreshold = true;
2365   }
2366
2367   /**
2368    * Sets the value of field 'renderGaps'.
2369    *
2370    * @param renderGaps
2371    *          the value of field 'renderGaps'.
2372    */
2373   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
2374   {
2375     this._renderGaps = renderGaps;
2376     this._has_renderGaps = true;
2377   }
2378
2379   /**
2380    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2381    *
2382    * @param rightAlignIds
2383    *          the value of field 'rightAlignIds'.
2384    */
2385   public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)
2386   {
2387     this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2388     this._has_rightAlignIds = true;
2389   }
2390
2391   /**
2392    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2393    *
2394    * @param sequenceSetId
2395    *          the value of field 'sequenceSetId'.
2396    */
2397   public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)
2398   {
2399     this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2400   }
2401
2402   /**
2403    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2404    *
2405    * @param showAnnotation
2406    *          the value of field 'showAnnotation'.
2407    */
2408   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
2409   {
2410     this._showAnnotation = showAnnotation;
2411     this._has_showAnnotation = true;
2412   }
2413
2414   /**
2415    * Sets the value of field 'showBoxes'.
2416    *
2417    * @param showBoxes
2418    *          the value of field 'showBoxes'.
2419    */
2420   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
2421   {
2422     this._showBoxes = showBoxes;
2423     this._has_showBoxes = true;
2424   }
2425
2426   /**
2427    * Sets the value of field 'showColourText'.
2428    *
2429    * @param showColourText
2430    *          the value of field 'showColourText'.
2431    */
2432   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
2433   {
2434     this._showColourText = showColourText;
2435     this._has_showColourText = true;
2436   }
2437
2438   /**
2439    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2440    *
2441    * @param showConsensusHistogram
2442    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
2443    */
2444   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
2445   {
2446     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2447     this._has_showConsensusHistogram = true;
2448   }
2449
2450   /**
2451    * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2452    *
2453    * @param showDbRefTooltip
2454    *          the value of field 'showDbRefTooltip'
2455    */
2456   public void setShowDbRefTooltip(final boolean showDbRefTooltip)
2457   {
2458     this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2459     this._has_showDbRefTooltip = true;
2460   }
2461
2462   /**
2463    * Sets the value of field 'showFullId'.
2464    *
2465    * @param showFullId
2466    *          the value of field 'showFullId'.
2467    */
2468   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
2469   {
2470     this._showFullId = showFullId;
2471     this._has_showFullId = true;
2472   }
2473
2474   /**
2475    * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2476    *
2477    * @param showGroupConsensus
2478    *          the value of field 'showGroupConsensus'.
2479    */
2480   public void setShowGroupConsensus(final boolean showGroupConsensus)
2481   {
2482     this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2483     this._has_showGroupConsensus = true;
2484   }
2485
2486   /**
2487    * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2488    *
2489    * @param showGroupConservation
2490    *          the value of field 'showGroupConservation'.
2491    */
2492   public void setShowGroupConservation(final boolean showGroupConservation)
2493   {
2494     this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2495     this._has_showGroupConservation = true;
2496   }
2497
2498   /**
2499    * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2500    *
2501    * @param showNPfeatureTooltip
2502    *          the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2503    */
2504   public void setShowNPfeatureTooltip(final boolean showNPfeatureTooltip)
2505   {
2506     this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2507     this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2508   }
2509
2510   /**
2511    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2512    *
2513    * @param showSequenceFeatures
2514    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
2515    */
2516   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
2517   {
2518     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2519     this._has_showSequenceFeatures = true;
2520   }
2521
2522   /**
2523    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2524    *
2525    * @param showSequenceLogo
2526    *          the value of field 'showSequenceLogo'
2527    */
2528   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
2529   {
2530     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2531     this._has_showSequenceLogo = true;
2532   }
2533
2534   /**
2535    * Sets the value of field 'showText'.
2536    *
2537    * @param showText
2538    *          the value of field 'showText'.
2539    */
2540   public void setShowText(final boolean showText)
2541   {
2542     this._showText = showText;
2543     this._has_showText = true;
2544   }
2545
2546   /**
2547    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2548    *
2549    * @param showUnconserved
2550    *          the value of field 'showUnconserved'.
2551    */
2552   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
2553   {
2554     this._showUnconserved = showUnconserved;
2555     this._has_showUnconserved = true;
2556   }
2557
2558   /**
2559    * Sets the value of field 'startRes'.
2560    *
2561    * @param startRes
2562    *          the value of field 'startRes'.
2563    */
2564   public void setStartRes(final int startRes)
2565   {
2566     this._startRes = startRes;
2567     this._has_startRes = true;
2568   }
2569
2570   /**
2571    * Sets the value of field 'startSeq'.
2572    *
2573    * @param startSeq
2574    *          the value of field 'startSeq'.
2575    */
2576   public void setStartSeq(final int startSeq)
2577   {
2578     this._startSeq = startSeq;
2579     this._has_startSeq = true;
2580   }
2581
2582   /**
2583    * Sets the value of field 'textCol1'.
2584    *
2585    * @param textCol1
2586    *          the value of field 'textCol1'.
2587    */
2588   public void setTextCol1(final int textCol1)
2589   {
2590     this._textCol1 = textCol1;
2591     this._has_textCol1 = true;
2592   }
2593
2594   /**
2595    * Sets the value of field 'textCol2'.
2596    *
2597    * @param textCol2
2598    *          the value of field 'textCol2'.
2599    */
2600   public void setTextCol2(final int textCol2)
2601   {
2602     this._textCol2 = textCol2;
2603     this._has_textCol2 = true;
2604   }
2605
2606   /**
2607    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2608    *
2609    * @param textColThreshold
2610    *          the value of field 'textColThreshold'
2611    */
2612   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
2613   {
2614     this._textColThreshold = textColThreshold;
2615     this._has_textColThreshold = true;
2616   }
2617
2618   /**
2619    * Sets the value of field 'title'.
2620    *
2621    * @param title
2622    *          the value of field 'title'.
2623    */
2624   public void setTitle(final java.lang.String title)
2625   {
2626     this._title = title;
2627   }
2628
2629   /**
2630    * Sets the value of field 'viewName'.
2631    *
2632    * @param viewName
2633    *          the value of field 'viewName'.
2634    */
2635   public void setViewName(final java.lang.String viewName)
2636   {
2637     this._viewName = viewName;
2638   }
2639
2640   /**
2641    * Sets the value of field 'width'.
2642    *
2643    * @param width
2644    *          the value of field 'width'.
2645    */
2646   public void setWidth(final int width)
2647   {
2648     this._width = width;
2649     this._has_width = true;
2650   }
2651
2652   /**
2653    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2654    *
2655    * @param wrapAlignment
2656    *          the value of field 'wrapAlignment'.
2657    */
2658   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
2659   {
2660     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2661     this._has_wrapAlignment = true;
2662   }
2663
2664   /**
2665    * Sets the value of field 'xpos'.
2666    *
2667    * @param xpos
2668    *          the value of field 'xpos'.
2669    */
2670   public void setXpos(final int xpos)
2671   {
2672     this._xpos = xpos;
2673     this._has_xpos = true;
2674   }
2675
2676   /**
2677    * Sets the value of field 'ypos'.
2678    *
2679    * @param ypos
2680    *          the value of field 'ypos'.
2681    */
2682   public void setYpos(final int ypos)
2683   {
2684     this._ypos = ypos;
2685     this._has_ypos = true;
2686   }
2687
2688   /**
2689    * Method unmarshal.
2690    *
2691    * @param reader
2692    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2693    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2694    *           marshaling
2695    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2696    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2697    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport
2698    */
2699   public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2700           final java.io.Reader reader)
2701           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2702           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2703   {
2704     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller
2705             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,
2706                     reader);
2707   }
2708
2709   /**
2710    *
2711    *
2712    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2713    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2714    */
2715   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2716   {
2717     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2718     validator.validate(this);
2719   }
2720
2721 }