src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.schemabinding.version2;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  32 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  33
  34 /**
  35  * Class Viewport.
  36  *
  37  * @version $Revision$ $Date$
  38  */
  39 public class Viewport implements java.io.Serializable {
  40
  41
  42       //--------------------------/
  43      //- Class/Member Variables -/
  44     //--------------------------/
  45
  46     /**
  47      * Field _conservationSelected.
  48      */
  49     private boolean _conservationSelected;
  50
  51     /**
  52      * keeps track of state for field: _conservationSelected
  53      */
  54     private boolean _has_conservationSelected;
  55
  56     /**
  57      * Field _pidSelected.
  58      */
  59     private boolean _pidSelected;
  60
  61     /**
  62      * keeps track of state for field: _pidSelected
  63      */
  64     private boolean _has_pidSelected;
  65
  66     /**
  67      * Field _bgColour.
  68      */
  69     private java.lang.String _bgColour;
  70
  71     /**
  72      * Field _consThreshold.
  73      */
  74     private int _consThreshold;
  75
  76     /**
  77      * keeps track of state for field: _consThreshold
  78      */
  79     private boolean _has_consThreshold;
  80
  81     /**
  82      * Field _pidThreshold.
  83      */
  84     private int _pidThreshold;
  85
  86     /**
  87      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  88      */
  89     private boolean _has_pidThreshold;
  90
  91     /**
  92      * Field _title.
  93      */
  94     private java.lang.String _title;
  95
  96     /**
  97      * Field _showFullId.
  98      */
  99     private boolean _showFullId;
 100
 101     /**
 102      * keeps track of state for field: _showFullId
 103      */
 104     private boolean _has_showFullId;
 105
 106     /**
 107      * Field _rightAlignIds.
 108      */
 109     private boolean _rightAlignIds;
 110
 111     /**
 112      * keeps track of state for field: _rightAlignIds
 113      */
 114     private boolean _has_rightAlignIds;
 115
 116     /**
 117      * Field _showText.
 118      */
 119     private boolean _showText;
 120
 121     /**
 122      * keeps track of state for field: _showText
 123      */
 124     private boolean _has_showText;
 125
 126     /**
 127      * Field _showColourText.
 128      */
 129     private boolean _showColourText;
 130
 131     /**
 132      * keeps track of state for field: _showColourText
 133      */
 134     private boolean _has_showColourText;
 135
 136     /**
 137      * Field _showUnconserved.
 138      */
 139     private boolean _showUnconserved = false;
 140
 141     /**
 142      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 143      */
 144     private boolean _has_showUnconserved;
 145
 146     /**
 147      * Field _showBoxes.
 148      */
 149     private boolean _showBoxes;
 150
 151     /**
 152      * keeps track of state for field: _showBoxes
 153      */
 154     private boolean _has_showBoxes;
 155
 156     /**
 157      * Field _wrapAlignment.
 158      */
 159     private boolean _wrapAlignment;
 160
 161     /**
 162      * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 163      */
 164     private boolean _has_wrapAlignment;
 165
 166     /**
 167      * Field _renderGaps.
 168      */
 169     private boolean _renderGaps;
 170
 171     /**
 172      * keeps track of state for field: _renderGaps
 173      */
 174     private boolean _has_renderGaps;
 175
 176     /**
 177      * Field _showSequenceFeatures.
 178      */
 179     private boolean _showSequenceFeatures;
 180
 181     /**
 182      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 183      */
 184     private boolean _has_showSequenceFeatures;
 185
 186     /**
 187      * Field _showNPfeatureTooltip.
 188      */
 189     private boolean _showNPfeatureTooltip;
 190
 191     /**
 192      * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 193      */
 194     private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 195
 196     /**
 197      * Field _showDbRefTooltip.
 198      */
 199     private boolean _showDbRefTooltip;
 200
 201     /**
 202      * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 203      */
 204     private boolean _has_showDbRefTooltip;
 205
 206     /**
 207      * Field _followHighlight.
 208      */
 209     private boolean _followHighlight = true;
 210
 211     /**
 212      * keeps track of state for field: _followHighlight
 213      */
 214     private boolean _has_followHighlight;
 215
 216     /**
 217      * Field _followSelection.
 218      */
 219     private boolean _followSelection = true;
 220
 221     /**
 222      * keeps track of state for field: _followSelection
 223      */
 224     private boolean _has_followSelection;
 225
 226     /**
 227      * Field _showAnnotation.
 228      */
 229     private boolean _showAnnotation;
 230
 231     /**
 232      * keeps track of state for field: _showAnnotation
 233      */
 234     private boolean _has_showAnnotation;
 235
 236     /**
 237      * Field _centreColumnLabels.
 238      */
 239     private boolean _centreColumnLabels = false;
 240
 241     /**
 242      * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 243      */
 244     private boolean _has_centreColumnLabels;
 245
 246     /**
 247      * Field _showGroupConservation.
 248      */
 249     private boolean _showGroupConservation = false;
 250
 251     /**
 252      * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 253      */
 254     private boolean _has_showGroupConservation;
 255
 256     /**
 257      * Field _showGroupConsensus.
 258      */
 259     private boolean _showGroupConsensus = false;
 260
 261     /**
 262      * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 263      */
 264     private boolean _has_showGroupConsensus;
 265
 266     /**
 267      * Field _showConsensusHistogram.
 268      */
 269     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 270
 271     /**
 272      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 273      */
 274     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 275
 276     /**
 277      * Field _showSequenceLogo.
 278      */
 279     private boolean _showSequenceLogo = false;
 280
 281     /**
 282      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 283      */
 284     private boolean _has_showSequenceLogo;
 285
 286     /**
 287      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 288      */
 289     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 290
 291     /**
 292      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 293      */
 294     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 295
 296     /**
 297      * Field _startRes.
 298      */
 299     private int _startRes;
 300
 301     /**
 302      * keeps track of state for field: _startRes
 303      */
 304     private boolean _has_startRes;
 305
 306     /**
 307      * Field _startSeq.
 308      */
 309     private int _startSeq;
 310
 311     /**
 312      * keeps track of state for field: _startSeq
 313      */
 314     private boolean _has_startSeq;
 315
 316     /**
 317      * Field _fontName.
 318      */
 319     private java.lang.String _fontName;
 320
 321     /**
 322      * Field _fontSize.
 323      */
 324     private int _fontSize;
 325
 326     /**
 327      * keeps track of state for field: _fontSize
 328      */
 329     private boolean _has_fontSize;
 330
 331     /**
 332      * Field _fontStyle.
 333      */
 334     private int _fontStyle;
 335
 336     /**
 337      * keeps track of state for field: _fontStyle
 338      */
 339     private boolean _has_fontStyle;
 340
 341     /**
 342      * Field _viewName.
 343      */
 344     private java.lang.String _viewName;
 345
 346     /**
 347      * Field _sequenceSetId.
 348      */
 349     private java.lang.String _sequenceSetId;
 350
 351     /**
 352      * Field _gatheredViews.
 353      */
 354     private boolean _gatheredViews;
 355
 356     /**
 357      * keeps track of state for field: _gatheredViews
 358      */
 359     private boolean _has_gatheredViews;
 360
 361     /**
 362      * Field _textCol1.
 363      */
 364     private int _textCol1;
 365
 366     /**
 367      * keeps track of state for field: _textCol1
 368      */
 369     private boolean _has_textCol1;
 370
 371     /**
 372      * Field _textCol2.
 373      */
 374     private int _textCol2;
 375
 376     /**
 377      * keeps track of state for field: _textCol2
 378      */
 379     private boolean _has_textCol2;
 380
 381     /**
 382      * Field _textColThreshold.
 383      */
 384     private int _textColThreshold;
 385
 386     /**
 387      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 388      */
 389     private boolean _has_textColThreshold;
 390
 391     /**
 392      * unique id used by jalview to synchronize between stored and
 393      * instantiated views
 394      *
 395      */
 396     private java.lang.String _id;
 397
 398     /**
 399      * Field _width.
 400      */
 401     private int _width;
 402
 403     /**
 404      * keeps track of state for field: _width
 405      */
 406     private boolean _has_width;
 407
 408     /**
 409      * Field _height.
 410      */
 411     private int _height;
 412
 413     /**
 414      * keeps track of state for field: _height
 415      */
 416     private boolean _has_height;
 417
 418     /**
 419      * Field _xpos.
 420      */
 421     private int _xpos;
 422
 423     /**
 424      * keeps track of state for field: _xpos
 425      */
 426     private boolean _has_xpos;
 427
 428     /**
 429      * Field _ypos.
 430      */
 431     private int _ypos;
 432
 433     /**
 434      * keeps track of state for field: _ypos
 435      */
 436     private boolean _has_ypos;
 437
 438     /**
 439      * Field _annotationColours.
 440      */
 441     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 442
 443     /**
 444      * Field _hiddenColumnsList.
 445      */
 446     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 447
 448
 449       //----------------/
 450      //- Constructors -/
 451     //----------------/
 452
 453     public Viewport() {
 454         super();
 455         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 456     }
 457
 458
 459       //-----------/
 460      //- Methods -/
 461     //-----------/
 462
 463     /**
 464      *
 465      *
 466      * @param vHiddenColumns
 467      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 468      * given is outside the bounds of the collection
 469      */
 470     public void addHiddenColumns(
 471             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 472     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 473         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 474     }
 475
 476     /**
 477      *
 478      *
 479      * @param index
 480      * @param vHiddenColumns
 481      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 482      * given is outside the bounds of the collection
 483      */
 484     public void addHiddenColumns(
 485             final int index,
 486             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 487     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 488         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 489     }
 490
 491     /**
 492      */
 493     public void deleteCentreColumnLabels(
 494     ) {
 495         this._has_centreColumnLabels= false;
 496     }
 497
 498     /**
 499      */
 500     public void deleteConsThreshold(
 501     ) {
 502         this._has_consThreshold= false;
 503     }
 504
 505     /**
 506      */
 507     public void deleteConservationSelected(
 508     ) {
 509         this._has_conservationSelected= false;
 510     }
 511
 512     /**
 513      */
 514     public void deleteFollowHighlight(
 515     ) {
 516         this._has_followHighlight= false;
 517     }
 518
 519     /**
 520      */
 521     public void deleteFollowSelection(
 522     ) {
 523         this._has_followSelection= false;
 524     }
 525
 526     /**
 527      */
 528     public void deleteFontSize(
 529     ) {
 530         this._has_fontSize= false;
 531     }
 532
 533     /**
 534      */
 535     public void deleteFontStyle(
 536     ) {
 537         this._has_fontStyle= false;
 538     }
 539
 540     /**
 541      */
 542     public void deleteGatheredViews(
 543     ) {
 544         this._has_gatheredViews= false;
 545     }
 546
 547     /**
 548      */
 549     public void deleteHeight(
 550     ) {
 551         this._has_height= false;
 552     }
 553
 554     /**
 555      */
 556     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 557     ) {
 558         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 559     }
 560
 561     /**
 562      */
 563     public void deletePidSelected(
 564     ) {
 565         this._has_pidSelected= false;
 566     }
 567
 568     /**
 569      */
 570     public void deletePidThreshold(
 571     ) {
 572         this._has_pidThreshold= false;
 573     }
 574
 575     /**
 576      */
 577     public void deleteRenderGaps(
 578     ) {
 579         this._has_renderGaps= false;
 580     }
 581
 582     /**
 583      */
 584     public void deleteRightAlignIds(
 585     ) {
 586         this._has_rightAlignIds= false;
 587     }
 588
 589     /**
 590      */
 591     public void deleteShowAnnotation(
 592     ) {
 593         this._has_showAnnotation= false;
 594     }
 595
 596     /**
 597      */
 598     public void deleteShowBoxes(
 599     ) {
 600         this._has_showBoxes= false;
 601     }
 602
 603     /**
 604      */
 605     public void deleteShowColourText(
 606     ) {
 607         this._has_showColourText= false;
 608     }
 609
 610     /**
 611      */
 612     public void deleteShowConsensusHistogram(
 613     ) {
 614         this._has_showConsensusHistogram= false;
 615     }
 616
 617     /**
 618      */
 619     public void deleteShowDbRefTooltip(
 620     ) {
 621         this._has_showDbRefTooltip= false;
 622     }
 623
 624     /**
 625      */
 626     public void deleteShowFullId(
 627     ) {
 628         this._has_showFullId= false;
 629     }
 630
 631     /**
 632      */
 633     public void deleteShowGroupConsensus(
 634     ) {
 635         this._has_showGroupConsensus= false;
 636     }
 637
 638     /**
 639      */
 640     public void deleteShowGroupConservation(
 641     ) {
 642         this._has_showGroupConservation= false;
 643     }
 644
 645     /**
 646      */
 647     public void deleteShowNPfeatureTooltip(
 648     ) {
 649         this._has_showNPfeatureTooltip= false;
 650     }
 651
 652     /**
 653      */
 654     public void deleteShowSequenceFeatures(
 655     ) {
 656         this._has_showSequenceFeatures= false;
 657     }
 658
 659     /**
 660      */
 661     public void deleteShowSequenceLogo(
 662     ) {
 663         this._has_showSequenceLogo= false;
 664     }
 665
 666     /**
 667      */
 668     public void deleteShowText(
 669     ) {
 670         this._has_showText= false;
 671     }
 672
 673     /**
 674      */
 675     public void deleteShowUnconserved(
 676     ) {
 677         this._has_showUnconserved= false;
 678     }
 679
 680     /**
 681      */
 682     public void deleteStartRes(
 683     ) {
 684         this._has_startRes= false;
 685     }
 686
 687     /**
 688      */
 689     public void deleteStartSeq(
 690     ) {
 691         this._has_startSeq= false;
 692     }
 693
 694     /**
 695      */
 696     public void deleteTextCol1(
 697     ) {
 698         this._has_textCol1= false;
 699     }
 700
 701     /**
 702      */
 703     public void deleteTextCol2(
 704     ) {
 705         this._has_textCol2= false;
 706     }
 707
 708     /**
 709      */
 710     public void deleteTextColThreshold(
 711     ) {
 712         this._has_textColThreshold= false;
 713     }
 714
 715     /**
 716      */
 717     public void deleteWidth(
 718     ) {
 719         this._has_width= false;
 720     }
 721
 722     /**
 723      */
 724     public void deleteWrapAlignment(
 725     ) {
 726         this._has_wrapAlignment= false;
 727     }
 728
 729     /**
 730      */
 731     public void deleteXpos(
 732     ) {
 733         this._has_xpos= false;
 734     }
 735
 736     /**
 737      */
 738     public void deleteYpos(
 739     ) {
 740         this._has_ypos= false;
 741     }
 742
 743     /**
 744      * Method enumerateHiddenColumns.
 745      *
 746      * @return an Enumeration over all
 747      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 748      */
 749     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(
 750     ) {
 751         return this._hiddenColumnsList.elements();
 752     }
 753
 754     /**
 755      * Returns the value of field 'annotationColours'.
 756      *
 757      * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 758      */
 759     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(
 760     ) {
 761         return this._annotationColours;
 762     }
 763
 764     /**
 765      * Returns the value of field 'bgColour'.
 766      *
 767      * @return the value of field 'BgColour'.
 768      */
 769     public java.lang.String getBgColour(
 770     ) {
 771         return this._bgColour;
 772     }
 773
 774     /**
 775      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 776      *
 777      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 778      */
 779     public boolean getCentreColumnLabels(
 780     ) {
 781         return this._centreColumnLabels;
 782     }
 783
 784     /**
 785      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 786      *
 787      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 788      */
 789     public int getConsThreshold(
 790     ) {
 791         return this._consThreshold;
 792     }
 793
 794     /**
 795      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 796      *
 797      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 798      */
 799     public boolean getConservationSelected(
 800     ) {
 801         return this._conservationSelected;
 802     }
 803
 804     /**
 805      * Returns the value of field 'followHighlight'.
 806      *
 807      * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 808      */
 809     public boolean getFollowHighlight(
 810     ) {
 811         return this._followHighlight;
 812     }
 813
 814     /**
 815      * Returns the value of field 'followSelection'.
 816      *
 817      * @return the value of field 'FollowSelection'.
 818      */
 819     public boolean getFollowSelection(
 820     ) {
 821         return this._followSelection;
 822     }
 823
 824     /**
 825      * Returns the value of field 'fontName'.
 826      *
 827      * @return the value of field 'FontName'.
 828      */
 829     public java.lang.String getFontName(
 830     ) {
 831         return this._fontName;
 832     }
 833
 834     /**
 835      * Returns the value of field 'fontSize'.
 836      *
 837      * @return the value of field 'FontSize'.
 838      */
 839     public int getFontSize(
 840     ) {
 841         return this._fontSize;
 842     }
 843
 844     /**
 845      * Returns the value of field 'fontStyle'.
 846      *
 847      * @return the value of field 'FontStyle'.
 848      */
 849     public int getFontStyle(
 850     ) {
 851         return this._fontStyle;
 852     }
 853
 854     /**
 855      * Returns the value of field 'gatheredViews'.
 856      *
 857      * @return the value of field 'GatheredViews'.
 858      */
 859     public boolean getGatheredViews(
 860     ) {
 861         return this._gatheredViews;
 862     }
 863
 864     /**
 865      * Returns the value of field 'height'.
 866      *
 867      * @return the value of field 'Height'.
 868      */
 869     public int getHeight(
 870     ) {
 871         return this._height;
 872     }
 873
 874     /**
 875      * Method getHiddenColumns.
 876      *
 877      * @param index
 878      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 879      * given is outside the bounds of the collection
 880      * @return the value of the
 881      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given
 882      * index
 883      */
 884     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
 885             final int index)
 886     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 887         // check bounds for index
 888         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {
 889             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
 890         }
 891
 892         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);
 893     }
 894
 895     /**
 896      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the
 897      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
 898      * collection contents are changing in another thread, we pass
 899      * a 0-length Array of the correct type into the API call.
 900      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
 901      * exactly the correct length.
 902      *
 903      * @return this collection as an Array
 904      */
 905     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(
 906     ) {
 907         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
 908         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);
 909     }
 910
 911     /**
 912      * Method getHiddenColumnsCount.
 913      *
 914      * @return the size of this collection
 915      */
 916     public int getHiddenColumnsCount(
 917     ) {
 918         return this._hiddenColumnsList.size();
 919     }
 920
 921     /**
 922      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 923      * following description: unique id used by jalview to
 924      * synchronize between stored and instantiated views
 925      *
 926      *
 927      * @return the value of field 'Id'.
 928      */
 929     public java.lang.String getId(
 930     ) {
 931         return this._id;
 932     }
 933
 934     /**
 935      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 936      *
 937      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 938      */
 939     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
 940     ) {
 941         return this._ignoreGapsinConsensus;
 942     }
 943
 944     /**
 945      * Returns the value of field 'pidSelected'.
 946      *
 947      * @return the value of field 'PidSelected'.
 948      */
 949     public boolean getPidSelected(
 950     ) {
 951         return this._pidSelected;
 952     }
 953
 954     /**
 955      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 956      *
 957      * @return the value of field 'PidThreshold'.
 958      */
 959     public int getPidThreshold(
 960     ) {
 961         return this._pidThreshold;
 962     }
 963
 964     /**
 965      * Returns the value of field 'renderGaps'.
 966      *
 967      * @return the value of field 'RenderGaps'.
 968      */
 969     public boolean getRenderGaps(
 970     ) {
 971         return this._renderGaps;
 972     }
 973
 974     /**
 975      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
 976      *
 977      * @return the value of field 'RightAlignIds'.
 978      */
 979     public boolean getRightAlignIds(
 980     ) {
 981         return this._rightAlignIds;
 982     }
 983
 984     /**
 985      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
 986      *
 987      * @return the value of field 'SequenceSetId'.
 988      */
 989     public java.lang.String getSequenceSetId(
 990     ) {
 991         return this._sequenceSetId;
 992     }
 993
 994     /**
 995      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 996      *
 997      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 998      */
 999     public boolean getShowAnnotation(
1000     ) {
1001         return this._showAnnotation;
1002     }
1003
1004     /**
1005      * Returns the value of field 'showBoxes'.
1006      *
1007      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1008      */
1009     public boolean getShowBoxes(
1010     ) {
1011         return this._showBoxes;
1012     }
1013
1014     /**
1015      * Returns the value of field 'showColourText'.
1016      *
1017      * @return the value of field 'ShowColourText'.
1018      */
1019     public boolean getShowColourText(
1020     ) {
1021         return this._showColourText;
1022     }
1023
1024     /**
1025      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1026      *
1027      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1028      */
1029     public boolean getShowConsensusHistogram(
1030     ) {
1031         return this._showConsensusHistogram;
1032     }
1033
1034     /**
1035      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1036      *
1037      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1038      */
1039     public boolean getShowDbRefTooltip(
1040     ) {
1041         return this._showDbRefTooltip;
1042     }
1043
1044     /**
1045      * Returns the value of field 'showFullId'.
1046      *
1047      * @return the value of field 'ShowFullId'.
1048      */
1049     public boolean getShowFullId(
1050     ) {
1051         return this._showFullId;
1052     }
1053
1054     /**
1055      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1056      *
1057      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1058      */
1059     public boolean getShowGroupConsensus(
1060     ) {
1061         return this._showGroupConsensus;
1062     }
1063
1064     /**
1065      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1066      *
1067      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1068      */
1069     public boolean getShowGroupConservation(
1070     ) {
1071         return this._showGroupConservation;
1072     }
1073
1074     /**
1075      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1076      *
1077      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1078      */
1079     public boolean getShowNPfeatureTooltip(
1080     ) {
1081         return this._showNPfeatureTooltip;
1082     }
1083
1084     /**
1085      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1086      *
1087      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1088      */
1089     public boolean getShowSequenceFeatures(
1090     ) {
1091         return this._showSequenceFeatures;
1092     }
1093
1094     /**
1095      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1096      *
1097      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1098      */
1099     public boolean getShowSequenceLogo(
1100     ) {
1101         return this._showSequenceLogo;
1102     }
1103
1104     /**
1105      * Returns the value of field 'showText'.
1106      *
1107      * @return the value of field 'ShowText'.
1108      */
1109     public boolean getShowText(
1110     ) {
1111         return this._showText;
1112     }
1113
1114     /**
1115      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1116      *
1117      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1118      */
1119     public boolean getShowUnconserved(
1120     ) {
1121         return this._showUnconserved;
1122     }
1123
1124     /**
1125      * Returns the value of field 'startRes'.
1126      *
1127      * @return the value of field 'StartRes'.
1128      */
1129     public int getStartRes(
1130     ) {
1131         return this._startRes;
1132     }
1133
1134     /**
1135      * Returns the value of field 'startSeq'.
1136      *
1137      * @return the value of field 'StartSeq'.
1138      */
1139     public int getStartSeq(
1140     ) {
1141         return this._startSeq;
1142     }
1143
1144     /**
1145      * Returns the value of field 'textCol1'.
1146      *
1147      * @return the value of field 'TextCol1'.
1148      */
1149     public int getTextCol1(
1150     ) {
1151         return this._textCol1;
1152     }
1153
1154     /**
1155      * Returns the value of field 'textCol2'.
1156      *
1157      * @return the value of field 'TextCol2'.
1158      */
1159     public int getTextCol2(
1160     ) {
1161         return this._textCol2;
1162     }
1163
1164     /**
1165      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1166      *
1167      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1168      */
1169     public int getTextColThreshold(
1170     ) {
1171         return this._textColThreshold;
1172     }
1173
1174     /**
1175      * Returns the value of field 'title'.
1176      *
1177      * @return the value of field 'Title'.
1178      */
1179     public java.lang.String getTitle(
1180     ) {
1181         return this._title;
1182     }
1183
1184     /**
1185      * Returns the value of field 'viewName'.
1186      *
1187      * @return the value of field 'ViewName'.
1188      */
1189     public java.lang.String getViewName(
1190     ) {
1191         return this._viewName;
1192     }
1193
1194     /**
1195      * Returns the value of field 'width'.
1196      *
1197      * @return the value of field 'Width'.
1198      */
1199     public int getWidth(
1200     ) {
1201         return this._width;
1202     }
1203
1204     /**
1205      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1206      *
1207      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1208      */
1209     public boolean getWrapAlignment(
1210     ) {
1211         return this._wrapAlignment;
1212     }
1213
1214     /**
1215      * Returns the value of field 'xpos'.
1216      *
1217      * @return the value of field 'Xpos'.
1218      */
1219     public int getXpos(
1220     ) {
1221         return this._xpos;
1222     }
1223
1224     /**
1225      * Returns the value of field 'ypos'.
1226      *
1227      * @return the value of field 'Ypos'.
1228      */
1229     public int getYpos(
1230     ) {
1231         return this._ypos;
1232     }
1233
1234     /**
1235      * Method hasCentreColumnLabels.
1236      *
1237      * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1238      */
1239     public boolean hasCentreColumnLabels(
1240     ) {
1241         return this._has_centreColumnLabels;
1242     }
1243
1244     /**
1245      * Method hasConsThreshold.
1246      *
1247      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1248      */
1249     public boolean hasConsThreshold(
1250     ) {
1251         return this._has_consThreshold;
1252     }
1253
1254     /**
1255      * Method hasConservationSelected.
1256      *
1257      * @return true if at least one ConservationSelected has been
1258      * added
1259      */
1260     public boolean hasConservationSelected(
1261     ) {
1262         return this._has_conservationSelected;
1263     }
1264
1265     /**
1266      * Method hasFollowHighlight.
1267      *
1268      * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1269      */
1270     public boolean hasFollowHighlight(
1271     ) {
1272         return this._has_followHighlight;
1273     }
1274
1275     /**
1276      * Method hasFollowSelection.
1277      *
1278      * @return true if at least one FollowSelection has been added
1279      */
1280     public boolean hasFollowSelection(
1281     ) {
1282         return this._has_followSelection;
1283     }
1284
1285     /**
1286      * Method hasFontSize.
1287      *
1288      * @return true if at least one FontSize has been added
1289      */
1290     public boolean hasFontSize(
1291     ) {
1292         return this._has_fontSize;
1293     }
1294
1295     /**
1296      * Method hasFontStyle.
1297      *
1298      * @return true if at least one FontStyle has been added
1299      */
1300     public boolean hasFontStyle(
1301     ) {
1302         return this._has_fontStyle;
1303     }
1304
1305     /**
1306      * Method hasGatheredViews.
1307      *
1308      * @return true if at least one GatheredViews has been added
1309      */
1310     public boolean hasGatheredViews(
1311     ) {
1312         return this._has_gatheredViews;
1313     }
1314
1315     /**
1316      * Method hasHeight.
1317      *
1318      * @return true if at least one Height has been added
1319      */
1320     public boolean hasHeight(
1321     ) {
1322         return this._has_height;
1323     }
1324
1325     /**
1326      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1327      *
1328      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
1329      * added
1330      */
1331     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
1332     ) {
1333         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1334     }
1335
1336     /**
1337      * Method hasPidSelected.
1338      *
1339      * @return true if at least one PidSelected has been added
1340      */
1341     public boolean hasPidSelected(
1342     ) {
1343         return this._has_pidSelected;
1344     }
1345
1346     /**
1347      * Method hasPidThreshold.
1348      *
1349      * @return true if at least one PidThreshold has been added
1350      */
1351     public boolean hasPidThreshold(
1352     ) {
1353         return this._has_pidThreshold;
1354     }
1355
1356     /**
1357      * Method hasRenderGaps.
1358      *
1359      * @return true if at least one RenderGaps has been added
1360      */
1361     public boolean hasRenderGaps(
1362     ) {
1363         return this._has_renderGaps;
1364     }
1365
1366     /**
1367      * Method hasRightAlignIds.
1368      *
1369      * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1370      */
1371     public boolean hasRightAlignIds(
1372     ) {
1373         return this._has_rightAlignIds;
1374     }
1375
1376     /**
1377      * Method hasShowAnnotation.
1378      *
1379      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1380      */
1381     public boolean hasShowAnnotation(
1382     ) {
1383         return this._has_showAnnotation;
1384     }
1385
1386     /**
1387      * Method hasShowBoxes.
1388      *
1389      * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1390      */
1391     public boolean hasShowBoxes(
1392     ) {
1393         return this._has_showBoxes;
1394     }
1395
1396     /**
1397      * Method hasShowColourText.
1398      *
1399      * @return true if at least one ShowColourText has been added
1400      */
1401     public boolean hasShowColourText(
1402     ) {
1403         return this._has_showColourText;
1404     }
1405
1406     /**
1407      * Method hasShowConsensusHistogram.
1408      *
1409      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
1410      * added
1411      */
1412     public boolean hasShowConsensusHistogram(
1413     ) {
1414         return this._has_showConsensusHistogram;
1415     }
1416
1417     /**
1418      * Method hasShowDbRefTooltip.
1419      *
1420      * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1421      */
1422     public boolean hasShowDbRefTooltip(
1423     ) {
1424         return this._has_showDbRefTooltip;
1425     }
1426
1427     /**
1428      * Method hasShowFullId.
1429      *
1430      * @return true if at least one ShowFullId has been added
1431      */
1432     public boolean hasShowFullId(
1433     ) {
1434         return this._has_showFullId;
1435     }
1436
1437     /**
1438      * Method hasShowGroupConsensus.
1439      *
1440      * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1441      */
1442     public boolean hasShowGroupConsensus(
1443     ) {
1444         return this._has_showGroupConsensus;
1445     }
1446
1447     /**
1448      * Method hasShowGroupConservation.
1449      *
1450      * @return true if at least one ShowGroupConservation has been
1451      * added
1452      */
1453     public boolean hasShowGroupConservation(
1454     ) {
1455         return this._has_showGroupConservation;
1456     }
1457
1458     /**
1459      * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1460      *
1461      * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been
1462      * added
1463      */
1464     public boolean hasShowNPfeatureTooltip(
1465     ) {
1466         return this._has_showNPfeatureTooltip;
1467     }
1468
1469     /**
1470      * Method hasShowSequenceFeatures.
1471      *
1472      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been
1473      * added
1474      */
1475     public boolean hasShowSequenceFeatures(
1476     ) {
1477         return this._has_showSequenceFeatures;
1478     }
1479
1480     /**
1481      * Method hasShowSequenceLogo.
1482      *
1483      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1484      */
1485     public boolean hasShowSequenceLogo(
1486     ) {
1487         return this._has_showSequenceLogo;
1488     }
1489
1490     /**
1491      * Method hasShowText.
1492      *
1493      * @return true if at least one ShowText has been added
1494      */
1495     public boolean hasShowText(
1496     ) {
1497         return this._has_showText;
1498     }
1499
1500     /**
1501      * Method hasShowUnconserved.
1502      *
1503      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1504      */
1505     public boolean hasShowUnconserved(
1506     ) {
1507         return this._has_showUnconserved;
1508     }
1509
1510     /**
1511      * Method hasStartRes.
1512      *
1513      * @return true if at least one StartRes has been added
1514      */
1515     public boolean hasStartRes(
1516     ) {
1517         return this._has_startRes;
1518     }
1519
1520     /**
1521      * Method hasStartSeq.
1522      *
1523      * @return true if at least one StartSeq has been added
1524      */
1525     public boolean hasStartSeq(
1526     ) {
1527         return this._has_startSeq;
1528     }
1529
1530     /**
1531      * Method hasTextCol1.
1532      *
1533      * @return true if at least one TextCol1 has been added
1534      */
1535     public boolean hasTextCol1(
1536     ) {
1537         return this._has_textCol1;
1538     }
1539
1540     /**
1541      * Method hasTextCol2.
1542      *
1543      * @return true if at least one TextCol2 has been added
1544      */
1545     public boolean hasTextCol2(
1546     ) {
1547         return this._has_textCol2;
1548     }
1549
1550     /**
1551      * Method hasTextColThreshold.
1552      *
1553      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1554      */
1555     public boolean hasTextColThreshold(
1556     ) {
1557         return this._has_textColThreshold;
1558     }
1559
1560     /**
1561      * Method hasWidth.
1562      *
1563      * @return true if at least one Width has been added
1564      */
1565     public boolean hasWidth(
1566     ) {
1567         return this._has_width;
1568     }
1569
1570     /**
1571      * Method hasWrapAlignment.
1572      *
1573      * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1574      */
1575     public boolean hasWrapAlignment(
1576     ) {
1577         return this._has_wrapAlignment;
1578     }
1579
1580     /**
1581      * Method hasXpos.
1582      *
1583      * @return true if at least one Xpos has been added
1584      */
1585     public boolean hasXpos(
1586     ) {
1587         return this._has_xpos;
1588     }
1589
1590     /**
1591      * Method hasYpos.
1592      *
1593      * @return true if at least one Ypos has been added
1594      */
1595     public boolean hasYpos(
1596     ) {
1597         return this._has_ypos;
1598     }
1599
1600     /**
1601      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1602      *
1603      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1604      */
1605     public boolean isCentreColumnLabels(
1606     ) {
1607         return this._centreColumnLabels;
1608     }
1609
1610     /**
1611      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1612      *
1613      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1614      */
1615     public boolean isConservationSelected(
1616     ) {
1617         return this._conservationSelected;
1618     }
1619
1620     /**
1621      * Returns the value of field 'followHighlight'.
1622      *
1623      * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1624      */
1625     public boolean isFollowHighlight(
1626     ) {
1627         return this._followHighlight;
1628     }
1629
1630     /**
1631      * Returns the value of field 'followSelection'.
1632      *
1633      * @return the value of field 'FollowSelection'.
1634      */
1635     public boolean isFollowSelection(
1636     ) {
1637         return this._followSelection;
1638     }
1639
1640     /**
1641      * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1642      *
1643      * @return the value of field 'GatheredViews'.
1644      */
1645     public boolean isGatheredViews(
1646     ) {
1647         return this._gatheredViews;
1648     }
1649
1650     /**
1651      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1652      *
1653      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1654      */
1655     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
1656     ) {
1657         return this._ignoreGapsinConsensus;
1658     }
1659
1660     /**
1661      * Returns the value of field 'pidSelected'.
1662      *
1663      * @return the value of field 'PidSelected'.
1664      */
1665     public boolean isPidSelected(
1666     ) {
1667         return this._pidSelected;
1668     }
1669
1670     /**
1671      * Returns the value of field 'renderGaps'.
1672      *
1673      * @return the value of field 'RenderGaps'.
1674      */
1675     public boolean isRenderGaps(
1676     ) {
1677         return this._renderGaps;
1678     }
1679
1680     /**
1681      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1682      *
1683      * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1684      */
1685     public boolean isRightAlignIds(
1686     ) {
1687         return this._rightAlignIds;
1688     }
1689
1690     /**
1691      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1692      *
1693      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1694      */
1695     public boolean isShowAnnotation(
1696     ) {
1697         return this._showAnnotation;
1698     }
1699
1700     /**
1701      * Returns the value of field 'showBoxes'.
1702      *
1703      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1704      */
1705     public boolean isShowBoxes(
1706     ) {
1707         return this._showBoxes;
1708     }
1709
1710     /**
1711      * Returns the value of field 'showColourText'.
1712      *
1713      * @return the value of field 'ShowColourText'.
1714      */
1715     public boolean isShowColourText(
1716     ) {
1717         return this._showColourText;
1718     }
1719
1720     /**
1721      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1722      *
1723      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1724      */
1725     public boolean isShowConsensusHistogram(
1726     ) {
1727         return this._showConsensusHistogram;
1728     }
1729
1730     /**
1731      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1732      *
1733      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1734      */
1735     public boolean isShowDbRefTooltip(
1736     ) {
1737         return this._showDbRefTooltip;
1738     }
1739
1740     /**
1741      * Returns the value of field 'showFullId'.
1742      *
1743      * @return the value of field 'ShowFullId'.
1744      */
1745     public boolean isShowFullId(
1746     ) {
1747         return this._showFullId;
1748     }
1749
1750     /**
1751      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1752      *
1753      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1754      */
1755     public boolean isShowGroupConsensus(
1756     ) {
1757         return this._showGroupConsensus;
1758     }
1759
1760     /**
1761      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1762      *
1763      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1764      */
1765     public boolean isShowGroupConservation(
1766     ) {
1767         return this._showGroupConservation;
1768     }
1769
1770     /**
1771      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1772      *
1773      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1774      */
1775     public boolean isShowNPfeatureTooltip(
1776     ) {
1777         return this._showNPfeatureTooltip;
1778     }
1779
1780     /**
1781      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1782      *
1783      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1784      */
1785     public boolean isShowSequenceFeatures(
1786     ) {
1787         return this._showSequenceFeatures;
1788     }
1789
1790     /**
1791      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1792      *
1793      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1794      */
1795     public boolean isShowSequenceLogo(
1796     ) {
1797         return this._showSequenceLogo;
1798     }
1799
1800     /**
1801      * Returns the value of field 'showText'.
1802      *
1803      * @return the value of field 'ShowText'.
1804      */
1805     public boolean isShowText(
1806     ) {
1807         return this._showText;
1808     }
1809
1810     /**
1811      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1812      *
1813      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1814      */
1815     public boolean isShowUnconserved(
1816     ) {
1817         return this._showUnconserved;
1818     }
1819
1820     /**
1821      * Method isValid.
1822      *
1823      * @return true if this object is valid according to the schema
1824      */
1825     public boolean isValid(
1826     ) {
1827         try {
1828             validate();
1829         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
1830             return false;
1831         }
1832         return true;
1833     }
1834
1835     /**
1836      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1837      *
1838      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1839      */
1840     public boolean isWrapAlignment(
1841     ) {
1842         return this._wrapAlignment;
1843     }
1844
1845     /**
1846      *
1847      *
1848      * @param out
1849      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1850      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1851      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1852      * object is an invalid instance according to the schema
1853      */
1854     public void marshal(
1855             final java.io.Writer out)
1856     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1857         Marshaller.marshal(this, out);
1858     }
1859
1860     /**
1861      *
1862      *
1863      * @param handler
1864      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
1865      * marshaling
1866      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1867      * object is an invalid instance according to the schema
1868      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1869      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1870      */
1871     public void marshal(
1872             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1873     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1874         Marshaller.marshal(this, handler);
1875     }
1876
1877     /**
1878      */
1879     public void removeAllHiddenColumns(
1880     ) {
1881         this._hiddenColumnsList.clear();
1882     }
1883
1884     /**
1885      * Method removeHiddenColumns.
1886      *
1887      * @param vHiddenColumns
1888      * @return true if the object was removed from the collection.
1889      */
1890     public boolean removeHiddenColumns(
1891             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {
1892         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
1893         return removed;
1894     }
1895
1896     /**
1897      * Method removeHiddenColumnsAt.
1898      *
1899      * @param index
1900      * @return the element removed from the collection
1901      */
1902     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
1903             final int index) {
1904         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
1905         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
1906     }
1907
1908     /**
1909      * Sets the value of field 'annotationColours'.
1910      *
1911      * @param annotationColours the value of field
1912      * 'annotationColours'.
1913      */
1914     public void setAnnotationColours(
1915             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {
1916         this._annotationColours = annotationColours;
1917     }
1918
1919     /**
1920      * Sets the value of field 'bgColour'.
1921      *
1922      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.
1923      */
1924     public void setBgColour(
1925             final java.lang.String bgColour) {
1926         this._bgColour = bgColour;
1927     }
1928
1929     /**
1930      * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
1931      *
1932      * @param centreColumnLabels the value of field
1933      * 'centreColumnLabels'.
1934      */
1935     public void setCentreColumnLabels(
1936             final boolean centreColumnLabels) {
1937         this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1938         this._has_centreColumnLabels = true;
1939     }
1940
1941     /**
1942      * Sets the value of field 'consThreshold'.
1943      *
1944      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
1945      */
1946     public void setConsThreshold(
1947             final int consThreshold) {
1948         this._consThreshold = consThreshold;
1949         this._has_consThreshold = true;
1950     }
1951
1952     /**
1953      * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1954      *
1955      * @param conservationSelected the value of field
1956      * 'conservationSelected'.
1957      */
1958     public void setConservationSelected(
1959             final boolean conservationSelected) {
1960         this._conservationSelected = conservationSelected;
1961         this._has_conservationSelected = true;
1962     }
1963
1964     /**
1965      * Sets the value of field 'followHighlight'.
1966      *
1967      * @param followHighlight the value of field 'followHighlight'.
1968      */
1969     public void setFollowHighlight(
1970             final boolean followHighlight) {
1971         this._followHighlight = followHighlight;
1972         this._has_followHighlight = true;
1973     }
1974
1975     /**
1976      * Sets the value of field 'followSelection'.
1977      *
1978      * @param followSelection the value of field 'followSelection'.
1979      */
1980     public void setFollowSelection(
1981             final boolean followSelection) {
1982         this._followSelection = followSelection;
1983         this._has_followSelection = true;
1984     }
1985
1986     /**
1987      * Sets the value of field 'fontName'.
1988      *
1989      * @param fontName the value of field 'fontName'.
1990      */
1991     public void setFontName(
1992             final java.lang.String fontName) {
1993         this._fontName = fontName;
1994     }
1995
1996     /**
1997      * Sets the value of field 'fontSize'.
1998      *
1999      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.
2000      */
2001     public void setFontSize(
2002             final int fontSize) {
2003         this._fontSize = fontSize;
2004         this._has_fontSize = true;
2005     }
2006
2007     /**
2008      * Sets the value of field 'fontStyle'.
2009      *
2010      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.
2011      */
2012     public void setFontStyle(
2013             final int fontStyle) {
2014         this._fontStyle = fontStyle;
2015         this._has_fontStyle = true;
2016     }
2017
2018     /**
2019      * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2020      *
2021      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.
2022      */
2023     public void setGatheredViews(
2024             final boolean gatheredViews) {
2025         this._gatheredViews = gatheredViews;
2026         this._has_gatheredViews = true;
2027     }
2028
2029     /**
2030      * Sets the value of field 'height'.
2031      *
2032      * @param height the value of field 'height'.
2033      */
2034     public void setHeight(
2035             final int height) {
2036         this._height = height;
2037         this._has_height = true;
2038     }
2039
2040     /**
2041      *
2042      *
2043      * @param index
2044      * @param vHiddenColumns
2045      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
2046      * given is outside the bounds of the collection
2047      */
2048     public void setHiddenColumns(
2049             final int index,
2050             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2051     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
2052         // check bounds for index
2053         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {
2054             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2055         }
2056
2057         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2058     }
2059
2060     /**
2061      *
2062      *
2063      * @param vHiddenColumnsArray
2064      */
2065     public void setHiddenColumns(
2066             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {
2067         //-- copy array
2068         _hiddenColumnsList.clear();
2069
2070         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {
2071                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2072         }
2073     }
2074
2075     /**
2076      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
2077      * following description: unique id used by jalview to
2078      * synchronize between stored and instantiated views
2079      *
2080      *
2081      * @param id the value of field 'id'.
2082      */
2083     public void setId(
2084             final java.lang.String id) {
2085         this._id = id;
2086     }
2087
2088     /**
2089      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2090      *
2091      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
2092      * 'ignoreGapsinConsensus'.
2093      */
2094     public void setIgnoreGapsinConsensus(
2095             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
2096         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2097         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2098     }
2099
2100     /**
2101      * Sets the value of field 'pidSelected'.
2102      *
2103      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.
2104      */
2105     public void setPidSelected(
2106             final boolean pidSelected) {
2107         this._pidSelected = pidSelected;
2108         this._has_pidSelected = true;
2109     }
2110
2111     /**
2112      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2113      *
2114      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
2115      */
2116     public void setPidThreshold(
2117             final int pidThreshold) {
2118         this._pidThreshold = pidThreshold;
2119         this._has_pidThreshold = true;
2120     }
2121
2122     /**
2123      * Sets the value of field 'renderGaps'.
2124      *
2125      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.
2126      */
2127     public void setRenderGaps(
2128             final boolean renderGaps) {
2129         this._renderGaps = renderGaps;
2130         this._has_renderGaps = true;
2131     }
2132
2133     /**
2134      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2135      *
2136      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.
2137      */
2138     public void setRightAlignIds(
2139             final boolean rightAlignIds) {
2140         this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2141         this._has_rightAlignIds = true;
2142     }
2143
2144     /**
2145      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2146      *
2147      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.
2148      */
2149     public void setSequenceSetId(
2150             final java.lang.String sequenceSetId) {
2151         this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2152     }
2153
2154     /**
2155      * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2156      *
2157      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.
2158      */
2159     public void setShowAnnotation(
2160             final boolean showAnnotation) {
2161         this._showAnnotation = showAnnotation;
2162         this._has_showAnnotation = true;
2163     }
2164
2165     /**
2166      * Sets the value of field 'showBoxes'.
2167      *
2168      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.
2169      */
2170     public void setShowBoxes(
2171             final boolean showBoxes) {
2172         this._showBoxes = showBoxes;
2173         this._has_showBoxes = true;
2174     }
2175
2176     /**
2177      * Sets the value of field 'showColourText'.
2178      *
2179      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.
2180      */
2181     public void setShowColourText(
2182             final boolean showColourText) {
2183         this._showColourText = showColourText;
2184         this._has_showColourText = true;
2185     }
2186
2187     /**
2188      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2189      *
2190      * @param showConsensusHistogram the value of field
2191      * 'showConsensusHistogram'.
2192      */
2193     public void setShowConsensusHistogram(
2194             final boolean showConsensusHistogram) {
2195         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2196         this._has_showConsensusHistogram = true;
2197     }
2198
2199     /**
2200      * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2201      *
2202      * @param showDbRefTooltip the value of field 'showDbRefTooltip'
2203      */
2204     public void setShowDbRefTooltip(
2205             final boolean showDbRefTooltip) {
2206         this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2207         this._has_showDbRefTooltip = true;
2208     }
2209
2210     /**
2211      * Sets the value of field 'showFullId'.
2212      *
2213      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.
2214      */
2215     public void setShowFullId(
2216             final boolean showFullId) {
2217         this._showFullId = showFullId;
2218         this._has_showFullId = true;
2219     }
2220
2221     /**
2222      * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2223      *
2224      * @param showGroupConsensus the value of field
2225      * 'showGroupConsensus'.
2226      */
2227     public void setShowGroupConsensus(
2228             final boolean showGroupConsensus) {
2229         this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2230         this._has_showGroupConsensus = true;
2231     }
2232
2233     /**
2234      * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2235      *
2236      * @param showGroupConservation the value of field
2237      * 'showGroupConservation'.
2238      */
2239     public void setShowGroupConservation(
2240             final boolean showGroupConservation) {
2241         this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2242         this._has_showGroupConservation = true;
2243     }
2244
2245     /**
2246      * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2247      *
2248      * @param showNPfeatureTooltip the value of field
2249      * 'showNPfeatureTooltip'.
2250      */
2251     public void setShowNPfeatureTooltip(
2252             final boolean showNPfeatureTooltip) {
2253         this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2254         this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2255     }
2256
2257     /**
2258      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2259      *
2260      * @param showSequenceFeatures the value of field
2261      * 'showSequenceFeatures'.
2262      */
2263     public void setShowSequenceFeatures(
2264             final boolean showSequenceFeatures) {
2265         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2266         this._has_showSequenceFeatures = true;
2267     }
2268
2269     /**
2270      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2271      *
2272      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
2273      */
2274     public void setShowSequenceLogo(
2275             final boolean showSequenceLogo) {
2276         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2277         this._has_showSequenceLogo = true;
2278     }
2279
2280     /**
2281      * Sets the value of field 'showText'.
2282      *
2283      * @param showText the value of field 'showText'.
2284      */
2285     public void setShowText(
2286             final boolean showText) {
2287         this._showText = showText;
2288         this._has_showText = true;
2289     }
2290
2291     /**
2292      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2293      *
2294      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
2295      */
2296     public void setShowUnconserved(
2297             final boolean showUnconserved) {
2298         this._showUnconserved = showUnconserved;
2299         this._has_showUnconserved = true;
2300     }
2301
2302     /**
2303      * Sets the value of field 'startRes'.
2304      *
2305      * @param startRes the value of field 'startRes'.
2306      */
2307     public void setStartRes(
2308             final int startRes) {
2309         this._startRes = startRes;
2310         this._has_startRes = true;
2311     }
2312
2313     /**
2314      * Sets the value of field 'startSeq'.
2315      *
2316      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.
2317      */
2318     public void setStartSeq(
2319             final int startSeq) {
2320         this._startSeq = startSeq;
2321         this._has_startSeq = true;
2322     }
2323
2324     /**
2325      * Sets the value of field 'textCol1'.
2326      *
2327      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
2328      */
2329     public void setTextCol1(
2330             final int textCol1) {
2331         this._textCol1 = textCol1;
2332         this._has_textCol1 = true;
2333     }
2334
2335     /**
2336      * Sets the value of field 'textCol2'.
2337      *
2338      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
2339      */
2340     public void setTextCol2(
2341             final int textCol2) {
2342         this._textCol2 = textCol2;
2343         this._has_textCol2 = true;
2344     }
2345
2346     /**
2347      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2348      *
2349      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
2350      */
2351     public void setTextColThreshold(
2352             final int textColThreshold) {
2353         this._textColThreshold = textColThreshold;
2354         this._has_textColThreshold = true;
2355     }
2356
2357     /**
2358      * Sets the value of field 'title'.
2359      *
2360      * @param title the value of field 'title'.
2361      */
2362     public void setTitle(
2363             final java.lang.String title) {
2364         this._title = title;
2365     }
2366
2367     /**
2368      * Sets the value of field 'viewName'.
2369      *
2370      * @param viewName the value of field 'viewName'.
2371      */
2372     public void setViewName(
2373             final java.lang.String viewName) {
2374         this._viewName = viewName;
2375     }
2376
2377     /**
2378      * Sets the value of field 'width'.
2379      *
2380      * @param width the value of field 'width'.
2381      */
2382     public void setWidth(
2383             final int width) {
2384         this._width = width;
2385         this._has_width = true;
2386     }
2387
2388     /**
2389      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2390      *
2391      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.
2392      */
2393     public void setWrapAlignment(
2394             final boolean wrapAlignment) {
2395         this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2396         this._has_wrapAlignment = true;
2397     }
2398
2399     /**
2400      * Sets the value of field 'xpos'.
2401      *
2402      * @param xpos the value of field 'xpos'.
2403      */
2404     public void setXpos(
2405             final int xpos) {
2406         this._xpos = xpos;
2407         this._has_xpos = true;
2408     }
2409
2410     /**
2411      * Sets the value of field 'ypos'.
2412      *
2413      * @param ypos the value of field 'ypos'.
2414      */
2415     public void setYpos(
2416             final int ypos) {
2417         this._ypos = ypos;
2418         this._has_ypos = true;
2419     }
2420
2421     /**
2422      * Method unmarshal.
2423      *
2424      * @param reader
2425      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
2426      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
2427      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
2428      * object is an invalid instance according to the schema
2429      * @return the unmarshaled
2430      * jalview.schemabinding.version2.Viewport
2431      */
2432     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2433             final java.io.Reader reader)
2434     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2435         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);
2436     }
2437
2438     /**
2439      *
2440      *
2441      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
2442      * object is an invalid instance according to the schema
2443      */
2444     public void validate(
2445     )
2446     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2447         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2448         validator.validate(this);
2449     }
2450
2451 }