src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemabinding.version2;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class Viewport.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class Viewport implements java.io.Serializable
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _conservationSelected.
  42    */
  43   private boolean _conservationSelected;
  44
  45   /**
  46    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  47    */
  48   private boolean _has_conservationSelected;
  49
  50   /**
  51    * Field _pidSelected.
  52    */
  53   private boolean _pidSelected;
  54
  55   /**
  56    * keeps track of state for field: _pidSelected
  57    */
  58   private boolean _has_pidSelected;
  59
  60   /**
  61    * Field _bgColour.
  62    */
  63   private java.lang.String _bgColour;
  64
  65   /**
  66    * Field _consThreshold.
  67    */
  68   private int _consThreshold;
  69
  70   /**
  71    * keeps track of state for field: _consThreshold
  72    */
  73   private boolean _has_consThreshold;
  74
  75   /**
  76    * Field _pidThreshold.
  77    */
  78   private int _pidThreshold;
  79
  80   /**
  81    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  82    */
  83   private boolean _has_pidThreshold;
  84
  85   /**
  86    * Field _title.
  87    */
  88   private java.lang.String _title;
  89
  90   /**
  91    * Field _showFullId.
  92    */
  93   private boolean _showFullId;
  94
  95   /**
  96    * keeps track of state for field: _showFullId
  97    */
  98   private boolean _has_showFullId;
  99
 100   /**
 101    * Field _rightAlignIds.
 102    */
 103   private boolean _rightAlignIds;
 104
 105   /**
 106    * keeps track of state for field: _rightAlignIds
 107    */
 108   private boolean _has_rightAlignIds;
 109
 110   /**
 111    * Field _showText.
 112    */
 113   private boolean _showText;
 114
 115   /**
 116    * keeps track of state for field: _showText
 117    */
 118   private boolean _has_showText;
 119
 120   /**
 121    * Field _showColourText.
 122    */
 123   private boolean _showColourText;
 124
 125   /**
 126    * keeps track of state for field: _showColourText
 127    */
 128   private boolean _has_showColourText;
 129
 130   /**
 131    * Field _showUnconserved.
 132    */
 133   private boolean _showUnconserved = false;
 134
 135   /**
 136    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 137    */
 138   private boolean _has_showUnconserved;
 139
 140   /**
 141    * Field _showBoxes.
 142    */
 143   private boolean _showBoxes;
 144
 145   /**
 146    * keeps track of state for field: _showBoxes
 147    */
 148   private boolean _has_showBoxes;
 149
 150   /**
 151    * Field _wrapAlignment.
 152    */
 153   private boolean _wrapAlignment;
 154
 155   /**
 156    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 157    */
 158   private boolean _has_wrapAlignment;
 159
 160   /**
 161    * Field _renderGaps.
 162    */
 163   private boolean _renderGaps;
 164
 165   /**
 166    * keeps track of state for field: _renderGaps
 167    */
 168   private boolean _has_renderGaps;
 169
 170   /**
 171    * Field _showSequenceFeatures.
 172    */
 173   private boolean _showSequenceFeatures;
 174
 175   /**
 176    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 177    */
 178   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 179
 180   /**
 181    * Field _showNPfeatureTooltip.
 182    */
 183   private boolean _showNPfeatureTooltip;
 184
 185   /**
 186    * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 187    */
 188   private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 189
 190   /**
 191    * Field _showDbRefTooltip.
 192    */
 193   private boolean _showDbRefTooltip;
 194
 195   /**
 196    * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 197    */
 198   private boolean _has_showDbRefTooltip;
 199
 200   /**
 201    * Field _followHighlight.
 202    */
 203   private boolean _followHighlight = true;
 204
 205   /**
 206    * keeps track of state for field: _followHighlight
 207    */
 208   private boolean _has_followHighlight;
 209
 210   /**
 211    * Field _followSelection.
 212    */
 213   private boolean _followSelection = true;
 214
 215   /**
 216    * keeps track of state for field: _followSelection
 217    */
 218   private boolean _has_followSelection;
 219
 220   /**
 221    * Field _showAnnotation.
 222    */
 223   private boolean _showAnnotation;
 224
 225   /**
 226    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 227    */
 228   private boolean _has_showAnnotation;
 229
 230   /**
 231    * Field _centreColumnLabels.
 232    */
 233   private boolean _centreColumnLabels = false;
 234
 235   /**
 236    * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 237    */
 238   private boolean _has_centreColumnLabels;
 239
 240   /**
 241    * Field _showGroupConservation.
 242    */
 243   private boolean _showGroupConservation = false;
 244
 245   /**
 246    * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 247    */
 248   private boolean _has_showGroupConservation;
 249
 250   /**
 251    * Field _showGroupConsensus.
 252    */
 253   private boolean _showGroupConsensus = false;
 254
 255   /**
 256    * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 257    */
 258   private boolean _has_showGroupConsensus;
 259
 260   /**
 261    * Field _showConsensusHistogram.
 262    */
 263   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 264
 265   /**
 266    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 267    */
 268   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 269
 270   /**
 271    * Field _showSequenceLogo.
 272    */
 273   private boolean _showSequenceLogo = false;
 274
 275   /**
 276    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 277    */
 278   private boolean _has_showSequenceLogo;
 279
 280   /**
 281    * Field _normaliseSequenceLogo.
 282    */
 283   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 284
 285   /**
 286    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 287    */
 288   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 289
 290   /**
 291    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 292    */
 293   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 294
 295   /**
 296    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 297    */
 298   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 299
 300   /**
 301    * Field _startRes.
 302    */
 303   private int _startRes;
 304
 305   /**
 306    * keeps track of state for field: _startRes
 307    */
 308   private boolean _has_startRes;
 309
 310   /**
 311    * Field _startSeq.
 312    */
 313   private int _startSeq;
 314
 315   /**
 316    * keeps track of state for field: _startSeq
 317    */
 318   private boolean _has_startSeq;
 319
 320   /**
 321    * Field _fontName.
 322    */
 323   private java.lang.String _fontName;
 324
 325   /**
 326    * Field _fontSize.
 327    */
 328   private int _fontSize;
 329
 330   /**
 331    * keeps track of state for field: _fontSize
 332    */
 333   private boolean _has_fontSize;
 334
 335   /**
 336    * Field _fontStyle.
 337    */
 338   private int _fontStyle;
 339
 340   /**
 341    * keeps track of state for field: _fontStyle
 342    */
 343   private boolean _has_fontStyle;
 344
 345   /**
 346    * Field _viewName.
 347    */
 348   private java.lang.String _viewName;
 349
 350   /**
 351    * Field _sequenceSetId.
 352    */
 353   private java.lang.String _sequenceSetId;
 354
 355   /**
 356    * Field _gatheredViews.
 357    */
 358   private boolean _gatheredViews;
 359
 360   /**
 361    * keeps track of state for field: _gatheredViews
 362    */
 363   private boolean _has_gatheredViews;
 364
 365   /**
 366    * Field _textCol1.
 367    */
 368   private int _textCol1;
 369
 370   /**
 371    * keeps track of state for field: _textCol1
 372    */
 373   private boolean _has_textCol1;
 374
 375   /**
 376    * Field _textCol2.
 377    */
 378   private int _textCol2;
 379
 380   /**
 381    * keeps track of state for field: _textCol2
 382    */
 383   private boolean _has_textCol2;
 384
 385   /**
 386    * Field _textColThreshold.
 387    */
 388   private int _textColThreshold;
 389
 390   /**
 391    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 392    */
 393   private boolean _has_textColThreshold;
 394
 395   /**
 396    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
 397    * views
 398    *
 399    */
 400   private java.lang.String _id;
 401
 402   /**
 403    * Field _width.
 404    */
 405   private int _width;
 406
 407   /**
 408    * keeps track of state for field: _width
 409    */
 410   private boolean _has_width;
 411
 412   /**
 413    * Field _height.
 414    */
 415   private int _height;
 416
 417   /**
 418    * keeps track of state for field: _height
 419    */
 420   private boolean _has_height;
 421
 422   /**
 423    * Field _xpos.
 424    */
 425   private int _xpos;
 426
 427   /**
 428    * keeps track of state for field: _xpos
 429    */
 430   private boolean _has_xpos;
 431
 432   /**
 433    * Field _ypos.
 434    */
 435   private int _ypos;
 436
 437   /**
 438    * keeps track of state for field: _ypos
 439    */
 440   private boolean _has_ypos;
 441
 442   /**
 443    * Field _annotationColours.
 444    */
 445   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 446
 447   /**
 448    * Field _hiddenColumnsList.
 449    */
 450   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 451
 452   /**
 453    * Field _calcIdParamList.
 454    */
 455   private java.util.Vector _calcIdParamList;
 456
 457   // ----------------/
 458   // - Constructors -/
 459   // ----------------/
 460
 461   public Viewport()
 462   {
 463     super();
 464     this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 465     this._calcIdParamList = new java.util.Vector();
 466   }
 467
 468   // -----------/
 469   // - Methods -/
 470   // -----------/
 471
 472   /**
 473    *
 474    *
 475    * @param vCalcIdParam
 476    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 477    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 478    */
 479   public void addCalcIdParam(
 480           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 481           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 482   {
 483     this._calcIdParamList.addElement(vCalcIdParam);
 484   }
 485
 486   /**
 487    *
 488    *
 489    * @param index
 490    * @param vCalcIdParam
 491    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 492    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 493    */
 494   public void addCalcIdParam(final int index,
 495           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 496           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 497   {
 498     this._calcIdParamList.add(index, vCalcIdParam);
 499   }
 500
 501   /**
 502    *
 503    *
 504    * @param vHiddenColumns
 505    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 506    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 507    */
 508   public void addHiddenColumns(
 509           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 510           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 511   {
 512     this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 513   }
 514
 515   /**
 516    *
 517    *
 518    * @param index
 519    * @param vHiddenColumns
 520    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 521    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 522    */
 523   public void addHiddenColumns(final int index,
 524           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 525           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 526   {
 527     this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 528   }
 529
 530   /**
 531      */
 532   public void deleteCentreColumnLabels()
 533   {
 534     this._has_centreColumnLabels = false;
 535   }
 536
 537   /**
 538      */
 539   public void deleteConsThreshold()
 540   {
 541     this._has_consThreshold = false;
 542   }
 543
 544   /**
 545      */
 546   public void deleteConservationSelected()
 547   {
 548     this._has_conservationSelected = false;
 549   }
 550
 551   /**
 552      */
 553   public void deleteFollowHighlight()
 554   {
 555     this._has_followHighlight = false;
 556   }
 557
 558   /**
 559      */
 560   public void deleteFollowSelection()
 561   {
 562     this._has_followSelection = false;
 563   }
 564
 565   /**
 566      */
 567   public void deleteFontSize()
 568   {
 569     this._has_fontSize = false;
 570   }
 571
 572   /**
 573      */
 574   public void deleteFontStyle()
 575   {
 576     this._has_fontStyle = false;
 577   }
 578
 579   /**
 580      */
 581   public void deleteGatheredViews()
 582   {
 583     this._has_gatheredViews = false;
 584   }
 585
 586   /**
 587      */
 588   public void deleteHeight()
 589   {
 590     this._has_height = false;
 591   }
 592
 593   /**
 594      */
 595   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 596   {
 597     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 598   }
 599
 600   /**
 601      */
 602   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 603   {
 604     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 605   }
 606
 607   /**
 608      */
 609   public void deletePidSelected()
 610   {
 611     this._has_pidSelected = false;
 612   }
 613
 614   /**
 615      */
 616   public void deletePidThreshold()
 617   {
 618     this._has_pidThreshold = false;
 619   }
 620
 621   /**
 622      */
 623   public void deleteRenderGaps()
 624   {
 625     this._has_renderGaps = false;
 626   }
 627
 628   /**
 629      */
 630   public void deleteRightAlignIds()
 631   {
 632     this._has_rightAlignIds = false;
 633   }
 634
 635   /**
 636      */
 637   public void deleteShowAnnotation()
 638   {
 639     this._has_showAnnotation = false;
 640   }
 641
 642   /**
 643      */
 644   public void deleteShowBoxes()
 645   {
 646     this._has_showBoxes = false;
 647   }
 648
 649   /**
 650      */
 651   public void deleteShowColourText()
 652   {
 653     this._has_showColourText = false;
 654   }
 655
 656   /**
 657      */
 658   public void deleteShowConsensusHistogram()
 659   {
 660     this._has_showConsensusHistogram = false;
 661   }
 662
 663   /**
 664      */
 665   public void deleteShowDbRefTooltip()
 666   {
 667     this._has_showDbRefTooltip = false;
 668   }
 669
 670   /**
 671      */
 672   public void deleteShowFullId()
 673   {
 674     this._has_showFullId = false;
 675   }
 676
 677   /**
 678      */
 679   public void deleteShowGroupConsensus()
 680   {
 681     this._has_showGroupConsensus = false;
 682   }
 683
 684   /**
 685      */
 686   public void deleteShowGroupConservation()
 687   {
 688     this._has_showGroupConservation = false;
 689   }
 690
 691   /**
 692      */
 693   public void deleteShowNPfeatureTooltip()
 694   {
 695     this._has_showNPfeatureTooltip = false;
 696   }
 697
 698   /**
 699      */
 700   public void deleteShowSequenceFeatures()
 701   {
 702     this._has_showSequenceFeatures = false;
 703   }
 704
 705   /**
 706      */
 707   public void deleteShowSequenceLogo()
 708   {
 709     this._has_showSequenceLogo = false;
 710   }
 711
 712   /**
 713      */
 714   public void deleteShowText()
 715   {
 716     this._has_showText = false;
 717   }
 718
 719   /**
 720      */
 721   public void deleteShowUnconserved()
 722   {
 723     this._has_showUnconserved = false;
 724   }
 725
 726   /**
 727      */
 728   public void deleteStartRes()
 729   {
 730     this._has_startRes = false;
 731   }
 732
 733   /**
 734      */
 735   public void deleteStartSeq()
 736   {
 737     this._has_startSeq = false;
 738   }
 739
 740   /**
 741      */
 742   public void deleteTextCol1()
 743   {
 744     this._has_textCol1 = false;
 745   }
 746
 747   /**
 748      */
 749   public void deleteTextCol2()
 750   {
 751     this._has_textCol2 = false;
 752   }
 753
 754   /**
 755      */
 756   public void deleteTextColThreshold()
 757   {
 758     this._has_textColThreshold = false;
 759   }
 760
 761   /**
 762      */
 763   public void deleteWidth()
 764   {
 765     this._has_width = false;
 766   }
 767
 768   /**
 769      */
 770   public void deleteWrapAlignment()
 771   {
 772     this._has_wrapAlignment = false;
 773   }
 774
 775   /**
 776      */
 777   public void deleteXpos()
 778   {
 779     this._has_xpos = false;
 780   }
 781
 782   /**
 783      */
 784   public void deleteYpos()
 785   {
 786     this._has_ypos = false;
 787   }
 788
 789   /**
 790    * Method enumerateCalcIdParam.
 791    *
 792    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam
 793    *         elements
 794    */
 795   public java.util.Enumeration enumerateCalcIdParam()
 796   {
 797     return this._calcIdParamList.elements();
 798   }
 799
 800   /**
 801    * Method enumerateHiddenColumns.
 802    *
 803    * @return an Enumeration over all
 804    *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 805    */
 806   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()
 807   {
 808     return this._hiddenColumnsList.elements();
 809   }
 810
 811   /**
 812    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 813    *
 814    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 815    */
 816   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 817   {
 818     return this._annotationColours;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Returns the value of field 'bgColour'.
 823    *
 824    * @return the value of field 'BgColour'.
 825    */
 826   public java.lang.String getBgColour()
 827   {
 828     return this._bgColour;
 829   }
 830
 831   /**
 832    * Method getCalcIdParam.
 833    *
 834    * @param index
 835    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 836    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 837    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam at the
 838    *         given index
 839    */
 840   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam getCalcIdParam(
 841           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 842   {
 843     // check bounds for index
 844     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
 845     {
 846       throw new IndexOutOfBoundsException("getCalcIdParam: Index value '"
 847               + index + "' not in range [0.."
 848               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
 849     }
 850
 851     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) _calcIdParamList
 852             .get(index);
 853   }
 854
 855   /**
 856    * Method getCalcIdParam.Returns the contents of the collection in an Array.
 857    * <p>
 858    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 859    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 860    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 861    *
 862    * @return this collection as an Array
 863    */
 864   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] getCalcIdParam()
 865   {
 866     jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] array = new jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[0];
 867     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[]) this._calcIdParamList
 868             .toArray(array);
 869   }
 870
 871   /**
 872    * Method getCalcIdParamCount.
 873    *
 874    * @return the size of this collection
 875    */
 876   public int getCalcIdParamCount()
 877   {
 878     return this._calcIdParamList.size();
 879   }
 880
 881   /**
 882    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 883    *
 884    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 885    */
 886   public boolean getCentreColumnLabels()
 887   {
 888     return this._centreColumnLabels;
 889   }
 890
 891   /**
 892    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 893    *
 894    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 895    */
 896   public int getConsThreshold()
 897   {
 898     return this._consThreshold;
 899   }
 900
 901   /**
 902    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 903    *
 904    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 905    */
 906   public boolean getConservationSelected()
 907   {
 908     return this._conservationSelected;
 909   }
 910
 911   /**
 912    * Returns the value of field 'followHighlight'.
 913    *
 914    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 915    */
 916   public boolean getFollowHighlight()
 917   {
 918     return this._followHighlight;
 919   }
 920
 921   /**
 922    * Returns the value of field 'followSelection'.
 923    *
 924    * @return the value of field 'FollowSelection'.
 925    */
 926   public boolean getFollowSelection()
 927   {
 928     return this._followSelection;
 929   }
 930
 931   /**
 932    * Returns the value of field 'fontName'.
 933    *
 934    * @return the value of field 'FontName'.
 935    */
 936   public java.lang.String getFontName()
 937   {
 938     return this._fontName;
 939   }
 940
 941   /**
 942    * Returns the value of field 'fontSize'.
 943    *
 944    * @return the value of field 'FontSize'.
 945    */
 946   public int getFontSize()
 947   {
 948     return this._fontSize;
 949   }
 950
 951   /**
 952    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 953    *
 954    * @return the value of field 'FontStyle'.
 955    */
 956   public int getFontStyle()
 957   {
 958     return this._fontStyle;
 959   }
 960
 961   /**
 962    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
 963    *
 964    * @return the value of field 'GatheredViews'.
 965    */
 966   public boolean getGatheredViews()
 967   {
 968     return this._gatheredViews;
 969   }
 970
 971   /**
 972    * Returns the value of field 'height'.
 973    *
 974    * @return the value of field 'Height'.
 975    */
 976   public int getHeight()
 977   {
 978     return this._height;
 979   }
 980
 981   /**
 982    * Method getHiddenColumns.
 983    *
 984    * @param index
 985    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 986    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 987    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at
 988    *         the given index
 989    */
 990   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
 991           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 992   {
 993     // check bounds for index
 994     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
 995     {
 996       throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"
 997               + index + "' not in range [0.."
 998               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
 999     }
1000
1001     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList
1002             .get(index);
1003   }
1004
1005   /**
1006    * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.
1007    * <p>
1008    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
1009    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
1010    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
1011    *
1012    * @return this collection as an Array
1013    */
1014   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()
1015   {
1016     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
1017     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList
1018             .toArray(array);
1019   }
1020
1021   /**
1022    * Method getHiddenColumnsCount.
1023    *
1024    * @return the size of this collection
1025    */
1026   public int getHiddenColumnsCount()
1027   {
1028     return this._hiddenColumnsList.size();
1029   }
1030
1031   /**
1032    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
1033    * description: unique id used by jalview to synchronize between stored and
1034    * instantiated views
1035    *
1036    *
1037    * @return the value of field 'Id'.
1038    */
1039   public java.lang.String getId()
1040   {
1041     return this._id;
1042   }
1043
1044   /**
1045    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1046    *
1047    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1048    */
1049   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
1050   {
1051     return this._ignoreGapsinConsensus;
1052   }
1053
1054   /**
1055    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1056    *
1057    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1058    */
1059   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
1060   {
1061     return this._normaliseSequenceLogo;
1062   }
1063
1064   /**
1065    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1066    *
1067    * @return the value of field 'PidSelected'.
1068    */
1069   public boolean getPidSelected()
1070   {
1071     return this._pidSelected;
1072   }
1073
1074   /**
1075    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
1076    *
1077    * @return the value of field 'PidThreshold'.
1078    */
1079   public int getPidThreshold()
1080   {
1081     return this._pidThreshold;
1082   }
1083
1084   /**
1085    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1086    *
1087    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1088    */
1089   public boolean getRenderGaps()
1090   {
1091     return this._renderGaps;
1092   }
1093
1094   /**
1095    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1096    *
1097    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1098    */
1099   public boolean getRightAlignIds()
1100   {
1101     return this._rightAlignIds;
1102   }
1103
1104   /**
1105    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
1106    *
1107    * @return the value of field 'SequenceSetId'.
1108    */
1109   public java.lang.String getSequenceSetId()
1110   {
1111     return this._sequenceSetId;
1112   }
1113
1114   /**
1115    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1116    *
1117    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1118    */
1119   public boolean getShowAnnotation()
1120   {
1121     return this._showAnnotation;
1122   }
1123
1124   /**
1125    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1126    *
1127    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1128    */
1129   public boolean getShowBoxes()
1130   {
1131     return this._showBoxes;
1132   }
1133
1134   /**
1135    * Returns the value of field 'showColourText'.
1136    *
1137    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1138    */
1139   public boolean getShowColourText()
1140   {
1141     return this._showColourText;
1142   }
1143
1144   /**
1145    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1146    *
1147    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1148    */
1149   public boolean getShowConsensusHistogram()
1150   {
1151     return this._showConsensusHistogram;
1152   }
1153
1154   /**
1155    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1156    *
1157    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1158    */
1159   public boolean getShowDbRefTooltip()
1160   {
1161     return this._showDbRefTooltip;
1162   }
1163
1164   /**
1165    * Returns the value of field 'showFullId'.
1166    *
1167    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1168    */
1169   public boolean getShowFullId()
1170   {
1171     return this._showFullId;
1172   }
1173
1174   /**
1175    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1176    *
1177    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1178    */
1179   public boolean getShowGroupConsensus()
1180   {
1181     return this._showGroupConsensus;
1182   }
1183
1184   /**
1185    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1186    *
1187    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1188    */
1189   public boolean getShowGroupConservation()
1190   {
1191     return this._showGroupConservation;
1192   }
1193
1194   /**
1195    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1196    *
1197    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1198    */
1199   public boolean getShowNPfeatureTooltip()
1200   {
1201     return this._showNPfeatureTooltip;
1202   }
1203
1204   /**
1205    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1206    *
1207    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1208    */
1209   public boolean getShowSequenceFeatures()
1210   {
1211     return this._showSequenceFeatures;
1212   }
1213
1214   /**
1215    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1216    *
1217    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1218    */
1219   public boolean getShowSequenceLogo()
1220   {
1221     return this._showSequenceLogo;
1222   }
1223
1224   /**
1225    * Returns the value of field 'showText'.
1226    *
1227    * @return the value of field 'ShowText'.
1228    */
1229   public boolean getShowText()
1230   {
1231     return this._showText;
1232   }
1233
1234   /**
1235    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1236    *
1237    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1238    */
1239   public boolean getShowUnconserved()
1240   {
1241     return this._showUnconserved;
1242   }
1243
1244   /**
1245    * Returns the value of field 'startRes'.
1246    *
1247    * @return the value of field 'StartRes'.
1248    */
1249   public int getStartRes()
1250   {
1251     return this._startRes;
1252   }
1253
1254   /**
1255    * Returns the value of field 'startSeq'.
1256    *
1257    * @return the value of field 'StartSeq'.
1258    */
1259   public int getStartSeq()
1260   {
1261     return this._startSeq;
1262   }
1263
1264   /**
1265    * Returns the value of field 'textCol1'.
1266    *
1267    * @return the value of field 'TextCol1'.
1268    */
1269   public int getTextCol1()
1270   {
1271     return this._textCol1;
1272   }
1273
1274   /**
1275    * Returns the value of field 'textCol2'.
1276    *
1277    * @return the value of field 'TextCol2'.
1278    */
1279   public int getTextCol2()
1280   {
1281     return this._textCol2;
1282   }
1283
1284   /**
1285    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1286    *
1287    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1288    */
1289   public int getTextColThreshold()
1290   {
1291     return this._textColThreshold;
1292   }
1293
1294   /**
1295    * Returns the value of field 'title'.
1296    *
1297    * @return the value of field 'Title'.
1298    */
1299   public java.lang.String getTitle()
1300   {
1301     return this._title;
1302   }
1303
1304   /**
1305    * Returns the value of field 'viewName'.
1306    *
1307    * @return the value of field 'ViewName'.
1308    */
1309   public java.lang.String getViewName()
1310   {
1311     return this._viewName;
1312   }
1313
1314   /**
1315    * Returns the value of field 'width'.
1316    *
1317    * @return the value of field 'Width'.
1318    */
1319   public int getWidth()
1320   {
1321     return this._width;
1322   }
1323
1324   /**
1325    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1326    *
1327    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1328    */
1329   public boolean getWrapAlignment()
1330   {
1331     return this._wrapAlignment;
1332   }
1333
1334   /**
1335    * Returns the value of field 'xpos'.
1336    *
1337    * @return the value of field 'Xpos'.
1338    */
1339   public int getXpos()
1340   {
1341     return this._xpos;
1342   }
1343
1344   /**
1345    * Returns the value of field 'ypos'.
1346    *
1347    * @return the value of field 'Ypos'.
1348    */
1349   public int getYpos()
1350   {
1351     return this._ypos;
1352   }
1353
1354   /**
1355    * Method hasCentreColumnLabels.
1356    *
1357    * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1358    */
1359   public boolean hasCentreColumnLabels()
1360   {
1361     return this._has_centreColumnLabels;
1362   }
1363
1364   /**
1365    * Method hasConsThreshold.
1366    *
1367    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1368    */
1369   public boolean hasConsThreshold()
1370   {
1371     return this._has_consThreshold;
1372   }
1373
1374   /**
1375    * Method hasConservationSelected.
1376    *
1377    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
1378    */
1379   public boolean hasConservationSelected()
1380   {
1381     return this._has_conservationSelected;
1382   }
1383
1384   /**
1385    * Method hasFollowHighlight.
1386    *
1387    * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1388    */
1389   public boolean hasFollowHighlight()
1390   {
1391     return this._has_followHighlight;
1392   }
1393
1394   /**
1395    * Method hasFollowSelection.
1396    *
1397    * @return true if at least one FollowSelection has been added
1398    */
1399   public boolean hasFollowSelection()
1400   {
1401     return this._has_followSelection;
1402   }
1403
1404   /**
1405    * Method hasFontSize.
1406    *
1407    * @return true if at least one FontSize has been added
1408    */
1409   public boolean hasFontSize()
1410   {
1411     return this._has_fontSize;
1412   }
1413
1414   /**
1415    * Method hasFontStyle.
1416    *
1417    * @return true if at least one FontStyle has been added
1418    */
1419   public boolean hasFontStyle()
1420   {
1421     return this._has_fontStyle;
1422   }
1423
1424   /**
1425    * Method hasGatheredViews.
1426    *
1427    * @return true if at least one GatheredViews has been added
1428    */
1429   public boolean hasGatheredViews()
1430   {
1431     return this._has_gatheredViews;
1432   }
1433
1434   /**
1435    * Method hasHeight.
1436    *
1437    * @return true if at least one Height has been added
1438    */
1439   public boolean hasHeight()
1440   {
1441     return this._has_height;
1442   }
1443
1444   /**
1445    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1446    *
1447    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
1448    */
1449   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
1450   {
1451     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1452   }
1453
1454   /**
1455    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
1456    *
1457    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
1458    */
1459   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
1460   {
1461     return this._has_normaliseSequenceLogo;
1462   }
1463
1464   /**
1465    * Method hasPidSelected.
1466    *
1467    * @return true if at least one PidSelected has been added
1468    */
1469   public boolean hasPidSelected()
1470   {
1471     return this._has_pidSelected;
1472   }
1473
1474   /**
1475    * Method hasPidThreshold.
1476    *
1477    * @return true if at least one PidThreshold has been added
1478    */
1479   public boolean hasPidThreshold()
1480   {
1481     return this._has_pidThreshold;
1482   }
1483
1484   /**
1485    * Method hasRenderGaps.
1486    *
1487    * @return true if at least one RenderGaps has been added
1488    */
1489   public boolean hasRenderGaps()
1490   {
1491     return this._has_renderGaps;
1492   }
1493
1494   /**
1495    * Method hasRightAlignIds.
1496    *
1497    * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1498    */
1499   public boolean hasRightAlignIds()
1500   {
1501     return this._has_rightAlignIds;
1502   }
1503
1504   /**
1505    * Method hasShowAnnotation.
1506    *
1507    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1508    */
1509   public boolean hasShowAnnotation()
1510   {
1511     return this._has_showAnnotation;
1512   }
1513
1514   /**
1515    * Method hasShowBoxes.
1516    *
1517    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1518    */
1519   public boolean hasShowBoxes()
1520   {
1521     return this._has_showBoxes;
1522   }
1523
1524   /**
1525    * Method hasShowColourText.
1526    *
1527    * @return true if at least one ShowColourText has been added
1528    */
1529   public boolean hasShowColourText()
1530   {
1531     return this._has_showColourText;
1532   }
1533
1534   /**
1535    * Method hasShowConsensusHistogram.
1536    *
1537    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
1538    */
1539   public boolean hasShowConsensusHistogram()
1540   {
1541     return this._has_showConsensusHistogram;
1542   }
1543
1544   /**
1545    * Method hasShowDbRefTooltip.
1546    *
1547    * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1548    */
1549   public boolean hasShowDbRefTooltip()
1550   {
1551     return this._has_showDbRefTooltip;
1552   }
1553
1554   /**
1555    * Method hasShowFullId.
1556    *
1557    * @return true if at least one ShowFullId has been added
1558    */
1559   public boolean hasShowFullId()
1560   {
1561     return this._has_showFullId;
1562   }
1563
1564   /**
1565    * Method hasShowGroupConsensus.
1566    *
1567    * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1568    */
1569   public boolean hasShowGroupConsensus()
1570   {
1571     return this._has_showGroupConsensus;
1572   }
1573
1574   /**
1575    * Method hasShowGroupConservation.
1576    *
1577    * @return true if at least one ShowGroupConservation has been added
1578    */
1579   public boolean hasShowGroupConservation()
1580   {
1581     return this._has_showGroupConservation;
1582   }
1583
1584   /**
1585    * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1586    *
1587    * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been added
1588    */
1589   public boolean hasShowNPfeatureTooltip()
1590   {
1591     return this._has_showNPfeatureTooltip;
1592   }
1593
1594   /**
1595    * Method hasShowSequenceFeatures.
1596    *
1597    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
1598    */
1599   public boolean hasShowSequenceFeatures()
1600   {
1601     return this._has_showSequenceFeatures;
1602   }
1603
1604   /**
1605    * Method hasShowSequenceLogo.
1606    *
1607    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1608    */
1609   public boolean hasShowSequenceLogo()
1610   {
1611     return this._has_showSequenceLogo;
1612   }
1613
1614   /**
1615    * Method hasShowText.
1616    *
1617    * @return true if at least one ShowText has been added
1618    */
1619   public boolean hasShowText()
1620   {
1621     return this._has_showText;
1622   }
1623
1624   /**
1625    * Method hasShowUnconserved.
1626    *
1627    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1628    */
1629   public boolean hasShowUnconserved()
1630   {
1631     return this._has_showUnconserved;
1632   }
1633
1634   /**
1635    * Method hasStartRes.
1636    *
1637    * @return true if at least one StartRes has been added
1638    */
1639   public boolean hasStartRes()
1640   {
1641     return this._has_startRes;
1642   }
1643
1644   /**
1645    * Method hasStartSeq.
1646    *
1647    * @return true if at least one StartSeq has been added
1648    */
1649   public boolean hasStartSeq()
1650   {
1651     return this._has_startSeq;
1652   }
1653
1654   /**
1655    * Method hasTextCol1.
1656    *
1657    * @return true if at least one TextCol1 has been added
1658    */
1659   public boolean hasTextCol1()
1660   {
1661     return this._has_textCol1;
1662   }
1663
1664   /**
1665    * Method hasTextCol2.
1666    *
1667    * @return true if at least one TextCol2 has been added
1668    */
1669   public boolean hasTextCol2()
1670   {
1671     return this._has_textCol2;
1672   }
1673
1674   /**
1675    * Method hasTextColThreshold.
1676    *
1677    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1678    */
1679   public boolean hasTextColThreshold()
1680   {
1681     return this._has_textColThreshold;
1682   }
1683
1684   /**
1685    * Method hasWidth.
1686    *
1687    * @return true if at least one Width has been added
1688    */
1689   public boolean hasWidth()
1690   {
1691     return this._has_width;
1692   }
1693
1694   /**
1695    * Method hasWrapAlignment.
1696    *
1697    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1698    */
1699   public boolean hasWrapAlignment()
1700   {
1701     return this._has_wrapAlignment;
1702   }
1703
1704   /**
1705    * Method hasXpos.
1706    *
1707    * @return true if at least one Xpos has been added
1708    */
1709   public boolean hasXpos()
1710   {
1711     return this._has_xpos;
1712   }
1713
1714   /**
1715    * Method hasYpos.
1716    *
1717    * @return true if at least one Ypos has been added
1718    */
1719   public boolean hasYpos()
1720   {
1721     return this._has_ypos;
1722   }
1723
1724   /**
1725    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1726    *
1727    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1728    */
1729   public boolean isCentreColumnLabels()
1730   {
1731     return this._centreColumnLabels;
1732   }
1733
1734   /**
1735    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1736    *
1737    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1738    */
1739   public boolean isConservationSelected()
1740   {
1741     return this._conservationSelected;
1742   }
1743
1744   /**
1745    * Returns the value of field 'followHighlight'.
1746    *
1747    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1748    */
1749   public boolean isFollowHighlight()
1750   {
1751     return this._followHighlight;
1752   }
1753
1754   /**
1755    * Returns the value of field 'followSelection'.
1756    *
1757    * @return the value of field 'FollowSelection'.
1758    */
1759   public boolean isFollowSelection()
1760   {
1761     return this._followSelection;
1762   }
1763
1764   /**
1765    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1766    *
1767    * @return the value of field 'GatheredViews'.
1768    */
1769   public boolean isGatheredViews()
1770   {
1771     return this._gatheredViews;
1772   }
1773
1774   /**
1775    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1776    *
1777    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1778    */
1779   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1780   {
1781     return this._ignoreGapsinConsensus;
1782   }
1783
1784   /**
1785    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1786    *
1787    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1788    */
1789   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1790   {
1791     return this._normaliseSequenceLogo;
1792   }
1793
1794   /**
1795    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1796    *
1797    * @return the value of field 'PidSelected'.
1798    */
1799   public boolean isPidSelected()
1800   {
1801     return this._pidSelected;
1802   }
1803
1804   /**
1805    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1806    *
1807    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1808    */
1809   public boolean isRenderGaps()
1810   {
1811     return this._renderGaps;
1812   }
1813
1814   /**
1815    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1816    *
1817    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1818    */
1819   public boolean isRightAlignIds()
1820   {
1821     return this._rightAlignIds;
1822   }
1823
1824   /**
1825    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1826    *
1827    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1828    */
1829   public boolean isShowAnnotation()
1830   {
1831     return this._showAnnotation;
1832   }
1833
1834   /**
1835    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1836    *
1837    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1838    */
1839   public boolean isShowBoxes()
1840   {
1841     return this._showBoxes;
1842   }
1843
1844   /**
1845    * Returns the value of field 'showColourText'.
1846    *
1847    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1848    */
1849   public boolean isShowColourText()
1850   {
1851     return this._showColourText;
1852   }
1853
1854   /**
1855    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1856    *
1857    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1858    */
1859   public boolean isShowConsensusHistogram()
1860   {
1861     return this._showConsensusHistogram;
1862   }
1863
1864   /**
1865    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1866    *
1867    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1868    */
1869   public boolean isShowDbRefTooltip()
1870   {
1871     return this._showDbRefTooltip;
1872   }
1873
1874   /**
1875    * Returns the value of field 'showFullId'.
1876    *
1877    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1878    */
1879   public boolean isShowFullId()
1880   {
1881     return this._showFullId;
1882   }
1883
1884   /**
1885    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1886    *
1887    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1888    */
1889   public boolean isShowGroupConsensus()
1890   {
1891     return this._showGroupConsensus;
1892   }
1893
1894   /**
1895    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1896    *
1897    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1898    */
1899   public boolean isShowGroupConservation()
1900   {
1901     return this._showGroupConservation;
1902   }
1903
1904   /**
1905    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1906    *
1907    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1908    */
1909   public boolean isShowNPfeatureTooltip()
1910   {
1911     return this._showNPfeatureTooltip;
1912   }
1913
1914   /**
1915    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1916    *
1917    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1918    */
1919   public boolean isShowSequenceFeatures()
1920   {
1921     return this._showSequenceFeatures;
1922   }
1923
1924   /**
1925    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1926    *
1927    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1928    */
1929   public boolean isShowSequenceLogo()
1930   {
1931     return this._showSequenceLogo;
1932   }
1933
1934   /**
1935    * Returns the value of field 'showText'.
1936    *
1937    * @return the value of field 'ShowText'.
1938    */
1939   public boolean isShowText()
1940   {
1941     return this._showText;
1942   }
1943
1944   /**
1945    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1946    *
1947    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1948    */
1949   public boolean isShowUnconserved()
1950   {
1951     return this._showUnconserved;
1952   }
1953
1954   /**
1955    * Method isValid.
1956    *
1957    * @return true if this object is valid according to the schema
1958    */
1959   public boolean isValid()
1960   {
1961     try
1962     {
1963       validate();
1964     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1965     {
1966       return false;
1967     }
1968     return true;
1969   }
1970
1971   /**
1972    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1973    *
1974    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1975    */
1976   public boolean isWrapAlignment()
1977   {
1978     return this._wrapAlignment;
1979   }
1980
1981   /**
1982    *
1983    *
1984    * @param out
1985    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1986    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1987    *           marshaling
1988    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1989    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1990    */
1991   public void marshal(final java.io.Writer out)
1992           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1993           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1994   {
1995     Marshaller.marshal(this, out);
1996   }
1997
1998   /**
1999    *
2000    *
2001    * @param handler
2002    * @throws java.io.IOException
2003    *           if an IOException occurs during marshaling
2004    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2005    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2006    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2007    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2008    *           marshaling
2009    */
2010   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
2011           throws java.io.IOException,
2012           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2013           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2014   {
2015     Marshaller.marshal(this, handler);
2016   }
2017
2018   /**
2019      */
2020   public void removeAllCalcIdParam()
2021   {
2022     this._calcIdParamList.clear();
2023   }
2024
2025   /**
2026      */
2027   public void removeAllHiddenColumns()
2028   {
2029     this._hiddenColumnsList.clear();
2030   }
2031
2032   /**
2033    * Method removeCalcIdParam.
2034    *
2035    * @param vCalcIdParam
2036    * @return true if the object was removed from the collection.
2037    */
2038   public boolean removeCalcIdParam(
2039           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2040   {
2041     boolean removed = _calcIdParamList.remove(vCalcIdParam);
2042     return removed;
2043   }
2044
2045   /**
2046    * Method removeCalcIdParamAt.
2047    *
2048    * @param index
2049    * @return the element removed from the collection
2050    */
2051   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam removeCalcIdParamAt(
2052           final int index)
2053   {
2054     java.lang.Object obj = this._calcIdParamList.remove(index);
2055     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) obj;
2056   }
2057
2058   /**
2059    * Method removeHiddenColumns.
2060    *
2061    * @param vHiddenColumns
2062    * @return true if the object was removed from the collection.
2063    */
2064   public boolean removeHiddenColumns(
2065           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2066   {
2067     boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
2068     return removed;
2069   }
2070
2071   /**
2072    * Method removeHiddenColumnsAt.
2073    *
2074    * @param index
2075    * @return the element removed from the collection
2076    */
2077   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
2078           final int index)
2079   {
2080     java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
2081     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
2082   }
2083
2084   /**
2085    * Sets the value of field 'annotationColours'.
2086    *
2087    * @param annotationColours
2088    *          the value of field 'annotationColours'.
2089    */
2090   public void setAnnotationColours(
2091           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
2092   {
2093     this._annotationColours = annotationColours;
2094   }
2095
2096   /**
2097    * Sets the value of field 'bgColour'.
2098    *
2099    * @param bgColour
2100    *          the value of field 'bgColour'.
2101    */
2102   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
2103   {
2104     this._bgColour = bgColour;
2105   }
2106
2107   /**
2108    *
2109    *
2110    * @param index
2111    * @param vCalcIdParam
2112    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2113    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2114    */
2115   public void setCalcIdParam(final int index,
2116           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2117           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2118   {
2119     // check bounds for index
2120     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
2121     {
2122       throw new IndexOutOfBoundsException("setCalcIdParam: Index value '"
2123               + index + "' not in range [0.."
2124               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
2125     }
2126
2127     this._calcIdParamList.set(index, vCalcIdParam);
2128   }
2129
2130   /**
2131    *
2132    *
2133    * @param vCalcIdParamArray
2134    */
2135   public void setCalcIdParam(
2136           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] vCalcIdParamArray)
2137   {
2138     // -- copy array
2139     _calcIdParamList.clear();
2140
2141     for (int i = 0; i < vCalcIdParamArray.length; i++)
2142     {
2143       this._calcIdParamList.add(vCalcIdParamArray[i]);
2144     }
2145   }
2146
2147   /**
2148    * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
2149    *
2150    * @param centreColumnLabels
2151    *          the value of field 'centreColumnLabels'.
2152    */
2153   public void setCentreColumnLabels(final boolean centreColumnLabels)
2154   {
2155     this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
2156     this._has_centreColumnLabels = true;
2157   }
2158
2159   /**
2160    * Sets the value of field 'consThreshold'.
2161    *
2162    * @param consThreshold
2163    *          the value of field 'consThreshold'.
2164    */
2165   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
2166   {
2167     this._consThreshold = consThreshold;
2168     this._has_consThreshold = true;
2169   }
2170
2171   /**
2172    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
2173    *
2174    * @param conservationSelected
2175    *          the value of field 'conservationSelected'.
2176    */
2177   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
2178   {
2179     this._conservationSelected = conservationSelected;
2180     this._has_conservationSelected = true;
2181   }
2182
2183   /**
2184    * Sets the value of field 'followHighlight'.
2185    *
2186    * @param followHighlight
2187    *          the value of field 'followHighlight'.
2188    */
2189   public void setFollowHighlight(final boolean followHighlight)
2190   {
2191     this._followHighlight = followHighlight;
2192     this._has_followHighlight = true;
2193   }
2194
2195   /**
2196    * Sets the value of field 'followSelection'.
2197    *
2198    * @param followSelection
2199    *          the value of field 'followSelection'.
2200    */
2201   public void setFollowSelection(final boolean followSelection)
2202   {
2203     this._followSelection = followSelection;
2204     this._has_followSelection = true;
2205   }
2206
2207   /**
2208    * Sets the value of field 'fontName'.
2209    *
2210    * @param fontName
2211    *          the value of field 'fontName'.
2212    */
2213   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
2214   {
2215     this._fontName = fontName;
2216   }
2217
2218   /**
2219    * Sets the value of field 'fontSize'.
2220    *
2221    * @param fontSize
2222    *          the value of field 'fontSize'.
2223    */
2224   public void setFontSize(final int fontSize)
2225   {
2226     this._fontSize = fontSize;
2227     this._has_fontSize = true;
2228   }
2229
2230   /**
2231    * Sets the value of field 'fontStyle'.
2232    *
2233    * @param fontStyle
2234    *          the value of field 'fontStyle'.
2235    */
2236   public void setFontStyle(final int fontStyle)
2237   {
2238     this._fontStyle = fontStyle;
2239     this._has_fontStyle = true;
2240   }
2241
2242   /**
2243    * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2244    *
2245    * @param gatheredViews
2246    *          the value of field 'gatheredViews'.
2247    */
2248   public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)
2249   {
2250     this._gatheredViews = gatheredViews;
2251     this._has_gatheredViews = true;
2252   }
2253
2254   /**
2255    * Sets the value of field 'height'.
2256    *
2257    * @param height
2258    *          the value of field 'height'.
2259    */
2260   public void setHeight(final int height)
2261   {
2262     this._height = height;
2263     this._has_height = true;
2264   }
2265
2266   /**
2267    *
2268    *
2269    * @param index
2270    * @param vHiddenColumns
2271    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2272    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2273    */
2274   public void setHiddenColumns(final int index,
2275           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2276           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2277   {
2278     // check bounds for index
2279     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
2280     {
2281       throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"
2282               + index + "' not in range [0.."
2283               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2284     }
2285
2286     this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2287   }
2288
2289   /**
2290    *
2291    *
2292    * @param vHiddenColumnsArray
2293    */
2294   public void setHiddenColumns(
2295           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)
2296   {
2297     // -- copy array
2298     _hiddenColumnsList.clear();
2299
2300     for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)
2301     {
2302       this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2303     }
2304   }
2305
2306   /**
2307    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
2308    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
2309    * views
2310    *
2311    *
2312    * @param id
2313    *          the value of field 'id'.
2314    */
2315   public void setId(final java.lang.String id)
2316   {
2317     this._id = id;
2318   }
2319
2320   /**
2321    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2322    *
2323    * @param ignoreGapsinConsensus
2324    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2325    */
2326   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
2327   {
2328     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2329     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2330   }
2331
2332   /**
2333    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2334    *
2335    * @param normaliseSequenceLogo
2336    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2337    */
2338   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
2339   {
2340     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
2341     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
2342   }
2343
2344   /**
2345    * Sets the value of field 'pidSelected'.
2346    *
2347    * @param pidSelected
2348    *          the value of field 'pidSelected'.
2349    */
2350   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
2351   {
2352     this._pidSelected = pidSelected;
2353     this._has_pidSelected = true;
2354   }
2355
2356   /**
2357    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2358    *
2359    * @param pidThreshold
2360    *          the value of field 'pidThreshold'.
2361    */
2362   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
2363   {
2364     this._pidThreshold = pidThreshold;
2365     this._has_pidThreshold = true;
2366   }
2367
2368   /**
2369    * Sets the value of field 'renderGaps'.
2370    *
2371    * @param renderGaps
2372    *          the value of field 'renderGaps'.
2373    */
2374   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
2375   {
2376     this._renderGaps = renderGaps;
2377     this._has_renderGaps = true;
2378   }
2379
2380   /**
2381    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2382    *
2383    * @param rightAlignIds
2384    *          the value of field 'rightAlignIds'.
2385    */
2386   public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)
2387   {
2388     this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2389     this._has_rightAlignIds = true;
2390   }
2391
2392   /**
2393    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2394    *
2395    * @param sequenceSetId
2396    *          the value of field 'sequenceSetId'.
2397    */
2398   public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)
2399   {
2400     this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2401   }
2402
2403   /**
2404    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2405    *
2406    * @param showAnnotation
2407    *          the value of field 'showAnnotation'.
2408    */
2409   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
2410   {
2411     this._showAnnotation = showAnnotation;
2412     this._has_showAnnotation = true;
2413   }
2414
2415   /**
2416    * Sets the value of field 'showBoxes'.
2417    *
2418    * @param showBoxes
2419    *          the value of field 'showBoxes'.
2420    */
2421   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
2422   {
2423     this._showBoxes = showBoxes;
2424     this._has_showBoxes = true;
2425   }
2426
2427   /**
2428    * Sets the value of field 'showColourText'.
2429    *
2430    * @param showColourText
2431    *          the value of field 'showColourText'.
2432    */
2433   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
2434   {
2435     this._showColourText = showColourText;
2436     this._has_showColourText = true;
2437   }
2438
2439   /**
2440    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2441    *
2442    * @param showConsensusHistogram
2443    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
2444    */
2445   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
2446   {
2447     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2448     this._has_showConsensusHistogram = true;
2449   }
2450
2451   /**
2452    * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2453    *
2454    * @param showDbRefTooltip
2455    *          the value of field 'showDbRefTooltip'
2456    */
2457   public void setShowDbRefTooltip(final boolean showDbRefTooltip)
2458   {
2459     this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2460     this._has_showDbRefTooltip = true;
2461   }
2462
2463   /**
2464    * Sets the value of field 'showFullId'.
2465    *
2466    * @param showFullId
2467    *          the value of field 'showFullId'.
2468    */
2469   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
2470   {
2471     this._showFullId = showFullId;
2472     this._has_showFullId = true;
2473   }
2474
2475   /**
2476    * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2477    *
2478    * @param showGroupConsensus
2479    *          the value of field 'showGroupConsensus'.
2480    */
2481   public void setShowGroupConsensus(final boolean showGroupConsensus)
2482   {
2483     this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2484     this._has_showGroupConsensus = true;
2485   }
2486
2487   /**
2488    * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2489    *
2490    * @param showGroupConservation
2491    *          the value of field 'showGroupConservation'.
2492    */
2493   public void setShowGroupConservation(final boolean showGroupConservation)
2494   {
2495     this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2496     this._has_showGroupConservation = true;
2497   }
2498
2499   /**
2500    * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2501    *
2502    * @param showNPfeatureTooltip
2503    *          the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2504    */
2505   public void setShowNPfeatureTooltip(final boolean showNPfeatureTooltip)
2506   {
2507     this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2508     this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2509   }
2510
2511   /**
2512    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2513    *
2514    * @param showSequenceFeatures
2515    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
2516    */
2517   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
2518   {
2519     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2520     this._has_showSequenceFeatures = true;
2521   }
2522
2523   /**
2524    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2525    *
2526    * @param showSequenceLogo
2527    *          the value of field 'showSequenceLogo'
2528    */
2529   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
2530   {
2531     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2532     this._has_showSequenceLogo = true;
2533   }
2534
2535   /**
2536    * Sets the value of field 'showText'.
2537    *
2538    * @param showText
2539    *          the value of field 'showText'.
2540    */
2541   public void setShowText(final boolean showText)
2542   {
2543     this._showText = showText;
2544     this._has_showText = true;
2545   }
2546
2547   /**
2548    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2549    *
2550    * @param showUnconserved
2551    *          the value of field 'showUnconserved'.
2552    */
2553   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
2554   {
2555     this._showUnconserved = showUnconserved;
2556     this._has_showUnconserved = true;
2557   }
2558
2559   /**
2560    * Sets the value of field 'startRes'.
2561    *
2562    * @param startRes
2563    *          the value of field 'startRes'.
2564    */
2565   public void setStartRes(final int startRes)
2566   {
2567     this._startRes = startRes;
2568     this._has_startRes = true;
2569   }
2570
2571   /**
2572    * Sets the value of field 'startSeq'.
2573    *
2574    * @param startSeq
2575    *          the value of field 'startSeq'.
2576    */
2577   public void setStartSeq(final int startSeq)
2578   {
2579     this._startSeq = startSeq;
2580     this._has_startSeq = true;
2581   }
2582
2583   /**
2584    * Sets the value of field 'textCol1'.
2585    *
2586    * @param textCol1
2587    *          the value of field 'textCol1'.
2588    */
2589   public void setTextCol1(final int textCol1)
2590   {
2591     this._textCol1 = textCol1;
2592     this._has_textCol1 = true;
2593   }
2594
2595   /**
2596    * Sets the value of field 'textCol2'.
2597    *
2598    * @param textCol2
2599    *          the value of field 'textCol2'.
2600    */
2601   public void setTextCol2(final int textCol2)
2602   {
2603     this._textCol2 = textCol2;
2604     this._has_textCol2 = true;
2605   }
2606
2607   /**
2608    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2609    *
2610    * @param textColThreshold
2611    *          the value of field 'textColThreshold'
2612    */
2613   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
2614   {
2615     this._textColThreshold = textColThreshold;
2616     this._has_textColThreshold = true;
2617   }
2618
2619   /**
2620    * Sets the value of field 'title'.
2621    *
2622    * @param title
2623    *          the value of field 'title'.
2624    */
2625   public void setTitle(final java.lang.String title)
2626   {
2627     this._title = title;
2628   }
2629
2630   /**
2631    * Sets the value of field 'viewName'.
2632    *
2633    * @param viewName
2634    *          the value of field 'viewName'.
2635    */
2636   public void setViewName(final java.lang.String viewName)
2637   {
2638     this._viewName = viewName;
2639   }
2640
2641   /**
2642    * Sets the value of field 'width'.
2643    *
2644    * @param width
2645    *          the value of field 'width'.
2646    */
2647   public void setWidth(final int width)
2648   {
2649     this._width = width;
2650     this._has_width = true;
2651   }
2652
2653   /**
2654    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2655    *
2656    * @param wrapAlignment
2657    *          the value of field 'wrapAlignment'.
2658    */
2659   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
2660   {
2661     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2662     this._has_wrapAlignment = true;
2663   }
2664
2665   /**
2666    * Sets the value of field 'xpos'.
2667    *
2668    * @param xpos
2669    *          the value of field 'xpos'.
2670    */
2671   public void setXpos(final int xpos)
2672   {
2673     this._xpos = xpos;
2674     this._has_xpos = true;
2675   }
2676
2677   /**
2678    * Sets the value of field 'ypos'.
2679    *
2680    * @param ypos
2681    *          the value of field 'ypos'.
2682    */
2683   public void setYpos(final int ypos)
2684   {
2685     this._ypos = ypos;
2686     this._has_ypos = true;
2687   }
2688
2689   /**
2690    * Method unmarshal.
2691    *
2692    * @param reader
2693    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2694    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2695    *           marshaling
2696    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2697    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2698    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport
2699    */
2700   public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2701           final java.io.Reader reader)
2702           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2703           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2704   {
2705     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller
2706             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,
2707                     reader);
2708   }
2709
2710   /**
2711    *
2712    *
2713    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2714    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2715    */
2716   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2717   {
2718     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2719     validator.validate(this);
2720   }
2721
2722 }