src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class Viewport.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _conservationSelected\r
  40      */\r
  41     private boolean _conservationSelected;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  45      */\r
  46     private boolean _has_conservationSelected;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _pidSelected\r
  50      */\r
  51     private boolean _pidSelected;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  55      */\r
  56     private boolean _has_pidSelected;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _bgColour\r
  60      */\r
  61     private java.lang.String _bgColour;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _consThreshold\r
  65      */\r
  66     private int _consThreshold;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  70      */\r
  71     private boolean _has_consThreshold;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Field _pidThreshold\r
  75      */\r
  76     private int _pidThreshold;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  80      */\r
  81     private boolean _has_pidThreshold;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * Field _title\r
  85      */\r
  86     private java.lang.String _title;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Field _showFullId\r
  90      */\r
  91     private boolean _showFullId;\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  95      */\r
  96     private boolean _has_showFullId;\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * Field _showText\r
 100      */\r
 101     private boolean _showText;\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * keeps track of state for field: _showText\r
 105      */\r
 106     private boolean _has_showText;\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * Field _showColourText\r
 110      */\r
 111     private boolean _showColourText;\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 115      */\r
 116     private boolean _has_showColourText;\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * Field _showBoxes\r
 120      */\r
 121     private boolean _showBoxes;\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 125      */\r
 126     private boolean _has_showBoxes;\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * Field _wrapAlignment\r
 130      */\r
 131     private boolean _wrapAlignment;\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 135      */\r
 136     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * Field _renderGaps\r
 140      */\r
 141     private boolean _renderGaps;\r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 145      */\r
 146     private boolean _has_renderGaps;\r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * Field _showSequenceFeatures\r
 150      */\r
 151     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 155      */\r
 156     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * Field _showAnnotation\r
 160      */\r
 161     private boolean _showAnnotation;\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 165      */\r
 166     private boolean _has_showAnnotation;\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * Field _showConservation\r
 170      */\r
 171     private boolean _showConservation;\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * keeps track of state for field: _showConservation\r
 175      */\r
 176     private boolean _has_showConservation;\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * Field _showQuality\r
 180      */\r
 181     private boolean _showQuality;\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * keeps track of state for field: _showQuality\r
 185      */\r
 186     private boolean _has_showQuality;\r
 187 \r
 188     /**\r
 189      * Field _showIdentity\r
 190      */\r
 191     private boolean _showIdentity;\r
 192 \r
 193     /**\r
 194      * keeps track of state for field: _showIdentity\r
 195      */\r
 196     private boolean _has_showIdentity;\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * Field _xpos\r
 200      */\r
 201     private int _xpos;\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * keeps track of state for field: _xpos\r
 205      */\r
 206     private boolean _has_xpos;\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * Field _ypos\r
 210      */\r
 211     private int _ypos;\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * keeps track of state for field: _ypos\r
 215      */\r
 216     private boolean _has_ypos;\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Field _width\r
 220      */\r
 221     private int _width;\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * keeps track of state for field: _width\r
 225      */\r
 226     private boolean _has_width;\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * Field _height\r
 230      */\r
 231     private int _height;\r
 232 \r
 233     /**\r
 234      * keeps track of state for field: _height\r
 235      */\r
 236     private boolean _has_height;\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * Field _startRes\r
 240      */\r
 241     private int _startRes;\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * keeps track of state for field: _startRes\r
 245      */\r
 246     private boolean _has_startRes;\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * Field _startSeq\r
 250      */\r
 251     private int _startSeq;\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 255      */\r
 256     private boolean _has_startSeq;\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * Field _fontName\r
 260      */\r
 261     private java.lang.String _fontName;\r
 262 \r
 263     /**\r
 264      * Field _fontSize\r
 265      */\r
 266     private int _fontSize;\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 270      */\r
 271     private boolean _has_fontSize;\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * Field _fontStyle\r
 275      */\r
 276     private int _fontStyle;\r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 280      */\r
 281     private boolean _has_fontStyle;\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * Field _viewName\r
 285      */\r
 286     private java.lang.String _viewName;\r
 287 \r
 288     /**\r
 289      * Field _sequenceSetId\r
 290      */\r
 291     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 292 \r
 293     /**\r
 294      * Field _gatheredViews\r
 295      */\r
 296     private boolean _gatheredViews;\r
 297 \r
 298     /**\r
 299      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 300      */\r
 301     private boolean _has_gatheredViews;\r
 302 \r
 303     /**\r
 304      * Field _annotationColours\r
 305      */\r
 306     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 307 \r
 308     /**\r
 309      * Field _hiddenColumnsList\r
 310      */\r
 311     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 312 \r
 313 \r
 314       //----------------/\r
 315      //- Constructors -/\r
 316     //----------------/\r
 317 \r
 318     public Viewport() {\r
 319         super();\r
 320         _hiddenColumnsList = new Vector();\r
 321     } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
 322 \r
 323 \r
 324       //-----------/\r
 325      //- Methods -/\r
 326     //-----------/\r
 327 \r
 328     /**\r
 329      * Method addHiddenColumns\r
 330      * \r
 331      * \r
 332      * \r
 333      * @param vHiddenColumns\r
 334      */\r
 335     public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 336         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 337     {\r
 338         _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 339     } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * Method addHiddenColumns\r
 343      * \r
 344      * \r
 345      * \r
 346      * @param index\r
 347      * @param vHiddenColumns\r
 348      */\r
 349     public void addHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 350         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 351     {\r
 352         _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
 353     } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 354 \r
 355     /**\r
 356      * Method deleteConsThreshold\r
 357      * \r
 358      */\r
 359     public void deleteConsThreshold()\r
 360     {\r
 361         this._has_consThreshold= false;\r
 362     } //-- void deleteConsThreshold() \r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * Method deleteConservationSelected\r
 366      * \r
 367      */\r
 368     public void deleteConservationSelected()\r
 369     {\r
 370         this._has_conservationSelected= false;\r
 371     } //-- void deleteConservationSelected() \r
 372 \r
 373     /**\r
 374      * Method deleteFontSize\r
 375      * \r
 376      */\r
 377     public void deleteFontSize()\r
 378     {\r
 379         this._has_fontSize= false;\r
 380     } //-- void deleteFontSize() \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Method deleteFontStyle\r
 384      * \r
 385      */\r
 386     public void deleteFontStyle()\r
 387     {\r
 388         this._has_fontStyle= false;\r
 389     } //-- void deleteFontStyle() \r
 390 \r
 391     /**\r
 392      * Method deleteGatheredViews\r
 393      * \r
 394      */\r
 395     public void deleteGatheredViews()\r
 396     {\r
 397         this._has_gatheredViews= false;\r
 398     } //-- void deleteGatheredViews() \r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * Method deleteHeight\r
 402      * \r
 403      */\r
 404     public void deleteHeight()\r
 405     {\r
 406         this._has_height= false;\r
 407     } //-- void deleteHeight() \r
 408 \r
 409     /**\r
 410      * Method deletePidSelected\r
 411      * \r
 412      */\r
 413     public void deletePidSelected()\r
 414     {\r
 415         this._has_pidSelected= false;\r
 416     } //-- void deletePidSelected() \r
 417 \r
 418     /**\r
 419      * Method deletePidThreshold\r
 420      * \r
 421      */\r
 422     public void deletePidThreshold()\r
 423     {\r
 424         this._has_pidThreshold= false;\r
 425     } //-- void deletePidThreshold() \r
 426 \r
 427     /**\r
 428      * Method deleteRenderGaps\r
 429      * \r
 430      */\r
 431     public void deleteRenderGaps()\r
 432     {\r
 433         this._has_renderGaps= false;\r
 434     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 435 \r
 436     /**\r
 437      * Method deleteShowAnnotation\r
 438      * \r
 439      */\r
 440     public void deleteShowAnnotation()\r
 441     {\r
 442         this._has_showAnnotation= false;\r
 443     } //-- void deleteShowAnnotation() \r
 444 \r
 445     /**\r
 446      * Method deleteShowBoxes\r
 447      * \r
 448      */\r
 449     public void deleteShowBoxes()\r
 450     {\r
 451         this._has_showBoxes= false;\r
 452     } //-- void deleteShowBoxes() \r
 453 \r
 454     /**\r
 455      * Method deleteShowColourText\r
 456      * \r
 457      */\r
 458     public void deleteShowColourText()\r
 459     {\r
 460         this._has_showColourText= false;\r
 461     } //-- void deleteShowColourText() \r
 462 \r
 463     /**\r
 464      * Method deleteShowConservation\r
 465      * \r
 466      */\r
 467     public void deleteShowConservation()\r
 468     {\r
 469         this._has_showConservation= false;\r
 470     } //-- void deleteShowConservation() \r
 471 \r
 472     /**\r
 473      * Method deleteShowFullId\r
 474      * \r
 475      */\r
 476     public void deleteShowFullId()\r
 477     {\r
 478         this._has_showFullId= false;\r
 479     } //-- void deleteShowFullId() \r
 480 \r
 481     /**\r
 482      * Method deleteShowIdentity\r
 483      * \r
 484      */\r
 485     public void deleteShowIdentity()\r
 486     {\r
 487         this._has_showIdentity= false;\r
 488     } //-- void deleteShowIdentity() \r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * Method deleteShowQuality\r
 492      * \r
 493      */\r
 494     public void deleteShowQuality()\r
 495     {\r
 496         this._has_showQuality= false;\r
 497     } //-- void deleteShowQuality() \r
 498 \r
 499     /**\r
 500      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 501      * \r
 502      */\r
 503     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 504     {\r
 505         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 506     } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
 507 \r
 508     /**\r
 509      * Method deleteShowText\r
 510      * \r
 511      */\r
 512     public void deleteShowText()\r
 513     {\r
 514         this._has_showText= false;\r
 515     } //-- void deleteShowText() \r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * Method deleteStartRes\r
 519      * \r
 520      */\r
 521     public void deleteStartRes()\r
 522     {\r
 523         this._has_startRes= false;\r
 524     } //-- void deleteStartRes() \r
 525 \r
 526     /**\r
 527      * Method deleteStartSeq\r
 528      * \r
 529      */\r
 530     public void deleteStartSeq()\r
 531     {\r
 532         this._has_startSeq= false;\r
 533     } //-- void deleteStartSeq() \r
 534 \r
 535     /**\r
 536      * Method deleteWidth\r
 537      * \r
 538      */\r
 539     public void deleteWidth()\r
 540     {\r
 541         this._has_width= false;\r
 542     } //-- void deleteWidth() \r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * Method deleteWrapAlignment\r
 546      * \r
 547      */\r
 548     public void deleteWrapAlignment()\r
 549     {\r
 550         this._has_wrapAlignment= false;\r
 551     } //-- void deleteWrapAlignment() \r
 552 \r
 553     /**\r
 554      * Method deleteXpos\r
 555      * \r
 556      */\r
 557     public void deleteXpos()\r
 558     {\r
 559         this._has_xpos= false;\r
 560     } //-- void deleteXpos() \r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * Method deleteYpos\r
 564      * \r
 565      */\r
 566     public void deleteYpos()\r
 567     {\r
 568         this._has_ypos= false;\r
 569     } //-- void deleteYpos() \r
 570 \r
 571     /**\r
 572      * Method enumerateHiddenColumns\r
 573      * \r
 574      * \r
 575      * \r
 576      * @return Enumeration\r
 577      */\r
 578     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 579     {\r
 580         return _hiddenColumnsList.elements();\r
 581     } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns() \r
 582 \r
 583     /**\r
 584      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 585      * \r
 586      * @return AnnotationColours\r
 587      * @return the value of field 'annotationColours'.\r
 588      */\r
 589     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 590     {\r
 591         return this._annotationColours;\r
 592     } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours() \r
 593 \r
 594     /**\r
 595      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 596      * \r
 597      * @return String\r
 598      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 599      */\r
 600     public java.lang.String getBgColour()\r
 601     {\r
 602         return this._bgColour;\r
 603     } //-- java.lang.String getBgColour() \r
 604 \r
 605     /**\r
 606      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 607      * \r
 608      * @return int\r
 609      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 610      */\r
 611     public int getConsThreshold()\r
 612     {\r
 613         return this._consThreshold;\r
 614     } //-- int getConsThreshold() \r
 615 \r
 616     /**\r
 617      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 618      * \r
 619      * @return boolean\r
 620      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 621      */\r
 622     public boolean getConservationSelected()\r
 623     {\r
 624         return this._conservationSelected;\r
 625     } //-- boolean getConservationSelected() \r
 626 \r
 627     /**\r
 628      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 629      * \r
 630      * @return String\r
 631      * @return the value of field 'fontName'.\r
 632      */\r
 633     public java.lang.String getFontName()\r
 634     {\r
 635         return this._fontName;\r
 636     } //-- java.lang.String getFontName() \r
 637 \r
 638     /**\r
 639      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 640      * \r
 641      * @return int\r
 642      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 643      */\r
 644     public int getFontSize()\r
 645     {\r
 646         return this._fontSize;\r
 647     } //-- int getFontSize() \r
 648 \r
 649     /**\r
 650      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 651      * \r
 652      * @return int\r
 653      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 654      */\r
 655     public int getFontStyle()\r
 656     {\r
 657         return this._fontStyle;\r
 658     } //-- int getFontStyle() \r
 659 \r
 660     /**\r
 661      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 662      * \r
 663      * @return boolean\r
 664      * @return the value of field 'gatheredViews'.\r
 665      */\r
 666     public boolean getGatheredViews()\r
 667     {\r
 668         return this._gatheredViews;\r
 669     } //-- boolean getGatheredViews() \r
 670 \r
 671     /**\r
 672      * Returns the value of field 'height'.\r
 673      * \r
 674      * @return int\r
 675      * @return the value of field 'height'.\r
 676      */\r
 677     public int getHeight()\r
 678     {\r
 679         return this._height;\r
 680     } //-- int getHeight() \r
 681 \r
 682     /**\r
 683      * Method getHiddenColumns\r
 684      * \r
 685      * \r
 686      * \r
 687      * @param index\r
 688      * @return HiddenColumns\r
 689      */\r
 690     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int index)\r
 691         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 692     {\r
 693         //-- check bounds for index\r
 694         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
 695             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 696         }\r
 697         \r
 698         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 699     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int) \r
 700 \r
 701     /**\r
 702      * Method getHiddenColumns\r
 703      * \r
 704      * \r
 705      * \r
 706      * @return HiddenColumns\r
 707      */\r
 708     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 709     {\r
 710         int size = _hiddenColumnsList.size();\r
 711         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
 712         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 713             mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 714         }\r
 715         return mArray;\r
 716     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns() \r
 717 \r
 718     /**\r
 719      * Method getHiddenColumnsCount\r
 720      * \r
 721      * \r
 722      * \r
 723      * @return int\r
 724      */\r
 725     public int getHiddenColumnsCount()\r
 726     {\r
 727         return _hiddenColumnsList.size();\r
 728     } //-- int getHiddenColumnsCount() \r
 729 \r
 730     /**\r
 731      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 732      * \r
 733      * @return boolean\r
 734      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 735      */\r
 736     public boolean getPidSelected()\r
 737     {\r
 738         return this._pidSelected;\r
 739     } //-- boolean getPidSelected() \r
 740 \r
 741     /**\r
 742      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 743      * \r
 744      * @return int\r
 745      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 746      */\r
 747     public int getPidThreshold()\r
 748     {\r
 749         return this._pidThreshold;\r
 750     } //-- int getPidThreshold() \r
 751 \r
 752     /**\r
 753      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 754      * \r
 755      * @return boolean\r
 756      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 757      */\r
 758     public boolean getRenderGaps()\r
 759     {\r
 760         return this._renderGaps;\r
 761     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 762 \r
 763     /**\r
 764      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 765      * \r
 766      * @return String\r
 767      * @return the value of field 'sequenceSetId'.\r
 768      */\r
 769     public java.lang.String getSequenceSetId()\r
 770     {\r
 771         return this._sequenceSetId;\r
 772     } //-- java.lang.String getSequenceSetId() \r
 773 \r
 774     /**\r
 775      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 776      * \r
 777      * @return boolean\r
 778      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 779      */\r
 780     public boolean getShowAnnotation()\r
 781     {\r
 782         return this._showAnnotation;\r
 783     } //-- boolean getShowAnnotation() \r
 784 \r
 785     /**\r
 786      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 787      * \r
 788      * @return boolean\r
 789      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 790      */\r
 791     public boolean getShowBoxes()\r
 792     {\r
 793         return this._showBoxes;\r
 794     } //-- boolean getShowBoxes() \r
 795 \r
 796     /**\r
 797      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 798      * \r
 799      * @return boolean\r
 800      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 801      */\r
 802     public boolean getShowColourText()\r
 803     {\r
 804         return this._showColourText;\r
 805     } //-- boolean getShowColourText() \r
 806 \r
 807     /**\r
 808      * Returns the value of field 'showConservation'.\r
 809      * \r
 810      * @return boolean\r
 811      * @return the value of field 'showConservation'.\r
 812      */\r
 813     public boolean getShowConservation()\r
 814     {\r
 815         return this._showConservation;\r
 816     } //-- boolean getShowConservation() \r
 817 \r
 818     /**\r
 819      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 820      * \r
 821      * @return boolean\r
 822      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 823      */\r
 824     public boolean getShowFullId()\r
 825     {\r
 826         return this._showFullId;\r
 827     } //-- boolean getShowFullId() \r
 828 \r
 829     /**\r
 830      * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
 831      * \r
 832      * @return boolean\r
 833      * @return the value of field 'showIdentity'.\r
 834      */\r
 835     public boolean getShowIdentity()\r
 836     {\r
 837         return this._showIdentity;\r
 838     } //-- boolean getShowIdentity() \r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * Returns the value of field 'showQuality'.\r
 842      * \r
 843      * @return boolean\r
 844      * @return the value of field 'showQuality'.\r
 845      */\r
 846     public boolean getShowQuality()\r
 847     {\r
 848         return this._showQuality;\r
 849     } //-- boolean getShowQuality() \r
 850 \r
 851     /**\r
 852      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 853      * \r
 854      * @return boolean\r
 855      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 856      */\r
 857     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 858     {\r
 859         return this._showSequenceFeatures;\r
 860     } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
 861 \r
 862     /**\r
 863      * Returns the value of field 'showText'.\r
 864      * \r
 865      * @return boolean\r
 866      * @return the value of field 'showText'.\r
 867      */\r
 868     public boolean getShowText()\r
 869     {\r
 870         return this._showText;\r
 871     } //-- boolean getShowText() \r
 872 \r
 873     /**\r
 874      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 875      * \r
 876      * @return int\r
 877      * @return the value of field 'startRes'.\r
 878      */\r
 879     public int getStartRes()\r
 880     {\r
 881         return this._startRes;\r
 882     } //-- int getStartRes() \r
 883 \r
 884     /**\r
 885      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 886      * \r
 887      * @return int\r
 888      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 889      */\r
 890     public int getStartSeq()\r
 891     {\r
 892         return this._startSeq;\r
 893     } //-- int getStartSeq() \r
 894 \r
 895     /**\r
 896      * Returns the value of field 'title'.\r
 897      * \r
 898      * @return String\r
 899      * @return the value of field 'title'.\r
 900      */\r
 901     public java.lang.String getTitle()\r
 902     {\r
 903         return this._title;\r
 904     } //-- java.lang.String getTitle() \r
 905 \r
 906     /**\r
 907      * Returns the value of field 'viewName'.\r
 908      * \r
 909      * @return String\r
 910      * @return the value of field 'viewName'.\r
 911      */\r
 912     public java.lang.String getViewName()\r
 913     {\r
 914         return this._viewName;\r
 915     } //-- java.lang.String getViewName() \r
 916 \r
 917     /**\r
 918      * Returns the value of field 'width'.\r
 919      * \r
 920      * @return int\r
 921      * @return the value of field 'width'.\r
 922      */\r
 923     public int getWidth()\r
 924     {\r
 925         return this._width;\r
 926     } //-- int getWidth() \r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 930      * \r
 931      * @return boolean\r
 932      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 933      */\r
 934     public boolean getWrapAlignment()\r
 935     {\r
 936         return this._wrapAlignment;\r
 937     } //-- boolean getWrapAlignment() \r
 938 \r
 939     /**\r
 940      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 941      * \r
 942      * @return int\r
 943      * @return the value of field 'xpos'.\r
 944      */\r
 945     public int getXpos()\r
 946     {\r
 947         return this._xpos;\r
 948     } //-- int getXpos() \r
 949 \r
 950     /**\r
 951      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 952      * \r
 953      * @return int\r
 954      * @return the value of field 'ypos'.\r
 955      */\r
 956     public int getYpos()\r
 957     {\r
 958         return this._ypos;\r
 959     } //-- int getYpos() \r
 960 \r
 961     /**\r
 962      * Method hasConsThreshold\r
 963      * \r
 964      * \r
 965      * \r
 966      * @return boolean\r
 967      */\r
 968     public boolean hasConsThreshold()\r
 969     {\r
 970         return this._has_consThreshold;\r
 971     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
 972 \r
 973     /**\r
 974      * Method hasConservationSelected\r
 975      * \r
 976      * \r
 977      * \r
 978      * @return boolean\r
 979      */\r
 980     public boolean hasConservationSelected()\r
 981     {\r
 982         return this._has_conservationSelected;\r
 983     } //-- boolean hasConservationSelected() \r
 984 \r
 985     /**\r
 986      * Method hasFontSize\r
 987      * \r
 988      * \r
 989      * \r
 990      * @return boolean\r
 991      */\r
 992     public boolean hasFontSize()\r
 993     {\r
 994         return this._has_fontSize;\r
 995     } //-- boolean hasFontSize() \r
 996 \r
 997     /**\r
 998      * Method hasFontStyle\r
 999      * \r
1000      * \r
1001      * \r
1002      * @return boolean\r
1003      */\r
1004     public boolean hasFontStyle()\r
1005     {\r
1006         return this._has_fontStyle;\r
1007     } //-- boolean hasFontStyle() \r
1008 \r
1009     /**\r
1010      * Method hasGatheredViews\r
1011      * \r
1012      * \r
1013      * \r
1014      * @return boolean\r
1015      */\r
1016     public boolean hasGatheredViews()\r
1017     {\r
1018         return this._has_gatheredViews;\r
1019     } //-- boolean hasGatheredViews() \r
1020 \r
1021     /**\r
1022      * Method hasHeight\r
1023      * \r
1024      * \r
1025      * \r
1026      * @return boolean\r
1027      */\r
1028     public boolean hasHeight()\r
1029     {\r
1030         return this._has_height;\r
1031     } //-- boolean hasHeight() \r
1032 \r
1033     /**\r
1034      * Method hasPidSelected\r
1035      * \r
1036      * \r
1037      * \r
1038      * @return boolean\r
1039      */\r
1040     public boolean hasPidSelected()\r
1041     {\r
1042         return this._has_pidSelected;\r
1043     } //-- boolean hasPidSelected() \r
1044 \r
1045     /**\r
1046      * Method hasPidThreshold\r
1047      * \r
1048      * \r
1049      * \r
1050      * @return boolean\r
1051      */\r
1052     public boolean hasPidThreshold()\r
1053     {\r
1054         return this._has_pidThreshold;\r
1055     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
1056 \r
1057     /**\r
1058      * Method hasRenderGaps\r
1059      * \r
1060      * \r
1061      * \r
1062      * @return boolean\r
1063      */\r
1064     public boolean hasRenderGaps()\r
1065     {\r
1066         return this._has_renderGaps;\r
1067     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
1068 \r
1069     /**\r
1070      * Method hasShowAnnotation\r
1071      * \r
1072      * \r
1073      * \r
1074      * @return boolean\r
1075      */\r
1076     public boolean hasShowAnnotation()\r
1077     {\r
1078         return this._has_showAnnotation;\r
1079     } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
1080 \r
1081     /**\r
1082      * Method hasShowBoxes\r
1083      * \r
1084      * \r
1085      * \r
1086      * @return boolean\r
1087      */\r
1088     public boolean hasShowBoxes()\r
1089     {\r
1090         return this._has_showBoxes;\r
1091     } //-- boolean hasShowBoxes() \r
1092 \r
1093     /**\r
1094      * Method hasShowColourText\r
1095      * \r
1096      * \r
1097      * \r
1098      * @return boolean\r
1099      */\r
1100     public boolean hasShowColourText()\r
1101     {\r
1102         return this._has_showColourText;\r
1103     } //-- boolean hasShowColourText() \r
1104 \r
1105     /**\r
1106      * Method hasShowConservation\r
1107      * \r
1108      * \r
1109      * \r
1110      * @return boolean\r
1111      */\r
1112     public boolean hasShowConservation()\r
1113     {\r
1114         return this._has_showConservation;\r
1115     } //-- boolean hasShowConservation() \r
1116 \r
1117     /**\r
1118      * Method hasShowFullId\r
1119      * \r
1120      * \r
1121      * \r
1122      * @return boolean\r
1123      */\r
1124     public boolean hasShowFullId()\r
1125     {\r
1126         return this._has_showFullId;\r
1127     } //-- boolean hasShowFullId() \r
1128 \r
1129     /**\r
1130      * Method hasShowIdentity\r
1131      * \r
1132      * \r
1133      * \r
1134      * @return boolean\r
1135      */\r
1136     public boolean hasShowIdentity()\r
1137     {\r
1138         return this._has_showIdentity;\r
1139     } //-- boolean hasShowIdentity() \r
1140 \r
1141     /**\r
1142      * Method hasShowQuality\r
1143      * \r
1144      * \r
1145      * \r
1146      * @return boolean\r
1147      */\r
1148     public boolean hasShowQuality()\r
1149     {\r
1150         return this._has_showQuality;\r
1151     } //-- boolean hasShowQuality() \r
1152 \r
1153     /**\r
1154      * Method hasShowSequenceFeatures\r
1155      * \r
1156      * \r
1157      * \r
1158      * @return boolean\r
1159      */\r
1160     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1161     {\r
1162         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1163     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
1164 \r
1165     /**\r
1166      * Method hasShowText\r
1167      * \r
1168      * \r
1169      * \r
1170      * @return boolean\r
1171      */\r
1172     public boolean hasShowText()\r
1173     {\r
1174         return this._has_showText;\r
1175     } //-- boolean hasShowText() \r
1176 \r
1177     /**\r
1178      * Method hasStartRes\r
1179      * \r
1180      * \r
1181      * \r
1182      * @return boolean\r
1183      */\r
1184     public boolean hasStartRes()\r
1185     {\r
1186         return this._has_startRes;\r
1187     } //-- boolean hasStartRes() \r
1188 \r
1189     /**\r
1190      * Method hasStartSeq\r
1191      * \r
1192      * \r
1193      * \r
1194      * @return boolean\r
1195      */\r
1196     public boolean hasStartSeq()\r
1197     {\r
1198         return this._has_startSeq;\r
1199     } //-- boolean hasStartSeq() \r
1200 \r
1201     /**\r
1202      * Method hasWidth\r
1203      * \r
1204      * \r
1205      * \r
1206      * @return boolean\r
1207      */\r
1208     public boolean hasWidth()\r
1209     {\r
1210         return this._has_width;\r
1211     } //-- boolean hasWidth() \r
1212 \r
1213     /**\r
1214      * Method hasWrapAlignment\r
1215      * \r
1216      * \r
1217      * \r
1218      * @return boolean\r
1219      */\r
1220     public boolean hasWrapAlignment()\r
1221     {\r
1222         return this._has_wrapAlignment;\r
1223     } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
1224 \r
1225     /**\r
1226      * Method hasXpos\r
1227      * \r
1228      * \r
1229      * \r
1230      * @return boolean\r
1231      */\r
1232     public boolean hasXpos()\r
1233     {\r
1234         return this._has_xpos;\r
1235     } //-- boolean hasXpos() \r
1236 \r
1237     /**\r
1238      * Method hasYpos\r
1239      * \r
1240      * \r
1241      * \r
1242      * @return boolean\r
1243      */\r
1244     public boolean hasYpos()\r
1245     {\r
1246         return this._has_ypos;\r
1247     } //-- boolean hasYpos() \r
1248 \r
1249     /**\r
1250      * Method isValid\r
1251      * \r
1252      * \r
1253      * \r
1254      * @return boolean\r
1255      */\r
1256     public boolean isValid()\r
1257     {\r
1258         try {\r
1259             validate();\r
1260         }\r
1261         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1262             return false;\r
1263         }\r
1264         return true;\r
1265     } //-- boolean isValid() \r
1266 \r
1267     /**\r
1268      * Method marshal\r
1269      * \r
1270      * \r
1271      * \r
1272      * @param out\r
1273      */\r
1274     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1275         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1276     {\r
1277         \r
1278         Marshaller.marshal(this, out);\r
1279     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
1280 \r
1281     /**\r
1282      * Method marshal\r
1283      * \r
1284      * \r
1285      * \r
1286      * @param handler\r
1287      */\r
1288     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1289         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1290     {\r
1291         \r
1292         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1293     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
1294 \r
1295     /**\r
1296      * Method removeAllHiddenColumns\r
1297      * \r
1298      */\r
1299     public void removeAllHiddenColumns()\r
1300     {\r
1301         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1302     } //-- void removeAllHiddenColumns() \r
1303 \r
1304     /**\r
1305      * Method removeHiddenColumns\r
1306      * \r
1307      * \r
1308      * \r
1309      * @param index\r
1310      * @return HiddenColumns\r
1311      */\r
1312     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int index)\r
1313     {\r
1314         java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
1315         _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
1316         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1317     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int) \r
1318 \r
1319     /**\r
1320      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1321      * \r
1322      * @param annotationColours the value of field\r
1323      * 'annotationColours'.\r
1324      */\r
1325     public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
1326     {\r
1327         this._annotationColours = annotationColours;\r
1328     } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) \r
1329 \r
1330     /**\r
1331      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1332      * \r
1333      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1334      */\r
1335     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1336     {\r
1337         this._bgColour = bgColour;\r
1338     } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
1339 \r
1340     /**\r
1341      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1342      * \r
1343      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1344      */\r
1345     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1346     {\r
1347         this._consThreshold = consThreshold;\r
1348         this._has_consThreshold = true;\r
1349     } //-- void setConsThreshold(int) \r
1350 \r
1351     /**\r
1352      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1353      * \r
1354      * @param conservationSelected the value of field\r
1355      * 'conservationSelected'.\r
1356      */\r
1357     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1358     {\r
1359         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1360         this._has_conservationSelected = true;\r
1361     } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
1362 \r
1363     /**\r
1364      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1365      * \r
1366      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1367      */\r
1368     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1369     {\r
1370         this._fontName = fontName;\r
1371     } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
1372 \r
1373     /**\r
1374      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1375      * \r
1376      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1377      */\r
1378     public void setFontSize(int fontSize)\r
1379     {\r
1380         this._fontSize = fontSize;\r
1381         this._has_fontSize = true;\r
1382     } //-- void setFontSize(int) \r
1383 \r
1384     /**\r
1385      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1386      * \r
1387      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1388      */\r
1389     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1390     {\r
1391         this._fontStyle = fontStyle;\r
1392         this._has_fontStyle = true;\r
1393     } //-- void setFontStyle(int) \r
1394 \r
1395     /**\r
1396      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1397      * \r
1398      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1399      */\r
1400     public void setGatheredViews(boolean gatheredViews)\r
1401     {\r
1402         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1403         this._has_gatheredViews = true;\r
1404     } //-- void setGatheredViews(boolean) \r
1405 \r
1406     /**\r
1407      * Sets the value of field 'height'.\r
1408      * \r
1409      * @param height the value of field 'height'.\r
1410      */\r
1411     public void setHeight(int height)\r
1412     {\r
1413         this._height = height;\r
1414         this._has_height = true;\r
1415     } //-- void setHeight(int) \r
1416 \r
1417     /**\r
1418      * Method setHiddenColumns\r
1419      * \r
1420      * \r
1421      * \r
1422      * @param index\r
1423      * @param vHiddenColumns\r
1424      */\r
1425     public void setHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1426         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
1427     {\r
1428         //-- check bounds for index\r
1429         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
1430             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
1431         }\r
1432         _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
1433     } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1434 \r
1435     /**\r
1436      * Method setHiddenColumns\r
1437      * \r
1438      * \r
1439      * \r
1440      * @param hiddenColumnsArray\r
1441      */\r
1442     public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] hiddenColumnsArray)\r
1443     {\r
1444         //-- copy array\r
1445         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1446         for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1447             _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
1448         }\r
1449     } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1450 \r
1451     /**\r
1452      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1453      * \r
1454      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1455      */\r
1456     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1457     {\r
1458         this._pidSelected = pidSelected;\r
1459         this._has_pidSelected = true;\r
1460     } //-- void setPidSelected(boolean) \r
1461 \r
1462     /**\r
1463      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1464      * \r
1465      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1466      */\r
1467     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1468     {\r
1469         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1470         this._has_pidThreshold = true;\r
1471     } //-- void setPidThreshold(int) \r
1472 \r
1473     /**\r
1474      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1475      * \r
1476      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1477      */\r
1478     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1479     {\r
1480         this._renderGaps = renderGaps;\r
1481         this._has_renderGaps = true;\r
1482     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
1483 \r
1484     /**\r
1485      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1486      * \r
1487      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1488      */\r
1489     public void setSequenceSetId(java.lang.String sequenceSetId)\r
1490     {\r
1491         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1492     } //-- void setSequenceSetId(java.lang.String) \r
1493 \r
1494     /**\r
1495      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1496      * \r
1497      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1498      */\r
1499     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1500     {\r
1501         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1502         this._has_showAnnotation = true;\r
1503     } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
1504 \r
1505     /**\r
1506      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1507      * \r
1508      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1509      */\r
1510     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1511     {\r
1512         this._showBoxes = showBoxes;\r
1513         this._has_showBoxes = true;\r
1514     } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
1515 \r
1516     /**\r
1517      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1518      * \r
1519      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1520      */\r
1521     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1522     {\r
1523         this._showColourText = showColourText;\r
1524         this._has_showColourText = true;\r
1525     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
1526 \r
1527     /**\r
1528      * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1529      * \r
1530      * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1531      */\r
1532     public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1533     {\r
1534         this._showConservation = showConservation;\r
1535         this._has_showConservation = true;\r
1536     } //-- void setShowConservation(boolean) \r
1537 \r
1538     /**\r
1539      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1540      * \r
1541      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1542      */\r
1543     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1544     {\r
1545         this._showFullId = showFullId;\r
1546         this._has_showFullId = true;\r
1547     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
1548 \r
1549     /**\r
1550      * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1551      * \r
1552      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1553      */\r
1554     public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1555     {\r
1556         this._showIdentity = showIdentity;\r
1557         this._has_showIdentity = true;\r
1558     } //-- void setShowIdentity(boolean) \r
1559 \r
1560     /**\r
1561      * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1562      * \r
1563      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1564      */\r
1565     public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1566     {\r
1567         this._showQuality = showQuality;\r
1568         this._has_showQuality = true;\r
1569     } //-- void setShowQuality(boolean) \r
1570 \r
1571     /**\r
1572      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1573      * \r
1574      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1575      * 'showSequenceFeatures'.\r
1576      */\r
1577     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1578     {\r
1579         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1580         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1581     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
1582 \r
1583     /**\r
1584      * Sets the value of field 'showText'.\r
1585      * \r
1586      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1587      */\r
1588     public void setShowText(boolean showText)\r
1589     {\r
1590         this._showText = showText;\r
1591         this._has_showText = true;\r
1592     } //-- void setShowText(boolean) \r
1593 \r
1594     /**\r
1595      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1596      * \r
1597      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1598      */\r
1599     public void setStartRes(int startRes)\r
1600     {\r
1601         this._startRes = startRes;\r
1602         this._has_startRes = true;\r
1603     } //-- void setStartRes(int) \r
1604 \r
1605     /**\r
1606      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1607      * \r
1608      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1609      */\r
1610     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1611     {\r
1612         this._startSeq = startSeq;\r
1613         this._has_startSeq = true;\r
1614     } //-- void setStartSeq(int) \r
1615 \r
1616     /**\r
1617      * Sets the value of field 'title'.\r
1618      * \r
1619      * @param title the value of field 'title'.\r
1620      */\r
1621     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1622     {\r
1623         this._title = title;\r
1624     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
1625 \r
1626     /**\r
1627      * Sets the value of field 'viewName'.\r
1628      * \r
1629      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1630      */\r
1631     public void setViewName(java.lang.String viewName)\r
1632     {\r
1633         this._viewName = viewName;\r
1634     } //-- void setViewName(java.lang.String) \r
1635 \r
1636     /**\r
1637      * Sets the value of field 'width'.\r
1638      * \r
1639      * @param width the value of field 'width'.\r
1640      */\r
1641     public void setWidth(int width)\r
1642     {\r
1643         this._width = width;\r
1644         this._has_width = true;\r
1645     } //-- void setWidth(int) \r
1646 \r
1647     /**\r
1648      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1649      * \r
1650      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1651      */\r
1652     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1653     {\r
1654         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1655         this._has_wrapAlignment = true;\r
1656     } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
1657 \r
1658     /**\r
1659      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1660      * \r
1661      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1662      */\r
1663     public void setXpos(int xpos)\r
1664     {\r
1665         this._xpos = xpos;\r
1666         this._has_xpos = true;\r
1667     } //-- void setXpos(int) \r
1668 \r
1669     /**\r
1670      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1671      * \r
1672      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1673      */\r
1674     public void setYpos(int ypos)\r
1675     {\r
1676         this._ypos = ypos;\r
1677         this._has_ypos = true;\r
1678     } //-- void setYpos(int) \r
1679 \r
1680     /**\r
1681      * Method unmarshal\r
1682      * \r
1683      * \r
1684      * \r
1685      * @param reader\r
1686      * @return Object\r
1687      */\r
1688     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1689         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1690     {\r
1691         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1692     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
1693 \r
1694     /**\r
1695      * Method validate\r
1696      * \r
1697      */\r
1698     public void validate()\r
1699         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1700     {\r
1701         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1702         validator.validate(this);\r
1703     } //-- void validate() \r
1704 \r
1705 }\r