added aligned codon frames, and dataset reference ids for sequenceSet and sequences...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / descriptors / AlcodonFrameDescriptor.java
1 /*\r
2  * This class was automatically generated with \r
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
4  * Schema.\r
5  * $Id$\r
6  */\r
7 \r
8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
9 \r
10   //---------------------------------/\r
11  //- Imported classes and packages -/\r
12 //---------------------------------/\r
13 \r
14 import jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame;\r
15 \r
16 /**\r
17  * Class AlcodonFrameDescriptor.\r
18  * \r
19  * @version $Revision$ $Date$\r
20  */\r
21 public class AlcodonFrameDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
22 \r
23 \r
24       //--------------------------/\r
25      //- Class/Member Variables -/\r
26     //--------------------------/\r
27 \r
28     /**\r
29      * Field _elementDefinition.\r
30      */\r
31     private boolean _elementDefinition;\r
32 \r
33     /**\r
34      * Field _nsPrefix.\r
35      */\r
36     private java.lang.String _nsPrefix;\r
37 \r
38     /**\r
39      * Field _nsURI.\r
40      */\r
41     private java.lang.String _nsURI;\r
42 \r
43     /**\r
44      * Field _xmlName.\r
45      */\r
46     private java.lang.String _xmlName;\r
47 \r
48 \r
49       //----------------/\r
50      //- Constructors -/\r
51     //----------------/\r
52 \r
53     public AlcodonFrameDescriptor() {\r
54         super();\r
55         _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
56         _xmlName = "AlcodonFrame";\r
57         _elementDefinition = true;\r
58         \r
59         //-- set grouping compositor\r
60         setCompositorAsSequence();\r
61         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
62         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
63         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
64         //-- initialize attribute descriptors\r
65         \r
66         //-- initialize element descriptors\r
67         \r
68         //-- _alcodonList\r
69         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, "_alcodonList", "alcodon", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
70         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
71             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
72                 throws IllegalStateException\r
73             {\r
74                 AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
75                 return target.getAlcodon();\r
76             }\r
77             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
78                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
79             {\r
80                 try {\r
81                     AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
82                     target.addAlcodon( (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) value);\r
83                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
84                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
85                 }\r
86             }\r
87             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
88                 try {\r
89                     AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
90                     target.removeAllAlcodon();\r
91                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
92                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
93                 }\r
94             }\r
95             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
96                 return new jalview.schemabinding.version2.Alcodon();\r
97             }\r
98         };\r
99         desc.setHandler(handler);\r
100         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
101         desc.setMultivalued(true);\r
102         addFieldDescriptor(desc);\r
103         \r
104         //-- validation code for: _alcodonList\r
105         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
106         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
107         { //-- local scope\r
108         }\r
109         desc.setValidator(fieldValidator);\r
110         //-- _alcodMapList\r
111         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class, "_alcodMapList", "alcodMap", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
112         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
113             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
114                 throws IllegalStateException\r
115             {\r
116                 AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
117                 return target.getAlcodMap();\r
118             }\r
119             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
120                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
121             {\r
122                 try {\r
123                     AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
124                     target.addAlcodMap( (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) value);\r
125                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
126                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
127                 }\r
128             }\r
129             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
130                 try {\r
131                     AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
132                     target.removeAllAlcodMap();\r
133                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
134                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
135                 }\r
136             }\r
137             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
138                 return new jalview.schemabinding.version2.AlcodMap();\r
139             }\r
140         };\r
141         desc.setHandler(handler);\r
142         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
143         desc.setMultivalued(true);\r
144         addFieldDescriptor(desc);\r
145         \r
146         //-- validation code for: _alcodMapList\r
147         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
148         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
149         { //-- local scope\r
150         }\r
151         desc.setValidator(fieldValidator);\r
152     }\r
153 \r
154 \r
155       //-----------/\r
156      //- Methods -/\r
157     //-----------/\r
158 \r
159     /**\r
160      * Method getAccessMode.\r
161      * \r
162      * @return the access mode specified for this class.\r
163      */\r
164     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
165     ) {\r
166         return null;\r
167     }\r
168 \r
169     /**\r
170      * Method getIdentity.\r
171      * \r
172      * @return the identity field, null if this class has no\r
173      * identity.\r
174      */\r
175     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
176     ) {\r
177         return super.getIdentity();\r
178     }\r
179 \r
180     /**\r
181      * Method getJavaClass.\r
182      * \r
183      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
184      */\r
185     public java.lang.Class getJavaClass(\r
186     ) {\r
187         return jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame.class;\r
188     }\r
189 \r
190     /**\r
191      * Method getNameSpacePrefix.\r
192      * \r
193      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
194      */\r
195     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
196     ) {\r
197         return _nsPrefix;\r
198     }\r
199 \r
200     /**\r
201      * Method getNameSpaceURI.\r
202      * \r
203      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
204      * unmarshaling as XML.\r
205      */\r
206     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
207     ) {\r
208         return _nsURI;\r
209     }\r
210 \r
211     /**\r
212      * Method getValidator.\r
213      * \r
214      * @return a specific validator for the class described by this\r
215      * ClassDescriptor.\r
216      */\r
217     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
218     ) {\r
219         return this;\r
220     }\r
221 \r
222     /**\r
223      * Method getXMLName.\r
224      * \r
225      * @return the XML Name for the Class being described.\r
226      */\r
227     public java.lang.String getXMLName(\r
228     ) {\r
229         return _xmlName;\r
230     }\r
231 \r
232     /**\r
233      * Method isElementDefinition.\r
234      * \r
235      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
236      * of a global\r
237      * element or element with anonymous type definition.\r
238      */\r
239     public boolean isElementDefinition(\r
240     ) {\r
241         return _elementDefinition;\r
242     }\r
243 \r
244 }\r