src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.schemabinding.version2.AnnotationColourScheme;
  28
  29 /**
  30  * Class AnnotationColourSchemeDescriptor.
  31  *
  32  * @version $Revision$ $Date$
  33  */
  34 public class AnnotationColourSchemeDescriptor extends
  35         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _elementDefinition.
  44    */
  45   private boolean _elementDefinition;
  46
  47   /**
  48    * Field _nsPrefix.
  49    */
  50   private java.lang.String _nsPrefix;
  51
  52   /**
  53    * Field _nsURI.
  54    */
  55   private java.lang.String _nsURI;
  56
  57   /**
  58    * Field _xmlName.
  59    */
  60   private java.lang.String _xmlName;
  61
  62   // ----------------/
  63   // - Constructors -/
  64   // ----------------/
  65
  66   public AnnotationColourSchemeDescriptor()
  67   {
  68     super();
  69     _nsURI = "www.jalview.org";
  70     _xmlName = "AnnotationColourScheme";
  71     _elementDefinition = false;
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  75     // -- initialize attribute descriptors
  76
  77     // -- _aboveThreshold
  78     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  79             java.lang.Integer.TYPE, "_aboveThreshold", "aboveThreshold",
  80             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  81     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  82     {
  83       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  84               throws IllegalStateException
  85       {
  86         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
  87         if (!target.hasAboveThreshold())
  88         {
  89           return null;
  90         }
  91         return new java.lang.Integer(target.getAboveThreshold());
  92       }
  93
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  96       {
  97         try
  98         {
  99           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 100           // if null, use delete method for optional primitives
 101           if (value == null)
 102           {
 103             target.deleteAboveThreshold();
 104             return;
 105           }
 106           target.setAboveThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 107         } catch (java.lang.Exception ex)
 108         {
 109           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 110         }
 111       }
 112
 113       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 114       {
 115         return null;
 116       }
 117     };
 118     desc.setHandler(handler);
 119     desc.setMultivalued(false);
 120     addFieldDescriptor(desc);
 121
 122     // -- validation code for: _aboveThreshold
 123     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 124     { // -- local scope
 125       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 126       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 127       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 128       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 129       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 130     }
 131     desc.setValidator(fieldValidator);
 132     // -- _annotation
 133     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 134             java.lang.String.class, "_annotation", "annotation",
 135             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 136     desc.setImmutable(true);
 137     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 138     {
 139       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 140               throws IllegalStateException
 141       {
 142         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 143         return target.getAnnotation();
 144       }
 145
 146       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 147               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 148       {
 149         try
 150         {
 151           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 152           target.setAnnotation((java.lang.String) value);
 153         } catch (java.lang.Exception ex)
 154         {
 155           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 156         }
 157       }
 158
 159       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 160       {
 161         return null;
 162       }
 163     };
 164     desc.setHandler(handler);
 165     desc.setMultivalued(false);
 166     addFieldDescriptor(desc);
 167
 168     // -- validation code for: _annotation
 169     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 170     { // -- local scope
 171       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 172       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 173       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 174       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 175     }
 176     desc.setValidator(fieldValidator);
 177     // -- _minColour
 178     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 179             java.lang.Integer.TYPE, "_minColour", "minColour",
 180             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 181     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 182     {
 183       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 184               throws IllegalStateException
 185       {
 186         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 187         if (!target.hasMinColour())
 188         {
 189           return null;
 190         }
 191         return new java.lang.Integer(target.getMinColour());
 192       }
 193
 194       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 195               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 196       {
 197         try
 198         {
 199           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 200           // if null, use delete method for optional primitives
 201           if (value == null)
 202           {
 203             target.deleteMinColour();
 204             return;
 205           }
 206           target.setMinColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 207         } catch (java.lang.Exception ex)
 208         {
 209           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 210         }
 211       }
 212
 213       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 214       {
 215         return null;
 216       }
 217     };
 218     desc.setHandler(handler);
 219     desc.setMultivalued(false);
 220     addFieldDescriptor(desc);
 221
 222     // -- validation code for: _minColour
 223     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 224     { // -- local scope
 225       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 226       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 227       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 228       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 229       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 230     }
 231     desc.setValidator(fieldValidator);
 232     // -- _maxColour
 233     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 234             java.lang.Integer.TYPE, "_maxColour", "maxColour",
 235             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 236     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 237     {
 238       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 239               throws IllegalStateException
 240       {
 241         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 242         if (!target.hasMaxColour())
 243         {
 244           return null;
 245         }
 246         return new java.lang.Integer(target.getMaxColour());
 247       }
 248
 249       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 250               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 251       {
 252         try
 253         {
 254           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 255           // if null, use delete method for optional primitives
 256           if (value == null)
 257           {
 258             target.deleteMaxColour();
 259             return;
 260           }
 261           target.setMaxColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 262         } catch (java.lang.Exception ex)
 263         {
 264           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 265         }
 266       }
 267
 268       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 269       {
 270         return null;
 271       }
 272     };
 273     desc.setHandler(handler);
 274     desc.setMultivalued(false);
 275     addFieldDescriptor(desc);
 276
 277     // -- validation code for: _maxColour
 278     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 279     { // -- local scope
 280       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 281       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 282       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 283       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 284       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 285     }
 286     desc.setValidator(fieldValidator);
 287     // -- _colourScheme
 288     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 289             java.lang.String.class, "_colourScheme", "colourScheme",
 290             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 291     desc.setImmutable(true);
 292     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 293     {
 294       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 295               throws IllegalStateException
 296       {
 297         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 298         return target.getColourScheme();
 299       }
 300
 301       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 302               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 303       {
 304         try
 305         {
 306           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 307           target.setColourScheme((java.lang.String) value);
 308         } catch (java.lang.Exception ex)
 309         {
 310           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 311         }
 312       }
 313
 314       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 315       {
 316         return null;
 317       }
 318     };
 319     desc.setHandler(handler);
 320     desc.setMultivalued(false);
 321     addFieldDescriptor(desc);
 322
 323     // -- validation code for: _colourScheme
 324     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 325     { // -- local scope
 326       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 327       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 328       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 329       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 330     }
 331     desc.setValidator(fieldValidator);
 332     // -- _threshold
 333     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 334             java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",
 335             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 336     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 337     {
 338       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 339               throws IllegalStateException
 340       {
 341         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 342         if (!target.hasThreshold())
 343         {
 344           return null;
 345         }
 346         return new java.lang.Float(target.getThreshold());
 347       }
 348
 349       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 350               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 351       {
 352         try
 353         {
 354           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 355           // if null, use delete method for optional primitives
 356           if (value == null)
 357           {
 358             target.deleteThreshold();
 359             return;
 360           }
 361           target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());
 362         } catch (java.lang.Exception ex)
 363         {
 364           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 365         }
 366       }
 367
 368       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 369       {
 370         return null;
 371       }
 372     };
 373     desc.setHandler(handler);
 374     desc.setMultivalued(false);
 375     addFieldDescriptor(desc);
 376
 377     // -- validation code for: _threshold
 378     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 379     { // -- local scope
 380       org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;
 381       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();
 382       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 383       typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);
 384       typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);
 385     }
 386     desc.setValidator(fieldValidator);
 387     // -- _perSequence
 388     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 389             java.lang.Boolean.TYPE, "_perSequence", "perSequence",
 390             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 391     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 392     {
 393       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 394               throws IllegalStateException
 395       {
 396         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 397         if (!target.hasPerSequence())
 398         {
 399           return null;
 400         }
 401         return (target.getPerSequence() ? java.lang.Boolean.TRUE
 402                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 403       }
 404
 405       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 406               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 407       {
 408         try
 409         {
 410           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 411           // if null, use delete method for optional primitives
 412           if (value == null)
 413           {
 414             target.deletePerSequence();
 415             return;
 416           }
 417           target.setPerSequence(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 418         } catch (java.lang.Exception ex)
 419         {
 420           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 421         }
 422       }
 423
 424       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 425       {
 426         return null;
 427       }
 428     };
 429     desc.setHandler(handler);
 430     desc.setMultivalued(false);
 431     addFieldDescriptor(desc);
 432
 433     // -- validation code for: _perSequence
 434     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 435     { // -- local scope
 436       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 437       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 438       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 439     }
 440     desc.setValidator(fieldValidator);
 441     // -- _predefinedColours
 442     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 443             java.lang.Boolean.TYPE, "_predefinedColours",
 444             "predefinedColours", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 445     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 446     {
 447       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 448               throws IllegalStateException
 449       {
 450         AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 451         if (!target.hasPredefinedColours())
 452         {
 453           return null;
 454         }
 455         return (target.getPredefinedColours() ? java.lang.Boolean.TRUE
 456                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 457       }
 458
 459       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 460               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 461       {
 462         try
 463         {
 464           AnnotationColourScheme target = (AnnotationColourScheme) object;
 465           // if null, use delete method for optional primitives
 466           if (value == null)
 467           {
 468             target.deletePredefinedColours();
 469             return;
 470           }
 471           target.setPredefinedColours(((java.lang.Boolean) value)
 472                   .booleanValue());
 473         } catch (java.lang.Exception ex)
 474         {
 475           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 476         }
 477       }
 478
 479       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 480       {
 481         return null;
 482       }
 483     };
 484     desc.setHandler(handler);
 485     desc.setMultivalued(false);
 486     addFieldDescriptor(desc);
 487
 488     // -- validation code for: _predefinedColours
 489     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 490     { // -- local scope
 491       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 492       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 493       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 494     }
 495     desc.setValidator(fieldValidator);
 496     // -- initialize element descriptors
 497
 498   }
 499
 500   // -----------/
 501   // - Methods -/
 502   // -----------/
 503
 504   /**
 505    * Method getAccessMode.
 506    *
 507    * @return the access mode specified for this class.
 508    */
 509   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 510   {
 511     return null;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Method getIdentity.
 516    *
 517    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 518    */
 519   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 520   {
 521     return super.getIdentity();
 522   }
 523
 524   /**
 525    * Method getJavaClass.
 526    *
 527    * @return the Java class represented by this descriptor.
 528    */
 529   public java.lang.Class getJavaClass()
 530   {
 531     return jalview.schemabinding.version2.AnnotationColourScheme.class;
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Method getNameSpacePrefix.
 536    *
 537    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 538    */
 539   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 540   {
 541     return _nsPrefix;
 542   }
 543
 544   /**
 545    * Method getNameSpaceURI.
 546    *
 547    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 548    */
 549   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 550   {
 551     return _nsURI;
 552   }
 553
 554   /**
 555    * Method getValidator.
 556    *
 557    * @return a specific validator for the class described by this
 558    *         ClassDescriptor.
 559    */
 560   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 561   {
 562     return this;
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Method getXMLName.
 567    *
 568    * @return the XML Name for the Class being described.
 569    */
 570   public java.lang.String getXMLName()
 571   {
 572     return _xmlName;
 573   }
 574
 575   /**
 576    * Method isElementDefinition.
 577    *
 578    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 579    *         element or element with anonymous type definition.
 580    */
 581   public boolean isElementDefinition()
 582   {
 583     return _elementDefinition;
 584   }
 585
 586 }