src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  19
  20 //---------------------------------/
  21 //- Imported classes and packages -/
  22 //---------------------------------/
  23
  24 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  25
  26 /**
  27  * Class AnnotationDescriptor.
  28  *
  29  * @version $Revision$ $Date$
  30  */
  31 public class AnnotationDescriptor extends
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  33 {
  34
  35   // --------------------------/
  36   // - Class/Member Variables -/
  37   // --------------------------/
  38
  39   /**
  40    * Field _elementDefinition.
  41    */
  42   private boolean _elementDefinition;
  43
  44   /**
  45    * Field _nsPrefix.
  46    */
  47   private java.lang.String _nsPrefix;
  48
  49   /**
  50    * Field _nsURI.
  51    */
  52   private java.lang.String _nsURI;
  53
  54   /**
  55    * Field _xmlName.
  56    */
  57   private java.lang.String _xmlName;
  58
  59   // ----------------/
  60   // - Constructors -/
  61   // ----------------/
  62
  63   public AnnotationDescriptor()
  64   {
  65     super();
  66     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  67     _xmlName = "Annotation";
  68     _elementDefinition = true;
  69
  70     // -- set grouping compositor
  71     setCompositorAsSequence();
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  75     // -- initialize attribute descriptors
  76
  77     // -- _graph
  78     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  79             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",
  80             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  81     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  82     {
  83       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  84               throws IllegalStateException
  85       {
  86         Annotation target = (Annotation) object;
  87         if (!target.hasGraph())
  88         {
  89           return null;
  90         }
  91         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE
  92                 : java.lang.Boolean.FALSE);
  93       }
  94
  95       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  96               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  97       {
  98         try
  99         {
 100           Annotation target = (Annotation) object;
 101           // ignore null values for non optional primitives
 102           if (value == null)
 103           {
 104             return;
 105           }
 106
 107           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 108         } catch (java.lang.Exception ex)
 109         {
 110           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 111         }
 112       }
 113
 114       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 115       {
 116         return null;
 117       }
 118     };
 119     desc.setHandler(handler);
 120     desc.setRequired(true);
 121     desc.setMultivalued(false);
 122     addFieldDescriptor(desc);
 123
 124     // -- validation code for: _graph
 125     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 126     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 127     { // -- local scope
 128       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 129       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 130       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 131     }
 132     desc.setValidator(fieldValidator);
 133     // -- _graphType
 134     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 135             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",
 136             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 137     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 138     {
 139       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 140               throws IllegalStateException
 141       {
 142         Annotation target = (Annotation) object;
 143         if (!target.hasGraphType())
 144         {
 145           return null;
 146         }
 147         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());
 148       }
 149
 150       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 151               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 152       {
 153         try
 154         {
 155           Annotation target = (Annotation) object;
 156           // if null, use delete method for optional primitives
 157           if (value == null)
 158           {
 159             target.deleteGraphType();
 160             return;
 161           }
 162           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());
 163         } catch (java.lang.Exception ex)
 164         {
 165           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 166         }
 167       }
 168
 169       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 170       {
 171         return null;
 172       }
 173     };
 174     desc.setHandler(handler);
 175     desc.setMultivalued(false);
 176     addFieldDescriptor(desc);
 177
 178     // -- validation code for: _graphType
 179     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 180     { // -- local scope
 181       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 182       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 183       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 184       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 185       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 186     }
 187     desc.setValidator(fieldValidator);
 188     // -- _sequenceRef
 189     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 190             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",
 191             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 192     desc.setImmutable(true);
 193     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 194     {
 195       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 196               throws IllegalStateException
 197       {
 198         Annotation target = (Annotation) object;
 199         return target.getSequenceRef();
 200       }
 201
 202       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 203               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 204       {
 205         try
 206         {
 207           Annotation target = (Annotation) object;
 208           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);
 209         } catch (java.lang.Exception ex)
 210         {
 211           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 212         }
 213       }
 214
 215       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 216       {
 217         return null;
 218       }
 219     };
 220     desc.setHandler(handler);
 221     desc.setMultivalued(false);
 222     addFieldDescriptor(desc);
 223
 224     // -- validation code for: _sequenceRef
 225     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 226     { // -- local scope
 227       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 228       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 229       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 230       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 231     }
 232     desc.setValidator(fieldValidator);
 233     // -- _groupRef
 234     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 235             java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",
 236             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 237     desc.setImmutable(true);
 238     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 239     {
 240       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 241               throws IllegalStateException
 242       {
 243         Annotation target = (Annotation) object;
 244         return target.getGroupRef();
 245       }
 246
 247       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 248               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 249       {
 250         try
 251         {
 252           Annotation target = (Annotation) object;
 253           target.setGroupRef((java.lang.String) value);
 254         } catch (java.lang.Exception ex)
 255         {
 256           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 257         }
 258       }
 259
 260       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 261       {
 262         return null;
 263       }
 264     };
 265     desc.setHandler(handler);
 266     desc.setMultivalued(false);
 267     addFieldDescriptor(desc);
 268
 269     // -- validation code for: _groupRef
 270     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 271     { // -- local scope
 272       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 273       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 274       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 275       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 276     }
 277     desc.setValidator(fieldValidator);
 278     // -- _graphColour
 279     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 280             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",
 281             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 282     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 283     {
 284       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 285               throws IllegalStateException
 286       {
 287         Annotation target = (Annotation) object;
 288         if (!target.hasGraphColour())
 289         {
 290           return null;
 291         }
 292         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());
 293       }
 294
 295       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 296               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 297       {
 298         try
 299         {
 300           Annotation target = (Annotation) object;
 301           // if null, use delete method for optional primitives
 302           if (value == null)
 303           {
 304             target.deleteGraphColour();
 305             return;
 306           }
 307           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 308         } catch (java.lang.Exception ex)
 309         {
 310           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 311         }
 312       }
 313
 314       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 315       {
 316         return null;
 317       }
 318     };
 319     desc.setHandler(handler);
 320     desc.setMultivalued(false);
 321     addFieldDescriptor(desc);
 322
 323     // -- validation code for: _graphColour
 324     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 325     { // -- local scope
 326       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 327       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 328       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 329       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 330       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 331     }
 332     desc.setValidator(fieldValidator);
 333     // -- _graphGroup
 334     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 335             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",
 336             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 337     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 338     {
 339       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 340               throws IllegalStateException
 341       {
 342         Annotation target = (Annotation) object;
 343         if (!target.hasGraphGroup())
 344         {
 345           return null;
 346         }
 347         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());
 348       }
 349
 350       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 351               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 352       {
 353         try
 354         {
 355           Annotation target = (Annotation) object;
 356           // if null, use delete method for optional primitives
 357           if (value == null)
 358           {
 359             target.deleteGraphGroup();
 360             return;
 361           }
 362           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());
 363         } catch (java.lang.Exception ex)
 364         {
 365           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 366         }
 367       }
 368
 369       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 370       {
 371         return null;
 372       }
 373     };
 374     desc.setHandler(handler);
 375     desc.setMultivalued(false);
 376     addFieldDescriptor(desc);
 377
 378     // -- validation code for: _graphGroup
 379     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 380     { // -- local scope
 381       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 382       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 383       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 384       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 385       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 386     }
 387     desc.setValidator(fieldValidator);
 388     // -- _graphHeight
 389     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 390             java.lang.Integer.TYPE, "_graphHeight", "graphHeight",
 391             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 392     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 393     {
 394       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 395               throws IllegalStateException
 396       {
 397         Annotation target = (Annotation) object;
 398         if (!target.hasGraphHeight())
 399         {
 400           return null;
 401         }
 402         return new java.lang.Integer(target.getGraphHeight());
 403       }
 404
 405       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 406               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 407       {
 408         try
 409         {
 410           Annotation target = (Annotation) object;
 411           // if null, use delete method for optional primitives
 412           if (value == null)
 413           {
 414             target.deleteGraphHeight();
 415             return;
 416           }
 417           target.setGraphHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 418         } catch (java.lang.Exception ex)
 419         {
 420           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 421         }
 422       }
 423
 424       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 425       {
 426         return null;
 427       }
 428     };
 429     desc.setHandler(handler);
 430     desc.setMultivalued(false);
 431     addFieldDescriptor(desc);
 432
 433     // -- validation code for: _graphHeight
 434     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 435     { // -- local scope
 436       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 437       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 438       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 439       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 440       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 441     }
 442     desc.setValidator(fieldValidator);
 443     // -- _id
 444     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 445             java.lang.String.class, "_id", "id",
 446             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 447     desc.setImmutable(true);
 448     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 449     {
 450       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 451               throws IllegalStateException
 452       {
 453         Annotation target = (Annotation) object;
 454         return target.getId();
 455       }
 456
 457       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 458               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 459       {
 460         try
 461         {
 462           Annotation target = (Annotation) object;
 463           target.setId((java.lang.String) value);
 464         } catch (java.lang.Exception ex)
 465         {
 466           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 467         }
 468       }
 469
 470       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 471       {
 472         return null;
 473       }
 474     };
 475     desc.setHandler(handler);
 476     desc.setMultivalued(false);
 477     addFieldDescriptor(desc);
 478
 479     // -- validation code for: _id
 480     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 481     { // -- local scope
 482       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 483       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 484       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 485       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 486     }
 487     desc.setValidator(fieldValidator);
 488     // -- _scoreOnly
 489     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 490             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",
 491             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 492     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 493     {
 494       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 495               throws IllegalStateException
 496       {
 497         Annotation target = (Annotation) object;
 498         if (!target.hasScoreOnly())
 499         {
 500           return null;
 501         }
 502         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE
 503                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 504       }
 505
 506       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 507               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 508       {
 509         try
 510         {
 511           Annotation target = (Annotation) object;
 512           // if null, use delete method for optional primitives
 513           if (value == null)
 514           {
 515             target.deleteScoreOnly();
 516             return;
 517           }
 518           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 519         } catch (java.lang.Exception ex)
 520         {
 521           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 522         }
 523       }
 524
 525       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 526       {
 527         return null;
 528       }
 529     };
 530     desc.setHandler(handler);
 531     desc.setMultivalued(false);
 532     addFieldDescriptor(desc);
 533
 534     // -- validation code for: _scoreOnly
 535     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 536     { // -- local scope
 537       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 538       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 539       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 540     }
 541     desc.setValidator(fieldValidator);
 542     // -- _score
 543     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 544             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",
 545             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 546     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 547     {
 548       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 549               throws IllegalStateException
 550       {
 551         Annotation target = (Annotation) object;
 552         if (!target.hasScore())
 553         {
 554           return null;
 555         }
 556         return new java.lang.Double(target.getScore());
 557       }
 558
 559       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 560               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 561       {
 562         try
 563         {
 564           Annotation target = (Annotation) object;
 565           // if null, use delete method for optional primitives
 566           if (value == null)
 567           {
 568             target.deleteScore();
 569             return;
 570           }
 571           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());
 572         } catch (java.lang.Exception ex)
 573         {
 574           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 575         }
 576       }
 577
 578       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 579       {
 580         return null;
 581       }
 582     };
 583     desc.setHandler(handler);
 584     desc.setMultivalued(false);
 585     addFieldDescriptor(desc);
 586
 587     // -- validation code for: _score
 588     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 589     { // -- local scope
 590       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;
 591       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();
 592       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 593       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);
 594       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);
 595     }
 596     desc.setValidator(fieldValidator);
 597     // -- _visible
 598     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 599             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",
 600             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 601     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 602     {
 603       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 604               throws IllegalStateException
 605       {
 606         Annotation target = (Annotation) object;
 607         if (!target.hasVisible())
 608         {
 609           return null;
 610         }
 611         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE
 612                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 613       }
 614
 615       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 616               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 617       {
 618         try
 619         {
 620           Annotation target = (Annotation) object;
 621           // if null, use delete method for optional primitives
 622           if (value == null)
 623           {
 624             target.deleteVisible();
 625             return;
 626           }
 627           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 628         } catch (java.lang.Exception ex)
 629         {
 630           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 631         }
 632       }
 633
 634       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 635       {
 636         return null;
 637       }
 638     };
 639     desc.setHandler(handler);
 640     desc.setMultivalued(false);
 641     addFieldDescriptor(desc);
 642
 643     // -- validation code for: _visible
 644     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 645     { // -- local scope
 646       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 647       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 648       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 649     }
 650     desc.setValidator(fieldValidator);
 651     // -- _centreColLabels
 652     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 653             java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",
 654             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 655     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 656     {
 657       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 658               throws IllegalStateException
 659       {
 660         Annotation target = (Annotation) object;
 661         if (!target.hasCentreColLabels())
 662         {
 663           return null;
 664         }
 665         return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 666                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 667       }
 668
 669       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 670               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 671       {
 672         try
 673         {
 674           Annotation target = (Annotation) object;
 675           // if null, use delete method for optional primitives
 676           if (value == null)
 677           {
 678             target.deleteCentreColLabels();
 679             return;
 680           }
 681           target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 682                   .booleanValue());
 683         } catch (java.lang.Exception ex)
 684         {
 685           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 686         }
 687       }
 688
 689       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 690       {
 691         return null;
 692       }
 693     };
 694     desc.setHandler(handler);
 695     desc.setMultivalued(false);
 696     addFieldDescriptor(desc);
 697
 698     // -- validation code for: _centreColLabels
 699     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 700     { // -- local scope
 701       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 702       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 703       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 704     }
 705     desc.setValidator(fieldValidator);
 706     // -- _scaleColLabels
 707     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 708             java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",
 709             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 710     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 711     {
 712       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 713               throws IllegalStateException
 714       {
 715         Annotation target = (Annotation) object;
 716         if (!target.hasScaleColLabels())
 717         {
 718           return null;
 719         }
 720         return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 721                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 722       }
 723
 724       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 725               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 726       {
 727         try
 728         {
 729           Annotation target = (Annotation) object;
 730           // if null, use delete method for optional primitives
 731           if (value == null)
 732           {
 733             target.deleteScaleColLabels();
 734             return;
 735           }
 736           target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 737                   .booleanValue());
 738         } catch (java.lang.Exception ex)
 739         {
 740           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 741         }
 742       }
 743
 744       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 745       {
 746         return null;
 747       }
 748     };
 749     desc.setHandler(handler);
 750     desc.setMultivalued(false);
 751     addFieldDescriptor(desc);
 752
 753     // -- validation code for: _scaleColLabels
 754     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 755     { // -- local scope
 756       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 757       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 758       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 759     }
 760     desc.setValidator(fieldValidator);
 761     // -- _showAllColLabels
 762     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 763             java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",
 764             "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 765     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 766     {
 767       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 768               throws IllegalStateException
 769       {
 770         Annotation target = (Annotation) object;
 771         if (!target.hasShowAllColLabels())
 772         {
 773           return null;
 774         }
 775         return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 776                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 777       }
 778
 779       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 780               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 781       {
 782         try
 783         {
 784           Annotation target = (Annotation) object;
 785           // if null, use delete method for optional primitives
 786           if (value == null)
 787           {
 788             target.deleteShowAllColLabels();
 789             return;
 790           }
 791           target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 792                   .booleanValue());
 793         } catch (java.lang.Exception ex)
 794         {
 795           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 796         }
 797       }
 798
 799       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 800       {
 801         return null;
 802       }
 803     };
 804     desc.setHandler(handler);
 805     desc.setMultivalued(false);
 806     addFieldDescriptor(desc);
 807
 808     // -- validation code for: _showAllColLabels
 809     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 810     { // -- local scope
 811       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 812       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 813       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 814     }
 815     desc.setValidator(fieldValidator);
 816     // -- _autoCalculated
 817     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 818             java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",
 819             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 820     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 821     {
 822       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 823               throws IllegalStateException
 824       {
 825         Annotation target = (Annotation) object;
 826         if (!target.hasAutoCalculated())
 827         {
 828           return null;
 829         }
 830         return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE
 831                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 832       }
 833
 834       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 835               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 836       {
 837         try
 838         {
 839           Annotation target = (Annotation) object;
 840           // if null, use delete method for optional primitives
 841           if (value == null)
 842           {
 843             target.deleteAutoCalculated();
 844             return;
 845           }
 846           target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)
 847                   .booleanValue());
 848         } catch (java.lang.Exception ex)
 849         {
 850           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 851         }
 852       }
 853
 854       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 855       {
 856         return null;
 857       }
 858     };
 859     desc.setHandler(handler);
 860     desc.setMultivalued(false);
 861     addFieldDescriptor(desc);
 862
 863     // -- validation code for: _autoCalculated
 864     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 865     { // -- local scope
 866       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 867       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 868       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 869     }
 870     desc.setValidator(fieldValidator);
 871     // -- _belowAlignment
 872     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 873             java.lang.Boolean.TYPE, "_belowAlignment", "belowAlignment",
 874             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 875     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 876     {
 877       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 878               throws IllegalStateException
 879       {
 880         Annotation target = (Annotation) object;
 881         if (!target.hasBelowAlignment())
 882         {
 883           return null;
 884         }
 885         return (target.getBelowAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE
 886                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 887       }
 888
 889       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 890               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 891       {
 892         try
 893         {
 894           Annotation target = (Annotation) object;
 895           // if null, use delete method for optional primitives
 896           if (value == null)
 897           {
 898             target.deleteBelowAlignment();
 899             return;
 900           }
 901           target.setBelowAlignment(((java.lang.Boolean) value)
 902                   .booleanValue());
 903         } catch (java.lang.Exception ex)
 904         {
 905           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 906         }
 907       }
 908
 909       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 910       {
 911         return null;
 912       }
 913     };
 914     desc.setHandler(handler);
 915     desc.setMultivalued(false);
 916     addFieldDescriptor(desc);
 917
 918     // -- validation code for: _belowAlignment
 919     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 920     { // -- local scope
 921       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 922       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 923       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 924     }
 925     desc.setValidator(fieldValidator);
 926     // -- _calcId
 927     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 928             java.lang.String.class, "_calcId", "calcId",
 929             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 930     desc.setImmutable(true);
 931     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 932     {
 933       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 934               throws IllegalStateException
 935       {
 936         Annotation target = (Annotation) object;
 937         return target.getCalcId();
 938       }
 939
 940       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 941               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 942       {
 943         try
 944         {
 945           Annotation target = (Annotation) object;
 946           target.setCalcId((java.lang.String) value);
 947         } catch (java.lang.Exception ex)
 948         {
 949           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 950         }
 951       }
 952
 953       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 954       {
 955         return null;
 956       }
 957     };
 958     desc.setHandler(handler);
 959     desc.setMultivalued(false);
 960     addFieldDescriptor(desc);
 961
 962     // -- validation code for: _calcId
 963     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 964     { // -- local scope
 965       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 966       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 967       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 968       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 969     }
 970     desc.setValidator(fieldValidator);
 971     // -- initialize element descriptors
 972
 973     // -- _annotationElementList
 974     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 975             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,
 976             "_annotationElementList", "annotationElement",
 977             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 978     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 979     {
 980       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 981               throws IllegalStateException
 982       {
 983         Annotation target = (Annotation) object;
 984         return target.getAnnotationElement();
 985       }
 986
 987       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 988               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 989       {
 990         try
 991         {
 992           Annotation target = (Annotation) object;
 993           target.addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);
 994         } catch (java.lang.Exception ex)
 995         {
 996           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 997         }
 998       }
 999
1000       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1001               IllegalArgumentException
1002       {
1003         try
1004         {
1005           Annotation target = (Annotation) object;
1006           target.removeAllAnnotationElement();
1007         } catch (java.lang.Exception ex)
1008         {
1009           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1010         }
1011       }
1012
1013       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1014       {
1015         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();
1016       }
1017     };
1018     desc.setHandler(handler);
1019     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1020     desc.setMultivalued(true);
1021     addFieldDescriptor(desc);
1022
1023     // -- validation code for: _annotationElementList
1024     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1025     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1026     { // -- local scope
1027     }
1028     desc.setValidator(fieldValidator);
1029     // -- _label
1030     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1031             java.lang.String.class, "_label", "label",
1032             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1033     desc.setImmutable(true);
1034     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1035     {
1036       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1037               throws IllegalStateException
1038       {
1039         Annotation target = (Annotation) object;
1040         return target.getLabel();
1041       }
1042
1043       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1044               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1045       {
1046         try
1047         {
1048           Annotation target = (Annotation) object;
1049           target.setLabel((java.lang.String) value);
1050         } catch (java.lang.Exception ex)
1051         {
1052           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1053         }
1054       }
1055
1056       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1057       {
1058         return null;
1059       }
1060     };
1061     desc.setHandler(handler);
1062     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1063     desc.setRequired(true);
1064     desc.setMultivalued(false);
1065     addFieldDescriptor(desc);
1066
1067     // -- validation code for: _label
1068     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1069     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1070     { // -- local scope
1071       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1072       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1073       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1074       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1075     }
1076     desc.setValidator(fieldValidator);
1077     // -- _description
1078     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1079             java.lang.String.class, "_description", "description",
1080             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1081     desc.setImmutable(true);
1082     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1083     {
1084       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1085               throws IllegalStateException
1086       {
1087         Annotation target = (Annotation) object;
1088         return target.getDescription();
1089       }
1090
1091       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1092               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1093       {
1094         try
1095         {
1096           Annotation target = (Annotation) object;
1097           target.setDescription((java.lang.String) value);
1098         } catch (java.lang.Exception ex)
1099         {
1100           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1101         }
1102       }
1103
1104       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1105       {
1106         return null;
1107       }
1108     };
1109     desc.setHandler(handler);
1110     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1111     desc.setMultivalued(false);
1112     addFieldDescriptor(desc);
1113
1114     // -- validation code for: _description
1115     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1116     { // -- local scope
1117       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1118       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1119       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1120       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1121     }
1122     desc.setValidator(fieldValidator);
1123     // -- _thresholdLine
1124     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1125             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,
1126             "_thresholdLine", "thresholdLine",
1127             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1128     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1129     {
1130       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1131               throws IllegalStateException
1132       {
1133         Annotation target = (Annotation) object;
1134         return target.getThresholdLine();
1135       }
1136
1137       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1138               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1139       {
1140         try
1141         {
1142           Annotation target = (Annotation) object;
1143           target.setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);
1144         } catch (java.lang.Exception ex)
1145         {
1146           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1147         }
1148       }
1149
1150       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1151       {
1152         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();
1153       }
1154     };
1155     desc.setHandler(handler);
1156     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1157     desc.setMultivalued(false);
1158     addFieldDescriptor(desc);
1159
1160     // -- validation code for: _thresholdLine
1161     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1162     { // -- local scope
1163     }
1164     desc.setValidator(fieldValidator);
1165   }
1166
1167   // -----------/
1168   // - Methods -/
1169   // -----------/
1170
1171   /**
1172    * Method getAccessMode.
1173    *
1174    * @return the access mode specified for this class.
1175    */
1176   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1177   {
1178     return null;
1179   }
1180
1181   /**
1182    * Method getIdentity.
1183    *
1184    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1185    */
1186   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1187   {
1188     return super.getIdentity();
1189   }
1190
1191   /**
1192    * Method getJavaClass.
1193    *
1194    * @return the Java class represented by this descriptor.
1195    */
1196   public java.lang.Class getJavaClass()
1197   {
1198     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;
1199   }
1200
1201   /**
1202    * Method getNameSpacePrefix.
1203    *
1204    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1205    */
1206   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1207   {
1208     return _nsPrefix;
1209   }
1210
1211   /**
1212    * Method getNameSpaceURI.
1213    *
1214    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1215    */
1216   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1217   {
1218     return _nsURI;
1219   }
1220
1221   /**
1222    * Method getValidator.
1223    *
1224    * @return a specific validator for the class described by this
1225    *         ClassDescriptor.
1226    */
1227   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1228   {
1229     return this;
1230   }
1231
1232   /**
1233    * Method getXMLName.
1234    *
1235    * @return the XML Name for the Class being described.
1236    */
1237   public java.lang.String getXMLName()
1238   {
1239     return _xmlName;
1240   }
1241
1242   /**
1243    * Method isElementDefinition.
1244    *
1245    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1246    *         element or element with anonymous type definition.
1247    */
1248   public boolean isElementDefinition()
1249   {
1250     return _elementDefinition;
1251   }
1252
1253 }