src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class AnnotationDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class AnnotationDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public AnnotationDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  67     _xmlName = "Annotation";\r
  68     _elementDefinition = true;\r
  69 \r
  70     // -- set grouping compositor\r
  71     setCompositorAsSequence();\r
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  75     // -- initialize attribute descriptors\r
  76 \r
  77     // -- _graph\r
  78     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  79             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",\r
  80             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  81     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  82     {\r
  83       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  84               throws IllegalStateException\r
  85       {\r
  86         Annotation target = (Annotation) object;\r
  87         if (!target.hasGraph())\r
  88         {\r
  89           return null;\r
  90         }\r
  91         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
  92                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
  93       }\r
  94 \r
  95       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  96               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  97       {\r
  98         try\r
  99         {\r
 100           Annotation target = (Annotation) object;\r
 101           // ignore null values for non optional primitives\r
 102           if (value == null)\r
 103           {\r
 104             return;\r
 105           }\r
 106 \r
 107           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 108         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 109         {\r
 110           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 111         }\r
 112       }\r
 113 \r
 114       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 115       {\r
 116         return null;\r
 117       }\r
 118     };\r
 119     desc.setHandler(handler);\r
 120     desc.setRequired(true);\r
 121     desc.setMultivalued(false);\r
 122     addFieldDescriptor(desc);\r
 123 \r
 124     // -- validation code for: _graph\r
 125     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 126     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 127     { // -- local scope\r
 128       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 129       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 130       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 131     }\r
 132     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 133     // -- _graphType\r
 134     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 135             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",\r
 136             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 137     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 138     {\r
 139       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 140               throws IllegalStateException\r
 141       {\r
 142         Annotation target = (Annotation) object;\r
 143         if (!target.hasGraphType())\r
 144         {\r
 145           return null;\r
 146         }\r
 147         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
 148       }\r
 149 \r
 150       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 151               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 152       {\r
 153         try\r
 154         {\r
 155           Annotation target = (Annotation) object;\r
 156           // if null, use delete method for optional primitives\r
 157           if (value == null)\r
 158           {\r
 159             target.deleteGraphType();\r
 160             return;\r
 161           }\r
 162           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 163         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 164         {\r
 165           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 166         }\r
 167       }\r
 168 \r
 169       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 170       {\r
 171         return null;\r
 172       }\r
 173     };\r
 174     desc.setHandler(handler);\r
 175     desc.setMultivalued(false);\r
 176     addFieldDescriptor(desc);\r
 177 \r
 178     // -- validation code for: _graphType\r
 179     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 180     { // -- local scope\r
 181       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 182       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 183       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 184       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 185       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 186     }\r
 187     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 188     // -- _sequenceRef\r
 189     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 190             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",\r
 191             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 192     desc.setImmutable(true);\r
 193     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 194     {\r
 195       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 196               throws IllegalStateException\r
 197       {\r
 198         Annotation target = (Annotation) object;\r
 199         return target.getSequenceRef();\r
 200       }\r
 201 \r
 202       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 203               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 204       {\r
 205         try\r
 206         {\r
 207           Annotation target = (Annotation) object;\r
 208           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);\r
 209         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 210         {\r
 211           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 212         }\r
 213       }\r
 214 \r
 215       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 216       {\r
 217         return null;\r
 218       }\r
 219     };\r
 220     desc.setHandler(handler);\r
 221     desc.setMultivalued(false);\r
 222     addFieldDescriptor(desc);\r
 223 \r
 224     // -- validation code for: _sequenceRef\r
 225     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 226     { // -- local scope\r
 227       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 228       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 229       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 230       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 231     }\r
 232     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 233     // -- _groupRef\r
 234     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 235             java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",\r
 236             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 237     desc.setImmutable(true);\r
 238     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 239     {\r
 240       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 241               throws IllegalStateException\r
 242       {\r
 243         Annotation target = (Annotation) object;\r
 244         return target.getGroupRef();\r
 245       }\r
 246 \r
 247       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 248               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 249       {\r
 250         try\r
 251         {\r
 252           Annotation target = (Annotation) object;\r
 253           target.setGroupRef((java.lang.String) value);\r
 254         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 255         {\r
 256           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 257         }\r
 258       }\r
 259 \r
 260       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 261       {\r
 262         return null;\r
 263       }\r
 264     };\r
 265     desc.setHandler(handler);\r
 266     desc.setMultivalued(false);\r
 267     addFieldDescriptor(desc);\r
 268 \r
 269     // -- validation code for: _groupRef\r
 270     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 271     { // -- local scope\r
 272       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 273       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 274       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 275       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 276     }\r
 277     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 278     // -- _graphColour\r
 279     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 280             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",\r
 281             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 282     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 283     {\r
 284       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 285               throws IllegalStateException\r
 286       {\r
 287         Annotation target = (Annotation) object;\r
 288         if (!target.hasGraphColour())\r
 289         {\r
 290           return null;\r
 291         }\r
 292         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());\r
 293       }\r
 294 \r
 295       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 296               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 297       {\r
 298         try\r
 299         {\r
 300           Annotation target = (Annotation) object;\r
 301           // if null, use delete method for optional primitives\r
 302           if (value == null)\r
 303           {\r
 304             target.deleteGraphColour();\r
 305             return;\r
 306           }\r
 307           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 308         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 309         {\r
 310           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 311         }\r
 312       }\r
 313 \r
 314       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 315       {\r
 316         return null;\r
 317       }\r
 318     };\r
 319     desc.setHandler(handler);\r
 320     desc.setMultivalued(false);\r
 321     addFieldDescriptor(desc);\r
 322 \r
 323     // -- validation code for: _graphColour\r
 324     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 325     { // -- local scope\r
 326       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 327       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 328       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 329       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 330       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 331     }\r
 332     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 333     // -- _graphGroup\r
 334     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 335             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",\r
 336             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 337     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 338     {\r
 339       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 340               throws IllegalStateException\r
 341       {\r
 342         Annotation target = (Annotation) object;\r
 343         if (!target.hasGraphGroup())\r
 344         {\r
 345           return null;\r
 346         }\r
 347         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());\r
 348       }\r
 349 \r
 350       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 351               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 352       {\r
 353         try\r
 354         {\r
 355           Annotation target = (Annotation) object;\r
 356           // if null, use delete method for optional primitives\r
 357           if (value == null)\r
 358           {\r
 359             target.deleteGraphGroup();\r
 360             return;\r
 361           }\r
 362           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 363         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 364         {\r
 365           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 366         }\r
 367       }\r
 368 \r
 369       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 370       {\r
 371         return null;\r
 372       }\r
 373     };\r
 374     desc.setHandler(handler);\r
 375     desc.setMultivalued(false);\r
 376     addFieldDescriptor(desc);\r
 377 \r
 378     // -- validation code for: _graphGroup\r
 379     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 380     { // -- local scope\r
 381       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 382       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 383       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 384       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 385       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 386     }\r
 387     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 388     // -- _id\r
 389     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 390             java.lang.String.class, "_id", "id",\r
 391             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 392     desc.setImmutable(true);\r
 393     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 394     {\r
 395       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 396               throws IllegalStateException\r
 397       {\r
 398         Annotation target = (Annotation) object;\r
 399         return target.getId();\r
 400       }\r
 401 \r
 402       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 403               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 404       {\r
 405         try\r
 406         {\r
 407           Annotation target = (Annotation) object;\r
 408           target.setId((java.lang.String) value);\r
 409         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 410         {\r
 411           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 412         }\r
 413       }\r
 414 \r
 415       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 416       {\r
 417         return null;\r
 418       }\r
 419     };\r
 420     desc.setHandler(handler);\r
 421     desc.setMultivalued(false);\r
 422     addFieldDescriptor(desc);\r
 423 \r
 424     // -- validation code for: _id\r
 425     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 426     { // -- local scope\r
 427       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 428       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 429       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 430       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 431     }\r
 432     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 433     // -- _scoreOnly\r
 434     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 435             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",\r
 436             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 437     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 438     {\r
 439       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 440               throws IllegalStateException\r
 441       {\r
 442         Annotation target = (Annotation) object;\r
 443         if (!target.hasScoreOnly())\r
 444         {\r
 445           return null;\r
 446         }\r
 447         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 448                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 449       }\r
 450 \r
 451       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 452               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 453       {\r
 454         try\r
 455         {\r
 456           Annotation target = (Annotation) object;\r
 457           // if null, use delete method for optional primitives\r
 458           if (value == null)\r
 459           {\r
 460             target.deleteScoreOnly();\r
 461             return;\r
 462           }\r
 463           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 464         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 465         {\r
 466           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 467         }\r
 468       }\r
 469 \r
 470       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 471       {\r
 472         return null;\r
 473       }\r
 474     };\r
 475     desc.setHandler(handler);\r
 476     desc.setMultivalued(false);\r
 477     addFieldDescriptor(desc);\r
 478 \r
 479     // -- validation code for: _scoreOnly\r
 480     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 481     { // -- local scope\r
 482       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 483       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 484       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 485     }\r
 486     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 487     // -- _score\r
 488     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 489             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",\r
 490             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 491     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 492     {\r
 493       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 494               throws IllegalStateException\r
 495       {\r
 496         Annotation target = (Annotation) object;\r
 497         if (!target.hasScore())\r
 498         {\r
 499           return null;\r
 500         }\r
 501         return new java.lang.Double(target.getScore());\r
 502       }\r
 503 \r
 504       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 505               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 506       {\r
 507         try\r
 508         {\r
 509           Annotation target = (Annotation) object;\r
 510           // if null, use delete method for optional primitives\r
 511           if (value == null)\r
 512           {\r
 513             target.deleteScore();\r
 514             return;\r
 515           }\r
 516           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());\r
 517         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 518         {\r
 519           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 520         }\r
 521       }\r
 522 \r
 523       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 524       {\r
 525         return null;\r
 526       }\r
 527     };\r
 528     desc.setHandler(handler);\r
 529     desc.setMultivalued(false);\r
 530     addFieldDescriptor(desc);\r
 531 \r
 532     // -- validation code for: _score\r
 533     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 534     { // -- local scope\r
 535       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;\r
 536       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();\r
 537       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 538       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);\r
 539       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);\r
 540     }\r
 541     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 542     // -- _visible\r
 543     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 544             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",\r
 545             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 546     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 547     {\r
 548       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 549               throws IllegalStateException\r
 550       {\r
 551         Annotation target = (Annotation) object;\r
 552         if (!target.hasVisible())\r
 553         {\r
 554           return null;\r
 555         }\r
 556         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 557                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 558       }\r
 559 \r
 560       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 561               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 562       {\r
 563         try\r
 564         {\r
 565           Annotation target = (Annotation) object;\r
 566           // if null, use delete method for optional primitives\r
 567           if (value == null)\r
 568           {\r
 569             target.deleteVisible();\r
 570             return;\r
 571           }\r
 572           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 573         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 574         {\r
 575           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 576         }\r
 577       }\r
 578 \r
 579       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 580       {\r
 581         return null;\r
 582       }\r
 583     };\r
 584     desc.setHandler(handler);\r
 585     desc.setMultivalued(false);\r
 586     addFieldDescriptor(desc);\r
 587 \r
 588     // -- validation code for: _visible\r
 589     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 590     { // -- local scope\r
 591       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 592       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 593       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 594     }\r
 595     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 596     // -- _centreColLabels\r
 597     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 598             java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",\r
 599             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 600     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 601     {\r
 602       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 603               throws IllegalStateException\r
 604       {\r
 605         Annotation target = (Annotation) object;\r
 606         if (!target.hasCentreColLabels())\r
 607         {\r
 608           return null;\r
 609         }\r
 610         return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 611                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 612       }\r
 613 \r
 614       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 615               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 616       {\r
 617         try\r
 618         {\r
 619           Annotation target = (Annotation) object;\r
 620           // if null, use delete method for optional primitives\r
 621           if (value == null)\r
 622           {\r
 623             target.deleteCentreColLabels();\r
 624             return;\r
 625           }\r
 626           target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)\r
 627                   .booleanValue());\r
 628         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 629         {\r
 630           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 631         }\r
 632       }\r
 633 \r
 634       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 635       {\r
 636         return null;\r
 637       }\r
 638     };\r
 639     desc.setHandler(handler);\r
 640     desc.setMultivalued(false);\r
 641     addFieldDescriptor(desc);\r
 642 \r
 643     // -- validation code for: _centreColLabels\r
 644     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 645     { // -- local scope\r
 646       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 647       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 648       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 649     }\r
 650     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 651     // -- _scaleColLabels\r
 652     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 653             java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",\r
 654             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 655     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 656     {\r
 657       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 658               throws IllegalStateException\r
 659       {\r
 660         Annotation target = (Annotation) object;\r
 661         if (!target.hasScaleColLabels())\r
 662         {\r
 663           return null;\r
 664         }\r
 665         return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 666                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 667       }\r
 668 \r
 669       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 670               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 671       {\r
 672         try\r
 673         {\r
 674           Annotation target = (Annotation) object;\r
 675           // if null, use delete method for optional primitives\r
 676           if (value == null)\r
 677           {\r
 678             target.deleteScaleColLabels();\r
 679             return;\r
 680           }\r
 681           target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)\r
 682                   .booleanValue());\r
 683         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 684         {\r
 685           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 686         }\r
 687       }\r
 688 \r
 689       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 690       {\r
 691         return null;\r
 692       }\r
 693     };\r
 694     desc.setHandler(handler);\r
 695     desc.setMultivalued(false);\r
 696     addFieldDescriptor(desc);\r
 697 \r
 698     // -- validation code for: _scaleColLabels\r
 699     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 700     { // -- local scope\r
 701       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 702       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 703       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 704     }\r
 705     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 706     // -- _showAllColLabels\r
 707     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 708             java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",\r
 709             "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 710     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 711     {\r
 712       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 713               throws IllegalStateException\r
 714       {\r
 715         Annotation target = (Annotation) object;\r
 716         if (!target.hasShowAllColLabels())\r
 717         {\r
 718           return null;\r
 719         }\r
 720         return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 721                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 722       }\r
 723 \r
 724       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 725               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 726       {\r
 727         try\r
 728         {\r
 729           Annotation target = (Annotation) object;\r
 730           // if null, use delete method for optional primitives\r
 731           if (value == null)\r
 732           {\r
 733             target.deleteShowAllColLabels();\r
 734             return;\r
 735           }\r
 736           target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)\r
 737                   .booleanValue());\r
 738         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 739         {\r
 740           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 741         }\r
 742       }\r
 743 \r
 744       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 745       {\r
 746         return null;\r
 747       }\r
 748     };\r
 749     desc.setHandler(handler);\r
 750     desc.setMultivalued(false);\r
 751     addFieldDescriptor(desc);\r
 752 \r
 753     // -- validation code for: _showAllColLabels\r
 754     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 755     { // -- local scope\r
 756       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 757       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 758       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 759     }\r
 760     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 761     // -- _autoCalculated\r
 762     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 763             java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",\r
 764             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 765     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 766     {\r
 767       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 768               throws IllegalStateException\r
 769       {\r
 770         Annotation target = (Annotation) object;\r
 771         if (!target.hasAutoCalculated())\r
 772         {\r
 773           return null;\r
 774         }\r
 775         return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 776                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 777       }\r
 778 \r
 779       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 780               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 781       {\r
 782         try\r
 783         {\r
 784           Annotation target = (Annotation) object;\r
 785           // if null, use delete method for optional primitives\r
 786           if (value == null)\r
 787           {\r
 788             target.deleteAutoCalculated();\r
 789             return;\r
 790           }\r
 791           target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)\r
 792                   .booleanValue());\r
 793         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 794         {\r
 795           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 796         }\r
 797       }\r
 798 \r
 799       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 800       {\r
 801         return null;\r
 802       }\r
 803     };\r
 804     desc.setHandler(handler);\r
 805     desc.setMultivalued(false);\r
 806     addFieldDescriptor(desc);\r
 807 \r
 808     // -- validation code for: _autoCalculated\r
 809     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 810     { // -- local scope\r
 811       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 812       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 813       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 814     }\r
 815     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 816     // -- initialize element descriptors\r
 817 \r
 818     // -- _annotationElementList\r
 819     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 820             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,\r
 821             "_annotationElementList", "annotationElement",\r
 822             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 823     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 824     {\r
 825       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 826               throws IllegalStateException\r
 827       {\r
 828         Annotation target = (Annotation) object;\r
 829         return target.getAnnotationElement();\r
 830       }\r
 831 \r
 832       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 833               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 834       {\r
 835         try\r
 836         {\r
 837           Annotation target = (Annotation) object;\r
 838           target\r
 839                   .addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);\r
 840         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 841         {\r
 842           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 843         }\r
 844       }\r
 845 \r
 846       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 847               IllegalArgumentException\r
 848       {\r
 849         try\r
 850         {\r
 851           Annotation target = (Annotation) object;\r
 852           target.removeAllAnnotationElement();\r
 853         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 854         {\r
 855           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 856         }\r
 857       }\r
 858 \r
 859       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 860       {\r
 861         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
 862       }\r
 863     };\r
 864     desc.setHandler(handler);\r
 865     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 866     desc.setMultivalued(true);\r
 867     addFieldDescriptor(desc);\r
 868 \r
 869     // -- validation code for: _annotationElementList\r
 870     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 871     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 872     { // -- local scope\r
 873     }\r
 874     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 875     // -- _label\r
 876     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 877             java.lang.String.class, "_label", "label",\r
 878             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 879     desc.setImmutable(true);\r
 880     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 881     {\r
 882       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 883               throws IllegalStateException\r
 884       {\r
 885         Annotation target = (Annotation) object;\r
 886         return target.getLabel();\r
 887       }\r
 888 \r
 889       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 890               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 891       {\r
 892         try\r
 893         {\r
 894           Annotation target = (Annotation) object;\r
 895           target.setLabel((java.lang.String) value);\r
 896         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 897         {\r
 898           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 899         }\r
 900       }\r
 901 \r
 902       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 903       {\r
 904         return null;\r
 905       }\r
 906     };\r
 907     desc.setHandler(handler);\r
 908     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 909     desc.setRequired(true);\r
 910     desc.setMultivalued(false);\r
 911     addFieldDescriptor(desc);\r
 912 \r
 913     // -- validation code for: _label\r
 914     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 915     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 916     { // -- local scope\r
 917       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 918       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 919       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 920       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 921     }\r
 922     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 923     // -- _description\r
 924     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 925             java.lang.String.class, "_description", "description",\r
 926             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 927     desc.setImmutable(true);\r
 928     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 929     {\r
 930       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 931               throws IllegalStateException\r
 932       {\r
 933         Annotation target = (Annotation) object;\r
 934         return target.getDescription();\r
 935       }\r
 936 \r
 937       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 938               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 939       {\r
 940         try\r
 941         {\r
 942           Annotation target = (Annotation) object;\r
 943           target.setDescription((java.lang.String) value);\r
 944         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 945         {\r
 946           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 947         }\r
 948       }\r
 949 \r
 950       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 951       {\r
 952         return null;\r
 953       }\r
 954     };\r
 955     desc.setHandler(handler);\r
 956     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 957     desc.setMultivalued(false);\r
 958     addFieldDescriptor(desc);\r
 959 \r
 960     // -- validation code for: _description\r
 961     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 962     { // -- local scope\r
 963       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 964       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 965       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 966       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 967     }\r
 968     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 969     // -- _thresholdLine\r
 970     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 971             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,\r
 972             "_thresholdLine", "thresholdLine",\r
 973             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 974     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 975     {\r
 976       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 977               throws IllegalStateException\r
 978       {\r
 979         Annotation target = (Annotation) object;\r
 980         return target.getThresholdLine();\r
 981       }\r
 982 \r
 983       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 984               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 985       {\r
 986         try\r
 987         {\r
 988           Annotation target = (Annotation) object;\r
 989           target\r
 990                   .setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);\r
 991         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 992         {\r
 993           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 994         }\r
 995       }\r
 996 \r
 997       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 998       {\r
 999         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
1000       }\r
1001     };\r
1002     desc.setHandler(handler);\r
1003     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
1004     desc.setMultivalued(false);\r
1005     addFieldDescriptor(desc);\r
1006 \r
1007     // -- validation code for: _thresholdLine\r
1008     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
1009     { // -- local scope\r
1010     }\r
1011     desc.setValidator(fieldValidator);\r
1012   }\r
1013 \r
1014   // -----------/\r
1015   // - Methods -/\r
1016   // -----------/\r
1017 \r
1018   /**\r
1019    * Method getAccessMode.\r
1020    * \r
1021    * @return the access mode specified for this class.\r
1022    */\r
1023   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
1024   {\r
1025     return null;\r
1026   }\r
1027 \r
1028   /**\r
1029    * Method getIdentity.\r
1030    * \r
1031    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
1032    */\r
1033   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
1034   {\r
1035     return super.getIdentity();\r
1036   }\r
1037 \r
1038   /**\r
1039    * Method getJavaClass.\r
1040    * \r
1041    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
1042    */\r
1043   public java.lang.Class getJavaClass()\r
1044   {\r
1045     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;\r
1046   }\r
1047 \r
1048   /**\r
1049    * Method getNameSpacePrefix.\r
1050    * \r
1051    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
1052    */\r
1053   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
1054   {\r
1055     return _nsPrefix;\r
1056   }\r
1057 \r
1058   /**\r
1059    * Method getNameSpaceURI.\r
1060    * \r
1061    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
1062    */\r
1063   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
1064   {\r
1065     return _nsURI;\r
1066   }\r
1067 \r
1068   /**\r
1069    * Method getValidator.\r
1070    * \r
1071    * @return a specific validator for the class described by this\r
1072    *         ClassDescriptor.\r
1073    */\r
1074   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
1075   {\r
1076     return this;\r
1077   }\r
1078 \r
1079   /**\r
1080    * Method getXMLName.\r
1081    * \r
1082    * @return the XML Name for the Class being described.\r
1083    */\r
1084   public java.lang.String getXMLName()\r
1085   {\r
1086     return _xmlName;\r
1087   }\r
1088 \r
1089   /**\r
1090    * Method isElementDefinition.\r
1091    * \r
1092    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
1093    *         element or element with anonymous type definition.\r
1094    */\r
1095   public boolean isElementDefinition()\r
1096   {\r
1097     return _elementDefinition;\r
1098   }\r
1099 \r
1100 }\r