src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  28
  29 /**
  30  * Class AnnotationDescriptor.
  31  *
  32  * @version $Revision$ $Date$
  33  */
  34 public class AnnotationDescriptor extends
  35         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _elementDefinition.
  44    */
  45   private boolean _elementDefinition;
  46
  47   /**
  48    * Field _nsPrefix.
  49    */
  50   private java.lang.String _nsPrefix;
  51
  52   /**
  53    * Field _nsURI.
  54    */
  55   private java.lang.String _nsURI;
  56
  57   /**
  58    * Field _xmlName.
  59    */
  60   private java.lang.String _xmlName;
  61
  62   // ----------------/
  63   // - Constructors -/
  64   // ----------------/
  65
  66   public AnnotationDescriptor()
  67   {
  68     super();
  69     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  70     _xmlName = "Annotation";
  71     _elementDefinition = true;
  72
  73     // -- set grouping compositor
  74     setCompositorAsSequence();
  75     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  76     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  77     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  78     // -- initialize attribute descriptors
  79
  80     // -- _graph
  81     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  82             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",
  83             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  84     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  85     {
  86       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  87               throws IllegalStateException
  88       {
  89         Annotation target = (Annotation) object;
  90         if (!target.hasGraph())
  91         {
  92           return null;
  93         }
  94         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE
  95                 : java.lang.Boolean.FALSE);
  96       }
  97
  98       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  99               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 100       {
 101         try
 102         {
 103           Annotation target = (Annotation) object;
 104           // ignore null values for non optional primitives
 105           if (value == null)
 106           {
 107             return;
 108           }
 109
 110           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 111         } catch (java.lang.Exception ex)
 112         {
 113           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 114         }
 115       }
 116
 117       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 118       {
 119         return null;
 120       }
 121     };
 122     desc.setHandler(handler);
 123     desc.setRequired(true);
 124     desc.setMultivalued(false);
 125     addFieldDescriptor(desc);
 126
 127     // -- validation code for: _graph
 128     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 129     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 130     { // -- local scope
 131       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 132       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 133       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 134     }
 135     desc.setValidator(fieldValidator);
 136     // -- _graphType
 137     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 138             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",
 139             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 140     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 141     {
 142       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 143               throws IllegalStateException
 144       {
 145         Annotation target = (Annotation) object;
 146         if (!target.hasGraphType())
 147         {
 148           return null;
 149         }
 150         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());
 151       }
 152
 153       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 154               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 155       {
 156         try
 157         {
 158           Annotation target = (Annotation) object;
 159           // if null, use delete method for optional primitives
 160           if (value == null)
 161           {
 162             target.deleteGraphType();
 163             return;
 164           }
 165           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());
 166         } catch (java.lang.Exception ex)
 167         {
 168           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 169         }
 170       }
 171
 172       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 173       {
 174         return null;
 175       }
 176     };
 177     desc.setHandler(handler);
 178     desc.setMultivalued(false);
 179     addFieldDescriptor(desc);
 180
 181     // -- validation code for: _graphType
 182     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 183     { // -- local scope
 184       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 185       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 186       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 187       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 188       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 189     }
 190     desc.setValidator(fieldValidator);
 191     // -- _sequenceRef
 192     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 193             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",
 194             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 195     desc.setImmutable(true);
 196     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 197     {
 198       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 199               throws IllegalStateException
 200       {
 201         Annotation target = (Annotation) object;
 202         return target.getSequenceRef();
 203       }
 204
 205       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 206               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 207       {
 208         try
 209         {
 210           Annotation target = (Annotation) object;
 211           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);
 212         } catch (java.lang.Exception ex)
 213         {
 214           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 215         }
 216       }
 217
 218       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 219       {
 220         return null;
 221       }
 222     };
 223     desc.setHandler(handler);
 224     desc.setMultivalued(false);
 225     addFieldDescriptor(desc);
 226
 227     // -- validation code for: _sequenceRef
 228     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 229     { // -- local scope
 230       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 231       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 232       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 233       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 234     }
 235     desc.setValidator(fieldValidator);
 236     // -- _groupRef
 237     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 238             java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",
 239             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 240     desc.setImmutable(true);
 241     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 242     {
 243       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 244               throws IllegalStateException
 245       {
 246         Annotation target = (Annotation) object;
 247         return target.getGroupRef();
 248       }
 249
 250       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 251               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 252       {
 253         try
 254         {
 255           Annotation target = (Annotation) object;
 256           target.setGroupRef((java.lang.String) value);
 257         } catch (java.lang.Exception ex)
 258         {
 259           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 260         }
 261       }
 262
 263       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 264       {
 265         return null;
 266       }
 267     };
 268     desc.setHandler(handler);
 269     desc.setMultivalued(false);
 270     addFieldDescriptor(desc);
 271
 272     // -- validation code for: _groupRef
 273     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 274     { // -- local scope
 275       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 276       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 277       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 278       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 279     }
 280     desc.setValidator(fieldValidator);
 281     // -- _graphColour
 282     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 283             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",
 284             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 285     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 286     {
 287       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 288               throws IllegalStateException
 289       {
 290         Annotation target = (Annotation) object;
 291         if (!target.hasGraphColour())
 292         {
 293           return null;
 294         }
 295         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());
 296       }
 297
 298       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 299               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 300       {
 301         try
 302         {
 303           Annotation target = (Annotation) object;
 304           // if null, use delete method for optional primitives
 305           if (value == null)
 306           {
 307             target.deleteGraphColour();
 308             return;
 309           }
 310           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 311         } catch (java.lang.Exception ex)
 312         {
 313           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 314         }
 315       }
 316
 317       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 318       {
 319         return null;
 320       }
 321     };
 322     desc.setHandler(handler);
 323     desc.setMultivalued(false);
 324     addFieldDescriptor(desc);
 325
 326     // -- validation code for: _graphColour
 327     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 328     { // -- local scope
 329       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 330       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 331       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 332       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 333       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 334     }
 335     desc.setValidator(fieldValidator);
 336     // -- _graphGroup
 337     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 338             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",
 339             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 340     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 341     {
 342       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 343               throws IllegalStateException
 344       {
 345         Annotation target = (Annotation) object;
 346         if (!target.hasGraphGroup())
 347         {
 348           return null;
 349         }
 350         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());
 351       }
 352
 353       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 354               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 355       {
 356         try
 357         {
 358           Annotation target = (Annotation) object;
 359           // if null, use delete method for optional primitives
 360           if (value == null)
 361           {
 362             target.deleteGraphGroup();
 363             return;
 364           }
 365           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());
 366         } catch (java.lang.Exception ex)
 367         {
 368           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 369         }
 370       }
 371
 372       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 373       {
 374         return null;
 375       }
 376     };
 377     desc.setHandler(handler);
 378     desc.setMultivalued(false);
 379     addFieldDescriptor(desc);
 380
 381     // -- validation code for: _graphGroup
 382     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 383     { // -- local scope
 384       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 385       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 386       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 387       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 388       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 389     }
 390     desc.setValidator(fieldValidator);
 391     // -- _graphHeight
 392     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 393             java.lang.Integer.TYPE, "_graphHeight", "graphHeight",
 394             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 395     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 396     {
 397       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 398               throws IllegalStateException
 399       {
 400         Annotation target = (Annotation) object;
 401         if (!target.hasGraphHeight())
 402         {
 403           return null;
 404         }
 405         return new java.lang.Integer(target.getGraphHeight());
 406       }
 407
 408       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 409               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 410       {
 411         try
 412         {
 413           Annotation target = (Annotation) object;
 414           // if null, use delete method for optional primitives
 415           if (value == null)
 416           {
 417             target.deleteGraphHeight();
 418             return;
 419           }
 420           target.setGraphHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 421         } catch (java.lang.Exception ex)
 422         {
 423           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 424         }
 425       }
 426
 427       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 428       {
 429         return null;
 430       }
 431     };
 432     desc.setHandler(handler);
 433     desc.setMultivalued(false);
 434     addFieldDescriptor(desc);
 435
 436     // -- validation code for: _graphHeight
 437     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 438     { // -- local scope
 439       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 440       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 441       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 442       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 443       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 444     }
 445     desc.setValidator(fieldValidator);
 446     // -- _id
 447     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 448             java.lang.String.class, "_id", "id",
 449             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 450     desc.setImmutable(true);
 451     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 452     {
 453       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 454               throws IllegalStateException
 455       {
 456         Annotation target = (Annotation) object;
 457         return target.getId();
 458       }
 459
 460       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 461               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 462       {
 463         try
 464         {
 465           Annotation target = (Annotation) object;
 466           target.setId((java.lang.String) value);
 467         } catch (java.lang.Exception ex)
 468         {
 469           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 470         }
 471       }
 472
 473       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 474       {
 475         return null;
 476       }
 477     };
 478     desc.setHandler(handler);
 479     desc.setMultivalued(false);
 480     addFieldDescriptor(desc);
 481
 482     // -- validation code for: _id
 483     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 484     { // -- local scope
 485       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 486       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 487       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 488       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 489     }
 490     desc.setValidator(fieldValidator);
 491     // -- _scoreOnly
 492     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 493             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",
 494             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 495     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 496     {
 497       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 498               throws IllegalStateException
 499       {
 500         Annotation target = (Annotation) object;
 501         if (!target.hasScoreOnly())
 502         {
 503           return null;
 504         }
 505         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE
 506                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 507       }
 508
 509       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 510               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 511       {
 512         try
 513         {
 514           Annotation target = (Annotation) object;
 515           // if null, use delete method for optional primitives
 516           if (value == null)
 517           {
 518             target.deleteScoreOnly();
 519             return;
 520           }
 521           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 522         } catch (java.lang.Exception ex)
 523         {
 524           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 525         }
 526       }
 527
 528       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 529       {
 530         return null;
 531       }
 532     };
 533     desc.setHandler(handler);
 534     desc.setMultivalued(false);
 535     addFieldDescriptor(desc);
 536
 537     // -- validation code for: _scoreOnly
 538     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 539     { // -- local scope
 540       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 541       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 542       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 543     }
 544     desc.setValidator(fieldValidator);
 545     // -- _score
 546     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 547             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",
 548             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 549     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 550     {
 551       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 552               throws IllegalStateException
 553       {
 554         Annotation target = (Annotation) object;
 555         if (!target.hasScore())
 556         {
 557           return null;
 558         }
 559         return new java.lang.Double(target.getScore());
 560       }
 561
 562       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 563               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 564       {
 565         try
 566         {
 567           Annotation target = (Annotation) object;
 568           // if null, use delete method for optional primitives
 569           if (value == null)
 570           {
 571             target.deleteScore();
 572             return;
 573           }
 574           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());
 575         } catch (java.lang.Exception ex)
 576         {
 577           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 578         }
 579       }
 580
 581       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 582       {
 583         return null;
 584       }
 585     };
 586     desc.setHandler(handler);
 587     desc.setMultivalued(false);
 588     addFieldDescriptor(desc);
 589
 590     // -- validation code for: _score
 591     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 592     { // -- local scope
 593       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;
 594       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();
 595       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 596       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);
 597       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);
 598     }
 599     desc.setValidator(fieldValidator);
 600     // -- _visible
 601     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 602             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",
 603             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 604     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 605     {
 606       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 607               throws IllegalStateException
 608       {
 609         Annotation target = (Annotation) object;
 610         if (!target.hasVisible())
 611         {
 612           return null;
 613         }
 614         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE
 615                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 616       }
 617
 618       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 619               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 620       {
 621         try
 622         {
 623           Annotation target = (Annotation) object;
 624           // if null, use delete method for optional primitives
 625           if (value == null)
 626           {
 627             target.deleteVisible();
 628             return;
 629           }
 630           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 631         } catch (java.lang.Exception ex)
 632         {
 633           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 634         }
 635       }
 636
 637       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 638       {
 639         return null;
 640       }
 641     };
 642     desc.setHandler(handler);
 643     desc.setMultivalued(false);
 644     addFieldDescriptor(desc);
 645
 646     // -- validation code for: _visible
 647     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 648     { // -- local scope
 649       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 650       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 651       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 652     }
 653     desc.setValidator(fieldValidator);
 654     // -- _centreColLabels
 655     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 656             java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",
 657             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 658     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 659     {
 660       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 661               throws IllegalStateException
 662       {
 663         Annotation target = (Annotation) object;
 664         if (!target.hasCentreColLabels())
 665         {
 666           return null;
 667         }
 668         return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 669                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 670       }
 671
 672       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 673               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 674       {
 675         try
 676         {
 677           Annotation target = (Annotation) object;
 678           // if null, use delete method for optional primitives
 679           if (value == null)
 680           {
 681             target.deleteCentreColLabels();
 682             return;
 683           }
 684           target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 685                   .booleanValue());
 686         } catch (java.lang.Exception ex)
 687         {
 688           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 689         }
 690       }
 691
 692       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 693       {
 694         return null;
 695       }
 696     };
 697     desc.setHandler(handler);
 698     desc.setMultivalued(false);
 699     addFieldDescriptor(desc);
 700
 701     // -- validation code for: _centreColLabels
 702     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 703     { // -- local scope
 704       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 705       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 706       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 707     }
 708     desc.setValidator(fieldValidator);
 709     // -- _scaleColLabels
 710     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 711             java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",
 712             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 713     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 714     {
 715       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 716               throws IllegalStateException
 717       {
 718         Annotation target = (Annotation) object;
 719         if (!target.hasScaleColLabels())
 720         {
 721           return null;
 722         }
 723         return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 724                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 725       }
 726
 727       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 728               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 729       {
 730         try
 731         {
 732           Annotation target = (Annotation) object;
 733           // if null, use delete method for optional primitives
 734           if (value == null)
 735           {
 736             target.deleteScaleColLabels();
 737             return;
 738           }
 739           target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 740                   .booleanValue());
 741         } catch (java.lang.Exception ex)
 742         {
 743           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 744         }
 745       }
 746
 747       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 748       {
 749         return null;
 750       }
 751     };
 752     desc.setHandler(handler);
 753     desc.setMultivalued(false);
 754     addFieldDescriptor(desc);
 755
 756     // -- validation code for: _scaleColLabels
 757     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 758     { // -- local scope
 759       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 760       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 761       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 762     }
 763     desc.setValidator(fieldValidator);
 764     // -- _showAllColLabels
 765     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 766             java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",
 767             "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 768     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 769     {
 770       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 771               throws IllegalStateException
 772       {
 773         Annotation target = (Annotation) object;
 774         if (!target.hasShowAllColLabels())
 775         {
 776           return null;
 777         }
 778         return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 779                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 780       }
 781
 782       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 783               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 784       {
 785         try
 786         {
 787           Annotation target = (Annotation) object;
 788           // if null, use delete method for optional primitives
 789           if (value == null)
 790           {
 791             target.deleteShowAllColLabels();
 792             return;
 793           }
 794           target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 795                   .booleanValue());
 796         } catch (java.lang.Exception ex)
 797         {
 798           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 799         }
 800       }
 801
 802       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 803       {
 804         return null;
 805       }
 806     };
 807     desc.setHandler(handler);
 808     desc.setMultivalued(false);
 809     addFieldDescriptor(desc);
 810
 811     // -- validation code for: _showAllColLabels
 812     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 813     { // -- local scope
 814       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 815       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 816       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 817     }
 818     desc.setValidator(fieldValidator);
 819     // -- _autoCalculated
 820     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 821             java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",
 822             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 823     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 824     {
 825       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 826               throws IllegalStateException
 827       {
 828         Annotation target = (Annotation) object;
 829         if (!target.hasAutoCalculated())
 830         {
 831           return null;
 832         }
 833         return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE
 834                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 835       }
 836
 837       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 838               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 839       {
 840         try
 841         {
 842           Annotation target = (Annotation) object;
 843           // if null, use delete method for optional primitives
 844           if (value == null)
 845           {
 846             target.deleteAutoCalculated();
 847             return;
 848           }
 849           target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)
 850                   .booleanValue());
 851         } catch (java.lang.Exception ex)
 852         {
 853           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 854         }
 855       }
 856
 857       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 858       {
 859         return null;
 860       }
 861     };
 862     desc.setHandler(handler);
 863     desc.setMultivalued(false);
 864     addFieldDescriptor(desc);
 865
 866     // -- validation code for: _autoCalculated
 867     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 868     { // -- local scope
 869       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 870       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 871       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 872     }
 873     desc.setValidator(fieldValidator);
 874     // -- _belowAlignment
 875     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 876             java.lang.Boolean.TYPE, "_belowAlignment", "belowAlignment",
 877             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 878     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 879     {
 880       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 881               throws IllegalStateException
 882       {
 883         Annotation target = (Annotation) object;
 884         if (!target.hasBelowAlignment())
 885         {
 886           return null;
 887         }
 888         return (target.getBelowAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE
 889                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 890       }
 891
 892       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 893               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 894       {
 895         try
 896         {
 897           Annotation target = (Annotation) object;
 898           // if null, use delete method for optional primitives
 899           if (value == null)
 900           {
 901             target.deleteBelowAlignment();
 902             return;
 903           }
 904           target.setBelowAlignment(((java.lang.Boolean) value)
 905                   .booleanValue());
 906         } catch (java.lang.Exception ex)
 907         {
 908           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 909         }
 910       }
 911
 912       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 913       {
 914         return null;
 915       }
 916     };
 917     desc.setHandler(handler);
 918     desc.setMultivalued(false);
 919     addFieldDescriptor(desc);
 920
 921     // -- validation code for: _belowAlignment
 922     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 923     { // -- local scope
 924       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 925       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 926       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 927     }
 928     desc.setValidator(fieldValidator);
 929     // -- _calcId
 930     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 931             java.lang.String.class, "_calcId", "calcId",
 932             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 933     desc.setImmutable(true);
 934     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 935     {
 936       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 937               throws IllegalStateException
 938       {
 939         Annotation target = (Annotation) object;
 940         return target.getCalcId();
 941       }
 942
 943       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 944               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 945       {
 946         try
 947         {
 948           Annotation target = (Annotation) object;
 949           target.setCalcId((java.lang.String) value);
 950         } catch (java.lang.Exception ex)
 951         {
 952           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 953         }
 954       }
 955
 956       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 957       {
 958         return null;
 959       }
 960     };
 961     desc.setHandler(handler);
 962     desc.setMultivalued(false);
 963     addFieldDescriptor(desc);
 964
 965     // -- validation code for: _calcId
 966     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 967     { // -- local scope
 968       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 969       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 970       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 971       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 972     }
 973     desc.setValidator(fieldValidator);
 974     // -- initialize element descriptors
 975
 976     // -- _annotationElementList
 977     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 978             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,
 979             "_annotationElementList", "annotationElement",
 980             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 981     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 982     {
 983       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 984               throws IllegalStateException
 985       {
 986         Annotation target = (Annotation) object;
 987         return target.getAnnotationElement();
 988       }
 989
 990       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 991               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 992       {
 993         try
 994         {
 995           Annotation target = (Annotation) object;
 996           target.addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);
 997         } catch (java.lang.Exception ex)
 998         {
 999           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1000         }
1001       }
1002
1003       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1004               IllegalArgumentException
1005       {
1006         try
1007         {
1008           Annotation target = (Annotation) object;
1009           target.removeAllAnnotationElement();
1010         } catch (java.lang.Exception ex)
1011         {
1012           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1013         }
1014       }
1015
1016       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1017       {
1018         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();
1019       }
1020     };
1021     desc.setHandler(handler);
1022     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1023     desc.setMultivalued(true);
1024     addFieldDescriptor(desc);
1025
1026     // -- validation code for: _annotationElementList
1027     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1028     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1029     { // -- local scope
1030     }
1031     desc.setValidator(fieldValidator);
1032     // -- _label
1033     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1034             java.lang.String.class, "_label", "label",
1035             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1036     desc.setImmutable(true);
1037     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1038     {
1039       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1040               throws IllegalStateException
1041       {
1042         Annotation target = (Annotation) object;
1043         return target.getLabel();
1044       }
1045
1046       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1047               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1048       {
1049         try
1050         {
1051           Annotation target = (Annotation) object;
1052           target.setLabel((java.lang.String) value);
1053         } catch (java.lang.Exception ex)
1054         {
1055           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1056         }
1057       }
1058
1059       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1060       {
1061         return null;
1062       }
1063     };
1064     desc.setHandler(handler);
1065     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1066     desc.setRequired(true);
1067     desc.setMultivalued(false);
1068     addFieldDescriptor(desc);
1069
1070     // -- validation code for: _label
1071     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1072     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1073     { // -- local scope
1074       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1075       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1076       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1077       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1078     }
1079     desc.setValidator(fieldValidator);
1080     // -- _description
1081     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1082             java.lang.String.class, "_description", "description",
1083             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1084     desc.setImmutable(true);
1085     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1086     {
1087       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1088               throws IllegalStateException
1089       {
1090         Annotation target = (Annotation) object;
1091         return target.getDescription();
1092       }
1093
1094       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1095               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1096       {
1097         try
1098         {
1099           Annotation target = (Annotation) object;
1100           target.setDescription((java.lang.String) value);
1101         } catch (java.lang.Exception ex)
1102         {
1103           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1104         }
1105       }
1106
1107       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1108       {
1109         return null;
1110       }
1111     };
1112     desc.setHandler(handler);
1113     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1114     desc.setMultivalued(false);
1115     addFieldDescriptor(desc);
1116
1117     // -- validation code for: _description
1118     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1119     { // -- local scope
1120       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1121       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1122       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1123       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1124     }
1125     desc.setValidator(fieldValidator);
1126     // -- _thresholdLine
1127     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1128             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,
1129             "_thresholdLine", "thresholdLine",
1130             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1131     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1132     {
1133       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1134               throws IllegalStateException
1135       {
1136         Annotation target = (Annotation) object;
1137         return target.getThresholdLine();
1138       }
1139
1140       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1141               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1142       {
1143         try
1144         {
1145           Annotation target = (Annotation) object;
1146           target.setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);
1147         } catch (java.lang.Exception ex)
1148         {
1149           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1150         }
1151       }
1152
1153       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1154       {
1155         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();
1156       }
1157     };
1158     desc.setHandler(handler);
1159     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1160     desc.setMultivalued(false);
1161     addFieldDescriptor(desc);
1162
1163     // -- validation code for: _thresholdLine
1164     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1165     { // -- local scope
1166     }
1167     desc.setValidator(fieldValidator);
1168   }
1169
1170   // -----------/
1171   // - Methods -/
1172   // -----------/
1173
1174   /**
1175    * Method getAccessMode.
1176    *
1177    * @return the access mode specified for this class.
1178    */
1179   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1180   {
1181     return null;
1182   }
1183
1184   /**
1185    * Method getIdentity.
1186    *
1187    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1188    */
1189   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1190   {
1191     return super.getIdentity();
1192   }
1193
1194   /**
1195    * Method getJavaClass.
1196    *
1197    * @return the Java class represented by this descriptor.
1198    */
1199   public java.lang.Class getJavaClass()
1200   {
1201     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;
1202   }
1203
1204   /**
1205    * Method getNameSpacePrefix.
1206    *
1207    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1208    */
1209   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1210   {
1211     return _nsPrefix;
1212   }
1213
1214   /**
1215    * Method getNameSpaceURI.
1216    *
1217    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1218    */
1219   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1220   {
1221     return _nsURI;
1222   }
1223
1224   /**
1225    * Method getValidator.
1226    *
1227    * @return a specific validator for the class described by this
1228    *         ClassDescriptor.
1229    */
1230   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1231   {
1232     return this;
1233   }
1234
1235   /**
1236    * Method getXMLName.
1237    *
1238    * @return the XML Name for the Class being described.
1239    */
1240   public java.lang.String getXMLName()
1241   {
1242     return _xmlName;
1243   }
1244
1245   /**
1246    * Method isElementDefinition.
1247    *
1248    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1249    *         element or element with anonymous type definition.
1250    */
1251   public boolean isElementDefinition()
1252   {
1253     return _elementDefinition;
1254   }
1255
1256 }