src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  26
  27 /**
  28  * Class AnnotationDescriptor.
  29  *
  30  * @version $Revision$ $Date$
  31  */
  32 public class AnnotationDescriptor extends
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _elementDefinition.
  42    */
  43   private boolean _elementDefinition;
  44
  45   /**
  46    * Field _nsPrefix.
  47    */
  48   private java.lang.String _nsPrefix;
  49
  50   /**
  51    * Field _nsURI.
  52    */
  53   private java.lang.String _nsURI;
  54
  55   /**
  56    * Field _xmlName.
  57    */
  58   private java.lang.String _xmlName;
  59
  60   // ----------------/
  61   // - Constructors -/
  62   // ----------------/
  63
  64   public AnnotationDescriptor()
  65   {
  66     super();
  67     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  68     _xmlName = "Annotation";
  69     _elementDefinition = true;
  70
  71     // -- set grouping compositor
  72     setCompositorAsSequence();
  73     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  74     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  75     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  76     // -- initialize attribute descriptors
  77
  78     // -- _graph
  79     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  80             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",
  81             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  82     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  83     {
  84       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  85               throws IllegalStateException
  86       {
  87         Annotation target = (Annotation) object;
  88         if (!target.hasGraph())
  89         {
  90           return null;
  91         }
  92         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE
  93                 : java.lang.Boolean.FALSE);
  94       }
  95
  96       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  97               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  98       {
  99         try
 100         {
 101           Annotation target = (Annotation) object;
 102           // ignore null values for non optional primitives
 103           if (value == null)
 104           {
 105             return;
 106           }
 107
 108           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 109         } catch (java.lang.Exception ex)
 110         {
 111           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 112         }
 113       }
 114
 115       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 116       {
 117         return null;
 118       }
 119     };
 120     desc.setHandler(handler);
 121     desc.setRequired(true);
 122     desc.setMultivalued(false);
 123     addFieldDescriptor(desc);
 124
 125     // -- validation code for: _graph
 126     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 127     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 128     { // -- local scope
 129       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 130       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 131       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 132     }
 133     desc.setValidator(fieldValidator);
 134     // -- _graphType
 135     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 136             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",
 137             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 138     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 139     {
 140       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 141               throws IllegalStateException
 142       {
 143         Annotation target = (Annotation) object;
 144         if (!target.hasGraphType())
 145         {
 146           return null;
 147         }
 148         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());
 149       }
 150
 151       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 152               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 153       {
 154         try
 155         {
 156           Annotation target = (Annotation) object;
 157           // if null, use delete method for optional primitives
 158           if (value == null)
 159           {
 160             target.deleteGraphType();
 161             return;
 162           }
 163           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());
 164         } catch (java.lang.Exception ex)
 165         {
 166           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 167         }
 168       }
 169
 170       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 171       {
 172         return null;
 173       }
 174     };
 175     desc.setHandler(handler);
 176     desc.setMultivalued(false);
 177     addFieldDescriptor(desc);
 178
 179     // -- validation code for: _graphType
 180     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 181     { // -- local scope
 182       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 183       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 184       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 185       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 186       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 187     }
 188     desc.setValidator(fieldValidator);
 189     // -- _sequenceRef
 190     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 191             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",
 192             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 193     desc.setImmutable(true);
 194     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 195     {
 196       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 197               throws IllegalStateException
 198       {
 199         Annotation target = (Annotation) object;
 200         return target.getSequenceRef();
 201       }
 202
 203       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 204               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 205       {
 206         try
 207         {
 208           Annotation target = (Annotation) object;
 209           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);
 210         } catch (java.lang.Exception ex)
 211         {
 212           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 213         }
 214       }
 215
 216       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 217       {
 218         return null;
 219       }
 220     };
 221     desc.setHandler(handler);
 222     desc.setMultivalued(false);
 223     addFieldDescriptor(desc);
 224
 225     // -- validation code for: _sequenceRef
 226     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 227     { // -- local scope
 228       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 229       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 230       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 231       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 232     }
 233     desc.setValidator(fieldValidator);
 234     // -- _groupRef
 235     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 236             java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",
 237             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 238     desc.setImmutable(true);
 239     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 240     {
 241       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 242               throws IllegalStateException
 243       {
 244         Annotation target = (Annotation) object;
 245         return target.getGroupRef();
 246       }
 247
 248       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 249               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 250       {
 251         try
 252         {
 253           Annotation target = (Annotation) object;
 254           target.setGroupRef((java.lang.String) value);
 255         } catch (java.lang.Exception ex)
 256         {
 257           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 258         }
 259       }
 260
 261       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 262       {
 263         return null;
 264       }
 265     };
 266     desc.setHandler(handler);
 267     desc.setMultivalued(false);
 268     addFieldDescriptor(desc);
 269
 270     // -- validation code for: _groupRef
 271     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 272     { // -- local scope
 273       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 274       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 275       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 276       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 277     }
 278     desc.setValidator(fieldValidator);
 279     // -- _graphColour
 280     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 281             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",
 282             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 283     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 284     {
 285       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 286               throws IllegalStateException
 287       {
 288         Annotation target = (Annotation) object;
 289         if (!target.hasGraphColour())
 290         {
 291           return null;
 292         }
 293         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());
 294       }
 295
 296       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 297               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 298       {
 299         try
 300         {
 301           Annotation target = (Annotation) object;
 302           // if null, use delete method for optional primitives
 303           if (value == null)
 304           {
 305             target.deleteGraphColour();
 306             return;
 307           }
 308           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 309         } catch (java.lang.Exception ex)
 310         {
 311           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 312         }
 313       }
 314
 315       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 316       {
 317         return null;
 318       }
 319     };
 320     desc.setHandler(handler);
 321     desc.setMultivalued(false);
 322     addFieldDescriptor(desc);
 323
 324     // -- validation code for: _graphColour
 325     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 326     { // -- local scope
 327       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 328       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 329       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 330       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 331       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 332     }
 333     desc.setValidator(fieldValidator);
 334     // -- _graphGroup
 335     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 336             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",
 337             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 338     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 339     {
 340       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 341               throws IllegalStateException
 342       {
 343         Annotation target = (Annotation) object;
 344         if (!target.hasGraphGroup())
 345         {
 346           return null;
 347         }
 348         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());
 349       }
 350
 351       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 352               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 353       {
 354         try
 355         {
 356           Annotation target = (Annotation) object;
 357           // if null, use delete method for optional primitives
 358           if (value == null)
 359           {
 360             target.deleteGraphGroup();
 361             return;
 362           }
 363           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());
 364         } catch (java.lang.Exception ex)
 365         {
 366           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 367         }
 368       }
 369
 370       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 371       {
 372         return null;
 373       }
 374     };
 375     desc.setHandler(handler);
 376     desc.setMultivalued(false);
 377     addFieldDescriptor(desc);
 378
 379     // -- validation code for: _graphGroup
 380     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 381     { // -- local scope
 382       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 383       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 384       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 385       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 386       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 387     }
 388     desc.setValidator(fieldValidator);
 389     // -- _graphHeight
 390     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 391             java.lang.Integer.TYPE, "_graphHeight", "graphHeight",
 392             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 393     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 394     {
 395       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 396               throws IllegalStateException
 397       {
 398         Annotation target = (Annotation) object;
 399         if (!target.hasGraphHeight())
 400         {
 401           return null;
 402         }
 403         return new java.lang.Integer(target.getGraphHeight());
 404       }
 405
 406       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 407               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 408       {
 409         try
 410         {
 411           Annotation target = (Annotation) object;
 412           // if null, use delete method for optional primitives
 413           if (value == null)
 414           {
 415             target.deleteGraphHeight();
 416             return;
 417           }
 418           target.setGraphHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 419         } catch (java.lang.Exception ex)
 420         {
 421           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 422         }
 423       }
 424
 425       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 426       {
 427         return null;
 428       }
 429     };
 430     desc.setHandler(handler);
 431     desc.setMultivalued(false);
 432     addFieldDescriptor(desc);
 433
 434     // -- validation code for: _graphHeight
 435     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 436     { // -- local scope
 437       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 438       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 439       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 440       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 441       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 442     }
 443     desc.setValidator(fieldValidator);
 444     // -- _id
 445     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 446             java.lang.String.class, "_id", "id",
 447             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 448     desc.setImmutable(true);
 449     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 450     {
 451       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 452               throws IllegalStateException
 453       {
 454         Annotation target = (Annotation) object;
 455         return target.getId();
 456       }
 457
 458       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 459               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 460       {
 461         try
 462         {
 463           Annotation target = (Annotation) object;
 464           target.setId((java.lang.String) value);
 465         } catch (java.lang.Exception ex)
 466         {
 467           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 468         }
 469       }
 470
 471       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 472       {
 473         return null;
 474       }
 475     };
 476     desc.setHandler(handler);
 477     desc.setMultivalued(false);
 478     addFieldDescriptor(desc);
 479
 480     // -- validation code for: _id
 481     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 482     { // -- local scope
 483       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 484       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 485       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 486       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 487     }
 488     desc.setValidator(fieldValidator);
 489     // -- _scoreOnly
 490     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 491             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",
 492             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 493     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 494     {
 495       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 496               throws IllegalStateException
 497       {
 498         Annotation target = (Annotation) object;
 499         if (!target.hasScoreOnly())
 500         {
 501           return null;
 502         }
 503         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE
 504                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 505       }
 506
 507       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 508               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 509       {
 510         try
 511         {
 512           Annotation target = (Annotation) object;
 513           // if null, use delete method for optional primitives
 514           if (value == null)
 515           {
 516             target.deleteScoreOnly();
 517             return;
 518           }
 519           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 520         } catch (java.lang.Exception ex)
 521         {
 522           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 523         }
 524       }
 525
 526       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 527       {
 528         return null;
 529       }
 530     };
 531     desc.setHandler(handler);
 532     desc.setMultivalued(false);
 533     addFieldDescriptor(desc);
 534
 535     // -- validation code for: _scoreOnly
 536     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 537     { // -- local scope
 538       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 539       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 540       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 541     }
 542     desc.setValidator(fieldValidator);
 543     // -- _score
 544     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 545             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",
 546             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 547     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 548     {
 549       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 550               throws IllegalStateException
 551       {
 552         Annotation target = (Annotation) object;
 553         if (!target.hasScore())
 554         {
 555           return null;
 556         }
 557         return new java.lang.Double(target.getScore());
 558       }
 559
 560       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 561               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 562       {
 563         try
 564         {
 565           Annotation target = (Annotation) object;
 566           // if null, use delete method for optional primitives
 567           if (value == null)
 568           {
 569             target.deleteScore();
 570             return;
 571           }
 572           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());
 573         } catch (java.lang.Exception ex)
 574         {
 575           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 576         }
 577       }
 578
 579       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 580       {
 581         return null;
 582       }
 583     };
 584     desc.setHandler(handler);
 585     desc.setMultivalued(false);
 586     addFieldDescriptor(desc);
 587
 588     // -- validation code for: _score
 589     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 590     { // -- local scope
 591       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;
 592       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();
 593       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 594       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);
 595       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);
 596     }
 597     desc.setValidator(fieldValidator);
 598     // -- _visible
 599     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 600             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",
 601             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 602     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 603     {
 604       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 605               throws IllegalStateException
 606       {
 607         Annotation target = (Annotation) object;
 608         if (!target.hasVisible())
 609         {
 610           return null;
 611         }
 612         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE
 613                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 614       }
 615
 616       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 617               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 618       {
 619         try
 620         {
 621           Annotation target = (Annotation) object;
 622           // if null, use delete method for optional primitives
 623           if (value == null)
 624           {
 625             target.deleteVisible();
 626             return;
 627           }
 628           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 629         } catch (java.lang.Exception ex)
 630         {
 631           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 632         }
 633       }
 634
 635       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 636       {
 637         return null;
 638       }
 639     };
 640     desc.setHandler(handler);
 641     desc.setMultivalued(false);
 642     addFieldDescriptor(desc);
 643
 644     // -- validation code for: _visible
 645     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 646     { // -- local scope
 647       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 648       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 649       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 650     }
 651     desc.setValidator(fieldValidator);
 652     // -- _centreColLabels
 653     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 654             java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",
 655             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 656     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 657     {
 658       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 659               throws IllegalStateException
 660       {
 661         Annotation target = (Annotation) object;
 662         if (!target.hasCentreColLabels())
 663         {
 664           return null;
 665         }
 666         return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 667                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 668       }
 669
 670       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 671               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 672       {
 673         try
 674         {
 675           Annotation target = (Annotation) object;
 676           // if null, use delete method for optional primitives
 677           if (value == null)
 678           {
 679             target.deleteCentreColLabels();
 680             return;
 681           }
 682           target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 683                   .booleanValue());
 684         } catch (java.lang.Exception ex)
 685         {
 686           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 687         }
 688       }
 689
 690       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 691       {
 692         return null;
 693       }
 694     };
 695     desc.setHandler(handler);
 696     desc.setMultivalued(false);
 697     addFieldDescriptor(desc);
 698
 699     // -- validation code for: _centreColLabels
 700     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 701     { // -- local scope
 702       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 703       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 704       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 705     }
 706     desc.setValidator(fieldValidator);
 707     // -- _scaleColLabels
 708     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 709             java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",
 710             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 711     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 712     {
 713       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 714               throws IllegalStateException
 715       {
 716         Annotation target = (Annotation) object;
 717         if (!target.hasScaleColLabels())
 718         {
 719           return null;
 720         }
 721         return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 722                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 723       }
 724
 725       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 726               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 727       {
 728         try
 729         {
 730           Annotation target = (Annotation) object;
 731           // if null, use delete method for optional primitives
 732           if (value == null)
 733           {
 734             target.deleteScaleColLabels();
 735             return;
 736           }
 737           target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 738                   .booleanValue());
 739         } catch (java.lang.Exception ex)
 740         {
 741           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 742         }
 743       }
 744
 745       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 746       {
 747         return null;
 748       }
 749     };
 750     desc.setHandler(handler);
 751     desc.setMultivalued(false);
 752     addFieldDescriptor(desc);
 753
 754     // -- validation code for: _scaleColLabels
 755     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 756     { // -- local scope
 757       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 758       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 759       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 760     }
 761     desc.setValidator(fieldValidator);
 762     // -- _showAllColLabels
 763     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 764             java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",
 765             "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 766     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 767     {
 768       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 769               throws IllegalStateException
 770       {
 771         Annotation target = (Annotation) object;
 772         if (!target.hasShowAllColLabels())
 773         {
 774           return null;
 775         }
 776         return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 777                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 778       }
 779
 780       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 781               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 782       {
 783         try
 784         {
 785           Annotation target = (Annotation) object;
 786           // if null, use delete method for optional primitives
 787           if (value == null)
 788           {
 789             target.deleteShowAllColLabels();
 790             return;
 791           }
 792           target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 793                   .booleanValue());
 794         } catch (java.lang.Exception ex)
 795         {
 796           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 797         }
 798       }
 799
 800       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 801       {
 802         return null;
 803       }
 804     };
 805     desc.setHandler(handler);
 806     desc.setMultivalued(false);
 807     addFieldDescriptor(desc);
 808
 809     // -- validation code for: _showAllColLabels
 810     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 811     { // -- local scope
 812       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 813       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 814       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 815     }
 816     desc.setValidator(fieldValidator);
 817     // -- _autoCalculated
 818     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 819             java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",
 820             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 821     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 822     {
 823       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 824               throws IllegalStateException
 825       {
 826         Annotation target = (Annotation) object;
 827         if (!target.hasAutoCalculated())
 828         {
 829           return null;
 830         }
 831         return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE
 832                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 833       }
 834
 835       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 836               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 837       {
 838         try
 839         {
 840           Annotation target = (Annotation) object;
 841           // if null, use delete method for optional primitives
 842           if (value == null)
 843           {
 844             target.deleteAutoCalculated();
 845             return;
 846           }
 847           target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)
 848                   .booleanValue());
 849         } catch (java.lang.Exception ex)
 850         {
 851           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 852         }
 853       }
 854
 855       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 856       {
 857         return null;
 858       }
 859     };
 860     desc.setHandler(handler);
 861     desc.setMultivalued(false);
 862     addFieldDescriptor(desc);
 863
 864     // -- validation code for: _autoCalculated
 865     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 866     { // -- local scope
 867       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 868       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 869       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 870     }
 871     desc.setValidator(fieldValidator);
 872     // -- _belowAlignment
 873     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 874             java.lang.Boolean.TYPE, "_belowAlignment", "belowAlignment",
 875             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 876     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 877     {
 878       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 879               throws IllegalStateException
 880       {
 881         Annotation target = (Annotation) object;
 882         if (!target.hasBelowAlignment())
 883         {
 884           return null;
 885         }
 886         return (target.getBelowAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE
 887                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 888       }
 889
 890       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 891               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 892       {
 893         try
 894         {
 895           Annotation target = (Annotation) object;
 896           // if null, use delete method for optional primitives
 897           if (value == null)
 898           {
 899             target.deleteBelowAlignment();
 900             return;
 901           }
 902           target.setBelowAlignment(((java.lang.Boolean) value)
 903                   .booleanValue());
 904         } catch (java.lang.Exception ex)
 905         {
 906           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 907         }
 908       }
 909
 910       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 911       {
 912         return null;
 913       }
 914     };
 915     desc.setHandler(handler);
 916     desc.setMultivalued(false);
 917     addFieldDescriptor(desc);
 918
 919     // -- validation code for: _belowAlignment
 920     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 921     { // -- local scope
 922       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 923       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 924       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 925     }
 926     desc.setValidator(fieldValidator);
 927     // -- _calcId
 928     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 929             java.lang.String.class, "_calcId", "calcId",
 930             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 931     desc.setImmutable(true);
 932     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 933     {
 934       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 935               throws IllegalStateException
 936       {
 937         Annotation target = (Annotation) object;
 938         return target.getCalcId();
 939       }
 940
 941       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 942               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 943       {
 944         try
 945         {
 946           Annotation target = (Annotation) object;
 947           target.setCalcId((java.lang.String) value);
 948         } catch (java.lang.Exception ex)
 949         {
 950           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 951         }
 952       }
 953
 954       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 955       {
 956         return null;
 957       }
 958     };
 959     desc.setHandler(handler);
 960     desc.setMultivalued(false);
 961     addFieldDescriptor(desc);
 962
 963     // -- validation code for: _calcId
 964     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 965     { // -- local scope
 966       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 967       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 968       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 969       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 970     }
 971     desc.setValidator(fieldValidator);
 972     // -- initialize element descriptors
 973
 974     // -- _annotationElementList
 975     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 976             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,
 977             "_annotationElementList", "annotationElement",
 978             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 979     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 980     {
 981       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 982               throws IllegalStateException
 983       {
 984         Annotation target = (Annotation) object;
 985         return target.getAnnotationElement();
 986       }
 987
 988       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 989               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 990       {
 991         try
 992         {
 993           Annotation target = (Annotation) object;
 994           target.addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);
 995         } catch (java.lang.Exception ex)
 996         {
 997           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 998         }
 999       }
1000
1001       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1002               IllegalArgumentException
1003       {
1004         try
1005         {
1006           Annotation target = (Annotation) object;
1007           target.removeAllAnnotationElement();
1008         } catch (java.lang.Exception ex)
1009         {
1010           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1011         }
1012       }
1013
1014       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1015       {
1016         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();
1017       }
1018     };
1019     desc.setHandler(handler);
1020     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1021     desc.setMultivalued(true);
1022     addFieldDescriptor(desc);
1023
1024     // -- validation code for: _annotationElementList
1025     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1026     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1027     { // -- local scope
1028     }
1029     desc.setValidator(fieldValidator);
1030     // -- _label
1031     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1032             java.lang.String.class, "_label", "label",
1033             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1034     desc.setImmutable(true);
1035     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1036     {
1037       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1038               throws IllegalStateException
1039       {
1040         Annotation target = (Annotation) object;
1041         return target.getLabel();
1042       }
1043
1044       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1045               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1046       {
1047         try
1048         {
1049           Annotation target = (Annotation) object;
1050           target.setLabel((java.lang.String) value);
1051         } catch (java.lang.Exception ex)
1052         {
1053           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1054         }
1055       }
1056
1057       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1058       {
1059         return null;
1060       }
1061     };
1062     desc.setHandler(handler);
1063     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1064     desc.setRequired(true);
1065     desc.setMultivalued(false);
1066     addFieldDescriptor(desc);
1067
1068     // -- validation code for: _label
1069     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1070     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1071     { // -- local scope
1072       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1073       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1074       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1075       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1076     }
1077     desc.setValidator(fieldValidator);
1078     // -- _description
1079     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1080             java.lang.String.class, "_description", "description",
1081             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1082     desc.setImmutable(true);
1083     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1084     {
1085       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1086               throws IllegalStateException
1087       {
1088         Annotation target = (Annotation) object;
1089         return target.getDescription();
1090       }
1091
1092       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1093               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1094       {
1095         try
1096         {
1097           Annotation target = (Annotation) object;
1098           target.setDescription((java.lang.String) value);
1099         } catch (java.lang.Exception ex)
1100         {
1101           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1102         }
1103       }
1104
1105       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1106       {
1107         return null;
1108       }
1109     };
1110     desc.setHandler(handler);
1111     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1112     desc.setMultivalued(false);
1113     addFieldDescriptor(desc);
1114
1115     // -- validation code for: _description
1116     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1117     { // -- local scope
1118       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1119       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1120       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1121       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1122     }
1123     desc.setValidator(fieldValidator);
1124     // -- _thresholdLine
1125     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1126             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,
1127             "_thresholdLine", "thresholdLine",
1128             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1129     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1130     {
1131       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1132               throws IllegalStateException
1133       {
1134         Annotation target = (Annotation) object;
1135         return target.getThresholdLine();
1136       }
1137
1138       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1139               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1140       {
1141         try
1142         {
1143           Annotation target = (Annotation) object;
1144           target.setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);
1145         } catch (java.lang.Exception ex)
1146         {
1147           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1148         }
1149       }
1150
1151       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1152       {
1153         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();
1154       }
1155     };
1156     desc.setHandler(handler);
1157     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1158     desc.setMultivalued(false);
1159     addFieldDescriptor(desc);
1160
1161     // -- validation code for: _thresholdLine
1162     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1163     { // -- local scope
1164     }
1165     desc.setValidator(fieldValidator);
1166   }
1167
1168   // -----------/
1169   // - Methods -/
1170   // -----------/
1171
1172   /**
1173    * Method getAccessMode.
1174    *
1175    * @return the access mode specified for this class.
1176    */
1177   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1178   {
1179     return null;
1180   }
1181
1182   /**
1183    * Method getIdentity.
1184    *
1185    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1186    */
1187   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1188   {
1189     return super.getIdentity();
1190   }
1191
1192   /**
1193    * Method getJavaClass.
1194    *
1195    * @return the Java class represented by this descriptor.
1196    */
1197   public java.lang.Class getJavaClass()
1198   {
1199     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;
1200   }
1201
1202   /**
1203    * Method getNameSpacePrefix.
1204    *
1205    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1206    */
1207   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1208   {
1209     return _nsPrefix;
1210   }
1211
1212   /**
1213    * Method getNameSpaceURI.
1214    *
1215    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1216    */
1217   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1218   {
1219     return _nsURI;
1220   }
1221
1222   /**
1223    * Method getValidator.
1224    *
1225    * @return a specific validator for the class described by this
1226    *         ClassDescriptor.
1227    */
1228   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1229   {
1230     return this;
1231   }
1232
1233   /**
1234    * Method getXMLName.
1235    *
1236    * @return the XML Name for the Class being described.
1237    */
1238   public java.lang.String getXMLName()
1239   {
1240     return _xmlName;
1241   }
1242
1243   /**
1244    * Method isElementDefinition.
1245    *
1246    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1247    *         element or element with anonymous type definition.
1248    */
1249   public boolean isElementDefinition()
1250   {
1251     return _elementDefinition;
1252   }
1253
1254 }