src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  15
  16 /**
  17  * Class AnnotationDescriptor.
  18  *
  19  * @version $Revision$ $Date$
  20  */
  21 public class AnnotationDescriptor extends
  22         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _elementDefinition.
  31    */
  32   private boolean _elementDefinition;
  33
  34   /**
  35    * Field _nsPrefix.
  36    */
  37   private java.lang.String _nsPrefix;
  38
  39   /**
  40    * Field _nsURI.
  41    */
  42   private java.lang.String _nsURI;
  43
  44   /**
  45    * Field _xmlName.
  46    */
  47   private java.lang.String _xmlName;
  48
  49   // ----------------/
  50   // - Constructors -/
  51   // ----------------/
  52
  53   public AnnotationDescriptor()
  54   {
  55     super();
  56     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  57     _xmlName = "Annotation";
  58     _elementDefinition = true;
  59
  60     // -- set grouping compositor
  61     setCompositorAsSequence();
  62     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  63     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  64     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  65     // -- initialize attribute descriptors
  66
  67     // -- _graph
  68     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  69             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",
  70             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  71     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  72     {
  73       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  74               throws IllegalStateException
  75       {
  76         Annotation target = (Annotation) object;
  77         if (!target.hasGraph())
  78         {
  79           return null;
  80         }
  81         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE
  82                 : java.lang.Boolean.FALSE);
  83       }
  84
  85       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  86               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  87       {
  88         try
  89         {
  90           Annotation target = (Annotation) object;
  91           // ignore null values for non optional primitives
  92           if (value == null)
  93           {
  94             return;
  95           }
  96
  97           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
  98         } catch (java.lang.Exception ex)
  99         {
 100           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 101         }
 102       }
 103
 104       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 105       {
 106         return null;
 107       }
 108     };
 109     desc.setHandler(handler);
 110     desc.setRequired(true);
 111     desc.setMultivalued(false);
 112     addFieldDescriptor(desc);
 113
 114     // -- validation code for: _graph
 115     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 116     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 117     { // -- local scope
 118       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 119       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 120       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 121     }
 122     desc.setValidator(fieldValidator);
 123     // -- _graphType
 124     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 125             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",
 126             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 127     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 128     {
 129       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 130               throws IllegalStateException
 131       {
 132         Annotation target = (Annotation) object;
 133         if (!target.hasGraphType())
 134         {
 135           return null;
 136         }
 137         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());
 138       }
 139
 140       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 141               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 142       {
 143         try
 144         {
 145           Annotation target = (Annotation) object;
 146           // if null, use delete method for optional primitives
 147           if (value == null)
 148           {
 149             target.deleteGraphType();
 150             return;
 151           }
 152           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());
 153         } catch (java.lang.Exception ex)
 154         {
 155           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 156         }
 157       }
 158
 159       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 160       {
 161         return null;
 162       }
 163     };
 164     desc.setHandler(handler);
 165     desc.setMultivalued(false);
 166     addFieldDescriptor(desc);
 167
 168     // -- validation code for: _graphType
 169     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 170     { // -- local scope
 171       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 172       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 173       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 174       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 175       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 176     }
 177     desc.setValidator(fieldValidator);
 178     // -- _sequenceRef
 179     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 180             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",
 181             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 182     desc.setImmutable(true);
 183     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 184     {
 185       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 186               throws IllegalStateException
 187       {
 188         Annotation target = (Annotation) object;
 189         return target.getSequenceRef();
 190       }
 191
 192       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 193               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 194       {
 195         try
 196         {
 197           Annotation target = (Annotation) object;
 198           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);
 199         } catch (java.lang.Exception ex)
 200         {
 201           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 202         }
 203       }
 204
 205       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 206       {
 207         return null;
 208       }
 209     };
 210     desc.setHandler(handler);
 211     desc.setMultivalued(false);
 212     addFieldDescriptor(desc);
 213
 214     // -- validation code for: _sequenceRef
 215     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 216     { // -- local scope
 217       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 218       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 219       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 220       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 221     }
 222     desc.setValidator(fieldValidator);
 223     // -- _groupRef
 224     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 225             java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",
 226             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 227     desc.setImmutable(true);
 228     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 229     {
 230       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 231               throws IllegalStateException
 232       {
 233         Annotation target = (Annotation) object;
 234         return target.getGroupRef();
 235       }
 236
 237       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 238               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 239       {
 240         try
 241         {
 242           Annotation target = (Annotation) object;
 243           target.setGroupRef((java.lang.String) value);
 244         } catch (java.lang.Exception ex)
 245         {
 246           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 247         }
 248       }
 249
 250       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 251       {
 252         return null;
 253       }
 254     };
 255     desc.setHandler(handler);
 256     desc.setMultivalued(false);
 257     addFieldDescriptor(desc);
 258
 259     // -- validation code for: _groupRef
 260     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 261     { // -- local scope
 262       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 263       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 264       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 265       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 266     }
 267     desc.setValidator(fieldValidator);
 268     // -- _graphColour
 269     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 270             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",
 271             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 272     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 273     {
 274       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 275               throws IllegalStateException
 276       {
 277         Annotation target = (Annotation) object;
 278         if (!target.hasGraphColour())
 279         {
 280           return null;
 281         }
 282         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());
 283       }
 284
 285       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 286               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 287       {
 288         try
 289         {
 290           Annotation target = (Annotation) object;
 291           // if null, use delete method for optional primitives
 292           if (value == null)
 293           {
 294             target.deleteGraphColour();
 295             return;
 296           }
 297           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 298         } catch (java.lang.Exception ex)
 299         {
 300           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 301         }
 302       }
 303
 304       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 305       {
 306         return null;
 307       }
 308     };
 309     desc.setHandler(handler);
 310     desc.setMultivalued(false);
 311     addFieldDescriptor(desc);
 312
 313     // -- validation code for: _graphColour
 314     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 315     { // -- local scope
 316       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 317       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 318       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 319       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 320       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 321     }
 322     desc.setValidator(fieldValidator);
 323     // -- _graphGroup
 324     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 325             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",
 326             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 327     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 328     {
 329       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 330               throws IllegalStateException
 331       {
 332         Annotation target = (Annotation) object;
 333         if (!target.hasGraphGroup())
 334         {
 335           return null;
 336         }
 337         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());
 338       }
 339
 340       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 341               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 342       {
 343         try
 344         {
 345           Annotation target = (Annotation) object;
 346           // if null, use delete method for optional primitives
 347           if (value == null)
 348           {
 349             target.deleteGraphGroup();
 350             return;
 351           }
 352           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());
 353         } catch (java.lang.Exception ex)
 354         {
 355           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 356         }
 357       }
 358
 359       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 360       {
 361         return null;
 362       }
 363     };
 364     desc.setHandler(handler);
 365     desc.setMultivalued(false);
 366     addFieldDescriptor(desc);
 367
 368     // -- validation code for: _graphGroup
 369     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 370     { // -- local scope
 371       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 372       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 373       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 374       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 375       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 376     }
 377     desc.setValidator(fieldValidator);
 378     // -- _graphHeight
 379     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 380             java.lang.Integer.TYPE, "_graphHeight", "graphHeight",
 381             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 382     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 383     {
 384       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 385               throws IllegalStateException
 386       {
 387         Annotation target = (Annotation) object;
 388         if (!target.hasGraphHeight())
 389         {
 390           return null;
 391         }
 392         return new java.lang.Integer(target.getGraphHeight());
 393       }
 394
 395       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 396               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 397       {
 398         try
 399         {
 400           Annotation target = (Annotation) object;
 401           // if null, use delete method for optional primitives
 402           if (value == null)
 403           {
 404             target.deleteGraphHeight();
 405             return;
 406           }
 407           target.setGraphHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 408         } catch (java.lang.Exception ex)
 409         {
 410           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 411         }
 412       }
 413
 414       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 415       {
 416         return null;
 417       }
 418     };
 419     desc.setHandler(handler);
 420     desc.setMultivalued(false);
 421     addFieldDescriptor(desc);
 422
 423     // -- validation code for: _graphHeight
 424     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 425     { // -- local scope
 426       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 427       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 428       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 429       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 430       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 431     }
 432     desc.setValidator(fieldValidator);
 433     // -- _id
 434     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 435             java.lang.String.class, "_id", "id",
 436             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 437     desc.setImmutable(true);
 438     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 439     {
 440       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 441               throws IllegalStateException
 442       {
 443         Annotation target = (Annotation) object;
 444         return target.getId();
 445       }
 446
 447       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 448               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 449       {
 450         try
 451         {
 452           Annotation target = (Annotation) object;
 453           target.setId((java.lang.String) value);
 454         } catch (java.lang.Exception ex)
 455         {
 456           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 457         }
 458       }
 459
 460       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 461       {
 462         return null;
 463       }
 464     };
 465     desc.setHandler(handler);
 466     desc.setMultivalued(false);
 467     addFieldDescriptor(desc);
 468
 469     // -- validation code for: _id
 470     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 471     { // -- local scope
 472       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 473       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 474       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 475       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 476     }
 477     desc.setValidator(fieldValidator);
 478     // -- _scoreOnly
 479     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 480             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",
 481             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 482     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 483     {
 484       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 485               throws IllegalStateException
 486       {
 487         Annotation target = (Annotation) object;
 488         if (!target.hasScoreOnly())
 489         {
 490           return null;
 491         }
 492         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE
 493                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 494       }
 495
 496       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 497               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 498       {
 499         try
 500         {
 501           Annotation target = (Annotation) object;
 502           // if null, use delete method for optional primitives
 503           if (value == null)
 504           {
 505             target.deleteScoreOnly();
 506             return;
 507           }
 508           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 509         } catch (java.lang.Exception ex)
 510         {
 511           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 512         }
 513       }
 514
 515       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 516       {
 517         return null;
 518       }
 519     };
 520     desc.setHandler(handler);
 521     desc.setMultivalued(false);
 522     addFieldDescriptor(desc);
 523
 524     // -- validation code for: _scoreOnly
 525     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 526     { // -- local scope
 527       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 528       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 529       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 530     }
 531     desc.setValidator(fieldValidator);
 532     // -- _score
 533     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 534             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",
 535             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 536     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 537     {
 538       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 539               throws IllegalStateException
 540       {
 541         Annotation target = (Annotation) object;
 542         if (!target.hasScore())
 543         {
 544           return null;
 545         }
 546         return new java.lang.Double(target.getScore());
 547       }
 548
 549       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 550               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 551       {
 552         try
 553         {
 554           Annotation target = (Annotation) object;
 555           // if null, use delete method for optional primitives
 556           if (value == null)
 557           {
 558             target.deleteScore();
 559             return;
 560           }
 561           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());
 562         } catch (java.lang.Exception ex)
 563         {
 564           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 565         }
 566       }
 567
 568       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 569       {
 570         return null;
 571       }
 572     };
 573     desc.setHandler(handler);
 574     desc.setMultivalued(false);
 575     addFieldDescriptor(desc);
 576
 577     // -- validation code for: _score
 578     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 579     { // -- local scope
 580       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;
 581       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();
 582       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 583       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);
 584       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);
 585     }
 586     desc.setValidator(fieldValidator);
 587     // -- _visible
 588     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 589             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",
 590             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 591     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 592     {
 593       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 594               throws IllegalStateException
 595       {
 596         Annotation target = (Annotation) object;
 597         if (!target.hasVisible())
 598         {
 599           return null;
 600         }
 601         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE
 602                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 603       }
 604
 605       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 606               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 607       {
 608         try
 609         {
 610           Annotation target = (Annotation) object;
 611           // if null, use delete method for optional primitives
 612           if (value == null)
 613           {
 614             target.deleteVisible();
 615             return;
 616           }
 617           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 618         } catch (java.lang.Exception ex)
 619         {
 620           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 621         }
 622       }
 623
 624       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 625       {
 626         return null;
 627       }
 628     };
 629     desc.setHandler(handler);
 630     desc.setMultivalued(false);
 631     addFieldDescriptor(desc);
 632
 633     // -- validation code for: _visible
 634     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 635     { // -- local scope
 636       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 637       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 638       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 639     }
 640     desc.setValidator(fieldValidator);
 641     // -- _centreColLabels
 642     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 643             java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",
 644             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 645     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 646     {
 647       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 648               throws IllegalStateException
 649       {
 650         Annotation target = (Annotation) object;
 651         if (!target.hasCentreColLabels())
 652         {
 653           return null;
 654         }
 655         return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 656                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 657       }
 658
 659       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 660               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 661       {
 662         try
 663         {
 664           Annotation target = (Annotation) object;
 665           // if null, use delete method for optional primitives
 666           if (value == null)
 667           {
 668             target.deleteCentreColLabels();
 669             return;
 670           }
 671           target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 672                   .booleanValue());
 673         } catch (java.lang.Exception ex)
 674         {
 675           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 676         }
 677       }
 678
 679       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 680       {
 681         return null;
 682       }
 683     };
 684     desc.setHandler(handler);
 685     desc.setMultivalued(false);
 686     addFieldDescriptor(desc);
 687
 688     // -- validation code for: _centreColLabels
 689     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 690     { // -- local scope
 691       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 692       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 693       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 694     }
 695     desc.setValidator(fieldValidator);
 696     // -- _scaleColLabels
 697     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 698             java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",
 699             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 700     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 701     {
 702       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 703               throws IllegalStateException
 704       {
 705         Annotation target = (Annotation) object;
 706         if (!target.hasScaleColLabels())
 707         {
 708           return null;
 709         }
 710         return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 711                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 712       }
 713
 714       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 715               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 716       {
 717         try
 718         {
 719           Annotation target = (Annotation) object;
 720           // if null, use delete method for optional primitives
 721           if (value == null)
 722           {
 723             target.deleteScaleColLabels();
 724             return;
 725           }
 726           target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 727                   .booleanValue());
 728         } catch (java.lang.Exception ex)
 729         {
 730           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 731         }
 732       }
 733
 734       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 735       {
 736         return null;
 737       }
 738     };
 739     desc.setHandler(handler);
 740     desc.setMultivalued(false);
 741     addFieldDescriptor(desc);
 742
 743     // -- validation code for: _scaleColLabels
 744     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 745     { // -- local scope
 746       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 747       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 748       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 749     }
 750     desc.setValidator(fieldValidator);
 751     // -- _showAllColLabels
 752     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 753             java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",
 754             "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 755     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 756     {
 757       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 758               throws IllegalStateException
 759       {
 760         Annotation target = (Annotation) object;
 761         if (!target.hasShowAllColLabels())
 762         {
 763           return null;
 764         }
 765         return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 766                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 767       }
 768
 769       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 770               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 771       {
 772         try
 773         {
 774           Annotation target = (Annotation) object;
 775           // if null, use delete method for optional primitives
 776           if (value == null)
 777           {
 778             target.deleteShowAllColLabels();
 779             return;
 780           }
 781           target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 782                   .booleanValue());
 783         } catch (java.lang.Exception ex)
 784         {
 785           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 786         }
 787       }
 788
 789       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 790       {
 791         return null;
 792       }
 793     };
 794     desc.setHandler(handler);
 795     desc.setMultivalued(false);
 796     addFieldDescriptor(desc);
 797
 798     // -- validation code for: _showAllColLabels
 799     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 800     { // -- local scope
 801       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 802       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 803       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 804     }
 805     desc.setValidator(fieldValidator);
 806     // -- _autoCalculated
 807     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 808             java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",
 809             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 810     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 811     {
 812       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 813               throws IllegalStateException
 814       {
 815         Annotation target = (Annotation) object;
 816         if (!target.hasAutoCalculated())
 817         {
 818           return null;
 819         }
 820         return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE
 821                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 822       }
 823
 824       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 825               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 826       {
 827         try
 828         {
 829           Annotation target = (Annotation) object;
 830           // if null, use delete method for optional primitives
 831           if (value == null)
 832           {
 833             target.deleteAutoCalculated();
 834             return;
 835           }
 836           target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)
 837                   .booleanValue());
 838         } catch (java.lang.Exception ex)
 839         {
 840           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 841         }
 842       }
 843
 844       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 845       {
 846         return null;
 847       }
 848     };
 849     desc.setHandler(handler);
 850     desc.setMultivalued(false);
 851     addFieldDescriptor(desc);
 852
 853     // -- validation code for: _autoCalculated
 854     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 855     { // -- local scope
 856       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 857       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 858       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 859     }
 860     desc.setValidator(fieldValidator);
 861     // -- _belowAlignment
 862     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 863             java.lang.Boolean.TYPE, "_belowAlignment", "belowAlignment",
 864             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 865     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 866     {
 867       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 868               throws IllegalStateException
 869       {
 870         Annotation target = (Annotation) object;
 871         if (!target.hasBelowAlignment())
 872         {
 873           return null;
 874         }
 875         return (target.getBelowAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE
 876                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 877       }
 878
 879       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 880               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 881       {
 882         try
 883         {
 884           Annotation target = (Annotation) object;
 885           // if null, use delete method for optional primitives
 886           if (value == null)
 887           {
 888             target.deleteBelowAlignment();
 889             return;
 890           }
 891           target.setBelowAlignment(((java.lang.Boolean) value)
 892                   .booleanValue());
 893         } catch (java.lang.Exception ex)
 894         {
 895           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 896         }
 897       }
 898
 899       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 900       {
 901         return null;
 902       }
 903     };
 904     desc.setHandler(handler);
 905     desc.setMultivalued(false);
 906     addFieldDescriptor(desc);
 907
 908     // -- validation code for: _belowAlignment
 909     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 910     { // -- local scope
 911       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 912       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 913       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 914     }
 915     desc.setValidator(fieldValidator);
 916     // -- _calcId
 917     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 918             java.lang.String.class, "_calcId", "calcId",
 919             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 920     desc.setImmutable(true);
 921     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 922     {
 923       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 924               throws IllegalStateException
 925       {
 926         Annotation target = (Annotation) object;
 927         return target.getCalcId();
 928       }
 929
 930       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 931               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 932       {
 933         try
 934         {
 935           Annotation target = (Annotation) object;
 936           target.setCalcId((java.lang.String) value);
 937         } catch (java.lang.Exception ex)
 938         {
 939           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 940         }
 941       }
 942
 943       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 944       {
 945         return null;
 946       }
 947     };
 948     desc.setHandler(handler);
 949     desc.setMultivalued(false);
 950     addFieldDescriptor(desc);
 951
 952     // -- validation code for: _calcId
 953     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 954     { // -- local scope
 955       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 956       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 957       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 958       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 959     }
 960     desc.setValidator(fieldValidator);
 961     // -- initialize element descriptors
 962
 963     // -- _annotationElementList
 964     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 965             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,
 966             "_annotationElementList", "annotationElement",
 967             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 968     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 969     {
 970       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 971               throws IllegalStateException
 972       {
 973         Annotation target = (Annotation) object;
 974         return target.getAnnotationElement();
 975       }
 976
 977       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 978               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 979       {
 980         try
 981         {
 982           Annotation target = (Annotation) object;
 983           target.addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);
 984         } catch (java.lang.Exception ex)
 985         {
 986           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 987         }
 988       }
 989
 990       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 991               IllegalArgumentException
 992       {
 993         try
 994         {
 995           Annotation target = (Annotation) object;
 996           target.removeAllAnnotationElement();
 997         } catch (java.lang.Exception ex)
 998         {
 999           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1000         }
1001       }
1002
1003       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1004       {
1005         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();
1006       }
1007     };
1008     desc.setHandler(handler);
1009     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1010     desc.setMultivalued(true);
1011     addFieldDescriptor(desc);
1012
1013     // -- validation code for: _annotationElementList
1014     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1015     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1016     { // -- local scope
1017     }
1018     desc.setValidator(fieldValidator);
1019     // -- _label
1020     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1021             java.lang.String.class, "_label", "label",
1022             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1023     desc.setImmutable(true);
1024     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1025     {
1026       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1027               throws IllegalStateException
1028       {
1029         Annotation target = (Annotation) object;
1030         return target.getLabel();
1031       }
1032
1033       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1034               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1035       {
1036         try
1037         {
1038           Annotation target = (Annotation) object;
1039           target.setLabel((java.lang.String) value);
1040         } catch (java.lang.Exception ex)
1041         {
1042           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1043         }
1044       }
1045
1046       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1047       {
1048         return null;
1049       }
1050     };
1051     desc.setHandler(handler);
1052     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1053     desc.setRequired(true);
1054     desc.setMultivalued(false);
1055     addFieldDescriptor(desc);
1056
1057     // -- validation code for: _label
1058     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1059     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1060     { // -- local scope
1061       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1062       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1063       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1064       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1065     }
1066     desc.setValidator(fieldValidator);
1067     // -- _description
1068     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1069             java.lang.String.class, "_description", "description",
1070             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1071     desc.setImmutable(true);
1072     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1073     {
1074       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1075               throws IllegalStateException
1076       {
1077         Annotation target = (Annotation) object;
1078         return target.getDescription();
1079       }
1080
1081       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1082               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1083       {
1084         try
1085         {
1086           Annotation target = (Annotation) object;
1087           target.setDescription((java.lang.String) value);
1088         } catch (java.lang.Exception ex)
1089         {
1090           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1091         }
1092       }
1093
1094       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1095       {
1096         return null;
1097       }
1098     };
1099     desc.setHandler(handler);
1100     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1101     desc.setMultivalued(false);
1102     addFieldDescriptor(desc);
1103
1104     // -- validation code for: _description
1105     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1106     { // -- local scope
1107       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1108       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1109       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1110       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1111     }
1112     desc.setValidator(fieldValidator);
1113     // -- _thresholdLine
1114     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1115             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,
1116             "_thresholdLine", "thresholdLine",
1117             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1118     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1119     {
1120       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1121               throws IllegalStateException
1122       {
1123         Annotation target = (Annotation) object;
1124         return target.getThresholdLine();
1125       }
1126
1127       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1128               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1129       {
1130         try
1131         {
1132           Annotation target = (Annotation) object;
1133           target.setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);
1134         } catch (java.lang.Exception ex)
1135         {
1136           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1137         }
1138       }
1139
1140       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1141       {
1142         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();
1143       }
1144     };
1145     desc.setHandler(handler);
1146     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1147     desc.setMultivalued(false);
1148     addFieldDescriptor(desc);
1149
1150     // -- validation code for: _thresholdLine
1151     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1152     { // -- local scope
1153     }
1154     desc.setValidator(fieldValidator);
1155     // -- _propertyList
1156     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1157             jalview.schemabinding.version2.Property.class, "_propertyList",
1158             "property", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1159     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1160     {
1161       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1162               throws IllegalStateException
1163       {
1164         Annotation target = (Annotation) object;
1165         return target.getProperty();
1166       }
1167
1168       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1169               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1170       {
1171         try
1172         {
1173           Annotation target = (Annotation) object;
1174           target.addProperty((jalview.schemabinding.version2.Property) value);
1175         } catch (java.lang.Exception ex)
1176         {
1177           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1178         }
1179       }
1180
1181       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1182               IllegalArgumentException
1183       {
1184         try
1185         {
1186           Annotation target = (Annotation) object;
1187           target.removeAllProperty();
1188         } catch (java.lang.Exception ex)
1189         {
1190           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1191         }
1192       }
1193
1194       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1195       {
1196         return new jalview.schemabinding.version2.Property();
1197       }
1198     };
1199     desc.setHandler(handler);
1200     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1201     desc.setMultivalued(true);
1202     addFieldDescriptor(desc);
1203
1204     // -- validation code for: _propertyList
1205     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1206     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1207     { // -- local scope
1208     }
1209     desc.setValidator(fieldValidator);
1210   }
1211
1212   // -----------/
1213   // - Methods -/
1214   // -----------/
1215
1216   /**
1217    * Method getAccessMode.
1218    *
1219    * @return the access mode specified for this class.
1220    */
1221   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1222   {
1223     return null;
1224   }
1225
1226   /**
1227    * Method getIdentity.
1228    *
1229    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1230    */
1231   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1232   {
1233     return super.getIdentity();
1234   }
1235
1236   /**
1237    * Method getJavaClass.
1238    *
1239    * @return the Java class represented by this descriptor.
1240    */
1241   public java.lang.Class getJavaClass()
1242   {
1243     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;
1244   }
1245
1246   /**
1247    * Method getNameSpacePrefix.
1248    *
1249    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1250    */
1251   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1252   {
1253     return _nsPrefix;
1254   }
1255
1256   /**
1257    * Method getNameSpaceURI.
1258    *
1259    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1260    */
1261   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1262   {
1263     return _nsURI;
1264   }
1265
1266   /**
1267    * Method getValidator.
1268    *
1269    * @return a specific validator for the class described by this
1270    *         ClassDescriptor.
1271    */
1272   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1273   {
1274     return this;
1275   }
1276
1277   /**
1278    * Method getXMLName.
1279    *
1280    * @return the XML Name for the Class being described.
1281    */
1282   public java.lang.String getXMLName()
1283   {
1284     return _xmlName;
1285   }
1286
1287   /**
1288    * Method isElementDefinition.
1289    *
1290    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1291    *         element or element with anonymous type definition.
1292    */
1293   public boolean isElementDefinition()
1294   {
1295     return _elementDefinition;
1296   }
1297
1298 }