src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import jalview.schemabinding.version2.Feature;
  32
  33 /**
  34  * Class FeatureDescriptor.
  35  *
  36  * @version $Revision$ $Date$
  37  */
  38 public class FeatureDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {
  39
  40
  41       //--------------------------/
  42      //- Class/Member Variables -/
  43     //--------------------------/
  44
  45     /**
  46      * Field _elementDefinition.
  47      */
  48     private boolean _elementDefinition;
  49
  50     /**
  51      * Field _nsPrefix.
  52      */
  53     private java.lang.String _nsPrefix;
  54
  55     /**
  56      * Field _nsURI.
  57      */
  58     private java.lang.String _nsURI;
  59
  60     /**
  61      * Field _xmlName.
  62      */
  63     private java.lang.String _xmlName;
  64
  65
  66       //----------------/
  67      //- Constructors -/
  68     //----------------/
  69
  70     public FeatureDescriptor() {
  71         super();
  72         _nsURI = "www.jalview.org";
  73         _xmlName = "feature";
  74         _elementDefinition = false;
  75
  76         //-- set grouping compositor
  77         setCompositorAsSequence();
  78         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;
  79         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;
  80         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;
  81         //-- initialize attribute descriptors
  82
  83         //-- _begin
  84         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_begin", "begin", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  85         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
  86             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
  87                 throws IllegalStateException
  88             {
  89                 Feature target = (Feature) object;
  90                 if (!target.hasBegin()) { return null; }
  91                 return new java.lang.Integer(target.getBegin());
  92             }
  93             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  94                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  95             {
  96                 try {
  97                     Feature target = (Feature) object;
  98                     // ignore null values for non optional primitives
  99                     if (value == null) { return; }
 100
 101                     target.setBegin( ((java.lang.Integer) value).intValue());
 102                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 103                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 104                 }
 105             }
 106             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 107                 return null;
 108             }
 109         };
 110         desc.setHandler(handler);
 111         desc.setRequired(true);
 112         desc.setMultivalued(false);
 113         addFieldDescriptor(desc);
 114
 115         //-- validation code for: _begin
 116         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 117         fieldValidator.setMinOccurs(1);
 118         { //-- local scope
 119             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 120             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 121             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 122             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 123             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 124         }
 125         desc.setValidator(fieldValidator);
 126         //-- _end
 127         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 128         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 129             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 130                 throws IllegalStateException
 131             {
 132                 Feature target = (Feature) object;
 133                 if (!target.hasEnd()) { return null; }
 134                 return new java.lang.Integer(target.getEnd());
 135             }
 136             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 137                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 138             {
 139                 try {
 140                     Feature target = (Feature) object;
 141                     // ignore null values for non optional primitives
 142                     if (value == null) { return; }
 143
 144                     target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());
 145                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 146                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 147                 }
 148             }
 149             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 150                 return null;
 151             }
 152         };
 153         desc.setHandler(handler);
 154         desc.setRequired(true);
 155         desc.setMultivalued(false);
 156         addFieldDescriptor(desc);
 157
 158         //-- validation code for: _end
 159         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 160         fieldValidator.setMinOccurs(1);
 161         { //-- local scope
 162             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 163             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 164             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 165             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 166             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 167         }
 168         desc.setValidator(fieldValidator);
 169         //-- _type
 170         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_type", "type", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 171         desc.setImmutable(true);
 172         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 173             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 174                 throws IllegalStateException
 175             {
 176                 Feature target = (Feature) object;
 177                 return target.getType();
 178             }
 179             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 180                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 181             {
 182                 try {
 183                     Feature target = (Feature) object;
 184                     target.setType( (java.lang.String) value);
 185                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 186                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 187                 }
 188             }
 189             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 190                 return null;
 191             }
 192         };
 193         desc.setHandler(handler);
 194         desc.setRequired(true);
 195         desc.setMultivalued(false);
 196         addFieldDescriptor(desc);
 197
 198         //-- validation code for: _type
 199         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 200         fieldValidator.setMinOccurs(1);
 201         { //-- local scope
 202             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 203             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 204             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 205             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 206         }
 207         desc.setValidator(fieldValidator);
 208         //-- _description
 209         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 210         desc.setImmutable(true);
 211         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 212             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 213                 throws IllegalStateException
 214             {
 215                 Feature target = (Feature) object;
 216                 return target.getDescription();
 217             }
 218             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 219                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 220             {
 221                 try {
 222                     Feature target = (Feature) object;
 223                     target.setDescription( (java.lang.String) value);
 224                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 225                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 226                 }
 227             }
 228             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 229                 return null;
 230             }
 231         };
 232         desc.setHandler(handler);
 233         desc.setMultivalued(false);
 234         addFieldDescriptor(desc);
 235
 236         //-- validation code for: _description
 237         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 238         { //-- local scope
 239             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 240             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 241             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 242             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 243         }
 244         desc.setValidator(fieldValidator);
 245         //-- _status
 246         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_status", "status", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 247         desc.setImmutable(true);
 248         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 249             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 250                 throws IllegalStateException
 251             {
 252                 Feature target = (Feature) object;
 253                 return target.getStatus();
 254             }
 255             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 256                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 257             {
 258                 try {
 259                     Feature target = (Feature) object;
 260                     target.setStatus( (java.lang.String) value);
 261                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 262                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 263                 }
 264             }
 265             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 266                 return null;
 267             }
 268         };
 269         desc.setHandler(handler);
 270         desc.setMultivalued(false);
 271         addFieldDescriptor(desc);
 272
 273         //-- validation code for: _status
 274         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 275         { //-- local scope
 276             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 277             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 278             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 279             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 280         }
 281         desc.setValidator(fieldValidator);
 282         //-- _featureGroup
 283         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_featureGroup", "featureGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 284         desc.setImmutable(true);
 285         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 286             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 287                 throws IllegalStateException
 288             {
 289                 Feature target = (Feature) object;
 290                 return target.getFeatureGroup();
 291             }
 292             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 293                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 294             {
 295                 try {
 296                     Feature target = (Feature) object;
 297                     target.setFeatureGroup( (java.lang.String) value);
 298                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 299                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 300                 }
 301             }
 302             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 303                 return null;
 304             }
 305         };
 306         desc.setHandler(handler);
 307         desc.setMultivalued(false);
 308         addFieldDescriptor(desc);
 309
 310         //-- validation code for: _featureGroup
 311         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 312         { //-- local scope
 313             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 314             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 315             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 316             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 317         }
 318         desc.setValidator(fieldValidator);
 319         //-- _score
 320         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_score", "score", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 321         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 322             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 323                 throws IllegalStateException
 324             {
 325                 Feature target = (Feature) object;
 326                 if (!target.hasScore()) { return null; }
 327                 return new java.lang.Float(target.getScore());
 328             }
 329             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 330                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 331             {
 332                 try {
 333                     Feature target = (Feature) object;
 334                     // if null, use delete method for optional primitives
 335                     if (value == null) {
 336                         target.deleteScore();
 337                         return;
 338                     }
 339                     target.setScore( ((java.lang.Float) value).floatValue());
 340                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 341                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 342                 }
 343             }
 344             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 345                 return null;
 346             }
 347         };
 348         desc.setHandler(handler);
 349         desc.setMultivalued(false);
 350         addFieldDescriptor(desc);
 351
 352         //-- validation code for: _score
 353         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 354         { //-- local scope
 355             org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;
 356             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();
 357             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 358             typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);
 359             typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);
 360         }
 361         desc.setValidator(fieldValidator);
 362         //-- initialize element descriptors
 363
 364         //-- _otherDataList
 365         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.OtherData.class, "_otherDataList", "otherData", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 366         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 367             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 368                 throws IllegalStateException
 369             {
 370                 Feature target = (Feature) object;
 371                 return target.getOtherData();
 372             }
 373             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 374                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 375             {
 376                 try {
 377                     Feature target = (Feature) object;
 378                     target.addOtherData( (jalview.schemabinding.version2.OtherData) value);
 379                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 380                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 381                 }
 382             }
 383             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {
 384                 try {
 385                     Feature target = (Feature) object;
 386                     target.removeAllOtherData();
 387                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 388                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 389                 }
 390             }
 391             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 392                 return new jalview.schemabinding.version2.OtherData();
 393             }
 394         };
 395         desc.setHandler(handler);
 396         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 397         desc.setMultivalued(true);
 398         addFieldDescriptor(desc);
 399
 400         //-- validation code for: _otherDataList
 401         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 402         fieldValidator.setMinOccurs(0);
 403         { //-- local scope
 404         }
 405         desc.setValidator(fieldValidator);
 406     }
 407
 408
 409       //-----------/
 410      //- Methods -/
 411     //-----------/
 412
 413     /**
 414      * Method getAccessMode.
 415      *
 416      * @return the access mode specified for this class.
 417      */
 418     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(
 419     ) {
 420         return null;
 421     }
 422
 423     /**
 424      * Method getIdentity.
 425      *
 426      * @return the identity field, null if this class has no
 427      * identity.
 428      */
 429     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(
 430     ) {
 431         return super.getIdentity();
 432     }
 433
 434     /**
 435      * Method getJavaClass.
 436      *
 437      * @return the Java class represented by this descriptor.
 438      */
 439     public java.lang.Class getJavaClass(
 440     ) {
 441         return jalview.schemabinding.version2.Feature.class;
 442     }
 443
 444     /**
 445      * Method getNameSpacePrefix.
 446      *
 447      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 448      */
 449     public java.lang.String getNameSpacePrefix(
 450     ) {
 451         return _nsPrefix;
 452     }
 453
 454     /**
 455      * Method getNameSpaceURI.
 456      *
 457      * @return the namespace URI used when marshaling and
 458      * unmarshaling as XML.
 459      */
 460     public java.lang.String getNameSpaceURI(
 461     ) {
 462         return _nsURI;
 463     }
 464
 465     /**
 466      * Method getValidator.
 467      *
 468      * @return a specific validator for the class described by this
 469      * ClassDescriptor.
 470      */
 471     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(
 472     ) {
 473         return this;
 474     }
 475
 476     /**
 477      * Method getXMLName.
 478      *
 479      * @return the XML Name for the Class being described.
 480      */
 481     public java.lang.String getXMLName(
 482     ) {
 483         return _xmlName;
 484     }
 485
 486     /**
 487      * Method isElementDefinition.
 488      *
 489      * @return true if XML schema definition of this Class is that
 490      * of a global
 491      * element or element with anonymous type definition.
 492      */
 493     public boolean isElementDefinition(
 494     ) {
 495         return _elementDefinition;
 496     }
 497
 498 }