src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.
  17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  ******************************************************************************/
  20 /*
  21  * This class was automatically generated with
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  23  * Schema.
  24  * $Id$
  25  */
  26
  27 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  28
  29 //---------------------------------/
  30 //- Imported classes and packages -/
  31 //---------------------------------/
  32
  33 import jalview.schemabinding.version2.Feature;
  34
  35 /**
  36  * Class FeatureDescriptor.
  37  *
  38  * @version $Revision$ $Date$
  39  */
  40 public class FeatureDescriptor extends
  41         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  42 {
  43
  44   // --------------------------/
  45   // - Class/Member Variables -/
  46   // --------------------------/
  47
  48   /**
  49    * Field _elementDefinition.
  50    */
  51   private boolean _elementDefinition;
  52
  53   /**
  54    * Field _nsPrefix.
  55    */
  56   private java.lang.String _nsPrefix;
  57
  58   /**
  59    * Field _nsURI.
  60    */
  61   private java.lang.String _nsURI;
  62
  63   /**
  64    * Field _xmlName.
  65    */
  66   private java.lang.String _xmlName;
  67
  68   // ----------------/
  69   // - Constructors -/
  70   // ----------------/
  71
  72   public FeatureDescriptor()
  73   {
  74     super();
  75     _nsURI = "www.jalview.org";
  76     _xmlName = "feature";
  77     _elementDefinition = false;
  78
  79     // -- set grouping compositor
  80     setCompositorAsSequence();
  81     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  82     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  83     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  84     // -- initialize attribute descriptors
  85
  86     // -- _begin
  87     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  88             java.lang.Integer.TYPE, "_begin", "begin",
  89             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  90     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  91     {
  92       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  93               throws IllegalStateException
  94       {
  95         Feature target = (Feature) object;
  96         if (!target.hasBegin())
  97         {
  98           return null;
  99         }
 100         return new java.lang.Integer(target.getBegin());
 101       }
 102
 103       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 104               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 105       {
 106         try
 107         {
 108           Feature target = (Feature) object;
 109           // ignore null values for non optional primitives
 110           if (value == null)
 111           {
 112             return;
 113           }
 114
 115           target.setBegin(((java.lang.Integer) value).intValue());
 116         } catch (java.lang.Exception ex)
 117         {
 118           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 119         }
 120       }
 121
 122       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 123       {
 124         return null;
 125       }
 126     };
 127     desc.setHandler(handler);
 128     desc.setRequired(true);
 129     desc.setMultivalued(false);
 130     addFieldDescriptor(desc);
 131
 132     // -- validation code for: _begin
 133     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 134     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 135     { // -- local scope
 136       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 137       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 138       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 139       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 140       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 141     }
 142     desc.setValidator(fieldValidator);
 143     // -- _end
 144     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 145             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",
 146             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 147     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 148     {
 149       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 150               throws IllegalStateException
 151       {
 152         Feature target = (Feature) object;
 153         if (!target.hasEnd())
 154         {
 155           return null;
 156         }
 157         return new java.lang.Integer(target.getEnd());
 158       }
 159
 160       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 161               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 162       {
 163         try
 164         {
 165           Feature target = (Feature) object;
 166           // ignore null values for non optional primitives
 167           if (value == null)
 168           {
 169             return;
 170           }
 171
 172           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());
 173         } catch (java.lang.Exception ex)
 174         {
 175           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 176         }
 177       }
 178
 179       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 180       {
 181         return null;
 182       }
 183     };
 184     desc.setHandler(handler);
 185     desc.setRequired(true);
 186     desc.setMultivalued(false);
 187     addFieldDescriptor(desc);
 188
 189     // -- validation code for: _end
 190     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 191     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 192     { // -- local scope
 193       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 194       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 195       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 196       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 197       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 198     }
 199     desc.setValidator(fieldValidator);
 200     // -- _type
 201     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 202             java.lang.String.class, "_type", "type",
 203             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 204     desc.setImmutable(true);
 205     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 206     {
 207       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 208               throws IllegalStateException
 209       {
 210         Feature target = (Feature) object;
 211         return target.getType();
 212       }
 213
 214       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 215               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 216       {
 217         try
 218         {
 219           Feature target = (Feature) object;
 220           target.setType((java.lang.String) value);
 221         } catch (java.lang.Exception ex)
 222         {
 223           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 224         }
 225       }
 226
 227       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 228       {
 229         return null;
 230       }
 231     };
 232     desc.setHandler(handler);
 233     desc.setRequired(true);
 234     desc.setMultivalued(false);
 235     addFieldDescriptor(desc);
 236
 237     // -- validation code for: _type
 238     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 239     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 240     { // -- local scope
 241       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 242       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 243       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 244       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 245     }
 246     desc.setValidator(fieldValidator);
 247     // -- _description
 248     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 249             java.lang.String.class, "_description", "description",
 250             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 251     desc.setImmutable(true);
 252     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 253     {
 254       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 255               throws IllegalStateException
 256       {
 257         Feature target = (Feature) object;
 258         return target.getDescription();
 259       }
 260
 261       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 262               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 263       {
 264         try
 265         {
 266           Feature target = (Feature) object;
 267           target.setDescription((java.lang.String) value);
 268         } catch (java.lang.Exception ex)
 269         {
 270           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 271         }
 272       }
 273
 274       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 275       {
 276         return null;
 277       }
 278     };
 279     desc.setHandler(handler);
 280     desc.setMultivalued(false);
 281     addFieldDescriptor(desc);
 282
 283     // -- validation code for: _description
 284     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 285     { // -- local scope
 286       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 287       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 288       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 289       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 290     }
 291     desc.setValidator(fieldValidator);
 292     // -- _status
 293     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 294             java.lang.String.class, "_status", "status",
 295             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 296     desc.setImmutable(true);
 297     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 298     {
 299       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 300               throws IllegalStateException
 301       {
 302         Feature target = (Feature) object;
 303         return target.getStatus();
 304       }
 305
 306       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 307               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 308       {
 309         try
 310         {
 311           Feature target = (Feature) object;
 312           target.setStatus((java.lang.String) value);
 313         } catch (java.lang.Exception ex)
 314         {
 315           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 316         }
 317       }
 318
 319       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 320       {
 321         return null;
 322       }
 323     };
 324     desc.setHandler(handler);
 325     desc.setMultivalued(false);
 326     addFieldDescriptor(desc);
 327
 328     // -- validation code for: _status
 329     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 330     { // -- local scope
 331       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 332       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 333       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 334       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 335     }
 336     desc.setValidator(fieldValidator);
 337     // -- _featureGroup
 338     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 339             java.lang.String.class, "_featureGroup", "featureGroup",
 340             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 341     desc.setImmutable(true);
 342     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 343     {
 344       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 345               throws IllegalStateException
 346       {
 347         Feature target = (Feature) object;
 348         return target.getFeatureGroup();
 349       }
 350
 351       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 352               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 353       {
 354         try
 355         {
 356           Feature target = (Feature) object;
 357           target.setFeatureGroup((java.lang.String) value);
 358         } catch (java.lang.Exception ex)
 359         {
 360           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 361         }
 362       }
 363
 364       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 365       {
 366         return null;
 367       }
 368     };
 369     desc.setHandler(handler);
 370     desc.setMultivalued(false);
 371     addFieldDescriptor(desc);
 372
 373     // -- validation code for: _featureGroup
 374     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 375     { // -- local scope
 376       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 377       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 378       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 379       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 380     }
 381     desc.setValidator(fieldValidator);
 382     // -- _score
 383     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 384             java.lang.Float.TYPE, "_score", "score",
 385             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 386     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 387     {
 388       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 389               throws IllegalStateException
 390       {
 391         Feature target = (Feature) object;
 392         if (!target.hasScore())
 393         {
 394           return null;
 395         }
 396         return new java.lang.Float(target.getScore());
 397       }
 398
 399       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 400               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 401       {
 402         try
 403         {
 404           Feature target = (Feature) object;
 405           // if null, use delete method for optional primitives
 406           if (value == null)
 407           {
 408             target.deleteScore();
 409             return;
 410           }
 411           target.setScore(((java.lang.Float) value).floatValue());
 412         } catch (java.lang.Exception ex)
 413         {
 414           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 415         }
 416       }
 417
 418       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 419       {
 420         return null;
 421       }
 422     };
 423     desc.setHandler(handler);
 424     desc.setMultivalued(false);
 425     addFieldDescriptor(desc);
 426
 427     // -- validation code for: _score
 428     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 429     { // -- local scope
 430       org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;
 431       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();
 432       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 433       typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);
 434       typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);
 435     }
 436     desc.setValidator(fieldValidator);
 437     // -- initialize element descriptors
 438
 439     // -- _otherDataList
 440     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 441             jalview.schemabinding.version2.OtherData.class,
 442             "_otherDataList", "otherData",
 443             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 444     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 445     {
 446       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 447               throws IllegalStateException
 448       {
 449         Feature target = (Feature) object;
 450         return target.getOtherData();
 451       }
 452
 453       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 454               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 455       {
 456         try
 457         {
 458           Feature target = (Feature) object;
 459           target.addOtherData((jalview.schemabinding.version2.OtherData) value);
 460         } catch (java.lang.Exception ex)
 461         {
 462           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 463         }
 464       }
 465
 466       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 467               IllegalArgumentException
 468       {
 469         try
 470         {
 471           Feature target = (Feature) object;
 472           target.removeAllOtherData();
 473         } catch (java.lang.Exception ex)
 474         {
 475           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 476         }
 477       }
 478
 479       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 480       {
 481         return new jalview.schemabinding.version2.OtherData();
 482       }
 483     };
 484     desc.setHandler(handler);
 485     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 486     desc.setMultivalued(true);
 487     addFieldDescriptor(desc);
 488
 489     // -- validation code for: _otherDataList
 490     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 491     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 492     { // -- local scope
 493     }
 494     desc.setValidator(fieldValidator);
 495   }
 496
 497   // -----------/
 498   // - Methods -/
 499   // -----------/
 500
 501   /**
 502    * Method getAccessMode.
 503    *
 504    * @return the access mode specified for this class.
 505    */
 506   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 507   {
 508     return null;
 509   }
 510
 511   /**
 512    * Method getIdentity.
 513    *
 514    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 515    */
 516   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 517   {
 518     return super.getIdentity();
 519   }
 520
 521   /**
 522    * Method getJavaClass.
 523    *
 524    * @return the Java class represented by this descriptor.
 525    */
 526   public java.lang.Class getJavaClass()
 527   {
 528     return jalview.schemabinding.version2.Feature.class;
 529   }
 530
 531   /**
 532    * Method getNameSpacePrefix.
 533    *
 534    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 535    */
 536   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 537   {
 538     return _nsPrefix;
 539   }
 540
 541   /**
 542    * Method getNameSpaceURI.
 543    *
 544    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 545    */
 546   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 547   {
 548     return _nsURI;
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Method getValidator.
 553    *
 554    * @return a specific validator for the class described by this
 555    *         ClassDescriptor.
 556    */
 557   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 558   {
 559     return this;
 560   }
 561
 562   /**
 563    * Method getXMLName.
 564    *
 565    * @return the XML Name for the Class being described.
 566    */
 567   public java.lang.String getXMLName()
 568   {
 569     return _xmlName;
 570   }
 571
 572   /**
 573    * Method isElementDefinition.
 574    *
 575    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 576    *         element or element with anonymous type definition.
 577    */
 578   public boolean isElementDefinition()
 579   {
 580     return _elementDefinition;
 581   }
 582
 583 }