fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / descriptors / FeatureDescriptor.java
1 /*\r
2  * This class was automatically generated with \r
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
4  * Schema.\r
5  * $Id$\r
6  */\r
7 \r
8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
9 \r
10   //---------------------------------/\r
11  //- Imported classes and packages -/\r
12 //---------------------------------/\r
13 \r
14 import jalview.schemabinding.version2.Feature;\r
15 \r
16 /**\r
17  * Class FeatureDescriptor.\r
18  * \r
19  * @version $Revision$ $Date$\r
20  */\r
21 public class FeatureDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
22 \r
23 \r
24       //--------------------------/\r
25      //- Class/Member Variables -/\r
26     //--------------------------/\r
27 \r
28     /**\r
29      * Field _elementDefinition.\r
30      */\r
31     private boolean _elementDefinition;\r
32 \r
33     /**\r
34      * Field _nsPrefix.\r
35      */\r
36     private java.lang.String _nsPrefix;\r
37 \r
38     /**\r
39      * Field _nsURI.\r
40      */\r
41     private java.lang.String _nsURI;\r
42 \r
43     /**\r
44      * Field _xmlName.\r
45      */\r
46     private java.lang.String _xmlName;\r
47 \r
48 \r
49       //----------------/\r
50      //- Constructors -/\r
51     //----------------/\r
52 \r
53     public FeatureDescriptor() {\r
54         super();\r
55         _nsURI = "www.jalview.org";\r
56         _xmlName = "feature";\r
57         _elementDefinition = false;\r
58         \r
59         //-- set grouping compositor\r
60         setCompositorAsSequence();\r
61         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
62         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
63         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
64         //-- initialize attribute descriptors\r
65         \r
66         //-- _begin\r
67         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_begin", "begin", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
68         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
69             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
70                 throws IllegalStateException\r
71             {\r
72                 Feature target = (Feature) object;\r
73                 if (!target.hasBegin()) { return null; }\r
74                 return new java.lang.Integer(target.getBegin());\r
75             }\r
76             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
77                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
78             {\r
79                 try {\r
80                     Feature target = (Feature) object;\r
81                     // ignore null values for non optional primitives\r
82                     if (value == null) { return; }\r
83                     \r
84                     target.setBegin( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
85                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
86                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
87                 }\r
88             }\r
89             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
90                 return null;\r
91             }\r
92         };\r
93         desc.setHandler(handler);\r
94         desc.setRequired(true);\r
95         desc.setMultivalued(false);\r
96         addFieldDescriptor(desc);\r
97         \r
98         //-- validation code for: _begin\r
99         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
100         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
101         { //-- local scope\r
102             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
103             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
104             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
105             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
106             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
107         }\r
108         desc.setValidator(fieldValidator);\r
109         //-- _end\r
110         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
111         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
112             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
113                 throws IllegalStateException\r
114             {\r
115                 Feature target = (Feature) object;\r
116                 if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
117                 return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
118             }\r
119             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
120                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
121             {\r
122                 try {\r
123                     Feature target = (Feature) object;\r
124                     // ignore null values for non optional primitives\r
125                     if (value == null) { return; }\r
126                     \r
127                     target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
128                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
129                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
130                 }\r
131             }\r
132             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
133                 return null;\r
134             }\r
135         };\r
136         desc.setHandler(handler);\r
137         desc.setRequired(true);\r
138         desc.setMultivalued(false);\r
139         addFieldDescriptor(desc);\r
140         \r
141         //-- validation code for: _end\r
142         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
143         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
144         { //-- local scope\r
145             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
146             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
147             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
148             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
149             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
150         }\r
151         desc.setValidator(fieldValidator);\r
152         //-- _type\r
153         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_type", "type", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
154         desc.setImmutable(true);\r
155         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
156             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
157                 throws IllegalStateException\r
158             {\r
159                 Feature target = (Feature) object;\r
160                 return target.getType();\r
161             }\r
162             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
163                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
164             {\r
165                 try {\r
166                     Feature target = (Feature) object;\r
167                     target.setType( (java.lang.String) value);\r
168                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
169                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
170                 }\r
171             }\r
172             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
173                 return null;\r
174             }\r
175         };\r
176         desc.setHandler(handler);\r
177         desc.setRequired(true);\r
178         desc.setMultivalued(false);\r
179         addFieldDescriptor(desc);\r
180         \r
181         //-- validation code for: _type\r
182         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
183         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
184         { //-- local scope\r
185             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
186             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
187             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
188             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
189         }\r
190         desc.setValidator(fieldValidator);\r
191         //-- _description\r
192         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
193         desc.setImmutable(true);\r
194         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
195             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
196                 throws IllegalStateException\r
197             {\r
198                 Feature target = (Feature) object;\r
199                 return target.getDescription();\r
200             }\r
201             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
202                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
203             {\r
204                 try {\r
205                     Feature target = (Feature) object;\r
206                     target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
207                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
208                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
209                 }\r
210             }\r
211             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
212                 return null;\r
213             }\r
214         };\r
215         desc.setHandler(handler);\r
216         desc.setMultivalued(false);\r
217         addFieldDescriptor(desc);\r
218         \r
219         //-- validation code for: _description\r
220         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
221         { //-- local scope\r
222             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
223             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
224             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
225             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
226         }\r
227         desc.setValidator(fieldValidator);\r
228         //-- _status\r
229         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_status", "status", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
230         desc.setImmutable(true);\r
231         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
232             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
233                 throws IllegalStateException\r
234             {\r
235                 Feature target = (Feature) object;\r
236                 return target.getStatus();\r
237             }\r
238             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
239                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
240             {\r
241                 try {\r
242                     Feature target = (Feature) object;\r
243                     target.setStatus( (java.lang.String) value);\r
244                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
245                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
246                 }\r
247             }\r
248             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
249                 return null;\r
250             }\r
251         };\r
252         desc.setHandler(handler);\r
253         desc.setMultivalued(false);\r
254         addFieldDescriptor(desc);\r
255         \r
256         //-- validation code for: _status\r
257         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
258         { //-- local scope\r
259             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
260             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
261             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
262             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
263         }\r
264         desc.setValidator(fieldValidator);\r
265         //-- _featureGroup\r
266         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_featureGroup", "featureGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
267         desc.setImmutable(true);\r
268         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
269             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
270                 throws IllegalStateException\r
271             {\r
272                 Feature target = (Feature) object;\r
273                 return target.getFeatureGroup();\r
274             }\r
275             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
276                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
277             {\r
278                 try {\r
279                     Feature target = (Feature) object;\r
280                     target.setFeatureGroup( (java.lang.String) value);\r
281                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
282                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
283                 }\r
284             }\r
285             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
286                 return null;\r
287             }\r
288         };\r
289         desc.setHandler(handler);\r
290         desc.setMultivalued(false);\r
291         addFieldDescriptor(desc);\r
292         \r
293         //-- validation code for: _featureGroup\r
294         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
295         { //-- local scope\r
296             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
297             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
298             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
299             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
300         }\r
301         desc.setValidator(fieldValidator);\r
302         //-- _score\r
303         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_score", "score", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
304         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
305             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
306                 throws IllegalStateException\r
307             {\r
308                 Feature target = (Feature) object;\r
309                 if (!target.hasScore()) { return null; }\r
310                 return new java.lang.Float(target.getScore());\r
311             }\r
312             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
313                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
314             {\r
315                 try {\r
316                     Feature target = (Feature) object;\r
317                     // if null, use delete method for optional primitives \r
318                     if (value == null) {\r
319                         target.deleteScore();\r
320                         return;\r
321                     }\r
322                     target.setScore( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
323                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
324                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
325                 }\r
326             }\r
327             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
328                 return null;\r
329             }\r
330         };\r
331         desc.setHandler(handler);\r
332         desc.setMultivalued(false);\r
333         addFieldDescriptor(desc);\r
334         \r
335         //-- validation code for: _score\r
336         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
337         { //-- local scope\r
338             org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
339             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
340             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
341             typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
342             typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
343         }\r
344         desc.setValidator(fieldValidator);\r
345         //-- initialize element descriptors\r
346         \r
347         //-- _otherDataList\r
348         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.OtherData.class, "_otherDataList", "otherData", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
349         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
350             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
351                 throws IllegalStateException\r
352             {\r
353                 Feature target = (Feature) object;\r
354                 return target.getOtherData();\r
355             }\r
356             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
357                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
358             {\r
359                 try {\r
360                     Feature target = (Feature) object;\r
361                     target.addOtherData( (jalview.schemabinding.version2.OtherData) value);\r
362                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
363                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
364                 }\r
365             }\r
366             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
367                 try {\r
368                     Feature target = (Feature) object;\r
369                     target.removeAllOtherData();\r
370                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
371                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
372                 }\r
373             }\r
374             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
375                 return new jalview.schemabinding.version2.OtherData();\r
376             }\r
377         };\r
378         desc.setHandler(handler);\r
379         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
380         desc.setMultivalued(true);\r
381         addFieldDescriptor(desc);\r
382         \r
383         //-- validation code for: _otherDataList\r
384         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
385         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
386         { //-- local scope\r
387         }\r
388         desc.setValidator(fieldValidator);\r
389     }\r
390 \r
391 \r
392       //-----------/\r
393      //- Methods -/\r
394     //-----------/\r
395 \r
396     /**\r
397      * Method getAccessMode.\r
398      * \r
399      * @return the access mode specified for this class.\r
400      */\r
401     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
402     ) {\r
403         return null;\r
404     }\r
405 \r
406     /**\r
407      * Method getIdentity.\r
408      * \r
409      * @return the identity field, null if this class has no\r
410      * identity.\r
411      */\r
412     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
413     ) {\r
414         return super.getIdentity();\r
415     }\r
416 \r
417     /**\r
418      * Method getJavaClass.\r
419      * \r
420      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
421      */\r
422     public java.lang.Class getJavaClass(\r
423     ) {\r
424         return jalview.schemabinding.version2.Feature.class;\r
425     }\r
426 \r
427     /**\r
428      * Method getNameSpacePrefix.\r
429      * \r
430      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
431      */\r
432     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
433     ) {\r
434         return _nsPrefix;\r
435     }\r
436 \r
437     /**\r
438      * Method getNameSpaceURI.\r
439      * \r
440      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
441      * unmarshaling as XML.\r
442      */\r
443     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
444     ) {\r
445         return _nsURI;\r
446     }\r
447 \r
448     /**\r
449      * Method getValidator.\r
450      * \r
451      * @return a specific validator for the class described by this\r
452      * ClassDescriptor.\r
453      */\r
454     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
455     ) {\r
456         return this;\r
457     }\r
458 \r
459     /**\r
460      * Method getXMLName.\r
461      * \r
462      * @return the XML Name for the Class being described.\r
463      */\r
464     public java.lang.String getXMLName(\r
465     ) {\r
466         return _xmlName;\r
467     }\r
468 \r
469     /**\r
470      * Method isElementDefinition.\r
471      * \r
472      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
473      * of a global\r
474      * element or element with anonymous type definition.\r
475      */\r
476     public boolean isElementDefinition(\r
477     ) {\r
478         return _elementDefinition;\r
479     }\r
480 \r
481 }\r