src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;
  26
  27 /**
  28  * Class JGroupDescriptor.
  29  *
  30  * @version $Revision$ $Date$
  31  */
  32 public class JGroupDescriptor extends
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _elementDefinition.
  42    */
  43   private boolean _elementDefinition;
  44
  45   /**
  46    * Field _nsPrefix.
  47    */
  48   private java.lang.String _nsPrefix;
  49
  50   /**
  51    * Field _nsURI.
  52    */
  53   private java.lang.String _nsURI;
  54
  55   /**
  56    * Field _xmlName.
  57    */
  58   private java.lang.String _xmlName;
  59
  60   // ----------------/
  61   // - Constructors -/
  62   // ----------------/
  63
  64   public JGroupDescriptor()
  65   {
  66     super();
  67     _nsURI = "www.jalview.org";
  68     _xmlName = "JGroup";
  69     _elementDefinition = true;
  70
  71     // -- set grouping compositor
  72     setCompositorAsSequence();
  73     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  74     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  75     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  76     // -- initialize attribute descriptors
  77
  78     // -- _start
  79     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  80             java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",
  81             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  82     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  83     {
  84       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  85               throws IllegalStateException
  86       {
  87         JGroup target = (JGroup) object;
  88         if (!target.hasStart())
  89         {
  90           return null;
  91         }
  92         return new java.lang.Integer(target.getStart());
  93       }
  94
  95       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  96               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  97       {
  98         try
  99         {
 100           JGroup target = (JGroup) object;
 101           // if null, use delete method for optional primitives
 102           if (value == null)
 103           {
 104             target.deleteStart();
 105             return;
 106           }
 107           target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());
 108         } catch (java.lang.Exception ex)
 109         {
 110           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 111         }
 112       }
 113
 114       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 115       {
 116         return null;
 117       }
 118     };
 119     desc.setHandler(handler);
 120     desc.setMultivalued(false);
 121     addFieldDescriptor(desc);
 122
 123     // -- validation code for: _start
 124     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 125     { // -- local scope
 126       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 127       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 128       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 129       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 130       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 131     }
 132     desc.setValidator(fieldValidator);
 133     // -- _end
 134     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 135             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",
 136             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 137     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 138     {
 139       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 140               throws IllegalStateException
 141       {
 142         JGroup target = (JGroup) object;
 143         if (!target.hasEnd())
 144         {
 145           return null;
 146         }
 147         return new java.lang.Integer(target.getEnd());
 148       }
 149
 150       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 151               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 152       {
 153         try
 154         {
 155           JGroup target = (JGroup) object;
 156           // if null, use delete method for optional primitives
 157           if (value == null)
 158           {
 159             target.deleteEnd();
 160             return;
 161           }
 162           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());
 163         } catch (java.lang.Exception ex)
 164         {
 165           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 166         }
 167       }
 168
 169       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 170       {
 171         return null;
 172       }
 173     };
 174     desc.setHandler(handler);
 175     desc.setMultivalued(false);
 176     addFieldDescriptor(desc);
 177
 178     // -- validation code for: _end
 179     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 180     { // -- local scope
 181       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 182       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 183       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 184       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 185       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 186     }
 187     desc.setValidator(fieldValidator);
 188     // -- _name
 189     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 190             java.lang.String.class, "_name", "name",
 191             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 192     desc.setImmutable(true);
 193     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 194     {
 195       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 196               throws IllegalStateException
 197       {
 198         JGroup target = (JGroup) object;
 199         return target.getName();
 200       }
 201
 202       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 203               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 204       {
 205         try
 206         {
 207           JGroup target = (JGroup) object;
 208           target.setName((java.lang.String) value);
 209         } catch (java.lang.Exception ex)
 210         {
 211           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 212         }
 213       }
 214
 215       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 216       {
 217         return null;
 218       }
 219     };
 220     desc.setHandler(handler);
 221     desc.setMultivalued(false);
 222     addFieldDescriptor(desc);
 223
 224     // -- validation code for: _name
 225     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 226     { // -- local scope
 227       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 228       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 229       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 230       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 231     }
 232     desc.setValidator(fieldValidator);
 233     // -- _colour
 234     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 235             java.lang.String.class, "_colour", "colour",
 236             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 237     desc.setImmutable(true);
 238     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 239     {
 240       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 241               throws IllegalStateException
 242       {
 243         JGroup target = (JGroup) object;
 244         return target.getColour();
 245       }
 246
 247       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 248               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 249       {
 250         try
 251         {
 252           JGroup target = (JGroup) object;
 253           target.setColour((java.lang.String) value);
 254         } catch (java.lang.Exception ex)
 255         {
 256           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 257         }
 258       }
 259
 260       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 261       {
 262         return null;
 263       }
 264     };
 265     desc.setHandler(handler);
 266     desc.setMultivalued(false);
 267     addFieldDescriptor(desc);
 268
 269     // -- validation code for: _colour
 270     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 271     { // -- local scope
 272       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 273       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 274       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 275       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 276     }
 277     desc.setValidator(fieldValidator);
 278     // -- _consThreshold
 279     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 280             java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",
 281             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 282     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 283     {
 284       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 285               throws IllegalStateException
 286       {
 287         JGroup target = (JGroup) object;
 288         if (!target.hasConsThreshold())
 289         {
 290           return null;
 291         }
 292         return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());
 293       }
 294
 295       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 296               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 297       {
 298         try
 299         {
 300           JGroup target = (JGroup) object;
 301           // if null, use delete method for optional primitives
 302           if (value == null)
 303           {
 304             target.deleteConsThreshold();
 305             return;
 306           }
 307           target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 308         } catch (java.lang.Exception ex)
 309         {
 310           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 311         }
 312       }
 313
 314       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 315       {
 316         return null;
 317       }
 318     };
 319     desc.setHandler(handler);
 320     desc.setMultivalued(false);
 321     addFieldDescriptor(desc);
 322
 323     // -- validation code for: _consThreshold
 324     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 325     { // -- local scope
 326       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 327       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 328       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 329       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 330       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 331     }
 332     desc.setValidator(fieldValidator);
 333     // -- _pidThreshold
 334     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 335             java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",
 336             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 337     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 338     {
 339       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 340               throws IllegalStateException
 341       {
 342         JGroup target = (JGroup) object;
 343         if (!target.hasPidThreshold())
 344         {
 345           return null;
 346         }
 347         return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());
 348       }
 349
 350       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 351               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 352       {
 353         try
 354         {
 355           JGroup target = (JGroup) object;
 356           // if null, use delete method for optional primitives
 357           if (value == null)
 358           {
 359             target.deletePidThreshold();
 360             return;
 361           }
 362           target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 363         } catch (java.lang.Exception ex)
 364         {
 365           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 366         }
 367       }
 368
 369       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 370       {
 371         return null;
 372       }
 373     };
 374     desc.setHandler(handler);
 375     desc.setMultivalued(false);
 376     addFieldDescriptor(desc);
 377
 378     // -- validation code for: _pidThreshold
 379     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 380     { // -- local scope
 381       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 382       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 383       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 384       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 385       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 386     }
 387     desc.setValidator(fieldValidator);
 388     // -- _outlineColour
 389     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 390             java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour",
 391             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 392     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 393     {
 394       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 395               throws IllegalStateException
 396       {
 397         JGroup target = (JGroup) object;
 398         if (!target.hasOutlineColour())
 399         {
 400           return null;
 401         }
 402         return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());
 403       }
 404
 405       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 406               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 407       {
 408         try
 409         {
 410           JGroup target = (JGroup) object;
 411           // if null, use delete method for optional primitives
 412           if (value == null)
 413           {
 414             target.deleteOutlineColour();
 415             return;
 416           }
 417           target.setOutlineColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 418         } catch (java.lang.Exception ex)
 419         {
 420           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 421         }
 422       }
 423
 424       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 425       {
 426         return null;
 427       }
 428     };
 429     desc.setHandler(handler);
 430     desc.setMultivalued(false);
 431     addFieldDescriptor(desc);
 432
 433     // -- validation code for: _outlineColour
 434     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 435     { // -- local scope
 436       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 437       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 438       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 439       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 440       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 441     }
 442     desc.setValidator(fieldValidator);
 443     // -- _displayBoxes
 444     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 445             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes",
 446             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 447     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 448     {
 449       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 450               throws IllegalStateException
 451       {
 452         JGroup target = (JGroup) object;
 453         if (!target.hasDisplayBoxes())
 454         {
 455           return null;
 456         }
 457         return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE
 458                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 459       }
 460
 461       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 462               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 463       {
 464         try
 465         {
 466           JGroup target = (JGroup) object;
 467           // if null, use delete method for optional primitives
 468           if (value == null)
 469           {
 470             target.deleteDisplayBoxes();
 471             return;
 472           }
 473           target.setDisplayBoxes(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 474         } catch (java.lang.Exception ex)
 475         {
 476           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 477         }
 478       }
 479
 480       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 481       {
 482         return null;
 483       }
 484     };
 485     desc.setHandler(handler);
 486     desc.setMultivalued(false);
 487     addFieldDescriptor(desc);
 488
 489     // -- validation code for: _displayBoxes
 490     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 491     { // -- local scope
 492       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 493       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 494       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 495     }
 496     desc.setValidator(fieldValidator);
 497     // -- _displayText
 498     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 499             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText",
 500             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 501     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 502     {
 503       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 504               throws IllegalStateException
 505       {
 506         JGroup target = (JGroup) object;
 507         if (!target.hasDisplayText())
 508         {
 509           return null;
 510         }
 511         return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE
 512                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 513       }
 514
 515       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 516               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 517       {
 518         try
 519         {
 520           JGroup target = (JGroup) object;
 521           // if null, use delete method for optional primitives
 522           if (value == null)
 523           {
 524             target.deleteDisplayText();
 525             return;
 526           }
 527           target.setDisplayText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 528         } catch (java.lang.Exception ex)
 529         {
 530           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 531         }
 532       }
 533
 534       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 535       {
 536         return null;
 537       }
 538     };
 539     desc.setHandler(handler);
 540     desc.setMultivalued(false);
 541     addFieldDescriptor(desc);
 542
 543     // -- validation code for: _displayText
 544     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 545     { // -- local scope
 546       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 547       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 548       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 549     }
 550     desc.setValidator(fieldValidator);
 551     // -- _colourText
 552     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 553             java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText",
 554             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 555     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 556     {
 557       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 558               throws IllegalStateException
 559       {
 560         JGroup target = (JGroup) object;
 561         if (!target.hasColourText())
 562         {
 563           return null;
 564         }
 565         return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE
 566                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 567       }
 568
 569       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 570               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 571       {
 572         try
 573         {
 574           JGroup target = (JGroup) object;
 575           // if null, use delete method for optional primitives
 576           if (value == null)
 577           {
 578             target.deleteColourText();
 579             return;
 580           }
 581           target.setColourText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 582         } catch (java.lang.Exception ex)
 583         {
 584           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 585         }
 586       }
 587
 588       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 589       {
 590         return null;
 591       }
 592     };
 593     desc.setHandler(handler);
 594     desc.setMultivalued(false);
 595     addFieldDescriptor(desc);
 596
 597     // -- validation code for: _colourText
 598     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 599     { // -- local scope
 600       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 601       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 602       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 603     }
 604     desc.setValidator(fieldValidator);
 605     // -- _textCol1
 606     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 607             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",
 608             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 609     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 610     {
 611       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 612               throws IllegalStateException
 613       {
 614         JGroup target = (JGroup) object;
 615         if (!target.hasTextCol1())
 616         {
 617           return null;
 618         }
 619         return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());
 620       }
 621
 622       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 623               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 624       {
 625         try
 626         {
 627           JGroup target = (JGroup) object;
 628           // if null, use delete method for optional primitives
 629           if (value == null)
 630           {
 631             target.deleteTextCol1();
 632             return;
 633           }
 634           target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());
 635         } catch (java.lang.Exception ex)
 636         {
 637           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 638         }
 639       }
 640
 641       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 642       {
 643         return null;
 644       }
 645     };
 646     desc.setHandler(handler);
 647     desc.setMultivalued(false);
 648     addFieldDescriptor(desc);
 649
 650     // -- validation code for: _textCol1
 651     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 652     { // -- local scope
 653       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 654       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 655       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 656       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 657       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 658     }
 659     desc.setValidator(fieldValidator);
 660     // -- _textCol2
 661     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 662             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",
 663             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 664     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 665     {
 666       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 667               throws IllegalStateException
 668       {
 669         JGroup target = (JGroup) object;
 670         if (!target.hasTextCol2())
 671         {
 672           return null;
 673         }
 674         return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());
 675       }
 676
 677       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 678               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 679       {
 680         try
 681         {
 682           JGroup target = (JGroup) object;
 683           // if null, use delete method for optional primitives
 684           if (value == null)
 685           {
 686             target.deleteTextCol2();
 687             return;
 688           }
 689           target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());
 690         } catch (java.lang.Exception ex)
 691         {
 692           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 693         }
 694       }
 695
 696       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 697       {
 698         return null;
 699       }
 700     };
 701     desc.setHandler(handler);
 702     desc.setMultivalued(false);
 703     addFieldDescriptor(desc);
 704
 705     // -- validation code for: _textCol2
 706     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 707     { // -- local scope
 708       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 709       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 710       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 711       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 712       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 713     }
 714     desc.setValidator(fieldValidator);
 715     // -- _textColThreshold
 716     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 717             java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",
 718             "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 719     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 720     {
 721       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 722               throws IllegalStateException
 723       {
 724         JGroup target = (JGroup) object;
 725         if (!target.hasTextColThreshold())
 726         {
 727           return null;
 728         }
 729         return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());
 730       }
 731
 732       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 733               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 734       {
 735         try
 736         {
 737           JGroup target = (JGroup) object;
 738           // if null, use delete method for optional primitives
 739           if (value == null)
 740           {
 741             target.deleteTextColThreshold();
 742             return;
 743           }
 744           target.setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 745         } catch (java.lang.Exception ex)
 746         {
 747           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 748         }
 749       }
 750
 751       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 752       {
 753         return null;
 754       }
 755     };
 756     desc.setHandler(handler);
 757     desc.setMultivalued(false);
 758     addFieldDescriptor(desc);
 759
 760     // -- validation code for: _textColThreshold
 761     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 762     { // -- local scope
 763       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 764       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 765       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 766       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 767       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 768     }
 769     desc.setValidator(fieldValidator);
 770     // -- _showUnconserved
 771     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 772             java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",
 773             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 774     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 775     {
 776       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 777               throws IllegalStateException
 778       {
 779         JGroup target = (JGroup) object;
 780         if (!target.hasShowUnconserved())
 781         {
 782           return null;
 783         }
 784         return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE
 785                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 786       }
 787
 788       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 789               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 790       {
 791         try
 792         {
 793           JGroup target = (JGroup) object;
 794           // if null, use delete method for optional primitives
 795           if (value == null)
 796           {
 797             target.deleteShowUnconserved();
 798             return;
 799           }
 800           target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)
 801                   .booleanValue());
 802         } catch (java.lang.Exception ex)
 803         {
 804           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 805         }
 806       }
 807
 808       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 809       {
 810         return null;
 811       }
 812     };
 813     desc.setHandler(handler);
 814     desc.setMultivalued(false);
 815     addFieldDescriptor(desc);
 816
 817     // -- validation code for: _showUnconserved
 818     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 819     { // -- local scope
 820       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 821       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 822       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 823     }
 824     desc.setValidator(fieldValidator);
 825     // -- _ignoreGapsinConsensus
 826     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 827             java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",
 828             "ignoreGapsinConsensus",
 829             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 830     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 831     {
 832       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 833               throws IllegalStateException
 834       {
 835         JGroup target = (JGroup) object;
 836         if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())
 837         {
 838           return null;
 839         }
 840         return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE
 841                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 842       }
 843
 844       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 845               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 846       {
 847         try
 848         {
 849           JGroup target = (JGroup) object;
 850           // if null, use delete method for optional primitives
 851           if (value == null)
 852           {
 853             target.deleteIgnoreGapsinConsensus();
 854             return;
 855           }
 856           target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)
 857                   .booleanValue());
 858         } catch (java.lang.Exception ex)
 859         {
 860           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 861         }
 862       }
 863
 864       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 865       {
 866         return null;
 867       }
 868     };
 869     desc.setHandler(handler);
 870     desc.setMultivalued(false);
 871     addFieldDescriptor(desc);
 872
 873     // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus
 874     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 875     { // -- local scope
 876       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 877       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 878       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 879     }
 880     desc.setValidator(fieldValidator);
 881     // -- _showConsensusHistogram
 882     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 883             java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",
 884             "showConsensusHistogram",
 885             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 886     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 887     {
 888       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 889               throws IllegalStateException
 890       {
 891         JGroup target = (JGroup) object;
 892         if (!target.hasShowConsensusHistogram())
 893         {
 894           return null;
 895         }
 896         return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE
 897                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 898       }
 899
 900       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 901               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 902       {
 903         try
 904         {
 905           JGroup target = (JGroup) object;
 906           // if null, use delete method for optional primitives
 907           if (value == null)
 908           {
 909             target.deleteShowConsensusHistogram();
 910             return;
 911           }
 912           target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)
 913                   .booleanValue());
 914         } catch (java.lang.Exception ex)
 915         {
 916           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 917         }
 918       }
 919
 920       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 921       {
 922         return null;
 923       }
 924     };
 925     desc.setHandler(handler);
 926     desc.setMultivalued(false);
 927     addFieldDescriptor(desc);
 928
 929     // -- validation code for: _showConsensusHistogram
 930     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 931     { // -- local scope
 932       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 933       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 934       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 935     }
 936     desc.setValidator(fieldValidator);
 937     // -- _showSequenceLogo
 938     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 939             java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",
 940             "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 941     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 942     {
 943       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 944               throws IllegalStateException
 945       {
 946         JGroup target = (JGroup) object;
 947         if (!target.hasShowSequenceLogo())
 948         {
 949           return null;
 950         }
 951         return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
 952                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 953       }
 954
 955       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 956               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 957       {
 958         try
 959         {
 960           JGroup target = (JGroup) object;
 961           // if null, use delete method for optional primitives
 962           if (value == null)
 963           {
 964             target.deleteShowSequenceLogo();
 965             return;
 966           }
 967           target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
 968                   .booleanValue());
 969         } catch (java.lang.Exception ex)
 970         {
 971           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 972         }
 973       }
 974
 975       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 976       {
 977         return null;
 978       }
 979     };
 980     desc.setHandler(handler);
 981     desc.setMultivalued(false);
 982     addFieldDescriptor(desc);
 983
 984     // -- validation code for: _showSequenceLogo
 985     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 986     { // -- local scope
 987       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 988       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 989       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 990     }
 991     desc.setValidator(fieldValidator);
 992     // -- _normaliseSequenceLogo
 993     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 994             java.lang.Boolean.TYPE, "_normaliseSequenceLogo",
 995             "normaliseSequenceLogo",
 996             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 997     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 998     {
 999       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1000               throws IllegalStateException
1001       {
1002         JGroup target = (JGroup) object;
1003         if (!target.hasNormaliseSequenceLogo())
1004         {
1005           return null;
1006         }
1007         return (target.getNormaliseSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
1008                 : java.lang.Boolean.FALSE);
1009       }
1010
1011       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1012               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1013       {
1014         try
1015         {
1016           JGroup target = (JGroup) object;
1017           // if null, use delete method for optional primitives
1018           if (value == null)
1019           {
1020             target.deleteNormaliseSequenceLogo();
1021             return;
1022           }
1023           target.setNormaliseSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
1024                   .booleanValue());
1025         } catch (java.lang.Exception ex)
1026         {
1027           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1028         }
1029       }
1030
1031       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1032       {
1033         return null;
1034       }
1035     };
1036     desc.setHandler(handler);
1037     desc.setMultivalued(false);
1038     addFieldDescriptor(desc);
1039
1040     // -- validation code for: _normaliseSequenceLogo
1041     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1042     { // -- local scope
1043       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
1044       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
1045       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1046     }
1047     desc.setValidator(fieldValidator);
1048     // -- _id
1049     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1050             java.lang.String.class, "_id", "id",
1051             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
1052     desc.setImmutable(true);
1053     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1054     {
1055       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1056               throws IllegalStateException
1057       {
1058         JGroup target = (JGroup) object;
1059         return target.getId();
1060       }
1061
1062       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1063               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1064       {
1065         try
1066         {
1067           JGroup target = (JGroup) object;
1068           target.setId((java.lang.String) value);
1069         } catch (java.lang.Exception ex)
1070         {
1071           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1072         }
1073       }
1074
1075       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1076       {
1077         return null;
1078       }
1079     };
1080     desc.setHandler(handler);
1081     desc.setMultivalued(false);
1082     addFieldDescriptor(desc);
1083
1084     // -- validation code for: _id
1085     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1086     { // -- local scope
1087       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1088       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1089       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1090       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1091     }
1092     desc.setValidator(fieldValidator);
1093     // -- initialize element descriptors
1094
1095     // -- _seqList
1096     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1097             java.lang.String.class, "_seqList", "seq",
1098             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1099     desc.setImmutable(true);
1100     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1101     {
1102       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1103               throws IllegalStateException
1104       {
1105         JGroup target = (JGroup) object;
1106         return target.getSeq();
1107       }
1108
1109       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1110               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1111       {
1112         try
1113         {
1114           JGroup target = (JGroup) object;
1115           target.addSeq((java.lang.String) value);
1116         } catch (java.lang.Exception ex)
1117         {
1118           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1119         }
1120       }
1121
1122       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1123               IllegalArgumentException
1124       {
1125         try
1126         {
1127           JGroup target = (JGroup) object;
1128           target.removeAllSeq();
1129         } catch (java.lang.Exception ex)
1130         {
1131           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1132         }
1133       }
1134
1135       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1136       {
1137         return null;
1138       }
1139     };
1140     desc.setHandler(handler);
1141     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1142     desc.setRequired(true);
1143     desc.setMultivalued(true);
1144     addFieldDescriptor(desc);
1145
1146     // -- validation code for: _seqList
1147     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1148     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1149     { // -- local scope
1150       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1151       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1152       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1153       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1154     }
1155     desc.setValidator(fieldValidator);
1156   }
1157
1158   // -----------/
1159   // - Methods -/
1160   // -----------/
1161
1162   /**
1163    * Method getAccessMode.
1164    *
1165    * @return the access mode specified for this class.
1166    */
1167   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1168   {
1169     return null;
1170   }
1171
1172   /**
1173    * Method getIdentity.
1174    *
1175    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1176    */
1177   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1178   {
1179     return super.getIdentity();
1180   }
1181
1182   /**
1183    * Method getJavaClass.
1184    *
1185    * @return the Java class represented by this descriptor.
1186    */
1187   public java.lang.Class getJavaClass()
1188   {
1189     return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;
1190   }
1191
1192   /**
1193    * Method getNameSpacePrefix.
1194    *
1195    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1196    */
1197   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1198   {
1199     return _nsPrefix;
1200   }
1201
1202   /**
1203    * Method getNameSpaceURI.
1204    *
1205    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1206    */
1207   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1208   {
1209     return _nsURI;
1210   }
1211
1212   /**
1213    * Method getValidator.
1214    *
1215    * @return a specific validator for the class described by this
1216    *         ClassDescriptor.
1217    */
1218   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1219   {
1220     return this;
1221   }
1222
1223   /**
1224    * Method getXMLName.
1225    *
1226    * @return the XML Name for the Class being described.
1227    */
1228   public java.lang.String getXMLName()
1229   {
1230     return _xmlName;
1231   }
1232
1233   /**
1234    * Method isElementDefinition.
1235    *
1236    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1237    *         element or element with anonymous type definition.
1238    */
1239   public boolean isElementDefinition()
1240   {
1241     return _elementDefinition;
1242   }
1243
1244 }