src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JGroupDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JGroupDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public JGroupDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  67     _xmlName = "JGroup";\r
  68     _elementDefinition = true;\r
  69 \r
  70     // -- set grouping compositor\r
  71     setCompositorAsSequence();\r
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  75     // -- initialize attribute descriptors\r
  76 \r
  77     // -- _start\r
  78     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  79             java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",\r
  80             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  81     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  82     {\r
  83       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  84               throws IllegalStateException\r
  85       {\r
  86         JGroup target = (JGroup) object;\r
  87         if (!target.hasStart())\r
  88         {\r
  89           return null;\r
  90         }\r
  91         return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
  92       }\r
  93 \r
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  96       {\r
  97         try\r
  98         {\r
  99           JGroup target = (JGroup) object;\r
 100           // if null, use delete method for optional primitives\r
 101           if (value == null)\r
 102           {\r
 103             target.deleteStart();\r
 104             return;\r
 105           }\r
 106           target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 107         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 108         {\r
 109           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 110         }\r
 111       }\r
 112 \r
 113       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 114       {\r
 115         return null;\r
 116       }\r
 117     };\r
 118     desc.setHandler(handler);\r
 119     desc.setMultivalued(false);\r
 120     addFieldDescriptor(desc);\r
 121 \r
 122     // -- validation code for: _start\r
 123     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 124     { // -- local scope\r
 125       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 126       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 127       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 128       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 129       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 130     }\r
 131     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 132     // -- _end\r
 133     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 134             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
 135             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 136     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 137     {\r
 138       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 139               throws IllegalStateException\r
 140       {\r
 141         JGroup target = (JGroup) object;\r
 142         if (!target.hasEnd())\r
 143         {\r
 144           return null;\r
 145         }\r
 146         return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
 147       }\r
 148 \r
 149       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 150               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 151       {\r
 152         try\r
 153         {\r
 154           JGroup target = (JGroup) object;\r
 155           // if null, use delete method for optional primitives\r
 156           if (value == null)\r
 157           {\r
 158             target.deleteEnd();\r
 159             return;\r
 160           }\r
 161           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 162         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 163         {\r
 164           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 165         }\r
 166       }\r
 167 \r
 168       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 169       {\r
 170         return null;\r
 171       }\r
 172     };\r
 173     desc.setHandler(handler);\r
 174     desc.setMultivalued(false);\r
 175     addFieldDescriptor(desc);\r
 176 \r
 177     // -- validation code for: _end\r
 178     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 179     { // -- local scope\r
 180       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 181       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 182       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 183       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 184       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 185     }\r
 186     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 187     // -- _name\r
 188     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 189             java.lang.String.class, "_name", "name",\r
 190             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 191     desc.setImmutable(true);\r
 192     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 193     {\r
 194       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 195               throws IllegalStateException\r
 196       {\r
 197         JGroup target = (JGroup) object;\r
 198         return target.getName();\r
 199       }\r
 200 \r
 201       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 202               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 203       {\r
 204         try\r
 205         {\r
 206           JGroup target = (JGroup) object;\r
 207           target.setName((java.lang.String) value);\r
 208         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 209         {\r
 210           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 211         }\r
 212       }\r
 213 \r
 214       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 215       {\r
 216         return null;\r
 217       }\r
 218     };\r
 219     desc.setHandler(handler);\r
 220     desc.setMultivalued(false);\r
 221     addFieldDescriptor(desc);\r
 222 \r
 223     // -- validation code for: _name\r
 224     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 225     { // -- local scope\r
 226       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 227       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 228       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 229       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 230     }\r
 231     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 232     // -- _colour\r
 233     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 234             java.lang.String.class, "_colour", "colour",\r
 235             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 236     desc.setImmutable(true);\r
 237     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 238     {\r
 239       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 240               throws IllegalStateException\r
 241       {\r
 242         JGroup target = (JGroup) object;\r
 243         return target.getColour();\r
 244       }\r
 245 \r
 246       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 247               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 248       {\r
 249         try\r
 250         {\r
 251           JGroup target = (JGroup) object;\r
 252           target.setColour((java.lang.String) value);\r
 253         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 254         {\r
 255           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 256         }\r
 257       }\r
 258 \r
 259       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 260       {\r
 261         return null;\r
 262       }\r
 263     };\r
 264     desc.setHandler(handler);\r
 265     desc.setMultivalued(false);\r
 266     addFieldDescriptor(desc);\r
 267 \r
 268     // -- validation code for: _colour\r
 269     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 270     { // -- local scope\r
 271       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 272       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 273       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 274       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 275     }\r
 276     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 277     // -- _consThreshold\r
 278     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 279             java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",\r
 280             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 281     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 282     {\r
 283       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 284               throws IllegalStateException\r
 285       {\r
 286         JGroup target = (JGroup) object;\r
 287         if (!target.hasConsThreshold())\r
 288         {\r
 289           return null;\r
 290         }\r
 291         return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());\r
 292       }\r
 293 \r
 294       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 295               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 296       {\r
 297         try\r
 298         {\r
 299           JGroup target = (JGroup) object;\r
 300           // if null, use delete method for optional primitives\r
 301           if (value == null)\r
 302           {\r
 303             target.deleteConsThreshold();\r
 304             return;\r
 305           }\r
 306           target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 307         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 308         {\r
 309           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 310         }\r
 311       }\r
 312 \r
 313       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 314       {\r
 315         return null;\r
 316       }\r
 317     };\r
 318     desc.setHandler(handler);\r
 319     desc.setMultivalued(false);\r
 320     addFieldDescriptor(desc);\r
 321 \r
 322     // -- validation code for: _consThreshold\r
 323     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 324     { // -- local scope\r
 325       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 326       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 327       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 328       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 329       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 330     }\r
 331     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 332     // -- _pidThreshold\r
 333     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 334             java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",\r
 335             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 336     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 337     {\r
 338       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 339               throws IllegalStateException\r
 340       {\r
 341         JGroup target = (JGroup) object;\r
 342         if (!target.hasPidThreshold())\r
 343         {\r
 344           return null;\r
 345         }\r
 346         return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());\r
 347       }\r
 348 \r
 349       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 350               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 351       {\r
 352         try\r
 353         {\r
 354           JGroup target = (JGroup) object;\r
 355           // if null, use delete method for optional primitives\r
 356           if (value == null)\r
 357           {\r
 358             target.deletePidThreshold();\r
 359             return;\r
 360           }\r
 361           target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 362         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 363         {\r
 364           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 365         }\r
 366       }\r
 367 \r
 368       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 369       {\r
 370         return null;\r
 371       }\r
 372     };\r
 373     desc.setHandler(handler);\r
 374     desc.setMultivalued(false);\r
 375     addFieldDescriptor(desc);\r
 376 \r
 377     // -- validation code for: _pidThreshold\r
 378     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 379     { // -- local scope\r
 380       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 381       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 382       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 383       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 384       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 385     }\r
 386     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 387     // -- _outlineColour\r
 388     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 389             java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour",\r
 390             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 391     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 392     {\r
 393       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 394               throws IllegalStateException\r
 395       {\r
 396         JGroup target = (JGroup) object;\r
 397         if (!target.hasOutlineColour())\r
 398         {\r
 399           return null;\r
 400         }\r
 401         return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());\r
 402       }\r
 403 \r
 404       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 405               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 406       {\r
 407         try\r
 408         {\r
 409           JGroup target = (JGroup) object;\r
 410           // if null, use delete method for optional primitives\r
 411           if (value == null)\r
 412           {\r
 413             target.deleteOutlineColour();\r
 414             return;\r
 415           }\r
 416           target.setOutlineColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 417         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 418         {\r
 419           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 420         }\r
 421       }\r
 422 \r
 423       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 424       {\r
 425         return null;\r
 426       }\r
 427     };\r
 428     desc.setHandler(handler);\r
 429     desc.setMultivalued(false);\r
 430     addFieldDescriptor(desc);\r
 431 \r
 432     // -- validation code for: _outlineColour\r
 433     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 434     { // -- local scope\r
 435       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 436       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 437       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 438       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 439       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 440     }\r
 441     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 442     // -- _displayBoxes\r
 443     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 444             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes",\r
 445             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 446     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 447     {\r
 448       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 449               throws IllegalStateException\r
 450       {\r
 451         JGroup target = (JGroup) object;\r
 452         if (!target.hasDisplayBoxes())\r
 453         {\r
 454           return null;\r
 455         }\r
 456         return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 457                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 458       }\r
 459 \r
 460       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 461               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 462       {\r
 463         try\r
 464         {\r
 465           JGroup target = (JGroup) object;\r
 466           // if null, use delete method for optional primitives\r
 467           if (value == null)\r
 468           {\r
 469             target.deleteDisplayBoxes();\r
 470             return;\r
 471           }\r
 472           target\r
 473                   .setDisplayBoxes(((java.lang.Boolean) value)\r
 474                           .booleanValue());\r
 475         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 476         {\r
 477           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 478         }\r
 479       }\r
 480 \r
 481       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 482       {\r
 483         return null;\r
 484       }\r
 485     };\r
 486     desc.setHandler(handler);\r
 487     desc.setMultivalued(false);\r
 488     addFieldDescriptor(desc);\r
 489 \r
 490     // -- validation code for: _displayBoxes\r
 491     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 492     { // -- local scope\r
 493       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 494       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 495       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 496     }\r
 497     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 498     // -- _displayText\r
 499     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 500             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText",\r
 501             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 502     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 503     {\r
 504       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 505               throws IllegalStateException\r
 506       {\r
 507         JGroup target = (JGroup) object;\r
 508         if (!target.hasDisplayText())\r
 509         {\r
 510           return null;\r
 511         }\r
 512         return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 513                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 514       }\r
 515 \r
 516       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 517               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 518       {\r
 519         try\r
 520         {\r
 521           JGroup target = (JGroup) object;\r
 522           // if null, use delete method for optional primitives\r
 523           if (value == null)\r
 524           {\r
 525             target.deleteDisplayText();\r
 526             return;\r
 527           }\r
 528           target.setDisplayText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 529         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 530         {\r
 531           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 532         }\r
 533       }\r
 534 \r
 535       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 536       {\r
 537         return null;\r
 538       }\r
 539     };\r
 540     desc.setHandler(handler);\r
 541     desc.setMultivalued(false);\r
 542     addFieldDescriptor(desc);\r
 543 \r
 544     // -- validation code for: _displayText\r
 545     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 546     { // -- local scope\r
 547       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 548       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 549       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 550     }\r
 551     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 552     // -- _colourText\r
 553     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 554             java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText",\r
 555             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 556     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 557     {\r
 558       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 559               throws IllegalStateException\r
 560       {\r
 561         JGroup target = (JGroup) object;\r
 562         if (!target.hasColourText())\r
 563         {\r
 564           return null;\r
 565         }\r
 566         return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 567                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 568       }\r
 569 \r
 570       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 571               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 572       {\r
 573         try\r
 574         {\r
 575           JGroup target = (JGroup) object;\r
 576           // if null, use delete method for optional primitives\r
 577           if (value == null)\r
 578           {\r
 579             target.deleteColourText();\r
 580             return;\r
 581           }\r
 582           target.setColourText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 583         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 584         {\r
 585           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 586         }\r
 587       }\r
 588 \r
 589       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 590       {\r
 591         return null;\r
 592       }\r
 593     };\r
 594     desc.setHandler(handler);\r
 595     desc.setMultivalued(false);\r
 596     addFieldDescriptor(desc);\r
 597 \r
 598     // -- validation code for: _colourText\r
 599     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 600     { // -- local scope\r
 601       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 602       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 603       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 604     }\r
 605     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 606     // -- _textCol1\r
 607     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 608             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",\r
 609             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 610     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 611     {\r
 612       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 613               throws IllegalStateException\r
 614       {\r
 615         JGroup target = (JGroup) object;\r
 616         if (!target.hasTextCol1())\r
 617         {\r
 618           return null;\r
 619         }\r
 620         return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());\r
 621       }\r
 622 \r
 623       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 624               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 625       {\r
 626         try\r
 627         {\r
 628           JGroup target = (JGroup) object;\r
 629           // if null, use delete method for optional primitives\r
 630           if (value == null)\r
 631           {\r
 632             target.deleteTextCol1();\r
 633             return;\r
 634           }\r
 635           target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 636         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 637         {\r
 638           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 639         }\r
 640       }\r
 641 \r
 642       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 643       {\r
 644         return null;\r
 645       }\r
 646     };\r
 647     desc.setHandler(handler);\r
 648     desc.setMultivalued(false);\r
 649     addFieldDescriptor(desc);\r
 650 \r
 651     // -- validation code for: _textCol1\r
 652     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 653     { // -- local scope\r
 654       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 655       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 656       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 657       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 658       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 659     }\r
 660     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 661     // -- _textCol2\r
 662     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 663             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",\r
 664             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 665     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 666     {\r
 667       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 668               throws IllegalStateException\r
 669       {\r
 670         JGroup target = (JGroup) object;\r
 671         if (!target.hasTextCol2())\r
 672         {\r
 673           return null;\r
 674         }\r
 675         return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());\r
 676       }\r
 677 \r
 678       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 679               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 680       {\r
 681         try\r
 682         {\r
 683           JGroup target = (JGroup) object;\r
 684           // if null, use delete method for optional primitives\r
 685           if (value == null)\r
 686           {\r
 687             target.deleteTextCol2();\r
 688             return;\r
 689           }\r
 690           target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 691         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 692         {\r
 693           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 694         }\r
 695       }\r
 696 \r
 697       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 698       {\r
 699         return null;\r
 700       }\r
 701     };\r
 702     desc.setHandler(handler);\r
 703     desc.setMultivalued(false);\r
 704     addFieldDescriptor(desc);\r
 705 \r
 706     // -- validation code for: _textCol2\r
 707     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 708     { // -- local scope\r
 709       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 710       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 711       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 712       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 713       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 714     }\r
 715     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 716     // -- _textColThreshold\r
 717     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 718             java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",\r
 719             "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 720     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 721     {\r
 722       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 723               throws IllegalStateException\r
 724       {\r
 725         JGroup target = (JGroup) object;\r
 726         if (!target.hasTextColThreshold())\r
 727         {\r
 728           return null;\r
 729         }\r
 730         return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());\r
 731       }\r
 732 \r
 733       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 734               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 735       {\r
 736         try\r
 737         {\r
 738           JGroup target = (JGroup) object;\r
 739           // if null, use delete method for optional primitives\r
 740           if (value == null)\r
 741           {\r
 742             target.deleteTextColThreshold();\r
 743             return;\r
 744           }\r
 745           target\r
 746                   .setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value)\r
 747                           .intValue());\r
 748         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 749         {\r
 750           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 751         }\r
 752       }\r
 753 \r
 754       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 755       {\r
 756         return null;\r
 757       }\r
 758     };\r
 759     desc.setHandler(handler);\r
 760     desc.setMultivalued(false);\r
 761     addFieldDescriptor(desc);\r
 762 \r
 763     // -- validation code for: _textColThreshold\r
 764     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 765     { // -- local scope\r
 766       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 767       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 768       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 769       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 770       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 771     }\r
 772     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 773     // -- _showUnconserved\r
 774     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 775             java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",\r
 776             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 777     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 778     {\r
 779       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 780               throws IllegalStateException\r
 781       {\r
 782         JGroup target = (JGroup) object;\r
 783         if (!target.hasShowUnconserved())\r
 784         {\r
 785           return null;\r
 786         }\r
 787         return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 788                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 789       }\r
 790 \r
 791       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 792               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 793       {\r
 794         try\r
 795         {\r
 796           JGroup target = (JGroup) object;\r
 797           // if null, use delete method for optional primitives\r
 798           if (value == null)\r
 799           {\r
 800             target.deleteShowUnconserved();\r
 801             return;\r
 802           }\r
 803           target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)\r
 804                   .booleanValue());\r
 805         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 806         {\r
 807           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 808         }\r
 809       }\r
 810 \r
 811       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 812       {\r
 813         return null;\r
 814       }\r
 815     };\r
 816     desc.setHandler(handler);\r
 817     desc.setMultivalued(false);\r
 818     addFieldDescriptor(desc);\r
 819 \r
 820     // -- validation code for: _showUnconserved\r
 821     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 822     { // -- local scope\r
 823       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 824       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 825       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 826     }\r
 827     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 828     // -- _ignoreGapsinConsensus\r
 829     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 830             java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",\r
 831             "ignoreGapsinConsensus",\r
 832             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 833     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 834     {\r
 835       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 836               throws IllegalStateException\r
 837       {\r
 838         JGroup target = (JGroup) object;\r
 839         if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())\r
 840         {\r
 841           return null;\r
 842         }\r
 843         return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 844                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 845       }\r
 846 \r
 847       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 848               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 849       {\r
 850         try\r
 851         {\r
 852           JGroup target = (JGroup) object;\r
 853           // if null, use delete method for optional primitives\r
 854           if (value == null)\r
 855           {\r
 856             target.deleteIgnoreGapsinConsensus();\r
 857             return;\r
 858           }\r
 859           target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)\r
 860                   .booleanValue());\r
 861         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 862         {\r
 863           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 864         }\r
 865       }\r
 866 \r
 867       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 868       {\r
 869         return null;\r
 870       }\r
 871     };\r
 872     desc.setHandler(handler);\r
 873     desc.setMultivalued(false);\r
 874     addFieldDescriptor(desc);\r
 875 \r
 876     // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus\r
 877     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 878     { // -- local scope\r
 879       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 880       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 881       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 882     }\r
 883     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 884     // -- _showConsensusHistogram\r
 885     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 886             java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",\r
 887             "showConsensusHistogram",\r
 888             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 889     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 890     {\r
 891       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 892               throws IllegalStateException\r
 893       {\r
 894         JGroup target = (JGroup) object;\r
 895         if (!target.hasShowConsensusHistogram())\r
 896         {\r
 897           return null;\r
 898         }\r
 899         return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 900                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 901       }\r
 902 \r
 903       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 904               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 905       {\r
 906         try\r
 907         {\r
 908           JGroup target = (JGroup) object;\r
 909           // if null, use delete method for optional primitives\r
 910           if (value == null)\r
 911           {\r
 912             target.deleteShowConsensusHistogram();\r
 913             return;\r
 914           }\r
 915           target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)\r
 916                   .booleanValue());\r
 917         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 918         {\r
 919           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 920         }\r
 921       }\r
 922 \r
 923       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 924       {\r
 925         return null;\r
 926       }\r
 927     };\r
 928     desc.setHandler(handler);\r
 929     desc.setMultivalued(false);\r
 930     addFieldDescriptor(desc);\r
 931 \r
 932     // -- validation code for: _showConsensusHistogram\r
 933     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 934     { // -- local scope\r
 935       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 936       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 937       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 938     }\r
 939     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 940     // -- _showSequenceLogo\r
 941     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 942             java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",\r
 943             "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 944     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 945     {\r
 946       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 947               throws IllegalStateException\r
 948       {\r
 949         JGroup target = (JGroup) object;\r
 950         if (!target.hasShowSequenceLogo())\r
 951         {\r
 952           return null;\r
 953         }\r
 954         return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 955                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 956       }\r
 957 \r
 958       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 959               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 960       {\r
 961         try\r
 962         {\r
 963           JGroup target = (JGroup) object;\r
 964           // if null, use delete method for optional primitives\r
 965           if (value == null)\r
 966           {\r
 967             target.deleteShowSequenceLogo();\r
 968             return;\r
 969           }\r
 970           target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)\r
 971                   .booleanValue());\r
 972         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 973         {\r
 974           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 975         }\r
 976       }\r
 977 \r
 978       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 979       {\r
 980         return null;\r
 981       }\r
 982     };\r
 983     desc.setHandler(handler);\r
 984     desc.setMultivalued(false);\r
 985     addFieldDescriptor(desc);\r
 986 \r
 987     // -- validation code for: _showSequenceLogo\r
 988     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 989     { // -- local scope\r
 990       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 991       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 992       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 993     }\r
 994     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 995     // -- _id\r
 996     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 997             java.lang.String.class, "_id", "id",\r
 998             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 999     desc.setImmutable(true);\r
1000     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
1001     {\r
1002       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
1003               throws IllegalStateException\r
1004       {\r
1005         JGroup target = (JGroup) object;\r
1006         return target.getId();\r
1007       }\r
1008 \r
1009       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
1010               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
1011       {\r
1012         try\r
1013         {\r
1014           JGroup target = (JGroup) object;\r
1015           target.setId((java.lang.String) value);\r
1016         } catch (java.lang.Exception ex)\r
1017         {\r
1018           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
1019         }\r
1020       }\r
1021 \r
1022       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
1023       {\r
1024         return null;\r
1025       }\r
1026     };\r
1027     desc.setHandler(handler);\r
1028     desc.setMultivalued(false);\r
1029     addFieldDescriptor(desc);\r
1030 \r
1031     // -- validation code for: _id\r
1032     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
1033     { // -- local scope\r
1034       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
1035       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
1036       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
1037       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
1038     }\r
1039     desc.setValidator(fieldValidator);\r
1040     // -- initialize element descriptors\r
1041 \r
1042     // -- _seqList\r
1043     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
1044             java.lang.String.class, "_seqList", "seq",\r
1045             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
1046     desc.setImmutable(true);\r
1047     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
1048     {\r
1049       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
1050               throws IllegalStateException\r
1051       {\r
1052         JGroup target = (JGroup) object;\r
1053         return target.getSeq();\r
1054       }\r
1055 \r
1056       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
1057               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
1058       {\r
1059         try\r
1060         {\r
1061           JGroup target = (JGroup) object;\r
1062           target.addSeq((java.lang.String) value);\r
1063         } catch (java.lang.Exception ex)\r
1064         {\r
1065           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
1066         }\r
1067       }\r
1068 \r
1069       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
1070               IllegalArgumentException\r
1071       {\r
1072         try\r
1073         {\r
1074           JGroup target = (JGroup) object;\r
1075           target.removeAllSeq();\r
1076         } catch (java.lang.Exception ex)\r
1077         {\r
1078           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
1079         }\r
1080       }\r
1081 \r
1082       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
1083       {\r
1084         return null;\r
1085       }\r
1086     };\r
1087     desc.setHandler(handler);\r
1088     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
1089     desc.setRequired(true);\r
1090     desc.setMultivalued(true);\r
1091     addFieldDescriptor(desc);\r
1092 \r
1093     // -- validation code for: _seqList\r
1094     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
1095     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
1096     { // -- local scope\r
1097       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
1098       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
1099       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
1100       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
1101     }\r
1102     desc.setValidator(fieldValidator);\r
1103   }\r
1104 \r
1105   // -----------/\r
1106   // - Methods -/\r
1107   // -----------/\r
1108 \r
1109   /**\r
1110    * Method getAccessMode.\r
1111    * \r
1112    * @return the access mode specified for this class.\r
1113    */\r
1114   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
1115   {\r
1116     return null;\r
1117   }\r
1118 \r
1119   /**\r
1120    * Method getIdentity.\r
1121    * \r
1122    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
1123    */\r
1124   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
1125   {\r
1126     return super.getIdentity();\r
1127   }\r
1128 \r
1129   /**\r
1130    * Method getJavaClass.\r
1131    * \r
1132    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
1133    */\r
1134   public java.lang.Class getJavaClass()\r
1135   {\r
1136     return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;\r
1137   }\r
1138 \r
1139   /**\r
1140    * Method getNameSpacePrefix.\r
1141    * \r
1142    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
1143    */\r
1144   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
1145   {\r
1146     return _nsPrefix;\r
1147   }\r
1148 \r
1149   /**\r
1150    * Method getNameSpaceURI.\r
1151    * \r
1152    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
1153    */\r
1154   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
1155   {\r
1156     return _nsURI;\r
1157   }\r
1158 \r
1159   /**\r
1160    * Method getValidator.\r
1161    * \r
1162    * @return a specific validator for the class described by this\r
1163    *         ClassDescriptor.\r
1164    */\r
1165   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
1166   {\r
1167     return this;\r
1168   }\r
1169 \r
1170   /**\r
1171    * Method getXMLName.\r
1172    * \r
1173    * @return the XML Name for the Class being described.\r
1174    */\r
1175   public java.lang.String getXMLName()\r
1176   {\r
1177     return _xmlName;\r
1178   }\r
1179 \r
1180   /**\r
1181    * Method isElementDefinition.\r
1182    * \r
1183    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
1184    *         element or element with anonymous type definition.\r
1185    */\r
1186   public boolean isElementDefinition()\r
1187   {\r
1188     return _elementDefinition;\r
1189   }\r
1190 \r
1191 }\r