src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.
  17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  ******************************************************************************/
  20 /*
  21  * This class was automatically generated with
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  23  * Schema.
  24  * $Id$
  25  */
  26
  27 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  28
  29 //---------------------------------/
  30 //- Imported classes and packages -/
  31 //---------------------------------/
  32
  33 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;
  34
  35 /**
  36  * Class JGroupDescriptor.
  37  *
  38  * @version $Revision$ $Date$
  39  */
  40 public class JGroupDescriptor extends
  41         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  42 {
  43
  44   // --------------------------/
  45   // - Class/Member Variables -/
  46   // --------------------------/
  47
  48   /**
  49    * Field _elementDefinition.
  50    */
  51   private boolean _elementDefinition;
  52
  53   /**
  54    * Field _nsPrefix.
  55    */
  56   private java.lang.String _nsPrefix;
  57
  58   /**
  59    * Field _nsURI.
  60    */
  61   private java.lang.String _nsURI;
  62
  63   /**
  64    * Field _xmlName.
  65    */
  66   private java.lang.String _xmlName;
  67
  68   // ----------------/
  69   // - Constructors -/
  70   // ----------------/
  71
  72   public JGroupDescriptor()
  73   {
  74     super();
  75     _nsURI = "www.jalview.org";
  76     _xmlName = "JGroup";
  77     _elementDefinition = true;
  78
  79     // -- set grouping compositor
  80     setCompositorAsSequence();
  81     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  82     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  83     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  84     // -- initialize attribute descriptors
  85
  86     // -- _start
  87     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  88             java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",
  89             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  90     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  91     {
  92       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  93               throws IllegalStateException
  94       {
  95         JGroup target = (JGroup) object;
  96         if (!target.hasStart())
  97         {
  98           return null;
  99         }
 100         return new java.lang.Integer(target.getStart());
 101       }
 102
 103       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 104               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 105       {
 106         try
 107         {
 108           JGroup target = (JGroup) object;
 109           // if null, use delete method for optional primitives
 110           if (value == null)
 111           {
 112             target.deleteStart();
 113             return;
 114           }
 115           target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());
 116         } catch (java.lang.Exception ex)
 117         {
 118           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 119         }
 120       }
 121
 122       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 123       {
 124         return null;
 125       }
 126     };
 127     desc.setHandler(handler);
 128     desc.setMultivalued(false);
 129     addFieldDescriptor(desc);
 130
 131     // -- validation code for: _start
 132     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 133     { // -- local scope
 134       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 135       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 136       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 137       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 138       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 139     }
 140     desc.setValidator(fieldValidator);
 141     // -- _end
 142     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 143             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",
 144             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 145     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 146     {
 147       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 148               throws IllegalStateException
 149       {
 150         JGroup target = (JGroup) object;
 151         if (!target.hasEnd())
 152         {
 153           return null;
 154         }
 155         return new java.lang.Integer(target.getEnd());
 156       }
 157
 158       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 159               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 160       {
 161         try
 162         {
 163           JGroup target = (JGroup) object;
 164           // if null, use delete method for optional primitives
 165           if (value == null)
 166           {
 167             target.deleteEnd();
 168             return;
 169           }
 170           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());
 171         } catch (java.lang.Exception ex)
 172         {
 173           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 174         }
 175       }
 176
 177       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 178       {
 179         return null;
 180       }
 181     };
 182     desc.setHandler(handler);
 183     desc.setMultivalued(false);
 184     addFieldDescriptor(desc);
 185
 186     // -- validation code for: _end
 187     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 188     { // -- local scope
 189       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 190       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 191       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 192       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 193       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 194     }
 195     desc.setValidator(fieldValidator);
 196     // -- _name
 197     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 198             java.lang.String.class, "_name", "name",
 199             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 200     desc.setImmutable(true);
 201     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 202     {
 203       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 204               throws IllegalStateException
 205       {
 206         JGroup target = (JGroup) object;
 207         return target.getName();
 208       }
 209
 210       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 211               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 212       {
 213         try
 214         {
 215           JGroup target = (JGroup) object;
 216           target.setName((java.lang.String) value);
 217         } catch (java.lang.Exception ex)
 218         {
 219           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 220         }
 221       }
 222
 223       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 224       {
 225         return null;
 226       }
 227     };
 228     desc.setHandler(handler);
 229     desc.setMultivalued(false);
 230     addFieldDescriptor(desc);
 231
 232     // -- validation code for: _name
 233     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 234     { // -- local scope
 235       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 236       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 237       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 238       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 239     }
 240     desc.setValidator(fieldValidator);
 241     // -- _colour
 242     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 243             java.lang.String.class, "_colour", "colour",
 244             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 245     desc.setImmutable(true);
 246     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 247     {
 248       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 249               throws IllegalStateException
 250       {
 251         JGroup target = (JGroup) object;
 252         return target.getColour();
 253       }
 254
 255       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 256               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 257       {
 258         try
 259         {
 260           JGroup target = (JGroup) object;
 261           target.setColour((java.lang.String) value);
 262         } catch (java.lang.Exception ex)
 263         {
 264           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 265         }
 266       }
 267
 268       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 269       {
 270         return null;
 271       }
 272     };
 273     desc.setHandler(handler);
 274     desc.setMultivalued(false);
 275     addFieldDescriptor(desc);
 276
 277     // -- validation code for: _colour
 278     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 279     { // -- local scope
 280       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 281       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 282       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 283       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 284     }
 285     desc.setValidator(fieldValidator);
 286     // -- _consThreshold
 287     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 288             java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",
 289             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 290     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 291     {
 292       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 293               throws IllegalStateException
 294       {
 295         JGroup target = (JGroup) object;
 296         if (!target.hasConsThreshold())
 297         {
 298           return null;
 299         }
 300         return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());
 301       }
 302
 303       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 304               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 305       {
 306         try
 307         {
 308           JGroup target = (JGroup) object;
 309           // if null, use delete method for optional primitives
 310           if (value == null)
 311           {
 312             target.deleteConsThreshold();
 313             return;
 314           }
 315           target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 316         } catch (java.lang.Exception ex)
 317         {
 318           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 319         }
 320       }
 321
 322       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 323       {
 324         return null;
 325       }
 326     };
 327     desc.setHandler(handler);
 328     desc.setMultivalued(false);
 329     addFieldDescriptor(desc);
 330
 331     // -- validation code for: _consThreshold
 332     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 333     { // -- local scope
 334       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 335       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 336       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 337       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 338       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 339     }
 340     desc.setValidator(fieldValidator);
 341     // -- _pidThreshold
 342     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 343             java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",
 344             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 345     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 346     {
 347       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 348               throws IllegalStateException
 349       {
 350         JGroup target = (JGroup) object;
 351         if (!target.hasPidThreshold())
 352         {
 353           return null;
 354         }
 355         return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());
 356       }
 357
 358       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 359               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 360       {
 361         try
 362         {
 363           JGroup target = (JGroup) object;
 364           // if null, use delete method for optional primitives
 365           if (value == null)
 366           {
 367             target.deletePidThreshold();
 368             return;
 369           }
 370           target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 371         } catch (java.lang.Exception ex)
 372         {
 373           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 374         }
 375       }
 376
 377       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 378       {
 379         return null;
 380       }
 381     };
 382     desc.setHandler(handler);
 383     desc.setMultivalued(false);
 384     addFieldDescriptor(desc);
 385
 386     // -- validation code for: _pidThreshold
 387     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 388     { // -- local scope
 389       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 390       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 391       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 392       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 393       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 394     }
 395     desc.setValidator(fieldValidator);
 396     // -- _outlineColour
 397     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 398             java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour",
 399             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 400     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 401     {
 402       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 403               throws IllegalStateException
 404       {
 405         JGroup target = (JGroup) object;
 406         if (!target.hasOutlineColour())
 407         {
 408           return null;
 409         }
 410         return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());
 411       }
 412
 413       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 414               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 415       {
 416         try
 417         {
 418           JGroup target = (JGroup) object;
 419           // if null, use delete method for optional primitives
 420           if (value == null)
 421           {
 422             target.deleteOutlineColour();
 423             return;
 424           }
 425           target.setOutlineColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 426         } catch (java.lang.Exception ex)
 427         {
 428           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 429         }
 430       }
 431
 432       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 433       {
 434         return null;
 435       }
 436     };
 437     desc.setHandler(handler);
 438     desc.setMultivalued(false);
 439     addFieldDescriptor(desc);
 440
 441     // -- validation code for: _outlineColour
 442     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 443     { // -- local scope
 444       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 445       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 446       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 447       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 448       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 449     }
 450     desc.setValidator(fieldValidator);
 451     // -- _displayBoxes
 452     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 453             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes",
 454             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 455     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 456     {
 457       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 458               throws IllegalStateException
 459       {
 460         JGroup target = (JGroup) object;
 461         if (!target.hasDisplayBoxes())
 462         {
 463           return null;
 464         }
 465         return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE
 466                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 467       }
 468
 469       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 470               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 471       {
 472         try
 473         {
 474           JGroup target = (JGroup) object;
 475           // if null, use delete method for optional primitives
 476           if (value == null)
 477           {
 478             target.deleteDisplayBoxes();
 479             return;
 480           }
 481           target.setDisplayBoxes(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 482         } catch (java.lang.Exception ex)
 483         {
 484           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 485         }
 486       }
 487
 488       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 489       {
 490         return null;
 491       }
 492     };
 493     desc.setHandler(handler);
 494     desc.setMultivalued(false);
 495     addFieldDescriptor(desc);
 496
 497     // -- validation code for: _displayBoxes
 498     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 499     { // -- local scope
 500       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 501       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 502       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 503     }
 504     desc.setValidator(fieldValidator);
 505     // -- _displayText
 506     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 507             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText",
 508             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 509     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 510     {
 511       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 512               throws IllegalStateException
 513       {
 514         JGroup target = (JGroup) object;
 515         if (!target.hasDisplayText())
 516         {
 517           return null;
 518         }
 519         return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE
 520                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 521       }
 522
 523       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 524               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 525       {
 526         try
 527         {
 528           JGroup target = (JGroup) object;
 529           // if null, use delete method for optional primitives
 530           if (value == null)
 531           {
 532             target.deleteDisplayText();
 533             return;
 534           }
 535           target.setDisplayText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 536         } catch (java.lang.Exception ex)
 537         {
 538           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 539         }
 540       }
 541
 542       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 543       {
 544         return null;
 545       }
 546     };
 547     desc.setHandler(handler);
 548     desc.setMultivalued(false);
 549     addFieldDescriptor(desc);
 550
 551     // -- validation code for: _displayText
 552     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 553     { // -- local scope
 554       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 555       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 556       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 557     }
 558     desc.setValidator(fieldValidator);
 559     // -- _colourText
 560     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 561             java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText",
 562             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 563     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 564     {
 565       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 566               throws IllegalStateException
 567       {
 568         JGroup target = (JGroup) object;
 569         if (!target.hasColourText())
 570         {
 571           return null;
 572         }
 573         return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE
 574                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 575       }
 576
 577       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 578               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 579       {
 580         try
 581         {
 582           JGroup target = (JGroup) object;
 583           // if null, use delete method for optional primitives
 584           if (value == null)
 585           {
 586             target.deleteColourText();
 587             return;
 588           }
 589           target.setColourText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 590         } catch (java.lang.Exception ex)
 591         {
 592           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 593         }
 594       }
 595
 596       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 597       {
 598         return null;
 599       }
 600     };
 601     desc.setHandler(handler);
 602     desc.setMultivalued(false);
 603     addFieldDescriptor(desc);
 604
 605     // -- validation code for: _colourText
 606     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 607     { // -- local scope
 608       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 609       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 610       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 611     }
 612     desc.setValidator(fieldValidator);
 613     // -- _textCol1
 614     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 615             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",
 616             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 617     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 618     {
 619       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 620               throws IllegalStateException
 621       {
 622         JGroup target = (JGroup) object;
 623         if (!target.hasTextCol1())
 624         {
 625           return null;
 626         }
 627         return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());
 628       }
 629
 630       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 631               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 632       {
 633         try
 634         {
 635           JGroup target = (JGroup) object;
 636           // if null, use delete method for optional primitives
 637           if (value == null)
 638           {
 639             target.deleteTextCol1();
 640             return;
 641           }
 642           target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());
 643         } catch (java.lang.Exception ex)
 644         {
 645           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 646         }
 647       }
 648
 649       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 650       {
 651         return null;
 652       }
 653     };
 654     desc.setHandler(handler);
 655     desc.setMultivalued(false);
 656     addFieldDescriptor(desc);
 657
 658     // -- validation code for: _textCol1
 659     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 660     { // -- local scope
 661       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 662       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 663       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 664       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 665       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 666     }
 667     desc.setValidator(fieldValidator);
 668     // -- _textCol2
 669     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 670             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",
 671             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 672     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 673     {
 674       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 675               throws IllegalStateException
 676       {
 677         JGroup target = (JGroup) object;
 678         if (!target.hasTextCol2())
 679         {
 680           return null;
 681         }
 682         return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());
 683       }
 684
 685       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 686               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 687       {
 688         try
 689         {
 690           JGroup target = (JGroup) object;
 691           // if null, use delete method for optional primitives
 692           if (value == null)
 693           {
 694             target.deleteTextCol2();
 695             return;
 696           }
 697           target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());
 698         } catch (java.lang.Exception ex)
 699         {
 700           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 701         }
 702       }
 703
 704       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 705       {
 706         return null;
 707       }
 708     };
 709     desc.setHandler(handler);
 710     desc.setMultivalued(false);
 711     addFieldDescriptor(desc);
 712
 713     // -- validation code for: _textCol2
 714     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 715     { // -- local scope
 716       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 717       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 718       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 719       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 720       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 721     }
 722     desc.setValidator(fieldValidator);
 723     // -- _textColThreshold
 724     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 725             java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",
 726             "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 727     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 728     {
 729       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 730               throws IllegalStateException
 731       {
 732         JGroup target = (JGroup) object;
 733         if (!target.hasTextColThreshold())
 734         {
 735           return null;
 736         }
 737         return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());
 738       }
 739
 740       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 741               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 742       {
 743         try
 744         {
 745           JGroup target = (JGroup) object;
 746           // if null, use delete method for optional primitives
 747           if (value == null)
 748           {
 749             target.deleteTextColThreshold();
 750             return;
 751           }
 752           target.setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 753         } catch (java.lang.Exception ex)
 754         {
 755           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 756         }
 757       }
 758
 759       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 760       {
 761         return null;
 762       }
 763     };
 764     desc.setHandler(handler);
 765     desc.setMultivalued(false);
 766     addFieldDescriptor(desc);
 767
 768     // -- validation code for: _textColThreshold
 769     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 770     { // -- local scope
 771       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 772       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 773       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 774       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 775       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 776     }
 777     desc.setValidator(fieldValidator);
 778     // -- _showUnconserved
 779     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 780             java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",
 781             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 782     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 783     {
 784       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 785               throws IllegalStateException
 786       {
 787         JGroup target = (JGroup) object;
 788         if (!target.hasShowUnconserved())
 789         {
 790           return null;
 791         }
 792         return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE
 793                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 794       }
 795
 796       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 797               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 798       {
 799         try
 800         {
 801           JGroup target = (JGroup) object;
 802           // if null, use delete method for optional primitives
 803           if (value == null)
 804           {
 805             target.deleteShowUnconserved();
 806             return;
 807           }
 808           target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)
 809                   .booleanValue());
 810         } catch (java.lang.Exception ex)
 811         {
 812           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 813         }
 814       }
 815
 816       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 817       {
 818         return null;
 819       }
 820     };
 821     desc.setHandler(handler);
 822     desc.setMultivalued(false);
 823     addFieldDescriptor(desc);
 824
 825     // -- validation code for: _showUnconserved
 826     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 827     { // -- local scope
 828       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 829       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 830       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 831     }
 832     desc.setValidator(fieldValidator);
 833     // -- _ignoreGapsinConsensus
 834     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 835             java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",
 836             "ignoreGapsinConsensus",
 837             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 838     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 839     {
 840       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 841               throws IllegalStateException
 842       {
 843         JGroup target = (JGroup) object;
 844         if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())
 845         {
 846           return null;
 847         }
 848         return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE
 849                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 850       }
 851
 852       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 853               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 854       {
 855         try
 856         {
 857           JGroup target = (JGroup) object;
 858           // if null, use delete method for optional primitives
 859           if (value == null)
 860           {
 861             target.deleteIgnoreGapsinConsensus();
 862             return;
 863           }
 864           target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)
 865                   .booleanValue());
 866         } catch (java.lang.Exception ex)
 867         {
 868           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 869         }
 870       }
 871
 872       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 873       {
 874         return null;
 875       }
 876     };
 877     desc.setHandler(handler);
 878     desc.setMultivalued(false);
 879     addFieldDescriptor(desc);
 880
 881     // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus
 882     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 883     { // -- local scope
 884       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 885       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 886       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 887     }
 888     desc.setValidator(fieldValidator);
 889     // -- _showConsensusHistogram
 890     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 891             java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",
 892             "showConsensusHistogram",
 893             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 894     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 895     {
 896       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 897               throws IllegalStateException
 898       {
 899         JGroup target = (JGroup) object;
 900         if (!target.hasShowConsensusHistogram())
 901         {
 902           return null;
 903         }
 904         return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE
 905                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 906       }
 907
 908       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 909               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 910       {
 911         try
 912         {
 913           JGroup target = (JGroup) object;
 914           // if null, use delete method for optional primitives
 915           if (value == null)
 916           {
 917             target.deleteShowConsensusHistogram();
 918             return;
 919           }
 920           target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)
 921                   .booleanValue());
 922         } catch (java.lang.Exception ex)
 923         {
 924           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 925         }
 926       }
 927
 928       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 929       {
 930         return null;
 931       }
 932     };
 933     desc.setHandler(handler);
 934     desc.setMultivalued(false);
 935     addFieldDescriptor(desc);
 936
 937     // -- validation code for: _showConsensusHistogram
 938     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 939     { // -- local scope
 940       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 941       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 942       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 943     }
 944     desc.setValidator(fieldValidator);
 945     // -- _showSequenceLogo
 946     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 947             java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",
 948             "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 949     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 950     {
 951       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 952               throws IllegalStateException
 953       {
 954         JGroup target = (JGroup) object;
 955         if (!target.hasShowSequenceLogo())
 956         {
 957           return null;
 958         }
 959         return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
 960                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 961       }
 962
 963       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 964               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 965       {
 966         try
 967         {
 968           JGroup target = (JGroup) object;
 969           // if null, use delete method for optional primitives
 970           if (value == null)
 971           {
 972             target.deleteShowSequenceLogo();
 973             return;
 974           }
 975           target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
 976                   .booleanValue());
 977         } catch (java.lang.Exception ex)
 978         {
 979           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 980         }
 981       }
 982
 983       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 984       {
 985         return null;
 986       }
 987     };
 988     desc.setHandler(handler);
 989     desc.setMultivalued(false);
 990     addFieldDescriptor(desc);
 991
 992     // -- validation code for: _showSequenceLogo
 993     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 994     { // -- local scope
 995       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 996       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 997       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 998     }
 999     desc.setValidator(fieldValidator);
1000     // -- _normaliseSequenceLogo
1001     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1002             java.lang.Boolean.TYPE, "_normaliseSequenceLogo",
1003             "normaliseSequenceLogo",
1004             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
1005     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1006     {
1007       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1008               throws IllegalStateException
1009       {
1010         JGroup target = (JGroup) object;
1011         if (!target.hasNormaliseSequenceLogo())
1012         {
1013           return null;
1014         }
1015         return (target.getNormaliseSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
1016                 : java.lang.Boolean.FALSE);
1017       }
1018
1019       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1020               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1021       {
1022         try
1023         {
1024           JGroup target = (JGroup) object;
1025           // if null, use delete method for optional primitives
1026           if (value == null)
1027           {
1028             target.deleteNormaliseSequenceLogo();
1029             return;
1030           }
1031           target.setNormaliseSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
1032                   .booleanValue());
1033         } catch (java.lang.Exception ex)
1034         {
1035           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1036         }
1037       }
1038
1039       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1040       {
1041         return null;
1042       }
1043     };
1044     desc.setHandler(handler);
1045     desc.setMultivalued(false);
1046     addFieldDescriptor(desc);
1047
1048     // -- validation code for: _normaliseSequenceLogo
1049     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1050     { // -- local scope
1051       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
1052       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
1053       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1054     }
1055     desc.setValidator(fieldValidator);
1056     // -- _id
1057     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1058             java.lang.String.class, "_id", "id",
1059             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
1060     desc.setImmutable(true);
1061     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1062     {
1063       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1064               throws IllegalStateException
1065       {
1066         JGroup target = (JGroup) object;
1067         return target.getId();
1068       }
1069
1070       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1071               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1072       {
1073         try
1074         {
1075           JGroup target = (JGroup) object;
1076           target.setId((java.lang.String) value);
1077         } catch (java.lang.Exception ex)
1078         {
1079           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1080         }
1081       }
1082
1083       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1084       {
1085         return null;
1086       }
1087     };
1088     desc.setHandler(handler);
1089     desc.setMultivalued(false);
1090     addFieldDescriptor(desc);
1091
1092     // -- validation code for: _id
1093     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1094     { // -- local scope
1095       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1096       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1097       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1098       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1099     }
1100     desc.setValidator(fieldValidator);
1101     // -- initialize element descriptors
1102
1103     // -- _seqList
1104     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1105             java.lang.String.class, "_seqList", "seq",
1106             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1107     desc.setImmutable(true);
1108     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1109     {
1110       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1111               throws IllegalStateException
1112       {
1113         JGroup target = (JGroup) object;
1114         return target.getSeq();
1115       }
1116
1117       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1118               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1119       {
1120         try
1121         {
1122           JGroup target = (JGroup) object;
1123           target.addSeq((java.lang.String) value);
1124         } catch (java.lang.Exception ex)
1125         {
1126           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1127         }
1128       }
1129
1130       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1131               IllegalArgumentException
1132       {
1133         try
1134         {
1135           JGroup target = (JGroup) object;
1136           target.removeAllSeq();
1137         } catch (java.lang.Exception ex)
1138         {
1139           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1140         }
1141       }
1142
1143       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1144       {
1145         return null;
1146       }
1147     };
1148     desc.setHandler(handler);
1149     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1150     desc.setRequired(true);
1151     desc.setMultivalued(true);
1152     addFieldDescriptor(desc);
1153
1154     // -- validation code for: _seqList
1155     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1156     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1157     { // -- local scope
1158       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1159       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1160       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1161       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1162     }
1163     desc.setValidator(fieldValidator);
1164     // -- _annotationColours
1165     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1166             jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class,
1167             "_annotationColours", "annotationColours",
1168             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1169     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1170     {
1171       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1172               throws IllegalStateException
1173       {
1174         JGroup target = (JGroup) object;
1175         return target.getAnnotationColours();
1176       }
1177
1178       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1179               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1180       {
1181         try
1182         {
1183           JGroup target = (JGroup) object;
1184           target.setAnnotationColours((jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) value);
1185         } catch (java.lang.Exception ex)
1186         {
1187           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1188         }
1189       }
1190
1191       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1192       {
1193         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours();
1194       }
1195     };
1196     desc.setHandler(handler);
1197     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1198     desc.setMultivalued(false);
1199     addFieldDescriptor(desc);
1200
1201     // -- validation code for: _annotationColours
1202     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1203     { // -- local scope
1204     }
1205     desc.setValidator(fieldValidator);
1206   }
1207
1208   // -----------/
1209   // - Methods -/
1210   // -----------/
1211
1212   /**
1213    * Method getAccessMode.
1214    *
1215    * @return the access mode specified for this class.
1216    */
1217   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1218   {
1219     return null;
1220   }
1221
1222   /**
1223    * Method getIdentity.
1224    *
1225    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1226    */
1227   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1228   {
1229     return super.getIdentity();
1230   }
1231
1232   /**
1233    * Method getJavaClass.
1234    *
1235    * @return the Java class represented by this descriptor.
1236    */
1237   public java.lang.Class getJavaClass()
1238   {
1239     return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;
1240   }
1241
1242   /**
1243    * Method getNameSpacePrefix.
1244    *
1245    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1246    */
1247   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1248   {
1249     return _nsPrefix;
1250   }
1251
1252   /**
1253    * Method getNameSpaceURI.
1254    *
1255    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1256    */
1257   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1258   {
1259     return _nsURI;
1260   }
1261
1262   /**
1263    * Method getValidator.
1264    *
1265    * @return a specific validator for the class described by this
1266    *         ClassDescriptor.
1267    */
1268   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1269   {
1270     return this;
1271   }
1272
1273   /**
1274    * Method getXMLName.
1275    *
1276    * @return the XML Name for the Class being described.
1277    */
1278   public java.lang.String getXMLName()
1279   {
1280     return _xmlName;
1281   }
1282
1283   /**
1284    * Method isElementDefinition.
1285    *
1286    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1287    *         element or element with anonymous type definition.
1288    */
1289   public boolean isElementDefinition()
1290   {
1291     return _elementDefinition;
1292   }
1293
1294 }