src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import jalview.schemabinding.version2.JSeq;\r
  15 \r
  16 /**\r
  17  * Class JSeqDescriptor.\r
  18  * \r
  19  * @version $Revision$ $Date$\r
  20  */\r
  21 public class JSeqDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
  22 \r
  23 \r
  24       //--------------------------/\r
  25      //- Class/Member Variables -/\r
  26     //--------------------------/\r
  27 \r
  28     /**\r
  29      * Field _elementDefinition.\r
  30      */\r
  31     private boolean _elementDefinition;\r
  32 \r
  33     /**\r
  34      * Field _nsPrefix.\r
  35      */\r
  36     private java.lang.String _nsPrefix;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _nsURI.\r
  40      */\r
  41     private java.lang.String _nsURI;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Field _xmlName.\r
  45      */\r
  46     private java.lang.String _xmlName;\r
  47 \r
  48 \r
  49       //----------------/\r
  50      //- Constructors -/\r
  51     //----------------/\r
  52 \r
  53     public JSeqDescriptor() {\r
  54         super();\r
  55         _nsURI = "www.jalview.org";\r
  56         _xmlName = "JSeq";\r
  57         _elementDefinition = true;\r
  58         \r
  59         //-- set grouping compositor\r
  60         setCompositorAsSequence();\r
  61         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  62         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
  63         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  64         //-- initialize attribute descriptors\r
  65         \r
  66         //-- _colour\r
  67         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  68         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  69             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  70                 throws IllegalStateException\r
  71             {\r
  72                 JSeq target = (JSeq) object;\r
  73                 if (!target.hasColour()) { return null; }\r
  74                 return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
  75             }\r
  76             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  77                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  78             {\r
  79                 try {\r
  80                     JSeq target = (JSeq) object;\r
  81                     // if null, use delete method for optional primitives \r
  82                     if (value == null) {\r
  83                         target.deleteColour();\r
  84                         return;\r
  85                     }\r
  86                     target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
  87                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
  88                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  89                 }\r
  90             }\r
  91             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
  92                 return null;\r
  93             }\r
  94         };\r
  95         desc.setHandler(handler);\r
  96         desc.setMultivalued(false);\r
  97         addFieldDescriptor(desc);\r
  98         \r
  99         //-- validation code for: _colour\r
 100         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 101         { //-- local scope\r
 102             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 103             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 104             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 105             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 106             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 107         }\r
 108         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 109         //-- _start\r
 110         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 111         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 112             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 113                 throws IllegalStateException\r
 114             {\r
 115                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 116                 if (!target.hasStart()) { return null; }\r
 117                 return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
 118             }\r
 119             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 120                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 121             {\r
 122                 try {\r
 123                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 124                     // ignore null values for non optional primitives\r
 125                     if (value == null) { return; }\r
 126                     \r
 127                     target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 128                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 129                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 130                 }\r
 131             }\r
 132             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 133                 return null;\r
 134             }\r
 135         };\r
 136         desc.setHandler(handler);\r
 137         desc.setRequired(true);\r
 138         desc.setMultivalued(false);\r
 139         addFieldDescriptor(desc);\r
 140         \r
 141         //-- validation code for: _start\r
 142         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 143         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 144         { //-- local scope\r
 145             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 146             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 147             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 148             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 149             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 150         }\r
 151         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 152         //-- _end\r
 153         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 154         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 155             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 156                 throws IllegalStateException\r
 157             {\r
 158                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 159                 if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
 160                 return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
 161             }\r
 162             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 163                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 164             {\r
 165                 try {\r
 166                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 167                     // ignore null values for non optional primitives\r
 168                     if (value == null) { return; }\r
 169                     \r
 170                     target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 171                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 172                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 173                 }\r
 174             }\r
 175             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 176                 return null;\r
 177             }\r
 178         };\r
 179         desc.setHandler(handler);\r
 180         desc.setRequired(true);\r
 181         desc.setMultivalued(false);\r
 182         addFieldDescriptor(desc);\r
 183         \r
 184         //-- validation code for: _end\r
 185         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 186         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 187         { //-- local scope\r
 188             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 189             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 190             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 191             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 192             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 193         }\r
 194         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 195         //-- _id\r
 196         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 197         desc.setImmutable(true);\r
 198         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 199             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 200                 throws IllegalStateException\r
 201             {\r
 202                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 203                 return target.getId();\r
 204             }\r
 205             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 206                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 207             {\r
 208                 try {\r
 209                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 210                     target.setId( (java.lang.String) value);\r
 211                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 212                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 213                 }\r
 214             }\r
 215             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 216                 return null;\r
 217             }\r
 218         };\r
 219         desc.setHandler(handler);\r
 220         desc.setRequired(true);\r
 221         desc.setMultivalued(false);\r
 222         addFieldDescriptor(desc);\r
 223         \r
 224         //-- validation code for: _id\r
 225         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 226         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 227         { //-- local scope\r
 228             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 229             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 230             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 231             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 232         }\r
 233         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 234         //-- _hidden\r
 235         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_hidden", "hidden", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 236         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 237             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 238                 throws IllegalStateException\r
 239             {\r
 240                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 241                 if (!target.hasHidden()) { return null; }\r
 242                 return (target.getHidden() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 243             }\r
 244             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 245                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 246             {\r
 247                 try {\r
 248                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 249                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 250                     if (value == null) {\r
 251                         target.deleteHidden();\r
 252                         return;\r
 253                     }\r
 254                     target.setHidden( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 255                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 256                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 257                 }\r
 258             }\r
 259             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 260                 return null;\r
 261             }\r
 262         };\r
 263         desc.setHandler(handler);\r
 264         desc.setMultivalued(false);\r
 265         addFieldDescriptor(desc);\r
 266         \r
 267         //-- validation code for: _hidden\r
 268         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 269         { //-- local scope\r
 270             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 271             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 272             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 273         }\r
 274         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 275         //-- initialize element descriptors\r
 276         \r
 277         //-- _featuresList\r
 278         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Features.class, "_featuresList", "features", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 279         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 280             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 281                 throws IllegalStateException\r
 282             {\r
 283                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 284                 return target.getFeatures();\r
 285             }\r
 286             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 287                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 288             {\r
 289                 try {\r
 290                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 291                     target.addFeatures( (jalview.schemabinding.version2.Features) value);\r
 292                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 293                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 294                 }\r
 295             }\r
 296             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 297                 try {\r
 298                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 299                     target.removeAllFeatures();\r
 300                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 301                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 302                 }\r
 303             }\r
 304             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 305                 return new jalview.schemabinding.version2.Features();\r
 306             }\r
 307         };\r
 308         desc.setHandler(handler);\r
 309         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 310         desc.setMultivalued(true);\r
 311         addFieldDescriptor(desc);\r
 312         \r
 313         //-- validation code for: _featuresList\r
 314         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 315         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 316         { //-- local scope\r
 317         }\r
 318         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 319         //-- _pdbidsList\r
 320         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, "_pdbidsList", "pdbids", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 321         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 322             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 323                 throws IllegalStateException\r
 324             {\r
 325                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 326                 return target.getPdbids();\r
 327             }\r
 328             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 329                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 330             {\r
 331                 try {\r
 332                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 333                     target.addPdbids( (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) value);\r
 334                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 335                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 336                 }\r
 337             }\r
 338             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 339                 try {\r
 340                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 341                     target.removeAllPdbids();\r
 342                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 343                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 344                 }\r
 345             }\r
 346             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 347                 return new jalview.schemabinding.version2.Pdbids();\r
 348             }\r
 349         };\r
 350         desc.setHandler(handler);\r
 351         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 352         desc.setMultivalued(true);\r
 353         addFieldDescriptor(desc);\r
 354         \r
 355         //-- validation code for: _pdbidsList\r
 356         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 357         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 358         { //-- local scope\r
 359         }\r
 360         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 361         //-- _hiddenSequencesList\r
 362         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_hiddenSequencesList", "hiddenSequences", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 363         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 364             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 365                 throws IllegalStateException\r
 366             {\r
 367                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 368                 return target.getHiddenSequences();\r
 369             }\r
 370             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 371                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 372             {\r
 373                 try {\r
 374                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 375                     // ignore null values for non optional primitives\r
 376                     if (value == null) { return; }\r
 377                     \r
 378                     target.addHiddenSequences( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 379                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 380                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 381                 }\r
 382             }\r
 383             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 384                 try {\r
 385                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 386                     target.removeAllHiddenSequences();\r
 387                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 388                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 389                 }\r
 390             }\r
 391             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 392                 return null;\r
 393             }\r
 394         };\r
 395         desc.setHandler(handler);\r
 396         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 397         desc.setMultivalued(true);\r
 398         addFieldDescriptor(desc);\r
 399         \r
 400         //-- validation code for: _hiddenSequencesList\r
 401         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 402         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 403         { //-- local scope\r
 404             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 405             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 406             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 407             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 408             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 409         }\r
 410         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 411     }\r
 412 \r
 413 \r
 414       //-----------/\r
 415      //- Methods -/\r
 416     //-----------/\r
 417 \r
 418     /**\r
 419      * Method getAccessMode.\r
 420      * \r
 421      * @return the access mode specified for this class.\r
 422      */\r
 423     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
 424     ) {\r
 425         return null;\r
 426     }\r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * Method getIdentity.\r
 430      * \r
 431      * @return the identity field, null if this class has no\r
 432      * identity.\r
 433      */\r
 434     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
 435     ) {\r
 436         return super.getIdentity();\r
 437     }\r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * Method getJavaClass.\r
 441      * \r
 442      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 443      */\r
 444     public java.lang.Class getJavaClass(\r
 445     ) {\r
 446         return jalview.schemabinding.version2.JSeq.class;\r
 447     }\r
 448 \r
 449     /**\r
 450      * Method getNameSpacePrefix.\r
 451      * \r
 452      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 453      */\r
 454     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
 455     ) {\r
 456         return _nsPrefix;\r
 457     }\r
 458 \r
 459     /**\r
 460      * Method getNameSpaceURI.\r
 461      * \r
 462      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
 463      * unmarshaling as XML.\r
 464      */\r
 465     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
 466     ) {\r
 467         return _nsURI;\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * Method getValidator.\r
 472      * \r
 473      * @return a specific validator for the class described by this\r
 474      * ClassDescriptor.\r
 475      */\r
 476     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
 477     ) {\r
 478         return this;\r
 479     }\r
 480 \r
 481     /**\r
 482      * Method getXMLName.\r
 483      * \r
 484      * @return the XML Name for the Class being described.\r
 485      */\r
 486     public java.lang.String getXMLName(\r
 487     ) {\r
 488         return _xmlName;\r
 489     }\r
 490 \r
 491     /**\r
 492      * Method isElementDefinition.\r
 493      * \r
 494      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
 495      * of a global\r
 496      * element or element with anonymous type definition.\r
 497      */\r
 498     public boolean isElementDefinition(\r
 499     ) {\r
 500         return _elementDefinition;\r
 501     }\r
 502 \r
 503 }\r