src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import jalview.schemabinding.version2.JSeq;
  32
  33 /**
  34  * Class JSeqDescriptor.
  35  *
  36  * @version $Revision$ $Date$
  37  */
  38 public class JSeqDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {
  39
  40
  41       //--------------------------/
  42      //- Class/Member Variables -/
  43     //--------------------------/
  44
  45     /**
  46      * Field _elementDefinition.
  47      */
  48     private boolean _elementDefinition;
  49
  50     /**
  51      * Field _nsPrefix.
  52      */
  53     private java.lang.String _nsPrefix;
  54
  55     /**
  56      * Field _nsURI.
  57      */
  58     private java.lang.String _nsURI;
  59
  60     /**
  61      * Field _xmlName.
  62      */
  63     private java.lang.String _xmlName;
  64
  65
  66       //----------------/
  67      //- Constructors -/
  68     //----------------/
  69
  70     public JSeqDescriptor() {
  71         super();
  72         _nsURI = "www.jalview.org";
  73         _xmlName = "JSeq";
  74         _elementDefinition = true;
  75
  76         //-- set grouping compositor
  77         setCompositorAsSequence();
  78         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;
  79         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;
  80         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;
  81         //-- initialize attribute descriptors
  82
  83         //-- _colour
  84         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  85         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
  86             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
  87                 throws IllegalStateException
  88             {
  89                 JSeq target = (JSeq) object;
  90                 if (!target.hasColour()) { return null; }
  91                 return new java.lang.Integer(target.getColour());
  92             }
  93             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  94                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  95             {
  96                 try {
  97                     JSeq target = (JSeq) object;
  98                     // if null, use delete method for optional primitives
  99                     if (value == null) {
 100                         target.deleteColour();
 101                         return;
 102                     }
 103                     target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());
 104                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 105                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 106                 }
 107             }
 108             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 109                 return null;
 110             }
 111         };
 112         desc.setHandler(handler);
 113         desc.setMultivalued(false);
 114         addFieldDescriptor(desc);
 115
 116         //-- validation code for: _colour
 117         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 118         { //-- local scope
 119             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 120             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 121             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 122             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 123             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 124         }
 125         desc.setValidator(fieldValidator);
 126         //-- _start
 127         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 128         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 129             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 130                 throws IllegalStateException
 131             {
 132                 JSeq target = (JSeq) object;
 133                 if (!target.hasStart()) { return null; }
 134                 return new java.lang.Integer(target.getStart());
 135             }
 136             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 137                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 138             {
 139                 try {
 140                     JSeq target = (JSeq) object;
 141                     // ignore null values for non optional primitives
 142                     if (value == null) { return; }
 143
 144                     target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());
 145                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 146                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 147                 }
 148             }
 149             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 150                 return null;
 151             }
 152         };
 153         desc.setHandler(handler);
 154         desc.setRequired(true);
 155         desc.setMultivalued(false);
 156         addFieldDescriptor(desc);
 157
 158         //-- validation code for: _start
 159         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 160         fieldValidator.setMinOccurs(1);
 161         { //-- local scope
 162             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 163             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 164             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 165             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 166             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 167         }
 168         desc.setValidator(fieldValidator);
 169         //-- _end
 170         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 171         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 172             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 173                 throws IllegalStateException
 174             {
 175                 JSeq target = (JSeq) object;
 176                 if (!target.hasEnd()) { return null; }
 177                 return new java.lang.Integer(target.getEnd());
 178             }
 179             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 180                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 181             {
 182                 try {
 183                     JSeq target = (JSeq) object;
 184                     // ignore null values for non optional primitives
 185                     if (value == null) { return; }
 186
 187                     target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());
 188                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 189                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 190                 }
 191             }
 192             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 193                 return null;
 194             }
 195         };
 196         desc.setHandler(handler);
 197         desc.setRequired(true);
 198         desc.setMultivalued(false);
 199         addFieldDescriptor(desc);
 200
 201         //-- validation code for: _end
 202         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 203         fieldValidator.setMinOccurs(1);
 204         { //-- local scope
 205             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 206             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 207             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 208             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 209             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 210         }
 211         desc.setValidator(fieldValidator);
 212         //-- _id
 213         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 214         desc.setImmutable(true);
 215         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 216             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 217                 throws IllegalStateException
 218             {
 219                 JSeq target = (JSeq) object;
 220                 return target.getId();
 221             }
 222             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 223                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 224             {
 225                 try {
 226                     JSeq target = (JSeq) object;
 227                     target.setId( (java.lang.String) value);
 228                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 229                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 230                 }
 231             }
 232             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 233                 return null;
 234             }
 235         };
 236         desc.setHandler(handler);
 237         desc.setRequired(true);
 238         desc.setMultivalued(false);
 239         addFieldDescriptor(desc);
 240
 241         //-- validation code for: _id
 242         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 243         fieldValidator.setMinOccurs(1);
 244         { //-- local scope
 245             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 246             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 247             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 248             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 249         }
 250         desc.setValidator(fieldValidator);
 251         //-- _hidden
 252         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_hidden", "hidden", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 253         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 254             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 255                 throws IllegalStateException
 256             {
 257                 JSeq target = (JSeq) object;
 258                 if (!target.hasHidden()) { return null; }
 259                 return (target.getHidden() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);
 260             }
 261             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 262                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 263             {
 264                 try {
 265                     JSeq target = (JSeq) object;
 266                     // if null, use delete method for optional primitives
 267                     if (value == null) {
 268                         target.deleteHidden();
 269                         return;
 270                     }
 271                     target.setHidden( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 272                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 273                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 274                 }
 275             }
 276             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 277                 return null;
 278             }
 279         };
 280         desc.setHandler(handler);
 281         desc.setMultivalued(false);
 282         addFieldDescriptor(desc);
 283
 284         //-- validation code for: _hidden
 285         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 286         { //-- local scope
 287             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 288             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 289             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 290         }
 291         desc.setValidator(fieldValidator);
 292         //-- initialize element descriptors
 293
 294         //-- _featuresList
 295         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Features.class, "_featuresList", "features", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 296         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 297             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 298                 throws IllegalStateException
 299             {
 300                 JSeq target = (JSeq) object;
 301                 return target.getFeatures();
 302             }
 303             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 304                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 305             {
 306                 try {
 307                     JSeq target = (JSeq) object;
 308                     target.addFeatures( (jalview.schemabinding.version2.Features) value);
 309                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 310                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 311                 }
 312             }
 313             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {
 314                 try {
 315                     JSeq target = (JSeq) object;
 316                     target.removeAllFeatures();
 317                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 318                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 319                 }
 320             }
 321             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 322                 return new jalview.schemabinding.version2.Features();
 323             }
 324         };
 325         desc.setHandler(handler);
 326         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 327         desc.setMultivalued(true);
 328         addFieldDescriptor(desc);
 329
 330         //-- validation code for: _featuresList
 331         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 332         fieldValidator.setMinOccurs(0);
 333         { //-- local scope
 334         }
 335         desc.setValidator(fieldValidator);
 336         //-- _pdbidsList
 337         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, "_pdbidsList", "pdbids", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 338         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 339             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 340                 throws IllegalStateException
 341             {
 342                 JSeq target = (JSeq) object;
 343                 return target.getPdbids();
 344             }
 345             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 346                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 347             {
 348                 try {
 349                     JSeq target = (JSeq) object;
 350                     target.addPdbids( (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) value);
 351                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 352                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 353                 }
 354             }
 355             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {
 356                 try {
 357                     JSeq target = (JSeq) object;
 358                     target.removeAllPdbids();
 359                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 360                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 361                 }
 362             }
 363             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 364                 return new jalview.schemabinding.version2.Pdbids();
 365             }
 366         };
 367         desc.setHandler(handler);
 368         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 369         desc.setMultivalued(true);
 370         addFieldDescriptor(desc);
 371
 372         //-- validation code for: _pdbidsList
 373         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 374         fieldValidator.setMinOccurs(0);
 375         { //-- local scope
 376         }
 377         desc.setValidator(fieldValidator);
 378         //-- _hiddenSequencesList
 379         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_hiddenSequencesList", "hiddenSequences", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 380         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
 381             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object )
 382                 throws IllegalStateException
 383             {
 384                 JSeq target = (JSeq) object;
 385                 return target.getHiddenSequences();
 386             }
 387             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 388                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 389             {
 390                 try {
 391                     JSeq target = (JSeq) object;
 392                     // ignore null values for non optional primitives
 393                     if (value == null) { return; }
 394
 395                     target.addHiddenSequences( ((java.lang.Integer) value).intValue());
 396                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 397                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 398                 }
 399             }
 400             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {
 401                 try {
 402                     JSeq target = (JSeq) object;
 403                     target.removeAllHiddenSequences();
 404                 } catch (java.lang.Exception ex) {
 405                     throw new IllegalStateException(ex.toString());
 406                 }
 407             }
 408             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
 409                 return null;
 410             }
 411         };
 412         desc.setHandler(handler);
 413         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 414         desc.setMultivalued(true);
 415         addFieldDescriptor(desc);
 416
 417         //-- validation code for: _hiddenSequencesList
 418         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 419         fieldValidator.setMinOccurs(0);
 420         { //-- local scope
 421             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 422             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 423             fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 424             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 425             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 426         }
 427         desc.setValidator(fieldValidator);
 428     }
 429
 430
 431       //-----------/
 432      //- Methods -/
 433     //-----------/
 434
 435     /**
 436      * Method getAccessMode.
 437      *
 438      * @return the access mode specified for this class.
 439      */
 440     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(
 441     ) {
 442         return null;
 443     }
 444
 445     /**
 446      * Method getIdentity.
 447      *
 448      * @return the identity field, null if this class has no
 449      * identity.
 450      */
 451     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(
 452     ) {
 453         return super.getIdentity();
 454     }
 455
 456     /**
 457      * Method getJavaClass.
 458      *
 459      * @return the Java class represented by this descriptor.
 460      */
 461     public java.lang.Class getJavaClass(
 462     ) {
 463         return jalview.schemabinding.version2.JSeq.class;
 464     }
 465
 466     /**
 467      * Method getNameSpacePrefix.
 468      *
 469      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 470      */
 471     public java.lang.String getNameSpacePrefix(
 472     ) {
 473         return _nsPrefix;
 474     }
 475
 476     /**
 477      * Method getNameSpaceURI.
 478      *
 479      * @return the namespace URI used when marshaling and
 480      * unmarshaling as XML.
 481      */
 482     public java.lang.String getNameSpaceURI(
 483     ) {
 484         return _nsURI;
 485     }
 486
 487     /**
 488      * Method getValidator.
 489      *
 490      * @return a specific validator for the class described by this
 491      * ClassDescriptor.
 492      */
 493     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(
 494     ) {
 495         return this;
 496     }
 497
 498     /**
 499      * Method getXMLName.
 500      *
 501      * @return the XML Name for the Class being described.
 502      */
 503     public java.lang.String getXMLName(
 504     ) {
 505         return _xmlName;
 506     }
 507
 508     /**
 509      * Method isElementDefinition.
 510      *
 511      * @return true if XML schema definition of this Class is that
 512      * of a global
 513      * element or element with anonymous type definition.
 514      */
 515     public boolean isElementDefinition(
 516     ) {
 517         return _elementDefinition;
 518     }
 519
 520 }