src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
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  17  */
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  19
  20 //---------------------------------/
  21 //- Imported classes and packages -/
  22 //---------------------------------/
  23
  24 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;
  25
  26 /**
  27  * Class JalviewModelSequenceDescriptor.
  28  *
  29  * @version $Revision$ $Date$
  30  */
  31 public class JalviewModelSequenceDescriptor extends
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  33 {
  34
  35   // --------------------------/
  36   // - Class/Member Variables -/
  37   // --------------------------/
  38
  39   /**
  40    * Field _elementDefinition.
  41    */
  42   private boolean _elementDefinition;
  43
  44   /**
  45    * Field _nsPrefix.
  46    */
  47   private java.lang.String _nsPrefix;
  48
  49   /**
  50    * Field _nsURI.
  51    */
  52   private java.lang.String _nsURI;
  53
  54   /**
  55    * Field _xmlName.
  56    */
  57   private java.lang.String _xmlName;
  58
  59   // ----------------/
  60   // - Constructors -/
  61   // ----------------/
  62
  63   public JalviewModelSequenceDescriptor()
  64   {
  65     super();
  66     _nsURI = "www.jalview.org";
  67     _elementDefinition = false;
  68
  69     // -- set grouping compositor
  70     setCompositorAsSequence();
  71     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  72     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  73     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  74     // -- initialize attribute descriptors
  75
  76     // -- initialize element descriptors
  77
  78     // -- _JSeqList
  79     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  80             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq",
  81             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
  82     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  83     {
  84       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  85               throws IllegalStateException
  86       {
  87         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
  88         return target.getJSeq();
  89       }
  90
  91       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  92               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  93       {
  94         try
  95         {
  96           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
  97           target.addJSeq((jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);
  98         } catch (java.lang.Exception ex)
  99         {
 100           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 101         }
 102       }
 103
 104       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 105               IllegalArgumentException
 106       {
 107         try
 108         {
 109           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 110           target.removeAllJSeq();
 111         } catch (java.lang.Exception ex)
 112         {
 113           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 114         }
 115       }
 116
 117       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 118       {
 119         return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();
 120       }
 121     };
 122     desc.setHandler(handler);
 123     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 124     desc.setRequired(true);
 125     desc.setMultivalued(true);
 126     addFieldDescriptor(desc);
 127
 128     // -- validation code for: _JSeqList
 129     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 130     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 131     { // -- local scope
 132     }
 133     desc.setValidator(fieldValidator);
 134     // -- _JGroupList
 135     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 136             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList",
 137             "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 138     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 139     {
 140       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 141               throws IllegalStateException
 142       {
 143         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 144         return target.getJGroup();
 145       }
 146
 147       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 148               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 149       {
 150         try
 151         {
 152           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 153           target.addJGroup((jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);
 154         } catch (java.lang.Exception ex)
 155         {
 156           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 157         }
 158       }
 159
 160       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 161               IllegalArgumentException
 162       {
 163         try
 164         {
 165           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 166           target.removeAllJGroup();
 167         } catch (java.lang.Exception ex)
 168         {
 169           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 170         }
 171       }
 172
 173       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 174       {
 175         return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();
 176       }
 177     };
 178     desc.setHandler(handler);
 179     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 180     desc.setMultivalued(true);
 181     addFieldDescriptor(desc);
 182
 183     // -- validation code for: _JGroupList
 184     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 185     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 186     { // -- local scope
 187     }
 188     desc.setValidator(fieldValidator);
 189     // -- _viewportList
 190     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 191             jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList",
 192             "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 193     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 194     {
 195       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 196               throws IllegalStateException
 197       {
 198         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 199         return target.getViewport();
 200       }
 201
 202       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 203               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 204       {
 205         try
 206         {
 207           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 208           target.addViewport((jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);
 209         } catch (java.lang.Exception ex)
 210         {
 211           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 212         }
 213       }
 214
 215       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 216               IllegalArgumentException
 217       {
 218         try
 219         {
 220           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 221           target.removeAllViewport();
 222         } catch (java.lang.Exception ex)
 223         {
 224           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 225         }
 226       }
 227
 228       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 229       {
 230         return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();
 231       }
 232     };
 233     desc.setHandler(handler);
 234     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 235     desc.setRequired(true);
 236     desc.setMultivalued(true);
 237     addFieldDescriptor(desc);
 238
 239     // -- validation code for: _viewportList
 240     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 241     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 242     { // -- local scope
 243     }
 244     desc.setValidator(fieldValidator);
 245     // -- _userColoursList
 246     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 247             jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,
 248             "_userColoursList", "UserColours",
 249             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 250     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 251     {
 252       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 253               throws IllegalStateException
 254       {
 255         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 256         return target.getUserColours();
 257       }
 258
 259       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 260               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 261       {
 262         try
 263         {
 264           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 265           target.addUserColours((jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);
 266         } catch (java.lang.Exception ex)
 267         {
 268           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 269         }
 270       }
 271
 272       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 273               IllegalArgumentException
 274       {
 275         try
 276         {
 277           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 278           target.removeAllUserColours();
 279         } catch (java.lang.Exception ex)
 280         {
 281           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 282         }
 283       }
 284
 285       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 286       {
 287         return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();
 288       }
 289     };
 290     desc.setHandler(handler);
 291     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 292     desc.setMultivalued(true);
 293     addFieldDescriptor(desc);
 294
 295     // -- validation code for: _userColoursList
 296     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 297     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 298     { // -- local scope
 299     }
 300     desc.setValidator(fieldValidator);
 301     // -- _treeList
 302     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 303             jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree",
 304             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 305     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 306     {
 307       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 308               throws IllegalStateException
 309       {
 310         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 311         return target.getTree();
 312       }
 313
 314       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 315               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 316       {
 317         try
 318         {
 319           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 320           target.addTree((jalview.schemabinding.version2.Tree) value);
 321         } catch (java.lang.Exception ex)
 322         {
 323           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 324         }
 325       }
 326
 327       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 328               IllegalArgumentException
 329       {
 330         try
 331         {
 332           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 333           target.removeAllTree();
 334         } catch (java.lang.Exception ex)
 335         {
 336           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 337         }
 338       }
 339
 340       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 341       {
 342         return new jalview.schemabinding.version2.Tree();
 343       }
 344     };
 345     desc.setHandler(handler);
 346     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 347     desc.setMultivalued(true);
 348     addFieldDescriptor(desc);
 349
 350     // -- validation code for: _treeList
 351     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 352     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 353     { // -- local scope
 354     }
 355     desc.setValidator(fieldValidator);
 356     // -- _featureSettings
 357     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 358             jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,
 359             "_featureSettings", "FeatureSettings",
 360             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 361     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 362     {
 363       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 364               throws IllegalStateException
 365       {
 366         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 367         return target.getFeatureSettings();
 368       }
 369
 370       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 371               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 372       {
 373         try
 374         {
 375           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 376           target.setFeatureSettings((jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);
 377         } catch (java.lang.Exception ex)
 378         {
 379           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 380         }
 381       }
 382
 383       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 384       {
 385         return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();
 386       }
 387     };
 388     desc.setHandler(handler);
 389     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 390     desc.setMultivalued(false);
 391     addFieldDescriptor(desc);
 392
 393     // -- validation code for: _featureSettings
 394     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 395     { // -- local scope
 396     }
 397     desc.setValidator(fieldValidator);
 398   }
 399
 400   // -----------/
 401   // - Methods -/
 402   // -----------/
 403
 404   /**
 405    * Method getAccessMode.
 406    *
 407    * @return the access mode specified for this class.
 408    */
 409   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 410   {
 411     return null;
 412   }
 413
 414   /**
 415    * Method getIdentity.
 416    *
 417    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 418    */
 419   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 420   {
 421     return super.getIdentity();
 422   }
 423
 424   /**
 425    * Method getJavaClass.
 426    *
 427    * @return the Java class represented by this descriptor.
 428    */
 429   public java.lang.Class getJavaClass()
 430   {
 431     return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;
 432   }
 433
 434   /**
 435    * Method getNameSpacePrefix.
 436    *
 437    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 438    */
 439   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 440   {
 441     return _nsPrefix;
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Method getNameSpaceURI.
 446    *
 447    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 448    */
 449   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 450   {
 451     return _nsURI;
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Method getValidator.
 456    *
 457    * @return a specific validator for the class described by this
 458    *         ClassDescriptor.
 459    */
 460   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 461   {
 462     return this;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Method getXMLName.
 467    *
 468    * @return the XML Name for the Class being described.
 469    */
 470   public java.lang.String getXMLName()
 471   {
 472     return _xmlName;
 473   }
 474
 475   /**
 476    * Method isElementDefinition.
 477    *
 478    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 479    *         element or element with anonymous type definition.
 480    */
 481   public boolean isElementDefinition()
 482   {
 483     return _elementDefinition;
 484   }
 485
 486 }