src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;
  26
  27 /**
  28  * Class JalviewModelSequenceDescriptor.
  29  *
  30  * @version $Revision$ $Date$
  31  */
  32 public class JalviewModelSequenceDescriptor extends
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _elementDefinition.
  42    */
  43   private boolean _elementDefinition;
  44
  45   /**
  46    * Field _nsPrefix.
  47    */
  48   private java.lang.String _nsPrefix;
  49
  50   /**
  51    * Field _nsURI.
  52    */
  53   private java.lang.String _nsURI;
  54
  55   /**
  56    * Field _xmlName.
  57    */
  58   private java.lang.String _xmlName;
  59
  60   // ----------------/
  61   // - Constructors -/
  62   // ----------------/
  63
  64   public JalviewModelSequenceDescriptor()
  65   {
  66     super();
  67     _nsURI = "www.jalview.org";
  68     _elementDefinition = false;
  69
  70     // -- set grouping compositor
  71     setCompositorAsSequence();
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  75     // -- initialize attribute descriptors
  76
  77     // -- initialize element descriptors
  78
  79     // -- _JSeqList
  80     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  81             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq",
  82             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
  83     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  84     {
  85       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  86               throws IllegalStateException
  87       {
  88         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
  89         return target.getJSeq();
  90       }
  91
  92       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  93               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  94       {
  95         try
  96         {
  97           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
  98           target.addJSeq((jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);
  99         } catch (java.lang.Exception ex)
 100         {
 101           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 102         }
 103       }
 104
 105       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 106               IllegalArgumentException
 107       {
 108         try
 109         {
 110           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 111           target.removeAllJSeq();
 112         } catch (java.lang.Exception ex)
 113         {
 114           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 115         }
 116       }
 117
 118       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 119       {
 120         return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();
 121       }
 122     };
 123     desc.setHandler(handler);
 124     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 125     desc.setRequired(true);
 126     desc.setMultivalued(true);
 127     addFieldDescriptor(desc);
 128
 129     // -- validation code for: _JSeqList
 130     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 131     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 132     { // -- local scope
 133     }
 134     desc.setValidator(fieldValidator);
 135     // -- _JGroupList
 136     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 137             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList",
 138             "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 139     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 140     {
 141       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 142               throws IllegalStateException
 143       {
 144         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 145         return target.getJGroup();
 146       }
 147
 148       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 149               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 150       {
 151         try
 152         {
 153           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 154           target.addJGroup((jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);
 155         } catch (java.lang.Exception ex)
 156         {
 157           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 158         }
 159       }
 160
 161       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 162               IllegalArgumentException
 163       {
 164         try
 165         {
 166           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 167           target.removeAllJGroup();
 168         } catch (java.lang.Exception ex)
 169         {
 170           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 171         }
 172       }
 173
 174       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 175       {
 176         return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();
 177       }
 178     };
 179     desc.setHandler(handler);
 180     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 181     desc.setMultivalued(true);
 182     addFieldDescriptor(desc);
 183
 184     // -- validation code for: _JGroupList
 185     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 186     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 187     { // -- local scope
 188     }
 189     desc.setValidator(fieldValidator);
 190     // -- _viewportList
 191     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 192             jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList",
 193             "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 194     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 195     {
 196       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 197               throws IllegalStateException
 198       {
 199         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 200         return target.getViewport();
 201       }
 202
 203       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 204               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 205       {
 206         try
 207         {
 208           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 209           target.addViewport((jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);
 210         } catch (java.lang.Exception ex)
 211         {
 212           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 213         }
 214       }
 215
 216       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 217               IllegalArgumentException
 218       {
 219         try
 220         {
 221           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 222           target.removeAllViewport();
 223         } catch (java.lang.Exception ex)
 224         {
 225           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 226         }
 227       }
 228
 229       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 230       {
 231         return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();
 232       }
 233     };
 234     desc.setHandler(handler);
 235     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 236     desc.setRequired(true);
 237     desc.setMultivalued(true);
 238     addFieldDescriptor(desc);
 239
 240     // -- validation code for: _viewportList
 241     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 242     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 243     { // -- local scope
 244     }
 245     desc.setValidator(fieldValidator);
 246     // -- _userColoursList
 247     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 248             jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,
 249             "_userColoursList", "UserColours",
 250             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 251     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 252     {
 253       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 254               throws IllegalStateException
 255       {
 256         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 257         return target.getUserColours();
 258       }
 259
 260       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 261               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 262       {
 263         try
 264         {
 265           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 266           target.addUserColours((jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);
 267         } catch (java.lang.Exception ex)
 268         {
 269           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 270         }
 271       }
 272
 273       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 274               IllegalArgumentException
 275       {
 276         try
 277         {
 278           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 279           target.removeAllUserColours();
 280         } catch (java.lang.Exception ex)
 281         {
 282           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 283         }
 284       }
 285
 286       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 287       {
 288         return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();
 289       }
 290     };
 291     desc.setHandler(handler);
 292     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 293     desc.setMultivalued(true);
 294     addFieldDescriptor(desc);
 295
 296     // -- validation code for: _userColoursList
 297     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 298     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 299     { // -- local scope
 300     }
 301     desc.setValidator(fieldValidator);
 302     // -- _treeList
 303     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 304             jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree",
 305             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 306     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 307     {
 308       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 309               throws IllegalStateException
 310       {
 311         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 312         return target.getTree();
 313       }
 314
 315       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 316               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 317       {
 318         try
 319         {
 320           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 321           target.addTree((jalview.schemabinding.version2.Tree) value);
 322         } catch (java.lang.Exception ex)
 323         {
 324           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 325         }
 326       }
 327
 328       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 329               IllegalArgumentException
 330       {
 331         try
 332         {
 333           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 334           target.removeAllTree();
 335         } catch (java.lang.Exception ex)
 336         {
 337           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 338         }
 339       }
 340
 341       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 342       {
 343         return new jalview.schemabinding.version2.Tree();
 344       }
 345     };
 346     desc.setHandler(handler);
 347     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 348     desc.setMultivalued(true);
 349     addFieldDescriptor(desc);
 350
 351     // -- validation code for: _treeList
 352     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 353     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 354     { // -- local scope
 355     }
 356     desc.setValidator(fieldValidator);
 357     // -- _featureSettings
 358     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 359             jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,
 360             "_featureSettings", "FeatureSettings",
 361             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 362     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 363     {
 364       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 365               throws IllegalStateException
 366       {
 367         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 368         return target.getFeatureSettings();
 369       }
 370
 371       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 372               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 373       {
 374         try
 375         {
 376           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 377           target.setFeatureSettings((jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);
 378         } catch (java.lang.Exception ex)
 379         {
 380           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 381         }
 382       }
 383
 384       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 385       {
 386         return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();
 387       }
 388     };
 389     desc.setHandler(handler);
 390     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 391     desc.setMultivalued(false);
 392     addFieldDescriptor(desc);
 393
 394     // -- validation code for: _featureSettings
 395     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 396     { // -- local scope
 397     }
 398     desc.setValidator(fieldValidator);
 399   }
 400
 401   // -----------/
 402   // - Methods -/
 403   // -----------/
 404
 405   /**
 406    * Method getAccessMode.
 407    *
 408    * @return the access mode specified for this class.
 409    */
 410   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 411   {
 412     return null;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Method getIdentity.
 417    *
 418    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 419    */
 420   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 421   {
 422     return super.getIdentity();
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Method getJavaClass.
 427    *
 428    * @return the Java class represented by this descriptor.
 429    */
 430   public java.lang.Class getJavaClass()
 431   {
 432     return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Method getNameSpacePrefix.
 437    *
 438    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 439    */
 440   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 441   {
 442     return _nsPrefix;
 443   }
 444
 445   /**
 446    * Method getNameSpaceURI.
 447    *
 448    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 449    */
 450   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 451   {
 452     return _nsURI;
 453   }
 454
 455   /**
 456    * Method getValidator.
 457    *
 458    * @return a specific validator for the class described by this
 459    *         ClassDescriptor.
 460    */
 461   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 462   {
 463     return this;
 464   }
 465
 466   /**
 467    * Method getXMLName.
 468    *
 469    * @return the XML Name for the Class being described.
 470    */
 471   public java.lang.String getXMLName()
 472   {
 473     return _xmlName;
 474   }
 475
 476   /**
 477    * Method isElementDefinition.
 478    *
 479    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 480    *         element or element with anonymous type definition.
 481    */
 482   public boolean isElementDefinition()
 483   {
 484     return _elementDefinition;
 485   }
 486
 487 }