src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JalviewModelSequenceDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JalviewModelSequenceDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public JalviewModelSequenceDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  67     _elementDefinition = false;\r
  68 \r
  69     // -- set grouping compositor\r
  70     setCompositorAsSequence();\r
  71     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  72     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  73     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  74     // -- initialize attribute descriptors\r
  75 \r
  76     // -- initialize element descriptors\r
  77 \r
  78     // -- _JSeqList\r
  79     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  80             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq",\r
  81             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
  82     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  83     {\r
  84       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  85               throws IllegalStateException\r
  86       {\r
  87         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
  88         return target.getJSeq();\r
  89       }\r
  90 \r
  91       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  92               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  93       {\r
  94         try\r
  95         {\r
  96           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
  97           target.addJSeq((jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);\r
  98         } catch (java.lang.Exception ex)\r
  99         {\r
 100           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 101         }\r
 102       }\r
 103 \r
 104       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 105               IllegalArgumentException\r
 106       {\r
 107         try\r
 108         {\r
 109           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 110           target.removeAllJSeq();\r
 111         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 112         {\r
 113           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 114         }\r
 115       }\r
 116 \r
 117       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 118       {\r
 119         return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();\r
 120       }\r
 121     };\r
 122     desc.setHandler(handler);\r
 123     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 124     desc.setRequired(true);\r
 125     desc.setMultivalued(true);\r
 126     addFieldDescriptor(desc);\r
 127 \r
 128     // -- validation code for: _JSeqList\r
 129     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 130     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 131     { // -- local scope\r
 132     }\r
 133     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 134     // -- _JGroupList\r
 135     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 136             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList",\r
 137             "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 138     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 139     {\r
 140       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 141               throws IllegalStateException\r
 142       {\r
 143         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 144         return target.getJGroup();\r
 145       }\r
 146 \r
 147       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 148               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 149       {\r
 150         try\r
 151         {\r
 152           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 153           target.addJGroup((jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);\r
 154         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 155         {\r
 156           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 157         }\r
 158       }\r
 159 \r
 160       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 161               IllegalArgumentException\r
 162       {\r
 163         try\r
 164         {\r
 165           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 166           target.removeAllJGroup();\r
 167         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 168         {\r
 169           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 170         }\r
 171       }\r
 172 \r
 173       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 174       {\r
 175         return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();\r
 176       }\r
 177     };\r
 178     desc.setHandler(handler);\r
 179     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 180     desc.setMultivalued(true);\r
 181     addFieldDescriptor(desc);\r
 182 \r
 183     // -- validation code for: _JGroupList\r
 184     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 185     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 186     { // -- local scope\r
 187     }\r
 188     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 189     // -- _viewportList\r
 190     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 191             jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList",\r
 192             "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 193     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 194     {\r
 195       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 196               throws IllegalStateException\r
 197       {\r
 198         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 199         return target.getViewport();\r
 200       }\r
 201 \r
 202       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 203               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 204       {\r
 205         try\r
 206         {\r
 207           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 208           target\r
 209                   .addViewport((jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);\r
 210         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 211         {\r
 212           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 213         }\r
 214       }\r
 215 \r
 216       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 217               IllegalArgumentException\r
 218       {\r
 219         try\r
 220         {\r
 221           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 222           target.removeAllViewport();\r
 223         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 224         {\r
 225           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 226         }\r
 227       }\r
 228 \r
 229       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 230       {\r
 231         return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();\r
 232       }\r
 233     };\r
 234     desc.setHandler(handler);\r
 235     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 236     desc.setRequired(true);\r
 237     desc.setMultivalued(true);\r
 238     addFieldDescriptor(desc);\r
 239 \r
 240     // -- validation code for: _viewportList\r
 241     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 242     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 243     { // -- local scope\r
 244     }\r
 245     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 246     // -- _userColoursList\r
 247     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 248             jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,\r
 249             "_userColoursList", "UserColours",\r
 250             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 251     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 252     {\r
 253       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 254               throws IllegalStateException\r
 255       {\r
 256         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 257         return target.getUserColours();\r
 258       }\r
 259 \r
 260       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 261               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 262       {\r
 263         try\r
 264         {\r
 265           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 266           target\r
 267                   .addUserColours((jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);\r
 268         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 269         {\r
 270           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 271         }\r
 272       }\r
 273 \r
 274       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 275               IllegalArgumentException\r
 276       {\r
 277         try\r
 278         {\r
 279           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 280           target.removeAllUserColours();\r
 281         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 282         {\r
 283           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 284         }\r
 285       }\r
 286 \r
 287       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 288       {\r
 289         return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();\r
 290       }\r
 291     };\r
 292     desc.setHandler(handler);\r
 293     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 294     desc.setMultivalued(true);\r
 295     addFieldDescriptor(desc);\r
 296 \r
 297     // -- validation code for: _userColoursList\r
 298     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 299     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 300     { // -- local scope\r
 301     }\r
 302     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 303     // -- _treeList\r
 304     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 305             jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree",\r
 306             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 307     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 308     {\r
 309       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 310               throws IllegalStateException\r
 311       {\r
 312         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 313         return target.getTree();\r
 314       }\r
 315 \r
 316       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 317               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 318       {\r
 319         try\r
 320         {\r
 321           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 322           target.addTree((jalview.schemabinding.version2.Tree) value);\r
 323         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 324         {\r
 325           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 326         }\r
 327       }\r
 328 \r
 329       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 330               IllegalArgumentException\r
 331       {\r
 332         try\r
 333         {\r
 334           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 335           target.removeAllTree();\r
 336         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 337         {\r
 338           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 339         }\r
 340       }\r
 341 \r
 342       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 343       {\r
 344         return new jalview.schemabinding.version2.Tree();\r
 345       }\r
 346     };\r
 347     desc.setHandler(handler);\r
 348     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 349     desc.setMultivalued(true);\r
 350     addFieldDescriptor(desc);\r
 351 \r
 352     // -- validation code for: _treeList\r
 353     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 354     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 355     { // -- local scope\r
 356     }\r
 357     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 358     // -- _featureSettings\r
 359     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 360             jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,\r
 361             "_featureSettings", "FeatureSettings",\r
 362             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 363     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 364     {\r
 365       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 366               throws IllegalStateException\r
 367       {\r
 368         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 369         return target.getFeatureSettings();\r
 370       }\r
 371 \r
 372       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 373               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 374       {\r
 375         try\r
 376         {\r
 377           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 378           target\r
 379                   .setFeatureSettings((jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);\r
 380         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 381         {\r
 382           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 383         }\r
 384       }\r
 385 \r
 386       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 387       {\r
 388         return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();\r
 389       }\r
 390     };\r
 391     desc.setHandler(handler);\r
 392     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 393     desc.setMultivalued(false);\r
 394     addFieldDescriptor(desc);\r
 395 \r
 396     // -- validation code for: _featureSettings\r
 397     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 398     { // -- local scope\r
 399     }\r
 400     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 401   }\r
 402 \r
 403   // -----------/\r
 404   // - Methods -/\r
 405   // -----------/\r
 406 \r
 407   /**\r
 408    * Method getAccessMode.\r
 409    * \r
 410    * @return the access mode specified for this class.\r
 411    */\r
 412   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 413   {\r
 414     return null;\r
 415   }\r
 416 \r
 417   /**\r
 418    * Method getIdentity.\r
 419    * \r
 420    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 421    */\r
 422   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 423   {\r
 424     return super.getIdentity();\r
 425   }\r
 426 \r
 427   /**\r
 428    * Method getJavaClass.\r
 429    * \r
 430    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 431    */\r
 432   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 433   {\r
 434     return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;\r
 435   }\r
 436 \r
 437   /**\r
 438    * Method getNameSpacePrefix.\r
 439    * \r
 440    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 441    */\r
 442   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 443   {\r
 444     return _nsPrefix;\r
 445   }\r
 446 \r
 447   /**\r
 448    * Method getNameSpaceURI.\r
 449    * \r
 450    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 451    */\r
 452   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 453   {\r
 454     return _nsURI;\r
 455   }\r
 456 \r
 457   /**\r
 458    * Method getValidator.\r
 459    * \r
 460    * @return a specific validator for the class described by this\r
 461    *         ClassDescriptor.\r
 462    */\r
 463   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 464   {\r
 465     return this;\r
 466   }\r
 467 \r
 468   /**\r
 469    * Method getXMLName.\r
 470    * \r
 471    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 472    */\r
 473   public java.lang.String getXMLName()\r
 474   {\r
 475     return _xmlName;\r
 476   }\r
 477 \r
 478   /**\r
 479    * Method isElementDefinition.\r
 480    * \r
 481    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 482    *         element or element with anonymous type definition.\r
 483    */\r
 484   public boolean isElementDefinition()\r
 485   {\r
 486     return _elementDefinition;\r
 487   }\r
 488 \r
 489 }\r